ABSTRACT
WIZA NONI FADILAH: Phylogeny of Kemenyan Toba (Styrax sumatrana) Inferred from trnL-trnF Chloroplast DNA Sequence. Supervised by ARIDA SUSILOWATI and HENTI HENDALASTUTI RACHMAT.
Kemenyan toba (Styrax sumatrana) was kemenyan species that cultivated by local comunities in North Sumatra because of the high quality and quantity of the resin compared to others. In North Sumatra, kemenyan toba can be found in Humbang Hasundutan District, North Tapanuli, Pakpak Bharat, and Toba Samosir. Until now, genetic characterization of kemenyan toba in North Sumatra has not determinet yet, whereas it is important for future breeding and conservation efforts. Therefore, this research was conducted to analyze the phylogenetic relationship of kemenyan toba in North Sumatra and other kemenyan species in the world.
For the research, 10 individuals a sample of kemenyan toba was collected from each population in Humbang Hasundutan, North Tapanuli, and Pakpak Bharat. The leaf sample than stored in plastic bag containing silica gel. In laboratory, samples than extracted using CTAB (Cetyl Trimethyl Ammonium Bromide) method. DNA amplification was perform using PCR with annealing temperature 55 ° C. Sequence data analysis is done by using BioEdit software andphylogenetic tree raftingis using Mega 5.05. The results showed that there were genetic variation of kemenyan tobafrom 3 population dan divided the sequences into four haplotypes. It can be seen from the nucleotide polymorphism of the sequence. Phylogenetic tree analysis showed that Styrax sumatrana has the same monophyletic with Styrax suberifolius and Styrax chinensis with 63% bootstrap value.
Keywords: DNA, kemenyan toba, population genetics, trnL-trnF, phylogenetic.
ABSTRAK
WIZA NONI FADILAH: Filogenetika Kemenyan Toba (Styrax sumatrana) Berdasarkan Sekuen DNA Kloroplas trnL-trnF. Di bawah bimbingan ARIDA SUSILOWATI dan HENTI HENDALASTUTI RACHMAT.
Kemenyan toba (Styrax sumatrana) merupakan jenis kemenyan yang banyak diusahakan oleh masyarakat di Sumatera Utara karena kualitas dan kuantitas getahnya yang lebih baik jika dibandingkan dengan jenis lain. Di Sumatera Utara kemenyan toba dapat dijumpai di Kabupaten Humbang
Hasundutan, Tapanuli Utara, Pakpak Bharat, dan Toba Samosir. Sampai saat ini, karakterisasi genetika terhadap kemenyan toba di Sumatera Utara belum ada, padahal hal tersebut penting untuk usaha pemuliaan dan konservasi jenis dimasa mendatang. Oleh karenanya, penelitian ini bertujuan untuk menganalisis
hubungan filogenetik kemenyan toba di Sumatera Utara dan kemenyan lain didunia.
Untuk pelaksanaan penelitian, sebanyak 10 individu sampel diambil dari masing-masing populasi yang ada di Kabupaten Humbang Hasundutan, Tapanuli Utara, dan Pakpak Bharat. Sampel selanjutnya disimpan dalam kantong plastik kedap udara yang telah berisi silika gel. Setelah sampai laboratorium sampel daun tersebut selanjutnya diekstraksi dengan menggunakan metode CTAB (Cetyl Trimethyl Ammonium Bromide). Proses amplifikasi DNA dilakukan dengan menggunakan PCR dengan suhu annealing 55°C. Analisis data sekuens dilakukan dengan menggunakan perangkat lunak BioEdit dan perakitan pohon filogenetik dengan menggunakan Mega 5.0. Hasil penelitian menunjukkan bahwa terdapat variasi genetik kemenyan toba dari tiga populasi yang diuji dan membagi sekuen ke dalam empat haplotipe. Hal tersebut dapat terlihat dari polimorfisme basa pada sekuen. Analisis pohon filogenetik menunjukkan bahwa Styrax sumatrana memiliki monofiletik yang sama dengan Styrax suberifolius dengan Styrax chinensis yaitu dengan nilai bootstrap 63%.
Kata kunci: DNA, kemenyan toba, genetika populasi, trnL-trnF, filogenetika.
