GUIDING QUESTIONS
Penerapan Marker Assisted Selection (MAS)
Disusun Oleh : Nama : Rianne Safitri NPM : 150510210162 Kelas : D
Dosen Pengampu :
Nono Carsono, SP., M.Sc.,Ph.D., Noladhi Wicaksana, S.P.,M.P., Ph.D.,
Dr. rer. nat. Ir Suseno Amien
PROGRAM STUDI AGROTEKNOLOGI FAKULTAS PERTANIAN
UNIVERSITAS PADJADJARAN 2022
1. Apa yang dimaksud dengan: a) marka; b) marka fenotifik; c) marka biokimia; d) marka molekuler; d) seleksi berbasis marka/ marker assisted selection?
Jawaban :
(a) Marka : Suatu penanda pada kromosom yang dapat digunakan untuk mengetahui genotype suatu organisme. Bentuknya dapat berupa marka fenotipik, marka biokimia, marka molekuler, dll.
(b) Marka fenotipik : Salah satu bentuk marka untuk sifat berdasarkan penampilan fenotipe tanaman tersebut, seperti tinggi tanaman, jumlah anakan, bobot biji, dan lainnya.
(c) Marka biokimia : Salah satu marka dari produk ekspresi gen (protein) yang dapat diaplikasikan untuk identifikasi studi hubungan kekerabatan anatar gen dan antar spesies pada tanaman jeruk (Setyawan, 2014).
(d) Marka molekuler : Salah satu bentuk marka berupa DNA yang dapat digunakan untuk mengetahui bagian-bagian sel, individu, populasi, atau spesies (Basundari, 2016).
(e) Seleksi berbasis marka/marker assisted selection : Seleksi yang dilakukan dengan menggunakan marka tertentu untuk menyeleksi sifat-sifat yang dibutuhkan oleh pemulia tanaman.
2. Apa bedanya antara marka molekuler, gen, alil, dan DNA primer?
Jawaban :
Marka molekuler merupakan sequens DNA yang digunakan untuk menandai karakter yang diinginkan dari suatu individu. Sementara gen merupakan sequens DNA spesifik yang fungsional dalam artian dapat ditranskripsi dan/atau ditranslasikan. Kemudian untuk alel, alel merupakan variase dari gen yang dapat ditemukan di lokus yang sama pada kromosom yang berbeda. Sedangkan DNA primer merupakan rangkaian basa nukleotida sepanjang 18-22 pasangan basa yang berasal dari template/DNA target (Sasmito, 2014).
3. Mengapa kita perlu melakukan seleksi berbasis marka molekuler?
Jawaban :
Seleksi menggunakan marka molekuler memiliki tingkat efektivitas dan efisiensi yang lebih tinggi karena seleksi ini hanya didasarkan pada karakter genetiknya saja, dimana tidak ada pengaruh lingkungan didalamnya sehingga hasilnya lebih akurat dan pengaruh fenotipe pun dapat diminimalisir. Kemudian menurut Weising et. al. (2014), marka molekuler dapat digunakan untuk mengalisa pautan dan pementaan gen, identifikasi genotype, menduga kekerabatan inter dan intera spesies atau varietas.
4. Apa yang menjadi dasar dalam pemanfaatan marka molekuler dibandingkan dengan pemuliaan menyeleksi secara fenotipik?
Jawaban :
Pemanfaatan seleksi dengan marka molekuler didasarkan pada hematnya waktu dan tenaga yang dikeluarkan dibandingkan dengan seleksi secara fenotipik yang biasa dilakukan dengan screening. Kemudian, seleksi marka molekuler didasarkan pada sifat genetiknya tanamannya saja, sehingga tidak dipengaruhi oleh lingkungan. Berbeda dengan seleksi fenotipik yang dipengaruhi oleh kondisi lingkungan, sehingga tekanan seleksi menjadi tidak merata dan terjadilah kesalahan dalam pemulihan galur (Prasetiyono et al., 2003). Selain itu, marka molekuler dapat mendeteksi pada semua tempat perkembangan atau bagian tanaman (Mohan et. al., 201 7).
5. Diskusikan mengenai kunci utama keberhasilan pengembangan marka molekuler sehingga dapat dilakukan Marker Assisted Selection!
