PEMERIKSAAN
GENEXPERT MTB/RIF
DAN KULTUR
DAHAK
MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS
DALAM
MENEGAKKAN DIAGNOSIS TUBERKULOSIS PARU DAN
RESISTENSI RIFAMPISIN PADA ANAK DENGAN DUGAAN
TUBERKULOSIS PARU DI RSUD DR SOETOMO
Karya Ilmiah Akhir
Untuk memenuhi persyaratan dalam menyelesaikan Program Pendidikan Dokter Spesialis I
Ilmu Kesehatan Anak
Oleh:
Berlian Beatrix Rarome, dr.
Pembimbing:
Retno Asih Setyoningrum, dr., SpA(K) Deddy Iskandar, dr., SpA
Prof. Dr. Ni Made Mertaniasih , dr., MS, SpMK(K) Ir. Mahmudah, M.Kes
DEPARTEMEN/ SMF ILMU KESEHATAN ANAK FAKULTAS KEDOKTERAN UNIVERSITAS AIRLANGGA
RSUD DR. SOETOMO SURABAYA
KATA PENGANTAR
Diagnosis Tuberkulosis (TB) pada anak lebih sulit dibandingkan
pada pasien dewasa karena terdapat beberapa keterbatasan. Kondisi ini
menyebabkan under dan over diagnosis TB anak sehingga
mengakibatkan morbiditas dan mortalitas yang tinggi. Tahun 2010 WHO
telah merekomendasikan penggunaan GeneXpert MTB/RIF sebagai alat
bantu diagnosis TB karena mempunyai nilai sensitivitas dan spesifisitas
yang tinggi, namun penelitian pada anak masih jarang.
Penelitian ini membandingkan pemeriksaan GeneXpert MTB/RIF
dengankultur dahak MTB dalam menegakkan diagnosis TB paru dan
resistensi Rifampisin pada anak dengan dugaan TB paru di RSUD dr
Soetomo.
Meskipun dalam pelaksanaan penelitian karya ilmiah akhir ini
penulis telah berupaya semaksimal mungkin, namun penulis menyadari
bahwa makalah ini masih belum sempurna. Oleh karena itu setiap saran
maupun kritik yang konstruktif demi perbaikan akan diterima dengan
terbuka dan senang hati. Akhir kata, semoga penelitian karya ilmiah akhir
ini dapat memberikan manfaat bagi kita semua.
UCAPAN TERIMA KASIH
Puji Syukur ke hadirat Tuhan Yang Maha Kuasa karena atas
berkat dan rahmat-Nya, laporan penelitian ini dapat saya
selesaikan sebagai salah satu persyaratan untuk menerima tanda
keahlian di bidang Ilmu Kesehatan Anak Fakultas Kedokteran
Universitas Airlangga/RSUD dr. Soetomo Surabaya.
Pada kesempatan ini, saya menghaturkan terimakasih yang
sebesar-besarnya dan penghargaan yang setinggi-tingginya
kepada guru-guru saya, Landia Setiawati, dr., SpA(K) (alm);
Retno Asih Setyoningrum, dr., SpA(K); Deddy Iskandar, dr.,
SpA; Prof. Dr. Ni Made Mertaniasih , dr., MS, SpMK (K). Beliau
semua telah membimbing saya dengan penuh kesabaran,
kesungguhan dan ketelitian dalam membekali, mengarahkan dan
membimbing saya sejak pembuatan naskah usulan penelitian
hingga penyelesaian karya ilmiah akhir ini.
Rasa hormat dan terimakasih yang sebesar-besarnya juga saya
sampaikan kepada yang terhormat :
- Prof. Dr. Agung Pranoto, dr., M.Kes, SpPD-KGEH,
selaku Dekan Fakultas Kedokteran Universitas Airlangga
dan Prof. Dr. Muhammad Amin, dr., SpP(K), selaku
Airlangga, yang telah memberi kesempatan kepada saya
untuk menempuh Pendidikan Dokter Spesialis Ilmu
Kesehatan Anak.
- Dodo Anondo, dr., MPH, selaku Direktur RSUD Dr.
Soetomo Surabaya dan H. Slamet Riyadi Yuwono, dr.,
DTM&H, MARS, selaku mantan Direktur RSUD Dr.
Soetomo Surabaya yang telah memberikan kesempatan
dan fasilitas selama masa pendidikan keahlian saya serta
memberikan kemudahan dalam melakukan penelitian.
