commit to user i
DELESI GEN APOBEC3B PASIEN HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS RSUD DR. MOEWARDI SURAKARTA
SKRIPSI
Untuk Memenuhi Persyaratan Memperoleh Gelar Sarjana Kedokteran
EKKIM AL KINDI G0010066
FAKULTAS KEDOKTERAN UNIVERSITAS SEBELAS MARET
Surakarta 2013
commit to user ii
PENGESAHAN SKRIPSI
Skripsi dengan judul : Delesi Gen APOBEC3B Pasien Human Immunodeficiency Virus RSUD Dr. Moewardi Surakarta
Ekkim Al Kindi, NIM : G0010066, Tahun : 2013
Telah diuji dan sudah disahkan di hadapan Dewan Penguji Skripsi Fakultas Kedokteran Universitas Sebelas Maret
Pada Hari Kamis, Tanggal 27 Juni 2013
Pembimbing Utama
Nama : Afiono Agung Prasetyo, dr., Ph.D. ………. NIP : 19770907 200212 1 002
Pembimbing Pendamping
Nama : Yulia Sari, S.Si., M.Si. ………. NIP : 19800715 200812 2 001 Penguji Utama Nama : Hudiyono, Drs., M.S. ………. NIP : 19580206 198601 1 001 Penguji Pendamping Nama : Marwoto, dr., M.Sc., Sp.MK. ………. NIP : 19590203 198601 1 004 Surakarta, ………..
Ketua Tim Skripsi Dekan FK UNS
Ari Natalia Probandari, dr., MPH., Ph.D. Prof. Dr. Zainal Arifin Adnan, dr., Sp.PD-KR-FINASIM
commit to user iii
PERNYATAAN
Dengan ini menyatakan bahwa dalam skripsi ini tidak terdapat karya yang pernah diajukan untuk memperoleh gelar kesarjanaan di suatu perguruan tinggi, dan sepanjang pengetahuan penulis tidak terdapat karya atau pendapat yang pernah ditulis atau diterbitkan oleh orang lain, kecuali yang secara tertulis diacu dalam naskah dan disebutkan dalam daftar pustaka.
Surakarta, Juni 2013
Ekkim Al Kindi NIM. G0010066
commit to user iv ABSTRAK
Ekkim Al Kindi, G.0010066, 2013. Delesi Gen APOBEC3B Pasien Human
Immunodeficiency Virus RSUD Dr. Moewardi Surakarta. Skripsi. Fakultas
Kedokteran, Universitas Sebelas Maret, Surakarta.
Latar Belakang: Infeksi HIV pada manusia dapat dihambat oleh faktor intrinsik. Tubuh manusia dapat menghasilkan protein antivirus, yang disandi oleh gen APOBEC3. APOBEC3B merupakan salah satu jenis protein APOBEC3, yang tidak dapat didegradasi oleh protein vif HIV, sehingga protein ini berpotensi sebagai inhibitor penting dalam menghambat replikasi HIV. Namun, gen APOBEC3B dapat mengalami delesi, sehingga hal ini dapat menghambat fungsi antivirus dalam menghambat infeksi HIV.
Metode: Sebanyak 51 pasien HIV (+) RSUD Dr. Moewardi Surakarta pada bulan November 2011 dimasukkan sebagai responden penelitian. Responden diambil darah dan kemudian diisolasi asam nukleatnya. Kemudian, dilakukan Polymerase
Chain Reaction (PCR) dengan menggunakan Deletion_F dan Deletion_R
bertujuan untuk mendeteksi adanya delesi pada sekuen gen APOBEC3B. Hasil PCR dielektroforesis di gel agarose 1% dengan marker Loading Quick
ФX174/HaeIII 72-1353bp. Kemudian gel divisualisasikan dengan menggunakan
Gel Documentation dan diinterpretasi. Data delesi gen APOBEC3B, deskripsi
umum subjek penelitian, hasil deteksi RNA HIV, dan jumlah sel CD4, dianalisis menggunakan uji Chi Square.
