1
Indonesia merupakan salah satu negara yang memiliki kekayaan hasil
perikanan yang beranekaragam, sehingga mendatangkan devisa negara yang
cukup besar terutama dari hasil ekspornya ke beberapa negara-negara Uni Eropa,
Jepang, Thailand, dan negara-negara lainnya. Melimpahnya hasil perikanan ini
dapat dimanfaatkan pula dalam rangka pemenuhan gizi bagi masyarakat Indonesia
sendiri dengan mengkonsumsi hasil perikanannya atau dapat dijadikan berbagai
produk diversifikasi pangan yang bernilai ekonomis tinggi.
Ikan-ikan air tawar memiliki nilai gizi serta nilai ekonomis yang tinggi,
selain karena rasanya banyak disukai oleh penduduk Indonesia dan juga penduduk
di negara-negara lain sehingga banyak dilakukan kegiatan ekspor untuk
memenuhi permintaan pasarnya. Ikan air tawar memiliki nilai gizi yang tinggi
seperti halnya ikan laut, mudah dalam pemeliharaannya dan harganya relatif
murah, selain itu permintaannya yang tinggi di pasar domestik maupun pasar
internasional, menyebabkan keberlanjutan usaha budidayanya dapat berlangsung
dalam jangka panjang.
Salah satu komoditi perikanan darat yang memiliki nilai gizi yang tinggi
serta nilai ekonomis yang tinggi pula adalah ikan patin. Hal ini dibuktikan dengan
meningkatnya permintaan akan kebutuhan pemenuhan ikan ini ke sejumlah
negara. Sebenarnya ada 13 jenis ikan patin, namun yang berhasil dibudidayakan
di Indonesia pada saat ini diantaranya adalah patin siam (Pangasius
hypophthalmus) dan patin jambal (Pangasius djambal Bleeker). Ikan patin dikenal
sebagai komoditi yang berprospek cerah, rasa dagingnya yang lezat dan gurih
mengakibatkan harga jualnya tinggi (Susanto dan Amri 2005). Negara Amerika
Serikat menempatkan ikan catfish ini sebagai pilihan bagi mereka yang
menginginkan hidup sehat (Hernowo 2005). Selain sebagai ikan konsumsi,
beberapa jenis patin pun dapat dijadikan sebagai ikan hias, diantaranya yang
dan Mekong Giant Catfish (Pangasionodon gigas) yang keduanya dapat diperoleh
dari beberapa importir yang mendatangkan langsung ikan-ikan tersebut dari
negeri asalnya.
Seiring berkembangnya teknologi, rekayasa terhadap berbagai kegiatan
perikanan banyak dilakukan, diantaranya adalah rekayasa hibridisasi yang
merupakan salah satu rekayasa dalam proses persilangan dengan kesamaan famili,
genus, maupun spesies. Hibridisasi terhadap ikan patin pun telah dilakukan
dengan mengawinsilangkan antara ikan patin jambal dan patin siam sehingga
menghasilkan spesies baru yaitu patin pasupati (Pangasius sp.). Hingga kini, bibit
untuk indukan patin pasupati ini bisa diproduksi di Loka Riset Pemuliaan dan
Teknologi Budidaya Perikanan Air Tawar (LRPTBAT) Sukamandi, Subang, Jawa
Barat. Munculnya patin pasupati adalah jawaban atas ketidakmampuan Indonesia
dalam memenuhi kuota ekspor patin berdaging putih. Hasil persilangan ini
mampu mengeliminasi sifat patin jambal yang dagingnya berwarna merah
(Khairuman dan Amri 2013).
