ج
یروانف و یشهوژپ تنواعم
یتاقیقحت حرط ییاهن شرازگ
یلاوت لماکت دنیارف یبایزرا و یتسیز عونت ییاسانش یارب مونژ لک یبای د
ر
یناریا هناهوک ود یاهرتش
حرط یرجم قیرویا تیاده تمعن
راکمه نا حرط
قیرویا یلاخلخ اضر Xin Zhao
یزرواشک هدکشناد یماد مولع هورگ یعیبط عبانم و
درگ ارجا یلیبدرا ققحم هاگشناد یشهوژپ تنواعم هزوح یلام تیامح و بیوصت اب حرط نیا تسا هدی
نمهب 97
ج
ج
ج
بلاطم تسرهف
-1 -1 لک و همدقم ی
...تا ...
...
...
2
عبانم رب یرورم
-2 -1 لاوت ی ی با ی مونژ لک ...
...
...
6
-2 -2 لاوت ی ی با ی ناناسرتش رد مونژ لک ...
...
...
7
شور و داوم اه
-3 -1 هنومن گ ی ر ی ...
...
...
...
13
-3 -2 لاوت ی ی با ی هنومن مونژ لک اه
...
...
...
13
-3 -3 لااپ و لرتنک ی
ش ک ی ف ی شناوخ ...اه
...
...
14
-3 -4 مه در ی ف شناوخ ندرک عجرم مونژ رد اه
...
...
...
15
-3 -5 پ لحارم ی
ش نی زا ارب ی اسانش یی راو ی تنا ...اه ...
16....
-3 -5 -1 شناوخ فذح اه
ی هدش هخسن ود ...
...
...
17
-3 -5 -2 ارآزاب یی شناوخ ددجم ا فارطا رد اه
ی لدن اه ...
...
17
-3 -5 -3 لاک ی سارب ی نو ک هرمن ددجم ی
ف ی اهزاب ...
...
18...
-3 -6 اسانش یی لااپ و ی ش ک ی ف ی راو ی تنا ...اه ...
...
18
-3 -7 شاح ی ه ون ی س ی راو ی تنا اه ی اسانش یی ... هدش
...
19....
ثحب و جیاتن
-4 -1 لاوت ی ی با ی اهرتش مونژ لک ی
ا هناهوکود ی
نار ...ی
Error! Bookmark not defined.
-4 -2 اسانش یی مونژ رساترس رد اهSNP
هنومن اه ی هعلاطم دروم ...
Error! Bookmark not defined.
ج
-4 -3 اسانش یی ا ی لدن اه ی مونژ رساترس رد دوجوم هنومن
اه ی هعلاطم دروم ...
Error! Bookmark not
defined.
4-4 - شاح ی ه ون ی س ی اهSNP
ی اسانش یی ارب هدش ی هنومن لک ...اه
Error! Bookmark not defined.
-4 -5 شاح ی ه ون ی س ی ا ی لدن اه ی اسانش یی ارب هدش ی هنومن لک ...اه
Error! Bookmark not defined.
6-4 - لانآ ی ز ژولوتنآ نژ ی
( نژ )GO
اه ی واح ی اهSNP
ی نعم دب ی ا و ی لدن اه ی
frameshift
...
Error!
Bookmark not defined.
7-4 - اهSNP
ی سر تابث هب ی
هد اهرتش رد ی
لها هناهوکود ی
شحو و ی .
Error! Bookmark not defined.
8-4 - نژ اه ی ب رد کرتشم ی
ن هنومن مامت اراد هک اه
ی اهSNP
ی نعمدب ی دنتسه
Error! Bookmark not
defined.
-4 -9 تن ی هج گ ی ر ...ی ...
. Error! Bookmark not defined
عبانم
عبانم ...
...
...
Error! Bookmark not defined.
ج لوادج تسرهف
لودج -4
هرامآ :1 اه ی شناوخ اه ی درمه و لک ی
ف اهرتش هب طوبرم هدش ی
ی دز ی
، دورط ی رفآ و ی اق یی ...
21
لودج -4
-2 هرامآ اه ی هب طوبرم اهSNP
ی اسانش یی ارب هدش ی هنومن اه ی هعلاطم دروم ...
23
لودج -4
-3 هرامآ اه ی ا هب طوبرم ی
لدن اه ی اسانش یی ارب هدش ی هنومن اه ی هعلاطم دروم ...
25
4لودج 4- - اتن ی ج شاح ی ه ون ی س ی اهSNP
ی اسانش یی هعلاطم دروم هناهوکود رتش شش رد هدش ...
27
لودج -4
-5 اتن ی ج شاح ی ه ون ی س ی ا ی لدن اه ی اسانش یی هعلاطم دروم هناهوکود رتش شش رد هدش ...
29
لودج -4
-6 اتن ی ج ژولوتنآ نژ ی
نژ هب طوبرم اه
ی واح ی اهSNP
ی سر تابث هب ی
هد اهرتش رد ی
هناهوکود
لها ...ی ...
...
...
32
لودج -4
-7 اتن ی ج ژولوتنآ نژ ی
نژ هب طوبرم اه
ی واح ی اهSNP
ی سر تابث هب ی
هد اهرتش رد ی
هناهوکود
شحو ...ی ...
...
...
33
ج
لکش تسرهف اه
3 لکش 1- ک : ی ف ی ت شناوخ اه ی هناهوکود رتش هب طوبرم فلا( لبق A
فلا( زا دعب و )1 لااپ )2
ی ش ک ی ف ی و
نچمه ی ن ک ی ف ی ت شناوخ اه ی هناهوکود رتش هب طوبرم ب( لبقB
ب( زا دعب و )1 لااپ )2
ی ش ک ی ف ...ی 15
4 لکش 1- - ز ی هاگتس اهرتش ی ناهج رد هناهوکود و کت ...
...
24
4 لکش 2- - د نِو ی مارگا هدنهد ناشن ا و )فلا( اهSNP
ی لدن اه ی ب کرتشم )ب(
ی ن اهرتش ی ا هناهوکود ی
نار ی
( لها ،)AB
ی غ ی ر ا ی نار ی ( شحو و )DC
ی ( )WC
...
...
...
25
4 لکش 3- - لوط شنکارپ ی
ا ی لدن اه حاون رد ی نژ ی غ و )فلا(
ی ر نژ ی ارب )ب(
ی هنومن لک اه
ی هعلاطم دروم 26
4 لکش 4- - د نِو ی مارگا نژ لک هب طوبرم اه
ی واح ی اهSNP
ی نعم دب ی هعلاطم دروم هنومن شش رد ...
28
4 لکش 5- - د نِو ی مارگا نژ هب طوبرم ه
ا ی واح کرتشم ی
ا ی لدن
frameshift
ب رد ی ن هنومن اه ی هعلاطم دروم
...
...
...
...
