Core values di suatu universitas atau lembaga pendidikan tinggi adalah nilai-nilai inti atau nilai-nilai utama yang dianut bersama oleh seluruh civitas akademika yang menciptakan kekhasan dan menumbuhkan budaya kelembagaannya. Core values atau nilai-nilai inti ini
dimaksud untuk membentuk perilaku dan karakter kerja yang selaras dengan strategi universitas. Core values yang terinternalisasi dengan baik akan menjadi pilar utama dalam pembentukan budaya akademik dan non akademik serta kelembagaan yang kuat.
Ketika core values sudah menjadi pilar utama, ia akan mempersatukan cara kerja civitas akademika, untuk secara solid merealisasikan tujuan, visi, misi, dan program universitas (Al Makin, dkk., 2017). Di antara ketiga PTKI itu yang secara eksplisit merumuskan core values adalah UIN Sunan Kalijaga dan Universitas Muhammadiyah Yogyakarta, sedangkan IIM Surakarta tidak merumuskannya secara eksplisit.
Core values UIN Sunan Kalijaga terdiri atas 6 nilai inti, yaitu: interkonektif, dedikatif-inovatif, inklusif-continuous improvement. Core values integratif-interkonektif mengembangkan sistem keterpaduan dalam pengembangan akademik, manajemen, kemahasiswaan, kerja sama, dan entrepreneurship. Core values integratif-interkonektif didasarkan pada paradigma kesatuan dan terpadu/non dikotomis antara agama dan sains. Core values dedikatif-inovatif menuntut setiap civitas akademika UIN Sunan Kalijaga bersikap dedikatif, amanah, pro mutu, berpikir dan bergerak aktif, kreatif, cerdas, inovatif, tidak sekadar bekerja rutin dan rajin. Core values ini lebih menitikberatkan pada karakter, moralitas, akhlak, budi pekerti dalam membentuk kepribadian islami yang memiliki tanggung jawab atas kelangsungan NKRI serta kualitas bangsa dan negara dalam segala aspek hidup dan sistem kehidupan di NKRI. Core values inklusif-continuous improvement menuntut civitas akademika UIN Sunan Kalijaga bersifat terbuka, akuntabel, dan komit terhadap perubahan dan keberlanjutan. Core values continuous improvement merupakan keterbukaan dalam menerima perubahan berdasarkan temuan ilmu pengetahuan, teknologi, dan sembunyi dalam segala bidang yang berkaitan dengan pengintegrasian ilmu pengetahuan, keislaman, dan peradaban di era global dan modern ini.
Nilai-nilai utama UIN Sunan Kalijaga tersebut dijadikan arah dalam menyusun kebijakan pengembangan akademik dan semua program dan kegiatan dalam rangka mencapai yang telah digariskan. Di samping itu UIN Sunan Kalijaga Yogyakarta meneguhkan diri sebagai kampus inklusif dan benteng kebhinekaan. Sebagai kampus inklusif UIN Sunan Kalijaga telah berkomitmen menjadi kampus inklusif dengan memberikan kesempatan yang sama kepada siapapun untuk menjadi mahasiswa UIN Sunan Kalijaga Yogyakarta, termasuk para penyandang different ability (difabel). Faktanya hingga saat ini mahasiswa UIN Sunan Kalijaga Yogyakarta berasal dari berbagai wilayah di Indonesia dan segala macam budaya, etnis, ras, dan sebagian dari difabel.
Dengan begitu, perguruan tinggi ini telah berperan sebagai benteng kebhinekaan. UIN Sunan Kalijaga berkomitmen menjaga kebhinekaan dalam cara pandang, berkehidupan, beragama, bermasyarakat, dan bernegara.
UMY memiliki motto sebagai universitas unggul dan Islami. Unggul dalam keilmuan, pengetahuan, dan wawasan. Islami dalam artian memiliki nilai-nilai keluhuran dan ketawadhuan, sesuai dengan akhlak Islam. Kedua nilai ini ibarat koin mata uang yang
tidak dapat dipisahkan. Unggul dalam pengetahuan tanpa dibarengi oleh pendalaman agama, penanaman nilai-nilai moral, keluhuran akhlak, dan ajaran-ajaran substansif dari Islam, maka akan melahirkan sikap kesombongan, egois, elitis, arogansi keilmuan atau diistilahkan dengan satanisme intelektual. Segenap civitas akademika UMY harus menonjolkan nilai ketawadhuan dalam bersikap, demi menggapai visi, orientasi, dan prestasi.