- Prof. Dr. Triyono, dr., SpR(K), selaku Ketua Tim
Koordinasi Pelaksana, Program Pendidikan Dokter
Spesialis,Fakultas Kedokteran, Universitas Airlangga /
RSUD Dr. Soetomo yang telah memberikan kesempatan
dan fasilitas selama masa pendidikan keahlian saya.
- H. Sjamsul Arief, dr., MARS, SpA(K), selaku Ketua
Departemen Ilmu Kesehatan Anak, Fakultas Kedokteran,
Universitas Airlangga / RSUD Dr. Soetomo,yang telah
berkenan memberikan kesempatan kepada saya untuk
memperdalam pengetahuan di bidang Ilmu Kesehatan
Anak, serta atas bimbingan dan pengarahannya selama
saya mengikuti pendidikan keahlian.
- Dr. I Dewa Gede Ugrasena, dr., SpA(K), selaku Ketua
Program Studi Ilmu Kesehatan Anak, Departemen Ilmu
Airlangga / RSUD Dr. Soetomo, dan Hj. Siti Nurul
Hidayati, dr., M.Kes, SpA(K) selaku Sekretaris Program
Studi Ilmu Kesehatan Anak, Departemen/SMF Ilmu
Kesehatan Anak, Fakultas Kedokteran, Universitas
Airlangga / RSUD Dr. Soetomo, atas segala bimbingan
yang amat berharga yang senantiasa diberikan kepada
saya selama mengikuti pendidikan keahlian.
- H. Mahrus A. Rachman, dr., SpA(K), selaku Koordinator
Litbang Departemen Ilmu Kesehatan Anak, Fakultas
Kedokteran, Universitas Airlangga / RSUD Dr. Soetomo
yang bersedia mendukung konsep penelitian ini sehingga
karya akhir saya dapat terwujud, serta saran dan kritik
yang menggugah saya untuk terus membaca.
- Ir Mahmudah M.Kes. selaku pembimbing statistik yang
telah membantu dalam hal penyusunan metode
penelitian dan pengolahan data.
- Dr. Ninik Asmaningsih Soemyarso, dr., MM Paed,
SpA(K); Prof. Parwati SB, dr., DTM&H,
MSc(CTM),SpA(K), Siti Nurul Hidayati, dr.,SpA(K),
M.Kes, Dr.Anang Endaryanto, dr., SpA(K), Martono
Tri Utomo,dr.,SpA(K) selaku tim penguji atas asupan
konstruktif yang berharga untuk perbaikan karya ilmiah
- Seluruh staf pengajar di Departemen Ilmu Kesehatan
Anak, Fakultas Kedokteran Universitas Airlangga/RSUD
Dr. Soetomo, Surabaya yang telah membimbing dan
membantu dalam menyelesaikan studi di bagian Ilmu
Kesehatan Anak sekaligus memberikan ilmu baru yang
sangat bermanfaat.
- Seluruh staf pengajar Mata Kuliah Dasar Umum
(MKDU), Fakultas Kedokteran, Universitas Airlangga
yang telah memberi bekal untuk menempuh pendidikan
di Program Studi Ilmu Kesehatan Anak, Fakultas
Kedokteran, Universitas Airlangga / RSUD Dr. Soetomo
Surabaya.
- drg Febria Rachmanita selaku Direktur RS dr Soewandi
dan Kepala Dinas Kesehatan Kota Surabaya dan Radix
Hadriyanto,dr., SpA, Retna Hastuti, dr., SpA, Ariani,
dr., SpA, Hendarti, dr., SpA selaku staf medik SMF
Anak RS dr Soewandhi, drg I Made S.D, Nina
Apriyanti,dr., Novi Milawati, Amd Kep selaku staf
medik Pusksmas Gunung Anyar yang telah membantu
dalam pengumpulan sampel penelitian karya akhir saya
- dr. Sigit Prihutomo, MPH, selaku direktur PPML,
Kemenkes RI,dr Retnokusuma selaku staf kelompok
kerja TB Anak Depkes RI, Sri Puji, dr., SpP(K) selaku
Budionoselaku Kepala Seksie P2 Dinas Kesehatan
Proponsi Jatim, Ibu Satitistaf P2 Dinas kesehatan
Propinsi Jatim,Darsono, dr., SpP (K) selaku kepala TB
DOTS RS dr Seotomo, Bu Sri beserta perawat poli TB
DOTS RSUD dr Soetomo, dr Koesprijani SpPK dan
Ibu Ratna Handayani S.Si beserta seluruh petugas lab
BBLK Surabaya yang telah membantu kelancaran
penelitian saya
- Seluruh rekan sejawat PPDS-1 Ilmu Kesehatan Anak,
Fakultas Kedokteran, Universitas Airlangga / RSUD Dr.
