i
RESPON IgA TERHADAP EARLY ANTIGEN (IgA-EAext) VIRUS
EPSTEIN-BARR (EBV) PADA POPULASI SEHAT DAN PASIEN KANKER NASOFARING (NPC): POTENSI SEBAGAI ALAT DIAGNOSIS
DAN SKRINING
SKRIPSI
Untuk Memenuhi Sebagian Syarat Memperoleh Derajat
Sarjana Kedokteran Universitas Gadjah Mada
Disusun oleh :
Michael Hartono
10/296753/KU/13677
FAKULTAS KEDOKTERAN
UNIVERSITAS GADJAH MADA
YOGYAKARTA
ii
HALAMAN PENGESAHAN
SKRIPSI
RESPON IgA TERHADAP EARLY ANTIGEN (IgA-EAext) VIRUS EPSTEIN-BARR (EBV) PADA POPULASI SEHAT DAN PASIEN
KANKER NASOFARING (NPC) : POTENSI SEBAGAI ALAT DIAGNOSIS DAN SKRINING
Oleh:
Michael Hartono
10/KU/296753/KU/13677
telah diuji dan disetujui pada tanggal 13 Februari 2014
Tim Penguji Skripsi
Pembimbing Materi Pembimbing Metodologi
Dewi K.Paramita, S.Si.,M.Si.,Ph.D NIP: 1120110099/291
Jajah Fachiroh, S.P.,M.Si., Ph.D
NIP: 1120110062/254
Dosen Penguji
iii
HALAMAN PERNYATAAN
Saya yang bertanda tangan di bawah ini :
NAMA : MICHAEL HARTONO
NIM : 10/296753/KU/13677
JUDUL SKRIPSI : RESPON IgA TERHADAP EARLY ANTIGEN (IgA-EAext) VIRUS EPSTEIN-BARR (EBV) PADA POPULASI SEHAT DAN PASIEN KANKER NASOFARING (NPC) : POTENSI SEBAGAI ALAT DIAGNOSIS DAN SKRINING
adalah benar-benar karya ilmiah hasil pekerjaan
saya sendiri dan sepanjang pengetahuan saya, tidak
berisi materi yang ditulis orang lain sebagai
persyaratan penyelesaian studi di suatu perguruan
tinggi kecuali bagian-bagian tertentu yang penulis
kutip sebagai acuan dengan mengikuti tata cara dan
etika penulisan karya ilmiah yang lazim.
Apabila di kemudian hari terbukti bahwa pernyataan
ini tidak benar, sepenuhnya menjadi tanggung jawab
penulis.
Yogyakarta, 9 Februari 2014
iv
KATA PENGANTAR
Puji dan syukur bagi Tuhan Yang Maha Esa yang
telah memberikan rahmat dan karunia-Nya sehingga
penulis dapat menyelesaikan skripsi dengan judul
“Respon IgA terhadap Early Antigen (IgA-EA) Virus
Epstein-Barr (EBV) Pada Populasi Sehat dan Pasien
Kanker Nasofaring (NPC): Potensi Sebagai Alat Diagnosis
dan Skrining” ini yang merupakan salah satu syarat
mendapatkan gelar strata 1 di Program Studi Pendidikan
Dokter Fakultas Kedokteran Universitas Gadjah Mada.
Dalam penulisan skripsi ini, tentu banyak
halangan dan kesulitan yang penulis hadapi. Namun,
semua dapat teratasi berkat bantuan, bimbingan maupun
dukungan moril yang diberikan oleh semua pihak. Penulis
sangat bangga bisa berpartisipasi dalam penelitian yang
sudah dikembangkan oleh Fakultas Kedokteran Universitas
Gadjah Mada dalam menentukan uji skrining NPC yang
tepat. Oleh karena itu, pada kesempatan ini penulis
mengucapkan terima kasih kepada semua pihak yang turut
membantu dalam penyelesaian skripsi ini, yaitu :
1.Dewi Kartikawati Paramita, S. Si., M. Si., Ph. D,
selaku dosen pembimbing materi yang telah bersedia
v
penjelasan mendalam mengenai materi penelitian,
memeriksa, serta memberi saran dalam penyusunan
skripsi ini.
2.Jajah Fachiroh, S. P., M. Si., Ph. D selaku dosen
pembimbing metodologi yang telah bersedia
meluangkan waktu untuk membimbing metode penulisan
skripsi, memeriksa, dan memberikan petunjuk beserta
saran-saran dalam penelitian dan penyusunan skripsi
ini.
3.dr. Umi Solikhah Intansari, M. Kes., Sp.PK(K),
selaku dosen penguji skripsi ini yang bersedia
menguji dan memberi masukan yang bermanfaat terkait
penelitian ini.
4.Kedua orang tua dan kakak tercinta, Ary Cahyo
Hartono, Yanti Laurencia, serta Calvin Hammer atas
doa, cinta dan kasih sayang, dukungan berupa moril
ataupun materil yang diberikan kepada penulis
selama masa pendidikan dan penulisan skripsi ini.
5.PMI Cabang Kodya Yogykarta dan Kabupaten Sleman,
serta para subyek penelitian yang sudah berkenan
untuk menyumbangkan darah serta berbagi informasi.
