commit to user
STUDI KERAGAMAN GENUS
Canna
BERDASARKAN CIRI MORFOLOGI DAN ISOZIM
TESIS
Untuk Memenuhi Sebagian Persyaratan
Memperoleh Gelar Magister
Program Studi Biosain
Oleh:
Narwito
S900208015
PROGRAM PASCASARJANA
UNIVERSITAS SEBELAS MARET
commit to user
Narwito. 2012. Studi Keragaman Genus Canna Berdasarkan Ciri Morfologi
dan Isozim. TESIS. Pembimbing I : Prof. Drs. Suranto, M.Sc., Ph.D, II : Prof. Dr.
Sugiyarto, M.Si. Biosains, Program Pascasarjana. Universitas Sebelas Maret Surakarta.
ABSTRAK
Tanaman ganyong (Canna spp) adalah tanaman herba tegak, merupakan tanaman penghasil umbi yang dapat digunakan sebagai pengganti makanan pokok. Beberapa species dari populasi yang berbeda memiliki morfologi kompleks, yang dapat menyebabkan masalah dalam pekerjaan taksonomi untuk mengambil keputusan. Tujuan dari penelitian adalah untuk mengetahui keragaman dan hubungan kekerabatan anggota genus Canna berdasarkan data morfologi dan isozim.
Penelitian yang dilakukan meliputi pengamatan ciri morfologi dan elektroforesis daun tanaman ganyong untuk memperoleh pita isozim. Analisis data morfologi tanaman diuraikan secara deskriptif meliputi seluruh variabel yang terdiri dari sembilan varian tanaman ganyong yang diperoleh dari wilayah Kabupaten Sukoharjo, data pola pita isozim dianalisis menggunakan program Numerical Taxonomy and Multivariate Analys System versi 202i (NTSYS). Data matrik dihitung berdasarkan koefisien DICE. Klusterisasi (pengelompokan), dilakukan dengan UPGMA (Unweigted Pair Group with Aritmetic Mean) dihitung melalui SHAN.
Hasil penelitian menunjukkan bahwa adanya keragaman ciri morfologi sembilan varian tanaman ganyong , pola pita isozim demikian juga. Hubungan kekerabatan paling dekat yaitu Canna hybrid dan Canna qlauca dengan koefisien kemiripan 89 %,sedangkan hubungan kekerabatan terjauh yaitu Canna achira dengan sampel yang lain pada koefisien kemiripan 47%. Enzim esterase menghasilkan 19 pita isozim dan yang mengelompokkan sembilan varian tanaman ganyong ke dalam 4 kelompok.Enzim peroksidase menghasilkan 14 pita isozim dan mengelompokkan sembilan varian tanaman ganyong tersebut ke dalam 3 kelompok.
commit to user
Narwito. 2012. The Diversity study of genus Canna based on morphological
characters and isozym. THESIS. Supervisors I : Prof. Drs.Suranto,M.Sc., Ph.D,
II : Prof. Dr.Sugiyarto, M.Si. Master of Bioscience Postgraduate Program. Sebelas Maret University Surakarta.
ABSTRACT
Edible Canna is the upright herb plant. It can produce tuber which can to be used as the main food substitute. Some species of different population have the complex morphology which it can cause problem in taxonomy work in taking the decision. The purposes of this research was to determine the diversity and relationship genus Canna based on morphological and isozym.
The research conducted in observing morphological and elektrophoretic. The data analysis where described with the morphology of the plant, included all variable has been was observed consist nine varian Cannaacquired from district of Sukoharjo. The isozyme band structure data were analyzed used the Numerical Taxonomy and Multivariate Analysis System (NTSYS) program version 2.02i. The matrix data were calculated based on the DICE coefficient. The clustering (grouping) was performed by UPGMA (Unweigted Pair Group With Arithmetic Mean) which were calculated by SHAN.
The result showed that there were diversity of morphological , also in the isozym band structure.Where as closest relationship is Canna hybrid and Canna qlauca with similarity coefficient 89% ,where as the farthest was the relationship of Canna achira with the other at similarity coefficient 47% .Esterase enzyme produced 19 isozyme bands and classified the 9 variant of Canna in to 4 group. On the other side , Peroksidase enzyme produced 14 the isozyme bands and classify that Canna variant in to 3 groups
commit to user
MOTTO DAN PERSEMBAHAN
Percaya pada diri sendiri adalah rahasia utama untuk mencapai sukses.
(Emerson)
Pendidikan yang baik tidak menjamin pembentukan yang baik.
(Fonttenelle)
Di dunia ini tidak ada namanya kegagalan, yang ada hanyalah kurang kerja
keras.
(Beta)
Kupersembahkan karya sederhana ini untuk yang tercinta
Orang tuaku
Istri tercinta
commit to user
KATA PENGANTAR
Alhamdulillahi rabbil ‘alamin, segala puji bagi Allah, Tuhan Yang Maha
Kuasa, atas segala limpahan rahmat, hidayah, karunia dan kuasa-Nya penulis
dapat menyelesaikan tesis yang berjudul “Studi Keragaman Genus Canna
Berdasarkan Ciri Morfologi dan Isozim”.
Nilai penting pada penelitian ini adalah memberi informasi mengenai
keragaman dan hubungan kekerabatan genus Canna dan analisis isozim pada
sembilan varian tanaman ganyong. Terjadinya variasi tanaman dapat disebabkan
oleh faktor lingkungan dan atau faktor genetik.
Beberapa kendala yang ada meliputi ekstrasi buffer karena daun tanaman
ganyong berlendir dan pengamatan pola pita. Untuk mengatasi ekstrasi buffer
maka dilakukan penggerusan berulang kali serta pengamatan pola pita
diletakkan di atas kaca dengan sinar lampu dibawahnya sehingga tampak jelas
pita yang terbentuk.
Dengan segala kerendahan hati penulis mengharapkan masukan, kritik,
saran yang membangun untuk perbaikan dan penyempurnaan karya ini agar
dapat memberikan manfaat dalam pengembangan ilmu dan teknologi khususnya
dalam bidang biologi.
Surakarta, Maret 2012
commit to user
UCAPAN TERIMA KASIH
Puji dan syukur penulis panjatkan kehadirat Tuhan Yang Maha Esa, yang
telah memberikan kemudahan bagi penulis sehingga dapat menyelesaikan tesis
dengan judul “Studi Keragaman Genus Canna Berdasarkan Ciri Morfologi dan
Isozim”.
Pada kesempatan ini, penulis tidak lupa mengucapkan terima kasih kepada:
1. Prof. Dr. Ravik Karsidi, M.S. Rektor Universitas Sebelas Maret Surakarta.
2. Direktur Program Pascasarjana Universitas Sebelas Maret Surakarta Bapak
Prof.Dr.Ir. Ahmad Yunus, M.S., yang telah memberikan bimbingan, motivasi,
dan fasilitas selama Penulis mengikuti pendidikan di Program Pascasarjana
Universitas Sebelas Maret Surakarta serta selaku pembimbing 1 yang telah
memberikan masukan dan saran untuk kesempurnaan tesis.
3. Bupati Sukoharjo Bapak H. Wardoyo Wijaya SH, MH., yang telah
memberikan izin kepada Penulis untuk menempuh pendidikan magister di
Universitas Sebelas Maret.
4. Ketua Program Studi Biosains Pascasarjana Universitas Sebelas Maret
Surakarta Bapak Prof. Dr. Sugiyarto, M.Si, yang senantiasa memberikan
dorongan moril dan bimbingan selama Penulis mengikuti perkuliahan di
Program Studi Biosains Pascasarjana Universitas Sebelas Maret Surakarta.
5. Bapak . Prof. Drs. Suranto, M.Sc., Ph.D., selaku Pembimbing I yang telah
memberikan bimbingan arahan dan saran untuk kesempurnaan tesis ini.
6. Bapak Prof. Dr. Sugiyarto, M.Si., selaku Pembimbing II yang telah
memberikan bimbingan, arahan, dan saran untuk kesempurnaan tesis ini.
7. Segenap staf dosen dan pengajar yang telah memberikan materi
perkuliahan yang menunjang kelancaran penelitian.
8. Kepala Dinas Pendidikan Nasional Sukoharjo, yang telah memberikan izin
Penulis untuk menempuh pendidikan magister di Universitas Sebelas Maret.
9. Rahmadi, S.Pd., selaku Kepala SMP Negeri 7 Sukoharjo yang telah
memberikan izin Penulis untuk menempuh pendidikan magister di
Universitas Sebelas Maret.
commit to user
11. Mas Untung Maryanto, sub lab pemuliaan tanaman Fakultas Kehutanan
Universitas Gajah Mada Yogyakarta, atas segala bantuan yang telah
diberikan selama Penulis menganalisis isozim tanaman ganyong.
12. Mas Rosyid atas segala bantuan yang telah diberikan selama Penulis
menempuh pendidikan pendidikan di Program Pascasarjana Universitas
Sebelas Maret Surakarta.