Soetomo Surabaya yang telah bersama-sama dalam
suka dan duka menempuh pendidikan spesialis anak.
- Rekan PPDS-1 Ilmu Kesehatan Anak, Fakultas
Kedokteran, Universitas Airlangga / RSUD Dr. Soetomo
periode Juli 2011, yaitu Devi Emawanti, dr., Putu Dian
Saraswati dr., Hakimah Maimunah dr., IDAA Shinta
Kamaya., Natalia Kristanti dr., Kristina Natalia Marbun
dr., Siti Nur Azizah dr., Heru setiawan dr., Septria
Erlita Soejito dr., Ilham Bondan dr.atas kekompakan
dan kerjasamanya selama menempuh pendidikan dokter
spesialis anak.
- Andi Cahyadi, dr., SpA., M Riza Kurniawan, dr., selaku
Sie Ilmiah PPDS yang telah meluangkan waktu lebih
Kesehatan Anak, Fakultas Kedokteran, Universitas
Airlangga / RSUD Dr. Soetomo.
- Teman-teman yang akan bersama mengikuti ujian board
bulan Febuari 2016 yaitu Hidayati Utami Dewi, dr.,Yeni
Kusumawati, dr., Areta Indarto, dr., IDAA Shinta
Kamaya, dr.semoga kita bisa lulus mendapat hasil
terbaik dan tidak mengecewakan seluruh pihak.
- Seluruh paramedis di Instalasi Rawat Jalan Anak dan
Instalasi Rawat Inap Anak, RSUD Dr. Soetomo,
Surabaya yang telah membantu saya selama masa
pendidikan.
- Mbak Timur, Mbak Didi, Mbak Nita, Bu Win, Mbak
Dian, Mbak Yuni dan Mbak Indri terima kasih atas
bantuannya mengurusi PPDS selama ini.
- Semua pihak yang telah membantu saya sampai lulus
pendidikan dokter spesialis anak yang tidak dapat saya
sebutkan satu persatu.
Saya sungguh bersyukur karena memiliki keluarga yang luar
biasa, yang senantiasa mendukung dan memberi kesempatan
kepada saya untuk mewujudkan apa yang saya inginkan, saya
sampaikan rasa hormat dan kasih sayang kepada:
- Suami saya, Denny Christupel Tupamahu AP, M.Si,
M.Mis, MH, dan anak-anak saya tersayang Michael
Buligang Tupamahu atas kesabaran dan ketabahan
mendampingi selama saya menempuh pendidikan serta
doa yang selalu dipanjatkan demi keselamatan dan
keberhasilan saya. Maafkan saya karena sering
meninggalkan kewajiban sebagai istri dan ibu untuk
beberapa waktu dalam menunaikan tugas-tugas sebagai
PPDS.
- Kedua orang tua saya tercintaIr John W Rarome dan
Bernadette Maria Tiwa (alm) atas dukungan moral,
dukungan material dan doa yang selalu dipanjatkan
untuk saya agar saya dapat mencapai cita-cita menjadi
dokter spesialis anak.
- Kedua mertua saya,Bpk Jonny Tupamahu (alm) dan
Ibu Yoke Tupamahu yang telah memberikan dukungan
material dan spiritual sehingga saya dapat
menyelesaikan pendidikan saya.
- Kakak, kakak ipar, adik ipar saya, Nova Rarome dan
keluarga, dra Mutiara Anna Rarome Apt, dan
keluarga, Andreas IP Rarome dan keluarga, Melati
Ester dr dan keluarga, Ketty Katharina Tupamahu SE
dan keluarga, Kenny P Tupamahu STP dan keluarga.
atas dukungan dan doanya.
- Seluruh keluarga besar saya yang tidak dapat saya
Semoga penelitian ini bermanfaat bagi penulis khususnya
dan bagi pembaca pada umumnya. Peneliti juga berharap
semoga hasil yang didapat dapat bermanfaat bagi
perkembangan ilmu kedokteran dan pada akhirnya
bermanfaat bagi kesehatan anak-anak Indonesia. Semoga
Tuhan Yang Maha Kuasa senantiasa melimpahkan berkah
dan rahmat-Nya kepada kita semua.
