Identifikasi Polimorfisme Gen GDF-9 Pada Kambing Senduro Menggunakan Teknik PCR-RFLP

Identifikasi Polimorfisme Gen GDF-9 (Growth Differentiation Factor-9) Ekson 1 pada Kambing Senduro menggunakan

Teknik PCR-RFLP

FAKULTAS PETERNAKAN UNIVERSITAS BRAWIJAYA

Oleh:

Jodi Prasetyo 185050100111174 Dosen Pembimbing:

Prof. Dr. Sc. Agr. Ir. Suyadi MS., IPU., ASEAN Eng.

Kambing Senduro

Seleksi

Informasi Genetik Gen GDF-9

PCR-RFLP

LATAR BELAKANG

Rumusan Masalah

Manfaat

Tujuan

Bagaimana tingkat keberagaman atau polimorfisme gen GDF-9 ?

Untuk melihat tingkat keberagaman atau polimorfismegen GDF-9

Menjadi informasi ilmiah yang dapat dikembangkan untuk penelitian

selanjutnya.

Peningkatan Mutu Genetik Kambing Senduro

Seleksi

Genotipe (Molekuler)

GDF-9 RFLP

PCR

Polimorfisme

Informasi Genetik

Peningkatan mutu genetik melalui seleksi ternak merupakan upaya yang digunakan untuk mendapatkan gen unggul. Gen unggul pada ternak akan berkaitan dengan produktivitas yang tinggi sehingga memberikan keuntungan terhadap peternak.

Keragaman genetik merupakan informasi penting dalam serangkaian proses awal mengevaluasi potensi genetik ternak untuk konservasi, pengembangan dan pemanfaatan secara berkelanjutan (Zein, et al., 2011).

Kerangka Pikir

Hipotesis pada penelitian ini adalah adalah terdapat keragaman genetik atau polimorfisme gen Growth Differentiation Factor-9 (GDF-9) Ekson 1 pada kambing Senduro

Hipotesis

Materi & Metode

Materi Penelitian

Lokasi Penelitian

Metode Penelitian

Waktu Penelitian

Sampel darah Kambing Senduro Betina sebanyak 99 ekor yang sehat,

dan tidak cacat

Metode yang digunakan dalam penelitian ini adalah Metode

laboratorium eksperimental

1. UD Sumberetawa 2. UPT PT Singosari

3. Lab. Bioteknologi Fapet UB

Penelitian ini dilakukan pada bulan Agustus 2022 sampai dengan bulan Maret 2023.

Prosedur Penelitian

Pengambilan

Sample Darah Ekstraksi DNA Amplifikasi DNA (PCR)

Visualisasi

Produk PCR RFLP

Analisis Data

1. Frekuensi Alel dan Genotipe

2. Derajat Heterozigositas

3. Keseimbangan Hardy -

Weinberg

Hasil Amplifikasi - Metode Polymerase Chain Reaction (PCR)

Keterangan : M (Marker DNA ladder 100 bp.1-6 sample

Produk PCR

Kondisi Amplifikasi

GDF9

Pra Denatur

asi

Reaksi Siklus

Denatur asi

Aneling Ekstens i

Ekstensi Akhir

95^oC 5 menit

35 95^oC 10 detik

60^oC 20 detik

72^oC 30 detik

72^oC 5 menit

Hasil dan Pembahasan

Identifikasi Polimorfisme dengan Enzim Alu1 - Metode Restriction Fragment Length Polymorphism (RFLP)

CC CG CC CC GG

516 bp 398 bp

118 bp

Frekuensi Alel dan Genotipe gen GDF-9 Alu1 UPT PT Singosari

Frekuensi Genotipe Frekuensi Alel

GG (3) CG (1) CC (76) G C

0,0375 0,0125 0,95 0,04375 0,95625

Frekuensi Alel dan Genotipe gen GDF-9 Alu1 UD Sumberetawa

Frekuensi Genotipe Frekuensi Alel

GG (0) CG (4) CC (15) G C

0 0,210526316 0,789473684 0,105263158 0,894736842

Heterozigositas dan Keseimbangan Hardy-Weinberg (UPT PT Singosari)

Heterozigositas dan Keseimbangan Hardy-Weinberg (UD Sumberetawa)

Heterozigositas Keseimbangan HW

Ho He X²Hitung X²Tabel (0,05)

0,0125 0,0836 69.775 3,842

Heterozigositas Keseimbangan HW

Ho He X²Hitung X²Tabel (0,05)

0,2105 0,1883 0,91 3,842

Ditemukan polimorfisme gen GDF-9 ekson 1 pada Kambing Senduro di UPT-PT Singosari dan UD Sumberetawa

Gen GDF-9 ekson 1 dalam populasi kambing senduro di UD. Sumberetawa berada dalam keseimbangan berdasarkan hukun Hardy-Weinberg

Gen GDF-9 ekson 1 dalam populasi kambing senduro di UPT-PT Singosari tidak berada dalam keseimbangan berdasarkan hukum Hardy-Weinberg

Kesimpulan

Perlu dilakukan penelitian lanjutan dengan penambahan jumlah sampel dan dilakukan pendataan sifat-sifat fenotipe yang berhubungan dengan gen GDF-9 ekson 1 agar dapat dilakukan asosiasi, sehingga dapat dijadikan sebagai marka genetik untuk seleksi berbantuan marka (Marker Assisted Selection atau MAS).

Saran

Dokumentasi