13. Mas Sentot Budoyo, mas Trimanto, mbak Banati Rahmawati, mbak
Nurmiyati, untuk segala ketulusan dan kebersamaan yang telah kita bangun
untuk penyelesaian tesis ini.
14. Teman-teman seangkatan dan seperjuangan di Kampus Pascasarjana
Universitas Sebelas Maret Surakarta.
15. Semua pihak yang tidak dapat Penulis sebutkan satu persatu yang telah
memberikan bantuan dalam penyelesaian tesis ini.
Penulis menyadari bahwa karya ini masih perlu mendapatkan
penyempurnaan. Segala bantuan, kritik, saran dan berbagai masukan senantiasa
penulis harapkan. Semoga segala bantuan dan kebaikan yang diberikan kepada
Penulis senantiasa menjadi amal baik demi kemajuan ilmu pengetahuan dan
teknologi di Indonesia, Amin.
Surakarta, Maret 2012
commit to user
DAFTAR ISI
JUDUL ………. i
PENGESAHAN PEMBIMBING ………. …... ii
PENGESAHAN TIM PENGUJI ……….. …... iii
PERNYATAAN ORISINALITAS ……… iv
ABSTRAK ………. …… v
ABSTRACT ……….. vi
MOTTO DAN PERSEMBAHAN ……….. vii
KATA PENGANTAR ………. viii
UCAPAN TERIMA KASIH ……… ix
DAFTAR ISI ……… xi
DAFTAR TABEL ………... xiii
DAFTAR GAMBAR ……….. ….. xiv
DAFTAR LAMPIRAN ……… xv
DAFTAR SINGKATAN ………. xvi
BAB I PENDAHULUAN A. Latar Belakang Masalah ……….. 1
B. Rumusan Masalah ……… 3
C. Tujuan Penelitian ……….. 4
D. Manfaat Penelitian ……… 4
BAB II TINJAUAN PUSTAKA DAN KERANGKA KONSEP PENELITIAN A. Taksonomi Tanaman Ganyong (Canna spp) ………. 5
B. Morfologi Tanaman Ganyong (Canna spp) ……….. 6
C. Analisis Isozim ……… 10
D. Kerangka Berfikir ……… 17
commit to user
BAB III METODE PENELITIAN
A. Waktu dan Tempat Penelitian ………. 21
B. Alat dan Bahan ………..……… 21
C. Cara Kerja ………. 22
D. Analisa Data ……….………. 28
BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN A. Identifikasi data morfologi genus Canna yang terdiri dari sembilan varian tanaman ganyong …………..……… 30
B. Pola pita isozim genus Canna yang terdiri dari sembilan varian tanaman ganyong ……….…….. 35
C. Hubungan kekerabatan data morfologi dan isozim genus Canna ……….. 43
BAB V PENUTUP A. Kesimpulan ………... 47
B. Saran ………. 47
DAFTAR PUSTAKA ……… 48
commit to user
DAFTAR TABEL
Tabel 1. Komposisi larutan extract buffer yang digunakan……….. 24
Tabel 2. Komposisi larutan gel polyacrilamide ……….. 25
Tabel 3. Bahan-bahan buffer tank ……….. 27
Tabel 4. Ciri morfologi sembilan varian tanaman ganyong …. ………. 31
Tabel 5. Pembagian kelompok sembilan varian tanaman ganyong pada jarak kemiripan kurang dari 0,80 atau kemiripan kurang dari 80% ……… 39
Tabel 6. Pembagian kelompok sembilan varian tanaman ganyong pada jarak kemiripan kurang dari 0,80 atau kemiripan kurang dari 80% ……… 42
commit to user
DAFTAR GAMBAR
Gambar 1. Skema kerangka berfikir ………... 19
Gambar 2. Hasil elektroforesis untuk enzim esterase dari sampel
daun ………….………. 36
Gambar 3 Dendogram dari sembilan varian tanaman ganyong
berdasarkan enzim esterase ………. 38
Gambar 4 Hasil elektroforesis untuk enzim peroksidase dari sampel
daun ………. 40
Gambar 5. Dendogram dari sembilan varian tanaman ganyong
berdasarkan enzim peroksidase ……… 41
Gambar 6 Dendogram hubungan kekerabatan genus Canna
berdasarkan data morfologi …..………... 45
Gambar 7. Dendogram hubungan kekerabatan genus Canna
commit to user
DAFTAR LAMPIRAN
Lampiran 1. Tanaman ganyong……… 51
Lampiran 2. Daun tanaman ganyong ………. 52
Lampiran 3. Bunga tanaman ganyong ……… 53
Lampiran 4. Biji tanaman ganyong……….. 54
Lampiran 5. Cara kerja analisis isozim ……….. 55
Lampiran 6. Foto pola pita isozim esterase……….. 58
Lampiran 7. Foto pola pita isozim peroksidase……… 59
commit to user
DAFTAR SINGKATAN
Cm : Centi meter
Cb : Canna bonfire
Ce : Canna edulis
Cc : Canna coccinea
Cq : Canna qlauca
Ch : Canna hybrid
Ca : Canna achira
Cp : Canna pretoria
Cg : Canna generalis
Cp : Canna compacta
DNA : Deoxiribonucleic acid
Ditejen Deptan : Direktorat jendral Departemen pertanian
Dpl : Diatas permukaan laut
EST : Esterase
o
c : Derajat celcius
L : Liter
Mm : Millimeter
Mg : Miligram
P : Probabilitas
PRX :Peroksidase
PH : Tingkat keasaman
RF : Relative value to the bromophenol blue Front
Sig : Signifikansi
SDS : Sodium Dodecy l Sulphate
TEMED : N-N-N”-Tetramethylethylenediamine
Tris : Tris (hydroxymethyl) aminomethane
UPGMA : Unweighted Pair Group With Arithmetic Mean
µl : Mikroliter
commit to user
BAB I PENDAHULUAN
A. Latar Belakang
Tanaman ganyong (Canna spp), merupakan tanaman herba
tegak, tinggi 0,5 – 2 m, merupakan jenis tanaman umbi yang mempunyai
potensi dan prospek untuk dikembangkan di Indonesia. Tanaman ganyong
(Canna spp) berasal dari Amerika Selatan, tetapi tanaman ini telah tersebar
dari Sabang sampai Merauke. Terutama di Jawa Tengah, Jawa Timur, dan
Bali tanaman ini telah dikembangkan penduduk. Nama lokal ganyong berbeda
– beda tergantung daerahnya. Ganyong hutan (Melayu), hosbe (Batak),
ganyol leuweung (Sunda), tasbhi (Madura), milu – milu (Bali), kela, kontas,
totombe, wuro (Minahasa), sedangkan nama Internasional ganyong adalah
Quensland arrowroot (Rahmat Rukmana, 2000).
Tanaman ini cukup potensial sebagai sumber karbohidrat.
Hasilnya selain dapat digunakan untuk penganekaragaman menu rakyat, juga
mempunyai aspek yang penting sebagai dasar industri. Diantara tanaman
pangan sebagai sumber karbohidrat, terdapat beberapa jenis yang memiliki
setara dengan beras, misalnya: Garut (Maranta arundinaceae L) atau Ubi
kayu (Manihot utilisima), sehingga tanaman ini potensial mensubtitusikan
beras / gandum. Tidak banyak yang menyadari bahwa penanaman dan
pemeliharaan komoditi ini relatif sangat mudah dan memiliki tingkat produksi
commit to user
ton per hektare, ganyong 30 ton per hektare dan sukun 30 ton per
hektare (Suhartiningsih, 2008).
Sumber daya hayati umbi – umbian yang beraneka ragam
jenisnya di Tanah Air ini belum dimanfaatkan secara optimal untuk memenuhi
kecukupan pangan, khususnya sebagai sumber karbohidrat. Selain ubi kayu
dan ubi jalar, sebenarnya Indonesia mempunyai banyak umbi – umbian yang
lain, seperti talas, uwi,dan lain lain, tetapi data luas tanam maupun produksi
tidak tersedia. Mengingat banyaknya manfaat dari umbi – umbian ini, dalam
memperkuat cadangan makanan masyarakat miskin maka untuk masa
mendatang ketersediaan data berbagai komoditas umbi – umbian tersebut
perlu disediakan, sebagai dasar untuk merumuskan program pengembangan
komoditas yang bersangkutan.
Terdapat variasi antar populasi pada tanaman ganyong (Canna
spp), terutama yang jelas dapat dibedakan pada daun dan bunga. Adanya
variasi ini adalah hasil interaksi antara faktor lingkungan dan genetik selama
siklus hidupnya. Tetapi berapa besar pengaruh yang berperan terhadap
variasi morfologi adalah sulit untuk dipastikan walaupun tehnik eksperimen
untuk merunut telah dikembangkan.
Teknik eksperimen tersebut misalnya : 1. Transplan Eksperimen,
2. Teknik Eksperimen Modern. Teknik transplan eksperimen ini dapat
dilakukan melalui pemindahan tanaman dari habitat aslinya ke habitat yang
baru (green house / glass house, paranet), dengan atau tanpa di treatmen
commit to user
Variasi dalam populasi dapat dipelajari melalui pengamatan
morfologi, namun metode ini memiliki banyak keterbatasan, mengingat
sejumlah ciri yang di analisis, disamping adanya plastisitas fenotip dan
pengaruh lingkungan.
