BAHAN DAN METODE Penyediaan Ikan Uji

(1)

Co p yright @ 201 7, Jurn al Rise t Akuakult ur, e-ISSN 25 02-6534 295 Jurnal Riset Akuakult ur, 12 (4), 2017, 295-305

# _{Ko re sp o n d e n si: Balai Rise t Per ikan an Bu d id aya Air Tawar d an} Pe n yu lu h an Pe r ikan an . Jl. Se m p u r No . 1 , Bo g o r 1 6 1 5 4 , In d o n e sia. Te l. + 6 2 2 5 1 8 3 1 3 2 0 0

E-m ail: zenal ar i fi n@ gmai l .com

Tersedia online di: ht t p://ej ournal-balit bang.kkp.go.id/index.php/j ra

KERAGAM AN GENETIK TIGA GENERASI IKAN TAM BAKAN (Helostoma temminkii) DALAM PROGRAM DOM ESTIKASI

Otong Zenal Arifin#_{, Wahyulia Cahyanti, dan Anang Hari Kristanto}

Balai Riset Perikanan Bu didaya Air Tawar dan Penyu luhan Pe rikanan

(Naskah dit erima: 19 Januari 2017; Revisi final: 2 M aret 2017; Diset uj ui publikasi: 20 M aret 2017)

ABSTRAK

Suatu penelitian untuk melihat keragaman genetik tiga generasi ikan tambakan dalam program domestikasi te lah dilaku kan di Balai Rise t Pe rikanan Bu did aya Air Tawar dan Pe nyuluhan Pe rikanan, Bogo r. Tuju an penelitian ini adalah untuk mengevaluasi keragaman genetik generasi tetua/awal (G0), generasi pertama (G1), dan generasi kedua (G2) dalam program domestikasi ikan tambakan. Pengujian keragaman genetik dilakukan dengan metode PCR-RAPD menggunakan tiga primer, yakni OPA-2, OPA-8, dan OPC-2. Hasil yang d ip e role h m e n u n jukkan ad an ya p e rb e d aan ju m lah (7-15) d an u ku ran fragm e n (200-2.800 b p) yan g dihasilkan, dengan frekuensi kemunculan alel berkisar antara 0,00-1,00 dari 31 lokus. Enam fragmen dari OPC-2 (1.400 bp, 1.300 bp, 1.100 bp, 800 bp, 600 bp, 500 bp), lima fragmen dari OPA-2 (1.350 bp, 1.000 bp, 900 bp, 800 bp, 520 bp), dan dua fragmen dari OPA-8 (1.000 bp, 550 bp) merupakan fragmen marka spesifik ikan tambakan pada penelitian ini. Keragaman genetik ikan tambakan antar generasi tergolong re nd ah , de ngan nilai pe rse nt ase po limorfism e be rkisar an tara 6,45%-35,48% dan nilai het eroz igosit as berkisar antara 0,03-0,16. Terjadi penurunan polimo rfisme dan heterozigositas dari generasi tetua/awal (G0) ke generasi pertama (G1) dan kembali naik pada generasi kedua (G2). Dalam program domestikasi, nilai efektif induk (Ne) sebaiknya lebih dari 100, dengan nilai laju inbreeding (F) tidak lebih dari 0,005.

KATA KUNCI: keragaman genetik; PCR-RAPD; generasi; tambakan

ABSTRACT: Genetic diversit y of t hree generations of kissing gourami (Helost oma t emminkii) under a domestication program. By: Otong Zenal Arifin, Wahyulia Cahyanti, and Anang Hari Kristanto

A st udy t o examine t he genet ic diversit y of t hree generat ions of kissing gourami under a domest icat ion program has been conduct ed at t he Research Inst it ut e for Freshwat er Aquacult ure and Fisheries Ext ension, Bogor. The purpose of t his st udy was t o evaluate t he genetic diversit y of t he elder generat ion (G0), first generat ion (G1), and second generat ion (G2) of kissing gourami under t he domest icat ion program. The genet ic diversit y examinat ion was conduct ed t hrough a PCR-RAPD met hod using t hree primers, namely OPA-2, OPA-8, and OPC-2. The obt ained results indicat ed a difference in t he number (7-15) and size of t he fragment s (200-2.800 bp) wit h t he frequency of allele occurrence ranged from 0.00 t o 1.00 from 31 loci. Six fragment s from OPC-2 (1,400 bp; 1,300 bp; 1,100 bp; 800 bp; 600 bp; 500 bp), five fragment s from OPA-2 (1,350 bp; 1,000 bp; 900 bp; 800 bp; 520 bp), and t wo fragment s from OPA-8 (1,000 bp; 550 bp) were considered as species-specific markers of kissing gourami. The genet ic diversit y among the generat ions of t he kissing gourami was low, wit h t he percent age of polymorphism ranged from 6.45% t o 35.48% and t he value of het erozygosit y ranged from 0.03 t o 0.16. There was a decrease in polymorphism and het erozygosit y values from t he elder generat ion (G0) t o t he first generat ion (G1) and increased again but on t he second generat ion (G2). In addit ion, t he effect ive breeding value (Ne) in a domest icat ion program should be more t han 100, and t he average of inbreeding value (F) is less t han 0.005.

