L.) MELALUI REVERSE TRANSCRIPTION-POLYMERASE CHAIN REACTION

IDENTIFIKASI Carnation mottle virus PADA TANAMAN

ANYELIR (Dianthus caryophyllus L.) MELALUI REVERSE

TRANSCRIPTION-POLYMERASE CHAIN REACTION DAN

SEKUEN NUKLEOTIDA

RIZKI HAERUNISA

DEPARTEMEN PROTEKSI TANAMAN

FAKULTAS PERTANIAN

INSTITUT PERTANIAN BOGOR

BOGOR

ABSTRAK

RIZKI HAERUNISA. Identifikasi Carnation mottle viruspada Tanaman Anyelir (Dianthus Caryophyllus L.) melalui Reverse Transcription-Polymerase Chain Reaction dan Sekuen Nukleotida. Dibimbing oleh GEDE SUASTIKA.

Survei yang dilakukan di daerah pertanaman anyelir (Dianthus caryphyllus L.) di Cianjur dan Bandung, Jawa Barat menemukan beberapa tanaman yang menunjukan gejala belang pada daun. Gejala yang seperti diinduksi oleh virus ini ditandai dengan belang berwarna kuning pada daun, tulang daun menjadi berwarna hijau tua, dan tepi daun sedikit melekuk. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi virus penyebab penyakit belang pada tanaman anyelir dengan menggunakan teknik Reverse Transcription-Polymerase Chain Reaction (RT-PCR) dan analisis sekuen nukleotida. Virus ini berhasil dideteksi dengan RT-PCR menggunakan primer spesifik untuk genus Carmovirus (5 'GATCGCGATGA ATCCCACTGTGC3') dan BC58 (5 'TCACATCCTATAAACAACCATTG 3'). RT-PCR berhasil mengamplifikasi fragmen DNA Carmovirus pada daerah gen coat protein dengan ukuran sebesar 1000 bp sesuai dengan desain primer. Produk PCR telah berhasil disekuen. Penjajaran sekuen nukleotida mengindikasikan bahwa isolat virus yang berasosiasi dengan penyakit belang di Jawa Barat adalah Carnation mottle virus (CarMV). Analisis filogenetika menunjukkan bahwa isolat CarMV asal Indonesia memiliki hubungan kekerabatan yang dekat dengan isolat CarMV asal Belanda, Brazil, India, Iran, Israel, dan Spanyol.

Kata kunci : anyelir, Carmovirus, Carnation mottle virus, RT-PCR, sekuen nukleotida.

ABSTRACT

RIZKI HAERUNISA. Identification of Carnation mottle virus on Carnation Plant (Dianthus caryophyllus L.) by Reverse-Transcription Polymerase Chain Reaction and Nucleotide Sequence. Supervised by GEDE SUASTIKA.

A survey conducted in carnation (Dianthus caryophyllus L.) cultivation areas of Cianjur and Bandung, West Java found some plants showing mottle symptoms on the leaves. These virus-like induced symptoms were characterized by yellowing mottle on the leaves, dark green colour on the veins, slightly curved of the leaf edges. This study aimed to identify the virus causing mottle disease on carnation plants by reverse transcription-polymerase chain reaction (RT-PCR) method and nucleotide sequence analysis. The virus was successfully detected by RT-PCR using specific primers for the genus Carmovirus BC57 (5 'GATCGC GATGAATCCCACTGTGC 3') and BC58 (5 'TCACATCCTATAAACAACCA TTG 3') that amplified coat protein gene. The RT-PCRs amplified DNA fragments of Carmovirus about 1000 bp, a size in accordance with primer design. The RT-PCR products were then successfully sequenced. The alignment of nucleotide sequences indicated that the virus isolates were Carnation mottle virus (CarMV). Phylogenetic analysis showed that CarMV isolates from Indonesia have close evolutionary relationship with those of from Brazil, Israel, Iran, India, Netherland, and Spain.

Keywords : Carmovirus, carnation, Carnation mottle virus, nucleotide sequence, RT-PCR.

© Hak Cipta milik IPB, tahun 2013

Hak Cipta dilindungi Undang-Undang

Dilarang mengutip sebagian atau seluruh karya tulis ini tanpa mencantumkan atau menyebutkan sumbernya. Pengutipan hanya untuk kepentingan pendidikan, penelitian, penulisan karya ilmiah, penyusunan laporan, penulisan kritik, atau tinjauan suatu masalah; dan pengutipan tersebut tidak merugikan kepentingan yang wajar IPB.

Dilarang mengumumkan dan memperbanyak sebagian atau seluruh karya tulis dalam bentuk apa pun tanpa izin IPB.

IDENTIFIKASI Carnation mottle virus PADA TANAMAN

ANYELIR (Dianthus caryophyllus L.) MELALUI REVERSE

TRANSCRIPTION-POLYMERASE CHAIN REACTION DAN

SEKUEN NUKLEOTIDA

RIZKI HAERUNISA

Skripsi

Sebagai salah satu syarat untuk memperoleh gelar Sarjana Pertanian

pada

Departemen Proteksi Tanaman

DEPARTEMEN PROTEKSI TANAMAN

FAKULTAS PERTANIAN

INSTITUT PERTANIAN BOGOR

BOGOR

Judul Skripsi : Identifikasi Carnation mottle virus pada Tanaman Anyelir (Dianthus Caryophyllus L.) melalui Reverse Transcription- Polymerase Chain Reaction dan Sekuen nukleotida

Nama Mahasiswa : Rizki Haerunisa NIM : A34080024

Disetujui oleh

Dr. Ir. Gede Suastika, MSc. Dosen Pembimbing

Diketahui oleh

Dr.Ir. Abdjad Asih Nawangsih, MSi Ketua Departemen

PRAKATA

Puji dan syukur penulis panjatkan kepada Allah subhanahu wa ta’ala karena berkat rahmat, hidayah serta kasih sayang-Nya penulis dapat menyelesaikan skripsi yang berjudul “Identifikasi Carnation mottle virus pada Tanaman Anyelir (Dianthus Caryophyllus L.) melalui Reverse Transcription- Polymerase Chain Reaction dan Sekuen nukleotida”. Penelitian dan penulisan skripsi ini merupakan salah satu syarat untuk memperoleh gelar Sarjana Pertanian di Departemen Proteksi Tanaman, Fakultas Pertanian, Institut Pertanian Bogor. Penelitian dilaksanakan di Laboratorium Virologi Tumbuhan, Departemen Proteksi Tanaman dari bulan April 2012 sampai Januari 2013.

Penulis mengucapkan terima kasih kepada Dr. Ir. Gede Suastika, MSc. selaku dosen pembimbing akademik dan pembimbing skripsi yang telah banyak memberikan ilmu, pengetahuan, pengarahan dan saran serta bimbingannya selama penelitian hingga penulisan skripsi. Terima kasih penulis sampaikan pula kepada Dr. Ir. Idham Sakti Harahap, MSi. selaku dosen penguji tamu yang telah memberikan saran dan masukan dalam penulisan skripsi ini.  Penulis juga mengucapkan terima kasih yang sebesar-besarnya kepada Ibunda Iim Kusniawati, SPd. dan Ayahanda Ahmad Rifki, SP. yang selalu memberikan doa yang tidak pernah terputus, cinta, kasih sayang, dukungan, dan motivasi. Terima kasih kepada Mbak Tuti Legiastuti, Pak Edi Supardi, Ibu Erniawati Diningsih, MSi. yang telah banyak membantu dan membimbing dalam pelaksanaan penelitian di Laboratorium Virologi Tumbuhan. Penulis juga menyampaikan terimakasih kepada rekan-rekan Virologi Tumbuhan dan sahabat seperjuangan Proteksi Tanaman angkatan 45 atas kebersamaan, bantuan dan dukungannya selama di Departemen Proteksi Tanaman.