Kalau sejumlah tanaman dari beberapa populasi dilakukan
transplan, ternyata terjadi perubahan morfologi, maka kemungkinan
lingkungan telah ikut menentukan terjadinya plastisitas morfologi. Tetapi
apabila setelah di transplan, tanaman dari setiap populasi tersebut masih
menunjukkan keanekaragaman maka dalam hal ini faktor genetik yang
mungkin berperan lebih besar.
Berkaitan dengan kemajuan teknologi maka analisis terhadap
tumbuhan lebih cenderung melalui pendekatan unsur genetik dari pada
analisis deskriptif (berbentuk daftar tumbuhan, hewan atau mikroorganisme)
yang sewaktu – waktu berubah. Oleh karena itu pendekatan penelitian seperti
Isozim elektroforesis, kromosom, dan DNA mutlak diperlukan (Sudarmono,
2006).
Bertalian dengan faktor yang memungkinkan terjadinya variasi
pada species tertentu, pada tumbuhan ganyong telah ditemukan variasi
bunga, maka kemungkinan terjadinya variasi yang lain menarik untuk diteliti.
B. Perumusan Masalah
Berdasarkan latar belakang di atas, dapat dirumuskan
commit to user
1. Bagaimanakah keragaman genus Canna yang terdiri dari sembilan varian
berdasarkan data morfologi?
2. Bagaimanakah keragaman genus Canna yang terdiri dari sembilan varian
berdasarkan pola pita isozim?
3. Bagaimanakah hubungan kekerabatan genus Canna yang terdiri dari
sembilan varian berdasarkan data data morfologi dan pola pita isozim?
C. Tujuan Penelitian
Tujuan penelitian ini adalah :
1. Mengetahui keragaman genus Canna yang terdiri dari sembilan varian
berdasarkan data morfologi.
2. Mengetahui keragaman genus Canna yang terdiri dari sembilan varian
berdasarkan pola pita isozim.
3. Mengetahui hubungan kekerabatan genus Canna yang terdiri dari
sembilan varian berdasarkan data morfologi dan pola pita isozim.
D. Manfaat Penelitian
Dari penelitian ini diharapkan dapat mempunyai manfaat, yaitu :
Membedakan sifat variasi morfologi dan pola pita isozim pada genus
Canna yang terdiri dari sembilan varian, sehingga dapat dijadikan sebagai
dasar untuk pemuliaan tanaman. Hal ini diharapkan dapat digunakan dalam
upaya pemenuhan kebutuhan manusia terutama dalam hal bahan baku
commit to user
BAB II
TINJAUAN PUSTAKA DAN KERANGKA KONSEP PENELITIAN
2.1 Taksonomi Tanaman Ganyong (Cannaspp)
Tentang asal usul tanaman ganyong (Canna spp) terdapat
keterangan yang bervariasi, diantaranya menyebutkan berasal dari India
Barat, Sri Langka maupun Amerika Tropis, ahli botani memastikan bahwa
sentrum asal tanaman ganyong (Canna spp) adalah Amerika Selatan yaitu
daerah Peru, Ekuador dan Bolivia. Orang – orang Amerika memanfaatkan
rhizomanya yang masih muda sebagai sayuran dan kadang – kadang
digunakan sebagai pencuci mulut (Rukmana, 2000).
Sekarang tanaman ganyong (Canna spp) telah menyebar luas di
Asia, Paifik, dan Australia. Di Queensland (Australia), tanaman ganyong
(Canna spp) telah diusahakan secara besar – besaran untuk diambil patinya.
Pembuatan tepung ini telah diusahakan di pabrik dan tepungnya disebut
“Queensland arrowroot” (Lingga, 1986). Taksonomi tanaman ganyong
(Canna spp) (Steenis 1992) adalah sebagai berikut :
Divisi : Spermatophyta
Sub Divisi : Angiospermae
Kelas : Monocotyleldoneae
Ordo : Zingiberales
Famili : Cannaceae
Genus : Canna
commit to user
Di alam banyak ditemukan tanaman ganyong (Canna spp) yang
beranekaragam, perbedaan yang jelas dapat dilihat pada warna daun dan
bunga.
2.2 Morfologi Tanaman Ganyong (Canna spp)
Bentuk tanaman ganyong (Canna spp) adalah berumpun dan
merupakan tanaman herba, semua bagian vegetatif yaitu batang, daun
serta kelopak bunganya sedikit berlilin, umbi yang telah cukup dewasa,
daun dan batang mulai mengering.
Tinggi tanaman ganyong (Canna spp) antara 0,9 – 1,8 meter.
Bahkan di Quesland dapat mencapai 2,7 meter. Sedang di Jawa, tinggi
tanaman ganyong umurnya 1,35 – 1,8 meter. Apabila di ukur lurus, maka
panjang batang bisa mencapai 3 meter. Panjang batang dalam hal ini di
ukur dari ujung tanaman sampai ujung rhizoma atau yang sering disebut
dengan umbi (Ditjen. Deptan 2008).
Apabila diperhatikan ternyata warna batang, daun, pelepah daun
dan sisik umbinya sangat beragam. Adanya perbedaan warna ini
menunjukkan varietasnya.
1. Daun
Tanaman ganyong (Canna spp) daunnya lebar dengan bentuk
elips memanjang dengan bagian pangkal ujungnya agak runcing.
Panjang daun 15 – 60 cm, sedang lebarnya 7 – 20 cm di bagian
tengahnya terdapat tulang daun yang tebal. Warna daun beragam dari
commit to user
keseluruhannya ungu. Demikian juga dengan pelepahnya ada yang
berwarna ungu dan hijau.
2. Bunga
Ukuran bunga tanaman ganyong (Canna spp) yang biasa
diambil umbinya relative lebih kecil bila dibandingkan dengan bunga
ganyong yang lain, misalnya: Canna hybrid, Canna indica, Canna
coccina dan lain – lain.
Warna bunga ganyong ini adalah merah orange dan
pangkalnya kuning dengan benang sari tidak sempurna. Jumlah
kelopak bunga ada 3 buah dan masing – masing panjangnya 5 cm.
3. Buah
Tanaman ganyong (Canna spp) juga berbuah. Buah terdiri dari
3 ruangan yang berisi biji berwarna hitam sebanyak 5 biji per ruang.
4. Umbi
Tanaman ganyong (Canna spp) berumbi besar dengan
diameter antara 5 – 8,75 cm dan panjangnya 10 – 15 cm, bahkan bisa
mencapai 60 cm. Bagian tengahnya tebal dan dikelilingi berkas –
berkas sisik yang berwarna ungu atau coklat dengan akar serabut
commit to user
Faktor-faktor yang Mempengaruhi Pertumbuhan Tanaman Ganyong (Canna spp )
A . Iklim
Tanaman ganyong (Canna spp) mempunyai daya
penyesuaian (adaptasi) yang luas terhadap lingkungan tropis
.Tanaman ini dapat tumbuh didataran rendah sampai
pegununungan. Pertumbuhan dan produksi ganyong yang optimum
pada daerah dengan ketinggian dibawah 1000 dpl. Kondisi iklim
yang ideal untuk tanaman ganyong adalah pada suhu 28 c –32 c,
kelembaban udara (RH) 50% -80% dengan curah hujan 1.120 mm
per tahun (Rukmana 2000)
B. Tanah
Setiap tanaman memang menghendaki jenis – jenis
tanah tertentu. Tidak demikian halnya dengan tanaman ganyong
(Canna spp), yang dapat tumbuh pada berbagai jenis tanah. Hanya
pada jenis tanah liat berat sajalah tanaman akan tumbuh kurang
baik, karena sistem drainase pada tanah jenis ini biasanya jelek.
Bila terpaksa harus ditanam pada jenis tanah ini, maka drainasenya
harus dibuat memadai. Apabila ingin mendapatkan hasil yang
optimal, maka sebaiknya ganyong ditanam pada tanah – tanah
commit to user
Budi daya Tanaman Ganyong (Canna spp)
Tanaman ganyong (Canna spp) umumnya diperbanyak
secara vegetatif yaitu dengan rhizoma dan tunas. Bibit yang digunakan
adalah rhizoma yang memiliki 1 – 2 mata tunas sehat. Bibit ini
diperoleh pada waktu panen, yaitu dengan mengambil bagian ujung
umbi yang masih muda. Bagian ini kurang baik untuk dijadikan tepung
karena kadar patinya sangat rendah ( Rukmana 2000 )
Hama dan Penyakit
Tanaman ganyong (Canna spp) adalah tanaman yang relatif
bebas dari serangan hama dan penyakit. Walaupun demikian di
daerah – daerah yang telah membudidayakan ganyong secara intensif,
sering ditemui hama dan penyakit misalnya belalang. Akibat kerusakan
hama ini sebenarnya tidak secara langsung, tetapi merupakan
sekunder. Belalang biasanya menyerang tanaman dengan memakan
daun – daun ganyong, dengan demikian jumlah permukaan daun
berkurang akibatnya fotosintesis berkurang, dan akibatnya
pembentukan umbipun terhambat.
