ANALISAAspergillusfumigatus DENGAN MENGGUNAKAN
POLYMERASE CHAIN REACTION (PCR) DAN KULTUR
PADA SPUTUM PENDERITA BATUK KRONIS
TESIS
Oleh
ISRA THRISTY
097008004/BM
PROGRAM STUDI MAGISTER ILMU BIOMEDIK
FAKULTAS KEDOKTERAN
UNIVERSITAS SUMATERA UTARA
MEDAN
ANALISAAspergillusfumigatus DENGAN MENGGUNAKAN
POLYMERASE CHAIN REACTION (PCR) DAN KULTUR
PADA SPUTUM PENDERITA BATUK KRONIS
TESIS
DiajukanSebagai Salah Satu Syarat
MemperolehGelar Magister Biomedik
dalam Program Studi Magister IlmuBiomedik
padaFakultasKedokteranUniversitas Sumatera Utara
Oleh
ISRA THRISTY
097008004/BM
PROGRAM STUDI MAGISTER ILMU BIOMEDIK
FAKULTAS KEDOKTERAN
UNIVERSITAS SUMATERA UTARA
MEDAN
Judul Tesis : ANALISAAspergillusfumigatus DENGAN MENGGUNAKAN POLYMERASE CHAIN REACTION (PCR) DAN KULTUR PADA SPUTUM PENDERITA BATUK KRONIS
Nama : ISRA THRISTY
Nomor Induk mahasiswa : 097008004
Program Studi :ILMU BIOMEDIK
Menyetujui, Komisi Pembimbing
( dr. YahwardiyahSiregar, Phd ) (
Ketua Anggota
dr. WidiRahardjo, Sp.P(K))
Ketua ProgramStudiBiomedik Dekan
(dr.Yahwardiyah Siregar, Phd) (Prof.Dr. Gontar A Siregar, Sp.PD,KGEH NIP. 19550807 198503 2 001 NIP. 19540220 198011 1 001
)
Telah diuji pada tanggal : 04 April 2013
_________________________________________________________________
Panitia Penguji Tesis
Ketua : dr. Yahwardiah Siregar, Ph.D Anggota : 1. dr. Widi Rahardjo S, Sp.P (K)
ABSTRAK
Batuk karena iritasi pada mukosa bronkus dapat disebabkan oleh peradangan, baik oleh bakteri, virus, dan jamur disertai dengan mukus yang banyak. Batuk akibat infeksi jamur pada paru selama ini masih merupakan penyakit yang relatif jarang dibicarakan. Bertambahnya kecepatan tumbuh jamur adalah sebagai akibat penggunaan antibiotik berspektrum luas, kombinasi dari berbagai antibiotik, serta penggunaan kortikosteroid, obat imunosuppressif lainnya dan penggunaan sitostatika, penggunaan alat-alat kesehatan invasif, juga terdapatnya faktor predisposisi yaitu penyakit kronik yang berat termasuk penyakit keganasan. Diketahui ada beberapa spesies jamur sistemik yang dapat menginfeksi manusia namun penyebab infeksi paru-paru 90% adalah Aspergilus fumigatus. Penggunaan Polymerase Chain Reaction (PCR) untuk mendeteksi DNA jamur merupakan diagnostik yang optimal karena memiliki potensial lebih sensitif dari metode kultur pada berbagai spesimen. Tujuan penelitian ini adalah untuk menganalisa Aspergillus fumigatus dengan menggunakan PCR dan kultur pada sputum penderita batuk kronis.
Penelitian ini menggunakan 51 sampel sputum penderita batuk kronis yang berasal dari Rumah Sakit Haji Adam Malik Medan, diteliti dengan metode deskriptif cross-sectional. Sputum diperiksa dengan menggunakan metode PCR dan dilakukan kultur sebagai gold standard pemeriksaan jamur.
Hasil penelitian dari 51 sampel, didapati pemeriksaan PCR positif 34 sampel (66,67%), pemeriksaan PCR negatif 17 sampel (33,33%). Pada hasil kultur dijumpai kultur positif 29 sampel (56,86%), dan kultur negatif 22 sampel (43,14%). Semua hasil PCR positif memberikan kultur positif juga.
Kesimpulan dari hasil penelitian ini lebih banyak ditemukan DNA Aspergillus fumigatus pada penderita batuk kronis dengan menggunakan PCR daripada kultur, maka penyakit jamur tidak bisa dianggap remeh. Pemeriksaan PCR dapat dipergunakan sebagai salah satu pemeriksaan jamur yang cepat, karena tidak perlu menunggu hasil kultur yang lebih lama.