Penulis menyadari bahwa penulisan skripsi ini masih jauh dari kesempurnaan. Oleh karena itu kritik serta saran sangat diharapkan dari semua pihak sehingga dapat menjadi penyempurnaan dalam penulisan ini. Penulis berharap skripsi ini dapat bermanfaat untuk penulis sendiri, dunia akademik, khususnya ilmu perlindungan tanaman, dan untuk masyarakat.

Bogor, April 2013

   

DAFTAR ISI

DAFTAR TABEL vii 

DAFTAR GAMBAR vii 

DAFTAR LAMPIRAN vii 

PENDAHULUAN 1 

Latar Belakang 1

Tujuan Penelitian 3

Manfaat Penelitian 3

BAHAN DAN METODE 4

Waktu dan Tempat Penelitian 4

Metode Penelitian 4

Survei dan Pengambilan Sampel Tanaman Sakit 4

Ekstraksi RNA Total. 4

Sintesis complementary DNA (cDNA). 5

Amplifikasi DNA. 5

Visualisasi Hasil RT-PCR 6

Sekuen Nukleotida dan Analisis Filogenetika 6

HASIL DAN PEMBAHASAN 8

Penyakit Belang pada Tanaman Anyelir di Lapangan 8

Deteksi Carmovirus melalui RT-PCR 9

Identifikasi Spesies Carmovirus berdasarkan Analisis Sekuen Nukleotida 10

Hubungan Kekerabatan CarMV 15

SIMPULAN DAN SARAN 17

Simpulan 17 Saran 17

DAFTAR PUSTAKA 18

LAMPIRAN 20

 

DAFTAR TABEL

1 Komposisi reaktan reverse transcription (RT) untuk satu kali reaksi

sintesis komplementari DNA terhadap RNA genom Carmovirus 5  2 Komposisi reaktan polymerase chain reaction (PCR) untuk satu kali

reaksi amplifikasi DNA genom Carmovirus 6  3 Tingkat similaritas (alignment score) sekuen nukleotida gen coat protein

(CP) CarMV isolat Cipanas, Ciputri, Cihideung, Australia, Brazil, Belanda, India, Iran, Israel, Jepang, Kolombia, Perancis, Spanyol, dan Melon necrosis spot virus 14 

DAFTAR GAMBAR

1 Variasi gejala Carnation mottle virus pada tanaman anyelir (Dianthus

caryophyllus L.) isolat Cipanas (A), Ciputri (B), dan Cihideung (C). 8  2 Hasil amplifikasi semua isolat virus melalui RT-PCR menggunakan

primer spesifik Carmovirus. 9 

3 Penjajaran sekuen nukleotida isolat virus asal Cipanas, Ciputri, dan Cihideung dengan isolat virus CarMV asal Australia, Belanda, Brazil, India, Iran, Israel, Jepang, Kolombia, Perancis, dan Spanyol serta sekuen pembanding outgroup Melon necrosis spot menggunakan program

ClustalW. 12 

4 Kladogram sekuen nukleotida gen coat protein (CP) Carnation mottle virus isolat Indonesia, Australia, Belanda, Brazil, Jepang, Spanyol, India, Iran, Israel, Kolombia,dan Perancis serta Melon necrosis spot virus menggunakan program MEGA 5.05 dan TreeTop -Phylogenetic Tree

Prediction. 15 

DAFTAR LAMPIRAN

1 Sekuen nukleotida isolat virus Cipanas 21  2 Sekuen nukleotida isolat virus Ciputri 22  3 Sekuen nukleotida isolat virus Cihideung 23 

 

PENDAHULUAN

Latar Belakang

Tanaman hias merupakan komoditas hortikultura yang bernilai ekonomi tinggi dan sangat prospektif dibudidayakan sebagai sumber pendapatan, penyelia lapangan kerja, dan penggerak ekonomi di daerah (Pangemanan et al 2011). Tanaman hias subtropis mulai banyak dikembangkan oleh petani dan pengusaha tanaman hias di Indonesia, seperti krisan, mawar, anyelir, lili, zanthedezia, anthurium, coleus, cyclamen, poinsettia, kalanchoe dan saintpaulia (Dirjenhort 2005).

Anyelir (Dianthus caryophyllus L.) memiliki popularitas tertinggi ketiga setelah mawar dan krisan dalam pasar bunga potong (Sinartani 2011). Anyelir merupakan tanaman asli dari daerah Mediterania, anggota dari famili Caryophyllaceae, genus Dianthus yang berjumlah lebih dari 200 spesies yang telah teridentifikasi (OGTR 2005). Menurut Whealy (1992), kata ‘Dhiantus’ berasal dari bahasa Yunani yang berarti dewa (Dios) dan bunga (Anthos). Tanaman anyelir merupakan tanaman tahunan yang memiliki daun sempit dengan ujung meruncing dan memiliki kutikula yang tebal. Warna daun hijau mudaagak keputih-putihan. Tinggi tanaman dapat mencapai 1 m dengan percabangannya banyak, dimana pada setiap cabangnya akan tumbuh kuncup bunga. Bunga memiliki diameter 5- 10 cm. Mahkota bunga memiliki helai dengan kelipatan 5 dengan warna yang bervariasi. Kelopak bunga berbentuk cerobong hijau yang sering kali pecah bila keadaan lingkungan kurang baik. Tanaman anyelir dapat diperbanyak secara vegetatif menggunakan stek tunas samping atau kultur jaringan. Produksi tanaman anyelir meningkat seiring dengan naiknya permintaan bunga potong di Indonesia. Permintaan anyelir meningkat untuk berbagai keperluan seperti hiasan, dekorasi ruangan, dan ucapan selamat (Mattjik 2010).

Konsumsi bunga potong cukup besar sehingga Indonesia masih mengimpor beberapa jenis bunga atau bibit bunga potong untuk memenuhi keperluan dalam negeri. Menurut Direktorat Jenderal Hortikultura (2012), produksi anyelir tahun 2007 sebanyak 1 901 509 tangkai meningkat menjadi 7 607 588 tangkai pada tahun 2010. Namun pada tahun 2011 produksi anyelir diperkiraan menurun menjadi 5 133 624 tangkai.

Salah satu faktor yang mempengaruhi penurunan produksi bunga anyelir adalah adanya serangan organisme pengganggu tanaman (OPT). Menurut OGTR (2005) patogen-patogen yang dilaporkan menyerang tanaman anyelir antara lain Fusarium oxysporum f.sp. dianthi (layu Fusarium), Pseudomonas andropogonis (bercak daun bakteri), Erwinia chrysanthemi (layu bakteri), Alternaria dianthicola (bercak daun Alternaria), Uromyces dianthi (karat daun), Fusarium graminearum ( busuk batang Fusarium), Botrytis cinerea (hawar bunga Botrytis), Rhizoctonia solani (busuk batang Rhizoctonia), Septoria dianthi (Bercak daun Septoria), Sclerotonia sclerotium (busuk bunga Sclerotonia), Phytophthora parasitica (busuk batang Phytophthora), dan Meloidogyne spp. (bintil akar). Menurut Trujillo et al. (1989), hama yang menyerang anyelir antara lain thrips Frankliniella occidentalis (Thysanoptera: Thripidae) dan tungau Tetranychus urticae ( Acari: Tetranychidae). T.urticae menghisap cairan tanaman anyelir

2

sehingga menyebabkan bercak pada permukaan bawah daun. Selain itu, Whealy (1992) menyatakan Aceria paradianthi (Acari: Eriophyidae) merupakan tungau yang menyerang kuncup bunga menyebabkan perubahan bentuk kuncup dan memperlambat pertumbuhan kuncup baru. Tungau Eriophyidae ini berukuran kecil dan hidup pada pangkal daun, tangkai dan pada bagian bawah kelopak bunga.