KEYW ORDS: genetic diversity; PCR-RAPD; generation; kissing gourami

PENDAHULUAN

Ikan t ambakan (Helost oma t emminkii, Cuvier 1829) merupakan ko mo dit as lo kal perikanan air t awar yang

(2)

296 Co p yright @ 2 017 , Ju rnal Riset Akuaku ltu r, e-ISSN 250 2-65 34 Keragaman genet ik tiga generasi ikan tambakan (Helostoma temminkii) ... (Otong Zenal Arifin)

st akeholder sebagai ikan po t ensial budidaya di Pulau Kalim an t an . De wasa in i, p o p u lasi ikan t am b akan mengalami penurunan akibat penangkapan berlebih o leh n elayan . Be rdasarkan dat a KKP (200 6) jumlah pro duksi budidaya ko lam, karamba, maupun sawah ikan t ambakan berfluktuasi dari t ahun 1996-2005 dan cenderung menurun. Pada tahun 2004 jumlah produksi budidaya ikan tambakan adalah 8.137 ton dan menurun pada t ahun 2005 menjadi sebesar 3.263 t on, sehingga pro duksi budidaya ikan t ambakan ko lam mengalami pe nurunan p ro d uksi sekit ar 59,89%. Dalam rangka pe ningkat an po pu lasi ikan t am bakan baik d i alam maupun di lingkungan budidaya, dilakukan pro gram do mest ikasi di luar habit at aslinya.

Do m e s t ika s i ad ala h p r o s e s p e n ye s u aian ika n t e r h a d a p h ab it a t b a r u ya n g a k a n m e m e n g ar u h i kebiasaan-kebiasaan ikan it u sendiri, seperti kebiasaan makan yang juga merupakan penyesuaian dari genet ik. Salah sat u t u ju an d ari d o m e st ikas i ad alah u n t u k mencegah t erjadi kepunahan t erhadap spesies yang terancam keberadaan kelangsungan hidupnya (Nurudin, 2 0 1 3 ). Sa la h s a t u k e g ia t a n ya n g m e n u n ja n g k e b e r h a s ila n d o m e s t ik a s i a d a la h k a r a k t e r is a s i geno t ipe, yang berfungsi unt uk menent ukan st rat egi p e m ijah an in d u k t iap ge n e rasi a gar t id ak t e r jad i penurunan keragaman genet ik. Efekt if breeding num-ber (Ne) merupakan indikat o r peningkat an ko efisien silang dalam (inbreeding) per generasi, jumlah random genetic drift, dan berkurangnya keragaman genetik pada suat u po pulasi. Ne digunakan unt uk mengendalikan t ekanan inbreeding dan genet ic drift. Ne dipengaruhi o le h ju m la h in d u k ya n g m e m ija h /k a w in , d a n perbandingan induk jant an dan bet ina (Falco ner, 1989).

