1. Terjadinya erosi dan sedimentasi;
2. Perubahan pola arus dan gelombang;
3. Menurunnya kualitas air;
4. Terganggunya flora dan fauna air;
5. Kerusakan terumbu karang;
6. Terganggunya kawasan/tempat suci dan nilai budaya;
7. Terganggunya keamanan dan ketertiban;
8. Terganggunya keselamatan dan kesehatan para pekerja;
9. Terganggunya transportasi darat;
10.Terganggunya transportasi laut.
Pada sisi lain dampak positif yang timbul adalah:
1. Meningkatkan pendapatan daerah (PAD);
2. Meningkatkan peluang kerja dan berusaha;
3. Membaiknya lalu lintas darat.
dan minyak dapat berasal dari pergantian olie dan pengisian bahan bakar, dan pembersihan kapal. Kegiatan pembersihan kapal yang menggunakan surfaktan dapat menyebabkan olie menjadi dalam bentuk butiran yang besar sehingga tenggelam dan mengumpul dalam bentuk gumpalan yang lebih besar ke dasar perairan.
4. Terganggunya flora dan fauna air.
Berawal dari menurunnya kualitas air dan habitat di sekitar proyek selanjutnya dapat mengancam keberlanjutan perikanan pantai di kawasan studi, terutama perairan pantai dengan padang lamun dan terumbu karang yang mempunyai fungsi sebagai daerah asuhan (nursery ground), habitat memijah (spawning ground) dan tempat mencari makan (feeding ground) bagi beberapa jenis ikan, udang, mollusca dan echinodermata yang cukup komersial dan mempunyai nilai ekonomis penting.
Ceceran material pada saat pembangunan pelabuhan, yang apabila jatuh ke perairan akan menyebabkan peningkatan kekeruhan air. Konsekuensi lebih lanjut adalah akan menyebabkan gangguan pada penetrasi cahaya matahari sehingga produksi primer padang lamun dan fitoplankton juga terganggu. Air yang keruh juga menggangu proses respirasi beberapa biota air terutama organisme benthos, khususnya yang bersifat filter feeder karena akan terjadi penumpukan lumpur pada filamen insang sehingga susah bernafas. Bongkahan material yang besar juga dapat menimbun organisme dasar sehingga akan terjadi kematian.
Disamping dampak primer yang menyebabkan gangguan dan kematian pada sejumlah komponen flora dan fauna air, diperkirakan juga akan terjadi dampak sekunder yaitu karena adanya pelumpuran dan penurunan kualitas air serta perubahan pola arus mikro di kawasan tersebut akan berdampak negatif terhadap komponen flora dan fauna air.
5. Kerusakan terumbu karang.
Rencana pembangunan pelabuhan menimbulkan dampak yang signifikan terhadap perkembangan dan pertumbuhan karang. Ekosistem/komunitas terumbu karang (corals reef) adalah ekosistem/komunitas yang paling rentan (vulnerable) terhadap perubahan lingkungan atau terjadinya tekanan ekologi, sehingga rencana pembangunan pelabuhan diperkirakan menimbulkan
dampak-dampak negatif terhadap kelestarian komunitas terumbu karang di perairan tersebut.
Alternatif kegiatan membangun dermaga menjorok ke laut merusak terumbu karang untuk mendapatkan kedalaman tertentu, sehingga menyebabkan kematian pada koloni terumbu karang. Terumbu karang di kawasan studi merupakan obyek/destinasi yang sangat potensial bagi pengembangan wisata bahari (diving & snorkeling), sehingga kerusakan, kematian dan gangguan sebagai dampak dari pembangunan dermaga, juga berdampak sekunder dan tersier pada keberlanjutan usaha wisata dan kenyamanan berwisata di kawasan tersebut.
6. Terganggunya kawasan/tempat suci dan Nilai Budaya.
Aspek lainnya yang perlu mendapat perhatian dalam pengelolaan dampak, yaitu dampak negatif terhadap kawasan/tempat suci dan nilai budaya yang sangat peka terhadap sentuhan aktivitas proyek karena di daerah sekitarnya cukup banyak terdapat tempat/bangunan suci (Dang Kahyangan hingga kahyangan desa). Aspek kesakralan dan nilai budaya menyangkut perasaan dan sistem kepercayaan masyarakat sekitar yang dijunjung tinggi dalam kehidupan sehari-hari. Lokasi-lokasi ini menjadi areal yang digunakan untuk rangkaian upacara pakelem, nganyut sekah dan yang lain, yang dilakukan oleh masyarakat secara periodik, sehingga kawasan perairannya menjadi kawasan yang disucikan.
