BAB II
TINJAUAN PUSTAKA Asal Usul
Umumnya diketahui bahwa kelapa sawit (E. guineensis) berasal dari wilayah hutan hujan tropis Afrika Barat. Penyebarannya melalui Bagian Selatan Kamerun, Pantai Gading, Ghana, Liberia, Nigeria, Sierra Leone, Togo dan ke wilayah equatorial Angola dan Kongo. Pemrosesan kelapa sawit untuk menjadi minyak telah dipraktekkan di Afrika selama ribuan tahun, dan menghasilkan minyak yang berwarna dan dibumbui yang unsur penting dalam banyak masakan tradisional Afrika Barat. Proses secara tradisional ini sangat sederhana, tetapi sudah lama dan tidak efisien (Jacquemard et al, 2010).
Kelapa sawit (E. guineensis)termasuk golongan palma yang dapat menghasilkan minyak. Ada tiga macam tipe/jenis yang sudah dikenal yaitu, Dura,Tenera dan Pisifera yang masing-masing dibedakan berdasarkan tebal cangkang dan daging buah (mesokarp) (Jacquemard et al, 2010).
Sumber genetik kelapa sawit yang dikembangkan di Indonesia berasal dari empat kecambah yang ditanam di Kebun Raya Bogor pada tahun 1848. Pohon yang tumbuh dari kecambah ini relatif seragam dengan tipe Dura dan diindikasikan berasal dari satu induk. Program pemuliaan kelapa sawit Indonesia dikembangkan dari populasi ini dan dikenal sebagai ‘kelapa sawit Deli’. Dura Deli memiliki beberapa keunggulan: buahnya besar dan mesokarp yang mengandung minyak tinggi (60%) (Hartley, 1988). Implikasi dari pengembangan Dura Deli ini menyebabkan keragaman genetik kelapa sawit Indonesia menjadi relatif sempit (Tinche et al, 2014).
Pada buah kelapa sawit, tipe buah muda yang paling sering ditemui berwarna ungu gelap hingga hitam pada bagian apex dan kuning kehijauan pada bagian basal buah sebelum buah masak, disebut dengan Nigrescens. Tipe lain yang kurang lazim ditemui berwarna hijau sebelum masak dan disebut Virescens. Tipe ini berubah warna menjadi jingga kemerahan pada saat masak, meskipun bagian apex dari eksternal buah tetap hijau (Corley dan Tinker, 2003).Warna buah Virescens ini juga ditemui pada beberapa aksesi di populasi Nigeria.Karakter Virescens merupakan karakter penting yang dapat digunakan untuk menentukan waktu panen yang tepat sehingga meminimalkan kehilangan hasil pada saat panen.Analisis genetik karakter Virescens belumbanyak dilakukan terutama pada populasi spesifik yaitu populasi yang berasal dari Nigeria (Tinche et al, 2014).
Efek dari bahan tanam telah diselidiki di beberapa bidang eksperimen (Jacquemard et al, 2002). Dalam 3 turunan diuji dengan ditanam di Aek Kwasan I Project (PT Socfindo), pengujian dura dari LM404D disilangkan, LM404D x DA10D dan DA115D origin disilangkan oleh teneras dan pisiferas dari LM2T disilangkan, perbedaan yang signifikan dalam daun seperti mineral nitrogen, fosfor, kalium dan magnesium terbukti. Dari percobaan ini dan dari percobaan dilakukan di pembibitanbahan (DA5D x DA3D) II x La Mé, perbedaan yang signifikan antara individu progenies terdeteksi untuk elemen yang sama (Jacquemard et al, 2010).
Botani Tanaman
Tanaman Kelapa sawit dapat diklasifikasikan sebagai berikut : Kingdom: Plantae, Class:Monocotyledonae, Ordo: Cocoineae, Family: Palmae, Genus: Elaeis, Spesies: Elaeis guineensisJacq. (Steeniset al, 2001).
