• Tidak ada hasil yang ditemukan

Karakterisasi Molekuler pada Serangga Elaedobius kamerunicus Faust.(Coleoptera : Curculionidae) Asal Sumatera Utara Menggunakan Metode Amplified Fragment Length Polymorphism (AFLP)

N/A
N/A
Protected

Academic year: 2017

Membagikan "Karakterisasi Molekuler pada Serangga Elaedobius kamerunicus Faust.(Coleoptera : Curculionidae) Asal Sumatera Utara Menggunakan Metode Amplified Fragment Length Polymorphism (AFLP)"

Copied!
13
0
0

Teks penuh

(1)

KARAKTERISASI MOLEKULER PADA SERANGGA Elaeidobius kamerunicus Faust.

(Coleoptera: Curculionidae) ASAL SUMATERA UTARA MENGGUNAKAN METODE

Amplified Fragment Length Polymorphism (AFLP)

SKRIPSI

MHD. RIZA FAHLEVI

120301038

PROGRAM STUDI AGROEKOTEKNOLOGI

FAKULTAS PERTANIAN

(2)

KARAKTERISASI MOLEKULER PADA SERANGGA Elaeidobius kamerunicus Faust.

(Coleoptera: Curculionidae) ASAL SUMATERA UTARA MENGGUNAKAN METODE

Amplified Fragment Length Polymorphism (AFLP)

SKRIPSI

MHD. RIZA FAHLEVI

120301038

Skripsi Sebagai Salah Satu Syarat untuk Mendapatkan Gelar Sarjana Pertanian di Program Studi Agroekoteknologi Fakultas Pertanian

Universitas Sumatera Utara, Medan

PROGRAM STUDI AGROEKOTEKNOLOGI

FAKULTAS PERTANIAN

UNIVERSITAS SUMATERA UTARA

MEDAN

(3)

LEMBAR PENGESAHAN

Judul Skripsi : Karakterisasi Molekuler Pada Serangga

Elaedobius kamerunicus Faust.(Coleoptera : Curculionidae)

Asal Sumatera Utara Menggunakan Metode Amplified

Fragment Length Polymorphism (AFLP)

Nama : Mhd. Riza Fahlevi

NIM : 120301038

Program Studi : Agroekoteknologi

Disetujui Oleh : Komisi Pembimbing

Ketua Komisi Pembimbing Anggota Komisi Pembimbing

(4)

ABSTRAK

MHD. RIZA FAHLEVI. Karakterisasi Molekuler Pada Serangga Elaeidobius

kamerunicus Faust. (Coleoptera; Curculionidae) Asal Sumatera Utara Menggunakan Metode Amplified Fragment Length Polymorphism (AFLP). Di bawah bimbingan

DARMA BAKTI dan SUZANNA FITRIANY SITEPU.

Serangga Elaeidobius kamerunicus berasal dari Afrika dan diintroduksi ke Indonesia di Pusat Penelitian Kelapa Sawit, Marihat. Adanya perubahan gen Elaeidobius kamerunicus menjadi salah satu faktor yang mengurangi produksi minyak kelapa sawit di Sumatera Utara. Penelitian ini bertujuan mengetahui keragaman genetik Elaeidobius kamerunicus berdasarkan analisis molekuler dengan teknik Amplified Fragment Length Polimorphysm (AFLP) menggunakan 3 primer. Analisis keragaman menggunakan program MEGA Versi 6. Pohon filogenetik dikontruksi dengan cara ‘Neighbor - Joining Tree’. Hasil amplifikasi Amplified Fragment Length Polymorphism (AFLP) terhadap 42 sampel genom Elaeidobius kamerunicus dan 3 sampel genom Sitophilus oryzae sebagai kontrol menunjukkan adanya keragaman yang tinggi. Hasil analisis menunjukkan bahwa Elaeidobius kamerunicus secara genetik dapat dikelompokkan dalam dua kelompok besar , dan untuk genom Sitophilus oryzae membentuk satu kelompok besar. Kelompok A terdiri dari Elaeidobius kamerunicus yang terdapat di beberapa kabupaten di Sumatera Utara, sedangkan kelompok B terdiri dari Sitophilus oryzae yang terdapat di Kota Medan.

(5)

ABSTRACT

MHD. RIZA FAHLEVI.

Insect Molecular characterization Elaeidobius kamerunicus Faust. (Coleoptera; Curculionidae) Origin North Sumatra

Method Using Amplified Fragment Length Polymorphism (AFLP). Supervised by

DARMA BAKTI and SUZANNA FITRIANY SITEPU.