Jawaban :
Menuurt Ambionet (1998) dalam Azrai (2006), terdapat tiga kunci utama dalam keberhasilan penggunaan suatu marka, yakni :
(1) Tersedianya peta genetik dengan jumlah marka polimorfis yang cukup memadai sehingga dapat mengidentifikasi gen-gen mayor target secara akurat;
(2) Marka terkait erat dengan gen mayor target pada peta genetik yang sudah dikonstruksi; dan
(3) Kemampuan menganalisis sejumlah besar tanaman secara efektif.
6. Bagaimana cara mencari kandidat marka yang bersesuaian dengan karakter target?
Jawaban :
Kandidat marka yang bersesuaian dengan karakter target dapat dilakukan dengan metode Quantitative Trait Locus (QTL). QTL merupakan suatu daerah dalam genom yang berhubungan dengan sifat kuantatif (Izzah, 2014). Menurut Vinod (2009) dalam Izzah (2014), tujuan utama dalam metode QTL adalah menjelaskan pengaruh daenah genomic terhadap sifat kuantitatif, seperti : (1) mendeteksi daerah mana pada genom yang mempengaruhi suatu sifat; (2) menjelaskan efek dari QTL pada sifat tertentu (berapa banyak variasi untuk suatu sifat tertentu yang disebabkan oleh daerah spesifik, aksi gen apa yang terkait dengan QTL-aditif atau dominan, alel mana yang terkait dengan efek yang diinginkan); dan (3) menetapkan nilai pemuliaan (breeding value) dari suatu galur berdasarkan pada genotipenya pada satu atau lebih QTL. Kemudian, marka molekuler tertentu dikethui terpaut erat dengan QTL utama, maka marka tersebut dapat menjadi kandidat dalam seleksi berbasis marka atau marker-assisted selection (MAS) (Izzah, 2014).
7. Pada generasi berapa umumnya marka molekuler dapat diaplikasikan? Kenapa?
Jawaban :
Marka molekuler dapat diaplikasikan pada generasi F2. Hal ini dikarenakan pada generasi F2, tingkat segregasinya tinggi sehingga dengan digunakannyamarka, diharapkan dapat membantu kegiatan seleksi untuk menandai gen-gen unggul yang diinginkan pemulia tanaman.
8. Apa syarat suatu marka itu dikatakan handal?
Jawaban :
Suatu markah dapat dikatakan handal apabila ia memiliki polimorfisme tinggi, bersifat kodominan, terdapat berlimpah di genom, tingkat akurasinya tinggi, sifatnya stabil dan tidak dipengaruhi oleh lingkungan.
9. Apa bedanya marka molekuler berbasis PCR dan non PCR?
Jawaban :
Marka molekuler berbasis PCR merupakan amrka yang memerlukan primer dalam pengamplifikasiannya. Contoh primer tersebut adalah Restriction Fragment Length Polymorphisms (RFLPs), Random Amplification of Polymorphic DNAs (RAPDs), Sequence Tagged Sites (STS), Amplified Fragment Length Polymorphisms (AFLPs),
Simple Sequence Repeats (SSRs) atau mikrosatelit, dan Single Nucleotide Polymorphism (SNPs). Kelebihan dari pengunaan marka berbasis teknologi PCR adalah lebih sederhana, mudah, dan jumlah molekul DNA yang dihasilkanya lebih banyak, yakni berkisar anatra 106-107 (Pagala, 2020). Sementara marka molekuler berbasis non-PCR merupakan marka yang didasarkan pada hibridisasi DNA, contohnya adalah Restriction Fragment Length Polymorphism (RFLP). Menurut Azrai (2006), dalam konteks MAS, marka berbasis DNA dapat lebih efektif jika digunakan untuk tujuan seperti : (1) Identifikasi galur-galur tetua untuk perbaikan suatu karakter dengan tujuan khusus; (2) Penelusuran alel-alel dominan atau resesif pada setiap generasi persilangan; dan (3) Identifikasi individu-individu target dengan karakter yang diinginkan diantara turunan yang bersegregasi berdasarkan pada komposisi alel persilangan atau seluruh genom.
10. Apa yang dimaksud dengan polimorfisme?
Jawaban :
Polimorfisme merupakan ekspresi dari gen yang dapat dideteksi melalui teknik elektroforesis dan dapat digunakan untuk menganalisis keadaaan genetik dari suatu populasi.
