• Tidak ada hasil yang ditemukan

Filogenetika Kemenyan Toba (Styrax sumatrana) Berdasarkan Sekuen DNA Kloroplas trnL-trnF

N/A
N/A
Protected

Academic year: 2017

Membagikan "Filogenetika Kemenyan Toba (Styrax sumatrana) Berdasarkan Sekuen DNA Kloroplas trnL-trnF"

Copied!
12
0
0

Teks penuh

(1)

FILOGENETIKA KEMENYAN TOBA (Styrax sumatrana)

BERDASARKAN SEKUEN DNA KLOROPLAS trnL-trnF

WIZA NONI FADILAH 131201163

PROGRAM STUDI KEHUTANAN

FAKULTAS KEHUTANAN

UNIVERSITAS SUMATERA UTARA

(2)

FILOGENETIKA KEMENYAN TOBA (

Styrax sumatrana

)

BERDASARKAN SEKUEN DNA KLOROPLAS

trnL-trnF

SKRIPSI

Oleh :

(3)

FILOGENETIKA KEMENYAN TOBA (

Styrax sumatrana

)

BERDASARKAN SEKUEN DNA KLOROPLAS trnL-trnF

SKRIPSI

Oleh :

WIZA NONI FADILAH 131201163/KEHUTANAN

Skripsisebagaisalahsatusyaratuntukmemperoleh Gelarsarjana di Fakultas Kehutanan

Universitas Sumatera Utara

PROGRAM STUDI KEHUTANAN

FAKULTAS KEHUTANAN

UNIVERSITAS SUMATERA UTARA

(4)

ABSTRACT

WIZA NONI FADILAH: Phylogeny of Kemenyan Toba (Styrax sumatrana) Inferred from trnL-trnF Chloroplast DNA Sequence. Supervised by ARIDA SUSILOWATI and

HENTI HENDALASTUTI RACHMAT.

Kemenyan toba (Styrax sumatrana) was kemenyan species that cultivated by local comunities in North Sumatra because of the high quality and quantity of the resin compared to others. In North Sumatra, kemenyan toba can be found in Humbang Hasundutan District, North Tapanuli, Pakpak Bharat, and Toba Samosir. Until now, genetic characterization of kemenyan toba in North Sumatra has not determinet yet, whereas it is important for future breeding and conservation efforts. Therefore, this research was conducted to analyze the phylogenetic relationship of kemenyan toba in North Sumatra and other kemenyan species in the world.

For the research, 10 individuals a sample of kemenyan toba was collected from each population in Humbang Hasundutan, North Tapanuli, and Pakpak Bharat. The leaf sample than stored in plastic bag containing silica gel. In laboratory, samples than extracted using CTAB (Cetyl Trimethyl Ammonium Bromide) method. DNA amplification was perform using PCR with annealing temperature 55 ° C. Sequence data analysis is done by using BioEdit software andphylogenetic tree raftingis using Mega 5.05. The results showed that there were genetic variation of kemenyan tobafrom 3 population dan divided the sequences into four haplotypes. It can be seen from the nucleotide polymorphism of the sequence. Phylogenetic tree analysis showed that Styrax sumatrana has the same monophyletic with Styrax suberifolius and Styrax chinensis with 63% bootstrap value.

(5)

ABSTRAK

WIZA NONI FADILAH: Filogenetika Kemenyan Toba (Styrax sumatrana) Berdasarkan Sekuen DNA Kloroplas trnL-trnF. Di bawah bimbingan ARIDA SUSILOWATI dan HENTI HENDALASTUTI RACHMAT.

Kemenyan toba (Styrax sumatrana) merupakan jenis kemenyan yang banyak diusahakan oleh masyarakat di Sumatera Utara karena kualitas dan kuantitas getahnya yang lebih baik jika dibandingkan dengan jenis lain. Di Sumatera Utara kemenyan toba dapat dijumpai di Kabupaten Humbang

Hasundutan, Tapanuli Utara, Pakpak Bharat, dan Toba Samosir. Sampai saat ini, karakterisasi genetika terhadap kemenyan toba di Sumatera Utara belum ada, padahal hal tersebut penting untuk usaha pemuliaan dan konservasi jenis dimasa mendatang. Oleh karenanya, penelitian ini bertujuan untuk menganalisis

hubungan filogenetik kemenyan toba di Sumatera Utara dan kemenyan lain didunia.