Tanaman kelapa sawit mempunyai tipe akar serabut, tumbuh kebawah dan kesamping membentuk akar primer, sekunder, tersier dan kuarter. Akar primer akan tumbuh kebawah sampai batas permukaan air tanah. Batang tumbuh tegak lurus keatas dan dibungkus oleh pangkal pelepah daun. Bagian bawah batang umumnya lebih besar, disebut bonggol batang (Lubis, 2000).
Daun dibentuk di dekat titik tumbuh. Setiap bulan biasanya akan tumbuh dua lembar daun. Pertumbuhan daun awal dan daun berikutnya akan membentuk sudut 1350 (Sastrosayono, 2006). Daun-daun tersebut akan membentuk suatu pelepah yang panjangnya dapat mencapai kurang lebih 7,5-9 m. Daun yang masih 18 muda belum membuka dan tegak berdiri. Pada tanah-tanah yang subur daun akancepat membuka yang berarti makin efektif menjalankan fungsinya sebagai pusat proses assimilasi, berlangsungnya fotosintesa dan alat respirasi (Mansjur, 1980). Untuk tanaman yang tumbuh normal terdapat 45 sampai 55 pelepah daun.Kedudukan daun pada batang dirumuskan dengan rumus daun (phylotaxis) 3/8, pada setiap 3 putaran terdapat 8 daun. Letak daun kesembilan berada di garis lurus dari daun yang pertama (Sastrosayono, 2006).
Susunan bunga terdiri dari karangan bunga yang terdiri dari bunga jantan dan bunga betina. Namun, ada juga tanaman kelapa sawit yang hanya memproduksi bunga jantan. Umumnya, bunga jantan dan bunga betina terdapat dalam dua tandan yang terpisah. Namun, adakalanya bunga jantan dan bunga
betina terdapat dalam tandan yang sama. Bunga jantan selalu masak lebih dahulu daripada bunga betina. Karena itu penyerbukannya sendiri antara bunga jantan dan bunga betina dalam satu tandan sangat jarang terjadi (Sastrosayono, 2003).
Padabuah kelapa sawit proses pembentukannya dari proses penyerbukan hingga buah matang dipengaruhi oleh keadaaan iklim dan faktor-faktor lain yang mempengaruhi pertumbuhan tanaman, lama proses pemasakan buah di beberapadaerah kawasan mempunyai perbedaaan, diMalaysia proses pemasakan buah sekitar 5,5 bulan, di Sumatera Sekitar 5 - 6 bulan, sedangkan di Afrika sekitar
6 - 9 bulan (Setyamidjaja, 2006). Keragaman Genetik
Keragaman genetik dalam suatu populasi tanaman sangat penting, agar seleksi dengan maksud untuk mendapatkan karakter-karakter unggul dapat dilakukan. Makin tinggi keragaman genetik maka peluang untuk mendapatkan genotipe unggul semakin besar (Greech dan Reich, 1971), dan menunjukkan besarnya pengaruh genetik terhadap sifat yang diekspresikan (Knight, 1979). Jika keragaman genetik suatu tanaman sangat sempit sehingga seleksi sulit dilakukan maka, salah satu cara untuk meningkatkan keragaman genetik adalah melalui mutasi. Mutasi adalah terjadinya perubahan materi genetik pada tingkat genom, kromosom, DNA atau gen sehingga mengakibatkan terjadinya keragaman genetik (Soeranto, 2003). Dalam bidang pemuliaan tanaman, teknik mutasi dapat meningkatkan keragaman genetik sehingga memungkinkan pemulia melakukan seleksi genotipe tanaman sesuai dengan tujuan pemuliaan yang dikehendaki(Pandin, 2010).
Penilaian keragaman genetik tanaman secara morfologi dilakukan melalui uji progeni, uji provenan dan pengujian lainnya dengan mengamati penampilan fenotipik tanaman. Pengujian ini dilakukan pada lingkungan yang berbeda dengan fokus utama adalah ciri kualitatif dan kuantitatif yang bernilai ekonomi serta ciri yang secara biologi penting seperti kemampuan hidup (survive), sifat toleran terhadap stres lingkungan, sifat produksi dan resistensi terhadap hama dan penyakit. Sebagian diantara ciri–ciri tersebut bersifat poligenik dan ekspresinya dipengaruhi oleh lingkungan.Studi secara tradisional dengan metode genetika kuantitatif, penilaian keragaman dan distribusi keragaman dikelompokkan ke dalam beberapa kelas pengaruh, seperti pengaruh fenotifik, genotipe, lingkungan dan interaksi antara lingkungan dan genotipe.Penentuan keragaman genetik tanaman secara konvensional ini membutuhkan waktu yang lama, relatif mahal, dipengaruhi oleh lingkungan dan keragaman yang diperoleh terbatas dan tidak konsisten (Zulfahmi, 2013).
