Lampiran 1. : Pengamatan karakteristik tanaman

(1)

(2)

1. Jenis Pengamatan : visual (sifat kualitatif) atau pengukuran (sifat kuantitatif ) Metode pengamatan karakteristik yang dianjurkan dijelaskan pada kolom tiga (3) pada tabel karakter tanaman dengan kode berikut:

MG : Pengukuran dilakukan secara menyeluruh terhadap satu kelompok tanaman atau organ-organ tanaman

Single measurement of a group of plants or parts of plants

MS : Pengukuran dilakukan secara satu per satu terhadap sejumlah individu tanaman atau organ tanaman

Measurement of a number of individual plants or parts of plants VG : Pemeriksaan visual dilakukan secara menyeluruh terhadap satu

kelompok tanaman atau organ-organ tanaman

Visual assessment by a single observation of a group of plants or parts of plants

VS : Pemeriksaan visual dilakukan secara satu per satu terhadap sejumlah individu tanaman atau organ tanaman

Visual assessment by observation of individual plants or parts of plants

2. Pengamatan (untuk individu) dilakukan terhadap sampel pada tiap satuan percobaan

3. Jumlah sampel pengamatan untuk tiap satuan pengamatan 5 sample (diberi ajir)

4. Stadia pengamatan (Lampiran 2.) • Pengamatan varietas campuran :

a. dilakuan tiga kali pengamatan : i. Fase vegetatif

ii. Fase generatif

iii. Fase generatif akhir (fase masak, ± 7 hari sebelum panen

b. Varietas campuran (CVL : campuran varietas lain) yang ditemukan ditandai dalam lay out percobaan dan dibuang c. Bila terdapat individu tanaman yang meragukan (CVL atau

bukan) dapat dilihat perkembangan tanaman selanjutnya, dan individu tanaman tersebut tidak dibuang tetapi ditandai terlebih dahulu.

(3)

Lampiran 2. Angka (kode) untuk stadia pertumbuhan Stadia*

(Kode)

General Description Deskripsi Umum

Keterangan tambahan untuk Gandum, Barley, Rye, Oats dan

Padi 10 Daun pertama menembus

koleoptil

Daun kedua terlihat (kurang dari 1 cm

39 Leher daun bendera daun bendera pertamakali terlihat

Pada padi : kebalikan dari stadia auricle

Stadia sebelum booting Booting

40 Tahap akhir fase bunting, menjelang berbunga

Ukuran calon bunga mulai membesar

Stadia awal bunting. 54 ½ bunga keluar (muncul)

55 malai mulai keluar (½ - ¾ ) 56 ¾ malai keluar

60 Awal mekarnya bunga Awal mekarnya bunga 65 Berbunga 50 %

70 Awal perkembangan pengisian susu

Masak susu

Awal pengerasan biji 80 Pemasakan

90 Masak Padi : spikelet utama masak 91 Kariopsis mengeras : susah untuk

dipisahkan dengan menggunakan kuku.

Padi : 50 % biji pada malai masak

92 Malai sudah mengeras (sulit dibedakan antara kulit biji (testa) dengan kulit buah

Padi : lebih dari 90% biji pada malai masak

(4)

Lampiran 3. Karakter kualitatif tanaman padi No urut (1) Stadia pengamatan (2) Karakter tanaman (3) Varietas Contoh (4) Notasi (5)

1 10 Koleoptil : warna anthocyanin

VS Tidak Berwarna IR64 1 Hijau 3 Ungu BPI 76(NS) 5 2 40 Daun Bagian Bawah : Warna Pelepah

VS Hijau IR64 1 Hijau dengan garis ungu BPI 76 (NS) 2 Ungu muda PSBRC 50 3 Ungu Situ patenggang 4 3 40 Daun : Intensitas Warna Hijau

VG Hijau muda IR64 3 Hijau BPI 76 (NS) 5

Hijau tua Fatmawati 7 4 40 Daun : Warna Anthocyanin

VG Tidak ada IR64 1 Ada Situ patenggang 9

5 40 Daun : Distribusi Warna Anthocyanin

VG Hanya pada bagian ujung daun 1 Pada bagian pinggir BPI 76 (NS) 2

Bercak-bercak 3 Menyeluruh 4 6 40 Pelepah Daun : Warna Anthocyanin

VG Tidak ada IR64 1 Ada Situ patenggang 9

7 40 Pelepah Daun : Intensitas Warna Anthocyanin

VG Sangat lemah 1 Lemah 3 Sedang C4-63-P6 5 Kuat K39-96-1-1-1-2 7 8 40 Daun : Bulu pada permukaan daun