30
ج
یلاوت مونژ لک یبای لماکت دنیارف یبایزرا و یتسیز عونت ییاسانش یارب
د رتش ر یاه
یناریا هناهوک ود
هدیکچ نابایب رد هک دنراد یمدرم یارب اذغ نیمات رد یدیلک یشقن اهرتش یگدنز ناهج مرگ و درس یاه
م ی .دننک
کت یاهرتش فلاخرب ام اهروشک یخرب رد و هدوب رتکچوک هناهوکود یاهرتش تیعمج هزادنا ،هناهوک
ناریا دنن ،
مونژ حطس رد تاعونت زیلانآ و ییاسانش یارب .دنراد رارق ضارقنا رطخ رد لوا یارب ام ،ی
اب نی اوت هب ر یل یبای
ششوپ اب یناریا هناهوکود رتش ود مونژ لک 4 یهد
37/ 6 و 42/ اریا یاهرتش اب هارمه .میتخادرپ زیلانآ ،ین
یلاوتزاب هداد هک یشحو هناهوکود رتش ود و یناتسلوغم یلها هناهوکود رتش ود یارب یبای پ رد اهنآ یاه
هاگیا
خادرپ ،دوب هدش هریخذ NCBI
دادعت ،لک رد .دش هت 4908998
4485725 ، 4706654 و
یلکش دنچ ت
ک
( یدیتوئلکون نش یشحو و یناریا ریغ یلها ،یناریا هناهوکود یاهرتش یارب بیترت هب )SNP
.دش ییاسا
تنایاراو نینچمه ( جرد/فذح یاه
INDEL
) هدش ییاسانش رتش شش یارب
، دودحم رد 358311 ه
ات
533188 .تشاد رارق
اح جیاتن هیش
تنایراو یسیون هنومن همه رد اه
زا شیب هک درک نیعم اه زا دصرد 88
لدنیا و اهSNP
نیب یحاون رد اه هتفرگ رارق ینورتنیا و ینژ
دادعت هک میتفای ام .دنا 800530
نیب رد SNP
هنومن همه هک دنتسه کرتشم هعلاطم دروم یاه
دادعت و هدوب ینعمدب عون زا اهنآ زا 4046 ار نژ 2428
یم رارق ریثات تحت نژ نیا یارب .دنهد
هدش رادانعم یژولوتنآ نژ ترابع چیه ،اه یکیژولویب یاهدنور رد یا
دننام یتارابع هکیلاح رد دشن هدهاشم
ATP binding
و
calcium ion binding
وکلوم درکلمع رد رادانعم ،یل
نژ یسررب .دندش اهرتش یمامت نیب رد کرتشم یاه
لماش هک یاهSNP
هک داد ناشن ،دندوب ینعمدب 98
و یور تشگنا نژ ( یروراب اب طبترم نژ 4
،ZP1
،ZP2
و ZP4
نراد دوجو هعومجم نیا رد )ZPBP
.د نیا
مایپ هوقلاب روط هب جیاتن رق ام رایتخا رد ار هناهوکود یاهرتش رد لماکت دنور هرابرد ییاه
یم را .دهد
ج
:یدیلک تاملک یلاوت ،هناهوکود رتش
ژ لک یبای ( یدیتوئلکون یلکش دنچ ،مون
،)لدنیا( جرد/فذح ،)SNP
یژولوتنآ نژ
1
:لوا لصف
تایلک و همدقم
2
-1 -1 تایلک و همدقم
،رگروب( یلامش یاکیرمآ رد و نسوئا هرود رد راب نیلوا یارب هک ینامز زا ناناسرتش هداوناخ رهاظ ،)2016
هدرک یط ار ینلاوط یلماکت ریسم ،زورما هب ات دندش ثعاب فلتخم یاهریسم رد ناناسرتش دادجا ترجاهم .دنا
هورگ هب اهنآ ات دش میدق یایند یاهرتش
دیدج یایند یاهرتش و )ایساروا هب ترجاهم( 1
هب ترجاهم( 2
میسقت )یبونج یاکیرمآ ،ناراکمه و یلناتسا( دنوش یدنب
هنوگ ود لماش میدق یایند یاهرتش .)1994
کت یاهرتش ود و هناهوک
یم هناهوک ،املا ،اکاپلآ هنوگ راهچ لماش دیدج یایند یاهرتش هکیلاح رد دشاب
کیو و وکاناوگ تسا انو
کت یاهرتش فلاخرب . نابایب رد هک هناهوک
یم یگدنز کشخ و مرگ یاه یاهرتش ،دننک
هدنکارپ ناتسقازق و ناتسلوغم ،هیسور ،نیچ ،ناریا دننام ییاهروشک درس و یناتسهوک قطانم رد هناهوکود ،ناه( دنتسه د ،دنتسه میدق یایند یاهرتش زا یشحو عون اهنت هک یشحو هناهوکود یاهرتش .)2010
ر
یم یگدنز یباگ یارحص رد صوصخ هب ناتسلوغم یبرغ بونج و نیچ یبرغلامش قطانم و وتومیریج( دننک
،ناراکمه .)2012
زا رتمک( ناریا رد هناهوکود یاهرتش تیعمج هدنهد رادشه طیارش رد )رفن 150
رارق یا
،ناراکمه و قیرویا تیاده( هتفرگ یعمج شیازفا یارب یروف کمک هب زاین و )2018
یم ساسحا اهنآ ت .دوش
رطخ ،اهنآ هتسب تیعمج لیلد هب ور نیا زا و دنتسه لیبدرا ناتسا رد روشک هناهوکود یاهرتش مامت ابیرقت یم رامش هب هنوگ نیا رد مهم دراوم زا رگید یکی زین یکیتنژ عونت شهاک .دور
یگژیو ،دوخ لماکت لوط رد اهرتش هب رصحنم یاه
هدرک بسک ار یدرف آ هک دنا
ن مواقم یتاناویح هب ار اه هب
لااب یاهامد لمحت ییاناوت نارادناتسپ نیا .تسا هدرک لیدبت یطیحم دعاسمان طیارش زا رت
یتناس هجرد 40 -
ار دارگ دنراد
نداد تسد زا و ندب بآ زا دصرد 25
ناش نآ گرم ثعاب زین یمن اه
دوش . هک یلاح رد
،رگید یلها نارادناتسپ 15 رگا
ندب بآ زا دصرد دوخ
دنهدب تسد زا ار ناش یم ،
( دنریم ،ناراکمه و وو
ان طیارش لمحت رب هولاع اهرتش .)2014 یگژیو ،ینابایب دعاسم
هک دنراد زین یرگید درف هب رصحنم یاه
یم نآ دناوت هژورپ رد یبسانم فده هب ار اه
لاثم یارب .دنک لیدبت یکشزپ هنیمز رد یتاقیقحت یاه
، اهرتش
عون دیلوت ییاناوت نیلوبولگونیمیا زا یصاخ
نیلوبولگونیمیا فلاخ رب هک دنراد ار اه یاه
نارادناتسپ رد یدیلوت
1Old World Camels
2 New World Camels
3
هریجنز یواح طقف ،رگید هریجنز دقاف و هدوب نیگنس یاه
یم دوخ راتخاس رد کبس یاه نیا ،دشاب
نیلوبولگونیمیا ( اه
HCAbs
کبس ) .دنراد یرتشیب یرادیاپ و هدوب رت
هتکن ی لباق لمأت رگید رتش دروم رد نیا نوخ زکولگ هک تسا نیا اه
هنوگ 8 ( 6- یلیم ربارب ود )رتیل رب لوم
ناگدننکراوخشن نوخ زگولگ دودح رد
/5 -3 /5 یلیم 2 رتیل رب لوم تسا
( ،ناراکمه و کساک ).2001
.تسا ناگدننکراوخشن زا رتلااب ربارب تشه دودح رتش کمن هب تمواقم ناوت نینچمه (
،یلع رد .)1994
رتش ریش تسا نکمم نینچمه .تسین هتفای هعسوت هنوگ نیا رد نوخ راشف و تباید هک یلاح ح
ع یوا لماو
( دشاب تباید نامرد یارب دشاب یدنمدوس ،ناراکمه و لاوارگآ
.)2011
