Jou al of T opi al Biodi e sit a d Biote h olog
jou al ho epage: htp://jt .o .id
Filoge eik Je is
-
je is A o a eae dari Ja a Ti ur Koleksi Ke u
Raya Pur odadi Berdasarka
Codi g
da
No
-codi g
sekue DNA
De i A u Lesta i *, Rodi ai Az ia i gsih , He d ia
Pu odadi Bota i al Ga de LIPI, Jl. Ra a Su a a a–Mala g K . , Pu odadi, Pasu ua , Ja a Ti u
Depa t e t of Biolog , Fa ult of Mathe ai s a d Natu al S ie es, U i e sitas B a ija a, Mala g, Ja a Ti u Ci odas Bota i al Ga de LIPI, PO BOX. Sdl. Si da gla a, Cipa as, Cia ju , Ja a Ba at
*Co espo di g autho . Tel.: + . E ail: hu a g_dee@ ahoo. o.id, de i @lipi.go.id
A R T I C L E I N F O A B S T R A C T
A o a eae spe ies of Pu odadi Bota i Ga de olle io s f o East Ja a e ou te ed p o le s i spe ies ide ii aio ased o o phologi al ha a te s. I addiio , the u a aila ilit of ole ula data to suppo t ide ii aio ased o o phologi al ha a te s hi de s a u ate ide ii aio of spe ies. The ai of this esea h is to dis e ph loge ei of A o a eae spe ies f o East Ja a olle io s of Pu odadi Bota i Ga de ased o odi g a d o - odi g se ue e DNA. A o a eae spe ies used i this stud a e spe ies, i ludes outg oup f o fa il of Mag olia eae. Mate ials fo DNA a al sis e e ou g lea es hi h e e p o essed th ough DNA e t a io , DNA a plii aio th ough PCR te h i ue, DNA se ue i g a d data a al sis ith Ma i u Likelihood ML , Ma i u Pa si o MP a d Neigh ou-Joi i g NJ ethod a al sis. The esults sho that ph loge ei t ee is di ided i to t o su fa ilies, i.e. A o oideae a d Mal eoideae. The topolog of ph loge ei t ee f o th ee DNA ole ula a ke sho s that o - odi g se ue e DNA t L-F ole ula a ke has the est g oupi g of elaio ship a d e a le to e plai the elaio ship et ee spe ies of A o a eae tha L a d atK ole ula a ke as odi g se ue e DNA. Bootst ap alue of
t L-F t ee is e eak to high - % hile L is e eak to eak - % a d atK
t ee is high - % . A i le histo :
Re ei ed / /
Re ei ed i e ised fo / / A epted / /
Ke o ds: A o a eae
odi g DNA o - odi g DNA ph loge ei
. Pe dahulua
Ke u Ra a Pu odadi KRP adalah le aga
ko se asi e -situ a g e gkoleksi e agai je is tu uha
a ggota suku A o a eae a g e asal da i Kali a ta , Sula esi, Su at a Riau , Maluku Pulau Se a da Bu u , Papua, Nusa Te gga a da Ja a Ti u . Koleksi je is A o a eae a g e asal da i Ja a Ti u di KRP e iliki e e apa pe asalaha , dia ta a a ka akte ge e aif a idak sepe uh a u ul sehi gga e jadi ke dala u tuk ide iikasi je is e dasa ka ka akte o fologi, ada a a iasi pada e e apa je is te te tu se ta asih a ak a ju lah spesi e tu uha a g elu te ide iikasi hi gga i gkata je is. Be dasa ka pe asalaha te se ut, posisi
takso pada spesi e tu uha a g elu diketahui
ide itas a e jadi idak jelas. Me u ut a Heusde
, Kessle , P i a i , Bio e sit
I te aio al se ta Folo u so da Olo ode
e ataka ah a ide itas je is A o a eae e dasa ka ka akte o fologi dapat diketahui da i ka akte u ga da
uah a. Be e apa je is koleksi tu uha A o a eae di
KRP e gala i pe u gaa a u idak e hasil e jadi uah. Se e ta a itu, ide iikasi e dasa ka ka akte o fologi idak ukup elalui ka akte u ga saja tetapi juga ha us dise tai oleh ka akte uah. Hal i i a g e e a ka ke i gu ga dala e gu gkap ide itas je is a, sehi gga dipe luka a alisis hu u ga keke a ata elalui iloge eik.
Pe asalaha te se ut dapat diatasi de ga
elakuka a alisis hu u ga keke a ata elalui
iloge eik. Pe e tua je is e dasa ka pe dekata
iloge eik e pe i a gka i gkata e olusi da sa gat
DOI: . /jt .
suhu °C sela a deik, ekste si pada suhu °C sela a deik diula g se a ak siklus ; ekste si akhi pada suhu °C sela a e it.