Abstrak
PEMERIKSAAN GENEXPERT MTB/RIF DAN KULTUR DAHAK MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS DALAM MENEGAKKAN DIAGNOSIS TUBERKULOSIS PARU DAN RESISTENSI RIFAMPISIN
PADA ANAK DENGAN DUGAAN TUBERKULOSIS PARU DI RSUD DR SOETOMO
Berlian Beatrix, Deddy Iskandar, Retno Asih Setyoningrum, Ni Made Mertaniasih, Mahmudah
Latar belakang : Menegakkan diagnosis Tuberkulosis (TB) pada anak sampai saat ini masih sulit dikerjakan. GeneXpert MTB/RIF adalah suatu metode diagnostik baru yang dapat mengidentifikasi Mycobacterium tuberculosis (MTB) dengan cepat. Walaupun metode ini telah direkomendasikan pada anak-anak, namun penelitian tentang GeneXpert MTB/RIF dalam mendiagnosis TB paru anak di lingkungan Rumah Sakit (RS) belum pernah dikerjakan di Indonesia
Tujuan : Membandingkan hasil pemeriksaan GeneXpert MTB/RIF dengan kultur dahak MTB pada media Lowenstein Jensen (LJ) dalam menegakkan diagnosis TB paru pada anak yang diduga TB paru
Metode : Consecutive sampling mengumpulkan 27 anak usia 3 bulan sampai 14 tahun yang diduga TB paru antara Juni sampai Agustus 2015 pada penelitian cross sectional di RSUD dr Soetomo. Pada setiap anak dilakukan pengambilan dahak dengan cara induksi dahak kemudian dilakukan tiga metode pemeriksaan sekaligus yaitu secara mikroskopis,
GeneXpert MTB/RIF dan kultur yang dilanjutkan dengan uji kepekaan MTB bagi spesimen yang terdeteksi ada pertumbuhan MTB
Hasil : Sensitivitas GeneXpert MTB/RIF adalah 100% (95% CI 100-100) dan spesifisitas 95% (95% CI 85-100). Nilai duga positif GeneXpert MTB/RIF adalah 89% (95% CI 68-100), sedangkan nilai duga negatifnya adalah 100% (95% CI 100-100) dan Likelihood positive nya adalah 20 (95%CI 2,82-128)
Kesimpulan :GeneXpert MTB/RIF mampu mendeteksi semua spesimen yang terdeteksi positif MTB oleh Kultur dahak MTB namun dalam waktu yang lebih singkat dan dengan spesifisitas yang tinggi
Abstract
GENEXPERT MTB/RIF AND MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS SPUTUM CULTURE IN ESTABLISHING THE DIAGNOSIS OF PULMONARY TUBERCULOSIS AND RIFAMPICIN RESISTANCE IN
SUSPECTED CHILDHOOD PULMONARY TUBERCULOSIS IN SOETOMO HOSPITAL
Berlian Beatrix, Deddy Iskandar, Retno Asih Setyoningrum, Ni Made Mertaniasih, Mahmudah
Background: The diagnosis of childhood tuberculosis remains a challenge worldwide. The GeneXpert MTB/RIF test, a rapid Mycobacteria tuberculosis diagnostic tool, was recommended for use in children. No pediatric studies of GeneXpert MTB/RIF assessing pulmonary tuberculosis with hospital base have been done in Indonesia
Objective : We evaluated the performance of the GeneXpert MTB/RIF test compared with sputum culture on Lowenstein-Jensen (LJ) for the diagnosis of childhood pulmonary tuberculosis.
Methods: We consecutively enrolled 27 children aged 3 months to 14 years with suspected pulmonary tuberculosis between June and August 2015 into a cross-sectional diagnostic study at Soetomo Hospital a tertiary care facility in Surabaya. Sputum collection was performed by induced sputum then three examination methods were performed, microscopic, GeneXpert MTB/RIF and sputum culture simultaneously. Followed by Drug sensitivity test for specimens detected with MTB growth
Results: The GeneXpert MTB/RIF test had a sensitivity of 100% (95% CI 100- 100) and a specificity of 95% (95% CI 85-100). Positive predictive value for diagnosing pulmonary TB was 89% (95% CI 68-100), negative predictive value was 100% (95% CI 100-100), positive likelihood ratio was 20 (95% CI 2,82-128)
Conclusion: The GeneXpert MTB/RIF test on one sputum sample rapidly and correctly identified all children with culture confirmed pulmonary tuberculosis with high specificity.