لیلد هب دیاش )... و زب ،دنفسوگ ،واگ دننام( هعرزم تاناویح تسیل رد اهرتش روضح مدع ب
خ یخر تایصوص
یزیف ( ینتسبآ ینلاوط هرود دننام اهرتش یکیژولو ،رومدیکسا( غولب رد ریخات ،)هام 13
لصف ،)2011
تفج ،ناراکمه و وتیوان( نینج ریم و گرم یلااب خرن ،تدم هاتوک یریگ غریلع اما .دشاب )1967
یتلاکشم م
یمن ام ،دش ناونع اهرتش یارب هک مینک بانتجا هنوگ نیا دروم رد هعلاطم زا میناوت
ش هک ارچ ، رد اهرت
م قطان
هنوگ هک اوه و بآ دب طیارش و ینابایب و هدرک یگدنز ،دنتسین ندنام هدنز هب رداق رگید یاه
ب مدرم یار آ
ن
یم باسح هب یدنمشزرا ییاذغ عبنم ،قطانم
،یمونژ حطس رد صوصخ هب اهرتش یور رب هعلاطم .دنیآ مهف
و هدرب رتلااب ار هنوگ نیا زا ام ار ناکما نیا
یم ناققحم هب انتم یحلاصا یاهراکهار ات دهد
نیا اب بس ناویح
.دننک یحارط ار تاشرازگ ساسارب هکیروط هب تسا هدرک ادیپ شیازفا ریخا یاهلاس یط ،ناهج رد یگنسرگ ،FAO
821
،وئاف( دنتسه هیذغت ءوس طیارش رد )ناهج رد رفن هن ره زا رفن کی( ناهج مدرم زا رفن نویلیم .)2018
فتسا یژولونکت زا هدا یم ،یلها تاناویح داژن حلاصا رد نیون یاه
تلاوصحم تیفیک و تیمک ندرب لااب هب دناوت
قطانم ییاذغ تینما و ییاذغ یاهزاین زا یهجوت لباق شخب اهرتش .دنک یهجوت نایاش کمک تاناویح نیا یم نیمات ار ایسآ و اقیرفآ رد ینابایب ،ناراکمه و قیرویا تیاده( دننک
یاهرد ندوشگ نیاربانب ،)2018
یژولونکت یور هب رتش یتنس شرورپ یم ،دیدج یاه
هنیهب و رتعیرس تفرشیپ هب رجنم دناوت تعنص نیا رت
ار بسانم یتصرف ،تاناویح داژن حلاصا هصرع رد دراو هزات یژولونکت کی ناونع هب مونژ لک یبای یلاوت .دوش
4
تاناویح یکیتنژ راتخاس زا رتهب کرد یارب اب هسیاقم رد یژولونکت نیا .تسا هدروآ مهارف هعرزم
یژولونکت هیارآ زیر زا هدافتسا دننام ییاه
یاه یم دیلوت ار یرتشیب یکیتنژ تاعلاطا ،SNP
و درانیا( دنک
،ناراکمه .)2016
هداد زا هدافتسا یایازم زا یخرب ییاسانش ،زا دنترابع مونژ لک یبای یلاوت زا یشان یاه
ی مک تاعونت هیارآ زیر هعسوت ،با
یاه دوجو اهنآ رد نونکات کینکت نیا هک یتاناویح یارب صوصخ هب SNP
شیپ تحص شیازفا و مونژ رساترس رد یکیتنژ یاهرگناشن ییاسانش ،تسا هتشادن هب یکیمونژ یاه ینیب
تثارو اب تافص رد صوصخ ،ناراکمه و امراش( طسوتم ات نییاپ یریذپ
.)2017
قحت نیا یلصا فده ( یکیتنژ تاعونت ییاسانش ،قی
و SNP INDEL
تش زا رفن ود یارب مونژ لک ) یاهر
یلها یاهرتش اب اهنآ هسیاقم نینچمه و یناریا هناهوکود )رفن ود(
یشحو و )رفنود (
وکود زا هناه د طانم رگی ق
.دوب ناهج ییایفارغج هیشاح
سلاک و یسیون تنایراو یدنب
( یژولوتنآ نژ هعلاطم نینچمه و اه یاهنژ )GO
تنایراو یواح یم رظن هب .دندوب هعلاطم نیا فادها رگید زا راذگریثات یاه
م هارمه هب هعلاطم نیا دسر تاعلاط
یم تسد نیا زا یرگید هنیمز دناوت
( یگتسبمه تاعلاطم دورو زاس صرع هب یکیمونژ باختنا و )GWAS
ه
بقع و هدش اهرتش داژن حلاصا ار هنیمز نیا رد یگدنام
نک ناربج .دن
5
:مود لصف
عبانم رب یرورم
6
-2 -1 مونژ لک یبای یلاوت
یلاوت موهفم دنچره نکت اما تسا هدشن یدایز تارییغت راچد رگنس طسوت نآ هئارا نامز زا یبای
یژولو و اه
شور یلاوت یاه هدنیازف تعرس اب یبای
یلاوت نونکا .دنتسه لوحت لاح رد یا هژاو مونژ لک یبای
هدوبن بیرغ یا
و مونژ ییاشگزمر زا نآ ییاناوت هنماد سوریو و ادملا زاف دننام کچوک یاه
یلاوت هب اه مونژ یبای
و گرزب یاه
هدیچیپ تیلباق شیازفا .تسا هتفای شرتسگ ناسنا مونژ نوچمه یا تمیق شهاک و اه
دح رد /001 هب رلاد 0
تاعلاطم ات هدش ثعاب دصرد کی زا رتمک یاطخ نینچمه و زاب ره یازا متیروگلا و یمونژ
سباو یاه نآ هب هت
،ناراکمه و تسیئوکدناس( دنهدب شرتسگ ار رشب شناد یاهزرم و هدرک دشر تعرس هب .)2007
ت یلاو یبای
یژولونکت زا هدافتسا اب مونژ لماک و لیلحت و هدوب سکیمونژ تاعلاطم رد لوا ماگ ،دوجوم یاه
یا یسررب ن
هداد رب مهف لباق یناعم جارختسا و اه ب طونم ناسنا یا
با زا هدافتسا و هژورپ یلوصا یحارط ه یاهراز
یم بسانم یکیتامروفناویب یلاوت یقلات .دشاب
یارب یکیتامروفناویب یاهرازبا تفرشیپ و مونژ لماک یبای لیلحت
هداد یم رظن هب و هدرب لااب ار فلتخم تادوجوم مونژ راتخاس زا رشب مهف ،هلصاح یاه تخانش ناکما دسر
وگلا .تسا هدروآ مهارف ار هدیچیپ تافص ی
یلاوتزاب تاعلاطم تنایراو ییاسانش روظنم هب رتشیب هک یبای
یحارط مهم تافص اب اهنآ یگتسبمه و اه
یم هدنیازف دشر اب ریخا ههد رد ،دوش تسا هدوب هجاوم یا
یلاوتزاب تاعلاطم .
یم ار یبای یلک شخب ود هب ناوت
شناوخ ندرک فیدرمه مونژ رد اه
تنایراو ییاسانش و عجرم هب تاعلاطم زا عون نیا .درک یدنب میسقت اه
شناوخ یفیک شیلااپ لحارم لماش بیترت شناوخ ندرک فیدرمه ،عجرم مونژ ندرک سکدنیا ،اه
مونژ رد اه
شناوخ فذح ،عجرم هدش هخسن ود یاه
شناوخ یفیدرمهزاب ،3
لدنیا فارطا رد اه ددجم نویساربیلاک ،اه
ب یفیک هرمن تنایراو شیلااپ و ییاسانش ،اهزا
هیشاح و اه یم اهنآ یسیون
هداد اب راک .دنشاب زا لصاح یاه
یلاوت مونژ یبای قمع رد صوصخب گرزب یاه
یلاوت یاه شلاچ یاراد ،لااب یبای
یم یرایسب یاه یاضف .دشاب
هریخذ هداد یزاس شلاچ نیا زا یکی هیلوا یاه
هداد نیا مجح هک اجنآ زا ؛تسا اه ماجنا زا دعب و هدوب لااب اه
یجورخ ،فلتخم یاهزیلانآ یم داجیا میجح یاه
یاضف هب اذل ،دنوش تخس