Untuk mengatasi dapat dilakukan pemberantasan secara
kimiawi, dengan insektisida Agrothion50, dosis 0,6 – 2 l/ha. Hama
yang lain yaitu Agrotis spp ( Ulat Tanah ), ulat ini terutama menyerang
tanaman muda yaitu bagian batang dan tangkai daun, akibatnya
tanaman rebah. Kerusakan semacam ini dapat mengakibatkan
kerugian yang berarti, karena tanaman muda tersebut bisa mati. Cara
commit to user
rerumputan di sekitar tanaman. Pemberantasan secara kimiawi
dengan insektisida Dursban 20% E.C, Hostathion 40% E.C.
Hama yang menyerang hasil panenan yaitu Calopodes
ethlius dan Cobalus cannae, penyakinya Fusarium spp, Puccinia spp
dan Rhizoctina spp, akibatnya umbi bercendawan dan busuk. Untuk
menghindarinya, umbi janganlah diletakkan pada tempat yang lembab.
( Ditjentan deptan, 2008 )
Pemanenan
Sebagai patokan yang pasti, umbi dianggap dewasa apabila
telah ditandai dengan mengeringnya batang dan daun – daun
tanaman. Cara pencabutan apabila batang tanaman ganyong belum
rapuh, bila telah rapuh dapat dilakukan dengan cara mencongkelnya
dengan tongkat besi, kayu dan sejenisnya.
2.3 Analisis Isozim
Isozim pertama kali dideskripsikan oleh RL. Hunter dan
Clement Market pada tahun 1957 yang didefinisikan sebagai berbagai
varian yang sama enzim yang memiliki fungsi yang sama dan hadir dalam
individu yang sama (Houghton, 2007). Definisi mencakup (1) varian yang
berbeda dari produk gen sehingga mewakili berbagai loci (digambarkan
sebagai isozim) dan (2) enzim yang berbeda dari produk yang sama allel
commit to user
Isozim adalah enzim yang merupakan produk langsung dari
gen, terdiri dari berbagai molekul aktif yang mempunyai struktur kimia
berbeda tetapi mengkatalis reaksi yang sama. Enzim merupakan protein
biokatalisator untuk proses – proses fisiologis tanaman yang pengadaan
dan pengaturannya dikontrol secara genetik (Shannon, 1968 dalam
Cahyarini 2004).
Penggunaan penanda isozim mempunyai kelebihan karena
isozim diatur oleh gen tunggal dan bersifat kodominan dalam pewarisan,
bersegresi secara normal menurut nisbah Mendell, kolinier dengan gen dan
merupakan produk langsung gen, penanda ini bersifat stabil karena tidak
dipengaruhi oleh faktor lingkungan, lebih cepat dan akurat berproduksi
(Sudiarto dan Sukmadjaja, 2001).
Isozim memiliki beberapa karakteristik dan keuntungan,
antara lain : 1) Produk dari alel yang berbeda bergerak pada posisi yang
berbeda dalam gel, 2) Alel yang berbeda biasanya diwariskan secara
kodominan, bebas dari epistasis, sehingga individu homozigot dapat
dibedakan dari heterozigot, 3) Seringkali posisi pita merupakan produk dari
suatu lokus, sehingga memungkinkan untuk mendeteksi jumlah gen yang
mengkode suatu enzim dengan menganalisis pola pita dari enzim tersebut,
4) Peralatan dan bahan yang diperlukan relatif tidak terlalu mahal dan
percobaan dapat dilakukan dengan mudah di labotarium, 5) Jumlah sampel
yang banyak dapat dianalisis dengan waktu singkat, dan 6) Dapat
dilakukan pada fase bibit, sehingga dapat menghemat, tempat maupun
commit to user
Analisis isozim merupakan metode yang ekonomis dan efektif
untuk mengetahui terjadinya rekombinai gen dan kromoson. Isozim
digunakan sebagai marker genetik untuk mengamati rekombinasi dan
segregasi karakter kualitatif dan kuantitatif. Analisis isozim merupakan
metode yang efisien untuk mengetahui genetik tanaman dalam pelestarian
sumber alam dan pengelolaannya (Karcicio, 2003). Chen et al (2006)
mengatakan bahwa beberapa peneliti juga menggunakan data isozim
untuk mengukur jarak genetik, keragaman geenetik, sistematik,
mengkonfirmasi hybrid, dan finger printing kultivar.
Isozim adalah bentuk – bentuk enzim yang berbeda secara
fisik dapat dipisahkan, terdapat dalam berbagai tipe sel atau kompartemen
sub seluler . Isozim lazim ditemukan didalam serum dan jaringan semua
vertebrata, insekta, tumbuhan dan organism uniseluler Jenis dan jumlah
enzim pada masing – masing organism berbeda – beda. Jaringan yang
berbeda juga dapat mengandung isozim yang berbeda, dan semua isozim
mempunyai afinitas yang berbeda – beda terhadap substrat (Murray,
1999).
Fungsi utama isozim adalah sebagai konrtrol dalam aktivitas
metabolism didalam sel. Frekkuensi perbedaan isozim ada pada organela
yang berbeda pada sel tumbuhan (Goodwin, 1983). Isozim dapat
digunakan sebagai penanda genetik untuk mempelajari keanekaragaman
antar individu dalam satu populasi serta mengidentifikasi varietas dan
commit to user
Penggunaan pola pita isozim merupakan salah satu
pendekatan untuk mengetahui jarak genetik dan hubungan kekerabatan
tanaman. Hal ini dilakukan oleh Cahyarini (2004) pada penelitiannya
terhadap beberapa varietas lokal kedele di Jawa, sedangkan Vihara (2005)
pada tanaman duku. Analisis izosim juga digunakan untuk
mengkarakterisasi struktur genetik kultivar Solanum tuberosum ssp.
Andigena (Huaman, 2000).
Analisa isozim berguna untuk identifikasi dan
mengkarakterisasi tanaman yang harus diketahui terlebih dahulu untuk
penelitian. Contohnya, untuk mempelajari pengaruh suhu terhadap
pembungaan. Untuk identifikasi tanaman yang lebih jelas dilakukan analisis
isozim (Degani at al 1986).
Identifikasi kultivar dengan memanfaatkan data analisis isozim
membuktikan dapat konsisten atau sama dengan identifikasi secara
morfologi, dan sebaik penanda fiisiologinya. Meskipun penanda morfologi
dan fisiologi dapat untuk identifikasi kultivar, namun dipertimbangkan
analisis isozim adalah esensial ketika penanda morfologi dan fisiologi tidak
cukup / kurang memadai. Terlebih lagi isozim dimana produk gen langsung
dan secara relatif tidak dipengaruhi oleh lingkungan, sehingga hal itu lebih
cocok daripada penanda morfologi saja (Degani at al , 1986).
Peroksidase (PRX) adalah enzim oksidoreduktase, yang
berperan untuk oksidfasi substrat sambil mereduksi H2O2 menjadi H2O.
Rothe (1994) mengatakan bahwa isozim peroksidase tersebar luas
commit to user
adanya hydrogen peroksida (H2O2) mengkatalisa oksidasi fenol (AH2) dan
aromatic amines (AH2) sesuai reaksi berikut :
Enzim-H2O2 + AH2 enzim + A +2H2O
Aktivitas isozim peroksidase mudah dideteksi karena
ktivitasnya yang luar biasa pada jaringan. Bahkan isozim peroksidase
masih dapat dideteksi tanaman padi berumur 110 hari setelah sebar (Ito,
1991). Bahan yang dapat digunakan untuk analisis ini antara lain akar,
batang, daun atau bijinya. Analisis isozim peroksidase telah digunakan oleh
beberapa peneliti dalam pengujian terhadap beberapa tanaman antara
lain: padi (Ito, 1991) ; jeruk besar (Purwanto, dkk., 2002) ; Ranunculus
(Suranto, 2001) ; Ananas comosus (L.) Merr. (Hadiati, 2003); kedelai
(Cahyarini, 2004); Lansium dometicum Coor (Vihara, 2005); Ttribus
alpianae (Lestari, 2005).
Esterase (EST) pada tanaman merupakan enzim hidrolitik
yang berfungsi melakukan pemotongan ester sederhana pada asam
organik, asam anorganik alkohol dan fenol serta mempunyai berat molekul
rendah dan mudah larut (Subronto, 1986 dalam Cahyarini, 2004). Bahan
yang dapat digunakan untuk analisis isozim esterase antara lain akar,
batang atau daunnya. Para peneliti juga telah banyak menggunakan
analisis isozim esterase untuk mengkaji sifat genetik makhluk hidup antara
lain dilakukan pada: padi (Iskandar, 1992); manggis (Mansyah, 1999);
Ranunculus (Suranto,2001); jeruk besar (Purwanto, 2002); Achatina
varigata (Novianto, 2004); kedelai (Cahyarini,2004); Lansium domesticum
commit to user
secara modern pada taksonomi tanaman sekarang dipercayai mempunyai
akurasiyang lebih tepat dari pada taksonomi klasik /ortodok dalam
pengelompokan / klasifikasi. Data yang digunakan tidak hanya berdasarkan
dari karakter morfologi, tetapi bukti tambahan lain seperti serbuk sari dan
kromosom juga diambil untuk pertimbangan, sebab kenyataannya mereka
menyediakan kontribusi besar dalam membantu para ahli taksonomi.
beberapa pekerjaan taksonomi pada waktu sekarang menjadi lebih
signifikan maju setelah diterapkan teknik elektroforesis ( Suranto, 2002 ).