Keragaman genetik yang tinggi merupakan salah satu faktor penting untuk merakit varietas unggul baru.Peningkatan keragaman genetik dapat dilakukan dengan memanfaatkan plasma nutfah yang tersedia di alam dan dapat pula dengan melakukan persilangan. Sifat-sifat tertentu sering tidak ditemukan pada sumber gen yang ada sehingga teknologi lainnya perlu diterapkan (Hutami et al, 2005).
Guna mendukung upaya pemberdayaan potensi plasma nutfah pada program seleksi maka mutlak diperlukan kelengkapan informasi yang berkaitan dengan berbagai karakter morfologi maupun genetiknya.Marka molekuler dapat memberi gambaran yang akurat tentang perbedaan genetik individu, baik pada tingkat spesies maupun dengan kerabat jauhnya (Zulhermana, 2009).
Informasi parameter genetik sangat diperlukan untuk kegiatan seleksi dan penapisan.Kegiatan seleksi membutuhkan karakter yang tepat agar dapat berjalan efisien.Hasil (produksi minyak) merupakan perhatian yang paling penting dalam program pemuliaan sawit, tetapi hasil merupakan karakter yang diwariskan secara kompleks dan melibatkan beberapa komponen terkait.Karakter seleksi ini salah satunya dapat diketahui berdasarkan pendugaan heritabilitas (Putri et al, 2009).
Selain penentuan metode seleksi, keberhasilan program pemuliaan kelapa sawit dapat dipercepat dengan pemilihan karakter seleksi yang tepat. Seleksi dapat dilakukan secara langsung atau tidak langsung. Seleksi langsung hanya efisien jika karakter yang ingin diperbaiki mempunyai nilai heritabilitas yang tinggi. Namun jika karakter yang ingin diperbaiki mempunyai nilai heritabilitas yang rendah maka seleksi tidak langsung menggunakan satu atau beberapa karakter akan lebih efisien (Putri et al, 2009).
Polymerase Chain Reaction (PCR)
Polymerase Chain Reaction (PCR) adalah suatu teknik sintesis dan amplifikasiDNA secara in vitro. Teknik ini pertama kali dikembangkan oleh Karry Mullispada tahun 1985. Teknik PCR dapat digunakan untuk mengamplifikasi segmenDNA dalam jumlah jutaan kali hanya dalam beberapa jam. Dengan diketemukannyateknik PCR di samping juga teknik-teknik lain seperti sekuensing DNA, telahmerevolusi bidang sains dan teknologi khususnya di bidang diagnosa penyakitgenetik, kedokteran forensik dan evolusi molekular.(Handoyo dan Ari, 2000).
Empat komponen utama pada proses PCR adalah (1) DNA cetakan, yaitu fragmen DNA yang akan dilipatgandakan, (2) Oligonukleotida primer, yaitu suatu
sekuen oligonukleotida pendek (15 - 25 basa nukleotida) yang digunakan untuk mengawali sintesis rantai DNA. Primer yang digunakan dalam PCR ada dua yaitu oligonukleotida yang mempunyai sekuen yang identik dengan salah satu rantai DNA cetakan pada ujung 5’ - fosfat dan oligonukleotida yang identik dengan sekuen pada ujung 3’ - OH rantai DNA cetakan yang lain, (3) Deoxynucleotide
triphosphates(dNTP), yang terdiri atas dATP, dCTP, dGTP, dTTP, dan (4) Enzim DNA polimerase yaitu enzim yang berfungsi sebagai katalis dalam reaksi sintesis rantai DNA. Komponen lainnya yang juga berperan penting adalah senyawa buffer (Yuwono dan Tribowo, 2006).
