No. Kode Sampel Metode Ekstraksi DNA
1 EucA1 Daun Eucalyptus (terinfeksi Mycosphaerella sp.)
Daun ditekan kuat-kuat pada kartu FTA
2 EucA2 Daun Eucalyptus (terinfeksi Mycosphaerella sp.)
Daun digerus dicampur dengan buffer ekstraksi
3 EucA3 Daun Eucalyptus (terinfeksi
Mycosphaerella sp.) Ekstraksi DNA metode glassmilk 4 EucB1 Daun Eucalyptus (terinfeksi A. eucalypti ) Daun ditekan kuat-kuat pada kartu
FTA
5 EucB2 Daun Eucalyptus (terinfeksi A. eucalypti ) Daun digerus dicampur dengan buffer ekstraksi
6 EucB3 Daun Eucalyptus (terinfeksi A. eucalypti ) Ekstraksi DNA metode glassmilk 7 Sb1 Jamur karat (U. betae)pada B. vulgaris Daun ditekan kuat-kuat pada kartu
FTA
8 Sb2 Jamur karat (U. betae)pada B. vulgaris Ekstraksi DNA metode glassmilk 9 Gr1 Jamur karat daun rumput (A.elatius var.
bulbosum)
Daun ditekan kuat-kuat pada kartu FTA
10 Gr2 Jamur karat daun rumput (A.elatius var.
bulbosum) Ekstraksi DNA metode glassmilk
11 Pn1 Daun Pinus Daun kering digerus dalam buffer
ekstraksi diteteskan pada kartu FTA
12 Pn2 Daun Pinus Ekstraksi DNAmetode glassmilk
13 Ro1 Akar E. nitens Akardigerus dalam buffer ekstraksi diteteskan pada kartu FTA
14 Ro2 AkarE. nitens Ekstraksi DNA metode glassmilk
15 Kk1 Miselium dari bag. bawah kulit kayu
pohon Miselia ditekan kuat-kuat di kartu FTA
16 Kk2 Miselium dari bag. bawah kulit kayu
pohon Ekstraksi DNA metode glassmilk
Tabel 1. Daftar Sampel dan Metode Ekstraksi/Sampling yang digunakan
A B
C
Gambar 1. A. Daun Eucalyptus globulus dengan bintik-bintik karakteristik Mycosphaerella sp. B. Daun Eucalyptus obliqua yang terinfeksi Aulographina eucalypti
A B
Kode Sampel material Jumlah
Sampel Kartu FTA
Kartu FTA + Buffer Ekstraksi
Glassmilk
F G F G F G
EucA Daun Eucalyptus (terinfeksi
Mycosphaerella sp.) 3 3/3 2/2 2/3 2/2 3/3 2/2
EucB Daun Aulographina eucalypti Eucalyptus (terinfeksi ) 3 3/3 2/2 2/3 1/2 2/3 1/2
Sb Jamur karat (U. betae)pada B.
vulgaris 2 2/2 2/2 TD
1 TD 2/2 2/2
Gr
Jamur karat (undet.) daun rumput (A.elatius var. bulbosum)
2 2/2 2/2 TD TD 2/2 2/2
Pn Daun Pinus 2 TD TD 1/2 1/2 1/2 1/2
Ro Akar E. nitens 2 TD TD 1/2 1/2 1/2 2/2
Kk Miselium dari bag. bawah kulit
kayu 2 2/2 2/2 TD TD 2/2 2/2
Tabel 2. Proporsi hasil PCR positif menggunakan primer spesifik jamur (F) dan primer general (G).
1
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19
Gambar 3. Amplifikasi PCR dari salah satu ulangan menggunakan primer ITS1F/4. Kiri ke kanan: 1. DNA size marker; 2. Euc A1; 3. Euc A2; 4. Euc A3; 5. Euc B1; 6. Euc B2; 7. Euc B3; 8. Sb1; 9. Sb2; 10. Gr1; 11. Gr2; 12. Pn1; 13. Pn2; 14. Ro1; 15. Ro2; 16. Kk1; 17. Kk2, 18. Positif kontrol;
19. Negatif kontrol.
Tabel 3. Keseluruhan hasil amplifikasi sampel menggunakan primer ITS1F/4 dan ITS3/4
Sampel
EucA1 Daun Eucalyptus (terinfeksi Mycosphaerella sp.)
Daun ditekan kuat-kuat pada
kartu FTA P P P P P
EucA2 Daun Eucalyptus (terinfeksi Mycosphaerella sp.)
Daun digerus dicampur dengan
buffer ekstraksi N P P P P
EucA3 Daun Eucalyptus (terinfeksi Mycosphaerella sp.)
