Latihan Soal 1 Biokimia

Nama

Nama : Agita : Agita Dzulhajh AngDzulhajh Anggrainigraini NIM

NIM : : 130331811074130331811074

LATIHAN SOAL PENDAHULUAN BIOKIMIA LATIHAN SOAL PENDAHULUAN BIOKIMIA

1.

1. Definisikan istilah-istilah berikut, dengan contohnya masing-masing:Definisikan istilah-istilah berikut, dengan contohnya masing-masing: a.

a. BiokimiaBiokimia

Biokimia adalah ilmu pengetahuan tentang dasar

Biokimia adalah ilmu pengetahuan tentang dasar kimiawi kehidupan. Atau dengan katakimiawi kehidupan. Atau dengan kata lain, biokimia adalah ilmu pengetahuan tentang konstituen kimiawi sel hidup serta lain, biokimia adalah ilmu pengetahuan tentang konstituen kimiawi sel hidup serta reaksi dan proses yang dialami konstituen tersebut. Contoh: mempelajari struktur reaksi dan proses yang dialami konstituen tersebut. Contoh: mempelajari struktur  protein, mempelajari metabolisme karbohidrat.

 protein, mempelajari metabolisme karbohidrat.  b.

 b. Reaksi biokimiaReaksi biokimia

Reaksi biokimia adalah reaksi yang dikendalikan oleh enzim dan berlangsung baik di Reaksi biokimia adalah reaksi yang dikendalikan oleh enzim dan berlangsung baik di dalam maupun di luar tubuh organisme. Contoh: metabolisme sel di dalam tubuh, reaksi dalam maupun di luar tubuh organisme. Contoh: metabolisme sel di dalam tubuh, reaksi fermentasi tape

fermentasi tape c.

c. Organisme selulerOrganisme seluler

Organisme seluler adalah makhluk hidup yang terdiri dari sel, baik uniseluler (sel Organisme seluler adalah makhluk hidup yang terdiri dari sel, baik uniseluler (sel tunggal) maupun multiseluler (banyak sel). Contoh: organisme uniseluler adalah tunggal) maupun multiseluler (banyak sel). Contoh: organisme uniseluler adalah amoeba, beberapa jenis Protista dan Cyanobacteria; organisme multiseluler

amoeba, beberapa jenis Protista dan Cyanobacteria; organisme multiseluler adalahadalah hewan dan tumbuhan.

hewan dan tumbuhan. d.

d. BiomolekulBiomolekul

Biomolekul adalah s

Biomolekul adalah senyawa-senyawaenyawa-senyawaorganik organik  pembentuk organisme hidup d pembentuk organisme hidup dan bersifatan bersifat khas sebagai produk aktivitas biologis.

khas sebagai produk aktivitas biologis. Contoh: karbohidrat, lipid, protein, asam nukleatContoh: karbohidrat, lipid, protein, asam nukleat e.

e. MetabolismeMetabolisme

Metabolisme adalah semua

Metabolisme adalah semua reaksi kimia reaksi kimia yang melibatkan sejumlahyang melibatkan sejumlah substrat substrat yangyang  bereaksi dengan dikatalisis

 bereaksi dengan dikatalisis enzim enzim dan terjadi di dalamdan terjadi di dalam organisme, organisme, termasuk yang termasuk yang terjadi di tingkat

terjadi di tingkat selular. selular. Contoh: katabolisme dan anabolisme Contoh: katabolisme dan anabolisme

2.

2. Apakah bedanya, antara:Apakah bedanya, antara: a.

a. Benda hidup dan benda mati menurut biokimiaBenda hidup dan benda mati menurut biokimia No

No Benda Benda hidup hidup Benda Benda matimati 1

1 Mempunyai Mempunyai susunan susunan yang yang komplekskompleks tetapi terorganisir dengan sangat rapi. tetapi terorganisir dengan sangat rapi.

Tidak mempunyai susunan yang Tidak mempunyai susunan yang kompleks tetapi terorganisir dengan kompleks tetapi terorganisir dengan

sangat rapi. 2 Mampu mempertahankan ‘keteraturan’

dirinya di dalam lingkungan yang semakin tidak teratur.

Tidak mampu mempertahankan ‘keteraturan’ dirinya di dalam lingkungan yang semakin tidak teratur.