Anyelir yang rentan akan mudah terinfeksi oleh beberapa virus yang dapat menimbulkan kerugian secara signifikan (Singh et al. 2005). Infeksi virus dapat menyebabkan penurunan kualitas bunga hingga mempengaruhi produksi, penjualan, dan keuntungan pasar (Whealy 1992). Kassanis (1955) pertama kali melaporkan terdapat beberapa virus yang diketahui menginfeksi bunga anyelir antara lain Carnation ringspot virus (CRSV), Carnation latent virus (CLV), Carnation vein mottle virus (CVMoV), dan Carnation mottle virus (CarMV). Masing-masing virus tersebut menyebabkan gejala khas pada tanaman anyelir. CRSV berasal dari genus Dianthovirus menimbulkan gejala berupa bercak kuning konsentris yang kemudian berkembang menjadi nekrosis bahkan terjadi malformasi pada daun (Hakkart 1964). CRSV memiliki bentuk partikel virus ikosahedral. CLV merupakan virus anggota genus Carlavirus berbentuk panjang, lurus dan lentur. Tanaman yang terinfeksi oleh virus ini tidak menimbulkan gejala atau biasa disebut gejala laten (Kassanis 1955). CVMoV berasal dari genus Potyvirus menimbulkan gejala pada tanaman berupa klorosis, bercak berwarna hijau tua, pemucatan tulang daun (vein clearing) yang kemudian berkembang menjadi belang daun yang cukup mencolok pada D. barbatus. Partikel virus ini berbentuk panjang dan lentur (filamentous) (Chung et al. 2004; El-Ela et al. 2006). CarMV berasal dari genus Carmovirus, famili Tombusviridae (Faquet et al. 2005). Virus ini merupakan virus utama pada pertanaman anyelir dan sudah tersebar luas di seluruh pertanaman anyelir di dunia. Gejala yang ditimbulkan berupa mosaik ringan pada daun yang kemudian berkembang menjadi belang kekuningan. Infeksi virus ini menyebabkan kualitas bunga potong menurun, seperti ukuran bunga menjadi lebih kecil, kelopak bunga robek, dan vigor tanaman menurun. Selain kualitas bunga, serangan virus ini juga berpengaruh juga terhadap penurunan hasil panen seperti jumlah pucuk lateral berkurang, jumlah dan bobot bunga menurun. Beberapa negara penghasil bunga potong anyelir dilaporkan memiliki kejadian penyakit yang cukup tinggi. Berdasarkan hasil uji serologi, kejadian penyakit di California sebesar 78% (Lommel et al. 1983) dan India sebesar 93% (Singh et al. 2005).

Di Indonesia beberapa tanaman anyelir diketahui memiliki gejala belang di lapangan. Gejala yang timbul berupa mosaik ringan pada daun, belang kuning kehijauan pada lamina dan tulang daun berwarna hijau tua. Adapun tepi daun terlihat sedikit melekuk dijumpai pada beberapa tanaman. Berdasarkan simptomatologi, anyelir tersebut diduga terinfeksi oleh CarMV seperti sebelumnya dilaporkan di beberapa negara.

Identifikasi virus berdasarkan runutan nukleotida genom virus merupakan metode yang khas karena runutan nukleotida genom virus berbeda untuk setiap jenis virus. Singh et al. (2005) melaporkan bahwa CarMV telah berhasil dideteksi secara serologi (ELISA) maupun molekuler (PCR). Deteksi secara molekuler memiliki sensitifitas deteksi yang tinggi terhadap virus (Akin 2006). Polymerase Chain Reaction (PCR) merupakan suatu metode enzimatis untuk melipatgandakan

3  

secara eksponensial suatu sekuen nukleotida tertentu dengan cara in vitro. Metode ini digunakan untuk berbagai macam manipulasi dan analisis genetik serta dikembangkan lebih lanjut untuk melipatgandakan dan melakukan kuantitasi molekul RNA (Yuwono 2006).

Tujuan Penelitian

Penelitian ini bertujuan untuk mendeteksi dan mengidentifikasi Carnation mottle virus pada tanaman anyelir melalui metode RT- PCR dan analisis sekuen nukleotida.

Manfaat Penelitian

Penelitian ini diharapkan dapat menghasilkan informasi dasar mengenai Carnation mottle virus yang berasosiasi dengan penyakit belang pada tanaman anyelir di Indonesia sehingga diperoleh strategi pengendalian yang tepat.

 

BAHAN DAN METODE

Waktu dan Tempat Penelitian

Survei dan pengambilan sampel tanaman anyelir dilakukan di beberapa lokasi di Jawa Barat yaitu Cianjur dan Bandung. Adapun daerah pengambilan sampel di Kabupaten Cianjur yaitu Kebun Percobaan Balai Penelitian Tanaman Hias Desa Cipanas dan Desa Ciputri yang keduanya berada di Kecamatan Pacet. Pengambilan sampel anyelir di Kabupaten Bandung dilakukan di Desa Cihideung, Kecamatan Parongpong. Deteksi virus dilaksanakan di Laboratorium Virologi Tumbuhan, Departemen Proteksi Tanaman, Fakultas Pertanian, Institut Pertanian Bogor. Penelitian ini dilakukan dari bulan April 2012 sampai Januari 2013.

Metode Penelitian Survei dan Pengambilan Sampel Tanaman Sakit

Sampel tanaman anyelir diperoleh dari Kebun Percobaan Segunung, Balai Penelitian Tanaman Hias, Cipanas (Pacet), Ciputri (Pacet) dan Cihideung (Parongpong), Jawa Barat. Sampel tanaman sakit diambil dari lapangan kemudian dideteksi di Laboratorium Virologi Tumbuhan, Departemen Proteksi Tanaman, Fakultas Pertanian, Institut Pertanian Bogor.

Ekstraksi RNA Total.

Sampel bergejala yang diperoleh dari lapang diekstraksi untuk mendapatkan RNA total dengan menggunakan Bench-Top Protocols for Xprep Plant RNA Mini Kit, Phile Korea Technology (PKT). Tahapan utama isolasi RNA terdiri dari degradasi sel, pemisahan substansi sel dengan asam nukleat, serta pencucian RNA dan presipitasi.