VS Tidak ada atau sangat lemah ₁ Lemah ₃ Sedang Ciherang ₅ Kuat Fatmawati ₇ 9 40 Daun : Telinga Daun (Auricle)

VG Tidak ada 1 Ada IR64 9 10 40 Daun : Warna Anthocyanin pada

telinga daun (Auricle)

VS Tidak ada IR64 1 Ada Way Rarem 9

(5)

No urut (1) Stadia pengamatan (2) Karakter tanaman (3) Varietas Contoh (4) Notasi (5)

11 40 Daun : Leher daun (Collar))

VS Tidak ada 1

Ada IR64 9 12 40 Daun : warna anthosianin pada leher daun

VG Hijau IR64 1 Ungu Way Rarem 2

13 40 Daun : lidah daun (Ligula)

VS Tidak ada 1 Ada Ciherang 9 14 40 Daun: Bentuk lidah daun (Ligula)

VS Acute (runcing) 1 Cleft (berlekuk) Ciherang 2 15 40 Daun : Warna lidah daun (Ligula)

VS Tidak berwarna Ciherang 1 Hijau 2

Hijau dengan garis ungu Maninjau 3 Ungu muda Jatiluhur 4

Ungu Situ patenggang 5 16 60 Daun Bendera : Perilaku Helai Daun

(pengamatan awal)

VG Tegak Ciherang 1 Agak tegak Cirata 3 Horizontal Jatiluhur 5 Melengkung Way Rarem 7 17 90 VG Daun Bendera : Perilaku Helai Daun

(pengamatan akhir)

Tegak Ciherang 1 Agak tegak Cirata 3 Horizontal Jatiluhur 5 Melengkung Way Rarem 7 18 70 Batang : Perilaku Batang

VS Tegak Digul 1 Agak tegak Cisantana 3

Terbuka Tukad Petanu 5 Agak terbuka IR64 7 Menyebar Dodokan 9 19 55 Umur Berbunga: 50 % tanaman telah

berbunga

VG Sangat genjah Dodokan 1

Genjah Ciherang 3 Sedang Cisadane 5 Dalam (Lambat) Pandan Wangi 7 20 60 Mandul Jantan

VS/MS Tidak Ada 1 mandul jantan sebagian 2

(6)

No urut (1) Stadia pengamatan (2) Karakter tanaman (3) Varietas Contoh (4) Notasi (5) mandul jantan 3 21 65 Anak Bunga (Spikelet): Warna putik

VS Putih Angke 1 Hijau muda IR64 2 Kuning Dodokan 3 Ungu Muda 4 Ungu Way Rarem 5 22 70 Batang : Warna anthocyanin pada buku

VS Tidak ada Ciherang 1 Ada Cirata 9 23 70 Batang : Intensitas warna

anthocyanin pada buku

VS Lemah 3 Sedang Situ patenggang 5

Kuat Citanduy 7 24 70 Batang : Warna anthocyanin pada ruas

VS Tidak ada Ciherang 1 Ada Way Rarem 9

25 90 Lemma Steril : Warna

Kuning Jerami Fatmawati 1 Kuning Emas Situ patenggang 2

Merah 3 Ungu Cirata 4

26 60 Malai : Bulu ujung gabah (awns)

VS Tidak ada Angke 1 Ada Ciherang 9 27 60 Malai : Warna bulu ujung gabah

(pengamatan awal)

VS Putih kekuning-kuningan Rojolele 1 Kekuning-kuningan 2

Coklat Kewal nengsih 3 Coklat kemerah-merahan Kewal arjuna 4

Merah muda 5 Merah 6 Ungu muda 7 Ungu 8 Hitam 9 28 70-80 Malai : Distribusi bulu ujung gabah

VS Hanya diujung malai Ciherang 1 Hanya ¼ di bagian atas gabah 2 Hanya pada bagian atas malai Conde 3 Hanya ¾ bagian gabah Tukad unda 4