Keragaman genet ik merupakan ragam dalam sat u spe sie s b aik an t ara p o p ulasi yan g t erp isah se cara geografik maupun ant ara individu dalam sat u po pulasi. Ke ragam an ge n e t ik t imb u l kare n a se t iap in d ivid u m e m p u n yai b e n t u k-b e n t u k ge n yan g kh as, d ap at bert ambah apabila ket urunan m enerima ko mbinasi g e n d a n k r o m o s o m d a r i in d u k d a la m p r o s e s re pro d u ksi me lalui re ko m b in asi ge n yan g t e rjad i. Pro ses reko mbinasi ini dapat meningkat kan po t ensi keragaman genet ik dengan mengatur ulang alel secara acak sehingga t imbul ko mbinasi yang berbeda-beda (Indrawan , 20 07). Su r yant o (20 03) men gem ukakan k e r ag am an g e n e t ik d ap at t e rjad i ka re n a a d a n ya p eru bahan n u kle o t id a p e nyu su n DNA, yang d apat memengaruhi feno t ipe o rganisme at au memengaruhi feno t ipe suat u individu t erhadap lingkungan t ert ent u. Gen o t ip e yan g sam a, d apat menghasilkan feno t ipe kedua (G2) perlu diuji t ingkat keragaman genet iknya, m e lalu i p e n gam at an DNA m e n ggu n akan p e n an d a molekuler. Penanda molekuler telah banyak digunakan unt uk mengident ifikasi suat u individu at au geno t ipe, d e r a ja t k e k e r a b a t a n , d a n va r ia s i g e n e t ik s u a t u po pulasi (Sharma et al., 2008). Random amplified poly-m or phi spoly-m DNA (RAPD) a d a la h t e k n ik m o le k u le r b e rb a sis PCR-RAPD yan g d ap at d igu n aka n u n t u k mendet eksi po limo rfisme ruas nukleo t ida pada DNA dengan memanfaat kan primer t unggal yang memiliki u ru t a n n u kle o t id a acak . Me t o d e RAPD m e m ilik i beberapa keunggulan di ant aranya mampu mendeteksi s e k u e n n u k le o t id a h a n ya d e n g a n s a t u p r im e r, p o lim o rfism e t in ggi, d an d ap at d igu n a kan t a n p a menget ahui lat ar belakang geno m sebelumnya (Dun-h am , 2 00 4 ). Pe nan da mo le kule r RAPD m erup akan se kue n DNA p o lim o rfik yan g d ip isah kan o le h ge l e le k t r o fo r e s is PCR m e n g g u n a k a n s a t u p r im e r o ligo nukleo t ida pendek secara acak.

Tujuan dari kegiat an ini adalah unt uk menganalisis ke rag am a n ge n e t ik g e n e ra si awa l (G0 ), ge n e ra si

(3)

Lar va dan benih yang dipero leh dipelihara dalam t iga buah kolam sekat berukuran 3 m x 3,5 m x 1 m selama t u ju h b u lan d i ko lam p e m e lih araan se p e rt i p ad a pemeliharaan pembent ukan G1.

Am plifikasi PCR-RAPD

Sebanyak 1 0 eko r dari m asing-masing generasi, diambil secara acak. Ikan uji po pulasi G0 diambil pada saat ikan baru didat angkan dari alam dengan ukuran ikan berkisar ant ara 30-50 g/eko r. Po pulasi G1 dan G2 diambil pada umur t ujuh bulan dengan bo bot masing-m a sin g p o p u lasi 2 0 -3 0 g/e ko r d a n 2 0 -2 5 g/e ko r. Kegiat an dilakukan di Laborato rium Bio logi Mo lekuler, BRPBATPP Bo go r. DNA geno m diekst raksi dari sirip dada (± 150 mg) menggunakan Genomic DNA Purifica-t ion KiPurifica-t (Ferm ent as). Primer yan g digun akan dalam 6,5 µL, akuades 2 µL, sehingga diperoleh volume to-t al 10 µL. Selanjutnya tabung mikro dimasukkan ke dalam t hermocycler menggunakan pro gram amplifikasi, yaitu satu siklus denat urasi awal pada suhu 94°C selama dua menit , 34 siklus yang t erdiri at as denat urasi pada suhu 94°C selama sat u menit , annealing 36°C selama sat u m e n it , d an e lo n gasi 7 2 °C selama du a me n it . Elo ngasi akhir dilakukan pada suhu 72°C selama tujuh menit . Hasil PCR dilihat melalui elekt ro fo resis dalam gel agaro se 1,5%.

Analisis Dat a

Keragaman genet ik dianalisis menggunakan pro -gram TFPGA (Tools for Populat ion Genot ipe Analysis) (Nei & Tajima, 1981). Po limo rfisme genet ik diukur dengan rat aan het ero zigo sit as (H), jumlah dan frekuensi alel yang d ih it u ng u nt u k se m u a lo kus. Un t u k m e lih at perbedaan keragaman genetik (F_ST) digunakan analisis st at ist ik dengan menggunakan AMOVA (Analysis M o-lecular Variance) pada selang keprecayaan 5%.