Sampel daun anyelir bergejala yang diperoleh dari lapangan diekstraksi untuk mendapatkan RNA total dengan menggunakan Bench-Top Protocols for Xprep Plant RNA Mini Kit (PKT Korea). Sebanyak 0.1 g sampel tanaman digerus menggunakan mortar dan pistil dengan bantuan nitrogen cair, kemudian ditambahkan 450 µl bufer XPRB yang mengandung 1% mercaptoethanol. Fungsi nitrogen cair untuk membantu menghancurkan jaringan tanaman sedangkan mercaptoethanol berfungsi untuk menjaga kesegaran sampel agar virus yang terkandung di dalam tanaman tidak mati saat jaringan tanaman dihancurkan. Bufer XPRB berperan dalam proses degradasi sel (lisis). Hasil gerusan dipindahkan ke dalam coloumn (warna putih) dan ditempatkan di tabung koleksi, kemudian di sentrifugasi selama 2 menit dengan kecepatan 13 000 rpm. Supernatan diambil dengan pipet tanpa menyentuh pelet pada tabung koleksi, kemudian volume supernatan diukur dan dimasukkan ke dalam tabung koleksi yang baru. Etanol 96% ditambahkan ke dalam tabung koleksi sebanyak setengah dari volume supernatan dan dicampur hingga rata. Supernatan yang telah dicampur etanol dimasukkan ke dalam tabung XPPLR coloumn (warna merah), kemudian ditempatkan pada tabung koleksi dan disentrifugasi selama 1 menit dengan kecepatan 13 000 rpm. Cairan pada tabung koleksi dibuang karena RNA telah terjerap pada XPPLR mini coloumn. Sebanyak 500 µl wash buffer 1 ditambahkan ke dalam XPPLR mini coloumn kemudian disentrifugasi selama 1 menit dengan kecepatan 13 000 rpm. Cairan pada tabung koleksi dibuang, kemudian

5  

ditambahkan wash buffer 2 sebanyak 750 µl ke dalam XPPLR mini coloumn yang telah ditempatkan pada tabung koleksi baru, disentrifugasi selama 1 menit dengan kecepatan 13 000 rpm. Cairan pada tabung koleksi dibuang, XPPLR mini coloumn ditempatkan pada tabung koleksi baru kemudian disentrifugasi kembali untuk mengeringkan coloumn selama 3 menit dengan kecepatan 13 000 rpm. Setelah coloumn dipastikan kering, air bebas nuklease (RNase free water) diambil dengan pipet sebanyak 50 µl ke dalam pusat membran XPPLR mini coloumn dan didiamkan selama 1 menit. Selanjutnya disentrifugasi selama 2 menit dengan kecepatan 13 000 rpm. Siapan RNA total ini digunakan sebagai templat dalam reaksi RT.

Sintesis complementary DNA (cDNA).

Hasil ekstraksi RNA ditranskripsi balik menjadi cDNA (complementary DNA) dengan menggunakan teknik reverse transcription. Adapun komposisi yang digunakan dalam reaksi RT terdapat pada Tabel 1.

Tabel 1 Komposisi reaktan reverse transcription (RT) untuk satu kali reaksi sintesis komplementari DNA terhadap RNA genom Carmovirus

Komponen Volume (µl) H2O 3.70 Buffer RT 5x 2.00 DTT 50 mM 0.35 dNTP 10 mM 0.50 MMuLV Rev 0.35 RNAse Inhibitor 0.35 Oligo d(T) 10 mM 0.75 RNA Templat 2.00 Total volume 10.00

Reaksi RT dilakukan menggunakan Automated Thermal cycler (Gene Amp PCR System 9700; PE Applied Biosystem, USA) yang diprogram untuk satu siklus pada suhu 25 ºC selama 5 menit, 42 ºC selama 60 menit, dan 70 ºC selama 15 menit. Hasil RT berupa cDNA digunakan sebagai DNA templat dalam reaksi PCR.

Amplifikasi DNA.

Reaksi PCR menggunakan cDNA hasil dari RT-PCR yang telah dilakukan untuk memperbanyak pita DNA. Amplifikasi DNA virus menggunakan metode PCR dengan menggunakan pasangan primer spesifik yang didesain untuk mendeteksi Carmovirus (Cevik et al. 2010) yaitu BC57 (5’ GATCGCGA TGAATCCCACTGTGC 3’) dan BC58 (5’ TCACATCCTATAAACAACCATTG 3’). Primer ini spesifik mengidentifikasi Carmovirus dengan prediksi ukuran produk PCR 1000 bp. Amplifikasi DNA dilakukan dengan menggunakan Automated Thermal cycler (Gene Amp PCR System 9700; PE Applied Biosystem, USA). Adapun komposisi bahan PCR terdapat pada Tabel 2.

2

Tabel 2 Komposisi reaktan polymerase chain reaction (PCR) untuk satu kali reaksi amplifikasi DNA genom Carmovirus

Komposisi Volume (µl)

H20 9.5

GoTag Green Master Mix 2x (Promega,

Madison, USA) 12.5

Primer BC57 1.0

Primer BC58 1.0

cDNA 1.0

Total volume 25.0

Program PCR terdiri atas 35 siklus, dimulai dengan tahapan denaturasi awal pada 94 ºC selama 3 menit dilanjutkan dengan tahapan denaturation (pemisahan utas DNA pada 94 ºC selama 30 detik, annealing (penempelan primer) pada 50 ºC selama 1 menit, elongation (sintesis untaian DNA baru) pada 72 ºC selama 1 menit 10 detik. Sedangkan khusus untuk siklus terakhir ditambahkan 10 menit pada 72 ºC untuk sintesis, dan siklus berakhir pada suhu 4 ºC untuk suhu penyimpanan. Selanjutnya dilakukan visualisasi produk PCR melalui proses elektroforesis.

Visualisasi Hasil RT-PCR

Elektroforesis digunakan untuk visualisasi hasil RT-PCR dilakukan dengan elektroforesis gel Agarosa 1%. Sebanyak 0.25 g Agarose dimasukan ke dalam botol kaca 100 ml, ditambahkan 25 ml bufer Tris-Borate EDTA (TBE) 0.5x (0.045 M Tris-Borate; 0.01 M EDTA) kemudian dipanaskan selama 3 menit hingga tercampur rata. Setelah larutan Agarosa tersebut hangat, kemudian ditambahkan 1.25 µl ethidium bromida dan diaduk hingga tercampur. Larutan tersebut kemudian dituang ke dalam pencetak gel, kemudian sisir ditempatkan di dekat tepian gel dan gel didiamkan hingga mengeras selama satu jam. Setelah terbentuk gel, maka sebanyak 7 µl marker DNA 1 kb dan 7 µl DNA Carmovirus hasil PCR masing-masing dimasukan ke dalam sumur gel elektroforesis. Elektroforesis dilakukan dengan menggunakan tegangan 100 volt selama 30 menit. Hasil elektroforesis divisualisasikan dengan transluminator ultraviolet. Pita DNA yang terbentuk pada hasil elektroforesis didokumentasikan dengan kamera digital.

Sekuen Nukleotida dan Analisis Filogenetika

Sampel yang telah terdeteksi positif terinfeksi Carmovirus pada sampel tanaman sakit anyelir dilakukan analisa sekuen nukleotida dengan pembuatan produk PCR sebanyak 100 µl. Sampel tersebut dikirim ke PT Macrogen Inc., Seoul, Korea untuk dilakukan sekuen nukleotida.