11. Apa yang dimaksud dengan marka co-dominant dan dominant ? Jawaban :
Marka co-dominant adalah marka yang dapat menandai alel pada lokus target homozigot ataupun lokus target heterozigot. Sedangkan marka dominant adalah marka yang dapat menandai adanya lokus target, namun tidak bisa membedakan mana yang homozigot dan heterozigot (Azis, 2019).
12. Apa yang harus diperhatikan dalam memilih marka molekuler ? Jawaban :
Menurut Sain (2016), pemilihan marka yang akan digunakan dalam analisis genetik perlu mempertimbangkan tujuan yang diinginkan, sumber dana yang dimiliki, fasilitas yang tersedia, serta kelebihan dan kekurangan masing-masing tipe marka.
13. Komponen apa saja yang dibutuhkan agar MAS dapat dilakukan lebih efisien?
Jawaban :
Komponen yang dibutuhkan supaya MAS menjadi lebih efisien adalah penanda genetik yang sesuai dengan kebutahan seleksi, peta molekul dengan kerapatan tinggi, dan Polymorphism information content (PIC).
14. Apa saja hal-hal yang perlu diperhatikan dan perlu dipenuhi untuk marka DNA dalam MAS?
Jawaban :
Manurut Mackill & Ni (2000) dan Mohler & Singrun (2004) dalam Izzah (2014), terdapat lima pertimbangan utama dalam menggunakan marka DNA pada metode MAS, yaitu :
(1) tingkat reliabilitas, marka yang digunakan sebaiknya terpaut erat pada lokus target dengan jarak genetik kurang dari 5 cm. Penggunaan marka pengapit atau marka intragenik akan meningkatkan reliabilitas marka tersebut dalam memprediksi fenotipe.
Kemudian menurut Anggraheni (2017), Gen/marka yang saling berdekatan akan diwariskan pada keturunannya dengan frekuensi lebih tinggi dibandingkan dengan gen/marka yang letaknya berjauhan
(2) kuantitas dan kualitas DNA, beberapa teknik marka molekuler membutuhkan DNA dalam jumlah banyak dan kualitas bagus, kadang-kadang sulit untuk mendapatkannya, dan hal ini akan menyebabkan bertambahnya biaya yang dibutuhkan;
(3) prosedur teknis, proses yang sederhana dan waktu yang dibutuhkan untuk teknik MAS merupakan pertimbangan yang cukup penting;
(4) tingkat polimorfis, idealnya marka molekuler mempunyai tingkat polimorfis tinggi pada materi pemuliaan, yaitu harus dapat membedakan antara genotipe yang berbeda, khususnya pada bahan pemuliaan inti. Polimorfisme yang tinggi mengindikasikan bahwa masing-masing karakter yang dianalisa memiliki tingkat variasi genetik yang cukup besar (Andayani, 2016)
(5) biaya, uji marka sebaiknya yang hemat biaya agar MAS dapat dikerjakan dengan mudah.
15. Apa yang dimaksud dengan marka dominan dan ko-dominan?
Jawaban :
Marka co-dominant adalah marka yang dapat menandai alel pada lokus target homozigot ataupun lokus target heterozigot. Sedangkan marka dominant adalah marka yang dapat menandai adanya lokus target, namun tidak bisa membedakan mana yang homozigot dan heterozigot (Azis, 2019).
16. Kemukakan alasan mengapa dibutuhkan peta molekuler dengan kerapatan tinggi pada MAS!
Jawaban :
Menurut Reflinur & Lestari (2015), ketersediaan peta dengan kerapatan yang tinggi dapat mempermudah penentuan lokus suatu gen dalam kromosom, jumlah gen, dan kekuatan gen yang bertanggung jawab terhadap karakter tertentu. Selain itu, peta molekuler dalam MAS dapat memfasilitas pemulia untuk mengintrogresikan gen atau QTLs yang diinginkan dan membantu pemulia untuk studi komparatid kemiripan susunan serta fungi suatu gen da;am mengekspresikan fenotipe dari spesies berbeda.
17. Mengapa seleksi berbasis marka molekuler sangat baik diterapkan pada populasi F2?
Mengapa demikian?