Sepanjang malai Rojolele 5 29 60-80 Anak bunga: kepadatan rambut

(7)

VS Tidak ada atau sangat lemah 1

Lemah Batang gadis 3 Sedang Widas 5 kuat Mekongga 7

Sangat kuat Fatmawati 9 30 90 Anak bunga : warna bulu (pengamatan akhir)

VS kuning jerami 1 keemasan 2 coklat 3 coklat kemerahan 4 merah cerah 5 merah 6 ungu muda ungu hitam

31 90 Malai : karakternya terhadap batang

VG upright 1 semi-upright 2 slightly drooping 3 strongly drooping 4 32 90 Malai: keberadaan cabang sekunder

VS Ada 1 Tidak ada Ciherang 9 33 90 Malai : tipe cabang sekunder

VS Type 1 Lemah Dodokan 1 Type 2 Kuat Ciherang 2

Type 3 Mengelompok Batu tegi 3 34 90 Malai : perilaku dari cabang malai

VS Erect Tegak Cigeulis 1 Semi-erect Agak tegak Mekongga 3

Spreading Menyebar 5 35 90

VG

Malai : eksersi (pemunculan malai dari leher malai)

Tertutup (tidak muncul) Cilamaya Muncul 1 Sebagian Muncul Fatmawati 3 Muncul Cisadane 5

Muncul sampai muncul sempurna IR64 7 Muncul sempurna Batang Piaman 9 36 90 Umur Matang

VG Sangat genjah Dodokan 1 Genjah IR64 3 Sedang Cisadane 5

Lambat (Dalam) Pandan Wangi 7 Sangat lambat (Sangat dalam) 9

(8)

37 92 Daun : Gejala penuaan (senesens)

VG Cepat Batang gadis 3 Sedang Ciherang 5 Lambat Fatmawati 7 38 92 Lemma : Warna

VS Straw (kuning jerami) IR64 1 Gold (kuning emas) Fatmawati 2

Brown (coklat) 3 Reddish to light purple Cirata 4

Purple (ungu) Situ patenggang 5

Black (hitam) Setail 6 39 92 Lemma: warna antosianin

pada keel (pengamatan akhir)

VS tidak ada 1 lemah 3 sedang 5 kuat 7 40 92 VS

Lemma: pewarnaan antosianin pada daerah dibawah apex (pengamatan akhir) tidak ada 1 lemah 3 sedang 5 kuat 7 sangat kuat 9 41 92 VS

Lemma: warna antosianin pada apex (pengamatan akhir) tidak ada 1 lemah 3 sedang 5 kuat 7 sangat kuat 9 43 Gabah : bentuk round (bulat) ovum oval long (panjang) 44 92 Lemma: rekasi terhadap phenol

VG Tidak ada 1 Ada 9 45 92 Lemma: intensitas pewarnaan phenol

VG cerah/ringan 3 sedang 5 gelap 7

(9)

Lampiran 4 Karakter kuantitatif tanaman No

urut

Stadia Pengamatan Karakter

1 40 MS Daun : Panjang lidah daun 2 40 MS Daun : Panjang helai daun 3 40 MS Daun : Lebar helai daun 4 70 VS

Batang: Ketebalan

5 70 VS Batang: Panjang (tidak termasuk malai, tidak termasuk padi air dalam)

6 72-90 MS Malai: Panjang ”cabang utama” 7 70 MS Malai: Jumlah malai per rumpun

8 70-80 VS Malai : Panjang dari bulu ujung gabah terpanjang 9 Jumlah anakan

10 Tinggi Tanaman

11 Jumlah anakan produktif 12 92 MS Gabah : Bobot 1000 biji bernas 13 92 MS Panjang lemma steril

14 92 MS Gabah : Panjang gabah 15 92 MS Gabah: Lebar gabah

(10)

Lampiran 5 Deskripsi varietas Hipa 6 Jete Nomor seleksi : H36 Asal persilangan : A2/R17

Golongan : Cere

Umur tanaman : 101-128 hari Bentuk tanaman : Tegak

Tinggi tanaman : 90,20-119,93 cm Anakan produktif : 7-14

Gabah isi per malai : 91 – 266 butir Warna kaki : Hijau

Warna batang : Hijau

Warna telinga daun : Tidak berwarna Warna lidah daun : Tidak berwarna Warna daun : Hijau tua Permukaan daun : Kasar Posisi daun : Tegak Posisi daun bendera : Tegak