هریخذ یارب ییلااب یرازفا یزاس
3Duplicated reads
7
هداد نیا شیپ لئاسم زا رگید یکی .تسا زاین اه
یارب دنمتردق ییاهرتویپماک هب زاین ،یمونژ تاعلاطم یور
یم فلتخم یاهزیلانآ ماجنا ماجنا .دشاب
دادعت و مر نازیم هب فلتخم یاهزیلانآ یارب .دنراد زاین یتوافتم CPU
همانرب ،ناسنا مونژ دروم رد و لاثم
SOAPsnp
500 هب یارب نازیم نیا هکیلاح رد دراد زاین مر تیاباگم
همانرب
SOAPdenovo2
دودح رد نیا زا .تسا تیاباگیگ 150
هک یدنمتردق یاهرتویپماک زا هدافتسا ور
دناوتب یساسا زا یکی دهدب ششوپ ار اهزیلانآ عاونا یم بوسحم یمونژ تاعلاطم یاهزاین نیرت
کرچلیم( دوش
،ادیس و .)2016
-2 -2 ناناسرتش رد مونژ لک یبای یلاوت
لاس رد راب نیلوا یارب یلاوت داهنشیپ ،1984
اب نآ زا سپ و دش هئارا ناسنا مونژ یبای ه
اهروشک یراکم یی
ملآ ،سیلگنا دننام نآ هیلوا جیاتن و هدش عورش هژورپ نیا ،اکیرمآ یربهر هب نپاژ و نا
د لاس ر لا(2001
و ردن
،ناراکمه لاس رد .دش رشتنم )2001
یلاوت راشتنا زین 2002 وسرتاو( شوم مونژ هیلوا یبای
،ناراکمه و ن
یلاوت یارب گرزب یماگ ات دش ثعاب )2002 شادرب هدیچیپ یتویراکوی یاهلولس مونژ یبای
ش هت .دو ب یا زا دع ن
یلاوت هنماد ،گرزب تیقفوم یبای
ماد صوصخب رگید تادوجوم هب مونژ لک هعلاطم و اه هک یلها یاه
ا یلص نیرت
هنوگ یور رب تاعلاطم رتشیب .تفای شرتسگ زین دنتسه رشب ینیئتورپ عبنم هدننک دیلوت نام ییاه
،واگ دن
وگ هب یرتمک تاهجوت و هتشاد زکرمت کوخ و دنفسوگ هن
لااب تیمها اما .دش فوطعم رگید یاه رتش ی
رد
صوصخ هب( رتش ییانثتسا اهاگ و هژیو یاه تیلباق و ناهج کشخ و مرگ یاهروشک زا یرایسب د
یمز ر هن
لاس رد هک تشاد نیا رب ار نیققحم )یکشزپ قیقد هعلاطم اب ریخا یاه
عماج و رت تاعلاطا هب رتش مونژ رت
یدربراک و دیدج نیا زا یرت
.دننک ادیپ تسد هنوگ
لاس رد ناراکمه و وو کت رتش کی لماک مونژ راب نیلوا یارب 2014
یلاوت ار رن هناهوک نینچمه .دندرک یبای
یلاوت دروم هعلاطم نیا رد زین اکاپلآ کی و هناهوکود رتش کی لماک مونژ یلاوت نیا .تفرگ رارق یبای
یبای اه
یژولونکت طسوت
Hiseq2000
یلاوت دیلوت هب رجنم بیترت هب و تفرگ تروص انیمولیا تکرش قمع اب یبای
،65
/3 و 79 /5 کت یاهرتش یارب 72 کت رتش هدش یروآدرگ مونژ هزادنا .دش اکاپلآ و هناهوکود ،هناهوک
هناهوک
01 Gb
2/ هناهوکود رتش ، 01 Gb
2/ زین اکاپلآ و 05 Gb
2/ نژ دادعت .دوب کت رتش یاه
تسا اب هناهوک زا هداف
8
متیروگلا و گولومه یلاوت یوجتسج شور ،هطوبرم یاه
20714 ناشن یدرکلمع یاهزیلانآ هک دش شرازگ
زا شیب داد نژ نیا زا دصرد 91
و تابساحم نینچمه .دنتسه درکلمع یاراد رظن دروم هنوگ مونژ رد اه
هک داد ناشن یکیتامروفناویب یاهزیلانآ /4
کت رتش مونژ زا دصرد 28
،هناهوک /4
رتش مونژ زا دصرد 30
و هناهوکود /1
یلاوت ار اکاپلآ مونژ زا دصرد 32 یم لیکشت یرارکت یاه
دادعت نیققحم نیا .دنهد
1،976،042،088 کت رتش مونژ زا زاب تفج
ییاسانش یارب ار هناهوک دادعت دوجو و یسررب اهSNP
1462064 خرن ساسا نیا رب .دندرک شرازگ ار توگیزورته SNP
هSNP
دودح رد توگیزورته یا
-3
× 10
/74 اب ربارب اکاپلآ و هناهوکود رتش یارب خرن نیا بیترت هب .دش هبساحم0
-3
×10 /16 و1
-3
×10 /66 .دوب2
دادعت میسقت زا ،خرن نیا هکنیا لیلد هب و دیآ یم تسد هب یسررب دروم مونژ هزادنا رب توگیزورته یاهSNP
رد عونت داجیا مهم عبانم زا یکی یم اه هنوگ لخاد
رد اکاپلآ مونژ هک داد ناشن جیاتن .تسا تیمها زئاح ،دشاب
کت یاهرتش مونژ اب هسیاقم هسیاقم .تسا یرتلااب یتوگیزورته نازیم یاراد ،هناهوکود و هناهوک
یاهSNP
کت رتش یگدنکارپ درک صخشم دنتسه هداوناخ کی ءزج هک اکاپلآ و هناهوکود یاهرتش اب هناهوک
هSNP
رد ا
یم توافتم مه اب هنوگ هس نیا ( ناراکمه و وو هعلاطم رد نینچمه .دشاب
زا هدافتسا اب )2014 نژ 7398
کت یاهرتش نیب رد سوگولوترا ،هزناپماش ،گس ،بسا ،واگ( رگید رادناتسپ تفه و اکاپلآ ،هناهوکود ،هناهوک
دش صخشم و دش هتخادرپ ینژولیف تخرد مسر هب )غیراص و شوم ،ادناپ هب هنوگ نیرتکیدزن اهواگ هک
یم ناناسرتش کت یاهرتش قارتفا نامز .دنشاب
دودح زین هناهوک ود و هناهوک /4
دروآرب لبق لاس نویلیم 4
یناوخمه ایساروا یحاون هب یلامش یاکیرمآ زا اهرتش کرتشم دادجا هورگ نیلوا ترجاهم نامز اب هک دش دج اب اکاپلآ نیب قارتفا نامز نینچمه .دراد کت یاهرتش کرتشم
دودح هناهوکود و هناهوک /3
نویلیم 16
هک داد ناشن جیاتن .دوب لبق لاس کت رتش مونژ رد ینژ هداوناخ 373
،هناهوک رتش مونژ رد هداوناخ 183
و هناهوکود هعسوت راچد اکاپلآ مونژ رد ینژ هداوناخ 501
رادانعم هدش ی اب طابترا رد رتشیب اهنژ نیا .دنا
لس یاهدنیارف هدنریگ تیلاعف ،یلو
طبترم یاهنژ نینچمه و نهآ نوی مسیلوباتم اب طبترم یاهنژ ،ییایوب یاه
تارابع هک داد ناشن ناناسرتش یاهنژ یژولوتنآ نژ زیلانآ زا لصاح جیاتن .دندوب ینمیا متسیس اب رادانعم
،
9
تسا هب خساپ ،یبرچ و یژرنا مسیلوباتم ،کمن مسیلوباتم رد لیخد یاهنژ اب طبترم هب تمواقم ،سر
یرامیب ییاناوت و یسفنت یاه .دنتسه ییانیب متسیس یاه
هعلاطم رد لاس رد رگید یا
یلاوتزاب هب ناراکمه و کاتیف ،2016 کت هدام رتش کی لماک مونژ یبای
اب هناهوک
یلاوت .دنتخادرپ ییاقیرفآ ءاشنم کت زا هدافتسا اب یبای
یژولون
HiSeq 2000
و انیمولیا تکرش ب
مع ا ق
یلاوت یبای 65x