Jawaban :
Pada populasi F2, terjadi tingkat segregasi yang tinggi sehingga banyak dihasilkan genotype-genotipe potensial yang dibutuhkan oleh pemulia. Dalam populasi tersebut, gen-gen yang memiliki sifat unggul dapat dipertahankan dan gen sisanya yang tidak diharapkan dapat dieleminasi lebih awal. Hal ini menyebabkan populasi F2 menjadi ideal untuk pemetaan awal.
18. Mengapa perlu mengetahui Polymorphism information content (PIC) value dalam MAS?
Jawaban :
Nilai PIC menentukan tingkat polimorfisme, dimana nilai tersebut dijadikan sebagai standar untuk mengevaluasi marka genetik berdasarkan pita DNA ynag dihasilkan dari amplifikasi PCR (Botstein et al., 1980 dalam Mulsanti et al., 2013).
19. Sebutkan apa saja keuntungan yang bisa didapat dengan menggunakan MAS!
Jawaban :
Keuntungan yang didapatkan dengan penggunaan MAS dapat meliputi :
(1) Seleksi lebih sederhana karena dapat menghemat waktu, sumber daya, dan tenaga (2) Dapat mendeteksi pada semua tempat perkembangan atau bagian tanaman
(3) Akurasinya lebih akurat (4) Tidak dipengaruhi lingkungan
(5) Dapat membedakan anatara homozigot dan heterozigot (6) Dll.
20. Diskusikan mengenai studi kasus berikut! Seorang mahasiswa ingin melakukan seleksi untuk karakter ketahanan tanaman padi terhadap wereng coklat. Mahasiswa tersebut telah memiliki bahan tanaman dan serangga wereng untuk pengujian. Kemudian ia melakukan pengujian ketahanan dengan melakukan ekstraksi DNA, amplifikasi PCR, marker genotyping dan melakukan analisis statistik. Apakah langkah yang dilakukan mahasiswa tersebut sudah benar?
Jawaban :
Tahapan pengujian yang disebutkan dalam soal sudah benar, hanya saja kurang lengkap. Menurut Carsono et. al. (2016), tahapan pengerjaan seleksi marka molekuler secara berurutan yaitu isolasi DNA, dilanjutkan dengan pengujian konsentrasi dan kualitas DNA, amplifikasi DNA dengan PCR, elektroforesis DNA, dan visualisasi DNA. Isolasi atau ekstraksi dilakukan dengan cara penggerusan sampel daun padi yang hendak diuji. Kemudian pada tahap amplifikasi, DNA akan diperbanyak melalui teknik PCR, dimana terdapat perbedaan suhu yang digunakan dalam setiap proses seperti berikut ini.
• Denaturasi : Suhu yang dipakai berkisar 90-95°C dan lamanya waktu yang dipakai ±3 menit, hal ini untuk memastikan tidak terjadinya renaturasi (pembentukan DNA menjadi untai ganda kembali).
• Annaeling : Suhu yang dipakai berkisar antara 55°C selama ± 1 menit dan primer yang digunakan sebaiknya berukuran 18-25 basa serta tidak saling berkomplemen dengan sekuens DNA.
• Elongation : Suhu yang dipakai adalah 72°C selama 1 menit yang diikuti dengan satu siklus 72°C selama 7 menit untuk elongation akhir.
Setelah itu, produk hasil amplifikasi akan dielektroforesis menggunakan agarose gel dalam larutan 0.5X TBE yang diberi tegangan listrik dalam tekanan atau waktu tertentu.
Terakhir adalah tahapan analisis data yang dilakukan dengan pembacaan pita DNA.
Dalam analisis data, marker genotyping berguna untuk mendeskripsikan perbedaan molekuler dari pita yang telah divisualisasikan sehingga akhirnya daoat dilakukan Analisa statistic untuk seleksi lebih lanjut.
21. Apa alasan yang mendasari seorang pemulia untuk melakukan tandem selection?
(Dapat mengambil contoh kasus dari literature Pengembangan populasi Mentimun dengan pemanfaatan tandem selection)
Jawaban :
Seleksi tandem merupakan seleksi berdasarkan satu sifat per siklus seleksi (Arifin, 2011). Seleksi tandem ini dilakukan untuk mendapatkan keunggulan sifat atas pencapaian target seleksi, dimana seleksi dilakukan dalam satu siklus untuk mendapatkan sifat yang stabil atau maksimal.