Teknik elektroforesis ini dapat digunakan untuk analisis isozim.
Elektroforesis memiliki peran yang penting dalam evaluasi secara
kuantitatif dan pengelolaan sumber genetik ( Karcicio , 2003 )
Elektroforesis adalah suatu cara pemisahan dalam suatu
larutan atas dasar proses perpindahan partikel – partikel bermuatan karena
pengaruh medan listrik. Molekul – molekul biologis yanga bermuatan listrik
dalam larutan akan bergerak kearah elektrode yang polaritasnya
berlawanan dengan muatan molekul. Pemisahan degan molekul – molekul
dengan muatan yang berbeda merupakan prinsip yang digunakan dalam
elektroforesis ( Nur dan Adijuwana 1997 ).
Isozim dapat dipisahkan dengan menggunakan metode
elektroforesis dan hasilnya berupa zimogram pola pita. Zimogram hasil
elektoforesis bercorak khas sehingga dapat digunakan sebagai ciri fenotipe
untuk mencerminkan pembeda genetik.
Pada elektoforesis, gel sangat cocok dan digunakan secara
commit to user
digunakan adalah pati dan poliakrilamid. Sistem gel elektroforesis, berhasil
digunakan untuk memisahkan protein. Gel pati sebagai media
elektroforesis mempunyai kelebihan pada resolusi komponen serum 20 –
25 dapat diakui sebagai perbandingan terhadap 5 – 6 komponen dengan
metode konvensional. Kemudian teknik – teknik pada tahun – tahun
terakhir sangat diuntungkan dengan dikenalkannya gel poliakrilamid, yang
digunakan dengan metode khusus untuk elektroforesis. Gel poliakrilamid
adalah media terbaik untuk memisahkan pita – pita protein dalam jumlah
besar dan paling jelas dari pada selulosa asetat untuk kertas. Persentase
poliakrilamid dalam media elektroforesis yang sering digunakan adalah 7%
biasanya dalam buffer tris – glisin pada pH 8,1. Pada kasus - kasus
tertentu, perbandingan antara poliakrilamid dan pH bervariasi. Poliakrilamid
menarik para taksonomis yang tertarik dengan protein terhadap
kemotaksonomi menggunakan elektroforesis, dan elektroforesis mencakup
bidang yan luas pada tanaman tingkat tinggi ( Suranto, 2002 ).
Gel poliakrilamid digunakan untuk elektroforesis dengan enam
sistem enzim yaitu PRX (peroksidase) PGM (phosphoglucomutase), ADH
(alcohol), MDH (malate dehidrogenase), SKDH (shikimatedehydrogenase),
GPI (glucose phosphateisomerase) (Hadiati, 2002).
Pemilihan bahan yang akan digunakan dalam elektroforesis
merupakan hal yang sangat penting. Isozim tertentu dijumpai pada jaringan
khusus, seperti pada bagian tertentu dari sel, atau mungkin pada tingkat
perkembangan yang dari siklus hidup tanaman. Dari alasan tersebut maka
pemilihan tipe jaringan dan tingkat perkembangan tanaman yang sama
commit to user
digunakan adalah daun – daun yang diperkirakan berukuran (dimensi)
sama, posisi sama pada batang atau tangkai, dan diambil ketika fase
pertumbuhan yang sama pada musim tersebut (Concle, 1982).
Daun adalah jaringan yang paling tepat untuk analisis isozim.
Meskipun jaringan lain seperti kotiledon, batang muda, daun tua dan
jaringan buah dapat digunakan. (Arulsekar, 1982).
2.4 Kerangka Berfikir
Plasma nutfah tanaman ganyong (Canna spp) merupakan
bahan genetik yang memilki nilai guna, baik secara nyata maupun yang
masih berupa potensi. Wilayah Indonesia yang membentang luas dengan
kodisi geografi dan ekologi yang bervariasi telah menciptakan
keanekaragaman plasma nutfah tersebut telah memberikan peluang untuk
mendapatkan manfaat yang tinggi pula. Dengan tingginya keanekaragaman
plasma nutfah, maka terbuka peluang yang besar pula bagi upaya mencari
dan memanfaatkan sumber-sumber gen penting yang ada untuk program
pemuliaan. Oleh karena itu, tingginya keanekaragaman plasma nutfah
memiliki aspek yang sangat penting untuk dipertahankan. (Hakim
Kurniawan,2004)
Suatu kenyataan yang selama ini terjadi, kegiatan penduduk
yang terus meningkat di berbagai aspek kehidupan telah menimbulkan
dampak negatif terhadap kelestarian plasma nutfah melalui hilangnya
habitat, eksploitasi secara berlebihan tanpa diikuti dengan upaya
commit to user
Semakin intensifnya penggunaan varietas-varietas unggul baru tanaman
pertanian tanpa diimbangi dengan upaya mempertahankan penggunaan
varietas-varietas lokal (land race) juga telah menambah percepatan
terjadinya erosi genetic plasma nutfah. Keadaan tersebut makin bertambah
parah dengan masih tingginya kegiatan pengambilan serta pertukaran
materi plasma nutfah secara ilegal.
Untuk mengurangi atau bahkan mencegah terjadinya erosi
genetik yang makin meningkat terhadap plasma nutfah tersebut, maka
perlu diberikan perhatian yang lebih besar terhadap plasma nutfah yang
ada, terutama dalam hal ini adalah varietas-varietas lokal tanaman
pertanian. Perhatian tersebut diberikan melalui upaya pengelolaan plasma
nutfah secara optimal dalam bentuk kegiatan inventarisasi (koleksi),
pendataan (dokumentasi) dan pelestarian (konservasi). Selanjutnya guna
meningkatkan nilai guna dari materi plasma nutfah, perlu diikuti dengan
upaya identifikasi karakter karakter penting melalui kegiatan karakterisasi
dan evaluasi secara sistematis dan berkelanjutan sehingga akan
memudahkan dalam upaya pemanfaatannya.
Di lapangan ditemukan indikasi variasi tanaman ganyong
(Canna spp) yang dibudidayakan oleh masyarakat. Keanekaragaman
karakter yang secara morfologi tampak nyata adalah warna dan ukuran
daun serta bunga. Studi variasi ganyong varietas tanaman ganyong
(Canna spp) dilakukan dengan pendekatan morfologi, dan analisis pola pita
commit to user
Data yang diperoleh meliputi data kualitatif dan kuantitatif.
Data kuantitatif dianalisis menggunakan program SPSS,data kualitatif
dengan analisis isozim. Hasil analisis tersebut diperoleh karakter morfologi
varian tanaman ganyong (Canna spp) yang diuji. Secara singkat skema
[image:35.595.161.495.229.689.2]kerangka berfikir tersebut terlihat sebagai berikut :
Gambar 1. Skema kerangka berfikir
Ditemukan indikasi variasi tanaman ganyong (Canna spp)
Eksplorasi dan penelitian terhadap tanaman ganyong (Canna spp)
Koleksi sampel genus Canna terdiri dari sembilan varian
Studi variasi morfologi
Variasi fenotif yang di dukung variasi genotif
Informasi di bidang pemuliaan tanaman Analisis pola pita
commit to user
2.5 Hipotesis
Berdasarkan sifat – sifat variasi yang dimiliki tanaman ganyong
(Canna), maka hipotesis yang peneliti ajukan adalah :
1. Ada keragaman ciri morfologi dan pola pita isozim genus Canna .
2. Ada hubungan kekerabatan genus Canna berdasarkan ciri morfologi dan
commit to user
BAB III
METODE PENELITIAN
A. Waktu dan Tempat Penelitian
Penelitian ini dilaksanakan pada bulan Maret 2009 sampai dengan Juli
2009. Penanaman dan pengamatan genus Canna dilaksanakan di tempat
tinggal peneliti di Kabupaten Sukoharjo. Analisis pola pita isozim
dilaksanakan di Sub Lab Pemuliaan Tanaman Fakultas Kehutanan UGM
Yogyakarta.