3 Dapat mereplikasi diri (berkembang  biak).

Tidak dapat mereplikasi diri (berkembang biak).

 b. Sel prokariot dan sel eukariot

Karakteristik Prokariotik Eukariotik

Ukuran sel (diameter) 0,1-5 µm 10-100 µm

Organel sel Tidak ada organel sel Terdapat organel sel seperti lisosom, retikulum

endoplasma,

sentriol, lisosom, badan golgi, dan mitokondria

Inti sel Tidak memiliki inti yang sebenarnya, materi inti tersebar dalam sitoplasma karena tidak mempunyai membran inti

Memiliki nukleus yang

sebenarnya karena materi inti dilingkupi oleh membrane inti

Dinding sel Dinding selnya mengandung  peptidoglikan.

Tidak semua sel eukariotik memiliki dinding sel.

Transkripsi Proses transkipsi terjadi lebih sederhana

Transkipsi lebih rumit terjadi, dikarenakan akses RNA

 polymerase terhadap DNA lebih lama akibat DNA dikemas secara kompak dengan protein histon Jumlah kromosom Hanya memiliki

kromosom tunggal

Memiliki kromosom lebih dari 1 (satu)

Tempat pembuangan Vakuola sebagai tempat  pembuangan

Pembuangan langsung ke luar sel

c. Organ dan organel

Organ Organel

Merupakan kelompok  jaringan yang melakukan beberapa fungsi.

Contoh: jantung, paru-paru, otak, mata, lambung, limpa, pankreas, ginjal, hati, usus, kulit, uterus, saluran urin, dan tulang.

Merupaka salah satu dari beberapa struktur dengan fungsi khusus yang terapung-apung dalam sitoplasma sel eukariot.

Contoh: kloroplas, mitokondria, retikulum endoplasma, lisosom, nukleus, ribosom, badan golgi, dll.

d. Katabolisme dan anabolisme

Katabolisme Anabolisme

Adalah reaksi penguraian molekul senyawa organik untuk mendapatkan energi (molekul kompleks menjadi senyawa sederhana).

Contoh: respiasi sel (menghasilkan energi dari karbohidrat, protein, dan lemak), respirasi aerobik, dan respirasi anaerobik

Adalah reaksi yang merangkai senyawa organik dari molekul-molekul tertentu, untuk diserap oleh sel tubuh.

Contoh: glikogenesis (pembentukan glikogen dari glukosa), glukoneogenesis (pembentukan glukosa dari senyawa organik lain), fotosintesis.

e. Sel hewan dan sel tumbuhan

Sel hewan Sel tumbuhan



Tidak memiliki dinding sel.



Tidak memiliki kloroplas.



Memiliki vakuola yang lebih kecil.



Memiliki sentriol.



Dinding sel tersusun atas selulosa dan  protein.



Memiliki plastida, terutama kloroplas yang mengandung klorofil (pigmen warna hijau) berfungsi untuk

fotosintesis.



Memiliki vakuola yang besar.



Tidak memiliki sentriol. f. Mikroskop cahaya dan mikroskop electron

Mikroskop cahaya Mikroskop elektron

Mikroskop cahaya mempunyai  perbesaran maksimum 1000 kali.

Mikroskop elektron mempunyai

 perbesaran sampai lebih dari satu juta kali.

Menggunakan cahaya tampak sebagai sumber pencahayaan

Menggunakan sinar katoda sebagai sumber pencahayaan

3. Jelaskan:

a. Mengapa Virus bisa dimasukkan sebagai benda hidup ,tetapi juga benda mati ?

Virus dimasukkan sebagai benda hidup karena di dalam sel makhluk hidup (sel inang) dapat menjalankan fungsi biologisnya secara bebas dan dapat bereplikasi. Sedangkan virus dapat dimasukkan sebagai benda mati karena jika diluar sel makhluk hidup (sel inang) tidak dapat menjalankan fungsi biologisnya dan tidak dapat bereplikasi, serta dapat dikristalkan.

 b. Bilamana kita harus menggunakan mikroskop cahaya, mikroskop electron atau difraksi sinar X?

Mikroskop cahaya Mikroskop elektron Difraksi sinar X Digunakan dengan cahaya

lampu untuk meneliti obyek dengan ukuran yang lebih besar.

Digunakan dengan elektromagnetik untuk meneliti ultrastruktur dari  berbagai spesimen biologi

dan anorganik termasuk mikroorganisme, sel, dll dan obyek pengamatan harus setipis mungkin.

Digunakan untuk

mempelajari keteraturan atom atau molekul dalam suatu struktur tertentu dan dapat memberikan informasi tentang struktur polimer, termasuk tentang keadaan amorf dan kristalin polimer.

c. Perbedaan antara keempat biomolekul berikut, dalam hal struktur, fungsi dan keberadaan/kelimpahannya di dalam sel/ organisme?