ABSTRACT
Cough due to irritation of the bronchial mucosa could caused by inflammation, either by bacteria, viruses, and fungi along with a lot of mucus. Cough caused by fungal infection to the lungs is rare discussed. Fungal growth could be faster as a result of the use of broad-spectrum antibiotic or combination of antibiotics, corticosteroids or other imunosuppressif drugs, sitostatika, and the use of invasive medical devices, also the presence of predisposing factors like severe chronic diseases, and malignancy diseases. There are some fungal species that can infect humans but causes of the lung infections 90% are Aspergilus fumigatus. Using Polymerase chain Reaction (PCR) to detect fungal DNA was optimal diagnostic because it has potentially more sensitive than culture methods on a variety of specimens. The purpose of this study was to analize the presence of Aspergillus fumigatus using the PCR and culture method in sputum of the chronic cough’s patients.
Samples of this study was 51 patients from Haji Adam Malik Hospital in Medan were examined cross-sectional descriptive method. Sputum examined using PCR and cultures as well taken as a gold standard fungal intention.
The results were 34 were found positive PCR samples (66.67%), negative PCR 17 samples (33.33%). In cultures found positive culture results 29 samples (56.86%), and negative cultures 22 samples (43.14%). All positive PCR results provide a positive culture as well.
The conclusions of this research are found much more Aspergillus fumigatus DNA in patients sputum with chronic cough using the PCR method rather than culture, so the fungal disease can not be underestimated. PCR can be used as a fast, because they do not need to wait for culture results that much more longer.
KATA PENGANTAR
Puji syukur kehadirat Allah SWT atas berkat dan rahmatNYA sehingga penulis dapat menyelesaikan penelitian yang berjudul,”Analisa Aspergillus fumigatus dengan Menggunakan Polymerase Chain Reaction (PCR) dan Kultur Pada Sputum Penderita Batuk Kronis”.
Tesis ini merupakan salah satu persyaratan dalam memperoleh gelar Magister Ilmu Biomedik, di Fakultas Kedokteran Universitas Sumatera Utara.
Dengan selesainya tesis ini, Penulis mengucapkan terima kasih yang sebesar-besarnya kepada :
Rektor Universitas Sumatera Utara, Prof. Dr. dr. Syahril Pasaribu, DTM&H, M.Sc (CTM), Sp.A(K), dan seluruh jajarannya atas kesempatan dan fasilitas yang diberikan untuk mengikuti dan menyelesaikan pendidikan program Magister ilmu Biomedik, di Fakultas Kedokteran Universitas Sumatera Utara.
Dekan Fakultas Kedokteran Universitas Sumatera Utara, Prof.dr. Gontar A.Siregar, Sp.PD,KGEH dan Ketua Program Studi Biomedik, dr. Yahwardiah Siregar, Ph.D, atas kesempatan dan fasilitas yang diberikan untuk mengikuti dan menyelesaikan pendidikan program Magister ilmu Biomedik Fakultas Kedokteran Universitas Sumatera Utara.
Rasa terima kasih yang tak terhingga dan penghargaan yang setinggi-tingginya disampaikan kepada dr. Yahwardiah Siregar, Ph.D dan dr. Widi Rahardjo, Sp.P(K) sebagai komisi pembimbing, yang dengan penuh perhatian dan kesabaran telah mengorbankan waktu untuk memberikan dorongan, bimbingan, semangat, bantuan serta saran-saran yang bermanfaat kepada Penulis mulai dari persiapan penelitian sampai pada penyelesaian tesis ini.
Ucapan terima kasih penulis kepada seluruh Staf Pengajar Ilmu Biomedik khususnya bidang ilmu Biokimia yang telah membimbing penulis selama mengikuti program studi ini.
Kepada Dekan FK-UISU, beserta jajarannya yang telah memberikan dana kepada penulis untuk kelangsungan pendidikan program studi pascasarjana ini.
Rama Siregar yang telah membesarkan dan memberikan kasih sayang, do’a serta semangat dan dorongan kepada penulis dalam menjalani program studi ini.
Tesis ini khusus penulis persembahkan kepada suami tercinta Fakhrul Agung, SE, yang memberikan dorongan dan semangat kepada penulis untuk menyelesaikan program studi ini. Kepada putra tercinta Nizam Raffa Al-Rasyid dan Bima Faiz Alfarizqi, terima kasih atas senyuman dan tawa yang membuat semangat dalam menyelesaikan pendidikan ini, dan mohon ma’af kepada ananda atas waktu kebersamaan yang hilang.
Terimakasih yang sebesar-besarnya kepada kakanda tersayang Sari Agustien, SE dan Vinny Dwi Astuty, SE (Ak) serta adinda Putri Anggraini, Ak dan keponakan-keponakan yang selalu memberikan semangat dan dorongan untuk segera menyelesaikan tesis ini.
Terima kasih juga kepada seluruh rekan-rekan yang telah memberikan semangat, bantuan dalam menyelesaikan tesis ini.
