Pada tahun 1930, Minoru Shirota berhasil menciptakan strain baru bakteri Lactobacillus Casei yang unggul, dapat melewati asam lambung dan cairan empedu, serta mampu mencapai usus dalam keadaan hidup. Minoru Shirota yang merupakan seorang dokter kemudian menciptakan minuman susu fermentas Dr. Shirota menciptakan minuman susu fermentasi yang mengandung Lactobacillus casei Shirota strain hidup yang dinamakan Yakult
Iliya Metchnikov (1908), salah satu pemenang penghargaan nobel menemukan pola hidup sehat masyarakat di pegunungan Kaukasus yang minum susu yang diasamkan sehingga memiliki usia hidup panjang dalam keadaan sehat. Penemuan tersebut kemudian melatarbelakangi penelitian dari seorang mikrobiologis asal Jepang bernama Dr. Minoru Shirota hingga pada tahun 1930, Dr.
Minoru Shirota berhasil mengkulturkan bakteri baik L. casei Shirota strain menjadi bakteri unggul yang tahan terhadap asam lambung dan cairan empedu sehingga mampu mencapai usus kecil dalam keadaan hidup serta menguntungkan bagi kesehatan manusia. Hasil penelitian tersebut adalah cikal bakal minuman prebiotik yang kita kenal dengan nama Yakult. Nama Yakult berasal dari "jahurto", bahasa Esperanto yang berarti "yoghurt".
Selanjutnya, melalui komitmennya dalam mengembangkan pengobatan preventif, Dr. Minoru Shirota menyampaikan gagasan-gagasannya terkait kehehatan yang dikenal sebagai Shirotaisme, yaitu mencegah lebih baik dari mengobati, usus yang sehat adalah kunci umur panjang, dan membuat yakult tersedia dan terjangkau diseluruh dunia. Tiga gagasan ini yang menjadi filosofi perusahaan Yakult di seluruh dunia hingga saat ini. Adapun sebagai minuman yang mempunyai manfaat baik bagi tubuh manusia, Yakult mulai dikembangkan ke luar Jepang. Di Indonesia, Perusahaan Yakult berdiri pada tanggal 2 Februari 1990 sebagai PT Yakult Indonesia Persada.