7. Terganggunya keamanan dan ketertiban.
Selama proses pembangunan pelabuhan, dominan penduduk lokal khawatir dengan kedatangan tenaga kerja luar untuk kegiatan konstruksi pelabuhan tersebut. Kekhawatiran masyarakat lokal yang terbesar menyangkut aspek keamanan lingkungan, dan munculnya kecemburuan sosial.
8. Terganggunya keselamatan dan kesehatan para pekerja.
Terganggunya kesehatan dan keselamatan pekerja merupakan dampak dari pembangunan pelabuhan yang merupakan dampak primer sebagai akibat kecelakaan kerja pada tahap konstruksi. Kecelakaan ini bisa terjadi karena pekerja kurang menguasai peralatan yang digunakan atau dalam keadaan tidak menggunakan alat dan pakaian pelindung. Terjadinya penurunan kesehatan masyarakat pada tahap operasional pelabuhan disebabkan oleh karena adanya
pembuangan limbah B3 (sisa minyak dan olie) dan terbawanya kuman penyakit menular di dalam kapal melalui barang/muatan kapal.
9. Terganggunya transportasi darat.
Pembangunan konstruksi dermaga menyebabkan banyaknya material yang terangkut dari darat, sehingga kepadatan lalu-lintas darat meningkat. Meskipun pengangkutan material bangunan dilakukan secara bertahap sesuai dengan urutan pekerjaan, konsentrasi kepadatan arus lalu lintas pada ruas jalan akan menambah beban yang memang sudah padat terutama pada musim-musim upacara adat, demikian juga pada pengangkutan peralatan kerja yang dilakukan pada awal kegiatan. Mengingat kepadatan lalu-lintas pada rute ini semakin padat dan material yang diangkut memiliki beban yang tinggi, yang mana hal ini akan mempengaruhi kerusakan perkerasan jalan.
Demikian juga saat operasional, dengan adanya dermaga mengakibatkan semakin banyaknya kendaraan yang memasuki areal pelabuhan terutama pada saat bertambatnya kapal. Hal ini perlu mendapat pengaturan sehingga dampak yang ditimbulkan tidak menimbulkan dampak ikutan yang lebih besar. Di samping itu saat odalan di pura-pura sekitar wilayah studi, akan mengakibatkan akumulasi kendaraan yang lebih besar sehingga perlu pengelolaan yang lebih baik, terutama tentang masalah parkir.
10.Terganggunya transportasi laut.
Pada saat pembangunan dermaga akan mengurangi ruang kapal melakukan lego jangkar pada perairan rencana lokasi kegiatan, sehingga mengganggu lalu lintas laut, seperti para nelayan, operasional kapal motor, ataupun lalu lintas kapal laut untuk minyak, terutama pada musim ombak besar dan surut terendah. Masyarakat yang terkena dampak adalah masyarakat nelayan, pengguna kapal motor dan perusahaan minyak (PERTAMINA) dan masyarakat pengguna jasa pelayaran lainnya.
Kegiatan pengerukan akan dapat mempengaruhi: lalu lintas kapal (bongkar/
muat), lalu lintas perahu nelayan, operasional kapal motor, serta lalu lintas di laut lainnya ataupun lalu lintas kapal laut untuk minyak, terutama saat gelombang besar dan surut terendah. Pada saat operasional akan berpengaruh pada lalu lintas kapal/laut. Lalu lintas laut terganggu karena luas teluk relatif sempit yang di manfaatkan untuk perahu nelayan, kapal motor maupun kapal laut untuk keperluan PERTAMINA. Selain itu jarak antar dermaga pada batas
minimal akan menimbulkan permasalahan ketika kapal akan menuver saat akan berlabuh maupun akan berangkat. Kondisi teluk akan lebih sempit ketika air surut dan gelombang besar, sehingga lalu lintas laut akan semakin padat.