Biomolekul

Perbedaan

Struktur Fungsi Kelimpahan dalam

sel/organisme Karbohidrat

_

Terdiri atas karbon, hidrogen, dan

oksigen.



Mengandung gugus fungsi karbonil (sebagai aldehida atau keton) dan  banyak gugus hidroksil.



Struktur molekul:

(a) Monosakarida (satu molekul gula), misalnya glukosa.

(b) Disakarida (dua molekul

monosakarida), misalnya sukrosa.

(c) Polisakarida (banyak molekul monosakarida), misalnya selulosa.



Sumber energi.



Cadangan energi.



Pembentuk struktur.



Dalam darah sebagai glukosa untuk keperluan energi.



Dalam hati dan  jaringan otot

sebagai glikogen.

Protein

_

Polimer dari asam amino.



Masing-masing protein memiliki



Pembentuk struktur.

Molekul organik terbanyak di dalam

 jumlah dan urutan asam amino yang khas.

(a) Struktur primer: urutan linier asam amino dalam satu rantai  polipeptida yang dihubungkan

melalui ikatan peptida (amida). (b) Struktur sekunder: rangkaian

asam amino pada protein yang distabilkan oleh ikatan hidrogen. (c) Struktur tersier: pelipatan struktur

sekunder bersama-sama dengan  penempatan ruang gugus R-nya

membentuk struktur tiga-dimensi (gabungan dari aneka ragam struktur sekunder), biasanya  berupa gumpalan. Struktur tersier

distabilkan oleh beberapa interaksi lemah (interaksi

hidrofobik, elektrostatik, ikatan hidrogen, dan ikatan van der waals).

(d) Struktur kuarterner: pengaturan ruang beberapa struktur tersier yang terjadi pada protein

multimerik (protein yang terdiri lebih dari satu rantai polipeptida).



Biokatalis/ enzim.

sel yang berada di dalam gen.

Lipid

_

Mampu membentuk struktur seperti vesikel, liposom, atau membran lain dalam lingkungan  basah.



Tersusun atas gliserol dan asam lemak



Penyusun membran sel.



Penahan  panas dan  benturan.



Cadangan energi. 5-25% berat tubuh mamalia adalah lipid dan 90%  berupa asil gliserol

atau trigliserida. Pada sel, lipid terdapat dalam sitosol.

Asam

nukleat



Tersusun atas rantai nukleotida (sebuah basa nitrogen heterosiklik yaitu purin atau pirimidin, sebuah gula pentosa, dan sebuah gugus fosfat) yang mengandung informasi genetik yaitu Asam

deoksiribonukleat (DNA) dan Asam ribonukleat (RNA).



Penyimpan an dan  pembawa informasi genetik.



Penyusun ribosom. Dalam nukleus/inti sel.

4. Tiga macam cara klasifikasi makhluk hidup, dasar klasifikasi dan contoh hasil klasifikasi masing-masing, bagi :manusia , E.coli, virus dan tanaman.

Organisme

Cara Klasifikasi Jenis sel Sumber energi dan

sumber karbon Kekerabatan genetik Manusia Seluler eukariot Kemotrof organotrof Eukaria

E.coli Seluler prokariot Kemotrof organotrof Eukaria

Virus Aseluler Parasit obligat

LATIHAN SOAL STRUKTUR FUNGSI PROTEIN

1. Jelaskan pengertian dari istilah-istilah berikut, jika perlu dengan contohnya: a. Biomolekul

Biomolekul adalah senyawa-senyawa organik  pembentuk organisme hidup dan bersifat khas sebagai produk aktivitas biologis. Contoh: karbohidrat, lipid, protein, asam nukleat  b. Monomer

Monomer adalah molekul sederhana dan kecil yang menjadi penyusun molekul dan senyawa yang lebih besar dan kompleks. Contoh: hidrokarbon, gula, asam amino, atau asam lemak.

c. Polimer

Polimer adalah molekul raksasa (makromolekul) yang merupakan gabungan dari monomer –  monomer. Contoh: plastik dan DNA

d. Protein konyugasi

Protein konyugasi adalah protein sederhana yang terikat dengan bahan-bahan non-asam amino. Bagian yang bukan asam amino dari protein konjugasi disebut gugus prostetik. Contoh: glikoprotein, lipoprotein, hemoprotein, fosfoprotein, dan metaloprotein.