Untuk pelaksanaan penelitian, sebanyak 10 individu sampel diambil dari masing-masing populasi yang ada di Kabupaten Humbang Hasundutan, Tapanuli Utara, dan Pakpak Bharat. Sampel selanjutnya disimpan dalam kantong plastik kedap udara yang telah berisi silika gel. Setelah sampai laboratorium sampel daun tersebut selanjutnya diekstraksi dengan menggunakan metode CTAB (Cetyl Trimethyl Ammonium Bromide). Proses amplifikasi DNA dilakukan dengan menggunakan PCR dengan suhu annealing 55°C. Analisis data sekuens dilakukan dengan menggunakan perangkat lunak BioEdit dan perakitan pohon filogenetik dengan menggunakan Mega 5.0. Hasil penelitian menunjukkan bahwa terdapat variasi genetik kemenyan toba dari tiga populasi yang diuji dan membagi sekuen ke dalam empat haplotipe. Hal tersebut dapat terlihat dari polimorfisme basa pada sekuen. Analisis pohon filogenetik menunjukkan bahwa Styrax sumatrana memiliki monofiletik yang sama dengan Styrax suberifolius dengan Styrax chinensis yaitu dengan nilai bootstrap 63%.

(6)

RIWAYAT HIDUP

Penulisdilahirkan di kota Pematangsiantar pada tanggal 10 April 1996

daripasanganBapak Zadiansal dan Ibu Tiwi Sudarsari Batubara.

Penulismerupakananak pertama dari dua orang bersaudara.Pada tahun 2007

Penulis lulus dari SD Swasta Yayasan Perguruan Keluarga Pematangsiantar,

tahun 2010 lulus dari SMP Negeri 4Pematangsiantar dantahun 2013 lulus dari

SMA Negeri 2 Pematangsiantar. Tahun 2013 Penulismelanjutkankuliah di

Universitas Sumatera Utara (USU) Medan sebagai Mahasiswa di Program studi

Kehutanan Fakultas Pertanian melaluijalur ujian tertulis (SBMPTN).

Selain mengikuti perkuliahan, penulis aktif mengikuti kegiatan organisasi

sebagai koordianator divisi English Club dalamorganisasi Rain Forestdaritahun

2016-2017 di FakultasKehutanan, Universitas Sumatera Utara. Penulis melakukan

Praktik Pengenalan Ekosistem Hutan (P2EH) dikawasan hutan dengan tujuan

khusus (KHDTK) Aek Nauli pada tahun 2014.

PenulismelaksanakanPraktikKerjaLapangan (PKL) di Pusat Penelitian dan

Pengembangan Hutan Bagian Kerjasama Komatsu-FORDA Bogor pada tanggal 1

(7)

KATA PENGANTAR

Puji dan syukur penulis panjatkan kehadirat Allah SWT atas rahmat dan karunia-Nya Penulis dapat menyelesaikan skripsi yang berjudul : “Filogenetika Kemenyan Toba (Styrax sumatrana) Berdasarkan Sekuen DNA Kloroplas trnL-trnF”. Penulisan skripsi ini merupakan tugas akhir dalam pendidikan Strata-1 dan syarat untuk memperoleh gelar Sarjana pada Program Studi Kehutanan, Fakultas Kehutanan Universitas Sumatera Utara.

Penyusunan skripsi ini tidak terlepas dari bantuan, dukungan, dan bimbingan berbagai pihak. Oleh karena itu, penulis ingin mengucapkan terimakasih kepada:

1. Kedua orang tua, Bapak Zadiansal danIbu Tiwi Sudarsari, atasdukungandarisegimorilmaupunmaterilsertakasihsayang dan doa yang tulus.

Setiaphal yang diberikankedua orang tuakepadapenulismerupakansemangatdalamperjuanganmenyelesaikanskripsiini.

2. Ibu Dr. Arida Susilowati S.Hut., M.Si. dan Ibu Henti Hendalastuti Rachmat S.Hut., M.Si., P.hD selakuKomisiPembimbing yang senantiasa meluangkan waktu untuk membimbing dan memberikan ilmu, sertamemberikankritikdan saran terhadappenulisanskripsiini.