Leher malai : Tertutup (tidak berleher) Bentuk gabah : Ramping

Warna gabah : Kuning jerami Kerontokan mudah : Mudah

Kerebahan : Tahan

Tekstur nasi : Pulen Kadar amilosa : 21,7%

Bobot 1000 butir : 22,18-26,67 gr Rata-rata hasil : 7,36 t/ha Potensi hasil : 10,60 t/ha

Ketahanan terhadap hama : Rentan terhadap wereng coklat biotipe 2 Ketahanan terhadap penyakit : Agak rentan terhadap hawar daun bakteri

patotipe IV dan VIII

Rentan terhadap virus tungro

Anjuran tanam : Tidak ditanam pada daerah endemik OPT Pemulia : Satoto, Murdani D.,Yudistira Nugraha,

dan Sudibyo TWU

Peneliti : E. Lubis, Indrastuti A. Rumanti, Yuni Widiastuti, Suwarno, Agus Guswara, I.N. Widiarta, Triny S. Kadir, Alidawati, Neni Ernawati, Suwarto, Untung Sumarno, dan Himawan

Teknisi : Munada, Warsono, Warsidi, Suwarto, Ajat Sudrajat, A Abdul Somad, Cecep Suparman, dan Sukirman.

(11)

Lampiran 6 Deskripsi varietas Hipa 7 Nomor seleksi : H25 Asal persilangan : A1/R14

Golongan : Cere indica

Umur tanaman : 112 hari Bentuk tanaman : Tegak Tinggi tanaman : 106 cm Anakan produktif : 16 batang Warna kaki : Hijau Warna batang : Hijau Warna telinga daun : Hijau

Warna lidah daun : Tidak berwarna Warna daun : Hijau

Permukaan daun : Kasar Posisi daun : - Posisi daun bendera : Tegak Leher malai : - Bentuk gabah : Sedang Warna gabah : Kuning Kerontokan mudah : Sedang

Kerebahan : Agak tahan Tekstur nasi : Pulen

Kadar amylosa : 22,0% Indeks glikemik : 49 Bobot 1000 butir : 29,8 gr Jumlah gabah bernas permalai : 115-131 butir Rata-rata hasil : 7,6 t/ha Potensi hasil : 11,4 t/ha

Ketahanan terhadap hama : Rentan terhadap wereng coklat biotipe 3 Ketahanan terhadap penyakit : Agak rentan terhadap hawar daun bakteri

patotipe IV dan VIII

Tahan terhadap virus tungro

Anjuran tanam : Baik ditanam pada sawah irigasi dan sawah tadah hujan

Pemulia : Satoto, Sudibyo TWU dan Murdani D Peneliti : Yudistira N, Yuni Widiastuti, Agus

Guswara, dan Entis Sutisna

Teknisi : Warsidi, Munada, Prima, Ujang Sarmadi, A Abdul Somad, Cecep Suparman, Suardi, Warsono, dan Sukirman.

Alasan utama dilepas : Potensi hasil 10% lebih tinggi dibanding Ciherang, tahan tungro dan adaptasi luas Dilepas tahun : 2009

(12)

Lampiran 7 Deskripsi varietas Hipa 8 Nomor seleksi : H51 Asal persilangan : A1/PK21

Golongan : Cere

Umur tanaman : 110-112 hari Bentuk tanaman : Tegak Tinggi tanaman : 120-130 cm Anakan produktif : 14-18 batang Warna kaki : Hijau

Warna batang : Hijau Warna telinga daun : Hijau

Warna lidah daun : Tidak berwarna Warna daun : Hijau

Permukaan daun : Kasar Posisi daun : Tegak Posisi daun bendera : Tegak Leher malai : - Bentuk gabah : Sedang Warna gabah : Kuning jerami Kerontokan mudah : Sedang

Kerebahan : Sedang

Tekstur nasi : Pulen Kadar amylosa : 22,7% Indeks glikemik : 73,5 Bobot 1000 butir : 27-29 gr Jumlah gabah bernas permalai : -