Penulis menyadari bahwa hasil penelitian ini masih perlu mendapat koreksi dan masukan untuk kesempurnaan. Oleh karena itu Penulis berharap adanya kritik serta saran untuk penyempurnaan tulisan ini. Semoga penelitian ini bermanfaat bagi kita semua. Amin.
Medan, April 2013
DAFTAR ISI
BAB I PENDAHULUAN
1.1 Latar Belakang... 1
1.2 Identifikasi Masalah ... 7
1.3 Tujuan Penelitian ... 7
1.4 Manfaat Penelitian ... 8 BAB II TINJAUAN PUSTAKA 2.1 Mikosis Paru... 9
2.1.1 Mikosis Oportunistik... 10
2.1.2 Patogenesis... 11
2.1.3 Diagnosa Mikosis Paru... 13
2.1.4 Tekhnik Pengambilan Bahan Pemeriksaan... 16
2.2 Aspergillosis... 18
2.2.1 Morfologi dan Identifikasi... 19
2.2.2 Patogenesis... 20
2.2.3 Mikotoksin... 21
2.2.4 Gambaran Klinis... 22
2.2.5 Uji Diagnostik Laboratorium... 26
2.2.6 Pengobatan... 30
2.3 Polymerase Chain Reaction (PCR) ……… 31
2.4 Elektroforesis……… 33
BAB III METODOLOGI PENELITIAN 3.1 Desain Penelitian... 35
3.2 Tempat dan Waktu... 35
3.3 Populasi dan Sampel... 35
3.3.1 Populasi Penelitian... 35
3.3.2 Sampel Penelitian... 35
3.4 Kriteria inklusi dan eksklusi... 36
3.4.1 Kriteria inklusi... 36
3.4.2 Kriteria eksklusi... 36
3.5 Keraangka Konsep... 37
3.6 Variabel Penelitian... 37
3.7 Defenisi Operasional... 38
3.8 Alat dan Bahan... 39
3.10 Tekhnik Analisa Data... 46
3.11 Kerangka Kerja... 46
BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN 4.1 Hasil Penelitian... 47
BAB V KESIMPULAN DAN SARAN
5.1 Kesimpulan ... 56 5.2 Saran ... 57
DAFTAR TABEL
Nomor Judul Halaman
2.1 Spektrum Aspergillosis pada saluran pernapasan bawah 30
DAFTAR GAMBAR
Nomor Judul Halaman
2.1
Gambaran mikroskopis Aspergillus fumigatus. 20 2.2
Gambaran Aspergilloma pada paru 24 2.3 Spektrum klinis yang dihasilkan akibat terhirupnya spora
aspergillus
26
3.1
Kerangka Konsep 37
3.2
Lokasi Pasangan Primer hasil amplifikasi PCR 43 3.3
Kerangka Kerja Penelitian 46 4.1 Analisis DNA Produk PCR Aspergillus fumigatus
menggunakan elektroforesis gel agarosa (sampel A1-A5)
48 4.2 Analisis DNA Produk PCR Aspergillus fumigatus
menggunakan elektroforesis gel agarosa (sampel A5-A16)
49
4.3 Analisis DNA Produk PCR Aspergillus fumigatus
menggunakan elektroforesis gel agarosa (sampel A17-A29)
49 4.4 Analisis DNA Produk PCR Aspergillus fumigatus
menggunakan elektroforesis gel agarosa (sampel A30-A42)
50 4.5 Analisis DNA Produk PCR Aspergillus fumigatus
menggunakan elektroforesis gel agarosa (sampel A43-A51)
50
4.6 Hasil Kultur Positif mengandung Jamur Aspergillus fumigatus
51 4.7 Hasil Kultur Negatif tidak mengandung Jamur Aspergillus
fumigatus
DAFTAR SINGKATAN
ABPA : Allergic BronchopulmonaryAaspergillosis AIDS : Acquired Immunodeficiency Syndrome BAL : Broncho Alveolar Lavage
BMT : Bone Marrow Transplantation CDC : Centers for Disease Control CMV : Citomegalo Virus
CNA : Chronic Necrotising Aspergillosis CT : Computerized Tomography DM : Diabetes Melitus
DNA : Deoxyribonucleotide Acid
ELISA : Enzyme-linked immunosorbent Assay HIV : Human immunodeficiency virus ID : Immunodiffusion
IPA : invasive pulmonary aspergillosis KOH : Potassium Hydroxida
PAS : Periodic Acid Schiff
PCR : Polymerase Chain Reaction
PPOM : Penyakit Paru Obstruktif Menahun (Kronik) RNA : Ribonucleotide Acid
RS : Rumah Sakit
DAFTAR LAMPIRAN
Nomor Judul Halaman
1 Daftar Riwayat Hidup 62
2 Lembar penjelasan kepada calon subjek penelitian 63 3 Lembar persetujuan setelah penjelasan (PSP) 65
4 Ethical clearence 66
5 Surat izin penelitian di RS H.Adam Malik Medan 67