RINGKASAN
Diagnosis Tuberkulosis (TB) pada anak yang sulit menyebabkan
under dan over diagnosis TB anak, hal ini mengakibatkan morbiditas dan mortalitas yang tinggi. Menegakkan diagnosis dini TB pada anak sangat
penting dalam rangka pengendalian kejadian penyakit TB. Namun
pendekatan diagnosis yang ada saat ini kurang sensitif. GeneXpert MTB/RIF adalah uji molekuler dengan metode Polymerase chain reaction
(PCR) memberikan sensitivitas tinggi dengan cara melipatgandakan
deoxyribonucleic acid (DNA) Mycobacterium tuberculosis (MTB). Penelitian untuk mengevaluasi hasil pemeriksaan GeneXpert MTB/RIF
dalam menegakkan diagnosis TB paru anak belum pernah dikerjakan di
Indonesia.
Tujuan penelitian ini adalah membandingkan hasil pemeriksaan
GeneXpert MTB/RIF dengan kultur dahak MTB dalam menegakkan
adalah dahak yang akan melalui tiga metode pemeriksaan sekaligus yaitu
mikroskop, GeneXpert MTB/RIF dan kultur yang dilanjutkan dengan uji kepekaan MTB pada spesimen yang terdeteksi ada pertumbuhan kuman MTB.
Hasil analisa statistik menunjukkan GeneXpert MTB/RIF
mempunyai sensitifitas dan spesifisitas yang tinggi dalam menegakkan
DAFTAR ISI
LEMBAR KEPUTUSAN TIM PENGUJI... i
LEMBAR PENGESAHAN... ... ii
LEMBAR PERNYATAAN ... ... iii
LEMBAR PENGESAHAN BUKTI KEPEMILIKAN... iv
KATA PENGANTAR ... ... v
UCAPAN TERIMAKASIH ... ... vi
ABSTRAK ... ... xiv
ABSTRACT ... ... xv
RINGKASAN ... ... xvi
DAFTAR ISI... xvii
DAFTAR GAMBAR……….…………. xxi
DAFTAR TABEL………..….... xxii
DAFTAR LAMPIRAN………... xxiv
DAFTAR SINGKATAN……… xxv
BAB 1 PENDAHULUAN………..……… 1
1.1 Latar Belakang………..……... 1
1.2 Identifikasi Masalah……… 4
1.3 Rumusan Masalah………... 4
1.4 Tujuan Penelitian………. 5
1.4.1 Tujuan Umum………. 5
1.5 Manfaat Penelitian……….. 5
1.5.1 Manfaat Teori………. 5
1.5.2 Manfaat Praktis………. 6
BAB 2 TINJAUAN KEPUSTAKAAN……….. 7
2.1 Mycobacterium tuberkulosis……….. 7
2.2 Patogenesis dan Perjalanan Alamiah Tuberkulosis………. 8
2.3 Diagnosis Tuberkulosis Anak……… 13
2.3.1 Pendekatan Dignosis TuberkulosisAnak….. 13
2.3.2 Kesulitan Diagnosis TuberkulosisAnak……. 20
2.4 Tuberkulosis-Multiple drug resistance……….……… 22
2.4.1 Epidemiologi Tuberkulosis-Multiple Drug Resistance………..…… 22
2.4.2 Patogenesis Tuberkulosis-Multiple Drug Resistance……… 23
2.4.3 Pendekatan Diagnosis Tuberkulosis-Multiple Drug Resistance……… 26
2.5 Penggunaan GeneXpert MTB/RIFuntuk Diagnosis Tuberkulosis Anak dan Resistensi Rifampisin……... 27
2.5.1 Sistem GeneXpert MTB/RIF…………… 27
2.5.2 Pemeriksaan Molekuler Mycobacterium tuberculosis dengan GeneXpert MTB/RIF…. 29 2.5.3 Pengumpulan Spesimen Pemeriksaan GeneXpert MTB/RIF………. 33
2.6.1 Penelitian tentang GeneXpert MTB/RIFpada
TB paru……… 36
2.6.2 Penelitian tentang GeneXpert MTB/RIF pada Diagnosis Resistensi Rifampisin……... 40
Bab 3KERANGKA KONSEPTUAL……… 42
3.1 Kerangka Konseptual Penelitian………... 41
3.2 Penjelasan Kerangka konsep penelitian……….. 43
3.3 Hipotesis……….…….. 44
Bab 4 METODE PENELITIAN………...…….. 45
4.1 Jenis Penelitian………..…….. 45
4.2 Waktu dan Tempat Penelitian………...…….. 46
4.2.1 Waktu Penelitian……… 46
4.2.3 Tempat Penelitian……….……. 46
