BAB 6 PENGENALAN ISIS/DRAW 2.3

(1)

BAB 6

PENGENALAN ISIS/DRAW 2.3

A. Apa itu Isis/Draw 2.3

ISIS/Draw adalah software untuk pembuatan struktur kimia yang sangat sederhana. Merupakan software yang dapat di down load secara gratis dari internet. Jika program ini diaktifkan maka tampilannya dapat dilihat pada gambar berikut.

B. Menu bar isis draw

Seperti yang terlihat pada gambar 31, menubar keadaan default isis draw terdiri dari : File, Edit, Option, Object, Text, Templates, Chemistry, Windows dan Help.

Cara mengaktifkan menubar : Gerakan mouse pada menu

Klik mouse sebelah kiri, sub menu akan muncul Pilih sub menu

Atau

Tekan tombol Alt dan diikuti huruf yang digarisbawahi pada daftar menu Gerakkan pilihan menggunakan panah untuk memilih sub menu

File

Menu file terdiri dari beberapa sub menu yang secara lengkap dapa dilihat pada Tabel berikut :

Baris Judul Baris Menu

Toolbar edit struktur

Toolbar template

Toolbar vertikal Toolbar horisontal

(2)

Sub Menu File Keterangan

New : Membuat file baru

Open : Membuka file yang telah ada

Insert : Memasukkan file yang telah ada ke dalam file yang sedang terbuka

Close : menutup jendela/file

Save : Menyimpan file (ekstensi *.skc)

Save as : Menyimpan file dengan nama lain

Import : Mengimport data dari data sebelumnya. Ada tiga jenis file, molfile, sequnce file, Tgfile dan rxnfile

Export : Kebalikan import file

Print Setup : Mengatur set up printer

Print : Melaksanakan proses print

Print Preview :Tampilan sebelum print

File-file yang sebelumnya telah terbuka, untuk mengaktifkan tinggal diklik kanan pada mouse

Exit : Keluar dari Isis draw Edit

Sub Menu Edit Keterangan

Undo : Membatalkan perintah sebelumnya

Cut : Menghapus fragmen yang telah diblok

Copy : Fragmen yang diblok dipindahkan ke clipboard

Paste : Meletakkan pada posisi cursor apa yang ada di clipboard

Paste link : Meletakkan pada posisi cursor apa yang ada diclipboard dan masih link dengan file asal fragmen tersebut

Clear : Menghapus

Links : Membuat link

Insert Object : Memasukkan objek ke dalam jendela edit.

Object : Object yang telah diinsert dapat diedit dengan memilih object.

Select All : Memilih seluruh objek/struktur yang ada di dalam jendela

Select Chem Group : Memilih gugus fungsi

Duplicate : Menggandakan objek yang diblok

Set Sprout Atom : Menset atom

Option

Sub Menu Option Keterangan

Zoom : Mengatur zoom

Show/Sanap Grid, Ruler

Perintah yang dapat memperihatkan alat bantu menentukan posisi vertikal dan horisontal dengan mengkombinasikan keempat submenu.

Show Atom Maps : Memperlihatkan atau menyembunyikan peta atom

Reacting Centers :menandai pusat reaksi, ada 4 pilihan, dengan warna, dengan tanda +, # atau ++

(3)

Setting : Menset beberapa hal yang berkaitan dengan format struktur, antara lain : Chemical drawing, Line/Fill/Arrow, Font, 3D, General, Ruler/Grid, Chem Inspector, sequence, brqcket. Lihat gambar berikut

Read Jurnal : Tersedia beberapa setting struktur berdasarkan format jurnal ilmiah, misalnya format J. of American Chemical Society

Kotak dialog Settings dapat dilihat pada Gambar berikut:

Gambar 34 Kotak Dialog Settings Object

Sub Menu Object Keterangan

Edit Object untuk melakukan edit objek misalnya edit kotak , lingkaran atau suatu struktur

Bring To Front objek bedara di lapisan teratas Send To Back objek berada pada lapisan terbawah

Clean Molecule mengembalikan format molekul ke format default

Flip, melakukan pembalikan terhapar objek, balik horisontal atau vertikal

Rotate memutar objek melalui ikatan secara horisontal dan vertikal

Scale, mengatur skala tampilan

Group mengelompokkan objek dalam satu grup

(4)

Text

Sub Menu Text Keterangan

Sama seperti MS Word pada ISIS/Draw juga terdapat pilihan Font, jenis huruf.

Juga terdapat format huruf apakah tebal, reguler atau yang biasa, italic, garis bawah, superscript atau subscript.