Proses PCR melibatkan beberapa tahap yaitu: (1) pra-denaturasi DNAtemplat; (2) denaturasi DNA templat; (3) penempelan primer pada templat(annealing); (4) pemanjangan primer (extension) dan (5) pemantapan (post-extension). Tahap (2) sampai dengan (4) merupakan tahapan berulang (siklus),di mana pada setiap siklus terjadi duplikasi jumlah DNA (Handoyo dan Ari, 2011).
PCR adalah suatu teknik yang melibatkan beberapa tahap yang berulang(siklus) dan pada setiap siklus terjadi duplikasi jumlah target DNA untaiganda. Untai ganda DNA templat (unamplified DNA) dipisahkan dengandenaturasi termal dan kemudian didinginkan hingga mencapai suatu suhutertentu untuk memberi waktu pada primer menempel (anneal primers) padadaerah tertentu dari target DNA. Polimerase DNA digunakan untuk memperpanjangprimer (extend primers) dengan adanya dNTPs (dATP, dCTP, dGTP dandTTP) dan buffer yang sesuai. Umumnya keadaan ini dilakukan antara 20 -40 siklus. Target DNA yang diinginkan (short ”target” product) akan
meningkatsecara eksponensial setelah siklus keempat dan DNA non-target (long product) akan meningkat secara linier seperti tampak pada bagan di atas (Newtondan Graham, 1994).
Biosintesis Asam Lemak Pada Kelapa Sawit
Asam lemak bersama-sama dengan gliserol, merupakan penyusun utama minyaknabati atau lemak dan merupakan bahan baku untuk semua lipida pada makhluk hidup.Asam ini mudah dijumpai dalam minyak masak (goreng), margarin, atau lemak hewan danmenentukan nilai gizinya. Secara alami, asam lemak bisa berbentuk bebas (karena lemakyang terhidrolisis) maupun terikat sebagai gliserida. Asam lemak merupakan salah satubasic oleochemical (Jamidi,2008).
Secara alami buah sawit di atas pohon mengandung ALB yang sangat kecil yaitu 0,1 %, setelah dipotong meningkat 1 % dalam 24 jam. Selanjutnya
sekitar 0,9 % setiap hari, kenaikan ALB ini sulit dihentikan. Apabila buah mengalami kerusakan mekanis (memar) atau terkontaminasi mikroba maka ALBnya akan meningkat lebih tinggi lagi asam lemak bebas meningkat dari 3,39% menjadi 4,70% dalam buah sawit yang berada di lapangan selama 4 hari (Saxena dan Trans, 1981).
Biosintesis minyak pada buah kelapa sawit tidak terlepas dari proses biosintesis asam lemak pada mesokarpa dan inti biji (kernel). Minyak yang berasal dari mesokarp dan kernel mempunyai komposisi yang berbeda-beda dan tergantung pada proses pembentukan dan akumulasi minyak selama perkembangan buah kelapa sawit (Basri et al, 2004). Asam oleat merupakan salah satu komponen utamaasam lemak tidak jenuh tunggal pada minyak sawit yang baik untuk kesehatan.Asam oleat bersifat stabil dandiketahui mampu mengurangi resiko serangan penyakit jantung.Selain itu, kandungan asam lemak tidak jenuh juga penting dalam menunjang industri oleochemical dan nutraceutical (Sundram et al, 2003; Georgios et al, 2005; Masani dan Parveez 2008). Terdapat korelasi positif antara tingginya kandungan asamlemak tidak jenuh dengan tingginyanilai iodine pada minyak sawit, nilai iodine E. oleifera80 sedangkan E. guineensis50 (Rajanaidu et al, 2000).Nilai Iodine adalah banyaknya iodine(gram) yang dibutuhkan untuk menetralkan ikatan rangkap yang terdapat pada 100 gram minyak (Zulkarnain et al, 2011).Kandungan asam oleat dan nilai iodine yang tinggi akan mempengaruhi tingkat liquiditas minyak kelapa sawit, sehinggaminyak sawit tidak akan mudah membeku walaupun berada pada suhu yang rendah. Karakteristik ini penting apabila minyak sawit akan dimanfaatkan sebagai sumber energi atau biofuel (Choo dan Cheah, 2000).