Rata-rata hasil : 7,5 t/ha Potensi hasil : 10,4 t/ha

Ketahanan terhadap hama : Rentan terhadap wereng coklat biotipe 3 Ketahanan terhadap penyakit : Agak tahan terhadap hawar daun bakteri

patotipe VIII

Agak rentan terhadap hawar daun bakteri patotipe IV

Anjuran tanam : Baik ditanam pada daerah dataran rendah <450 m dpl

Pemulia : Satoto, Sudibyo TWU dan Murdani D

Peneliti : Yudistira N, Yuni Widiastuti, Agus Guswara, dan Entis Sutisna

Teknisi : Warsidi, Sony Suharsono, Munada, Prima, Ujang Sarmadi, A Abdul Somad, Cecep Suparman, Suardi,

Alasan utama dilepas : Potensi hasil 10% lebih tinggi dibanding Ciherang, tahan hawar daun bakteri, adaptasi luas dan produksi benih lebih mudah dibandingkan hibrida lainnya Dilepas tahun : 2009

(13)

Lampiran 8 Deskripsi varietas Hipa 9 Nomor seleksi : H30 Asal persilangan : A1/R12

Golongan : Cere

Umur tanaman : 115 hari Bentuk tanaman : Tegak Tinggi tanaman : 103 cm Anakan produktif : 14 batang

Jumlah malai/m2 : 315 Warna kaki : Hijau

Warna batang : Hijau

Warna telinga daun : Tidak berwarna Warna lidah daun : Tidak berwarna Warna daun : Hijau

Permukaan daun : Kasar Posisi daun : Tegak Posisi daun bendera : Tegak Leher malai : Terbuka Bentuk gabah : Sedang Warna gabah : Kuning Jerami Kerontokan mudah : Sedang

Kerebahan : Tahan

Tekstur nasi : Pulen Kadar amylosa : 22,3% Indeks glikemik : 73,5 Bobot 1000 butir : 27,3 gr Jumlah gabah bernas permalai : - Rata-rata hasil : 8,1 t/ha Potensi hasil : 10,4 t/ha

patotipe III.

Agak rentan terhadap hawar daun bakteri patotipe VIII

Pemulia : Satoto, Sudibyo TWU dan Murdani D Peneliti : Yudistira N, Yuni Widiastuti, Baehaki SE,

Triny SK, dan Indrastuti AR.

Teknisi : Warsidi, Prima, Ujang Sarmadi, A Abdul Somad, Cecep Suparman, Suardi, Sukirman, suwarto, Soedirman dan Warsono.

Alasan utama dilepas : Produktivitas tinggi dan tahan hawar daun bakteri.

(14)

Lampiran 9 Deskripsi varietas Hipa 10 Nomor seleksi : H47 Asal persilangan : A6/PK18

Golongan : Cere

Umur tanaman : 114 hari Bentuk tanaman : Tegak Tinggi tanaman : 97 cm Anakan produktif : 20 batang Warna kaki : Hijau Warna batang : Hijau Warna telinga daun : Putih Warna lidah daun : Hijau Warna daun : Hijau Permukaan daun : Kasar Posisi daun : Tegak Posisi daun bendera : Tegak Leher malai : -

Bentuk gabah : Ramping Warna gabah : Kuning Emas

Kerontokan : Sedang

Kerebahan : -

Tekstur nasi : Pulen Kadar amylosa : 19,7% Indeks glikemik : - Bobot 1000 butir : 26,1 gr Jumlah gabah bernas permalai : - Rata-rata hasil : 8,1 t/ha Potensi hasil : 9,4 t/ha

patotipe III

Agak rentan terhadap hawar daun bakteri patotipe VIII

Pemulia : Satoto, Sudibyo TWU , Murdani D, Yuni Widiastuti dan Indrastuti AR

Peneliti : Trini SK, Agus Setyono, Prihadi W dan Baehaki SE.dan Endang S.

Teknisi : Warsidi, Munada, Prima, Ujang Sarmadi, A Abdul Somad, Cecep Suparman, Suardi, Warsono, dan Sukirman.

Alasan utama dilepas : Produktivitas hasil lebih tinggi dan lebih tahan hawar daun bakteri.