22. Sebutkan keuntungan yang bisa didapat dengan penggunaan tandem selection!
Jawaban :
Keuntungan seleksi tandem adalah seleksinya mudah dan peningkatan sifat tunggalnya cepat didapat.
23. Diskusikan mengenai prosedur yang dilakukan dalam tandem selection untuk menyeleksi karakter yang diinginkan!
Jawaban :
Prosedur tandem dimulai dengan dilakukannya seleksi terhadap satu sifat yang akan diteruskan ke beberapa generasi berikutnya. Kemudian, setelah sdiperoleh hasil perbaikan yang cukup dari sifat pertama, maka perbaikan selanjutnya akan dilakukan untuk sifat yang lainnya.
24. Sebutkan faktor apa saja yang menjadi pertimbangan pemilihan marka yang akan digunakan dalam tandem selection!
Jawaban :
Terdapat beberapa faktor yang menjadi pertimbangan untuk memiliki marka, seperti jenis markanya, korelasi marka dengan karakter yang akan diseleksi, jumlah QTL yang berdekatan dengan marka, dll.
25. Jawab dengan singkat apa saja hal-hal yang dilakukan dalam seleksi fenotipik pada tandem selection!
Jawaban :
• Memilih plasma nutfah dengan sifat yang diinginkan untuk dijadikan sebagai tetua
• Pada siklus seleksi 1, tetua dengan dengan sifat yang diminati akan melalukan backcross untuk menghasilkan perbaikan sifat
• Pada siklus seleksi 2, setelah seleksi pada siklus 1 selesai dilakukan, maka siklus berikutnya akan mulai menyeleksi sifat baru
26. Apa bedanya antara foreground dengan background selection?
Jawaban :
Foreground selection merupakan seleksi menggunakan marker untuk menandai individu yang membawa gen donor supaya tidak hilang saat fase silang balik.
Sedangkan background selection merupakan seleksi menggunakan marker untuk
menendai individu resipien supaya tingkat pemulihan recipient genetic background dapat dipercepat.
27. Bila kita menginginkan melakukan MAS untuk ketahanan terhadap toleransi kekeringan yang banyak berkaitan dengan kemampuan perakaran, maka isolasi DNA genomic akan dilakukan pada organ akar, daun atau batang? Mana yang terbaik?
Mengapa demikian?
Jawaban :
Hampir 90% kehilangan air pada tanaman disebabkan oleh proses trasnpirasi di daun sehingga isolami sehingga isolasi DNA genomic utuk ketahanan terhadap oleranasi kekeringan sebaikyna dilalkukan pada organ daun.
Benar Salah
1. Penggunaan DNA Marker untuk seleksi tidak langsung memberikan manfaat terbaik untuk karakter quantitative dengan heritabilitas rendah
Jawaban :
Benar. DNA marker dapat digunakan untuk meyeleksi karakter kuantitatif dengan heritabilitas rendah.
2. Seleksi dengan MAS tidak tergantung pada marka molekuler yang digunakan karena tidak berhubungan dengan proses pengkarakterisasian
Jawaban :
Salah. Salah satu hal yang memperngaruhi keefisiensian seleksi MAS adalah sesuai tidaknya marka molekuler dengan kebutuhan seleksi.
3. Marka kodominan tidak lebih penting dibanding marka dominan dalam MAS untuk tanaman hibrida
Jawaban :
Salah. Karena marka kodominan memiliki kelebihan yang lebih unggul dibandingkan marka dominant, dimana marka kodominant mampu menandai adal pada lokus yang
berbeda, yaitu lokus homozigot dan lokus heterozigot. Kemudian pada tanaman hidrida, marka yang dapat menandai lokus heterozigot merupakan hal yang penting.
4. Sebaik apa marka dapat terkait dengan karakter target menjadikan faktor besar yang memperngaruhi efisiensi dalam MAS
Jawaban :
Benar. Sebab Gen/marka yang saling berdekatan akan diwariskan pada keturunannya dengan frekuensi lebih tinggi dibandingkan dengan gen/marka yang letaknya berjauhan.