Hasil sekuen nukleotida kemudian digunakan untuk analisis kesejajaran dengan sekuen nukleotida Carmovirus yang telah dipublikasikan di GenBank dengan program BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) pada situs National Center for Biotechnology Information (www.ncbi.nlm.nih.gov). Setelah didapatkan database nukleotida dari virus tersebut kemudian dianalisa 6

7  

menggunakan program multiple alignment, ClustalW dengan software BioEdit V7.0.5. Pohon filogenetik dapat dibangun dengan menggunakan data sekuen untuk memvisualisasikan hubungan evolusi kesejajaran suatu spesies (Mabrouk et al. 2006). Analisis filogenetika dilakukan dengan menggunakan program Molecular Evolutionary Genetics Analysis (MEGA 5.05) dan TreeTop-Phylogenetic Prediction Tree dalam situs Genebee-Molecular Biology Services (http://www.genebee.msu.su).

dilap Willi men menj berg men Myzu duni 1973 al. 2 2010 perta tanam beru (Gam daun mele yang Cipu yang Ame kare Gam ini j bung Pen Keberadaa porkan oleh iams (Dian ghasilkan g jadi adanya ganti menja ggunakan c us persicae ia, antara la 3), Californ 2006), India 0), dan Taiw Survei y anaman an man yang m upa belang mbar 1 A), n berwarna ekuk (Gamb g masih mu utri. Gejala g dicirikan erika. Gejal na itu, pene mbar 1 Var cary Di sampin uga menye ga lebih kec

HA

nyakit Bela an penyakit h Kassanis nthus barb gejala lokal a pemucata adi mosaik cairan peras e. Penyakit ain Marylan nia (Lomme a (Singh et wan (Chen e yang telah nyelir di d menunjukka pada daun belang pad hijau tua y bar 1 B). G uda terutama seperti ini dengan m la ini telah elitian selanj riasi gejala ryophyllus L ng mengind ebabkan kua cil, kelopak A

SIL DAN

ang pada T t belang yan tahun 195 batus L.) d berupa ber an sepanjan ringan. Vir san (sap) da ini telah d nd (Waterw el et al. 198 t al. 2005; et al. 2003; dilakukan daerah Cian an gejala be berwarna da lamina d yang cukup Gejala sem a di pembib juga pernah mosaik ring h diketahui njutnya diara Carnation m L.) isolat Cip duksi belan alitas bung bunga sobe A

N PEMBA

Tanaman A ng disebabk 55 pada be di Inggris. rcak putih k ng tulang da rus ini ber aun dan gag dilaporkan d worth dan K 83), Spanyo Raikhy et Zheng et al n pada be njur dan B elang (mottl hijau muda daun berwar jelas serta acam ini b bitan seperti h dilaporka an pada D diinduksi ahkan pada mottle virus panas (A), C g pada dau a potong m ek, jumlah d

AHASAN

Anyelir di L kan oleh Car

eberapa va Hasil ino kecil, setela aun pada d rhasil ditula gal ditulark di seluruh p Kaper 1972) l (Navarro al. 2006), l. 2011). eberapa se Bandung m le). Gejala k a dengan b rna kuning bagian tep banyak ditem i yang ditem an Waterwo Dianthus ba oleh infek identifikasi s pada tanam Ciputri (B), un tanaman menurun dit dan bobot b B Lapangan rmovirus pe arietas popu okulasi pad ah 8 hari be daun muda, arkan secar kan melalui pertanaman , Belanda ( et al. 1996 Turkey (C entra peng menemukan khas penyak batas yang kehijauan i daun terli mukan pad mukan di C orth dan Ka arbatus di ksi Carmov i Carmoviru man anyelir , dan Cihide anyelir, in tandai deng bunga yang   ertama kali ular Sweet da anyelir erkembang kemudian ra mekanis kutu daun anyelir di (Zandvoort ; Bernal et evik et al. gembangan n beberapa kit tersebut tidak jelas dan tulang ihat sedikit da tanaman ipanas dan aper (1972) Maryland, virus. Oleh us. r (Dianthus eung (C). feksi virus gan ukuran dihasilkan C  

1   berkurang Parongpon saat peng penelitian pertanama sedangkan (Lommel gejala ring 2005).Viru ukuran bu yang diha Reve molekul m diperoleh dalam pro dideteksi Berdasark daerah ter DNA dip terbentuk BC58 (Ce Gambar 2 1000 bp g. Sampel ng tidak m gambilan sa terdahulu an anyelir t n pada tan et al. 1983 gan, namun us ini men unga yang l silkan berku erse transc mRNA den molekul cD oses PCR. S melalui R kan hasil am rsebut posit eroleh dari dengan uku evik et al. 20 2 Hasil am primer s (Promeg sehat); L (1= Dia 76113; 4 asal Cip Cihideun M K tanaman a enunjukkan ampel, tana u menunjuk tidak begitu naman yang 3; Singh et virus ini da nyebabkan k lebih kecil, urang. Deteksi Ca ription (RT ngan meng DNA (comp Sampel yan RT-PCR d mplifikasi d tif terinfeks i hasil amp uran sebesa 010). mplifikasi se spesifik Ca ga, USA); Lajur 1,2,3 nthus barba 4= klon RS putri, Laju ng. K (-) 1 anyelir yan n gejala (Ga aman sudah kkan bahw u jelas, ber g telah be al. 2005). apat mengin kualitas bun kelopak b armovirus m T) merupak ggunakan e lementary D g diperoleh engan pas dengan tekn si Carmovir plifikasi ya ar 1000 bp s emua isolat armovirus. Lajur K (-, dan 4 = atus Jatim; 83.1), Laju ur 6 = any 2 ng diambil ambar 1 C) h memasuk wa gejala rupa mosaik erbunga tid Meskipun g nfeksi semu nga potong unga sobek melalui RT kan proses nzim rever DNA) yang h dari Cipan angan prim nik RT-PC rus. Gamba ang ditanda sesuai denga virus mela Lajur M = -) = kontro sampel tan 2= anyelir k ur 5= anyel yelir tipe s 3 l dari dae ). Hal ini d ki fase gene infeksi Ca k ringan pa dak terlihat gejala yang ua jenis any g menurun k, jumlah d T-PCR transkripsi rse transcr g digunakan nas, Ciputri mer spesifi CR, isolat v ar 2 menun ai adanya p an desain p alui RT-PCR = marker 1k ol negatif (t naman anye klon RS 03 lir tipe stand standar war 4 erah Cihide disebabkan eratif. Bebe armovirus ada daun m t adanya g g tampak be elir (Singh ditandai de dan bobot b i balik terh riptase sehi sebagai cet , dan Cihid fik Carmov virus dari k njukkan frag pita DNA rimer BC57 R menggun kb DNA la tanaman an lir asal Cip 13; 3= klon dar White C rna Salem 5 6 9 eung, pada erapa pada muda, gejala erupa et al. engan bunga hadap ingga takan deung virus. ketiga gmen yang 7 dan   nakan adder nyelir panas n MD Candy asal 6

10  

Hasil deteksi RT-PCR menunjukkan bahwa isolat virus yang diisolasi dari tanaman anyelir klon RS 0313 dan MD 76113 yang diambil dari Kebun Percobaan Balithi, Cipanas positif mengandung Carmovirus yang ditandai dengan terbentuknya pita DNA (Gambar 2, lajur 2 dan 3). Isolat virus yang diisolasi dari Dianthus barbatus Jatim (lajur 1) dan anyelir klon RS 83.1 (lajur 4) negatif terhadap Carmovirus ditandai dengan tidak munculnya pita DNA. Adapun sampel yang diambil dari Ciputri dan Cihideung positif mengandung Carmovirus (lajur 5 dan 6). Pita DNA pada lajur 3 terlihat lebih tipis dibandingkan dengan pita DNA pada lajur 2, 5, dan 6. Hal ini mungkin disebabkan konsentrasi partikel virus pada jaringan tanaman masih rendah. Meskipun konsentrasi virus rendah, namun virus masih bisa teramplifikasi dengan menggunakan teknik PCR. Teknik RT-PCR memiliki sensitifitas yang cukup tinggi karena hanya membutuhkan komponen dalam jumlah sedikit termasuk jumlah partikel DNA yang akan diamplifikasi. Selain itu, PCR juga dapat melipatgandakan suatu fragmen DNA secara cepat dan spesifik dengan bantuan oligonukleotida primer yang digunakan untuk mengawali sintesis rantai DNA (Yuwono 2006). Pada penelitian selanjutnya, dipilih tiga isolat virus yang asalnya berbeda, yaitu isolat virus Cipanas, Ciputri, dan Cihideung.