یدورو هعطق هزادنا اب هناخباتک کی .تفریذپ تروص روص هب زاب 500
یلاوت ت و اهتنا ود یبای
هزادنا اب هناخباتک کی تروص هب زاب رازه 5
mate-end
یلاوت یارب یروآدرگ .دش هدافتسا روکذم یبای
شناوخ همانرب کمک اب هدش حلاصا یاه
ABYSS
داجیا هب رجنم یمونژ
اب هزادنا 06 Gb
2/ رد یروآدرگ .دش
بلاق 35752 نیزوتیس/نیناوگ دصرد اب دلفاکسا
/3 نژ دادعت .تفرگ تروص دصرد 41 دک یاه
هدننک
،روکذم رتش یارب نیئتورپ 21167
شن روکذم مونژ یرارکت یاوتحم یسررب نینچمه .دش شرازگ هک داد نا
دودح /7 یلاوت ار ییاقیرفآ رتش مونژ زا دصرد 33 یاه
کت حم نیا .دنهد یم لیکشت یرار ییاسانش یارب نیقق
تنایراو همانرب ود زا ،مونژ یاه
SAMtools
و
Platypus
ک هدافتسا تنایراو و هدر
همانرب ود ره طسوت هک ییاه
شیلااپ ماجنا زا دعب ار دندوب هدش شرازگ تنایراو ناونع هب ،مزلا یاه
زا .دنتفرگ رظن رد ییاهن یاه ژ
مون
د هدش یروآدرگ شناوخ ندرک فیدرمه یارب ،هعلاطم نیمه ر
تنایراو ییاسانش و اه رجنم و هدش هدافتسا اه
ییاسانش هب /4
نویلیم 1 و SNP
162538 رفآ رتش مونژ یارب یتوگیزورته خرن .دیدرگ لدنیا
ربارب ییاقی ب
ا
-3
×10 /71 .دش شرازگ0
هعلاطم رد ( ناراکمه و وتومیریج ،رگید یا
کی و )نیچ روشک زا( یلها هناهوکود رتش کی مونژ لک )2012
یلاوت اهتنا ود تروص هب ار )ناتسلوغم روشک زا( یشحو هناهوک ود رتش زا هعلاطم نیا رد .دندرک یبای
هناخباتک ،تاعطق هزادنا اب ییاه
500bp
، 3kb
، 10 kb
و 20 kb
هنومن یارب هناخباتک و یشحو
هزادنا اب یا
یدورو تاعطق 500 bp
یلاوت قمع .دش هدافتسا یلها هنومن یارب و یلها هناهوکود رتش یارب بیترت هب یبای
اب ربارب یشحو 24x
و 76x
زیلانآ زا هدافتسا اب هناهوکود رتش مونژ هزادنا .دوب
k-mer
دودح رد
2.38 Gb
دودح رد زین مونژ یرارکت یاوتحم و دش شرازگ دودح هناهوکود رتش مونژ رد .دیدرگ دروآرب دصرد 34
244141 یم هک دش ییاسانش )یا هراوهامزیر( هداس یرارکت یلاوت
یبای هشقن یارب دناوت و یکیتنژ یاه
10
مرن زا هدافتسا اب .دشاب دیفم اهرگناشن رب ینتبم باختنا ه و هطوبرم یاهرازفا
مونژ اب یژولومه هسیاقم نینچم
هنوگ نژ دادعت ،واگ و گس ،شوم ،هزناپماش دننام ییاه هناهوکود رتش یاه
20821 تشه نیگنایم و ددع
( ناراکمه و وو هعلاطم رد هدش هبساحم ددع هب کیدزن ددع نیا .دش شرازگ نژ ره یارب نوزگا دوب )2014
نژ دادعت هک ار دوخ هناهوکود رتش یاه
20251 هاگیاپ زا هدافتسا اب نینچمه .دندوب هدرک دروآرب
HomoloGene
،ناراکمه و سریاس(
دادعت )2011 16065 نژ زا نژ
بلاق رد هناهوکود رتش یاه 12536
،دادعت نیا زا هک تفرگ رارق سوگولوترا هداوناخ 12521
هرهم رد نژ و ناراد
نارادناتسپ رد زین نژ 2912
تن نینچمه .دندوب هدش تظافح هک دنداد ناشن جیا
.دنتسه هناهوکود رتش مونژ صتخم نژ 4756
دادعت ،یلها هناهوکود رتش یارب توگیزورته یاهSNP
2129442 یشحو هناهوکود رتش یارب و
1986420 اب ربارب یتیسوگیزورته خرن هنومن ود ره رد ،دش دروآرب
-3
× 10 1 سلاک .دوب یدنب
یاهSNP
دک یحاون رد توگیزورته ننک
دک ریغ و هد نوزگا زا یخرب رد هک داد ناشن هدننک
،یلها داژن رد صاخ یاه
نازیم ینعم روط هب توگیزورته یاهSNP
یم یشحو داژن زا رتمک یراد هب دیاش رما نیا .دشاب
ا لیلد باختن
للآ باختنا هب رجنم هک دشاب یلها رتش مونژ رد رظن دروم یحاون یارب یعونصم ازفا و صاخ یاه
شی
ومه ،همادا رد .تسا هدش قطانم نیا رد یتیسوگیز تبسن یلها رتش رد هک یمونژ هقطنم 2816
عون هب
هدنریگرب رد قطانم نیا دش صخشم و هدش ییاسانش دندوب یرتمک یتسوگیزورته یاراد ،یشحو نژ 196
یور رب یژولوتنآ نژ زیلانآ ماجنا .دنتسه لماک نژ نیا هک درک صخشم روکذم نژ 196
طوبرم اه هب
لانگیس لاقتنا ،ییاشغ یاه هدنریگ دننام ییاهدرکلمع هدنریگ و اه
یم رظن هب .دنشاب یم ییایوب یاه نیا دسر
.دنشاب هدمآ رد توگیزومه تلاح هب ناسنا طسوت یعونصم باختنا ریثات تحت اهنژ ( ناراکمه و قیرویا یلاخلخ یلاوت هب راب نیلوا یارب زین )2018
ت یاهرتش مونژ لک یبای یناریا هناهوک ک
.دنتخادرپ ب
روظنم نیا یار ششوپ اب یناریا هدام رتش رفن ود لماک مونژ ،
9 یهد 41/ و )یدزی رتش یارب(
/6 یلاوت )یدورط رتش یارب( 38 یلاوت .دندش یبای
هلیسوب مونژ لک یبای مرفتلپ
انیمولیا
HiSeq 2000
هب و
( اهتنا ود تروص 100
× دیلوت هب رجنم بیترت هب )2 920366954
843455144 و یارب شناوخ
شناوخ یفیک شیلااپ زا سپ .دش یدورط و یدزی یاهرتش ییاسانش تحص و تقد شیازفا روظنم هب و اه
11
تنایراو تنایراو ییاسانش هنیمز رد دنمتردق همانرب ود زا ،اه ( اه
SAMtools
و رد .دش هدافتسا )GATK
تنایراو ،تیاهن هدش ییاسانش یاه
د ره رد هک یا هب یفیک شیلااپ زا دعب ،دندوب کرتشم روکذم همانرب و
تنایراو ناونع ییاهن یاه
یدعب یاهزیلانآ رد هدافتسا یارب هتفرگ رظن رد
دادعت ،لک رد .دندش 4727238
دنچ کت یتخیر ( یدیتوئلکون
2404401 و یدزی رتش یارب
2322837 و )یدورط رتش یارب
692908
( لدنیا 351429 و یدزی رتش یارب
341479 شناوخ ندرک فیدرمه هلیسوب )یدورط رتش یارب
مونژ رد اه
کت رتش عجرم یسرتسد هرامش( هناهوک
Genbank
:
GCA_000767585.1
رکذ هب مزلا .دندش ییاسانش )
بیترت هب هک تسا /8
و 97 /4 شناوخ زا دصرد 97 رد تیقفوم اب یدورط و یدزی یاهرتش هدش شیلااپ یاه
دندش فیدرمه عجرم مونژ شناوخ یووند یروآدرگ .