(15)

Lampiran 10 Nilai kemiripan genetik delapan galur tetua hibrida (1) (2) (3) (4) (5) (6) (7) (8) (1) IR62829A 1.00 (2) B8094F 0.56 1.00 (3) IR58025A 0.48 0.68 1.00 (4) IR40750 0.36 0.64 0.80 1.00 (5) BP51-1 0.44 0.56 0.88 0.78 1.00 (6) S4325A 0.44 0.64 0.72 0.84 0.68 1.00 (7) IR68897A 0.64 0.68 0.84 0.72 0.80 0.64 1.00 (8) Bio-9 0.56 0.76 0.76 0.56 0.64 0.64 0.76 1.00

(16)

Lampi No K 1 2 a b 3 A 4 B W p W p 5 L ran 11 Gam Karakter Koleoptil warna anthoc Daun a. Leher daun Warna anto b. Lidah daun Bentuk, Wa Anak Bunga ( Warna putik Batang Warna anthoc pada buku Warna anthoc pada ruas Lemma Steril mbar bebera cyanin (Collar) osianin (Ligula) arna (Spikelet): (stigma) cyanin cyanin : Warna apa karakter Hi Tidak b H A Cleft (b Tidak b Putih Tidak ada Kuning Jera kualitatif pa pa 6 berwarna ijau Ada. berlekuk) berwarna mi da Hipa 6 da H Tidak Cleft Tidak Putih Tidak ada Kuning Je an Hipa 7 Hipa 7 k berwarna Hijau Ada (berlekuk) k berwarna a erami

(17)

No Karakt 6 Malai a. Bulu Warn (peng (peng Distri gaba b. Anak Kepa pada Warn c. Karak batan d. Caba Perila malai er : ujung gabah na gamatan awa gamatan akhi busi bulu uju h k bunga: adatan rambu lemma na kternya terha ng ang sekunder aku dari caba

i al) r) ng Putih Kunin Hanya t Kuat Kunin dap Agak ang Ada, k Agak Hipa 6 kekuning g jerami a diujung mal g Jerami terkulai kuat tegak ai Pu Ku Ha Se Ku Ag Ad Ag Hipa 7 tih kuningan ning jerami anya diujung m edang ning Jerami ak terkulai a, kuat ak tegak malai

(18)

No Karakter Hipa 6 Hipa 7

e. eksersi (pemunculan malai dari leher malai)

Muncul Muncul sampai muncul sempurna 7 Lemma : Warna Bentuk Kuning jerami Ramping panjang Kuning jerami Ramping panjang 8 Lemma:

Reaksi terhadap fenol _Ada, _Ada Intensitas pewarnaan Gelap Gelap

(19)

Lampiran 12 Prosedur baku pembuatan larutan kimia untuk ekstraksi DNA NaCl 5M (larutan stok, 100ml) (Sambrook et al.1989)

Bahan kimia :

• NaCl (Natrium Choride) • Aquades streril

Prosedur

• Disiapkan 65 ml aquades steril kemudian ditimbang sebanyak 29,22 g NaCl • Secara bertahap dilarutkan NaCl dengan aquades ke dalam beaker glass

250 ml menggunakan magnetik stirrer pada hot plate stirrer.

• Pelarutan dilakukan sedikit demi sedikit karena NaCl pekat sukar larut dalam air

• Setelah seluruh bahan benar-benar larut, volumen larutan ditepatkan 100 ml dengan menambahkan aquades steril.

EDTA 0,5M pH 8(larutan stok, 100ml) (Sambrook et al.1989) Bahan kimia :

• Na-EDTA

• NaOH (Natrium Hydroxide) • Aquades streril

Prosedur

• Sebanyak 18,6 g Na-EDTA dan 2,0 gr NaOH dimasukan dalam beaker glass 250 ml

• Bahan dilarutkan dengan menambahkan 80 ml aquades steril

• Setelah semua bahan larut, pH larutan diukur dengan menggunakan pH meter.

• Pengaturan pH 8 dilakukan dengan manambahkan NaOH 2,5 M pada larutan hingga pH yang dikehendaki tercapai.