Minyak yang dihasilkan buah kelapa sawit mengandung asam lemak jenuhyang terdiri atas asam palmitat (16:0) dan asam stearat (18:0)serta asam lemak tidak jenuh yang terdiri atas asam oleat (18:1) dan asam linoleat (18:2).Kandungan asam lemaktidak jenuh dan asam lemak jenuh berbeda antara minyak sawit yang dihasilkan dari buah E.guineensis danE. oleifera.Minyak sawit dari
E. guineensis mempunyai kandungan asam lemak tidak jenuh yang berkisar antara 40-60%.Sebaliknya, minyak sawit dari E.oleifera dilaporkan mempunyai kandungan asam lemah tidak jenuh yang lebih tinggi, yaitu berkisar antara 70-80% (Rajanaidu et al, 2000).E. oleiferamemiliki karakter unggul yang dapat dimanfaatkan untuk perbaikan genetik spesies E. guineensisyang telah dibudidayakan secara komersial, melalui pemuliaan tanaman guna menghasilkan varietas E. guineensis baru dengan karakter unggul kandungan asam lemak tidakjenuh yang tinggi (Subhash dan Farida, 2012).
Proses pembentukan asam lemak tidak jenuh berhubungan dengan aktifitas enzim Stearoyl ACP (Acyl Carier Protein) Desaturase (SAD)yang merupakan gen kunci pada pembentukan asam oleat. Mesokarp buah kelapa sawit mengandung enzim SAD yang aktif dan sebagian besar enzim SAD efektif membentuk asam oleat (Parveez, 2004). Sejumlah gen kunci yang berperanan dalam pembentukan asam lemak pada tanaman secara umum, juga mempunyai fungsi yang sama dalam biosintesis asam lemak pada buah kelapa sawit (Basri et al, 2004).
Gen SADmerupakan gen penyandi Enzim Stearoyl ACP Desaturase,yang merupakan lintasan gen awal untuk pembentukan asam lemak tidak jenuh pada
tanaman. Gen SAD menyandi protein yang berfungsi dalam biosintesis asam lemak tidak jenuh (asam oleat dan asam linoleat). Karakterisasi dan purifikasi gen penting tersebut pada kelapa sawit telah dilakukan (Ravigadevi et al, 2000), namun studi yang mempelajari keragaman DNA sekuens dari gen SAD antar varietas dan spesies kelapa sawit yang mempunyai perbedaan kandungan dan komposisi asam lemak tidak jenuh belum terdokumentasi dengan baik. Mesokarp kelapa sawit sangat aktifdan efektif merubah hampir semua stearoyl ACP menjadi oleoyl-ACP dalam pembentukan asam oleat pada lintasan bisosintesis asam lemak pada kelapa sawit, sehingga untuk meningkatkan kandungan asam oleat pada kelapa sawit dibutuhkan peningkatan aktifitas gen SAD.
MesokarpE.oleiferamengandung komposisi asam lemak tidak jenuh (asam oleat) lebih tinggi dibandingkan E.guineensis, mempelajari dan membandingkan aktifitas gen SAD pada kedua spesies ini akan membantu mengetahui kunci utama yang menyebabkan perbedaan komposisi asam lemak tidakjenuh pada kedua tanamanini (Siti et al, 2001).
Primer Spesifik
Primer adalah salah satu unsur penting, merupakan deretan protein yang akan melipatgandakan DNA target. Primerberfungsi sebagai pembatas fragmen DNA target yang akandiamplifikasi dan sekaligus menyediakan gugus hidroksi (-OH) pada ujung 3’ yang diperlukan untuk proses eksistensi DNA (Handoyo dan Rudiretna, 2001).
Primer berfungsi sebagai penginisiasi reaksi polimerase DNA secara in vitro. Tanpa primer reaksi polimerase DNA tidak akan terjadi meskipun enzim
dan komponen lainnya sudah tersedia. Selain itu primer bertanggung jawab untuk mengenali dan menandai fragmen sampel DNA (Tempalte DNA) yang akan di amplifikasi (Zein dan Prawiradilag, 2013).
