DETEKSI DAN ANALISIS EKSPRESI TRANSGEN (PhGH)
PADA IKAN LELE DUMBO (Clarias gariepinus)
TRANSGENIK F3
FERY JAKSEN SIHOTANG
110302045
PROGRAM STUDI MANAJEMEN SUMBERDAYA PERAIRAN
FAKULTAS PERTANIAN
DETEKSI DAN ANALISIS EKSPRESI TRANSGEN (PhGH)
PADA IKAN LELE DUMBO (Clarias gariepinus)
TRANSGENIK F3
SKRIPSI
FERY JAKSEN SIHOTANG
110302045
PROGRAM STUDI MANAJEMEN SUMBERDAYA PERAIRAN
FAKULTAS PERTANIAN
DETEKSI DAN ANALISIS EKSPRESI TRANSGEN (PhGH)
PADA IKAN LELE DUMBO (Clarias gariepinus)
TRANSGENIK F3
SKRIPSI
Oleh:
FERY JAKSEN SIHOTANG 110302045
Skripsi Sebagai Satu Diantara Beberapa Syarat untuk Memperoleh Gelar Sarjana Perikanan di Program Studi Manajemen Sumberdaya Perairan,
Fakultas Pertanian Universitas Sumatera Utara, Medan
PROGRAM STUDI MANAJEMEN SUMBERDAYA PERAIRAN FAKULTAS PERTANIAN
LEMBAR PENGESAHAN
Judul Penelitian : Deteksi dan Analisis Ekspresi Transgen (PhGH) Pada Ikan Lele Dumbo (Clarias gariepinus) Transgenik F3
Nama : Fery Jaksen Sihotang
NIM : 110302045
Program Studi : Manajemen Sumberdaya Perairan
Disetujui Oleh Komisi Pembimbing
Dr. Budi Utomo, SP., MP Ketua
Indra Lesmana, S.Pi., M.Si Huria Marnis, S.Pi., M.Si
Anggota Anggota
Mengetahui
Dr. Ir. Yunasfi, M.Si
i
ABSTRAK
FERY JAKSEN SIHOTANG. Deteksi dan Analisis Ekspresi Transgen (PhGH) Pada Ikan Lele Dumbo (Clarias gariepinus) Transgenik F3. Di bawah bimbingan BUDI UTOMO, INDRA LESMANA dan HURIA MARNIS.
Ikan transgenik merupakan suatu spesies ikan yang mengalami perubahan struktur genetik yang diintroduksikan dari organisme lain sehingga mengubah fungsi genetiknya sesuai dengan gen yang diintroduksikan. Salah satu hal yang mendukung berkembangnya pembentukan strain ikan transgenik adalah kemampuan dari individu transgenik tersebut untuk mewariskan transgen pada generasi selanjutnya, sehingga sifat genetik gen target tetap stabil pada keturunan yang dihasilkan. Penelitian ini bertujuan untuk mendeteksi dan mengetahui ekspresi gen hormon pertumbuhan (PhGH) pada ikan lele dumbo (Clarias gariepinus) transgenik F3 yang dihasilkan dari generasi F2. Deteksi transgen dilakukan pada embrio dan larva ikan lele transgenik F3 menggunakan metode PCR dengan primer ACT 107 dan PhGH2. Ekspresi transgen dianalisis dengan menggunakan metode reverse transcriptase polymerase chain reaction (RT-PCR) dengan primer β-actin dan ACT 107 serta PhGH2. Hasil penelitian menunjukkan bahwa transgen terdeteksi pada beberapa embrio dan larva dengan ukuran fragmen 1500 bp. Amplifikasi primer β-actin dibandingkan dengan primer ACT 107 dan PhGH2 menunjukkan bahwa transgen dapat terekspresi pada beberapa embrio dan larva dengan ukuran fragmen 1500 bp.
ii
ABSTRACT
FERY JAKSEN SIHOTANG. Detection and Analysis Expression of transgene (PhGH) In Dumbo Catfish (Clarias gariepinus) Transgenic F3. Under supervision by BUDI UTOMO, INDRA LESMANA and HURIA MARNIS.