Nilai jumlah efektif induk (Ne) dan nilai laju inbreed-ing (F) dihit ung berdasarkan rumus Tave (1999):

HASIL DAN BAHASAN

Analisis PCR-RAPD ant ar generasi (G0, G1, dan G2) menggunakan t iga primer menghasilkan jumlah dan ukuran fragmen berbeda. Primer OPC-2 menghasilkan sepert i t ert era pada Gambar 1 dan Tabel 2.

Jumlah dan ukuran fragmen yang dihasilkan dalam fragmen yang dihasilkan pada t iga po pulasi ikan sepat menggunakan t iga primer (OPA-2, OPC-2, dan OPC-5) dihasilkan fragmen sebanyak 20-30 dengan ukuran basa pada kisaran 12-2.000 bp. Nugro ho et al. (2011) pada pe ne lit ian m en ggu nakan ikan uji hasil pe rsilangan ant ara gurami Bast ar-Paris, Bast ar-Blusafir, dan Paris-Blu s a fir m e n g u n a ka n p r im e r OPA-4 d a n OPA-7 menghasilkan jumlah t ot al pit a yang diamati sebanyak 48 buah dengan panjang mulai 300 bp hingga 2.000 bp. Jumlah ini jau h lebih t inggi dibandingkan h asil am p lifikasi p ad a galu r m u rn inya yait u st r ain ikan gurami Bast ar, Paris, dan Blusafir dengan menggunakan

(4)

primer yang sama yang menghasilkan sebanyak 28 buah pit a (Nugro ho , 2011). Pada penelit ian lima st rain ikan gurami Tambago , Palapah, Krist a, Jepun, dan Merah, Nugro ho et al. (2016) mendapat kan ukuran basa ant ara 300 hingga 2.000 bp. Hasil amplifikasi set iap primer memiliki karakt er yang berbeda sehingga jumlah dan ukuran fragmen yang muncul pun berbeda. Penggunaan primer pada RAPD berpengaruh terhadap polimo rfisme fragmen yang dihasilkan karena set iap primer memiliki sit us penempelan sendiri sehingga fragmen dari DNA yang diamplifikasi o leh primer berbeda menghasilkan po limo rfik dengan jumlah fragmen dan berat mo lekul berbeda (Ro slim et al., 2004).

Berdasarkan ukurannya, enam fragmen pada OPC-2 (1.400 bp, 1.300 bp, 1.100 bp, 800 bp, 600 bp, dan 500 bp), lima fragmen pada OPA-2 (1.350 bp, 1.000 bp, 900 bp, 800 bp, dan 520 bp), sert a dua fragmen

pada OPA-8 (1.000 bp dan 550 bp) merupakan fragmen yang selalu muncul pada semua individu ikan uji dan dapat dijadikan sebagai marka spesifik ikan t ambakan p a d a p e n e lit ia n in i. Pa r e n r e n g i et al. (2 0 1 2 ) mengemukakan t iga fragmen dari primer CA-01 (700 bp, 800 bp, dan 1.000 bp) dan empat fragmen (225 bp, 400 bp, 750 bp, dan 850 bp) d ari prim er P-40 m e r u p akan frag m e n ya n g se lalu a d a p a d a se t iap individu dari t iga po pulasi ikan t erbang (Hirundicht hy oxycephalus) dapat d ianggap sebagai marka sp esifik spesies. Pada pene lit ian menggu nakan t iga spe sies ikan ke rapu (Epinephelus aerolat us, E. merr a, dan E. suillus), Parenrengi (2006 ) b erh asil me nde t erm inasi lima fragmen (OPA02-950 bp, OPA08-950 bp, OPA16-700 bp, OPA16-550 bp, OPA17-860 bp) dan t erindikasi se b agai m arka sp e sifik ge n u s Epi nephel us k are n a fragmen tersebut muncul pada tiga spesies ikan kerapu yang diuji.

Gambar 1. Hasil elekt ro fo resis PCR-RAPD t iga gene rasi ikan t ambakan (G0: ge nerasi awal, G1: gen erasi pert ama, G2: generasi kedua, M: marker DNA Gene Ruller 100 bp plus DNA Ladder dengan primer OPC-2, OPA-2, dan OPA-8, 1-10: sampel ikan).

Figure 1. Elect rophoresis result s of PCR-RAPD from t hree generat ions of kissing gourami (G0: t he elder generations, G1: t he first generat ion, G2: second generat ion, M : marker DNA Gene Ruller 100 bp plus DNA Ladder) wit h OPC-2, OPA-2, and OPA-8 primers, 1-10: fish sample).