5. Karakterisasi dengan marka molekuler tidak terlalu berperan penting dalam mengidentifikasi marka yang linkage atau sangat dekat posisinya dengan gen dari karakter yang dikendalikan
Jawaban :
Salah. Karakterisasi dengan marka molekuler berperan penting dalam mengidentifikasi.
Kemudian, marka yang digunakan pun posisinya harus dekat dengan gen karakter.
6. Semakin sedikit alel yang terdapat dalam lokus, semakin sedikit pula keragaman yang dimiliki
Jawaban :
Benar. Frekuensi alel yang semakin sedikit dapat menyebabkan penurunan keragaman genetik.
7. Penggunaan MAS belum dapat memungkinkan untuk menyeleksi pada seluruh tingkat genome
Jawaban :
Salah. Saat ini MAS sudah dapat menyeleksi seluruh tingkat genom suatu tanaman.
Contoh marka yang dapat melakukan hal tersebut adalah marka DNA.
8. Tandem selection merupakan penggabungan prosedur seleksi pada pemuliaan tanaman antara seleksi fenotipik dan seleksi berbasis marka molekuler
Jawaban :
Salah. Seleksi yang menggabungkan prosedur seleksi fenotipik dan seleksi marka molekuler disebut dengan seleksi index.
9. Pada tandem selection, karakter yang diseleksi terus ditingkatkan hingga memenuhi yang diinginkan atau memenuhi nilai kritis genotipe
Jawaban :
Benar. Tujuan dari dilakukannya tandem selection adalah untuk mendapatkan satu karakter yang unggul disetiap siklusnya.
10. Genotyping and selection adalah bagian dari prosedur MAS yang dilakukan dalam tandem selection.
Jawaban :
Salah. Genotyping biasa digunakan untuk melihat perbedaan individu dari itngkat DNA, seperti membedakan mana yang memiliki alel dominan dan resesif
Daftar Pustaka
Afifah, E. N. (2012). MAKALAH SEMINAR PENGGUNAAN PENANDA MOLEKULER UNTUK MEMPERCEPAT DAN MEMPERMUDAH PERBAIKAN KUALITAS TANAMAN TEH (Camellia sinensis (L.) O. Kuntze). Makalah Seminar, 1-19.
Reece, J. D., and E. Haribabu. 2007. Gene to feed the worlds the weakest link.
Food policy 32 : 459 - 479.
Andayani, N. N., HG, M. Y., & Pabendon, M. B. (2016). Keragaman genetik inbrida jagung QPM dan provit-A berdasarkan marka SSRs (Simple Sequence Repeats).
Anggraheni, Y. G. D., & Mulyaningsih, E. S. (2017). Eksplorasi marka SSR terpaut sifat toleransi padi gogo terhadap alumunium. Jurnal Biologi Indonesia, 13(1).
Arifin, Z. (2011). Deskripsi sifat agronomik berdasarkan seleksi genotipe tanaman kedelai dengan metode multivariat. AGROMIX, 2(2).
Azis, S. P. (2019). Marka Molekuler dalam Seleksi Ikan Lele Tahan Infeksi Aeromonas hydrophila. Jakad Media Publishing.
Azrai, M. 2006. “Sinergi Teknologi Marka Molekuler Dalam Pemuliaan Tanaman Jagung.”
Balai Penelitian Tanaman Serealia 25(274):81–89.
Azrai, M. 2016. Pemanfaatan Markah Molekuler dalam Proses Seleksi Pemuliaan Tanaman.
J. AgroBiogen 1 (1): 26–37.
Izzah, N. K. (2014). Peran marka molekuler dalam perbaikan genetik tanaman kakao. IAARD Press.
Prasetiyono, J., Tasliah, H.Aswidinnoor, and S. Moeijopawiro. 2003. Identifikasi Marka Mikrosatelit yang Terpaut dengan Sifat Toleransi terhadap Keracunan Alumunium pada padi Persilangan Dupa x ITA131. Jurnal Bioteknologi Pertanian. Vol 8 (2).
Basundari, F. R. (2016). TINJAUAN PENGGUNAAN MARKA DNA UNTUK SELEKSI KETAHANAN PENYAKIT TANAMAN.