. . . Sekue si g DNA
Sekue si g DNA dilakuka u tuk e getahui sekue DNA da i sa pel DNA hasil a pliikasi. Sa pel DNA
disekue si g e ggu aka auto ai se ue e a hi e di
La o ato iu st-Base, Mala sia.
. . . A alisa Data
E aluasi data sekue A o a eae e ggu aka
p og a ABI se ue e s a e u tuk e getahui kualitas
sekue DNA. Poho iloge eik dihasilka elalui p oses
alig e t e ggu aka p og a Clustal W, dila jutka
a alisis e dasa ka odel e olusi Ki u a pa a ete K P
de ga etode algo it a Neigh ou-Joi i g NJ , Ma i u
Likelihood ML da Ma i u Pa si o MP e ggu aka
p og a staisik MEGA . Ta u a dkk., ; Pat a dha
dkk., . Pe a di ga a ta a keiga etode algo it a
te se ut e ggu aka ilai ootst ap ula ga u tuk
e guji aliditas topologi da i poho iloge eik. Katego i
ilai ootst ap elipui i ggi ˃ % , ode at 0– % ,
le ah 0– % , atau sa gat le ah < % K ess dkk.,
.
. Hasil da Pe ahasa
Topologi poho iloge eik a g dapat dite i a dala iosiste aika apa ila e sifat o oileik, dikoto , idak
ada polito i, e iliki ilai ootst ap a g i ggi se ta klad
Ta el . Je is-je is A o a eae koleksi KRP da i Ja a Ti u Lesta i i dkk.,
No Je is No voucher Lokasi Asal
A o a sp. P IV.A.I. Ja a Ti u
Sa opetalu ho sieldii Be . P XVIII.C. P igi, T e ggalek
A o ia thus dul is Du . J. Si el P XVIII.C. Pulau Ba ea
Mit epho a pol p e a Blu e Mi P XVIII.C. Mt. Kukusa , Lu aja g
A ta ot s lu ei Hook.f. & Tho so P XVIII.C. Se da g i u, Mala g
Stele ho a pus u ahol Blu e Hook.f. & Tho
-so P XVIII.C. Co ek, Pu odadi
Pol althia late ilo a Blu e Ki g P XVIII.C. Situ o do
Mit epho a ei ulata Blu e Hook.f. & Tho so P XVIII.C. Pulau Se pu
U a ia s hizo al Ba k. P XVIII.C. Ba u a gi
Popo ia sp. P XVIII.C. Pulau Se pu
O ophea e ea d a Blu e P XVIII.C. Me u Bei i, Ba u a gi
O ophea e ea d a Blu e P XVIII.C. Le akha jo, Mala g
A o a u i ata L. P XVIII.C. La a g, Mala g
Fissisig a laifoliu Du . Me . P XVIII.C. Tu a
A ta ot s u i atus La . Me . P XVIII.C. Ngli ep, Mala g
Mit epho a sp. P XVIII.C. Ba u a gi
Mit epho a ja a i a Ba k P XVIII.C. Tu pak, Mala g
U a ia o a a Teijs . & Bi . P XVIII.C. Blita
O it a sp. P XVIII.C. Tu pak, Mala g
U a ia ufa Blu e P XVIII.C. TN. Balu a , Situ o do
Pseudu a ia ei ulata Blu e Me . P XVIII.C. Te pu sa i, Lu aja g
U a ia pu pu ea Blu e P XVIII.C. Jolo Sut o, Blita
Pol althia sp. P XVIII.C. Su e ep, Madu a
O ophea e ea d a Blu e P XVIII.E. Te pu sa i, Lu aja g
O ophea he a d a Blu e P XVIII.E. Ba u a gi
Miliusa a opoda Mi . P XVIII.E. TN. Alas Pu o, Ba u a gi
Meiog e li d o a pa Bu k Ba k. P XVIII.E. TN. Balu a , Situ o do
Meiog e li d o a pa Bu k Heusde P XIX.B.I. TN. Alas Pu o, Ba u a gi
Mag olia a dolli Blu e H.Ke g P XVIII.D.II. Le akha jo
a g te e tuk ko siste da kokoh. Kelo pok o oileik
ha a e pu ai satu leluhu da selu uh ketu u a a
e asal da i leluhu te se ut. Hal i i e e a ka a
ggota-a ggotggota-a dggota-alggota-a kelo pok o oileik diggota-a ggggota-ap e iliki hu u ga a g sa gat dekat se ta diasu sika e a a sifat atau pola ge eik da ioki ia a g sa a Hida at da
Pa o o, ; Raha u da Nug oho, .