e. Denaturasi protein

Denaturasi protein adalah kondisi di mana struktur sekunder, tersier maupun kuartener dari suatu protein mengalami modifikasi tanpa ada pemecahan ikatan peptida. Faktor yang mempengaruhi denaturasi protein adalah disebabkan perubahan suhu, perubahan  pH yang ekstrim oleh beberapa zat pelarut seperti alkohol atau aseton, beberapa zat

terlarut seperti urea, zat organik, lalu oleh detergen, logam berat, ataupun oleh  pengguncangan yang intensif. Contoh: denaturasi protein putih telur

f. Enzim

Enzim adalah biomolekul berupa protein yang berfungsi sebagai katalis (senyawa yang mempercepat proses reaksi tanpa habis bereaksi) dalam suatu reaksi kimia organik. Contoh: laktase, merupakan enzim yang mengurai laktosa

g. Enzim hidrolase

Enzim hidrolase adalah enzim yang bekerja untuk mengontrol atau mengkatalisis proses hidrolisis dalam tubuh. Contoh: Amilase yang berperan menghidrolisis pati menjadi glukosa

h. Ikatan peptida

Ikatan peptida adalah ikatan yang terjadi antara dua molekul asam amino yang dapat diikat secara kovalen melalui suatu ikatan amida substitusi.

Contoh: bagian yang diarsir adalah ikatan peptida

2. Sebutkan 4 macam biomolekul yang penting, bandingkan struktur dan fungsinya masing-masing!

Biomolekul Perbedaan

Struktur Fungsi

Karbohidrat

_

Terdiri atas karbon, hidrogen, dan oksigen.



Mengandung gugus fungsi karbonil (sebagai aldehida atau keton) dan  banyak gugus hidroksil.



Struktur molekul:

(d) Monosakarida (satu molekul gula), misalnya glukosa.

(e) Disakarida (dua molekul

monosakarida), misalnya sukrosa.

(f) Polisakarida (banyak molekul monosakarida), misalnya selulosa.



Sumber energi.



Cadangan energi.



Pembentuk struktur.



Masing-masing protein memiliki  jumlah dan urutan asam amino yang

khas.

(e) Struktur primer: urutan linier asam amino dalam satu rantai

 polipeptida yang dihubungkan melalui ikatan peptida (amida). (f) Struktur sekunder: rangkaian asam

amino pada protein yang

distabilkan oleh ikatan hidrogen. (g) Struktur tersier: pelipatan struktur

sekunder bersama-sama dengan  penempatan ruang gugus R-nya

membentuk struktur tiga-dimensi (gabungan dari aneka ragam

struktur sekunder), biasanya berupa gumpalan. Struktur tersier

distabilkan oleh beberapa interaksi lemah (interaksi hidrofobik,

elektrostatik, ikatan hidrogen, dan ikatan van der waals).

(h) Struktur kuarterner: pengaturan ruang beberapa struktur tersier yang terjadi pada protein

multimerik (protein yang terdiri lebih dari satu rantai polipeptida).



Biokatalis/ enzim.

Lipid

_

Mampu membentuk struktur seperti vesikel, liposom, atau membran lain dalam lingkungan basah.



Tersusun atas gliserol dan asam lemak



Penyusun membran sel.



Penahan panas dan

 benturan.



Cadangan energi. Asam

nukleat



Tersusun atas rantai nukleotida (sebuah basa nitrogen heterosiklik yaitu purin atau pirimidin, sebuah gula pentosa, dan sebuah gugus fosfat) yang mengandung informasi genetik yaitu Asam

deoksiribonukleat (DNA) dan Asam ribonukleat (RNA).



Penyimpanan dan pembawa informasi genetik.

3. Berikan nama dan strukur asam amino yang: a. Polar dan bersifat Asam

Asam Glutamat Asam Aspartat

 b. Polar dan bersifat Basa

Lisin Arginin

c. Polar dan Netral

Glutamin Sistein Serin

d.  Non Polar dan mengandung Cincin Aromatis

Fenilalanin Tirosin Triptofan

4. Apa bedanya:

a. Asam amino dan protein

Asam amino merupakan golongan senyawa hidrokarbon yang mengandung gugus karboksil (-COOH) dan satu gugus amina (-NH2).

Protein adalah makromolekul yang tersusun dari rantai-rantai panjang asa m amino yang saling berikatan melalui ikatan peptida.

 b. Protein serat dan protein globular

Protein serat bersifat tidak larut di dalam air, merupakan molekul serabut panjang,

dengan rantai polipeptida yang memanjang pada satu sumbu, dan tidak berlipat menjadi  bentuk globular. Hampir semua protein serabut memberikan peranan struktural dan  pelindung.