Elaeidobius kamerunicus insect originated in Africa and was introduced to

Indonesia in Palm Research Center, Marihat. The change of gene Elaeidobius kamerunicus be one of the factors that reduce the production of palm oil

in North Sumatra. This study aims to determine the genetic diversity of Elaeidobius

kamerunicus based molecular analysis techniques amplified fragment length polimorphysm (AFLP) using three primers. Analysis of variance using the program MEGA version 6. The phylogenetic tree constructed by means of 'Neighbor-Joining Tree'. Amplification product amplified fragment length polymorphism (AFLP) of

the 42 samples of genomic Elaeidobius kamerunicus and 3 samples of Sitophilus

oryzae genome as a control showed a high diversity. The analysis showed that Elaeidobius kamerunicus genetically can be grouped into two major groups, and to

the genome of Sitophilus oryzae form one large group. A group consisting of

Elaeidobius kamerunicus contained in several districts in North Sumatra, while

group B consists of Sitophilus oryzae contained in Medan.

Keywords : Elaeidobius kamerunicus, Genetic diversity, Amplified Fragment

(6)

RIWAYAT HIDUP

Penulis lahir di Medan, Provinsi Sumatera Utara pada tanggal 12 Juni 1995,

dari Ayahanda Hamzah, Amd dan Ibunda Sri Eka Lestari, SH. Penulis merupakan

anak pertama dari tiga bersaudara.

Penulis mengawali pendidikan formal di sekolah dasar pada tahun

2000-2006 di SD Negeri 064979 Medan. Pendidikan menengah pertama di tempuh dari

tahun 2006-2009 di SMP Negeri 7 Medan. Penulis menyelesaikan pendidikan

menengah atas di SMA Negeri 3 Medan dengan Jurusan IPA pada tahun

2009-2012.

Penulis melanjutkan pendidikan di Program Studi Agoekoteknologi

Fakultas Pertanian, Universitas Sumatera Utara melalui Seleksi Nasional Masuk

Perguruan Tinggi Negeri (SNMPTN) Jalur Undangan. Penulis melaksanakan

Praktik Kerja Lapangan (PKL) di PT. Satria Windu Seraya Rumbai, Pekanbaru Riau

pada tahun 2015.

Selain mengikuti perkuliahan, penulis menjadi anggota Himpunan

Mahasiswa Agroekoteknologi (HIMAGROTEK) dan menjadi Asisten Laboratorium

(7)

KATA PENGANTAR

Puji dan syukur penulis panjatkan kepada Allah SWT karena rahmat dan

karunia Nya sehingga penulis dapat menyelesaikan skripsi yang berjudul

Karakterisasi Molekuler Pada Serangga E. kamerunicus Faust. (Coleoptera: Curculionidae) Asal Sumatera Utara Menggunakan Metode Amplified Fragment Length Polimorphysm (AFLP)“. Skripsi ini diajukan sebagai salah satu syarat untuk dapat memperoleh gelar Sarjana Pertanian pada Program Studi

Agroekoteknologi Fakultas Pertanian Universitas Sumatera Utara.

Pada kesempatan ini penulis mengucapkan terimakasih kepada Ayahanda

Hamzah, Amd dan Ibunda Sri Eka Lestari, SH yang telah memberikan dukungan

moral maupun materil sehingga penulis dapat menyelesaikan skripsi ini. Penulis

juga mengucapkan terima kasih kepada Meirani Ritonga, S.Pi, dan Adik penulis

Mhd. Ichwanul Dwi Nugroho dan Andhara Luthfiah Prameswari yang telah

memberikan dukungan dan membantu penulis dalam menyelesaikan skripsi ini.

Ucapan terima kasih juga penulis sampaikan kepada Komisi Pembimbing

Prof. Dr. Ir. Darma Bakti, MS selaku Ketua dan Ir. Suzanna Fitriany Sitepu, M.Si

selaku Anggota yang telah memberikan bimbingan dan masukan yang berharga bagi

penulis dalam penyelesaian skripsi ini.

Terima kasih kepada Bapak Agus Eko Prasetyo selaku Kepala Bagian

Proteksi di Pusat Penelitian Kelapa Sawit, Marihat dan Ibu Sri Wening, Ph.d selaku

pembimbing penelitian di Laboratorium Biologi Molekuler, serta abang dan kakak

staf Laboratorium Biologi Molekuler yang telah memberikan ilmu dan pembelajaran

(8)

Terima kasih kepada Bayu Syahputra, SP dan seluruh teman-teman

seperjuangan di Jurusan Hama Penyakit Tumbuhan stambuk 2012 dan juga

teman-teman Agroekoteknologi 5 stambuk 2012 Program Studi Agroekoteknologi, terima

kasih juga penulis ucapkan kepada mahasiswa Jurusan Agroekoteknologi stambuk

2009-2011 yang telah memberikan masukan bagi skripsi ini, serta kepada berbagai

pihak yang telah banyak membantu penulis dalam menyelesaikan skripsi ini.

Penulis berharap semoga skripsi ini bermanfaat dalam pengembangan ilmu

pengetahuan khususnya dalam bidang Hama Penyakit Tumbuhan.