iii
RIWAYAT HIDUP
Penulis dilahirkan di Sidikalang pada tanggal 28 Mei 1993. Penulis adalah anak ke dua dari empat bersaudara dari Bapak Jondirman Sihotang dan Ibu Ristauli Sitanggang. Pendidikan formal yang ditempuh oleh penulis adalah Sekolah Dasar (SD) Negeri Panjibutar Sidikalang pada tahun 1999-2005, Sekolah Menengah Pertama (SMP) Negeri 3 Sidikalang pada tahun 2005- 2008 dan Sekolah Menengah Atas (SMA) Negeri 2 Sidikalang pada tahun 2008-2011. Penulis kemudian melanjutkan studi ke perguruan tinggi negeri yaitu Universitas Sumatera Utara pada program studi Manajemen Sumberdaya Perairan Fakultas Pertanian pada tahun 2011 melalui seleksi ujian tertulis SNMPTN.
iv
KATA PENGANTAR
Puji dan syukur penulis panjatkan kepada Tuhan Yang Maha Kuasa, atas berkat dan kasih-Nya, penulis dapat menyelesaikan penulisan skripsi yang berjudul “Deteksi dan Analisis Ekspresi Transgen (PhGH) Pada Ikan Lele Dumbo (Clarias gariepinus) Transgenik F3”. Skripsi ini diajukan sebagai salah satu
syarat untuk mendapatkan gelar sarjana perikanan (S.Pi) pada Program Studi Manajemen Sumberdaya Perairan, Fakultas Pertanian,Universitas Sumatera Utara. Pada kesempatan ini penulis mengucapkan terimakasih dengan tulus kepada orangtua penulis yaitu bapak Jondirman Sihotang dan ibu tersayang Ristauli Sitanggang. Ucapan terimakasih juga kepada bapak Dr. Budi Utomo, S.P, M.P selaku ketua komisi pembimbing skripsi dan bapak Indra Lesmana, S.Pi, M.Si serta ibu Huria Marnis, S.Pi, M.Si selaku anggota komisi pembimbing.
Penulis juga mengucapkan terimakasih kepada bapak Dr. Yunasfi, M.Si selaku ketua jurusan dan seluruh dosen serta staf tata usaha prodi Manajemen Sumberdaya Perairan. Ucapan terimakasih juga kepada Dr. Imron, S.Pi, M.Si selaku Kepala BPPI Sukamandi serta seluruh staf dan jajarannya.
Terimakasih kepada abang Jepri Sihotang, adik Widya Yanti Sihotang dan Robeth Jeki Sihotang. Terimakasih kepada tim penelitian yaitu Sultan, Putri serta uni shelny. Terkhusus kepada kekasih saya Mars Sella Sinurat dan teman terbaik penulis yaitu Dwy Banjarnahor, Lihardo Sinaga, Josephin Panjaitan dan Brawijaya Hutabarat,dll. Semoga skripsi ini dapat bermanfaat bagi pengembangan ilmu pengetahuan terkhusus dalam bidang manajemen sumberdaya perairan.
vi
Analisis Data ... 34
HASIL DAN PEMBAHASAN Hasil ... 35
Deteksi Transgen (PhGH) Pada Embrio dan Larva ... 35
Analisis ekspresi Transgen (PhGH) ... 37
Pembahasan ... 39
Deteksi Transgen (PhGH) Pada Embrio dan Larva ... 39
Analisis ekspresi Transgen (PhGH) ... 41
KESIMPULAN DAN SARAN Kesimpulan ... 44
Saran ... 44 DAFTAR PUSTAKA
vii
DAFTAR GAMBAR
No. Teks Halaman
1. Kerangka Pemikiran Penelitian ... 4 2. Peta Konstruksi Gen pCcBA-PhGH (6,6 kb) ... 30 3. Genom DNA Embrio dan Larva ... 34 4. Hasil Deteksi Transgen (PhGH) pada Embrio dan Larva Ikan Lele
Transgenik F3 Menggunakan Metode PCR ... 36 5. Genom RNA Embrio dan Larva Ikan Lele Transgenik F3 ... 37 6. Ekspresi Transgen pada Embrio dan Larva Ikan Lele Dumbo Trans-
viii
DAFTAR TABEL
No. Teks Halaman 1. Cek Konsentrasi DNA pada Beberapa Genom Embrio Ikan Lele
ix
DAFTAR LAMPIRAN
No. Teks Halaman
1. Alat dan Bahan Penelitian ... 52
2. Dokumentasi Kegiatan Penelitian ... 55
3. Perhitungan volume reagent dan amplifikasi PCR ... 57
4. Data konsentrasi genom DNA embrio dan larva Transgenik F3 ... 58