(20)

Tris-HCl 1 M pH 8 (larutan stok, 100ml) (Sambrook et al.1989) Bahan kimia :

• NaCl (Natrium Choride) • Aquades streril Prosedur

• Disiapkan 65 ml aquades steril kemudian ditimbang sebanyak 29,22 g NaCl • Secara bertahap dilarutkan NaCl dengan aquades ke dalam beaker glass

250 ml menggunakan magnetik stirrer pada hot plate stirrer.

• Pelarutan dilakukan sedikit demi sedikit karena NaCl pekat sukar larut dalam air

• Setelah seluruh bahan benar-benar larut, volumen larutan ditepatkan 100 ml dengan menambahkan aquades steril.

• Larutan dimasukan pada botol kaca bening 100 ml, lalu disimpan pada suhu ruang.

Buffer ekstrak padi 250 ml Bahan kimia: • NaCl 5M • Tris-HCl 1M pH 8,0 • EDTA 0,5M • Aquades • SDS Prosedur

• Sebanyak 25 ml NaCl 5 M dan 25 ml Tris-HCl 1M dan 25 ml EDTA 0,5M dimasukan dalam beaker glass, bahan dilarutkan dengan menambahkan Aquades

• Tambahkan 1,2 gr SDS kemudian campur semua bahan dengan manggunakan magnetik stirrer pada hot plate stirrer.

• Tambahkan Aquades hingga volume 250 ml. dan aduk kembali.

• Simpan buffer ekstrak pada botol kaca bening tertutup, simpan dalam suhu ruang

• Sebelum digunakan buffer dapat dipanaskan pada suhu 60˚C selama 1-2 jam.

(21)

CISAM/KIAA (24:1) larutan kerja 100ml (Sambrook et al.1989) Bahan kimia: • Chloroform • Isoamlilalkohol • Aquades steril Prosedur

• Sebanyak 96 ml Chloroform dan 4 ml isoamil alcohol dimasikan dalam botol kaca bening 100 ml tertutup.

• Pencampuran dilakukan dengan mengguncangkan botol, lalu larutan disimpan pada suhu ruang.

RNAase-A (larutan stok, 10 mg/ml) Bahan kimia: • RNAase-A • Na-Asetat 3 M pH 5,2 • Tris-HCl 1M • Aquades Prosedur

• Sebanyak 10 mg RNAase-A, 3,3 µl Na-Asetat dan 996,7 µl aquades dimasukan dalam tabung mikro 2 ml

• Pencampuran dilakukan dengan spin manual.

• Suspensi yang terbentuk diinkubasi dalam waterbath pda suhu 100˚C selama 15 menit untuk menghilangkan DNAase yang masih terdapat dalam RNAase.

• Suspensi dibiarkan dingin pada suhu ruang, kemudian ditambahkan 100 µl larutan Tris-HCL 1M pH 7,4

TE (Tris-EDTA) Buffer 50x (Larutan stok) (Sambrook et al.1989) Bahan kimia :

• Larutan stok Tris-HCl 1 M pH 8,0 • Larutan stok EDTA 0,5M pH 8,0 • Aquades streril

(22)

Prosedur

• Sebanyak 25 ml larutan stok Tris–HCL dan 5 ml larutan stok EDTA dimasukan dalam beaker glass 100 ml

• Bahan dilarutkan dengan menambahkan 20 mal aquades steril. pengadukan menggunakan magnetik stirrer pada hot plate stirrer

• Setelah semua bahan larut, kemudian disaring menggunakan kertas saring. • Larutan dimasukan dalam botol kaca bening tertutup dan disimpan pada

suhu ruang.

TE Buffer 1X (larutan kerja, 100 ml) Bahan kimia:

• Larutan stok TE buffer 50X • Aquades steril

Prosedur

• Sebanyak 2ml larutan stok TE buffer 50X dan 98 ml aquades steril dimasukan ke dalam botol kaca bening 100 ml tertutup

• Pencampuran dilakukan dengan mengguncang botol, lalu disimpan pada suhu ruang.