Hasil: Sebanyak 36 responden (36/51, 70,6%) positif mengalami delesi di gen APOBEC3B, 4 di antaranya terdeteksi RNA HIV (+). Rata-rata jumlah sel CD4 responden yang mengalami delesi gen A3B adalah 426,86 ± 407,4 sel/µl (rata-rata jumlah sel CD4 ± Standart Deviation [SD]) dan rata-rata jumlah sel CD4 responden yang tidak mengalami delesi adalah 496,93 ± 573,0 sel/µl (p = 0,782). Tidak terdapat hubungan (p > 0,050) antara delesi gen A3B terhadap jenis kelamin wanita (p = 0,183) dan jumlah sel CD4 (p = 1,000). Responden dengan jenis kelamin wanita memiliki kemungkinan lebih besar untuk mengalami delesi gen A3B (Odds Ratio [OR] = 2,286; 95% Confidence Interval [CI] : 0,669 - 7,808).
Simpulan: Insidensi delesi gen A3B pasien HIV RSUD Dr. Moewardi lebih tinggi bila dibandingkan dengan penelitian di Jepang dan India. Tidak terdapat perbedaan antara rata-rata jumlah sel CD4 pasien yang mengalami delesi dan yang tidak mengalami delesi. Diperlukan penelitian lebih lanjut mengenai genotipe delesi gen A3B. Selain itu diperlukan pula pemeriksaan terhadap variasi gen yang mempengaruhi infektifitas HIV, infeksi oportunistik, dan koinfeksi HIV pada pasien HIV.
commit to user v ABSTRACT
Ekkim Al Kindi, G.0010066, 2013. APOBEC3B Gene Deletion in Human
Immunodeficiency Virus Patients of Dr. Moewardi General Hospital Surakarta. Mini Thesis. Faculty of Medicine, Sebelas Maret University, Surakarta.
Background: HIV infection on human can get inhibition from intrinsic factor. Human can produce antivirus protein, which encoded by APOBEC3 gene. APOBEC3B (A3B) is one of APOBEC3 protein, which cannot be degradated by HIV vif protein. Therefore A3B protein is a potent inhibitor of HIV replication. But, A3B gene can get a deletion, which can decrease its effect in inhibiting HIV infection.
Methods: There were 51 HIV (+) patients in Dr. Moewardi General Hospital Surakarta on November 2011, which were included as our respondences. We take respondences blood and isolated its DNA. Then, we run PCR with deletion primer (Deletion_F dan Deletion_R) to detect if there was a deletion in A3B gene sequence. We run electrophoresis in 1% agarose gel with Loading Quick ФX174/HaeIII 72-1353bp as a marker. Then, we visualized the gel on Gel Documentation and interpretated. Datas of A3B gene deletion, respondences description, HIV RNA detection, and CD4 cell count were analysed with Chi Square.
Results: About 36 respondences (36/51, 70,6%) were positive for deletion in A3B gene. Four of them were positive for HIV RNA detection. The average mean of CD4 cells count in respondences, who were positive for A3B gene deletion, was 426,86 ± 407,4 cells/µl and the other was 496,93 ± 573,0 cells/µl (p = 0,782). There were no correlation (p > 0,050) between A3B gene deletion with being female and CD4 cells count. A3B gene deletion was more likely to be found in female respondences (OR = 2,286; 95% CI : 0,669 - 7,808).
Conclusion: Incidences of A3B gene deletion among HIV patients of Dr. Moewardi General Hospital was higher than HIV patients in Japan and Indian. There were no differences between the average mean of CD4 cell counts of A3B gene deletion-positive respondences and A3B gene deletion-negative respondences. Test for A3B gene deletion should be done. Research for gene variation, which correlated with HIV infection, opportunistic infection, and HIV coinfection should be done for further analyses.
commit to user vi PRAKATA
Alhamdulillah hirobbil’aalamin, segala puja dan puji penulis haturkan kehadirat Allah SWT, yang telah memberikan nikmat-Nya kepada penulis, sehingga dapat menyelesaikan penelitian dengan judul “Delesi Gen APOBEC3B Pasien Human Immunodeficiency Virus RSUD Dr. Moewardi Surakarta”. Penelitian ini merupakan salah satu persyaratan dalam menyelesaikan Program Sarjana Pendidikan Dokter di Fakultas Kedokteran Universitas Sebelas Maret Surakarta.
