Pemeriksaan PCR dalam Diagnosis Pneumonia

(1)

Pemeriksaan

8 PCR dalam Diagnosis Pneumonia

Anna Rozaliyani,*,_{** Budhi Antariksa,* Dianiati K.S.,* Retno Wahyuningsih**} 5 ;[];^

5 ];^

Real-Time PCR Assay in the Diagnosis of Pneumonia ABSTRACT Pneumocystis<=>~#~\ 5 ~ = & \ &\ \ Y&~&\P. jiroveci $Y \ &\ Y ~ & \ \ <=[> $ ~ = ~ \ & & ~ $ 5Y ~ =[ $Y

Key words : P*#+ %%real-time PCR

Pendahuluan

Pneumocystis (Pneumocystis pneumonia, =>

oleh Pneumocystis jiroveci yang sebelumnya

dikenal sebagai Pneumocystis carinii. \

itu merupakan penyebab utama kesakitan dan kematian pada pasien dengan gangguan sistem imun diantaranya pasien terinfeksi HIV, penyakit keganasan, penerima transplantasi organ atau

1-3₅

'}|W = 9WWWW

=5X ₍_{cluster of}

differentiation) leukosit kurang dari 200 sel/mm31,2,4

* &$ |W{ ~

=5 _&_highly

active antiretroviral therapy (HAART) menurunkan =?X{\\ tersebut masih menjadi infeksi oportunistik penting pada pasien AIDS serta pasien dengan gangguan '9`#|_{Beberapa penelitian terkini}

melaporkan kolonisasi asimtomatik P. jiroveci pada

pasien penyakit paru kronik, bahkan pada orang

$. \9-11

Sampai saat ini Pneumocystis belum dapat

dibiak dalam medium in vitro, sehingga diagnosis

= & mikrooorganisme tersebut dalam sediaan histopatologi dengan pewarnaan konvensional

&

membutuhkan spesimen klinis khusus, keterampilan

&$ 12,13

& &

metode reaksi rantai polimerase (polymerase

chain reaction, =[> P. jiroveci dalam berbagai spesimen klinis yang lebih mudah diperoleh misalnya dari induksi sputum & Y\ tinggi meskipun memiliki beberapa kekurangan,

diantaranya tidak dapat membedakan P. jiroveci

sebagai koloni komensal atau patogen di saluran 13-15_{& =[ $ \ <} real-time =[> kuantitatif untuk membedakan hal tersebut dalam

$ &15,16

Masalah diagnostik PCP

= <'}W}>

(2)

5 '}|| &

bahwa Pneumocystis merupakan golongan jamur

\ && & 5'}}} \

P. carinii menjadi P. carinii f. sp. hominis (P. jiroveci)

yang hanya ditemukan pada manusia dan P. carinii

f. sp. carinii (P. carinii) yang ditemukan pada hewan

3,4

= & \&\ & &

terhadap P. jiroveci pada awal usia kanak-kanak

yang mengindikasikan pajanan berulang terhadap

\ P. jiroveci menetap & \&& ~ & & & \=& Y~ #dikutip dari 11 ; \& P. jiroveci & $&= pasien transplantasi organ solid dan onkologi, \ 5 P. jiroveci pada saluran pernapasan atas petugas kesehatan yang berkontak =

$ =11,17-19

Berbagai situasi tersebut menunjukkan kemungkinan kolonisasi P. jiroveci atau kondisi carrier (pasien ~ \ > = carrier dianggap berperan

penting sebagai sumber infeksi.

menunjukkan bahwa anak-anak atau masyarakat umum yang sehat dapat berperan sebagai sumber

~&5P. jiroveci pada

#&11,20

5= gejala klinis, pemeriksaan laboratorium rutin dan =& demam, batuk kering (non-produktif), sesak napas, & & prodromal mungkin dapat timbul dalam jangka waktu && & &

'|

Hasil pemeriksaan laboratorium rutin juga tidak serum laktat dehidrogenase (LDH) dapat meningkat &&Q & = gas darah dapat memperlihatkan hasil hipoksemia, hipokarbia, dan peningkatan alveolar-arterial oxygen gradient (AaDO₂> pada 20% pasien dengan gejala sangat ringan, tetapi hal itu tidak boleh menyebabkan kelalaian untuk Y =

=5X _{kurang dari}

200 sel/mm3'|9'

Diagnosis pasti ditegakkan dengan menemukan

kista atau trofozoit Pneumocystis dalam sediaan

klinis pasien misalnya bilasan bronkus, biopsi dan $ Y \

paling sering digunakan adalah gomori methenamine

silver (GMS) untuk mendeteksi dinding kista, serta stadium Pneumocystis1,12,21,22_{Sensitivitas pewarnaan}

tersebut dalam mendeteksi Pneumocystis dari

& & xW#}9{ & dikombinasikan dengan pemeriksaan sediaan && Y\

'WW{12_{Induksi sputum merupakan prosedur}

pemeriksaan yang lebih sederhana serta non-invasif dibandingkan bilasan bronkus atau biopsi transbronkial, tetapi sensitivitasnya menggunakan $ Y \ ?` # x|{ & $ dilaporkan meningkatkan sensitivitas pemeriksaan