Identifikasi Spesies Carmovirus berdasarkan Analisis Sekuen Nukleotida Produk PCR yang telah terdeteksi positif mengandung Carmovirus telah berhasil disekuen dan dilakukan analisa sekuen nukleotida. Hasil sekuen dianalisis menggunakan program Basic Local Alignment Search Tool (BLAST) dalam situs National Center for Biotechnology Information (NCBI). Hasil BLAST menunjukkan bahwa gen coat protein (CP) Carmovirus asal Indonesia (Cipanas, Ciputri, Cihideung) memiliki similaritas yang cukup tinggi yaitu lebih dari 96% dengan isolat CarMV yang telah dilaporkan dari berbagai negara seperti Australia, Belanda, Brazil, India, Iran, Israel, Jepang, Kolombia, Perancis, dan Spanyol.

Hasil analisis penjajaran sekuen nukleotida dengan program ClustalW menunjukkan bahwa gen coat protein (CP) Carmovirus asal Cipanas, Ciputri, Cihideung memiliki kesamaan yang cukup tinggi dengan isolat CarMV dari negara-negara tersebut seperti pada Gambar 3 (huruf dengan latar belakang hitam menunjukkan kesamaan runutan nukleotida, sedangkan huruf dengan latar belakang abu-abu menunjukkan runutan yang berbeda antara isolat yang dibandingkan, dan huruf dengan latar belakang putih menunjukkan nukleotida yang berbeda dalam satu runutan antara isolat yang dibandingkan).

11  

12  

  Gambar 3 Penjajaran sekuen nukleotida isolat virus asal Cipanas, Ciputri, dan

Cihideung dengan isolat virus CarMV asal Australia, Belanda, Brazil, India, Iran, Israel, Jepang, Kolombia, Perancis, dan Spanyol serta outgroup Melon necrosis spot virus menggunakan program ClustalW. Analisis similaritas penjajaran nukleotida dilakukan dengan menambahkan satu spesies lainnya dari genus Carmovirus sebagai outgroup yaitu Melon necrosis spot virus (MNSV). Kesamaan urutan nukleotida antara isolat virus asal

13  

Indonesia dengan yang berasal dari negara lain didapatkan berdasarkan similaritas nilai penjajaran menggunakan Sequence Identity Matrix dalam BioEdit V7.0.5 (Hall 1999). Persentase tertinggi similaritas nukleotida sebesar 98.7% yaitu antara isolat virus Ciputri-Cihideung dan Cipanas-Cihideung. Hal ini menunjukkan bahwa isolat virus asal Cipanas, Ciputri, dan Cihideung merupakan kelompok virus dengan hubungan kekerabatan yang sangat dekat.

Jika dibandingkan dengan beberapa isolat virus yang telah dipublikasikan dalam GenBank, isolat Cipanas memiliki nilai similaritas yang tinggi dengan CarMV isolat nl-2 asal Belanda sebesar 98.3%, isolat Ciputri mempunyai nilai similaritas tertinggi dengan CarMV isolat nl-2 asal Belanda dan CarMV isolat Mahallat-2 asal Iran masing-masing sebesar 97.9%. Isolat asal Cihideung memiliki nilai similaritas tertinggi dengan CarMV isolat isr-2 asal Israel sebesar 97.9%. Seluruh isolat Indonesia memiliki tingkat similaritas yang tinggi, berkisar antara 97%-98% dengan isolat CarMV yang diperoleh dari GenBank. Manurut Faquet et al. (2005), apabila antara satu spesies virus dengan spesies lainnya disejajarkan dan memiliki kesamaan sekuen asam amino gen coat protein diatas 59% maka virus tersebut berada di dalam satu spesies yang sama. Hal ini dapat disimpulkan bahwa spesies Carmovirus yang menginfeksi tanaman anyelir di daerah Cianjur dan Bandung adalah CarMV. Kesimpulan ini dikuatkan oleh data similaritas yang sangat rendah bila sekuen nukleotida isolat virus asal Indonesia tersebut disejajarkan dengan spesies lain yang masih anggota genus Carmovirus yaitu Melon necrosis spot virus (MNSV) yaitu hanya 41.4% (Tabel 3).

Carnation mottle virus merupakan virus tanaman anyelir yang tergolong dalam genus Carmovirus, famili Tombusviridae (Faquet et al. 2005). Virus ini memiliki virion berbentuk ikosahedral dengan diameter 32-35 nm. Genom RNA memiliki panjang 4 kb dan memiliki 4 ORF (Open Reading Frame). ORF 1 berfungsi menyandikan enzim polymerase yang berperan dalam proses replikasi virus, ORF 2 berfungsi untuk menyandi movement protein (7 kDa) yang berperan dalam perpindahan virus dari satu sel ke sel lainnya, ORF 3 berfungsi menyandikan movement protein (9kDa) yang berperan dalam perpindahan virus melalui sistem pembuluh tanaman inang ke seluruh bagian tumbuhan. ORF 4 berfungsi menyandikan coat protein (38 kDa) yang berperan dalam ekspresi gejala dan kisaran inang. Tipe asam nukleat virus ini yaitu RNA utas tunggal (single stranded RNA). Virion memiliki 32 kapsomer per nukleokapsid dan tersusun atas 180 subunit protein. Partikel virus mengandung 14% asam nukleat dan 86% protein dalam mantelnya. Coat protein dari suatu virus tanaman tersusun dari beberapa subunit yang mengandung sekuen yang identik bersifat konstan namun berbeda untuk setiap spesies virus bahkan kadang-kadang berbeda untuk setiap strain dari spesies virus yang sama (Agrios 2005). Oleh karena itu coat protein sering digunakan sebagai target dari deteksi dan identifikasi virus secara molekuler.

CarMV memiliki kisaran inang yang cukup luas. Beberapa spesies anyelir dari genus yang berbeda namun masih berada dalam famili yang sama yaitu Caryophyllaceae telah dilaporkan terinfeksi oleh virus ini, diantaranya Saponaria officianalis (genus Saponaria) dan Vacaria hispanica (genus Vacaria). CarMV menyerang secara spesifik terhadap tanaman anyelir, namun telah dilaporkan secara alami menyerang Phalaenopsis orchids dari famili Orchidaceae (Zheng et al. 2011) dan Zantedeschia spp. dari famili Araceae di Taiwan (Chen et al. 2003).