Carsono, N., Prayoga, G. I., Rostini, N., & Dono, D. (2016). Seleksi berbasis marka molekuler pada padi generasi F2 guna merakit galur padi harapan tahan wereng coklat. Agrikultura, 27(1).
Friscth, M., M. Bohn, and A.E. Melchinger. 1999. Minimum sample size and optimal positioning of flanking markers in marker-assisted backcrossing for transfer of a target gene. Crop Sci. 39:967-975
George Acquaah. 2012. Principles of Plant Genetics and Breeding—2nd ed. Section 7 Molecular breeding, 383; Chapter 20 Molecular markers, 385 & Chapter 22 Marker assisted selection, 424.
Johari, S., & Hasviara, E. K. E. (2008). [ Blood Protein Polymorphism of Kedu Chicken ].
313– 318.
Mohan M, Nair S, Bhagwat A, Krishna TG, Yano M. 2017. Genome mapping, molecular markers and marker-assisted selection in crop plants. Molecular Breeding. 3(2):87- 103
Mulsanti, W Indria., M Surahman, S Wahyuni, dan DW Utami. 2013. Identifikasi galur tetua padi hibrida dengan marka SSR spesifik dan pemanfaatannya dalam uji kemurnian benih. Jurnal Penelitian Pertanian Tanaman Pangan. 32 (1): 1-8
Pagala, M. A. (2020). Teknologi Biomarka Molekuler. Universitas Halu Oleo Press.
Prasetiyono, J., Tasliah, H.Aswidinnoor, and S. Moeijopawiro. 2003. Identifikasi Marka Mikrosatelit yang Terpaut dengan Sifat Toleransi terhadap Keracunan Alumunium pada padi Persilangan Dupa x ITA131. Jurnal Bioteknologi Pertanian. Vol 8 (2).
Rahmadhayanti, E., Hayati, L., & Saleh, M. (2014). Hubungan Polimorfisme Gen Reseptor Angiotensin II Tipe 1 1166 A/C Dengan Kejadian Preeklampsia. Majalah Kedokteran Sriwijaya, 46(1), 52–58. https://doi.org/10.36706/mks.v46i1.2682.
Reflinur, R., & Lestari, P. (2015). Penentuan lokus gen dalam kromosom tanaman dengan bantuan marka DNA.
Riupassa, Pieter Agusthinus. 2009. Perancangan Primer Oligonukleotida untuk Polimerisasi in Vitro Gen Sukrosa Sintase. Ambon : Universitas Pattimura.
Sain, A. (2016). Keragaman Genetik Empat Variestas Jagung (Zea Mays. L) Bersari Bebas Menggunakan Marka SSRs (Simple Sequence Repeats) (Doctoral dissertation, Universitas Islam Negeri Alauddin Makassar).
Sasmitha, Luh Vida, Putu Sanna Yustiantara, and Chandra Yowani. 2018. “DESAIN DNA PRIMER SECARA IN SILICO SEBAGAI PENDETEKSI MUTASI GEN Gyr A Mycrobacterium Tuberculosis UNTUK METODE POLYMERASE CHAIN REACTION.” Cakra Kimia Indonesian E-Journal of Applied Chemistry 6:63–69.
Sasmito, D. E. K., Kurniawan, R., & Muhimmah, I. (2014). Karakteristik primer pada Polymerase Chain Reaction (PCR) untuk sekuensing DNA: mini review. In Seminar Nasional Informatika Medis (SNIMed) (pp. 93-102).
Setyawan, E., Martasari, C., Ainurrasjid, A., & Basuki, N. (2014). Optimasi Enzim Retriksi (Ecori, Hindiii, Tasi) Dalam Metode Caps (Cleaved Amplified Polymorphics Sequence) Dengan Menggunakan Marka Mtssr Untuk Identifikasi Genetik Populasi Jeruk F1 Hasil Fusi Protoplasma (Doctoral dissertation, Brawijaya University).
Tambunan, R. R., Sari, S., Saragih, Y., Carsono, N., & Wicaksana, N. (2019). Studi kekerabatan padi hasil piramidisasi berbasis marka molekuler dan fenotipik.
Agrikultura, 30(3), 100-108
Weising K, Nybon H, Wolff K, and Meyer W. 2014 DNA Fingerprinting in Plant and Fungi.
CRC Press , Boca Raton, Fla. .