Memilih primer yang sesuai mungkin adalah faktor tunggal yang paling penting dalam mempengaruhi Polymerase Chain Reaction(PCR). Amplifikasi spesifik dari target yang diharapkan membutuhkan primer yang tidak cocok dengan target lainnya pada beberapa orientasi dan dalam jarak tertentu yang memungkinkan terjadinya proses amplifikasi yang tidak diinginkan. Proses mendesain primer spesifik biasanya melibatkan dua tahap. Pertama, daerah apit primer yang diinginkan dapat diciptakan baik secara manual maupun menggunakan software tool lalu dicari database sekuen nukleotida yang sesuai dengan menggunakan alat seperti Blast untuk mengamati target-target potensial (Ye et al, 2012).
Komposisi primer juga merupakan salah satu pertimbangan penting. Deretan nukleotida yang sama pada setiap primerperlu dihindari karna dapat menurunkan spesifisitas primerdan memungkinkan terajadinya misprimingdi tempat lain. Kandungan GC sebaiknya pada rentang 40% -60%. Primerdengan GC rendah tidak dapat berkompetisi untuk menempel secara efektif pada tempat tujuan, sedangkan primer dengan komposisi GC terlalu tinggi dapat menyebabkan hasil menjadi tidak spesifik (Marlna et al, 2015).
Dalam proses PCR terjadi perbanyakan molekul-molekul spesifik DNA dengan bantuan primer-primer yang berupa oligonukleotida secar in vitro .Perbedaan profil Fragmen DNA hasil amplifikasi dengan PCR dapat digunakan
sebagai alat untuk mebedakan pada tingkat genus, spesies bahkan genotipe spesifik dari individu (Edel, 1998).
Primer ILY-2
Kelapa sawit merupakan tanaman penghasil minyak nabati dengan produktifitas per hektar tertinggi dibandingkan tanaman penghasil minyak lainnya. Asam oleat merupakan salahsatu komponen asam lemak tidak jenuh yang baik untuk kesehatan dan terdapat pada tanaman penghasil minyak nabatidan mempengaruhi kualitas minyak. Kandungan asam oleat (asam lemak tidak jenuh) pada kelapa sawit komersil (E.guineensis) lebih rendah dibandingkan minyak yangdihasilkanE. Oleifera, yang merupakan spesies kelapa sawit yang belum termanfaatkan secara optimal. Pembentukan asam oleat dipengaruhi oleh gen kunci Stearoyl ACP Desaturase, diduga perbedaankomposisi asam oleat pada E. guineensisdan E.oleiferadisebabkan oleh perbedaan basa penyusun gen Stearoyl ACP Desaturase (Rismayanti, 2014).
Biosintesis asam oleat (asam lemak tidak jenuh) ditentukan oleh gen Stearoyl ACP Desaturase (SACPD). Pendekatan untuk memodifikasi kandungan minyak sawit dapat dilakukan berdasarkan informasi keragaman runutan nukleotida gen SACPD. Isolasi dan karakterisasi gen-gen yang berperanan dalam biosintesis asam lemak tidak jenuh merupakan langkah awal usaha memodifikasi komposisi minyak kelapa sawit secara bioteknologi (Rismayanti, 2014).
Asam oleat mempunyai berat molekul 282,47 gr/mol dengan rumus kimia C18H34O2 atau C8H17CH=CH(CH2)7CO2H. Dalam keadaan murni berbentuk cair. Asam oleat adalah asam lemak ditemukan pada hewan dan minyak nabati
disebut juga asamlemak tidak jenuh karena mempunyai ikatan ganda dalam rantai atom C nya. Hampir seluruh ikatannya berbentuk simetri dan merupakan isomer ruang, asam oleat tergolong asam yang berbentuk cis dan trans (Bio Kimia) (Mulyazmi, 2008).