Ekstraksi DNA metode
glassmilk P P P P P
EucB1 Daun Eucalyptus (terinfeksi Aulographina eucalypti )
Daun ditekan kuat-kuat pada
kartu FTA P P P P P
EucB2 Daun Eucalyptus (terinfeksi Aulographina eucalypti )
Daun digerus dicampur dengan
buffer ekstraksi P P N P N
EucB3 Daun Eucalyptus (terinfeksi Aulographina eucalypti )
Gr1 Jamur karatdaun rumput (A.elatius var. bulbosum)
Daun ditekan kuat-kuat pada
kartu FTA P P P P P
Gr2 Jamur karat daun rumput (A.elatius var. bulbosum)
Pn2 Daun Pinus Ekstraksi DNA metode
glassmilk N N P N P
Ro2 Akar E. nitens Ekstraksi DNA metode
glassmilk N P N P P
Kk1 Miselium dari bag. bawah kulit Miselia ditekan kuat-kuat di
kartu FTA P P N P P
Kk2 Miselium dari bag. bawah kulit kayu
Ekstraksi DNA metode
glassmilk P P P P P
1
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Gambar 5. Amplifikasi dari nested PCR menggunakan primer McrypF/McrypR pada sampel daun Eucalyptus di kartu FTA. Kiri ke kanan: 1. DNA marker;
2. Euc A1.1; 3. Euc A1.2; 4. Euc A1.3; 5. Euc A2.1; 6. Euc A2.2; 7. Euc A2.3; 8. Euc A3.1; 9. Euc A3.2; 10. Euc A3.3; 11. Euc B1.1; 12. Euc B1.2;
13. Euc B1.3; 14. Euc B2.1; 15. Euc B2.2; 16. Euc B2.3; 17. Euc B3.1; 18. Euc B3.2; 19. Euc B3.3; 20.
Positif kontrol (DNA dari isolat murni M. cryptica).
Gambar 4. Amplifikasi PCR dari salah satu ulangan menggunakan primer ITS3/4. Kiri ke kanan: 1. DNA size marker; 2. Euc A1; 3. Euc A2; 4. Euc A3; 5. Euc B1; 6. Euc B2; 7. Euc B3; 8. Sb1; 9. Sb2; 10. Gr1; 11. Gr2; 12. Pn1; 13. Pn2; 14. Ro1; 15. Ro2; 16. Kk1; 17. Kk2, 18. Positif kontrol; 19. Negatif kontrol.
1
2 3
4 5 6 7
Kode Deskripsi Metode ekstraksi DNA
Hasil PCR*
McrypF/ McrypR
MnubF/ MnubR
Euc A1.1 Daun EucalyptusA Daun ditekan kuat-kuat pada kartu FTA N N
Euc A1.2 Daun EucalyptusA Daun digerus dicampur dengan buffer ekstraksi N N
Euc A1.3 Daun EucalyptusA Ekstraksi DNA metode glassmilk N N
Euc A2.1 Daun EucalyptusA Daun ditekan kuat-kuat pada kartuFTA N N
Euc A2.2 Daun EucalyptusA Daun digerus dicampur dengan buffer ekstraksi N N
Euc A2.3 Daun EucalyptusA Ekstraksi DNA metode glassmilk N N
Euc A3.1 Daun EucalyptusA Daun ditekan kuat-kuat pada kartu FTA P N
Euc A3.2 Daun EucalyptusA Daun digerus dicampur dengan buffer ekstraksi N N
Euc A3.3 Daun EucalyptusA Ekstraksi DNA metode glassmilk N N
Euc B1.1 Daun EucalyptusB Daun ditekan kuat-kuat pada kartu FTA P N
Euc B1.2 Daun EucalyptusB Daun digerus dicampur dengan buffer ekstraksi N N
Euc B1.3 Daun EucalyptusB Ekstraksi DNA metode glassmilk N N
Euc B2.1 Daun EucalyptusB Daun ditekan kuat-kuat pada kartu FTA P N
Euc B2.2 Daun EucalyptusB Daun digerus dicampur dengan buffer ekstraksi P N
Euc B2.3 Daun EucalyptusB Ekstraksi DNA metode glassmilk N N
Euc B3.1 Daun EucalyptusB Daun ditekan kuat-kuat pada kartu FTA P
N
Euc B3.2 Daun EucalyptusB Daun digerus dicampur dengan buffer ekstraksi P N
Euc B3.3 Daun EucalyptusB Ekstraksi DNA metode glassmilk N N
T2 Mycosphaerella
cryptica DNA tersedia P NT
T5 Mycosphaerella
nubilosa DNA tersedia NT P
Tabel 4. Daftar sampel daun Eucalyptus untuk nested PCR