Tingginya kegiatan persilangan patin dengan jenis yang sama banyak
terjadi pada kegiatan unit pembenihan rakyat sehingga menyebabkan sifat genetik
yang diturunkan dari indukan pendahulunya mengalami degradasi. Hal ini banyak
menimbulkan gen yang bersifat homozigot resesif muncul lebih banyak, sehingga
sifat dominannya mulai berkurang. Gen yang bersifat homozigot resesif tidak
akan terekspresi fenotipnya, sedangkan gen yang bersifat dominan akan
terekspresi fenotipnya, sehingga variasi gen yang terekspresi ini disebut sebagai
polimorfisme. Polimorfisme didefinisikan sebagai adanya individu-individu
dengan sifat genetik yang berlainan tetapi hidup secara bersamaan dalam populasi,
dimana frekuensi masing-masing selalu tetap dan tidak berubah oleh karena
adanya mutasi genetik (Nursida 2011). Penentuan tingkat polimorfisme dapat
diketahui dengan beberapa metode PCR, salah satu diantaranya adalah RAPD
(Random Amplified Polymorphic DNA), penggunaan metode ini memerlukan
primer RAPD sebagai titik awal untuk mengamplifikasi fragmen DNA polimorfik
secara acak. PCR memanfaatkan enzim DNA polimerase yang secara alami
Namun demikian, primer RAPD hanya dapat menyalin fragmen pendek DNA,
karena ukuran sekuen primer tersebut hanya berkisar 10–20 basa nukleotida (Liu
et al. 1998a). Polimorfisme erat kaitannya dengan kegiatan hibridisasi yang
dilakukan dalam kegiatan akuakultur, sehingga perlu dilakukan penelitian untuk
melihat adanya polimorfisme pada ikan, dalam hal ini pada ikan patin, baik patin
konsumsi maupun patin hias dengan menggunakan metode RAPD-PCR untuk
mengetahui keragaman genetik yang dihasilkan sebagai akibat dari kegiatan
hibridisasi dan perbedaan lokasi pemeliharaan ikan-ikan tersebut.
1.2 Identifikasi Masalah
Berdasarkan uraian yang telah dipaparkan diatas, maka identifikasi
masalah yang dirumuskan yaitu seberapa banyaknya variasi genetik yang dapat
dihasilkan dari penggunaan metode PCR dengan beberapa jenis primer RAPD
untuk melihat tingkat polimorfisme dari ikan patin, baik patin konsumsi maupun
patin hias dari beberapa jenis spesies yang berbeda serta hubungan kekerabatan
diantara jenis-jenis ikan patin tersebut.
1.3 Tujuan Penelitian
Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengetahui keragaman genetik
yang ditimbulkan dari beberapa spesies ikan patin konsumsi dan patin hias dan
memperoleh pohon filogeni yang menggambarkan tingkat kekerabatan antar
spesies ikan patin tersebut.
1.4 Kegunaan Penelitian
Hasil dari penelitian ini diharapkan dapat memberikan informasi kepada
pembudidaya dan peneliti ikan patin sehingga dapat diketahuinya variasi genetik
yang memiliki korelasi dengan potensi sifat unggul ikan tersebut dalam upaya
mencegah kemungkinan terjadinya penurunan kualitas genetik. Selain itu, hasil
dari penelitian ini diharapkan dapat memberikan informasi mengenai sifat-sifat
genetik pada ikan patin dari beberapa spesies dalam perlindungan terhadap
1.5 Kerangka Pemikiran
Budidaya ikan patin konsumsi (patin jambal, patin siam, dan patin
pasupati) dewasa ini berkembang pesat di Indonesia dikarenakan sifat
pertumbuhannya yang cepat. Manajemen genetika induk patin perlu dilakukan
dengan program seleksi untuk memperoleh induk unggul. Penerapan program ini
juga menguntungkan dilakukan dalam program budidaya patin hias diantaranya
patin Genghis Khan (Pangasius sanitwongsei) dan Mekong Giant Catfish
(Pangasionodon gigas) yang saat ini sudah masuk dalam jalur perdagangan
internasional.
Aplikasi program hibridisasi telah diterapkan pada persilangan patin siam
betina dan patin jambal jantan yang menghasilkan patin pasupati (Pangasius sp.).