B. Alat dan Bahan
Alat dan bahan yang digunakan untuk karakter morfologi
a. Alat untuk karakterisasi morfologi
Alat yang digunakan dalam penelitian ini adalah: Alat tulis, mistar, alat
fotografi, scanner, sprayer, buku morfologi tumbuhan karangan Gembong
Tjitrosoepomo (2003) sebagai buku penunjang dalam karakterisasi
morfologi tanaman.
b. Bahan dan alat yang digunakan untuk analisis isozim
1. Bahan kimia untuk analisis isozim
Bahan kimia untuk analisis isozim adalah akuadest, aseton
(Merck), O-diansidin, fast blue BB salt (Sigma), α-naphtol asetat, buffer
phospat, buffer asetat, hydrogen peroksida, gliserol (Merck),
bromphenol blue (Beker Analysed), sistein, asam askorbat (Merck),
sukrosa (Merck), asam borak (Merck), borak, asam klorida (HCl)
(Merck), Tris-base, Sodium Dodecyl Sulphate (SDS) (Ultra Pure),
commit to user
persulphate (APS) (Merck), isobutanol jenuh (Biorad), akrilamid dan
bis-akrilamid (Biorad).
2. Alat untuk analisis isozim
Alat yang akan digunakan untuk analisis isozim adalah: satu set
alat elektroforesis; refrigerator; sumber tenaga DC; pH meter;
sentrifuge; alat pembuat kristal es; cawan; gelas piala; mortal; mikro
pipet; botol duran; effendof; alumunium foil; kertas saring; plastik mika;
gunting; penggaris; plastik pembungkus; pipet tip; gelas ukur; spatula
dan boks plastik dengan ukuran sesuai dengan permukaan gel.
C. Cara Kerja
1. Koleksi / Pengambilan Spesimen
Sampel yang digunakan terdiri dari sembilan varian tanaman
ganyong. Tiap varian digunakan 20 tanaman yang ditanam dan di
treatmen secara seragam. Adapun langkah-langkah menanam dan
treatmen sebagai berikut: memisah anakan tanaman kemudian batang
dipotong ruas kedua dari rizoma. Masing-masing ditanam dalam
pot/polybag ukuran 30x35 cm dengan campuran tanah lempung berpasir :
sekam padi : pupuk kompos = 2 : 1 : 1.
Perawatan tanaman di airi setiap hari pada saat tidak turun hujan.
Untuk mendapatkan tanaman tumbuh dengan baik, NPK diberikan secara
periodik untuk memberi nutrient. Regent 0,3 6R ditaburkan pada media
tanam untuk mengendalikan ulat tanah pengganggu, serta Sidamethion 50
commit to user
2. Pengamatan Ciri Morfologi
Tanaman ganyong tersebut diamati dan dicatat ciri morfologinya
meliputi: tinggi tanaman, warna sisik rimpang, diameter rimpang, warna
batang, diameter batang, bentuk daun, warna daun, panjang dan lebar
daun, warna mahkota bunga, warna kelopak bunga, jumlah bagian-bagian
bunga ukuran bunga, bentuk buah, dan jumlah biji dalam buah.
3. Analisis Pola Pita Isozim
Analisis pola pita isozim dilakukan di Laboratorium Pemuliaan
Tanaman Fakultas Kehutanan Universitas Gajah Mada Yogyakarta.
Analisis pola pita isozim meliputi persiapan bahan kimia, persiapan sampel
yang akan diuji, pelaksanaan pengujian dan analisis hasil. Untuk
melakukan analisis pola pita isozim dengan langkah-langkah sebagai
berikut (Sheido, 1993):
1. Persiapan materi yang akan diuji
Bahan yang digunakan adalah daun-daun muda dari spesimen
sampel yang didapat dari lapangan. Daun muda dari setiap sampel
dipetik kira-kira daun ketiga dari pucuk, kemudian ditimbang dengan
timbangan analitik ± 100 mg dan diletakkan dalam mortar untuk
diekstrak.
2. Ekstrasi sampel
Daun muda dari setiap sampel dihancurkan dengan mortar dan
pestle dengan menambahkan larutan extract buffer ± 1ml. Setelah
hancur dan homogen, sampel dimasukkan dalam ependorf, kemudian
di putar dengan kecepatan 15.000 rpm selama 20 menit. Dengan
proses sentrifuge ini, maka larutan terpisah menjadi dua bagian, yaitu
commit to user
proses elektroforesis dan bagian bawah berupa bahan padat (pellet)
dibuang.
[image:40.595.112.515.227.498.2]Larutan extract buffer yang digunakan adalah sebagai berikut:
Tabel 1. Komposisi Larutan Extract Buffer yang Digunakan
No Nama Bahan Jumlah
1
2
3
I M Tris-HCl, pH 7.5
Sukrosa
Merkaptoethanol
100 mM
7%
14 mM
3. Pembuatan gel polyacrilamide
Gel polyacrilamide terdiri dari dua bagian yaitu running gel yang terletak
di bagian bawah dengan konsentrasi 7.5% dan spacer gel yang terletak di
bagian atas running gel dengan kepekatan 3.75%. Gel polyacrilamide dibuat
commit to user
Tabel 2. Komposisi Larutan Gel polyacrilamide
No Bahan Jumlah
A. Separating Gel
1. 2 M Tris HCl pH 8.8
2. Akrilamid (30% T)
3. 10 % SDS
4. 10 % Amonium persulfat (APS)
5. TEMED
6. Aquades
2.50 ml 2.70 ml 100 µl 100 µl 10 µl 4.59 ml
B. Stacking Gel
1. 2 M Tris HCl pH 8.8
2. Akrilamid (30% T)
3. 10 % SDS
4. 10 % Amonium persulfat (APS)
5. TEMED
6. Aquades
1.25 ml 0.67 ml 50 µl 100 µl 10 v 2.91 ml
Proses pembuatan spacer gel
Seluruh bahan di atas dicampur, setelah homogen campuran dimasukkan
ke dalam glass electroforesis yaitu alat berupa sepasang kaca setebal 5 mm
yang dirancang khusus untuk elektroforesis. Pada bagian tepi kiri, kanan, atas
dan bawah dipasang sekat (shield tube). Sekat ini dipasang dengan cermat
sehingga dapat membuat rongga antar kaca setebal 1 mm dan harus dijaga agar
larutan tidak merembes keluar. Dibutuhkan waktu lebih kurang satu malam agar
gel yang dibuat menjadi padat. Untuk membuat permukaan gel menjadi rata
perlu ditambahkan alkohol dan air, kemudian alkohol dan air tersebut disedot
commit to user
Proses pembuatan stacking gel
Setelah larutan dicampur hingga homogen, campuran ini dimasukkan
dalam glass electrophoresis tepat diatas separating gel. Kemudian sample comp
dipasang pada stacking gel dan glass electrophoresis dipanasi dengan lampu
neon ± 0.5 – 1 jam agar gel memadat. Setelah stacking gel padat, sample comp
dilepas sehingga akan terdapat lubang-lubang/sumuran yang diisi dengan larutan
sampel (supernatan).
4. Proses elektroforesis
Elektroforesis adalah proses dimana molekul enzim yang dialiri listrik
bergerak melalui medan listrik. Kecepatan bergerak molekul enzim tersebut
tergantung pafda besarnya muatan listrik. Pemisahan molekul enzim oleh proses
elektroforesis terjadi karena 2 proses: yaitu besar kecilnya muatan listrik dan
besar kecilnya ukuran dan bentuk dari pertikel (Na’iem 1996)
Proses elektroforesis dilakukan menggunakan alat elektroforesis tipe
vertikal, lengkap dengan power supply-nya. Langkah pertama yaitu penutup bak
elektroforesis dibuka dan bak diisi larutan elektroda buffer tank setinggi ± 2 cm.
Larutan ini berfungsi sebagai penghantar arus listrik selama elektroforesis. Lalu
klik penjepit dan shild tube dari plat kaca dilepas dan selanjutnya plat kaca
dipasang pada bagian tengah bak elektroforesis secara berhadap-hadapan.
Pada saat pemasangan tidak boleh ada gelembung udara diantara plat kaca,
agar aliran arus listrik tidak terhambat oleh gelembung udara. Kemudian palam
holder dikencangkan, agar plat kaca tidak bergeser selama proses elektroforesis
berlangsung. Kemudian ditambahakan larutan running buffer thank kebagian
commit to user
Tabel 3. Bahan-bahan Buffer Thank
No Bahan Jumlah
1 Trisma Base 3 g
2 Glysin 14, 4 gr
3 Aquadest 100 ml
Setelah gel dipasang pada elektroforesis, larutan super natan diisiskan
kedalam lubang sampel 5 µl dengan menggunakan alat injeksi yang disebut
stepper. Selanjutnya sisa buffer thank didisikan lagi hingga memenuhi bak
elektroforesis dan bak penutup dipasang kembali. Power supply dihidupkan
untuk menjalankan proses elektroforesis dengan arus listrik sebesar ± 100 mA
selama 180-200 menit.
5. Proses Staining
Pemisahan molekul-molekul dengan muatan yang berbeda merupakan
prinsip yang digunakan dalam proses Proses elektroforesis. Metode ini akan
memisahkan nukleotida berbeda dari tiap protein (enzim) yang dianalisis
kedalam pola pita yang dapat dilihat melalui pewarnaan (Nur dan Adijuwana,
1987 cit. Vihara, 2005).