Templates

Sub Menu Templates Keterangan

Customize Menu and Tools

Set Primary Template Folder, menset folder utama tempat templete

Set SecondaryTemplate Folder, menset folder kedua tempat templete

Open membuka template

Alpha-D-Sugar, Amino Acids dll adalah nama-nama template yang tersedia. Template: Rumus atau struktur kimia yang telah dibuat tinggal diambil dan dimasukkan dan jendela edit

Chemistry

Sub Menu Chemistry Keterangan

Reaction, merupakan menu untuk memeriksa

persamaan reaksi

Create Chiral Flag, tool untuk memunculkan bendera sebagai tanda bahwa suatu atom merupakan atom yang kiral

C. Toolbar edit struktur

Toolbar untuk mengedit struktur molekul terdiri dari tombol-tombol yang tersusun vertikal berada di sebelah kiri jendela isis draw. Tombol ini ada yang hanya memunyai satu fungsi saja atau dapat berupa kelompok fungsi di mana display icon menunjukkan tombol yang sedang aktif. Perbedaan tampilan keduanya dapat ditandai oleh tanda kepala panah yang berada di sudut kanan bawah tombol untuk tombol yang merupakan kelompok fungsi, sedangkan tombol dengan satu fungsi tidak ada tanda seperti itu.

1. Tombol untuk menyeleksi, merupakan tombol kelompok fungsi. Menu seleksi ada tiga macam :

(5)

Tombol dan

nama Teknik Operasi Tujuan

Tekan-tarik Menyeleksi objek dalam lasso

Klik pada objek Jika klik objek+Ctrl

Menyeleksi objek

Menyeleksi seluruh molekul Tekan-tarik pada objek Memindahkan objek

Tekan-tarik pada bagian sudut Merubah ukuran objek Lasso tool

Klik ganda pada objek Mengedit properti objek

Tekan-tarik Menyeleksi objek dalam Frame

Klik pada objek Jika klik objek+Ctrl

Menyeleksi objek

Menyeleksi seluruh molekul Tekan-tarik pada objek Memindahkan objek

Tekan-tarik pada bagian sudut Merubah ukuran objek Select tool

Klik ganda pada objek Mengedit properti objek

Tekan-tarik Menyeleksi molekul atau objek dalam

Frame

Klik pada molekul atau objek Menyeleksi Molekul/objek Kliktarik pada objek Memindahkan Molekul/objek Tekan-tarik pada bagian sudut Merubah ukuran Molekul/objek Molecule

Select tool

Klik ganda pada objek Mengedit properti Molekul/objek 2. Tombol untuk memutar, merupakan tombol kelompok fungsi. Menu tombol putar ada dua

macam :

Tombol dan

Tekan-tarik poros Memindahkan pusat putaran Klik Sekitar objek Menyeleksi objek di dalam lasso Tekan-tarik objek yang telah

diseleksi

Memutar objek melalui poros 2D Rotate

tool Ctrl-Klik molekul Menyeleksi sebuah molekul Tekan-tarik Sekitar molekul Menyeleksi molekul dalam frame

3D Rotate tool

Tekan-tarik molekul yang terseleksi Jika disertai tombol Shift

Jika disertai tombol Ctrl

Memutar molekul secara 3 dimensi Membatasi rotasi hanya terhadap sumbu X dan Y saja

Membatasi rotasi hanya terhadap sumbu Y

3. Tombol untuk menghapus Tombol dan

nama Teknik Operasi Tujuan Klik pada sebuah objek

Disertai tombol Ctrl

Menghapus objek Menghapus struktur

(6)

4. Tombol untuk Atom Tombol

dan nama Teknik Operasi Tujuan

Catatan : Gunakan keyboard untuk menuliskan simbol, muatan, isotop, radikal, hidrogen dan sifat-sifat atom

Klik sebuah atom dan ketik Mengedit atom Klik dan ketik Kreasi sebuah atom

Tekan-tarik sebuah atom Kreasi sebuah atom pada ujung ikatan Atom tool

Ctrl+klik sebuah atom Mengulang simbol atom sebelumnya 5. Tombol untuk jenis ikatan

Tombol dan

Klik Membuat ikatan tunggal

Tekan-tarik Menggambar sebuah ikatan tunggal

Klik sebuah ikatan Merubah menjadi ikatan tunggal Single bond tool

Mengulang klik Pergantian antar ikatan tunggal, rangkap dua dan tiga

Klik Membuat ikatan rangkap dua

Tekan-tarik Menggambar sebuah ikatan rangkap dua Klik sebuah ikatan Merubah menjadi ikatan rangkap dua Doble bond tool

Mengulang klik Merubah posisi sisi ikatan rangkap

Klik Membuat ikatan rangkap tiga

Tekan-tarik Menggambar sebuah ikatan rangkap tiga Triple bond tool _{Klik sebuah ikatan} _{Merubah menjadi ikatan rangkap tiga} 6. Kelompok tombol untuk baji ikatan (ikatan tiga dimensi)

Tombol dan

Klik Membuat sebuah ikatan baji ke atas bidang Tekan-tarik Menggambar ikatan baji ke atas bidang Klik sebuah ikatan Merubah menjadi baji ke atas bidang Up wedge tool

Mengulang klik Membalik arah ikatan

Klik Membuat sebuah ikatan baji ke bawah bidang Tekan-tarik Menggambar ikatan baji ke bawah bidang Klik sebuah ikatan Merubah menjadi baji ke bawah bidang Down wedge tool