Kandungan dan komposisi asam oleat yang ada pada E.guineensismengindikasikan adanya perbedaan gen penyandi enzim yang berperanan dalam lintasan biosintesis pada pembentukan asam oleat pada genom kedua tanaman tersebut. Perbedaan ini dapat diidentifikasi dengan mengevaluasi keragaman DNA sekuens dari masing-masing gen terkait menggunakan teknologi molekuler(Rismayanti, 2014).
Simple Sequence Repeat(SSR)
SSR yang juga sering disebut dengan mikrosatelit merupakan alat bantu yang sangatakurat untuk membedakan genotipe, evaluasi kemurnian benih, pemetaan, dan seleksi genotip untuk karakter yang diinginkan. SSR tergolong sebagai penanda molekuler yangsangat efektif, yakni sekuen DNA yang bermotif pendek dan diulang secara tandem dengan 2 sampai 5 unit basa nukleotida (dikenal sebagai motif) yang tersebar dan meliputiseluruh genom. Kelebihan marka ini yaitu bersifat kodominan sehingga tingkat heterozigositasnya tinggi yang berarti memiliki daya pembeda antar individu sangat tinggi serta dapat diketahui lokasinya pada DNA sehingga dapat mendeteksi keragaman alel pada level yang tinggi, mudah dan ekonomis dalampengaplikasiannya karena menggunakan proses PCR. SSRmemiliki tingkat polimorfisme yang tinggi stabilsecara somatik. Kelemahan teknik ini adalah marka SSR tidak tersedia pada
semua spesiestanaman, sehingga untuk merancang primer yang baru dibutuhkan waktu yang lama danbiaya yang cukup mahal (Afifah, 2012).
Marka SSR merupakan salah satumarka yang paling banyak digunakanuntuk pemetaan genetik, analisiskeragaman dan studi evolusi. Keunggulanpenanda SSR dibandingkan dengan markalainnya antara lain bersifat kodominan,polimorfisme tinggi, lokus tersebar meratadalam genom, dan dalam jumlah yangsangat banyak dan berbasis PCR sehinggahanya diperlukan DNA dalam jumlah yangsedikit (Putri, 2010).
Mikrosatelit, atau pengulangan urutan sederhana (Simple Sequence Repeat) adalah sekuen sederhana yang berulang-ulang yang melimpah dalam genom suatu spesies. Mikrosatelit memiliki pengulangan sekuen yang berurutan 2sampai 4 motif sekuen nukleotida sebagai sekuen konservatif. Penciriini sangat berguna sebagai penciri genetik karena bersifat kodominan, sehingga dapat mendeteksi keragaman alel pada level yang tinggi, mudah dan ekonomis dalam pengaplikasiannya karena menggunakan proses PCR. Penciri ini muncul sebagai marka yang sangat variatif dan mudah diulang, menjadikan sangat ideal untuk pemetaan genom(Sayekti et al, 2015).
Konservasiplasma nutfah, pola sebaran distribusi alel-alel, keberadaan alel spesidik dandistribusi variasi genetik dapat digunakansebagai kriteria genetik untuk melindungigenotipe-genotipe yang berbeda dalam genbank dan dapat digunakan sebagai penegetahuan yang ekstensif tentangmaterial pemuliaan (Putri, 2010).
SSR dapat digunakan untuk mengkarakterisasi keragaan genetik tanaman kelapa sawit pada berbagai berbagai daerah di Afrika yang merupakan origin
spesieskelapa sawit. Oleh sebab itu, validasi keturunan hasil persilangan kelapa sawit,untuk mengetahui kebenaran tetua yang disilangkan dengan marka SSR, sehingga membantu proses perakitan varietas kelapa sawit unggul (Putri, 2010).
Pemanfaatan marka SSR pada kelapa sawit Origin Origin Avros, Ekona, La Me, Ghana danNigeria telah dilakukan oleh Putri(2010) yang menunjukkan bahwa nilaikeragaman molekuler sebesar 31.64%. Hasil penelitian ini memperlihatkannilai keragaman molekuler yang lebih tinggi.Artinya bahwa kamampuan marka SSR yang telah diuji memiliki kemampuan untukmenunjukkan adanya keragaman molekuler (Putri, 2010).