دیلوت هب رجنم هدشن فیدرمه یاه گیتناک 3547
یواح 2122503 جیاتن و دش زاب
BLASTX
هک داد ناشن نیئتورپ اب گیتناک 890
هاگیاپ یاه
Uniprot
.دنراد تقباطم هیشاح
تنایراو یدرکلمع یسیون رتشیب هک درک صخشم هدش ییاسانش یاه
اهSNP
2305738( 78 ؛
48/ )دصرد لدنیا و 339756( اه
03 ؛ 49/ نیب قطانم رد )دصرد .دنراد رارق ینژ
هسیاقم
تنایاراو نیب ییاسانش یاه
هدش یناریا یاهرتش رد تنایراو اب
یسرتسد هرامش( ییاقیرفآ رتش یاه
BioProject
:
PRJNA269274
هک داد ناشن ) 993474
و SNP
133274 .دنتسه کرتشم مه اب لدنیا
دادعت 15168 و نژ درکلمع رب ریثات هب رداق و هدوب کرتشم رتش هنومن هس نیب رد هک فدارتمان عون زا SNP
هک داد ناشن هدمآ تسدب جیاتن .دنتفرگ رارق ییاسانش دروم ،دندوب نیئتورپ راتخاس 7085
فدارتمان SNP
،یدزی رتش یارب یصاصتخا و یدورط رتش یارب6271
ک دنراد دوجو ییاقیرفآ رتش یارب 4688 بیترت هب ه
لخاد رد ،3436
و3058 هتفرگ رارق نژ 2882
لدنیا نینچمه .دنا رد لااب ریثات اب لدنیا ناونع هب هک ییاه
لدنیا دادعت .دنتفرگ رارق هدافتسا دروم رتشیب یاهزیلانآ یارب ،دندوب هدش هتفرگ رظن بیترت هب لااب رثا اب یاه
ب ربارب ییاقیرفآ و یدورط ،یدزی یاهرتش یارب 3424 ا
3506 ، 3004 و
یژولوتنآ نژ جیاتن یبایزرا .دوب
تارابع زا یرایسب هک داد ناشن رادانعم
هدش و ینمیا متسیس ،یراردا متسیس اب طبترم ترابع دننام یا
هدنز یارب اهرتش ییاناوت اب هطبار رد یسفنت متسیس م
.دنتسه ینابایب تخس طیارش رد ینا
12
:موس لصف
شور و داوم
اه
13
-3 -1 هنومن یریگ
نیکشم دابآ داهج هاگتسیا رد هک هناهوکود رتش ود یندرگ دیرو زا نوخ هنومن .دش ذخا دندوب لیبدرا رهش
لک یاوتحم
DNA
یجارختسا تیک زا هدافتسا اب کیمونژ
DNA
تکرش نارادناتسپ نوخ زا
RBC
(
Real
Biotech Corporation, RBC, South Korea
) دیدرگ جارختسا یّمک لرتنک .
اب هدش جارختسا DNA
جوم لوط بذج تبسن و تفرگ تروص پارد ونان هاگتسد زا هدافتسا 260 یاه
280 هب رتش یارب بیترت هب
اب ربارب یدورط رتش و یدزی /9
و 1 /8 جوم بذج تبسن هدودحم .دش شرازگ 1 260 یاه
280 هب یارب
هنومن اب ربارب بسانم تیفیک اب یاهDNA
-2 /8 یم 1 اب ددع دنچ ره دش /8
نایب یارب درادناتسا یددع 1
تیفیک یم صلاخDNA
،ناراکمه و یدیفیاس( دشاب نییاپ دادعا .)2015
زا رت /8 ناشن 1 یگدولآ هدنهد یاه
زا رتلااب دادعا و ینیئتورپ ناشن زین 2
هنومن یگدولآ هدنهد اب اه
یم RNA
هنومن یفیک لرتنک .دشاب یاه
هدش جارختسا اب زین DNA
مونژ لک یسررب یارب یریگ هنومن .تفرگ ماجنا دصرد کی زراگآ لژ زا هدافتسا
.دش باختنا روکذم شهوژپ زا لصاح جیاتن ساسا رب هعلاطم نیا رد رغج قطانم رگید رد دوجوم یاهرتش اب یناریا یاهرتش زا لصاح جیاتن هسیاقم یارب نینچمه یایفا
،ی
هداد هناهوکود رتش ود هب طوبرم ماخ یاه مش اب( یلها
هرا یسرتسد یاه
SRX973830
و
SRX973833
و )
هرامش اب( یشحو هناهوکود رتش ود یسرتسد یاه
SRX973840
و
SRX973843
اگیاپ زا ) یتاعلاطا ه
SRA
تیاس رد هنومن نیا هب طوبرم یاهزیلانآ یمامت و هدش دولناد NCBI
هنومن اب هباشم ،اه ارجا یناریا یاه
ش .د
-3 -2 یلاوت یبای هنومن مونژ لک اه
هنومن یاه یژولونکت زا هدافتسا اب و اداناک یاتربلآ هاگشناد مونژ زکرم رد DNA
Illumina HiSeq 2000
( انیمولیا تکرش
Illumina, San Diego, CA
یلاوت ) یلاوت .دندش یبای تاعطق اب هناخباتک کی داجیا اب یبای
یدورو
،نیگنایم روط هب زاب360 وت یارب .دش ارجا
شناوخ دیل لاوت قمع روظنم هب رتشیب یاه
ی ود زا ،لااب یبای
لسولف لاناک یلاوت .دش هدافتسا هنومن ره یارب
شور اب یبای
Paired-end
یلاوت(
هزادنا اب و )اهتنا ود زا یبای
شناوخ 100 یاه
یلاوت .تفریذپ تروص اهتنا ره زا زاب اه مورفتلپ زا یرایسب دننام انیمولیا شور هب یبای
ی
14
یلاوت یم تروص یلک هلحرم راهچ رد ،رگید یبای یارب یمونژ هناخباتک هیهت روظنم هب لوا هلحرم رد .دریگ
یلاوت هزادنا رد یفداصت تروص هب ،رظن دروم تاعطق ،یبای لماش مود هلحرم .دنوش یم هداد شرب فلتخم یاه
یلاصتا یاهروتپادآ .دشاب یم هدش هداد شرب تاعطق هب روتپادآ لاصتا بورپ لمکم عقاو رد
هدش لصتم یاه
یم تباث لسولف حطس رد ،اهروتپادآ هب هدش لصتم تاعطق موس هلحرم رد .دنتسه لسولف حطس هب ره .دنوش
هشوخ و هدش نولک ،تباث حطس هب هدش لصتم هعطق یم داجیا هعطق ره زا یلوکلوم یاه
رد و تیاهن رد .ددرگ
یلاوت ،مراهچ هلحم شور هب یبای
(CRT Cyclic reversible termination
هداد و هتفرگ تروص ) دیلوت اه
یم مان زا هک روطنامه .دنوش همتاخ یاهدیتوئلکون زا شور نیا رد ،تسادیپ CRT
تشگرب هدنهد کی رد ریذپ
هخرچ هرود یم هدافتسا یا
میزنآ .دننک لکش رییغت دیتوئلکون کی ،هدیبسچ وگلا هتشر هب هک یزارمیلپ DNA
ار هتفای یم رارق دوخ هاگیاج رد
هنوگ هب هتفای لکش رییغت دیتوئلکون .دهد رگید دیتوئلکون لاصتا هک تسا یا
یم نکمم ریغ ار نامتخاس رد دوجوم زاب عون هب هتسب و هتفرگ تروص یرادربسکع هلحرم نیا رد .دزاس
یم تبث یصاخ جوم لوط ،دیتوئلکون کاو هدنهد همتاخ لماع ،یرادربسکع زا دعب .دوش
رگناشن کی هک شن
ادیپ همادا شنکاو ،هدشن لصتم یاهدیتوئلکون یوشتسش زا دعب و هدش ادج دیتوئلکون زا ،تسا یتنسروئولف یم ،رکزتم( دنک .)2010
-3 -3 شناوخ یفیک شیلااپ و لرتنک اه
شناوخ تیفیک شجنس روظنم هب و لوا هلحرم رد مرن زا ،اه
رازفا
FastQC
(
http://www.bioinformatics.bbsrc.ac.uk/projects/fastqc/
مرن نیا .دش هدافتسا ) یدیفم تاعلاطا رازفا
یم رارق ققحم رایتخا رد ار همانرب ار زیلانآ یدعب لحارم ،تاعلاطا نیا زا هدافتسا اب ات دهد
دنچ ره .دنک یزیر
مرن شرازگ ساسا رب رازفا
FastQC
شناوخ ، یگدولآ زا یراع و هدوب یبولطم تیفیک یاراد اه
یروتپادآ یاه
هداد تیفیک شیازفا روظنم هب اما دندوب یلاوت یاه
شناوخ نیا یور رب یشیلااپ ،یبای یارب .دش لامعا اه
هداد شیلااپ متیروگلا زا اه
MAXINFO
رازفا مرن رد
Trimmomatic v0.36
،ناراکمه و رگلوب(
)2014
افتسا شناوخ لوط نیب لداعت داجیا اب متیروگلا نیا .دش هد یلاوت رد هابتشا خرن نینچمه و اه
،اهنآ یبای
