PENUGASAN PRAKTIKUM NUTRACEUTICAL MATERI UJI IN SILICO DAN VISUALISASI
2023
Praktikan mengerjakan pengujian in Silico dan Visualisasi yang mencakup beberapa hal sebagai berikut:
4.1 Hasil Visualisasi
4.1.1 Visualisasi 2D dan 3D
(Visualisasi 2D, yaitu LigPlot dan visualisasi 3D meliputi Discovery Studio dan PyMoL).
*2 terbaik* (2 Ligand Uji dengan nilai Binding Affinity Terendah) dan 1 Kontrol Positif → Terdapat 4 Visualisasi (2 dari Discovery Studio, 1 PyMoL dan 1 dari LigPlot).
AZOXYSTROBIN ACID Discovery studio 1F6W
PYMOL 1F6W
LigPLOT 1F6W
Bezafibrate Discovery Studio 1DQ9
PyMOL
LigPLOT
Simvastatin Discovery Studio 1F6W
PyMOL
LigPLOT
4.1.2 Jenis Ikatan dan Interaksi Residu Asam Amino Ligan-Reseptor (Jenis- jenis ikatan, bentuk/jenis interaksi seperti apa & residu asam amino yang terlibat apa saja, serta jarak (Å) (beserta interpretasi) data diambil
berdasarkan sumber dari Aplikasi LigPlot.
No Ligand Ikatan Jarak (Å) Residu
Asam Amino 1 Azoxystrobin
acid_1F6W
Leu224(A) 2.71 PHE351(A) THR354(A) VAL391(A) TRP522(A) VAL395(A) TYR526(A) PRO396(A) LEU527(A) ILE399(A) PRO226(A)
LEU282(A) 2. Azoxystrobin
acid_1DQ9
Ser493(A) Arg496(A) Tyr514(A)
2,93 3,33 2,79
GLN497(A) SER500(A) LEU509(A) GLN510(A) PRO513(A) LEU512(A) TYR511(A) ARG515(A) 3. Bezafibrate_1DQ9 Arg568(A) 3,09 HIS752(A)
CYS561(A) SER565(A) ALA856(A) LEU862(A) ALA564(A) HIS861(A) SER865(A) LEU853(A) 4. Bezafibrate_1F6W Ala108(A) 3,24 GLY116(A)
Ser194(A) Ala117(A) Tyr125(A)
3,83 3,04 3,09
MET111(A) GLY112(A) TYR105(A) GLY107(A) LEU392(A) LEU282(A) PHE324(A) TRP227(A) PHE393(A) 5. Carbetamide_1DQ9 Ser852(A)
His861(A)
2,77 3,00
SER565(A) ALA856(A) CYS561(A) LEU853(A) LEU862(A) SER865(A) ARG568(A) 6. Carbetamide_1F6W Ala108(A) 3,33 TYR125(A) ILE439(A) HIS435(A) GLU193(A) GLY106(A) GLY107(A) SER194(A) PHE324(A) TRP227(A) PHE393(A) 7. Acetochlor_1DQ9 Gln814(A) 2,86 LEU811(A) VAL522(A) GLY532(A) VAL530(A) TYR533(A) MET534(A) TYR517(A)
8. Acetochlor_1F6W -- - PHE351(A)
VAL391(A) TRP522(A) 9.TYR526(A)
PRO396(A)
VAL395(A) LEU527(A) LEU224(A) PRO226(A) 9. Simvastatin_1DQ9 Gly532(A) 3,02 CYS527(A) LEU811(A) TYR517(A) VAL530(A) GLN814(A) PRO535(A) PRO813(A) VAL538(A) MET534(A) ILE536(A) ILE762(A) TYR533(A) CYS526(A) VAL522(A) TYR533(A) 10. Simvastatin_1F6W Asp299(A) 2,91
3,11
Pro226(A) TRP522(A) LEU527(A) TYR526(A) ILE301(A) ILE399(A) ILE299(A) LEU224(A) LYS231(A)
4.1.3 Uji Toksisitas
(Interpretasi Predicted LD50 & Predicted Toxicity Class) > https://tox new.charite.de/protox_II/ ( Perbandingan 2 Ligan Uji yang Terbaik dengan 1 kontrol positif).
No Ligand Predicted LD50 Predicted
Toxicity Class
1. Azoxystrobin acid 1190mg/kg 4
2. Bezafibrate 1190mg/kg 4
3. Simvastatin 1190mg/kg 4
4.1.4 Bioavailibilitas (SWISS ADME)
(Interpretasi GI Absorption) > http://www.swissadme.ch/ (2 Ligan Uji yang Terbaik dengan 1 kontrol positif).