Staining atau proses pewarnaan dilakukan setelah proses elektroforesis
yaitu dengan meletakan gel yang telah dikeluarkan dari glass elektroforesis
kedalam nampan plastic, kemudian direndam dengan larutan staining. Nampan
berisi gel dan larutan staining dibiarkan selama beberapa saat sambil digerakan
dengan menggunakan orbital shaker. Lama perendaman dan pola pita
tergantung larutan yang digunakan pewarna yang digunakan dalam penelitian ini
commit to user
Pembuatan larutan pewarna :
1) Esterase (EST)
Ke dalam erlenmeyer 0,0125 g α-naftil asetat dilarutkan dalam 2,5 ml aseton.
Kemudian ditambah 50 ml dari 0,2 buffer fosfat pH 5,7 dan 0,0125 gram fast
blue BB salt.
Gel yang telah dielektroforesis dimasukkan dalam larutan pewarna tersebut
dan diinkubasi selama 10 menit, setiap 2 menit digoyang perlahan-lahan.
2) Peroksidase (PRX)
Melarutkan 0,0125 g O-Dianisidine dalam 2,5 ml aseton dalam Erlenmeyer
kemudian ditambah 50 ml buffer fosfat 0,2 M dengan pH 4,5 dan 2 tetes H202.
6. Pengamatan Gel
Setelah dilakukan proses pewarnaan dasn terlihat gambar pola pita pada
gel, kemudian dilakukan proses fiksasi (gel diletakan dalam larutan etanol atau
alcohol 60% + aquadest dan ditutup kaca lalu dimasukan ke refrigator). Tujuan
proses fiksasi ini adalah untuk membantu mengawetkan gel dengan cara
menghentikan reaksi kimia yang terjadi pada gel. Sedangkan pengamatanya
dilakukan setelah fiksasi dengan melihat pola pita yang muncul, yaitu pola pita
pada gel disalin dalam blangko data (zimogram).
7. Pembuatan Dendogram
Pola pita isozim hasil elektroforesis direkam dengan fotografi, kemudian
pola pitanya digambar dendogramnya. Pengukuran jarak migrasi (RF) diukur dari
jarak pita yang tampak dibagi dengan jarak migrasi terjauhnya, sedangkan berat
diestimasikan berdasarkan marker yang digunakan.
D. Analisis Data 1. Ciri Morfologi
Ciri morfologi ganyong di analisis secara deskriptif dan dilakukan
pengelompokan berdasarkan kesamaan ciri untuk mengetahui keragaman
ganyong. Data yang diperoleh kemudian disajikan dalam bentuk data biner
commit to user
yang ditentukan dengan angka 0 jika tidak terdapat ciri morfologi pada
sampel tersebut.
2. Variasi Pola Pita Isozim
Pola pita isozim hasil elektroforesis dianalisis secara deskriptif. Pola
pita isozim pada zimogram diamati keragamannya berdasarkan kemunculan
dan tebal tipis pita pada Rf tertentu. Kemudian disajikan dalam bentuk data
biner seperti halnya pada ciri morfologi.
3. Hubungan Kekerabatan
Hubungan kekerabatan dihitung dengan menentukan jarak genetik.
Jarak genetik menggambarkan perbedaan genetik antar populasi. Data biner
yang telah diperoleh dihitung besarnya indeks similaritas dan kemudian
dikomputasikan dalam program Numerical Taxonomy and Multivariate
Analysis System versi 2.0 (NTSYS) hingga diperoleh dendogram hubungan
commit to user
BAB IV
HASIL DAN PEMBAHASAN
Berdasarkan hasil penelitian dapat dibahas secara lebih lengkap dengan
urutan sebagai berikut :
A. Identifikasi morfologi genus Canna yang terdiri dari sembilan varian tanaman ganyong.
Identifikasi berdasarkan ciri morfologi sembilan varian tanaman ganyong
dilakukan terhadap sifat-sifat tanaman yaitu : tinggi tanaman, warna sisik
rimpang, diameter rimpang, warna batang, bentuk daun, warna daun, panjang
dan lebar daun, warna mahkota, warna kelopak bunga, jumlah bagian-bagian
bunga, ukuran bunga, bentuk buah dan jumlah biji dalam buah. Berdasarkan
pengamatan yang dilakukan dapat diketahui bahwa tanaman ganyong berupa
herba tegak dengan tinggi 90 – 204 cm. Batang sejati terdapat dalam tanah
berupa rimpang yang juga merupakan cadangan makanan, rimpang mempunyai
diameter 1,9 – 5,0 cm. Pada rimpang terdapat sisik yang sebenarnya merupakan
daun, berwarna hijau kecoklatan. Batang berwarna hijau, bentuk daun jorong
(ovalis/ellipticus), warna daun hijau keunguan. Dari sembilan varian tanaman
ganyong rata-rata panjang daun 4,01 – 5,97 cm serta lebar daun rata-rata 10,61
– 23,96cm. Permukaan daun licin, tulang dau menyirip, pelepah daun bertumpuk
membentuk batang semu berwarna hijau. Bunga dengan 3 petala warna
bervariasi, panjang petela 4,01 – 5,97 cm, lebar petala 0,91 – 1,59 cm. Buah
beruang 3 dengan permukaan buah bergerigi, diameter 0,4 – 2,4 cm, jumlah biji
dalam buah 9 - 25 biji. Warna sepala ; jingga, hijau kemerahan
,kuning,pink,merah, hijau keputihan .Ciri morfologi sembilan varian tanaman
commit to user
Tabel 4. Ciri morfologi sembilan varian tanaman ganyong
No Ciri morfologi Cb Ce Ci Ch Cq Ca Cp Cg Cc
1
Warna daun
Hijau Ungu
kehijauan Hijau Hijau Hijau Hijau
Hijau
bergaris kuning
Ungu Hijau
2 Warna petala bunga Jingga bintik kuning Merah Kuning bintik jingga
Kuning Pink Merah Jingga Merah
Jingga
bintik kuning
Warna sepala
bunga Jingga Hijau
kemerahan Kuning Kuning Pink Merah Jingga Merah
Hijau
keputi han
3 Panjang
petala 4.22 4.04 4.02 4.01 4.98 4.30 5.57 5.97 5.66
Lebar petala
1.16 1.15 1.00 0.99 0.98 0.91 1.58 1.64 1.59
4 Panjang daun 31.38 40.78 36.25 50.01 49.12 26.98 36.85 38.59 31.06
Lebar daun 10.61 23.96 18.94 16.20 15.95 14.47 16.96 16.58 12.26
5 Tinggi
tanaman 180 200 201 204 203 90 85 120 130
Diameter
batang 1.2 1.5 1.6 1.6 1.8 0.9 0.8 1.1 1.7
6 Diameter
rimpang 2.1 5.0 5.0 2.3 2.2 2.0 2.1 2.0 1.9
Diameter
buah 1.1 1.2 1.4 2.4 2.2 0.4 1.5 1.7 1.3
7 Jumlah biji
dalam buah 12 20 19 25 24 9 12 20 22
8 Panjang putik 4.8 5.5 5.8 6.5 6.3 4.9 4.7 8.1 8
Lebar putik 0.6 0.8 0.9 0.8 0.8 0.6 0.7 0.7 0.9
9 Panjang anter 0.7 0.8 0.9 0.8 0.8 0.6 0.7 0.8 0.7
Lebar anter
0.2 0.1 0.1 0.2 0.3 0.1 0.2 0.1 0.2
10 Warna batang
Hijau Hijau
keunguan Hijau Hijau Hijau Hijau Hijau
Hijau Keungu an Hijau Warna sisik rimpang Hijau kecoklat an Hijau keunguan Hijau keungu an Hijau kecoklat an Hijau kecoklat an Hijau kecoklat an Hijau keungu an Hijau kecoklat an
Keterangan: Cb : Canna bonfire, Ce : Canna edulis, Ci : Canna coccinea, Ch : Canna hybrid, Cq :
Canna qlauca, Ca : Canna achira, Cp : Canna pretoria, Cg : Cannageneralis, Cc :
commit to user
Berdasarkan data morfologi tersebut selanjutnya dibahas satu persatu
mengenai organ tanaman ganyong tersebut, sehingga akan diketahui keragaman
genus Canna berdasarkan ciri morfologi.
1. Rimpang (rhizoma)
Rimpang (rhizoma) sebenarnya adalah batang beserta daunnya yang
terdapat di dalam tanah, bercabang dan tumbuh mendatar, dan dari ujungnya
dapat tumbuh tunas yang muncul di atas tanah dan dapat merupakan suatu
tembusan baru. Rimpang di samping merupakan alat perkembangbiakan juga
merupakan tempat penimbunan zat makanan cadangan. Rimpang dari genus
canna spp seluruhnya memiliki sisik yang berwarna coklat kehitaman. Canna
edulis mempunyai ukuran rimpang yang paling besar yaitu 5,2 cm, baru
kemudian rimpang Canna coccinea 5,0 cm. Sedang Canna bonfire, Canna
hybrid, Canna glauca, Canna achira, Canna Pretoria, Canna generalis, dan
Canna compacta memiliki diameter antara 2,0 – 2,3 cm.