4.3 Populasi danSampel Penelitian………..……. 46
4.3.1 Populasi Penelitian……… 46
4.3.2 Sampel Penelitian………..…… 46
4.3.3 Kriteria Inklusi dan Eksklusi………..…… 46
4.3.4 Estimasi Besar Sampel………..…... 47
4.3.5 Teknik Pengambilan Sampel……… 48
4.4 Variabel Penelitian………... 48
4.5 Definisi Operasional Penelitian………..…… 48
4.6 Teknik Pengumpulan Data………..……... 55
4.6.2 Pengumpulan Data Dasar Penelitian……….. 55
4.7 Teknik Analisis Data……… 57
4.8 Etika Penelitian……… 57
4.9 Alur Penelitian………...……… 57
Bab 5 HASIL PENELITIAN DAN ANALISIS……… 59
5.1 Karakteristik Sampel……… 59
5.2 Diagnosis TB Paru Anak dengan GeneXpert MTB/RIF……… 65
5.3 Deteksi Resistensi Rifampisin pada TB Paru Anak dengan GeneXpert MTB/RIF………. 66
5.4 Pemeriksaan GeneXpert MTB/RIF dan Kultur Dahak Mycobacterium tuberculosis berdasarkan Kelompok Umur.………...…….. 67
5.5 Pemeriksaan GeneXpert MTB/RIF dan Kultur Dahak Mycobacterium tuberculosis berdasarkan Status Gizi……..………...…….. 69
5.6 Pemeriksaan GeneXpert MTB/RIF dan Kultur Dahak Mycobacterium tuberculosis berdasarkan Manifestasi Klinis………...………. 73
BAB 6 PEMBAHASAN………...…… 76
6.1 Karakteristik Sampel………...…... 76
6.2 Diagnosis TB Paru dengan GeneXpert MTB/RIF... 80
6.3 Deteksi Resistensi Rifampisin pada TB paru Anak
dengan GeneXpert MTB/RIF………...………
6.4 Pemeriksaan GeneXpert MTB/RIF dan Kultur Dahak Mycobacterium tuberculosis berdasarkan
Kelompok Umur..………...…… 86
6.5 Pemeriksaan GeneXpert MTB/RIF dan Kultur Dahak Mycobacterium tuberculosis berdasarkan Status Gizi……...………...…… 88
6.6 Pemeriksaan GeneXpert MTB/RIF dan Kultur Dahak Mycobacterium tuberculosis berdasarkan Manifestasi klinis.………...…… 89
BAB 7 PENUTUP………. 93
7.1 Simpulan ……….. 93
7.2 Saran………. 93
Daftar Pustaka……….. 94
DAFTAR GAMBAR
Gambar 2.1 Kuman Mycobacterium tuberculosis pada pemeriksaan
mikroskopis………..……….. 7
Gambar 2.2 Gen rpoB enzym RNA polymerase yang mengalami
mutasi……….. 25
Gambar 2.3 Primer GeneXpert MTB/RIF pada Rifampisin Resistance Determining Region…...……… 29
Gambar 2.4 Perangkat pemeriksaan GeneXpert MTB/RIF..………… 31
Gambar 2.5 Hasil pemeriksaan GeneXpert MTB/RIF………………… 33
Gambar 2.6 Alur penggunaan Mesin GeneXpert MTB/RIF..………… 35
Gambar 3.1 Kerangka Konsep Penelitian………..………. 42
Gambar 4.1 Pembacaan hasil TST……….………. 50
DAFTAR TABEL
Tabel 2.1 Average age specific risk for disease development following primary infection………... 12 Tabel 2.2 Sistem skoring diagnosis Tuberkulosis anak………... 14
Tabel 2.3 Factors causing false-negative Tuberculin Skin Tests………...……… 15 Tabel 2.4 Factors causing false-positive Tuberculin Skin
Tests……… 16 Tabel 2.5 Penelitian tentang penggunaan GeneXpert MTB/RIF
pada Tuberkulosis paru………... 38 Tabel 2.6 Perbandingan Hasil pemeriksaan GeneXpert
MTB/RIFdengan pemeriksaan mikroskopis dan
kultur ……….. 39
Tabel 2.7 Penelitian tentang penggunaan GeneXpert MTB/RIF
untuk deteksi kuman MTB yang resisten terhadap
Rifampisin. ……… 41
Tabel 4.1 Interpretasi hasil Tuberculin Skin Test……………………. 50
Tabel 4.2 Penentuan status gizi menurut kriteria Waterlow, WHO
2006 dan CDC 2000………. 52 Tabel 4.3 Standard Nasional Pencatatan Hasil Kultur Dahak MTB.