 

Tabel 3 Tingkat sim

ilaritas (

align

m

ent scor

e) sekuen nukleotida gen

coat protein

(CP) CarMV isolat Cipana

s, Ciputri, Cihideung,

Australia, B

razil, Belanda, India, Iran, Is

rael, Jepang, Kolom

bia,

Perancis, Spanyol, dan

Melon necrosis spot virus

No No . Akse si Isolat CarM V Asal N ega ra Tin g k at Sim ila ritas (%) 1 1 2 3 4 5 6 7 8 9 1 0 1 1 1 2 1 3 1 4 1 - C ipanas In d onesi a ID 98 .6 98 .7 97 .9 97 .9 98 .1 98 .2 98 .3 98 .1 98 .2 98 .0 98 .0 98 .2 41 .4 2 - C iput ri In d onesi a ID 98 .7 97 .5 97 .5 97 .7 97 .8 97 .9 97 .7 97 .9 97 .6 97 .6 97 .8 41 .4 3 - Cih id eung In d onesi a ID 97 .4 97 .4 97 .6 97 .9 97 .8 97 .6 97 .7 97 .5 97 .5 97 .7 41 .4 4 A J309 495 Jap Jepa ng ID 10 0 97 .2 97 .3 97 .5 97 .1 97 .1 99 .9 99 .9 97 .5 41 .6 5 A J309 492 A u s A u st ra lia ID 9 7 .2 9 7 .3 9 7 .5 9 7 .1 9 7 .1 9 9 .9 9 9 .9 9 7 .5 4 1 .6 6 JX 207 141 Mg 166 9 Br azil ID 9 8 .1 9 8 .2 9 7 .6 9 7 .9 9 7 .3 9 7 .3 9 8 .3 4 1 .0 7 A J309 501 Is r-2 Is rael ID 9 8 .2 9 7 .6 9 7 .8 9 7 .4 9 7 .4 9 8 .6 4 1 .5 8 A J309 497 N l-2 Belan d a ID 9 9 .9 9 8 .4 9 7 .6 9 7 .6 9 8 .6 4 0 .9 9 A J309 509 Sp -m Sp an yo l ID 9 8 .0 9 7 .2 9 7 .2 9 8 .1 4 1 .1 10 DQ 0 9 2 4 8 6 M ahal la t-2 Ira n ID 97 .2 97 .2 98 .3 41 .3 1 1 A J309 494 Fr Per an cis ID 10 0 97 .6 41 .6 1 2 A J309 493 Co l K o lo m b ia ID 98 .2 41 .6 1 3 A J844 549 So lan Ind ia ID 41 .3 1 4 A B 23 2925 Melon necr osis spot vi rus Jepa ng ID 1 Persentase ting kat similaritas is

olat virus did

apatkan d

ari pe

rhitu

ngan menggunakan Bio

E

dit v7.0

.5

Angka dengan

cetak tebal menu

njukkan p ersen tase similaritas ter tinggi an tara isolat v irus asal In d onesia (C ipan as, Ciputri, d an C ih ideung) Angka dengan arsiran menun ju kkan persen tase similaritas ter tin ggi an ta ra isolat Cipanas, Ciputr i, dan C ihideung dengan isolat vir u s as al G enBank Angka dengan g aris bawah me nu njukkan p ersentase similaritas ter endah antara isolat v

irus Indonesia deng

an

ou

tgroup

MNSV

15  

Hubungan Kekerabatan CarMV

Analisis filogenetik merupakan studi mengenai hubungan evolusi yang digambarkan melalui cabang atau diagram menyerupai pohon yang mewarisi sifat genetik suatu organisme (Mabrouk et al. 2006). Hasil analisis kekerabatan digambarkan dalam pohon filogenetika berdasarkan sekuen nukleotida dengan menggunakan program MEGA 5.05 dan TreeTop-Phylogenetic Tree Prediction. Gambar 3 menunjukkan bahwa isolat-isolat CarMV membentuk dua kelompok utama. Isolat Indonesia yaitu Cipanas, Ciputri, dan Cihideung membentuk satu subkelompok dari kelompok pertama. Hal ini diduga sumber penularan virus berasal dari tempat yang sama (Lakani 2012). Adanya distribusi anyelir dari satu daerah ke daerah lainnya diduga sebagai penyebab penularan tersebut. Virus ini dapat menyebar melalui perbanyakan tanaman dan alat-alat pertanian (Singh et al. 2005; Kassanis 1955).

  Gambar 4 Kladogram sekuen nukleotida gen coat protein (CP) Carnation mottle

virus isolat Indonesia, Australia, Belanda, Brazil, Jepang, Spanyol, India, Iran, Israel, Kolombia,dan Perancis serta Melon necrosis spot virus menggunakan program MEGA 5.05 dan TreeTop -Phylogenetic Tree Prediction. 

Adapun subkelompok 2 terdiri atas isolat CarMV asal Brazil, Israel, Iran, India, Belanda, dan Spanyol. Kekerabatan antara ketiga isolat Indonesia (Cipanas, Ciputri, Cihideung), Belanda, Brazil, India, Iran, Israel, dan Spanyol sangat dekat dan masih berada dalam satu kelompok. Kelompok 2 terdiri atas isolat CarMV asal Australia, Jepang, Kolombia dan Perancis. Kladogram pada Gambar 3 menunjukkan hasil yang sesuai dengan hasil analisis homologi dan kesejajaran sekuen nukleotida bahwa isolat virus asal Ciputri, Segunung, dan Bandung memiliki kekerabatan yang sangat dekat dengan kelompok spesies CarMV. Selain itu, pohon filogenetik juga menunjukkan bahwa isolat virus asal Indonesia

Group I

16  

memiliki hubungan yang cukup jauh dengan MNSV walaupun masih berasal dari genus yang sama. Penelitian mengenai status penyakit belang yang disebabkan oleh CarMV di Indonesia masih minim sehingga perlu diteliti lebih lanjut mengenai karakterisasi dari virus ini.

 

SIMPULAN DAN SARAN

Simpulan

Berdasarkan analisis sekuen nukleotida dapat disimpulkan bahwa spesies Carmovirus yang berasosiasi dengan penyakit belang pada tanaman anyelir di daerah Cipanas, Ciputri, dan Cihideung adalah CarMV. Analisis filogenetika menunjukkan bahwa isolat CarMV asal Cipanas, Ciputri, dan Cihideung tergabung dalam satu subkelompok dan dekat kekerabatannya dengan CarMV asal negara Belanda, Brazil, India, Iran, Israel, dan Spanyol.

Saran

Perlu dilakukan survei dan pemetaan penyakit belang (mottle) yang berasosiasi dengan CarMV di seluruh pusat pertanaman anyelir di Indonesia sehingga diketahui kejadian penyakit serta dapat dianalisis keragaman isolatnya.

18  

 

DAFTAR PUSTAKA

[Ditjenhort] Direktorat Jenderal Hortikultura. 2005. Inventarisasi Tanaman Hias Unggulan Komersil. Jakarta (ID): Direktorat Budidaya Tanaman Hias, Direktorat Jenderal Hortikultura, Departemen Pertanian.

[Ditjenhort] Direktorat Jenderal Hortikultura. 2012. Produksi Tanaman Hias di Indonesia Tahun 2007-2011 [Internet]. Badan Pusat Statistik. [diunduh 2012 Jun 25]. Tersedia pada: http://florikultura.org/index.php/beranda /data_prod. [OGTR] Office of the Gene Technology Regulator, Australian Government. 2005. The Biology and Ecology of Dianthus caryophyllus L. (Carnation). Australian Government, Departement of Health and Ageing, Office of the Gene Technology Regulator (AU).

Agrios GN. 2005. Planth Pathology. 5th Ed. Burlington (UK): Elsevier Academic Press.

Akin HM. 2006. Virologi Tumbuhan. Yogyakarta (ID): Kanisius. 

Bernal BG, Castillo SG, Pallas V, Pina MAS. 2006. Distribution of carnation viruses in the shoot tip: Exclusion from the shoot apical meristem. Physiological and Molecular Plant Pathology. 69(1-3):43-51.