Pada protein globular merupakan rantai-rantai polipeptida berlipat rapat-rapat menjadi  bentuk globular atau bulat padat. Protein globular biasanya larut di dalam sistem larutan

(air) dan segera berdifusi; hampir semua mempunyai fungsi gerak dinamik. c. Struktur primer dan struktur tersier suatu protein

Struktur primer: Urutan linear asam amino yang disatukan oleh ikatan peptida

Struktur tersier: Pelipatan struktur sekunder bersama-sama dengan penempatan ruang gugus R-nya membentuk struktur tiga-dimensi (gabungan dari aneka ragam struktur sekunder), biasanya berupa gumpalan. Struktur tersier distabilkan oleh beberapa

interaksi lemah (interaksi hidrofobik, elektrostatik, ikatan hidrogen, dan ikatan van der waals).

d. Struktur tersier dan kuartener suatu protein

Struktur tersier: Pelipatan struktur sekunder bersama-sama dengan penempatan ruang gugus R-nya membentuk struktur tiga-dimensi (gabungan dari aneka ragam struktur sekunder), biasanya berupa gumpalan. Struktur tersier distabilkan oleh beberapa

interaksi lemah (interaksi hidrofobik, elektrostatik, ikatan hidrogen, dan ikatan van der waals).

Struktur kuartener: Beberapa protein tersusun atas lebih dari satu rantai polipeptida. Struktur kuartener menggambarkan subunit-subunit yang berbeda dipak bersama-sama membentuk struktur protein.

e. Ujung N dan ujung C protein

Ujung N merupakan residu asam amino pada ujung suatu peptida yang mempunyai gugus α-amino.

Ujung C merupakan residu pada pada ujung suatu peptida yang mempunyai gugus karboksil bebas.

5. Sebutkan minimal 4 macam fungsi protein di dalam tubuh dengan contoh jenis proteinnya!

No Protein Fungsi Contoh

1 Enzim Katalisator biologis Enzim selulosa,

enzim amilase 2 Protein transport Pergerakkan senyawa antar atau intra sel Hemoglobin 3 Pertahanan

(antibodi)

Mempertahankan serta melindungi diri Imunoglobin,

fibrinogen, trombin 4 Struktur Proteksi, penyangga, pergerakan Kolagen, keratin,

fibroin

6. Jelaskan:

a. Apa yang membedakan suatu jenis protein dari jenis protein lainnya?

Protein dapat dibedakan berdasarkan strukturnya, fungsinya, bentuknya maupun komposisinya.

 b. Apa yang menyebabkan denaturasi protein? Apa hubungannya dengan penggunaan alkohol sebagai antiseptik?

Denaturasi protein adalah kondisi di mana struktur sekunder, tersier maupun kuartener dari suatu protein mengalami modifikasi tanpa ada pemecahan ikatan peptida.

 beberapa zat pelarut seperti alkohol atau aseton, beberapa zat terlarut seperti urea, zat organik, lalu oleh detergen, logam berat, ataupun oleh pengguncangan yang intensif. Dlam hal ini, alkohol merupakan salah satu senyawa organik yang dapat mendenaturasi  protein mikroorganisme dengan cara memutuskan ikatan hidrogen intramolekul pada

rantai samping protein. Ikatan hidrogen yang baru dapat terbentuk antara alkohol dan rantai samping protein tersebut sehingga merusak struktur protein penyususn

mikroorganisme tersbut dan menyebabkan mikroorganisme tersebut kehil angan fungsi  biologisnya. Oleh karena itu alkohol digunakan sebagai antiseptis.

c. Apa artinya pI dan dapat digunakan untuk apa?

 pI merupakan pH dimana suatu asam amino bermuatan netral atau suatu nilai pH dimana protein memiliki jumlah muatan negatif yang sama dengan jumlah muatan  positifnya. Harga pI suatu asam amino memberikan pengaruh penting pada sifat  biokimia asam amino tersebut yang dapat dimanfaatkan pada proses pemurnian dan

elektroforesis. Pada elektroforesis, jika pH larutan penyangga (buffer) lebih besar daripada titik isoelektriknya, maka molekul protein akan bermigrasi menuju kutub  positif. Sementara jika pH buffer lebih rendah daripada titik isoelektriknya, maka

molekul protein akan bermigrasi menuju kutub negatif. Dan jika pH buffer sama dengan titik isoelektrik, maka protein akan diam di tempat atau tidak bermigrasi sama sekali.