(23)

Lampiran 13. Prosedur baku pembuatan larutan kimia untuk elektroforesis horizontal

Buffer TAE 50X (larutan stok, 500 ml) (Sambrook et al 1989) Bahan kimia:

• Trizma base • Acetic acid glacical

• Larutan stok EDTA 0,5M pH 8,0 • Aquades steril

Alat

• Magnetik stirrer • Hot plate stirrer

Prosedur

• Sebanyak 121 gr trizma base, 28,55 ml Acetic acid glacial, 50 ml EDTA 0,5M pH 8,0 dan aquades dilarutkan dengan menggunakan magnetik stirrer pada hot plate stirrer

• Setelah tercampur tambahkan aquades hingga mencapai volume 500 ml, aduk sebentar agar tercampur rata.

• Larutan dimasukan dalam botol kaca bening 500 ml

Buffer TAE 1X (larutan kerja, 1000 ml) Bahan kimia:

• Larutan stok buffer TAE 50X • Aquades steril

Prosedur

• Sebanyak 50 ml buffer TAE 50X dimasukan dalam botol bening bertutup kemudian tambahkan 980 ml aquades steril.

• Pencampuran dilakukan dengan mengguncangkan botol, taruh dalam suhi ruang.

Gel agarose 3 % Bahan kimia:

• Agarose

(24)

Prosedur

• Masukan 3 gr agarose dan 100 ml buffer TAE dalam gelas erlemeyer 250 ml • Panaskan dalam microwave, pemanasan dilakukan 2-3 kali dengan lama

pemanasan masing-masing 1-2 menit. Pemanasan dilakukan hingga larutan agarose tercampur rata dan berwarna bening.

• Diamkan laruta agarose ± 10 menit hingga uap panasnya hilang sebelum dituangkan ke dalam cetakan.

• Selanjutnya larutan agarose dituangkan ke dalam cetakan yang telah dipasang sisir terlebih dahulu. Perhatikan dalam menuangkan gel agar jangan sampai terbentuk gelembung dan agar ketinggian permukaan gel merata.

• Diamkan selama 30-60 menit hingga gel memadat.

• Setelah gel padat angkat sisir dengan hati-hati. Gel beserta cetakan diletakkan ke dalam chamber elektroforesis yang telah diisi dengan buffer TAE.

(25)

Lampiran 14. Prosedur baku pembuatan larutan kimia untuk elektroforesis vertikal

Buffer TBE 10X (larutan stok, 1000 ml) Bahan kimia: • Trizma base • Boric acid • EDTA • Aquades steril Prosedur

• Masukan 500 ml Aquades dalam beaker glass 1000 ml

• Masukan 108 gr trizma base, 9,2 gr EDTA dan 55,2 gr boric acid, campur menggunakan magnetik stirrer pada hot plate stirrer hingga semua bahan larut

• Setelah semua larut tambahkan aquades hingga volume larutan mencapai 1000ml, aduk kembali dengan stirrer.

• Simpan dalam botol kaca bening bertutup 1000 ml taruh dalam suhu ruang.

Acrylamide 40% (larutan stok 1000 ml) Bahan kimia:

• Acrylamide

• Bisacrylamide, N,N’Methylenebisacrylamide • Aquades steril

Prosedur

• Masukan 500 ml Aquades dalam beaker glass 1000 ml

• Masukan 380 gr Acrylamide aduk dengan menggunakan magnetik stirrer pada hot plate stirrer hingga semua larut

• Masukan 20 gr Bisacrylamide, N,N’Methylenebisacrylamide, campur menggunakan magnetik stirrer pada hot plate stirrer hingga semua bahan larut

• Setelah semua larut tambahkan aquades hingga volume larutan mencapai 1000ml, aduk kembali dengan stirrer.

(26)

Acrylamide 8% (larutan kerja 1000 ml) Bahan kimia:

• Acrylamide 40 % (larutan stok) • Buffer TBE 10X

• Aquades steril Prosedur

• Masukan 200 ml Acrylamide 40 % , 50 ml TBE 10X dan 750 ml Aquades dalam beaker glass 1000 ml

• Campur menggunakan magnetik stirrer pada hot plate stirrer hingga semua bahan larut

Ammonium persulfate solution (APS)10% (40 ml) Bahan kimia:

• Ammonium persulfate solution • Aquades steril (dH2O)

Prosedur

• Masukan 4 gr ammonium persulfate solution dan 40 ml aquades ke dalam tube 50 ml yang dibungkus alumunilum foil.

• Kocok tube hingga seluruh bahan tercampur dan larut • Simpan bahan dalam freezer suhu 4˚C