M 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 M 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 M 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 Panjang basa Prime r

OPA

OPC2

OPA2

G0

G1

G2

3000

1000

500

3000

1000

500

3000

1000

(5)

Tabel 2. Ukuran pit a DNA pro duk PCR-RAPD pada t iga po pulasi generasi ikan t ambakan dengan primer OPC-2

Table 2. The band size of PCR-RAPD product using OPC-2 primer in t hree generat ions of kissing gouramy

Ke terangan: Ukuran p ita m erup akan p red iksi berd asarkan p an jang jarak d iband ingkan m arker

(6)

3

Tabel 3. Ukuran pit a DNA pro duk PCR-RAPD pada t iga po pulasi generasi ikan t ambakan menggunakan primer OPA-2

Table 3. The band size of PCR-RAPD product using OPA-2 primer in t hree generat ions of kissing gouramy

(7)

Tabel 4. Ukuran band t iga po pulasi generasi ikan t ambakan pada primer OPA-8

Table 4. The band size of PCR-RAPD product using OPA-8 primer in t hree generat ions of kissing gouramy

(8)

Keragam an gen e t ik dit en t ukan d ari ragam ale l dalam lo kus yang dihasilkan dari hasil elekt ro fo resis. Keragaman genet ik pada penelit ian t iga generasi ikan t ambakan yang dilakukan t ergo lo ng rendah, hal ini d ip e r lih a t k a n d e n g a n r e n d a h n ya p e r s e n t a s e po limo rfisme dari ket iga generasi ikan t ambakan yang b e r k is a r a n t a r a 6 ,4 5 %– 3 5 , 4 8 % d e n g a n n ila i h et ero zigo sit as an t ara 0 ,03 sam pai 0,1 6. Put rian a (2011) yang melakukan analisis keragaman genet ik tiga po pulasi ikan t ambakan yang berasal dari Kalimant an Selat an, Jambi, dan Jawa Barat , yang me nghasilkan persent ase po limo rfik yang t inggi, yait u antara 57,14% sampai 60,71%; dengan nilai het ero zigo sit as ant ara 0 ,2 3 s a m p a i 0 , 2 5 . Be r d a s a r k a n h a s il a n a lis is me nu njukkan t e rjad i p en urunan po lim o rfisme d an h e t e ro zigo sit as d ari ge n e rasi in d u k awal (G0 ) ke generasi pert ama (G1) dan kembali t erjadi kenaikan pada generasi kedua (G2) (Tabel 5).

Penurunan nilai het erozigo sitas dan po limo rfik dari G0 k e G1 , d id u g a k a r e n a ik a n t a m b a k a n ya n g digunakan dalam penelit ian ini merupakan po pulasi d a la m k e g ia t a n d o m e s t ik a s i, s e h in g g a s a n g a t dimungkinkan t erjadi penurunan keragaman genet ik dari generasi ke generasi dikarenakan adanya inbreed-ing. Het ero zigo sit as m erupakan ukuran keragaman g e n e t ik b e r d a s a r k a n p r o p o r s i ju m la h in d ivid u het ero zigo t po pulasi. Penurunan t ingkat keragaman g e n e t ik e r a t k a it a n n ya d e n g a n m e n u r u n n ya het ero zigo sit as gen. Hal ini dapat disebabkan karena adanya iso lasi po pulasi, inbreeding, dan genet ic drift

(So e ward i, 2 0 0 7 ). Re n d a h n ya ke ragam an ge n e t ik merupakan gambaran umum yang dit emui pada jenis ikan air t awar se bagai akibat ket erb at asan m igrasi s e ca r a a la m i (Nu g r o h o et al., 2 0 1 6 ). Tin g g in ya ke ragam an ge n e t ik ikan yan g d ilaku kan Pu t rian a (2 01 1) d ikaren akan ikan t amb akan yan g dian alisis diduga karena ikan yang digunakan merupakan ikan yang berasal dari alam dengan wilayah yang berjauhan (Po pulasi Jawa, Sumat era, dan Kalimant an). Selain it u, dikemukakan pula bahwa ikan t ambakan merupakan je n is ik an yan g t id ak m e rawat an akn ya se h in gga m e m u n gkin kan ikan t am b akan u n t u k m e la ku kan migrasi dengan jarak yang cukup jauh.