Penulis menyadari bahwa penelitian ini tidak akan berhasil tanpa adanya bantuan dari berbagai pihak, oleh karena itu dengan penuh rasa hormat dan ucapan terima kasih yang dalam saya berikan kepada:
1. Prof. Dr. Zainal Arifin Adnan, dr., Sp.PD-KR-FINASIM selaku Dekan Fakultas Kedokteran Universitas Sebelas Maret Surakarta
2. Afiono Agung Prasetyo, dr., Ph.D. selaku Pembimbing Utama yang telah menyediakan waktu untuk membimbing hingga terselesaikannya skripsi ini 3. Yulia Sari, S.Si., M.Si. selaku Pembimbing Pendamping yang telah
menyediakan waktu untuk membimbing hingga terselesaikannya skripsi ini 4. Hudiyono, Drs., M.S. selaku Penguji Utama yang telah memberikan banyak
kritik dan saran dalam penyusunan skripsi ini
5. Marwoto, dr., M.Sc., Sp.MK. selaku Penguji Pendamping yang telah memberikan banyak kritik dan saran dalam penyusunan skripsi ini
6. Ari Natalia Probandari, dr., M.P.H., Ph.D. selaku Ketua Tim Skripsi FK UNS 7. Yang tercinta kedua orang tua, Ayahanda Ir. Soelistio dan Ibunda Eko
Intiningsih, S.E. yang senantiasa mendoakan tiada henti, dan memberikan
support dalam segala hal sehingga terselesaikannya penelitian ini
8. Yang tercinta kedua adik saya, Gesi Al Khowarizmi dan Fopi Salsabila yang senantiasa mendoakan tiada henti
9. Teman-teman Laboratorium Biomedik FK UNS, Engine Rabindra Ariapramuda, Asisten Biomedik 2011, Alfin Titian Permata atas semangat yang tak henti-henti dan waktu yang selalu tersedia
10. Semua pihak yang secara langsung maupun tidak langsung membantu proses penelitian tugas karya akhir ini yang tidak mungkin disebutkan satu - persatu. Penulis berharap skripsi ini dapat bermanfaat bagi pembaca. Saran, koreksi, dan tanggapan dari semua pihak sangat diharapkan.
Surakarta, Desember 2013 Ekkim Al Kindi
commit to user vii DAFTAR ISI
Prakata ... vi
Daftar Isi... vii
Daftar Tabel ... ix Daftar Gambar ... x BAB I Pendahuluan ... 1 A. Latar Belakang ... 1 B. Perumusan Masalah... 3 C. Tujuan Penelitian... 3 D. Manfaat Penelitian... 3
BAB II Landasan Teori... 4
A. Tinjauan Pustaka ... 4
B. Kerangka Pemikiran ... 11
BAB III Metode Penelitian ... 12
A. Jenis Penelitian ... 12 B. Lokasi Penelitian ... 12 C. Subjek Penelitian ... 12 D. Rancangan Penelitian ... 12 E. Instrumen Penelitian... 13 F. Cara Kerja ... 14 G. Analisis Data ... 16
commit to user viii
BAB V Pembahasan ... 22
A. Data Epidemiologi Pasien HIV RSUD Dr. Moewardi ... 22
B. Delesi Gen APOBEC3B ... 23
BAB VI Simpulan dan Saran ... 27
A. Simpulan ... 27
B. Saran ... 27
commit to user ix
DAFTAR TABEL
Tabel 3.1. Primer Delesi Gen APOBEC3B ... 15 Tabel 3.2. Kondisi PCR Delesi Gen APOBEC3B ... 16 Tabel 4.1. Pengobatan Antiretrovirus dan Hasil Pemeriksaan Deteksi
RNA HIV dan Jumlah Sel CD4 Responden Penelitian ... 20
Tabel 4.2. Hasil Uji Chi Square Delesi gen APOBEC3B ... 21
commit to user x
DAFTAR GAMBAR
Gambar 2.1. Kerangka Pemikiran ... 11 Gambar 3.1. Rancangan Penelitian... 12 Gambar 4.1. Hasil Pemeriksaan PCR Delesi Gen APOBEC3B... 19 Gambar 5.1. Sekuen yang Dideteksi oleh Primer Delesi Gen APOBEC3B 23
