S BIO 1001113 Table of content

(1)

Meli, 2014

Isolasi DNA Genom Bakteri Termofilik Sumber Air Panas Ciengang, Kawah Darajat dan Hydrothermal Vent Kawio

Universitas Pendidikan Indonesia | repository.upi.edu | perpustakaan.upi.edu

DAFTAR ISI

Halaman

ABSTRAK ... i

KATA PENGANTAR ... ii

DAFTAR ISI ... iv

DAFTAR TABEL ... vi

DAFTAR GAMBAR ... vii

DAFTAR LAMPIRAN ... viii

BAB I PENDAHULUAN A. Latar Belakang ... 1

B. Rumusan Masalah ... 6

C. Batasan Masalah... 7

D. Tujuan Penelitian ... 8

E. Manfaat Penelitian ... 8

BAB II DNA GENOM BAKTERI TERMOFILIK SUMBER AIR PANAS CIENGANG, KAWAH DARAJAT GARUT DAN HYDROTHERMAL VENT KAWIO A. DNA Genom ... 9

B. Bakteri Termofilik ... 12

C. Pertumbuhan Bakteri ... 17

D. Faktor Pertumbuhan Bakteri ... 29

E. Medium BHMS ... 21

F. Sumber Air Panas Ciengang dan Kawah Darajat Garut ... 22

G. Hydrothermal Vent, Kawio ... 25

H. Isolasi DNA Metode CTAB ... 27

I. Elektroforesis ... 32

J. Spektrofotometer ... 33

BAB III METODE PENELITIAN A. Jenis Penelitian ... 38

(2)

Meli, 2014

Isolasi DNA Genom Bakteri Termofilik Sumber Air Panas Ciengang, Kawah Darajat dan Hydrothermal Vent Kawio

C. Objek Penelitian ... 38

D. Waktu dan Lokasi Penelitian ... 38

E. Alat dan Bahan ... 39

F. Prosedur Penelitian... 39

1. Tahap Persiapan ... 39

a. Pengambilan Sampel ... 39

b. Pembuatan Medium BHMS ... 40

2. Tahap Penelitian ... 40

a. Enrichment ... 40

b. Pengukuran Optical Density (OD) ... 41

c. Isolasi DNA dengan CTAB ... 41

d. Uji Kemurnian dengan Spektrofotometer ... 42

e. Elektroforesis Gel agarose ... 43

f. Analisis Data ... 44

g. Alur Penelitian ... 45

BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN A. Hasil Pengukuran Suhu dan pH Air ... 46

B. Hasil Enrichment Bakteri Pada Medium BHMS ... 48

C. Isolasi DNA dengan metode CTAB ... 54

D. Hasil Uji Kuantifikasi DNA dengan Spektrofotometer ... 58

E. Hasil Uji DNA dengan Elektoforesis Gel Agarose ... 61

1. Hasil Elektroferogram DNA Genom Bakteri asal Ciengang ... 62

2. Hasil Elektroferogram DNA Genom Bakteri asal Air Panas Kawah Darajat Garut ... 63

3. Hasil Elektroferogram DNA Genom Bakteri asal Hydrothermal vent, Kawio ... 65

BAB V KESIMPULAN DAN SARAN A. Kesimpulan ... 67

B. Saran ... 68

DAFTAR PUSTAKA ... 69

(3)

Meli, 2014

Isolasi DNA Genom Bakteri Termofilik Sumber Air Panas Ciengang, Kawah Darajat dan Hydrothermal Vent Kawio

(4)

Meli, 2014

Isolasi DNA Genom Bakteri Termofilik Sumber Air Panas Ciengang, Kawah Darajat dan Hydrothermal Vent Kawio

DAFTAR TABEL

Tabel Halaman

2.1 Unsur Nutrisi Pertumbuhan Bakteri dan Fungsi Fisiologisnya ... 21

2.2 Karakteristik Gel Agarose ... 36

4.1 Perbandingan Nilai OD Bakteri Termofilik pada Medium BHMS ... 51

(5)

Meli, 2014

Isolasi DNA Genom Bakteri Termofilik Sumber Air Panas Ciengang, Kawah Darajat dan Hydrothermal Vent Kawio

DAFTAR GAMBAR

Gambar Halaman

2.1 Struktur DNA ... 9

2.2 Struktur Genom ... 10

2.3 Perbandingan Struktur Kromosom... 11

2.4 Struktur Sel Bakteri ... 12

2.5 Suhu Pertumbuhan Kelompok Organisme ... 13

2.6 Kurva Tumbuh Bakteri ... 17

2.7 Peta Lokasi Daerah Ciengang, Garut ... 23

2.8 Peta Lokasi Daerah Kawah Darajat, Garut ... 23

2.9 Lokasi Hydrothermal Vent Kawio, Sulawesi Utara ... 25

2.10 White Smokers ... 26

2.11 Fasa, Interfasa dan Fasa Bawah ... 30

2.12 Elektroforesis dan Bagiannya ... 34

3.1 Diagram Alur Penelitian ... 45

4.1 Grafik Hasil Uji Fisika Air ... 47

4.2 Kurva Tumbuh Bakteri ... 52

4.3 Hasil Elektrofenogram DNA Bakteri Ciengang, Garut ... 62

4.4 Hasil Elektrofenogram DNA Bakteri Bakteri Kawah Darajat, Garut ... 63

(6)

Meli, 2014

Isolasi DNA Genom Bakteri Termofilik Sumber Air Panas Ciengang, Kawah Darajat dan Hydrothermal Vent Kawio

DAFTAR LAMPIRAN

Lampiran Halaman

I. Alat dan Bahan Penelitian... 76

II. Formula Larutan dalam Preparasi CTAB ... 79

III. Protokol Pembuatan Larutan Stok ... 80

IV. Dokumentasi Penelitian ... 82

V. Langkah Kerja Penelitian ... 84