}x{5,12,17

=[

meningkatkan sensitivitas deteksi Pneumocystis

|q 'WW{ & =[

berhasil mendeteksi P. jiroveci pada individu yang

$\ ~ & tersebut memperlihatkan gejala klinis, sebagian lagi tidak, sehingga memungkinkan dugaan

(3)

penggunaan real-time =[ menggunakan etidium & <*> Q =[ Y \ &$ \ Y \&&* &Q 5 Y Y konvensional dalam hal penentuan pelipatgandaan

5 ~ real-time =[

5 Q

reaksi berjalan dalam waktu sesungguhnya (

real-time>& real-time

=[ & =[ Y \ prosedur pemeriksaan lebih mudah dan singkat sehingga dapat menghemat biaya peralatan dan bahan laboratorium yang diperlukan, kemungkinan kontaminasi selama proses analisis di dalam gel yang sangat tinggi karena langsung diproyeksikan ~

& 9X9x9|

& ' real time =[ 5 ~ $ 5<9X>

Peran pemeriksaan PCR untuk mendiagnosis PCP

=[ =

% dikutip dari 13

Metode dalam reaksi itu dikembangkan berdasarkan 13,14 _{P. jiroveci}

~ real-time =[ memungkinkan dibedakannya kolonisasi komensal

15,16 ^ real-time =[ =[ Y PCR konvensional =[ biologi molekuler terpenting yang membuka wawasan & && & \ 5 & 5

&23_{Banyaknya siklus yang dilakukan}

=[\ &5& dengan perbedaan ukuran basa yang terlihat dalam & =[ memakan waktu dan tidak bersifat kuantitatif24,25

=[ dalam prosedur diagnostik berbagai penyakit termasuk penyakit infeksi, misalnya untuk kepekaan kuman terhadap antibiotika, petanda

Y # 26,27

&\

\ Y

reproducibility yang baik, kemampuan mendeteksi mikroorganisme penyebab infeksi yang tidak dapat dideteksi oleh pemeriksaan konvensional & $ ;=[\

kemungkinan memberikan hasil positif semu (false

positive) atau negatif semu (false negative), pada beberapa penyakit infeksi sulit dibedakan antara infeksi laten dengan aktif atau organisme komensal dengan patogen, prosedur pemeriksaan sangat

& 23,25,26

Pemeriksaan 8 PCR

(4)

Memungkinkan pemeriksaan terhadap sediaan klinis yang tidak invasif

Memungkinkan dugaan kolonisasi dan perlunya memberikan terapi profilaksis

sikuens gen P. carinii pada tikus yang ternyata dapat

P. jiroveci. Metode tersebut meliputi gen target yang

menyandi mitochondrial large subunit ribosomal

[ < ^ [>internal transcribed spacer

<##=[> '| [ ` [ thymidylate

synthase (TS), dihydrofolate reductase <5][> serta dihydropteroate synthetase <5>29

= 14_{dalam penelitiannya}

& =[ direct

<5]>'9W

induksi sputum dan 112 spesimen bilasan bronkus yang diperoleh dari pasien imunokompromis < \ ~ > Y & & =[ 'WW{ \ }|{ =[ Y}X{}W{ 5]Y\\|9{ ; =[ & Y sangat tinggi memungkinkannya digunakan sebagai pemeriksaan penyaring dalam upaya mendeteksi = \ & Y & bahwa hasil tersebut mungkin memberikan hasil ~ 5]& ' =[ = & 5] &&Y 5,36 & ' ; =[ & 5] Y = Dikutip dari (5,25) 15 _{mengembangkan teknik} real-time =[ = &&

spesimen klinis, termasuk yang berasal dari #Y~ & = mengandung mikroorganisme berjumlah lebih banyak dibandingkan pasien infeksi subklinis 5P. jiroveci yang diekstraksi lebih banyak pada \ & = Teknik ini memberikan hasil dalam waktu singkat yaitu kurang dari tiga jam, memiliki sensitivitas dan \& keadaan kolonisasi atau infeksi subklinis dengan ;&&& & penghitungan dan penerapan nilai cut-off15,16

Peran 8PCR untuk diagnosis PCP

] 16_{membandingkan pemeriksaan}

real-time =[ =[ Y $ = Y real-time =[ 'WW{|X}{=[Y 'WW{ |x{ $ qW{ 'WW{ ~ & & = & &$ positif semu menggunakan teknik pemeriksaan =[ Y & 9#9'{ pasien-pasien tanpa gejala yang diduga berada dalam kondisi carrier. Hasil negatif semu lebih sering ditemukan pada pemeriksaan menggunakan teknik $ Y \ = \ dilaporkan memperlihatkan perburukan klinis dalam $ ?`X{15,16

^ ~

~ && &

menentukan nilai cut off yang dapat membedakan

kondisi carrier \=&

103_-104_{5 ]}'|_menyatakan

(5)

5 'W3_menunjukkan

kondisi pasien dengan status carrier kronik dan

perlu dilakukan pemantauan untuk memastikan apakah pasien tersebut berada dalam tahap