Mengulang klik Membalik arah ikatan

(7)

Tekan-tarik Menggambar ikatan baji ke bawah Klik sebuah ikatan Merubah menjadi baji ke bawah Mengulang klik Membalik arah ikatan

Klik Membuat sebuah ikatan baji ke atas Tekan-tarik Menggambar ikatan baji ke atas Up Bond tool

Klik sebuah ikatan Merubah menjadi baji ke atas

Klik Membuat sebuah ikatan baji ke bawah Tekan-tarik Menggambar ikatan baji ke bawah Down Bond tool

Klik sebuah ikatan Merubah menjadi baji ke bawah 7. Kelompok tombol untuk ikatan rantai

Tombol dan

Chain tool

Tekan-tarik Dengan Ctrl Dengan Shift

Menggambar sebuah rantai

Menggambar rantai berbagai sudut Merubah panjang ikatan

Multi-bond tool

Tekan-tarik Dengan Ctrl Dengan Shift

Menggambar rangkaian rantai mengikuti arah mouse

Menggambar iktan pertama dengan mengatur arah atau sudut ikatan

Menset panjang ikatan pertama dari rantai 8. Tombol plus

Tombol dan

Plus tool

Klik Memasukkan tanda plus dalam reaksi

9. Kelompok tombol panah reaksi

Tombol dan nama Teknik Operasi Tujuan

Klik Menempatkan sebuah panah

Tekan-tarik Dengan Ctrl

Menggambar panah

Dapat mengatur sudut panah

Arrow Tool

Mengulang klik Mengganti arah kiri, kanan, bolak balik

10. Peta atom Tombol dan

(8)

Klik sebuah atom dan tarik ke sebuah atom lainnya

Peta pasangan atom tool

Klik sebuah ikatan Menandai tipe pusat reaksi Klik sebuah atom Menghapus peta atom Klik sebuah ikatan Menghapus pusat reaksi Delete Atom-atom

map tool Tekan-tarik Menghapus peta atom-atom yang ada _{di dalam frame} 11. Tombol untuk membuat sequen asam amino dalam protein, DNA atau RNA

Tombol dan

Klik dan ketik Memulai sequn

Sequence tool _{Klik sebuah sequen} _{Mengedit sequen teks}

Sequence shape tool

Klik terminal kemudian tarik dari satu ujung ke ujung yang lain sambil membuat bentuk sesuai yang diinginkan. Bentuk akan disesuaikan dengan arah lintas mouse.

12. Tombol untuk membuat garis dan busur

Tombol dan nama Teknik Operasi Tujuan

Straight line tool

Tekan-tarik Dengan Shift

Menggamber garis sesuai arah yang diinginkan Membuat garis dengan arah tertentu. Kenaikan sudut sebesar 15°

Klik dan geser mouse Mendefenisikan segmen Continus line tool

Dobel klik Mengakhiri segmen

Circular arc tool

Klik- tarik Menggambar sebua busur

Elliptical arc tool

Klik tarik Menggambar sebua busur

A NH2 R N D Q G M L K M S T V K H S W C SH Q COOH G E L M N D C SH V A NH2 R N _DQ G M L K M ST V K H S W C SH Q COOH G E L M N D C SH V

(9)

13. Tombol bracket dan text tool Tombol dan

Klik Ikatan Menempatkan bracket tunggal pada sebuah ikatan

Tekan-tarik Menggambar pasangan bracket

Tekan tarik+shift key Menggambar bracker melewati 2 ikatan Klik bracket Edit properties bracket

Bracket tool

Shift +Klik pragman Include atau exclude fragment

Klik dan ketik Memasukkan text

Klik teks Mengedit teks atau data

Klik bracket atom dan ikatan Menumpangkan data pada bracket, atom atau ikatan

Text tool

Klik-tarik disekitar atom dan ikatan

Menumpangkan data kepada objek yang diseleksi

14. Tombol untuk menggambar bentuk-bentuk geometri dasar Tombol dan

Rectangle Tool

Klik dan tarik

Dengan tombol Ctrl

Menggambar persegi panjang Menggambar bujur sangkar Rounded

rectangle tool

Klik dan tarik

Dengan tombol Ctrl

Menggambar persegi panjang sudut lengkung Menggambar bujur sangkar sudut lengkung

Klik dan geser mouse Mendefinisikan panjang sisi

Polygon tool Dobel klik Mengakhiri sisi terakhir dan menutup poligon D Membuat struktur dan rumus kimia dan menggabungkan dengan MS Word

Aktifkan ISIS/Draw dengan mengklik Start, Program, ISIS/Draw Buatlah struktur toluena

Aktifkan pemilih shortcut molekul

Seleksi struktur toluena yang telah dibuat kemuadia Klik Edit dan pilih Copy.

Selanjutnya buka jendela MS Word. Klik menu Edit dan pilih Paste. Pastikan bahwa anda berhasil mengkopy struktur toluena dari ISIS/Draw ke MS Word.