Topologi poho iloge eik a g dihasilka da i keiga
etode a alisis Ga a aik odi g da o - odi g
sekue DNA e u jukka ah a te dapat pe agia poho
iloge eik dala klad esa aitu su -suku Mal eoideae
klad I da A o oideae klad II . Klad I te di i da i a ggota da i t i us Miliuseae, seda gka klad II te di i da i a ggota
t i us X lopiae, A o eae da U a iae. Su -suku
A o oideae te golo g dala Lo g B a h Clades LBC a g
e ep ese tasika % da i di e sitas je is A o a eae. Su -suku Mal eoideae e upaka siste da i su -suku
A o oideae da e ep ese tasika % da i di e sitas
je is A o a eae, sehi gga te golo g dala Sho t B a h
Clades SBC . Basal g ades da siste da i kedua su -suku
te se ut adalah su -suku A a ioideae da
A a ago eoideae Ri ha dso dkk., ; Pi ie da Do le,
; Chat ou dkk., .
Be dasa ka e aluasi da i ilai ootst ap pada seiap
kladog a e u jukka ah a odi g sekue DNA L
e iliki kisa a ilai ootst ap a g le ah hi gga sa gat
le ah - % da atK e iliki kisa a ilai ootst ap
a g i ggi - % . Seda gka o - odi g sekue DNA
t L-F e iliki ilai ootst ap a g sa gat le ah - %
hi gga i ggi % . Se a a u u , ilai ootst ap a g
i ggi ditu jukka oleh kelo pok LBC da i su -fa ili
A o oideae khusus a e ggu aka pe a da olekule DNA L a d t L-F Ri ha dso dkk., .
Ga ar . Kladog a je is-je is A o a eae te pilih e dasa ka etode a alisis A Ma i u Pa si o , B Ma i u Likelihood, C
Ras o i, S., , Spe ies o epts: h phe ei o
ph loge ei ?, Flo i u da , - .
Ri ha dso , J.E., Chat ou, L.W., Mols, J.B., E ke s, R.H.J. &
Pi ie, M.D., , Histo i al iogeog aph of t o
os opolita fa ilies of lo e i g pla ts:
A o a eae a d Rha a eae, Philosophi al
T a sa io s of The Ro al So iet B: Biologi al
S ie es , - . DOI: . /
st . . .
Su, Y.C.F., S ith, G.J.D. & Sau de s, R.M.K., , Ph loge
of the asal a giospe ge us Pseudu a ia
A o a eae i fe ed f o i e hlo oplast DNA
egio s, ith i te p etaio of o phologi al
ha a te e oluio , Mole ula Ph loge ei s a d
E oluio , - .
Ta u a, K., Pete so , D., Pete so , N., Ste he , G., Nei, M. &
Ku a , S., , MEGA : Mole ula e oluio a
ge ei s a al sis usi g a i u likelihood,
e oluio a dista e a d a i u pa si o
ethods, Mole ula Biolog a d E oluio ,
- .
Ta g, C.C., Tho as, D.C. & Sau de s, R.M.K., a,
Mole ula ph loge ei s of the spe ies-i h
a giospe ge us Go iothala us A o a eae
i fe ed f o i e hlo oplast DNA egio s:
s apo o phies a d putai e o elated
e oluio a ha ges i f uit a d seed o pholog , Mole ula Ph loge ei s a d E oluio , - .
Ta g, C.C., Tho as, D.C. & Sau de s, R.M.K., ,
Mole ula a d o phologi al data suppo i g
ph loge ei e o st u io of the ge us
Go iothala us A o a eae , i ludi g a easses e t of p e ious i f age e i lassii aio s, Data i B ief , - .
Va Heusde , , Flo e s of A o a eae: o pholog ,
lassii aio a d e oluio , BLUMEA Supple e t ,
- .
Watoo, J.I., Salee , M.)., Shahzad, M.S., A if, A., Ha eed, A.
& Salee , M.A., , DNA a odi g: a plii aio
a d se ue e a al sis of L a d atK ge o e
egio s i th ee di e ge t pla t spe ies, Ad a e e ts i Life S ie es , - .
You g, N.D. & de Pa philis, C.W., , Pu if i g sele io
dete ted i plasid ge e atK a d la ki g i oz e
egio s ithi a g oup II i t o of o photos thei
pla ts, Mole ula Biolog a d E oluio ,
- .
)hou, L., Su, Y.C.F. & Sau de s, R.M.K., , Mole ula
ph loge ei suppo t fo a oade deli itaio of U a ia A o a eae , i lusi e of A o ia thus, C athoste a, Ellipeia, Ellipeiopsis a d Rau e hoia, S ste ai s a dBiodi e sit , - .
)hou, L., Su, Y.C.F., Chale gli , P. & Sau de s, R.M.K., ,
Mole ula ph loge ei s of U a ia A o a eae :
elaio ships ith Balo ga, Daso le a a d
Aust alia spe ies of Melodo u , Bota i al Jou al