شناوخ نیرتهب یم فذح ار یقبام و هدرک باختنا ار اه
شیلااپ یارب هدش هتفرگ رظن رد یاهرتماراپ .دنک
15
ددع روکذم متیروگلا زا هدافتسا اب یفیک یارب 40
Target length
ددع و /5
یارب 0
Strictness
زا .دوب
شناوخ تیفیک یلک روط هب هک ییاجنآ یاهتنا رد اه
و 3’
تمسق زا رتمک یدودح ات 5’
شناوخ ینایم یاه اه
یم ( اناوخان یاهزاب ،دنشاب زا رتمک هرمن اب یاهزاب و )N
عون نیا لامعا زا دعب .دندش شیاریو اهتنا ود زا 5
شناوخ ،شیلااپ ا رتمک لوط هب هک ییاه
40 ز هلحرم ماجنا زا دعب .دندیدرگ فذح زین دندوب هدیسر زاب
زا هدافتسا اب یددجم یفیک لرتنک ،شیلااپ
FastQC
یاهتنا رد تیفیک شیازفا و تفریذپ تروص
3’
شناوخ لکش( دش هدهاشم اه -3
هداد یلک روط هب دنچ ره .)1 تیفیک یاراد زین شیلااپ زا شیپ ،رضاح یاه
.دندوب ییلااب
3 لکش 1- شناوخ تیفیک : رتش هب طوبرم یاه
هناهوکود فلا( لبقA
فلا( زا دعب و )1 نینچمه و یفیک شیلااپ )2
شناوخ تیفیک رتش هب طوبرم یاه
هناهوکود ب( لبقB
ب( زا دعب و )1 یفیک شیلااپ )2
-3 -4 مه شناوخ ندرک فیدر عجرم مونژ رد اه
مه زا لبق شناوخ ندرک فیدر
هلحرم ،عجرم مونژ رد اه زا هدافتسا اب عجرم مونژ ندرک سکدنیا ناونع اب یا
هخسن 0.7.15 همانرب
،نیبرود و یل( BWA
یم ار عجرم مونژ ندرک سکدنیا .دش ارجا )2009 هب ناوت
16
تسرهف تسرهف هک یباتک رد رظن دروم شخب نتفای .درک هیبشت باتک کی یدنب یرما دشاب هدشن یدنب
نامز شناوخ ندرک فیدرمه زا شیپ عجرم مونژ ندرک سکدنیا .دوب دهاوخ راوشد و رب ناکما نیا ،نآ رد اه
همانرب هب ار یم هدننک فیدرمه یاه
شخب یرتشیب ییاراک و تعرس اب ات دهد ندم یاه
ییاسانش ار مونژ زا رظ
شناوخ و هدرک مه ،روکذم هلحرم زا سپ .دنهدب رارق هطوبرم هاگیاج رد یتسرد هب ار اه
ندرک فیدر
شناوخ همانرب زا هدافتسا اب عجرم مونژ رد هدش شیلااپ یاه متیروگلا( BWA
bwa mem
رد .تفرگ تروص )
شناوخ زا مادک ره ،دنیآرف نیا وخ هب صوصخم هاگیاج رد اه
یم رارق عجرم مونژ رد د هلحرم نیا ماجنا .دنریگ
یم یرورض یمونژ هنهپ رد یکیتنژ تاعونت ییاسانش یارب شناوخ .دشاب
یارب ندوب یصاصتخا لیلدب هک ییاه
یلاوت هنومن یلاوت یاهاطخ ای هدش یبای
مه ییاناوت یبای همانرب طسوت ،دنرادن ار عجرم مونژ رد ندش فیدر
یاه
مه هدننک فیدر تملاع
تنایراو ییاسانش( یدعب یاهزیلانآ رد و هدش یراذگ رارق هدافتسا دروم )یاه
یمن شناوخ عون نیا ،دنریگ یم ار اه
همانرب یجورخ لیاف زا ناوت رتشیب یاهزیلانآ یارب ای و هدرک فذحBWA
کت رتش کی هب طوبرم شهوژپ نیا رد هدافتسا دروم عجرم مونژ .درک جارختسا هناهوک
ژن زا یبرع دا
هنومن(
یتاعلاطا کناب زا هک دوب )ناتسبرع زا هدش یریگ یسرتسد هرامش هب(NCBI
GCA_000767585.1
)
دودح .دش جارختسا شناوخ زا دصرد 97
لیاف .دنتفرگ رارق عجرم مونژ رد تیقفوم اب اه همانرب زا لصاح یاه
تمرف اب BWA
(SAM Sequence Alignment Map
دافتسا اب هک دندوب ) همانرب زا ه
SAMtools
و یل(
،ناراکمه تمرف هب )2009
(BAM Binary Alignment Map
تمرف عقاو رد .دندش لیدبت ) یارب SAM
هریخذ شناوخ ندرک فیدرمه هب طوبرم تاعلاطا یزاس تمرف .تسا هدش داجیا ،عجرم یلاوت کی رد اه
هدش هدرشف تلاح زین BAM
یم SAM
ایسب رد هدافتسا یارب هک دشاب همانرب زا یر
زاین دروم یکیمونژ یاه
.تسا -3 -5 شیپ لحارم تنایراو ییاسانش یارب زاین
اه
شناوخ ندرک فیدرمه هلحرم زا سپ رد اه
تنایراو ییاسانش زا شیپ و عجرم مونژ لماش هلحرم هس ،اه
شناوخ فذح شناوخ ددجم ییارآزاب ،هدش هخسن ود یاه
هزاب یفیک هرمن ددجم نویساربیلاک و اه .دش ارجا ا
ماجنا هک تسا هدش هدهاشم یلک روط هب نیا
لحارم
، دودح /5 ات 2 زا دصرد 6 ار هدش ییاسانش یاهSNP
17
یم شهاک عون زا اهنآ رتشیب هک دهد
دنتسه بذاک تبثم یاهSNP
تنایراو دامتعا تیلباق و تیفیک اذل یاه
یم ادیپ شیازفا هدش ییاسانش دنک
،ناراکمه و نایت(
.)2016
-3 -5 -1 شناوخ فذح هدش هخسن ود یاه
تنایراو ییاسانش زا لبق شناوخ ،هلحرم نیا تحص شیازفا روظنم هب و اه
زا لصاح هدش هخسن ود یاه
PCR
هیور زا هدافتسا اب
MarkDuplicate
همانرب
Picard
شناوخ .دندش فذح هب یرارکت ای هدش فعاضم یاه
شناوخ یم هتفگ ییاه دنیآرف یط رد هک دوش
تاعطق یزاس هدامآ هلحرم ای PCR
یلاوت یارب DNA
یبای
یم دوجوب ذح مدع تروص رد و دنیآ
ییاسانش رد بیرا داجیا ثعاب ف صوصخ هب اهSNP
یاهSNP
،ناراکمه و نایت( دش دنهاوخ توگیزورته متیروگلا .)2016
شناوخ ییاسانش یاه بلغا هدش هخسن ود یاه
یاهتنا تاصتخم زا مه شناوخ 5’
دش فیدر یم هدافتسا مونژ رد ه
یاهتنا زا هدافتسا مدع .دننک ود هب3’
لیلد
یم شناوخ تیفیک هکنیا لوا .دشاب تمس رد اه
هب تبسن 3’
اد یمک دامتعا تیلباق و هدوب رتمک 5’
مود و دنر
یاهتنا ،نییاپ تیفیک اب یاهزاب شیلااپ رثا رب تسا نکمم هکنیا شناوخ 3’
نیا رد هک دشاب هدش فذح اه
وص شناوخ نییعت تر ه و وئاب( دوب دهاوخ دامتعا لباق ریغ و تخس رایسب ،هباشم تاصتخم اب یاه
،ناراکم
.)2014 -3 -5 -2 شناوخ ددجم ییارآزاب لدنیا فارطا رد اه
اه
شناوخ ییارآزاب هلحرم ماجنا لدنیا فارطا رد اه
تنایراو ییاسانش زا شیپ مهم لحارم زا یکی اه رامش هب اه
اریز ؛دوریم مه دوجو دعتسم یحاون نیا
یحاون نیا ییارآزاب و دنتسه لااب تاهابتشا اب یفیدر یم
هب دناوت
تنایراو تیفیک شیازفا شیپ یاه
انرب زا هدافتسا اب روکذم دنیآرف .دنک ینایاش کمک هدنیآ رد هدش ینیب هم
Genome Analysis Toolkit (GATK)
،ناراکمه و انکم(
ب و هلحرم ود یط رد )2010 وص ریز لکش ه
تر
یم :دریگ روتسد زا هدافتسا اب لوا ماگ رد :تسخن ماگ
RealignerTargetCreator
تمسق ، ییارازاب هب هک مونژ زا ییاه
یم ییاسانش دنراد زاین .دنوش
18
روتسد زا هدافتسا اب یدعب ماگ رد :مود ماگ
IndelRealigner
تمسق رد ییارآزاب لامعا هب هدش ییاسانش یاه
هتخادرپ یم
.دوش
-3 -5 -3 اهزاب یفیک هرمن ددجم نویساربیلاک
( اهزاب تیفیک هرمن ددجم نویساربیلاک ماجنا هب هلحرم نیا رد یط رد .دش هتخادرپ )BQSR
ت یلاو ،مونژ یبای
مرفتلپ یلاوت یاه یم اهزاب یفیک هرمن دروآرب رد ییاهاطخ راچد یبای