Peningkat an nilai het ero zigo sit as dan po limo rfik dari G1 ke G2 diduga jumlah induk yang digunakan pada pembentukan G2 lebih banyak dibandingkan pada p e m b e n t u kan G1 . Nilai rat a-rat a inbr eeding su at u po pulasi dit ent ukan dari jumlah induk efekt if (Ne= ef f ect i ve br eedi ng num ber), ju m la h e fe k t if in d u k m e ru pakan salah sat u b agian p aling p e n t in g d ari info rmasi yang dapat dipero leh dari po pulasi dalam pembenihan. Jumlah induk efekt if adalah salah sat u ko nsep yang paling pent ing dalam manajemen induk, ka re n a m e m b e r ika n in d ik asi m e n ge n ai s t ab ilit as g e n e t ik d a r i p o p u la s i, h a l in i d ik a r e n a k a n N e berbandin g t erbalik dengan t ekanan inbreeding d an genet ic drift (Tave, 1999). Gjedrem & Baranski (2009) yang melakukan kegiat an seleksi individu pada ikan mas (Cyprinus carpio) dan ikan nila (Oreochromis niloticus) d alam u p aya p e n in gkat an keragaan p e rt u m bu h an

Tabel 5. Ju m la h s a m p le , ju m la h fr a g m e n , p e r s e n t a s e p o lim o r fis m e , he t ero zigo sit as, d an ukuran fragme n t iga gene rasi ikan t am bakan menggunakan PCR-RAPD dengan t iga primer berbeda

Table 5. Number of samples, t ot al number of fragment s, percent ages of polymor-phism, het erozygosit y, and size ranges of fragment of t hree gener at ions kissing gourami using t hree different primers of PCR-RAPD

G-0 G-1 G-2

Ju mlah samp el (eko r)

Number of samples (ind.) 1 0 1 0 1 0

Ju mlah frag men (loku s)

Total number of f ragments (Loci) 1 1-1 5 1 0 -1 5 9 -14

Persen tase p o limo rfisme

Percent age of polymorphism 3 5.4 8 6 .45 1 6 .1 3

Heter o zig ositas

Heterozygosity 0 .1 6 0 .03 0 .08

Uku r an fr ag men (b p )

Size range of f ragments (bp) 2 0 0 -1 ,6 0 0 3 8 0 -2 ,05 0 45 0 -2 ,8 00 Param et er

Parameter s

(9)

dilapo rkan tidak efektif. Hal tersebut antara lain karena rendahnya keragaman genet ik po pulasi dasar akibat s e d ik it n ya ju m la h N e p a s a n g a n in d u k -in d u k pembent uknya.

Pa d a p e n e lit ia n ik a n s e p a t ya n g d ila k u k a n Sim a t u p a n g (2 0 1 2 ), d ip e r o le h p e r s e n t a s e po limo rfisme pada po pulasi sepat yang berasal dari Ka lim a n t a n d a n Su m a t r a 2 6 , 6 7 %, le b ih t in g g i dibandingkan po limo rfisme pada po pulasi sepat yang b e ra sal d a ri Ja wa ya n g m e m p u n ya i n ilai se b e s ar 13,33%. Demikian juga het ero zigo sit as po pulasi ikan sepat populasi Kalimant an (0,12) dan Sumat era (0,11), leb ih t inggi dib andin gkan het ero zigo sit as p o pulasi ikan sepat po pulasi Jawa (0,06). Pada ikan semah (Tor sor ro) nilai h et e ro zigo sit as b erkisar an t ara 0,090 9-0,1407 (Asih et al., 2008), ikan kelabau (Ost eochilus kelabau) berkisar ant ara 0,0100-0,1651 (Kusmini et al., 2011). Arifin et al. (2007) memperoleh nilai keragaman ge net ik yang t inggi p ada emp at p o pulasi ikan nila d en gan rat a-rat a n ilai h e t e ro zigo sit as 0 ,2 1 46 dan polimo rfisme 56,62%. Dunham (2004) mengemukakan p o p u la si d e n gan ke r agam an ge n e t ik ya n g t in g gi m e miliki p elu ang h idu p yan g le b ih t inggi, kare n a banyak alt ernatif gen atau ko mbinasi gen yang tersedia unt uk merespo ns perubahan kondisi lingkungan yang dihadapi. Gusmiaty et al. (2012) mengemukakan bahwa keberhasilan amplifikasi DNA geno m menggunakan t e kn ik RAPD san gat d it e n t u kan o le h u ru t an b asa p r im e r ya n g d ig u n a k a n , s e r t a k u a lit a s n ya a t a u kandu ngan prime r dalam set iap reaksi. Jumlah dan int ensitas pit a DNA yang dihasilkan setelah amplifikasi DNA dengan PCR sangat t ergant ung bagaimana primer mengenal urut an DNA komplementernya pada cetakan DNA (DNA t emplat e) yang d igunakan (Tinge y et al., 1994).