6.Fakultas Kedokteran Universitas Gadjah Mada (Dana
Masyarakat 2013) yang telah memberi bantuan dana
vi
dan kuesioner, serta The Netherlands Cancer
Foundation (KWF IN-2014-17; Principle investigator:
Jaap Middeldorp) untuk pengadaan peptida sintetik
EBV.
7.Dosen, laboran serta staf administrasi Bagian
Histologi dan Biologi Sel, Laboratorium Biologi
Molekuler FK UGM serta seluruh staf program studi
Pendidikan Dokter Fakultas Kedokteran UGM.
8.Rekan-rekan mahasiswa Fakultas Kedokteran UGM 2010
yang telah memberikan warna dalam kehidupan
perkuliahan selama ini, terutama sahabat dan teman
penelitian penulis, Theresia Kania, Gabriella Argy,
Ika Safira, Theodora Caroline Sihotang, Akmal
Akbar, Nina Ariesta, Reza Mardhika, Audesia
Alvianita, Sista Lukito, Benny Hermawan, Radityo
Hendarso, Garnisa Arsyi, Galih Prasetya, Yehezkiel
Setiadi, Dian Puspita, Ilsya Asti Naraswari, dan
semua teman penulis yang tidak bisa disebutkan satu
persatu.
9.Serta semua pihak yang tidak bisa disebutkan satu
persatu yang telah memberikan dukungan selama masa
vii
Penulis mengucapkan banyak terima kasih kepada
pihak-pihak tersebut di atas, semoga senantiasa
diberikan berkat dan karunia yang melimpah kepada
semua pihak telah membantu. Dengan keterbatasan
pengalaman, pengetahuan maupun pustaka yang ditinjau,
penulis menyadari bahwa skripsi ini masih banyak
kekurangan dan jauh dari kesempurnaan. Penulis
mengharapkan kritik dan saran yang bersifat membangun.
Akhir kata, penulis berharap skripsi ini dapat
memberikan manfaat bagi banyak orang dan dapat
meningkatkan kesehatan masyarakat Indonesia.
Yogyakarta, 9 Februari 2014
viii
DAFTAR ISI
Halaman
HALAMAN JUDUL... i
LEMBAR PENGESAHAN... ii
HALAMAN PERNYATAAN... iii
KATA PENGANTAR... iv
DAFTAR ISI... viii
DAFTAR TABEL... xi
DAFTAR GAMBAR... xii
INTISARI... xiii
ABSTRAK... xiv
BAB I PENDAHULUAN I.1. Latar Belakang... 1
I.2. Perumusan Masalah... 5
I.3. Tujuan Penelitian... 6
I.4. Keaslian Penelitian... 6
I.5. Manfaat Penelitian... 9
BAB II TINJAUAN PUSTAKA II.1. Tinjauan Pustaka... 10
ix
II.1.2. Karsinoma Nasofaring... 12
II.1.3. EBV dan NPC... 15
II.1.3.a. Hubungan antara NPC dengan infeksi EBV... 15
II.1.3.b. Metode Diagnosis NPC... 16
II.1.3.c. Pengembangan Metode Skrining NPC Berbasis Molekul EBV... 17
II.2. Landasan Teori... 20
II.3. Kerangka Konsep... 22
II.4. Hipotesis... 22
BAB III METODOLOGI PENELITIAN III.1. Jenis Penelitian... 23
III.2. Sampel Penelitian... 23
III.3. Jalannya Penelitian... 23
III.3.1. Tahapan Penelitian... 23
III.3.2. Rencana Kerja... 24
III.4. Variabel Penelitian dan Definisi Operasional... 27
BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN IV.1. Hasil Penelitian... 30
IV.1.a. Sampel Penelitian... 30
x
dan NPC... 31
IV.1.c. Respon IgA-EAext pada NPC stadium
I,II,III dan IV... 33
IV.1.d. Respon IgA-EAext dan IgA-[EBNA1+VCAp18]
sebagai alat skrining... 34
IV.2. Pembahasan... 37
BAB V KESIMPULAN DAN SARAN
V.1. Kesimpulan... 48
V.2. Saran... 48
xi
DAFTAR TABEL
Halaman
Tabel 1. Tabel 1. Penentuan Stadium NPC
berdasarkan AJCC 2010... 14
Tabel 2. Hasil Uji Respon IgA-EAext pada individu sehat dan pasien NPC... 33
Tabel 3. Sensitivitas, spesifisitas, nilai ramal
positif, dan nilai ramal negative dari
uji respon IgA-EAext... 33
Tabel 4. Hasil Uji Kombinasi Respon IgA-EAext dan IgA[EBNA1+VCAp18] pada individu
sehat dan pasien NPC... 37
Tabel 5. Sensitivitas, spesifisitas, nilai ramal positif, dan nilai ramal negatif dari
xii
DAFTAR GAMBAR
Halaman
Gambar 1. Grafik respon IgA-EAext pada individu sehat (sehat) dan sampel pasien NPC
(NPC)... 32
xiii INTISARI
RESPON IgA TERHADAP EARLY ANTIGEN (IgA-EAext) VIRUS
EPSTEIN-BARR (EBV) PADA POPULASI SEHAT DAN PASIEN KANKER NASOFARING (NPC): POTENSI SEBAGAI ALAT DIAGNOSIS
DAN SKRINING
Michael Hartono*, Dewi K. Paramita**, Jajah Fachiroh** *Mahasiswa Fakultas Kedokteran Universitas Gadjah Mada
**Bagian Biologi Molekuler, Fakultas Kedokteran Universitas Gadjah Mada
Latar Belakang: Karsinoma nasofaring (NPC) terkait dengan infeksi virus Epstein-Barr (EBV). Lebih dari 80% pasien NPC terdiagnosis pada stadium lanjut, yang berakibat pada kegagalan terapi. Oleh karena itu, pengembangan metode deteksi dini NPC perlu dilakukan. Tujuan: Mengkaji potensi IgA-EAext sebagai alat diagnosis dan skrining NPC; mengkaji potensi IgA-EAext sebagai alat diagnosis dan skrining jika digunakan secara tunggal atau kombinasi dengan IgA-[EBNA1+VCAp18].