Perbedaan ukuran rimpang yang cukup mencolok ini diduga karena
perbedaan komposisi kimia, kandungan gizinya, serta varietasnya. Seperti
yang dikemukakan Nuryadin (2008) bahwa bentuk rimpang beraneka
ragambegitu juga komposisi kimia dan kandungan gizinya. Perbedaan ini
dipengaruhi oleh umur, varietas dan tempat tumbuh tanaman.
2. Batang
Batang dari genus Canna adalah batang semu atau yang lebih umum
disebut dengan batang. Batang semu ini gabungan dari pelepah daun yang
bertumpuk membentuk bangunan menyerupai batang. Warna batang dari
genus Canna sebagian besar adalah putih kehijauan, sedang yang berwarna
hijau keunguan terdapat pada Canna edulis, Canna generalis. Sedang ukuran
diameter batang untuk Canna glauca mempunyai ukuran yang paling lebar
yaitu 2,3 cm, Canna coccinea 2,1 cm, dan Canna edulis urutan ketiga yaitu 2
cm. Untuk varian yang lain rata-rata mempunyai ukuran 1,4 cm – 1,9 cm.
Tinggi tanaman dari genus Canna yang terdiri dari sembilan varian juga
bervariasi. Canna coccinea mempunyai ukuran paling tinggi yaitu 1,84 cm,
commit to user
pendek yaitu 0,83 cm, sedangkan varian yang lain mempunyai ukuran tinggi
batang antara 0,85 cm – 1,68 cm.
Tinggi tanaman diukur mulai dari ujung daun tertinggi tanaman sampai
pangkal batang yang berada pada permukaan tanah.
3. Daun
Genus Canna mempunyai helaian daun berbentuk jorong
(ovalis/ellipticus), tulang daun menyirip dan bagian tengahnya terdapat ibu
tulang daun yang tebal. Warna daun hijau keunguan hingga ungu, warna daun
yang unik terdapat pada varian Canna compacta yaitu hijau dengan
garis-garis kuning, maka untuk varian ini dikomersialkan sebagai tanaman hias.
Merupakan daun lengkap karena memiliki helaian daun, tangkai dan pelepah
daun. Ukuran panjang dan lebar daun dari sembilan varian tanaman ganyong
sebagai berikut: panjang daun, Canna bonfire 31,38; Canna edulis 40,78;
Canna coccinea 36,25; Canna hybrid 50,01; Canna qlauca 49,12; Canna
achira 26,98; Canna pretoria 36,85; Canna generalis 38,59; Canna compacta
31,06.Lebar daun, Canna bonfire 10,61; Canna edulis 23,96; Canna coccinea
18,94; Canna hybrid 16,20; Canna qlauca 15,95; Canna achira 14,47; Canna
Pretoria 16,96; Canna generalis 16,58; Canna compacta 12,26.
Perbedaan warna serta ukuran daun pada genus Canna tersebut diduga
karena adanya pengaruh faktor lingkungan dan plastisitas dari tanaman
masing-masing, sehingga menimbulkan pengaruh pula pada kemunculan
fenotip ganyong meskipun perbedaan fenotip yang ditunjukkan tidak
mencolok.
Faktor lingkungan yang ikut berpengaruh dalam timbulnya ciri-ciri yang
muncul sebagai fenotip. Perbedaan yang muncul pada setiap anggota species
menyebabkan adanya keragaman dalam species. Keragaman dalam species
menyebabkan tiap anggota species dapat dilihat adanya kekerabatan satu
sama lain. Semakin banyak kesamaan ciri-ciri yang dimiliki, semakin dekat
kekerabatannya. Sebaliknya, semakin sedikit persamaan ciri yang dimiliki,
semakin jauh kekerabatannya.
4. Bunga
Bunga dari genus Canna mempunyai sepala berjumlah 3 buah, petala
juga 3 buah. Benang sari belum sempurna, antera melekat pada staminodia.
commit to user
dari masing - masing varian sebagai berikut: Canna bonfire 4,22;
Canna edulis 4,04; Canna coccinea 4,02; Canna hybrid 4,01; Canna qlauca
4,98; Canna achira 4,30; Canna Pretoria 5,57; Canna generalis 6,00; Canna
compacta 5,66; sedangkan lebar mahkotanya: Canna bonfire 1,16; Canna
edulis 1,15; Canna coccinea 1,00; Canna hybrid 0,99; Canna qlauca 0,98;
Canna achira 0,91; Canna Pretoria 1,58; Canna generalis 1,64; Canna
compacta 1,59. .Keragaman bunga ganyong meliputi warna dan ukuran
tersebut diduga karena adanya faktor genetik dan lingkungan yang
mempengaruhi kenampakan atau fenotip dari tanaman ganyong. Fenotip
adalah hasil gabungan antara genetik dan lingkungan.
Menurut Sitompul dan Guritno (1995), penampilan bentuk tanaman
dikendalikan oleh sifat genetik tanaman di bawah pengaruh faktor-faktor
lingkungan. Faktor lingkungan yang diyakini dapat mempengaruhi terjadinya
perubahan morfologi tanaman antara lain iklim, suhu, jenis tanah, kondisi
tanah, ketinggian tempat, kelembaban.
5. Buah dan Biji
Buah ganyong yang masih muda berwarna hijau, tetapi dari sembilan
varian yang diteliti ada dua varian yang berwarna ungu sesuai dengan warna
daunnya yaitu Canna edulis dan Canna generalis. Bentuk buah ganyong bulat
dengan tonjolan-tonjolan seperti duri pada permukaannya, beruang tiga
dengan jumlah biji yang bervariasi. Jumlah biji terbanyak dimiliki oleh varian
Canna hybrid dengan jumlah biji 26 dan Canna qlauca 24 biji. Varian yang lain
rata-rata jumlah bijinya 14 – 22. Varian Canna achira mempunyai keunikan
mengenai produksi biji, jarang sekali dari bakal biji menjadi biji.
Jumlah biji yang banyak pada tanaman ganyong ini dapat
dipertimbangkan apabila akan dibudidayakan secara generatif dapat dilakukan
dengan biji, tetapi kenyataan selama ini perkembangbiakannya dilakukan
secara vegetatif yaitu dengan rimpang dengan alas an perkembangbiakan
secara generatif dengan biji pertumbuhannya lama.
Perbanyakan dengan rimpang menyebabkan hasil anakan memiliki sifat
yang sama dengan induknya sehingga dalam populasi tidak ditemukan
adanya keragaman sifat dalam jumlah besar.
Menurut Indriyani (2008) keragaman suatu populasi yang berasal dari
commit to user
proses adaptasi yang terus menerus sehingga akan terjadi
perubahan-perubahan baik secara biokimia maupun fisiologisnya, terjadinya interaksi
antara genotip dengan lingkungan yang terus menerus menyebabkan fenotip
yang hampir sama.
B. Pola pita isozim pada sembilan varian tanaman ganyong
Penggunaan pola pita elektroforesis telah banyak digunakan untuk
mendapatkan data variasi genetik. Enzim atau protein dapat digunakan untuk
menunjukkan variasi secara kualitatif maupun kuantitatif. Variasi ini terjadi dari
peran gen yang mengarahkan pembentukan enzim yang bersangkutan, oleh
karenanya variasi enzim dapat menggambarkan variasi gen (Rahayu, 2006).
Elektroforesis ini bertujuan untuk melihat apakah ada perbedaan pola pita
isozim antara sembilan varian tanaman ganyong. Pola pita isozim tersebut
dapat digunakan untuk memprediksi ada tidaknya keragaman genetik pada
suatu populasi. Identifikasi ini dapat dilakukan dengan membandingkan atau
mencari kemiripan dalam populasi.
Pelaksanaan ekstrasi sampel maupun hasil elektroforeis dalam penelitian
ini mengalami beberapa kendala, antara lain pada proses ekstrasi, sulit
dilakukan karena bagian sampel yang digunakan yaitu daun, yang banyak
menghasilkan lendir saat penggerusan.
Ballent et al (2004) mengatakan bahwa ekstrasi jaringan kaktus sulit
dilakukan karena kerasnya jaringan dan banyaknya kandungan metabolit
sekunder yang ditandai dengan ekstrak yang lengket dan kental. Kendala yang
lain adalah dalam pengamatan pola pita isozim karena tipisnya pola pita yang
dihasilkan dari elektroforesis dan tidak jernihnya gel hasil elektroforesis. Hal ini
diperkirakan karena banyaknya lendir pada sampel sehingga menutupi ekspresi
dari gen yang terwujud dalam pola pita. Kendala ini dapat diatasi dengan
penyinaran lampu dibawahnya sehingga pola pita yang diamati tampak jelas
sekali untuk memudahkan interpretasi dengan baik pada kertas millimeter dan
pengamatan pola berkas (banding pattern) pada gel harus dilakukan segera
setelah proses staining berlangsung karena apabila pengamatan dilakukan
setelah gel dalam kondisi over staining interpretasi terhadap pola berkas sulit
commit to user
1. Enzim Esterase (ES
Hasil elektrofore
dapat divisualisasikan d
interpretasi genetik. Zim