Berdasarkan nilai pada Tabel 6, menunjukkan tidak t erdapat perbedaan genet ik yang nyat a ant ar generasi ik a n t a m b a k a n ya n g d iu ji (P> 0 , 0 5 ). Ha l in i

dimungkinkan t erjadi karena ikan yang diuji awalnya b e r a s a l d a r i s a t u p o p u la s i, ya it u p o p u la s i ik a n t ambakan yang awalnya (G0) berasal dari Jawa Barat , yang me mb edakan h an yalah ge ne rasi dari masin g-m a s in g p o p u la s i. Mu lya s a r i et al. (2 0 1 0 ) mengemukakan po pulasi yang t idak b erbeda n yat a mu ngkin disebabkan b anyaknya ke sam aan ge net ik ant ar po pulasi-po pulasi t ersebut .

Pe n g g u n a a n in d u k ya n g t id a k s e s u a i k a id a h g e n e t ik a t e r b u k t i d a p a t m e n u r u n k a n t in g k a t k e r a g a m a n g e n e t ik ik a n ya n g d ih a s ilk a n . Pa d a pemb ent ukan generasi pe rt ama jumlah induk yang digunakan adalah 15 pasang (15 eko r jant an dan 15 e ko r b e t in a) yan g d ilaku k an se cara b e rp asan gan dengan nilai Ne sebesar 30 dan nilai laju inbreeding (F) sebesar 0,017; sedangkan pada pembent ukan generasi kedua adalah sebanyak 50 pasang (50 eko r jant an dan 50 eko r bet ina) yang dilakukan secara massal dengan nilai Ne sebesar 100 dan nilai laju inbreeding (F) sebesar 0,005. Oleh karena it u, dalam pro gram do mest ikasi perlu unt uk memperhat ikan nilai jumlah efekt if induk (Ne) yang dipergunakan dalam perkawinan agar dapat m e n e kan n ilai inbr eedi ng d an genet ic dr ift. Un t u k me ne kan laju inbreeding agar t idak t in ggi, nilai F sebaiknya t idak lebih dari 0,005 dengan nilai Ne t idak kurang dari 100.

KESIM PULAN

Ukuran fragmen yang dih asilkan berkisar ant ara 200-2.800 bp dengan frekuensi kemunculan alel antara 0,001,00 dan berjumlah 31 lo kus. Enam fragmen dari OPC-2 (1.400 bp, 1.300 bp, 1.100 bp, 800 bp, 600 bp, 500 bp), lima fragmen dari OPA-2 (1.350 bp, 1.000 bp, 900 bp, 800 bp, 520 bp), dan dua fragmen dari OPA-8 (1.000 bp, 550 bp) merupakan fragmen marka spesifik ikan t ambakan pada penelit ian ini. Nilai po limo rfisme dan het erozigosit as G0 sebesar 35,48% dan 0,16; turun menjadi 6,45% dan 0,03 pada G1 dan naik menjadi

Tabel 6. Nilai Fst pada perbedaan keragaman genet ik dari t iga generasi ikan t ambakan

Table 6. Fst value on t he different genet ic diversit y of t hree gen-erat ions of kissing gouramy

Ke terang an (Not e): ns = t id ak b erbe d a nyata (P> 0 ,05 ) (n s = not si gni fi cant ly different (P> 0.05 ))

Popul asi (Populations) G-0 G-1 G-2

G-0 *****

G-1 0.0 01 1ns *****

(10)

16,13% dan 0,08 pada G2. Dalam program do mest ikasi, untuk menekan inbreeding sebaiknya nilai F t idak lebih dari 0,005; dengan nilai efekt if induk (Ne) lebih dari 100.

UCAPAN TERIM A KASIH

Ucap an t e r im a k as ih d is am p a ika n ke p a d a Sri Sundari, Deni Irawan, dan Bambang Priadi, at as peran se r t an ya d a lam ke gia t an p e n e lit ia n in i. Ke gia t an penelit ian ini didanai dari DIPA BRPBATPP Bo go r TA 2016.

DAFTAR ACUAN

Ar ifin , O.Z., Nu g ro h o , E., & Gu st ian o , R. (2 0 0 7 ). Keragaman genet ik po pulasi ikan nila (Oreochromis nilot icus) dalam pro gram seleksi berdasarkan RAPD. Berit a Biologi, 8(6), 465-471.