Metode: Penelitian cross sectional dilakukan pada populasi sehat (n=120) dan pasien NPC (n=120). IgA-EAext diperiksa pada sampel plasma subyek dengan metode ELISA. Uji rata-rata IgA-EAext pada orang sehat dan pasien NPC dilakukan dengan independent T-test. Uji konkordansi Kendall dilakukan untuk melihat kesesuaian IgA-EAext dengan IgA-[EBNA1+VCAp18]. Nilai cutoff, sensitivitas dan spesifisitas ditentukan dengan analisis ROC, diikuti dengan penghitungan nilai ramal positif (ppv) dan nilai ramal negative (npv).
Hasil: Nilai cutoff respon IgA-EAext sebesar 0,274. Pasien NPC yang mempunyai nilai IgA-EAext positif sebanyak 90,76% (108/119), sedangkan individu sehat hanya sebesar 2,5% (3/120). Sensitivitas, spesifisitas, ppv dan npv dari respon IgA-EAext adalah 90,76%, 97,50%, 97,29% dan 91,4%. Uji kombinasi Respon IgA-EAext dengan respon IgA-[EBNA1+VCAp18] memiliki sensitivitas 86,55%, spesifisitas 100%, ppv 100%, dan npv 88,23%.
Kesimpulan: IgA-EAext mempunyai potensi sebagai alat diagnosis dan skrining NPC jika digunakan secara tunggal, maupun kombinasi dengan IgA-[EBNA1+VCAp18]. Uji kombinasi IgA-EAext dengan IgA-[EBNA1+VCAp18] dapat digunakan sebagai uji konfirmasi dari uji respon IgA-EAext sebagai uji awal.
xiv ABSTRACT
IgA RESPONSE TO EARLY ANTIGEN (IgA-EAext) OF
EPSTEIN-BARR VIRUS (EBV) IN HEALTHY POPULATION AND
NASOPHARYNGEAL CARCINOMA (NPC) PATIENTS : POTENCY AS A DIAGNOSIS AND SCREENING TOOL
Michael Hartono*, Dewi K. Paramita**, Jajah Fachiroh**
*Undergraduate Student of Faculty of Medicine, Universitas Gadjah Mada
**Department of Molecular Biology, Faculty of Medicine, Universitas Gadjah Mada
Background: Nasopharyngeal carcinoma (NPC) is one of Epstein-Barr Virus (EBV) associated malignancies. More than 80% NPC are diagnosed at the late stage with consequences on the therapy failure. Therefore, the development of early detection method are very crucial. Objective: To examine the potency of IgA-EAext as a diagnostic and screening tool; to examine the potency of IgA-EAext as a single diagnostic and screening tool or used as a combination with IgA-[EBNA1+VCAp18] response.
Methods: Cross sectional study in healthy population (n=120) and histopathologicaly confirmed NPC patients (n=120). IgA-EAext response was detected using ELISA method. The mean of IgA-EAext responses were tested using independent T-test. Kendall’s concordance test was used to examine the concordancy between IgA-EAext and IgA-[EBNA1+VCAp18] responses. Cutoff value, sensitivity, specificity were determined by using ROC analysis, also calculation of positive predictive value (ppv) and negative predictive value (npv).
Results: Cutoff value of IgA-EAext was 0.274. 90.76% (108/119) of NPC patients had positive response, while 2.5% (3/120) of healthy individuals had negative result. Sensitivity, specificity, ppv and npv of IgA-EAext response were 90.76%, 97.50%, 97.29% and 91.4%. The combination of IgA-EAext with IgA-[EBNA1+VCAp18] response had a sensitivity of 86.55%, specificity of 100%, ppv of 100%, and npv of 88.23%.
Conclusion: IgA-EAext is a potential method for a single NPC diagnosis and screening tool, or as a combination with IgA-[EBNA1+VCAp18]. Combination of IgA-EAext and IgA-[EBNA1+VCAp18] can be used as a confirmatory test of the IgA-EAext as the initial test.