3. Rekantimpeneliti terutama Rini Ramadhani, Muhammad Alva Roby, Muhtar Ardansyah Munthe, Fifi Gus Dwiyanti, dan Bayquni Rangkuti yang telah membantu pelaksanaan dan meyumbangkansemangat serta kerjasama yang baiksaatpenelitian, sertateman-temanmahasiswa/iFakultasKehutanan USU khususnya di BudidayaHutanangkatan 2013.

(8)

senantiasamengalirtanpasepengetahuanpenulis. Terimakasihkepada orang-orang yang turutbersukacitaataskeberhasilanpenulismenyelesaikanskripsiini.

Penulis menyadari bahwa pembuatan skripsi ini masih jauh dari kesempurnaan baik dari segi materi maupun teknik penulisan. Oleh karena itu, penulis sangat mengharapkan kritik dan saran yang membangun dari para pembaca demi penyempurnaan skripsi ini. Semoga skripsi ini dapat bermanfaat dalam pengembangan ilmu pengetahuan, khususnya bidang kehutanan.

Medan, Mei 2017 Penulis

(9)

DAFTAR ISI

Halaman

ABSTRACT ... i

ABSTRAK ... ii

RIWAYAT HIDUP ... iii

KATA PENGANTAR ... iv

DAFTAR ISI ... vi

DAFTAR TABEL ... vii

DAFTAR GAMBAR ... viii

PENDAHULUAN Latar Belakang... ... 1

Tujuan Penelitian... ... 3

Manfaat Penelitian... ... 3

TINJAUAN PUSTAKA Taksonomi Pohon Kemenyan Toba ... 4

Morfologi Pohon Kemenyan ... 5

Manfaat Kemenyan ... 6

Habitat dan Penyebaran... 7

Penanda Molekuler... 8

DNA Kloroplas untuk Analisis Genetika Populasi ... 9

METODOLOGI PENELITIAN Waktu dan Tempat Penelitian ... 13

Alat dan Bahan ... 13

Prosedur Penelitian... 14

Sampel Daun ... 14

Ekstraksi DNA ... 14

Uji Kualitas DNA ... 15

Amplifikasi PCR ... 16

Sekuensing DNA ... 17

Analisis Data dan Analisis Sekuens ... 17

HASIL DAN PEMBAHASAN Ekstraksi dan Amplifikasi Sampel Daun ... 18

Sekuensing DNA ... 20

Karakterisasi Sekuens ... 21

(10)

KESIMPULAN DAN SARAN

Kesimpulan ... 31 Saran ... 31

(11)

DAFTAR TABEL

No. Halaman

1. Perbedaan jenis basa pada urutan nukleotida trnL-trnF

(12)

DAFTAR GAMBAR

No. Halaman

1. Bagian-bagian pada daerah trnL-trnF ... 10

Referensi

Dokumen terkait

Faktor utama yang mempengaruhi rentabilitas ekonomi adalah profit margin, yang menunjukkan efisiensi biaya perusahaan pada penjualan tertentu yaitu dengan membagi laba

Perubahan pulpa tersebut antara lain: kamar pulpa yang berkurang seiring dengan pembentukan dentin sekunder yang terjadi, peningkatan jumlah dan ketebalan serat

Hasil penelitian menunjukkan bahwa hambatan yang dihadapi dalam pelaksanaan dimensi Komunikasi Antar Organisasi Dan Aktivitas Pelaksana, baik dalam indikator

Dari analisis pengaruh motivasi kerja terhadap OCB dalam penelitian ini diketahui bahwa motivasi kerja berpengaruh positif dan signifikan terhadap OCB maka

Penelitian ini dilatarbelakangi oleh Implementasi Peraturan Daerah Kota Banjar Nomor 20 Tahun 2004 Tentang Ketertiban, Kebersihan dan Keindahan oleh Satuan Polisi

The Rainforest Alliance works to conserve biodiversity and ensure sustainable livelihoods by transforming land-use practices, business practices and consumer behavior. The

Pengetahuan dan keterampilan petugas dalam melakukan skoring sangat penting dalam pelaksanaan penjaringan suspek tuberkulosis anak, karena skoring adalah sistem

Perlakuan konsentrasi giberelin berpengaruh nyata terhadap parameter persentase potensi tumbuh, persentase benih mati dan indeks vigor. Interaksi lama pemanasan