Patin pasupati merupakan jenis ikan patin baru dan asli dari Indonesia
(Khairuman dan Amri 2013). Patin pasupati merupakan patin hibrid yang
memiliki beberapa keunggulan dari segi warna daging, kecepatan pertumbuhan,
produksi telur, dan bobot badan yang lebih unggul yang merupakan gabungan dari
kedua spesies indukannya. Namun persilangan antar spesies yang banyak
dilakukan ini menimbulkan kerugian diantaranya adalah hilangnya sifat dominan
dan superior pada ikan hasil hibridisasi. Hilangnya sifat dominan pada gen ikan
hibrid ini menyebabkan epistasis alel dominan sehingga yang muncul adalah alel
resesif.
Deteksi alel-alel dominan yang terekspresi dapat dilakukan dengan analisis
tingkat polimorfisme (keragaman genetik). Keanekaragaman genetika diakibatkan
adanya perubahan nukleotida penyusun DNA. Perubahan ini terjadi karena adanya
mutasi, rekombinasi, atau migrasi gen dari satu tempat ke tempat lain sehingga
mempengaruhi fenotipe suatu organisme (Suryanto 2003).
Beberapa teknik yang biasanya digunakan untuk melihat keanekaragaman
hayati pada tingkat molekuler DNA yang didasarkan pada polimorfisme gen
secara langsung diantaranya adalah Random Amplified Polymorphic DNA
(RAPD), Restricted Fragment Length Polymorphism (RFLP), Degradative
Gradien Gel Electrophoresis (DGGE), analisis sekuen, dan Macro-restricted
Metode RAPD adalah salah satu metode yang berdasarkan pada teknik
Polymerase Chain Reaction (PCR). RAPD merupakan salah satu teknik yang
paling luas dipergunakan karena kesederhanaannya. Primer yang digunakan
adalah primer oligonukleotida dimana urutan basanya dibuat secara random (acak)
(Layla 2001). Kemampuan teknik RAPD untuk mengungkapkan variasi
intra-spesifik dapat digunakan dalam skrining untuk perkawinan sedarah dalam spesies
hewan komersial untuk mencegah peningkatan frekuensi alel resesif yang
merugikan dalam populasi (Bardakci 2001). Penggunaan metode RAPD
membutuhkan beberapa primer yang komplementer dengan urutan DNA ikan uji
yang akan diamplifikasi. Khusus untuk ikan patin, primer yang digunakan
mengacu pada penelitian Champasri et.al. (2010) dan Muharam (2012), terutama
primer OPA dari Operon Technology.
Pita-pita polimorfisme yang akan dihasilkan pada lokus-lokus yang
berbeda tersebut menunjukkan adanya keragaman genetik yang bervariasi pula,
ini berarti sifat genetik yang akan timbul atau diturunkan juga akan berbeda-beda.
Informasi polimorfisme ini dapat menjadi acuan para pelaku budidaya untuk
menghasilkan keturunan ikan patin yang unggul dan tetap dapat mempertahankan
tingkat keragaman genetiknya sehingga kualitas keturunannya terjaga untuk
generasi selanjutnya. Informasi ini bermanfaat bagi pembenih dan pembudidaya
patin, jika sewaktu-waktu dibutuhkan untuk keperluan rekayasa genetik dengan
tujuan untuk menciptakan spesies ikan patin dengan sifat-sifat genetik yang baru.
Berdasarkan uraian kerangka pemikiran di atas dapat diuraikan bahwa ikan patin
konsumsi yang sering mengalami perkawinan antar spesies memiliki tingkat
polimorfisme yang lebih rendah daripada ikan patin hias.
1.6 Hipotesis
Berdasarkan kerangka pemikiran di atas, hipotesis yang dirumuskan yaitu
tingkat polimorfisme yang tinggi diperoleh pada patin hias, dibandingkan dengan
patin konsumsi menggunakan beberapa primer RAPD yang berbeda. Hubungan
kekerabatan patin yang memiliki polimorfisme tinggi lebih jauh dibandingkan