Untuk mencapai apa yang tertuang dalam motto tersebut UMY memiliki nilai-nilai utama yang dibangun sejak awal mula berdirinya. Ada tiga nilai-nilai utama yang menjadi landasan bagi setiap gerak langkah civitas academica UMY, yaitu; keikhlasan, kesungguhan, dan kebersamaan (Darmawan, 2016).. Keihlasan menggambarkan kesungguhan untuk bekerja tak kenal lelah meski dalam keterbatasan sarana dan fasilitas. Keihlasan akan melahirkan komitmen, kejujuran, amanah, dedikasi, loyalitas, kesederhanaan, pengorbanan, harga diri dan berbagai nilai spiritualitas yang transenden dan bersifat trans historis. Kesungguhan akan melahirkan kerja keras, tanggung jawab, profesionalitas, kompetensi, kreatif, inovatif, dan tak mudah menyerah. Kebersamaan akan melahirkan kesetiakawanan, dapat bekerja sama, mampu kerja bersama dan bersedia bekerja bersama sama, empati, harmoni, toleransi, saling mengisi. Nilai-nilai utama UMY telah dikembangkan menjadi: 1) Keihlasan, 2) Amanah, 3) Kejujuran, 4) Keadilan, 5) Profesional, 6) Kebersamaan, 7) Mawasdiri, 8) Kepedulian 9) Disiplin, dan 10) Tanggung jawab.
IIM Surakarta meskipun tidak merumuskan core values-nya secara eksplisit, tetapi menurut penuturan Wakil Rektor Bidang Akademik, Dr. Ahmad Fatol, M.Ag., bahwa IIM Surakarta memiliki kekhasan sebagai PTKI yang rahmatan lil alamin. Pada tahun 2015 IIM Surakarta mengalami perubahan status dari Sekolah Tinggi Agama Islam Mambaul Ulum Surakarta (STAIMUS) menjadi Institut Islam Mambaul Ulum Surakarta (IIM).
Perubahan tersebut tidak sekadar perubahan bentuk kelembagaan saja tetapi juga diikuti penyempurnaan visi dan misinya. Keunikan (distingsi) yang diusung IIM Surakarta adalah menjadi Perguruan Tinggi Islam yang bercirikan rahmatan lil alamin. Keunikan ini dirumuskan dengan mempertimbangkan kondisi Surakarta yang sangat plural dengan berbagai macam aliran yang ada. Ciri kas ini kemudian diterjemahkan dalam proses pendidikan mulai dari perumusan kurikulum, silabus, RPS, sampai pada proses pembelajaran di kelas, bahkan juga kegiatan-kegiatan yang dilakukan oleh mahasiswa terutama kegiatan intra kampus.
Makna rahmatan lil alamin sebagai ciri khas IIM adalah bahwa Islam adalah agama yang mengandung ajaran yang sempurna sebagai pedoman hidup manusia untuk dapat menggapai keselamatan, kedamaian, kemakmuran, kesejahteraan baik di dunia dan akhirat. Inti ajaran Islam terdiri aqidah, syari›ah dan akhlak merapakan satu kesatuan yg utuh, padu yang dapat membentuk pola pikir, pola sikap humanis, toleran dan inklusif baik dalam kehidupan bermasyarakat maupun bernegara. Pemahaman keislaman yang dikembangkan adalah yang dapat memberi kemaslahatan yang mendorong rekatnya
ukhuwah Islamiyah, ukhuwah basyariah, dan ukhuwah wathoniyah. Sejalan dengan pemaknaan seperti itu proses pendidikan di IIM diarahkan agar mahasiswa dan semua civitas akademika memiliki sikap keagamaan yang rahmatan lil ‘alamin tersebut dan mampu mengaplikasikan nilai-nilai Islam yang rahmatan lil ‘alamin dalam kehidupan bermasyarakat. Aplikasi nilai Islam rahmatan lil ‘alamin ini dalam perilaku kehidupan bermasyarakat secara garis besar dapat dibagi menjadi 4 macam yakni ukhuwah Islamiyah, ukhuwah bashariyah, ukhuwah wathaniyah, dan ukhuwah ‘ubudiyah.
Mencermati rumusan nilai-nilai utama (core values), visi, misi, dan tujuan pendidikan, baik pada level universitas, fakultas, maupun jurusan atau Prodi dari ketiga PTKI pada hakikatnya memiliki titik kesamaan. Pertama, ketiga PTKI tersebut ingin menjadikan lembaganya sebagai lembaga pendidikan yang unggul dalam penguasaan ilmu pengetahuan dan teknologi. Kedua, keunggulan dalam bidang penguasaan ilmu pengetahuan dan teknologi tersebut didasarkan pada nilai-nilai keislaman. Ketiga, dengan ungkapan yang berbeda masing-masing PTKI Islam tersebut memiliki visi dan misi sebagai lembaga pendidikan tinggi yang inklusif, moderat, dan rahmatan lil alamin.