Cevik B, Bakir T, Koca G. 2010. First report of Carnation mottle virus in Turkey [abstrak]. Plant Pathology. [Internet]. [diunduh 2012 Des 10]; 59 (2):394. Tersedia pada: http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/j.1365-3059.2009.02181.x/abstract.

Chen CC, Ko WF. 2003. First report of Carnation mottle virus in Calla lily (Zantedeschia spp.) [abstrak]. Plant Disease. [Internet]. [diunduh 2012 Sept 17]; 87(12):1539. Tersedia pada: http://www.apsnet.org/publications /plantdisease/2003/December/Pages/87_12_1539.3.aspx.DOI:10.1094/PDIS. 2003.87.12.1539C.

Chung BN, Kim BD, Choi GS, Kim JS. 2004. First report on Carnation vein mottle virus in Dianthus barbatus in Korea. Plant Pathology. 20(3): 224-228.

El-Ela AA, Amer MA, Khatab EAH. 2006. Cytological and molecular studies of an Egyptian isolate of Carnation vein mottle Potyvirus. Egyptian Journal of Virology. 3(1):1-18.

Fauquet CM, Mayo MA, Maniloff J, Desselberger U, Ball LA, editor. 2005. Virus Taxonomy Eight Report of the International Committee on Taxonomy of Viruses. San Diego (US): Virology Division International Union of Microbiological Societies.

Hakkart FA. 1964. Description of symptoms and assessment of loss caused by some viruses in the carnation cultivar “William Sim”. Plant Pathology. 70(1964): 53-60.

Hall TA. 1999. BioEdit: a user friendly biological sequence alignment editor and analysis program for Windows 95/98/NT. Nucleic Acids Symposium Series 41: 95-98.

Kassanis. 1955. Some properties of four viruses isolated from carnation plants. Annals of Applied Biology. 43(1):103-113.

Lakani I. 2012. Identifikasi dan karakterisasi beberapa virus yang menginfeksi tanaman anggrek di jawa serta induksi ketahanan sistemik tanaman anggrek

19  

dengan asam salisilat [disertasi]. Bogor (ID): Fitopatologi, Institut Pertanian Bogor.

Lommel SA, McCain AH, Mayhew DE, Morris TJ. 1983. Survey of commercial carnation cultivars for four viruses in California by indirect enzyme-linked immunosorbent assay. Plant Diseases. 67:53-56.

Mabrouk MS, Hamdy M, Mandouh M, Aboelfotoh M, Kaddah YM. 2006. BIOINFTool: Bioinformatics and sequence data analysis in molecular biology using Matlab. Cairo International Biomedical Engineering Conference.

Mattjik NA. 2010. Anyelir (Dianthus caryophyllus L.). Di dalam: Purwito A, editor. Budi Daya Bunga Potong dan Tanaman Hias. Bogor (ID): IPB Press. Hlm 65-79.

Navarro JAS, Cano EA, Pallas V. 1996. Non-radioactive molecular hybridization detection of Carnation mottle virus in infected carnations and its comparison to serological and biological techniques. Plant Pathology. 45(1996): 375-382.

Pangemanan L, Kapantow G, Watung M. 2011. Analisis pendapatan usahatani bunga potong. ASE. 7(2):5-14.

Raikhy G, Hallan V, Kulshrestha S, Sharma ML, Ram R, Zaidi AA. 2003. First Report of Carnation necrotic fleck virus (CNFV) infecting carnations in India. Plant Pathology. 52 (6):801.

Singh HP, Hallan V, Raikhy G, Kulshrestha S, Sharma ML, Ram R, Garg ID, Zaidi AA. 2005. Characterization of an Indian isolate of Carnation mottle virus infecting carnations. Current Science. [Internet]. [diunduh 2012 Juni 30]; 88(4). Tersedia pada: http://www.currentscience.ac.in/php/toc.php?vol =088&issue=04.

Trujillo EE, Shimabuku R, Hashimoto C, Hori TM. 1989. Diseases and Pests of Carnation. Hawaii (USA): College of Tropical Agriculture and Human Resources, University of Hawaii.

Varietas baru anyelir. 2011 Juni 15-21. Sinartani [Internet]. [diunduh 2012 Sept 7]. Agroinovasi: 10-11. Tersedia pada: http:// pustaka.litbang.deptan.go.id/ inovasi/kl1134103.pdf.

Whealy CA. 1992. Carnations. Di dalam: Larson RA, editor. Introduction to Floriculture. 2nd ed. New York (US): Academic Press Inc. hlm 43-65. Waterworth HE, Kaper JM. 1972. Purification and properties of Carnation mottle

virus and its ribonucleic acid. Phytopathology. 62: 959-964.

Yuwono T. 2006. Teori dan Aplikasi Polymerase Chain Reaction. Ed ke-1. Yogyakarta (ID): Andi offset.

Zandvoort R. 1973. The spread of Carnation mottle virus in carnation in glass-houses. Plant pathology. 79(1973):81-84.

Zheng YX, Chen CC, Jan FJ. 2011. First report of Carnation mottle virus in Phalaenopsis orchids [abstrak]. Plant Disease. [internet]. [diunduh 2012 Sept 17]; 95(3):354. Tersedia pada: http://www.apsnet.org/publications/ plantdisease/2011/March/Pages/95_3_354.2.aspx. DOI 10.1094/PDIS-10-10-0757.

 

21  

Lampiran 1 Sekuen nukleotida isolat virus Cipanas

           

22  

 

Lampiran 2 Sekuen nukleotida isolat virus Ciputri

 

23  

 

RIWAYAT HIDUP

 

Penulis lahir di Subang pada tanggal 10 September 1990 sebagai anak pertama daridua bersaudara pasangan Ahmad Rifki, SP. dan Iim Kusniawati, SPd. Penulis menyelesaikan pendidikan sekolah lanjutan atas di SMA Negeri Ciasem, Subang (2005-2008).

Penulis melanjutkan pendidikannya di Institut Pertanian Bogor (IPB) melalui jalur Undangan Seleksi Masuk IPB tahun 2008 pada kurikulum berbasis mayor-minor. Penulis diterima sebagai mahasiswa Departemen Proteksi Tanaman, Fakultas Pertanian, IPB dan mengikuti masa Tingkat Persiapan Bersama selama 1 tahun. Pada tahun berikutnya penulis melanjutkan pendidikannya dengan Mayor Proteksi Tanaman, Fakultas Pertanian. Penulis mengambil mata kuliah sebagai supporting course antara lain Perilaku Satwa Liar (Departemen Konservasi Sumberdaya Hutan dan Ekowisata, Fakultas Kehutanan), Ekonomi Sumberdaya Lahan (Departemen Ekonomi Sumberdaya Lahan), Manajemen Pemasaran (Departemen Manajemen, Fakultas Ekonomi), Silvika (Departemen Silvikultur), Perilaku Konsumen, Pendidikan dan Perlindungan Konsumen (Departemen Ilmu Keluarga dan Konsumen)  

Selama masa kuliah, penulis aktif bergabung dengan beberapa organisasi diantaranya Himasita sebagai Sekretaris II Periode 2009-2010 dan Ikatan Mahasiswa Omda Subang FOKUS. Penulis juga pernah mengikuti magang di BB Padi tahun 2009. Selain itu, penulis juga aktif dalam berbagai kegiatan kampus, kepanitiaan, dan partisipasi yang dilaksanakan Departemen Proteksi Tanaman maupun Fakultas Pertanias. Penulis memiliki hobi menari dan tergabung dalam Tim Saman Proteksi Tanaman 2009-2012.