Medan, Desember 2016

(9)

DAFTAR ISI

Elaeidobius kamerunicus Faust. (Coleoptera : Curculionidae)... 5

DNA (Deoxyribonucleid acid)……….. 6

PCR (Polymerase Chain Reaction)... 8

AFLP (Amplified Fragment Length Polymorphism)... 9

BAHAN DAN METODE Waktu dan Tempat Penelitian... 11

Alat dan Bahan Penelitian ... 11

Metode Penelitian……….. 12

Pelaksanaan Penelitian ... 12

Pengoleksian Serangga Uji ... 12

Pengekstraksian DNA E. Kamerunicus... 12

Genotipe E. kamerunicus Berdasakan Amplified Fragment Length Polymorphism (AFLP) ... 13

Sekuensing Langsung Produk PCR ... 15

Analisis Keragaman Genetik E. kamerunicus... 15

(10)

Filogenetik E. Kamerunicus Berdasarkan Basa Nitrogen

Nukleotida... 16

HASIL DAN PEMBAHASAN Isolasi DNA ... 17

Elektroforesis Gel Agarose ... 18

Amplifikasi dan Genotyping ... 19

Analisis Keragaman Genetik E. kamerunicus Faust. ... 24

KESIMPULAN DAN SARAN Kesimpulan ... 30

Saran ... 31

DAFTAR PUSTAKA LAMPIRAN

(11)

DAFTAR GAMBAR

No. Teks Halaman

1. Kumbang Elaeidobius kamerunicus ... 6

2. Struktur double heliks DNA, dan komponen-komponen penyusunnya 7

3. Perbandingan prosedur PCR konvensional dan real time ... 9

4. Hasil Elektroforesis DNA hasil ekstraksi Elaeidobius kamerunicus

dan kutu beras (Sitophilus oryzae)……….. 18

5. Hasil Elektroforesis DNA hasil PCR tahap restriksi/ligasi sampel

Elaeidobius kamerunicus dan kutu beras (Sitophilus oryzae)………… 20

6. Hasil Elektroforesis DNA hasil PCR tahap pre-amplifikasi produk

ligasi sampel Elaeidobius kamerunicus dan kutu beras (S.oryzae)... 21

7. Hasil Elektroforesis DNA hasil PCR tahap selektif amplifikasi sampel

Elaeidobius kamerunicus dan kutu beras (Sitophilus oryzae). ... 22

8. Pohon filogenetik 42 sampel kumbang Elaeidobius kamerunicus dan 3

sampel kutu beras (Sitophilus oryzae) yang dianalisis berdasarkan software

(12)

DAFTAR TABEL

No. Teks Halaman

1.. Sampel Uji Yang Dipakai Dalam Penelitian... 12

2. Urutan Primer Yang Dipakai Dalam Penelitian Ini Didalam

Proses Amplifikasi dan Genotyping.. ...

19

3. Luas Areal dan Produksi Kelapa Sawit Perkebunan Rakyat

Menurut Kabupaten dan Keadaan Tanaman di Sumatera Utara,

(13)

DAFTAR LAMPIRAN

No. Teks Halaman

1. Alat dan Bahan Penelitian ... 35

2. Sampel E. kamerunicus dari beberapa kabupaten Sumatera Utara ... 40

3. Pengekstraksian DNA………. 43

4. Proses elektroforesis gel agarose DNA……….. 44

Referensi

Dokumen terkait

Bedasarkan penelitian dan pembahasan yang telah dilakukan terdapat perbedaan yang bermakna pada nilai D-dimer sebelum dan setelah mendapatkan terapi heparin

Berdasarkan hasil analisis dengan menggunakan Pedoman Teknis Penyelenggaraan Angkutan Penumpang Umum di Wilayah Perkotaan Dalam Trayek Tetap dan Teratur, maka Biaya

 Adalah setiap komponen dari solusi yang benar? Telah desain dan kode diperiksa?.. 4) Memeriksa hasil untuk akurasi (pengujian dan

Muhammad Amunuddin, dr., SpJP(K), FIHA, FAsCC selaku Ketua Program Studi saat saya memulai pendidikan dan saat ini selaku Ketua Departemen Ilmu Penyakit Jantung dan

Penggunaan kata “ لا ” bermakna “jangan” dalam Al-Qur’an dapat dikategorikan dalam tiga bidang kajian pendidikan Islam, yaitu: (a) Akidah terdapat 102 ayat, di

Birokrasi Nomor 18 Tahun 2017tentang Perubahan Atas Peraturan Menteri Pendayagunaan Aparatur Negara dan Reformasi Birokrasi Nomor 25 Tahun 2016 tentang Nomenklatur

Ragam hias yang sangat banyak dari suku Melayu Riau biasanya digunakan dalam ukiran dan kerajinan tangan, dalam penulisan ini berkosentrasi pada perancangan dan pengembangan

Bentuk silinder pada massa bangunan utama menciptakan ruang terbuka atau inner court di dalam yang menjadi area primer sedangkan bentuk silindernya sendiri menjadi area