$ = ~ real-time =[

& & epidemiologi diantaranya dalam hal peningkatan \ pengukuran beberapa asam nukleat target sekaligus dalam satu reaksi, membedakan genotipe multipel

Pneumocystis, metode alternatif dalam hal deteksi mikroorganisme, serta memungkinkan uji saring & $ & && & diantaranya standarisasi protokol pemeriksaan yang memerlukan tingkat keterampilan teknis tinggi, dukungan fasilitas memadai, serta biaya penyediaan \'`'q9q#9|

KESIMPULAN

Pneumocystis masih menjadi penyebab kesakitan dan kematian penting pada 5

pasti dilakukan dengan menemukan P. jiroveci dalam

sediaan klinis pasien dengan teknik histopatologi yang membutuhkan spesimen klinis sangat khusus, keterampilan laboratorium tinggi, serta waktu

&real-time =[

~ untuk membedakan keadaan komensal atau infeksi subklinis dengan patogen dalam waktu singkat tetapi memerlukan tingkat keterampilan teknis tinggi, dukungan fasilitas memadai, serta biaya penyediaan \

DAFTAR PUSTAKA

' =] \

* @!9WWX?`W+9X|x#}|

9 Morris A, Lundgren JD, Masur H, Walzer

5 5 ] =

epidemiology of Pneumocystis

*~59WWX'W<'W>+'x'?9W

? @[ = ! [] %

* $ <Pneumocystis jiroveci) for

Pneumocystis ~ * ~ 5 9WW9|}'#q

X ! [ Pneumocystis jiroveci

~9WWX`}+x?'#?

` 5$~

diagnosing Pneumocystis carinii pneumonia in

+$$*[ @9WW?9'+9WX#| q [ ! ] @ Y ~ ~ Pneumocystis \ Y#Y = !& [Y9WWX'x+xxW#|9 x ; @*, Hanson D, Dworkin MS, ] T, Bertolli J, Lindegren ML * \ ~ \ Y# ~ ^ ~ \ Y Y \ = ~59WWW?W+`#'X | Y$~Pneumocystis @9WWq'}+`#} } ! %5@ \\

~Pneumocystis jiroveci & &\+Y\ 9WW?`|+`}X#x

'W!&]=&Y

~ &Y \

severity and Pneumocystis @

[==!9WWX'xW+XW|'? '' ! ]@ !#= ! = ! # = [ Pneumocystis jiroveci *~59WW`''+9X`#} '9&Y * ! @ Gallo L, Krasinski K, =~=[ \ ~ of Pneumocystis carinii from respiratory ~$~ ~ &\ \ Y @

(6)

\ ~ &\Pneumocystis carinii in a ~ = ~5 9WW'?9+|``#q' 9'5 =] ! \ + 5 %* & @5 = \ \ $ "~ ^Y\ + 9WW?XWx#'} 99 % @ % ! $ [ 5 ~ Pneumocystis jiroveci [\ &\ ] ! @ = !& 9WWXx+????` 9?$ ! \ Y\ *9WWX9|+XX#`W

9XKubista M, Andrade JM, Bengtsson M,

] @£ @ ; et al The \ Mol Asp Med

9WWq27:}`#'9` 9` ! * ~ 5 \ ~ ~ = ! @ 9WWW'q?+?W'#} 9q! & \+ ~ @= . 9WWW`?x'#x` 9x!\![ #=[& \ &\ = !& ~ 9WWX'W+'}W# 9'9 9| ! [ @@ $ ~ # =[Y\ *9WW`9}+'`'#} 9}=[Y!;Y @ ^ [ \ \ ~Pneumocystis * ~ 5 9WWX'W+'x9}# ?` ?W= ! $ @! ; [~~ ; ] !@ ~ ~ =[ \ ~ ~ Pneumocystis carinii ~ \ @ = !& '}}|?q+}x}#|9 ADS = !& '}}`??+?WWX#x

'?Sing A, Trebesius K, Roggenkamp A,

[¤\&;~~~] *Y ~ Y ~ =[ ~ Pneumocystis carinii in different immunosupressed and @ = !& 9WWW?|+'Xq'#x

'X] , Gill VJ, ;Y @, ! , Keary

J, ~ $

diagnose Pneumocystis carinii +

& Y \ \ = [#& \ @ ~59WW''|X+'X|`#| '`!;Y@ @ ; 5Y Y ~ Y #$ # =[

assay for diagnosing Pneumocystis carinii

@= !& 9WW9XW+X}W#X 'q] Bellete5][&= =@ =&$ # =[ Y =[ ~~ ~ Pneumocystis jiroveci ~& Y Y @!!& 9WWX`?+qW?#x 'xVargas SL, = ] ^ !¥ ! ~ Pneumocystis carinii 5 ~ $ P. carinii $ @ = !& 9WWW?|+'`?q#| '|! [] & * % *

Pneumocystis carinii f. sp. hominis 5 $ $$P. carinii @= !& 9WW'?}+?|xx#|9

'}Olsson M, = ¦

[ * ~

Pneumocystis carinii f. sp. hominis gene Y @= !& '}}|?q+'x?x#XW

9WVargas SL, % \ !* ^