………... 54 Tabel 5.1 Karakteristik Sampel………. 60
Tabel 5.2 Perbandingan Hasil Pemerksaan TST dengan GeneXpert MTB/RIF……….……… 62 Tabel 5.3 Pemeriksaan Dahak...……..……….………. 62
Tabel 5.4 Perbandingan Pemeriksaan Mikroskopis BTA dan
GeneXpert MTB/RIF………. 63 Tabel 5.5 Perbandingan Pemeriksaan Mikroskopis BTA, dan Kultur
Dahak MTB...……….. 64
Tabel 5.7 Perbandingan Pemeriksaan GeneXpert MTB/RIF dan
Kultur Dahak MTB ……… 66 Tabel 5.8 Perbandingan GeneXpert MTB/RIF berdasarkan
Kelompok Umur... ……….……... 67
Tabel 5.9 Perbandingan Kultur dahak MTB berdasarkan Kelompok
Umur...……….……... 68
Tabel 5.10 Kesepadanan Hasil GeneXpert MTB/RIF dan Kultur Dahak MTB berdasarkan Kelompok Umur... 69
Tabel 5.11 Pemeriksaan GeneXpert MTB/RIF berdasarkan Status Gizi...…….……….……... 70
Tabel 5.12 Pemeriksaan Kultur dahak MTB berdasarkan Status
Gizi...…….……….……...……... 70
Tabel 5.13 Kesepadanan GeneXpert MTB/RIF dan Kultur Dahak
MTB berdasarkan Status Gizi ….……...……... 71 Tabel 5.14 Pemeriksaan GeneXpert MTB/RIF berdasarkan
Manifestasi Klinis………...………… 73 Tabel 5.15 Perbandingan Kultur dahak MTB berdasarkan Manifestasi
Klinis………..…………...……… 74
Tabel 5.16 Kesepadanan GeneXpert MTB/RIF dan Kultur Dahak
DAFTAR LAMPIRAN
Lampiran 1 Jadwal Kegiatan Penelitian……….……….. 102
Lampiran 2 Lembar Pengumpul Data………... 103
Lampiran 3 Informasi Penelitian untuk peserta……….……….. 107
Lampiran 4 Permohonan Menjadi Subyek Penelitian……… 112
Lampiran 5 Surat pernyataan kesediaan mengikuti penelitian……. 113
Lampiran 6 Etik Penelitian………...………. 114
DAFTAR SINGKATAN
AFB : Acid Fast Bacili
BB : Berat Badan
BTA : Basil Tahan Asam
DNA : Deoxyribonucleic acid
DL : Darah lengkap
DST : Drug Susceptibility Testing
IMT : Indeks Masa Tubuh
LED : Light Emitting Diode
LR : Likelihood ratio
LJ : Lowenstein Jensen
MODS : Microscopic Observation Drug Susceptibility
MTB : Mycobacterium tuberculosis
NPV : Negative Predictive Value
RIF : Rifampisin
RNAP : Ribonucleic acid polymerase
RRDR : Rifampisin-Resistance Determining Region
Sen : Sensitifitas
Sp : Spesifisitas
SPC : Sample Processing Control
PPC : Probe Processing Control
PPD : Purified Protein Derivative
PPV : Positive Predictive Value
TB : Tuberkulosis
TB-HIV : Tuberculosis-Human Immunodeficiency Virus
TB-MDR : Tuberculosis-Multiple Drug Resistance
Tb : Tinggi badan
TBM : Tuberculous Meningitis
TST : Tuberculin skin test
TU : Tuberculin Unit
WHO : World Health Organization