Asih, S., Nu gro ho , E., Krist ant o , A.H., & Mulyasari. (2008). Penent uan variasi genet ik ikan bat ak (Tor sorro) dari Sumat era Ut ara dan Jawa Barat dengan met o de RAPD. Jurnal Riset Akuakult ur, 3(1), 91-97. Dunham, R.A. (2004). Aquacult ure and fisheries bio -t echno lo gy: Gene-t ic appro ach. CABI Publishing. Cambridge USA, p. 85-99.

Falco ner, D.S. (1989). Int roduction t o quant it at ive genet -ics. Edit io n 3. Lo ngmans Green/Jo hn Wiley & So ns, Direkt o rat Jenderal Perikanan Budidaya, Jakart a. Ku s m in i, I.I., Gu s t ian o , R., & Mu lyas ar i. (2 0 1 1 ).

Karakt e risasi ge n et ik ikan ke lab au (Ost eochilus kelabau) dari berbagai lo kasi di Kalimant an Barat mengunakan meto de RAPD (Random Amplified Poly-morphism DNA). Berit a Biologi, 10(4), 449-454. Mu lyasa ri, So e list yo w at i, D.T., Kr ist a n t o , A.H., &

Kusm ini, I.I. (2010). Karakt erist ik genet ik enam po pulasi ikan nilem (Ost eochilus hasselt i) di Jawa Barat . Jurnal Riset Akuakult ur, 5(2), 175-182. Nei, M. & Tajima, F. (1981). DNA po lymo rphism

de-t ecde-t able by rescde-tricde-t ion endonuclease. Genet ics, 97, 146-163. (Osphronemus goramy) dari kabupat en Lima Puluh Ko t a, Sumat era Barat berdasarkan marka rando m amplified po lymo rphism DNA(RAPD). Jurnal Riset Akuakult ur, 11 (4), 313-319. menggunakan marker RAPD. Jurnal Riset Akuakultur, 6(1), 1-6.

Nuru din , F.A. (2 0 13 ). Keanekar agaman j enis ikan di Sungai Sekonyer Taman Nasional Tanj ung Put ing. Kalimant an Tengah. Skripsi. Un ive rsit as Ne ge ri Semarang, 99 hlm.

Parenrengi, A. (2006). RAPD fingerprin t ing o f t hree s p e c ie s o f g r o u p e r (Epi neph el u s s p p .) fr o m Makassar St rait , So ut h Sulawesi, Indo nesia. Indo-nesian Aquacult ure Journal, 1(2), 105-119.

Parenrengi, A. & Tenriulo , A. (2008). Genet ic variabil-it y and population st ructure of gro uper (Epinephelus suillus) fro m Makassar St rait and Bo ne Bay, So ut h Sulawesi, Indonesian Aquacult ure Journal, 3(2), 77-87.

Paren re ngi, A., Te nriulo , A., & Ali, S.A. (2 01 2). Ge-netic variabilit y o f t hree populat io ns of flying fish, Hirundicht hy oxycephalus fro m makassar st rait . In-donesian Aquacult ure Journal, 7(1), 1-10.

(11)

So ewardi, K. (2007). Pengelo laan keragaman genet ik sumber daya perikanan dan kelaut an. Depart emen Ma n a je m e n Su m b e r d a ya Pe r a ir a n , Fa k u lt a s Perikanan dan Ilmu Kelau t an, Inst it ut Pert anian Bo go r. Bo go r, 153 hlm.

Sundari, S., Iskandariah, Huwo yo n, G.H., Kusmini, I.I., & Gu st ia n o , R. (2 0 1 2 ). Ke r ag am an g e n e t ik 3 populasi ikan t ambakan (Helost oma t emminckii) asal Su mat e ra, Jawa, d an Kalim an t an m en ggun akan met o de RAPD (Rando m Amplified Po lymo rphism DNA. Prosiding Indoaqua - Forum Inovasi Teknologi Akuakult ur, hlm. 1109-1115.

Su r ya n t o , D. (2 0 0 3 ). Me lih a t k e a n e k a r a g a m a n o r ga n ism e m e lalu i b e b e ra p a t e kn ik ge n e t ika mo lekuler. USU digit al librar y, 11 pp.

Tave, D. (1999). Inbreeding and Bro o d St o ck Manage-me nt . FAO Fish Te chn ical Pap er. No . 39 2. FAO. Ro me, 122 pp.