No Ligand GI Absorption
1. Azoxystrobin acid High
2. Bezafibrate High
3. Simvastatin High
4.2 Uji In Silico
4.2.1 Lipinski Rule of Five
(Jelaskan pengertian website Lipinski dan berikan interpretasi terkait data 2 ligand terbaik yang akan dianalisa).
Ligand Rumus Molekul
Berat Molekul
Nilai LogP
Jumlah Ikatan
Hydrog en Donor
Jumlah Ikatan
Hydrog en Aksept or
Refrak si Mol
Azoxystr obin acid
C21H15N3
O5
389 dalton
4,00477 8
1 8 102,4007
87 Bezafibr
ate
C19H20CI NO4
361,5 dalton
3,55450 0
2 5 96,27397
2
Simvasta tin
C25H38O5 418 dalton
4,58559 9
1 5 115,4547
50
4.2.2 Binding Affinity
(Berikan penjelasan tentang pengertian binding affinity dan interpretasikan 2 ligand terbaik berdasarkan hasil analisan binding affinitasnya).
No Ligan BINDING AFFINITY
1DQ9 1F6W
1. Azoxystrobin acid
-6,9 -8,6
2. Bezafibrate -6,9 -8,5
CATATAN :
1. Setiap praktikan mengerjakan 1 ligand yang berbeda dan di-docking dengan 2 reseptor berbeda, sehingga semua praktikan mendapat data hasil docking sebanyak 40 docking.
2. Jangan lupa untuk menyertakan database dan sitasi dari PyRx, Pro-Tox Prediction, dan Swiss Adme yang telah di Screenshot selama proses praktikum berlangsung.
3. Dikerjakan pada lembar HVS DENGAN MARGIN 4333 menggunakan BOLPOIN HITAM. (Format Lembar Pengerjaan Sudah Disediakan). 4.
Laporan dikumpulkan paling lambat Hari Senin, 25 September 2023 pukul 06.00 WIB (Sebelum Memasuki Laboratorium Basah).
5. Diusahakan untuk mengerjakan laporan MINIM adanya STIPO/CORETAN.
Tidak diperkanankan mengerjakan laporan pada lembar yang SOBEK/BASAH/KOTOR, agar laporan dapat dibaca dengan jelas dan akurat.
6. Tidak diperbolehkan adanya laporan terusan (Laporan tempel dan lain sebagainya).
7. TIDAK BOLEH Mengerjakan laporan praktikum di dalam kelas dan atau pada saat proses perkuliahan (ada dosen).
8. Praktikan yang TIDAK HADIR selama rangkaian praktikum tanpa alasan yang jelas dan bukti izin, maka TIDAK DIIZINKAN mengikuti pos test dan UAP.
9. Tidak diperkenankan mengoperasikan alat elektronik di luar kepentingan praktikum.
10. Saat asistesi baik asistensi pertama hingga fixasi, TIDAK BOLEH DIWAKILKAN. Kecuali izin dengan alasan yang jelas beserta bukti izin yang akurat.
11. Sertakan jurnal pendukung dalam bentuk screenshot pada bagian judul sampai asbtrak saja. Kemudian, letakkan pada lampiran laporan praktikum dan di bawah screenshot nya diberi sitasi jurnal yang berkaitan.
Contoh :
LIGAND DAN RESEPTOR/PROTEIN MATERI UJI IN SILICO PRAKTIKUM MK NUTRACEUTICAL HASIL
PERIKANAN
Senyawa Aktif Cuka Buah Mangrove Pedada (Sonneratia alba) A.
Anti-kolestrol
No. Ligand Reseptor
1 Bezafibrate Human HMG-COA Reductase (PDB ID 1DQ9)
&
Cholesterase Esterase Enzyme (PDB ID 1F6W) 2 Azoxystrobin acid
3 Carbetamide
4 Acetochlor
5 Simvastatin (Kontrol Positif)
B. Anti Hiperglikemik
No. Ligand Reseptor
1 Mefruside Human Maltase-Glucoamylase (PDB ID
2QMJ) &
Human Pancreatic Alpha-Amylase (PDB ID 1HNY) 2 Iminostilbene
3 Azoxystrobin acid 4 Benzoic acid 5 Acarbose
(Kontrol Positif)
Senyawa Aktif Rumput Laut (Eucheuma cottonii)
A. Anti-Kolesterol
No. Ligand Reseptor
1 Astaxanthin Human HMG-COA Reductase (PDB ID 1DQ9)
&
Cholesterase Esterase Enzyme (PDB ID 1F6W) 2 Fucoxanthin
3 Fucoidan
4 Ferulic Acid
5 Simvastatin(Kontr ol Positif)
B. Anti Hiperglikemik