هرمن هب رجنم هک دنوش دح زا رتشیب یهد
ای یعقاو یم نآ زا رتمک
هلحرم .ددرگ همانرب طسوت هک BQSR
یم ارجا GATK
زا هدافتسا اب دوش
متیروگلا یم اهاطخ هنوگنیا لیدعت و ییاسانش هب ،نیشام یریگدای یاه
رد یتقو لاثم ناونع هب .دزادرپ ی
ک
تروص هب( دنراد رارق مه رس تشپ نیندآ زاب ود ،شناوخ ارق ود نیا زا دعب هک یزاب ،)AA
ر یم یاراد دریگ
دنور اذل و دوب دهاوخ )رتشیب دصرد کی( یعقاو رادقم زا رتشیب تیفیک هرمن یک هرمن ،BQSR
هب ار زاب نیا یف
تنایراو تقد رادقم هجیتن رد .داد دهاوخ شهاک دصرد کی نازیم شیپ اه
یم شیازفا ار هدش ینیب .دهد
-3 -6 تنایراو یفیک شیلااپ و ییاسانش اه
مامتا زا دعب همانرب زا هدافتسا اب ،دندش رکذ لااب رد هک زاین شیپ لحارم
SAMtools
تاعونت ییاسانش هب
هنومن رد دوجوم همانرب زا هدافتسا اب هدش ییاسانش تاعونت شیلااپ هلحرم .دش هتخادرپ اه
یاه
bcftools
و
vcffilter
تنایراو .دش ارجا ( یفیک هرمن اب ییاه
Phred-scaled score
زا رتمک ) ( گنیپیاتونژ هرمن ،20
)GQ
زا رتمک ،20
نیب رد دوجوم یاهSNP
لدنیا ،لدنیا کی یزاب 5 نیب رد دوجوم یاه
،رگیدکی یزاب 10
تنایراو زا رتمک ششوپ قمع اب ییاه و هدش فذح ،یمونژ ششوپ نیگنایم ربارب ود زا رتشیب ای دصرد 33
تنایراو هدنامیقاب تنایراو ناونع هب اه
لدنیا .دندش هتفرگ رظن رد ییاهن یاه و اه
دوجوم یاهSNP
لیاف رد
لیاف رد و هدش ادج مه زا رظن دروم یاهزیلانآ ماجنا روظنم هب ،ییاهن هناگادج یاه
هدافتسا اب .دندش هریخذ یا
هخسن زا 0.1.13
همانرب
VCFtools
،ناراکمه و کچِناد(
گیاج تبسن )2011 ینیز
کت یاه یدیتوئلکون
یلاقتنا ینیزگیاج هب 4
کت یاه عطاقتم یدیتوئلکون
بساحم دروم 5
رد هک تسا رکذ هب مزلا .تفرگ رارق ه
4 Transition
5 Transversion
19
نیروپ هب نیروپ یاهزاب ،یلاقتنا ینیزگیاج نیدیمیریپ یاهزاب و اه
نیدیمیریپ هب یم لیدبت اه
هکیلاح رد دنوش
یم لیدبت سکعرب و نیدیمیریپ هب نیروپ یاهزاب ،عطاقتم ینیزگیاج رد یاهرایعم زا یکی تبسن نیا .دنوش
تنایراو تیفیک نییعت یاه
یم رامش هب هدش ییاسانش .دور
-3 -7 هیشاح تنایراو یسیون
هدش ییاسانش یاه
هیشاح تنایراو یسیون همانرب طسوت ،هدش ییاسانش یاه
snpEff
،ناراکمه و ینلاوگنیس(
ماجنا )2012
دودح عجرم مونژ یاراد همانرب نیا .تفریذپ یم فلتخم دوجوم 2500
هیشاح هک دشاب زا هدافتسا اب ار یسیون
یم ماجنا رظن دم تادوجوم یارب اهنآ هیشاح یارب زاین دروم تاعلاطا و رتش عجرم مونژ .دهد
یسیون
تنایراو یلاوت ،نآ تلع هک درادن دوجو همانرب نیا رد رتش مونژ زا جرختسم یاه لاس رد رتش مونژ یبای
یاه
( ریخا یم هنیمز نیا رد یفاک تاعلاطا دوجو مدع و )2014
ا رد هتبلا .دشاب مونژ زا هدافتسا اب قیقحت نی
رتش عجرم هناهوکود
تمرف اب یلیاف نینچمه و تمرف هب( GFF
لمعلاروتسد ساسا رب و )دش لیدبت GTF
همانرب رد سیباتید داجیا
snpEFF
(
http://snpeff.sourceforge.net/SnpEff_manual.html#databases
)
تیقفوم مادقا نیا جیاتن هک دش رظن دروم هناخباتک داجیا هب مادقا ،هدش داجیا هناخباتک زا هدافتسا اب .دوب زیمآ
تنایراو رارق ناکم و درکلمع رظن زا هدش ییاسانش یاه هیشاح ،مونژ رد یریگ
.دندش یسیون
20
:مراهچ لصف
ثحب و جیاتن
21
Whole genome sequencing for detection of biodiversity and evaluation processes in Iranian Bactrian camels
N. hedayat Evrigh, R. Khalkhali Evrigh, X. Zhao Abstract
Camels play a key role in providing of food for people in hot and cold deserts. Unlike the dromedary camels, the population size of Bactrian camels is small and in some countries, such as Iran, they are at risk of extinction. To identification and analysis of genome wide variations, we performed whole genome sequencing of two Iranian Bactrian camels in 37.4 and 42.6-fold coverage for the first time. Along with Iranian Bactrian camels, resequencing analysis carried out for two Mongolian domestic and two wild Bactrian camels that were deposited in the NCBI. In total, 4908998, 4485725 and 4706654 single nucleotide polymorphisms (SNPs) were identified across whole genome of Iranian, Mongolian domestic and wild Bactrian camels, respectively. Also detected insertion/deletions (INDELs) variations ranged from 358311 to 533188 in all six camels. Result of variants annotation in all samples revealed that more than 88 percent of SNPs and INDELs located in the intergenic and intronic regions. We found that 800530 SNPs were common among all under study camels, containing 4046 missense variants that were affected 2428 genes. For these genes, no gene ontology (GO) terms were significantly enriched in the biological terms, while molecular function terms such as ATP binding and calcium ion binding were significantly enriched.
Investigation of common genes among all camels containing the missense SNPs showed that there are 98 zinc finger and 4 fertility-related genes (ZP1, ZP2, ZP4 and ZPBP) in this set, which could potentially give us some messages about evaluations process in Bactrian camels.
Keywords: Bactrian camel, Whole genome sequencing, Single Nucleotide Polymorphism (SNP), Insertion/Deletion (INDEL), Gene ontology
22
23
University of Mohaghegh Ardabili
Final Report of Research project
Whole genome sequencing for detection of biodiversity and evaluation processes in Iranian Bactrian camels
By:
Nemat Hedayat-Evrigh, Reza Khalkhali-Evrigh and Xin Zhao
Department of Animal Science
Faculty of Agriculture and Natural Resources
This Research Project Has Been Financially Supported by the Office of Vice Chancellor for Research
