Sekolah merupakan sarana efektif bagi pendidikan HAM, karena selain jaringannya luas juga imprastrukturnya cukup memadai. Pelaksanaan pendidikan HAM di sekolah diintegrasikan ke dalam mata pelajaran. Artinya tidak perlu ada mata pelajaran khusus tentang HAM, karena akan menambah beban kurikulum. Hal ini sebagaimana dikemukakan oleh Wahid (2003:19), bahwa:
Kurikulum kita sudah terlalu padat dan gemuk, apabila ditambah dengan dengan mata pelajaran khusus tentang HAM, maka anak-anak akan kelabakan. Kalau dipaksakan, khawatir tujuan pemberian mata pelajaran khusus HAM tidak sampai. Nilai-nilai HAM sebaiknya diselipkan di mata pelajaran.
Pendapat senada dikemukakan Amirwulan (2003), bahwa:
Pendidikan HAM di sekolah formal bukan berarti memasukkan materi HAM ke dalam kurikulum. Jika itu dilakukan, maka pelajar hanya akan mendapat ilmu mengenai HAM, tetapi tidak dapat mengimplementasikan nilai-nilai yang terkandung di dalamnya.
Lebih lanjut menurut Amirwulan (2003): “pendidikan HAM di sekolah dapat diwujudkan dalam relasi antara guru dengan murid yang sesuai dengan nilai HAM, misalnya relasi yang sifatnya demokratis”.
Dari dua pendapat di atas, menunjukkan bahwa pendidikan HAM itu tidak perlu wadah baru mengingat beban kurikulum dalam sistem pendidikan Indonesia sudah terlalu padat dan gemuk. Tetapi walapun demikian pendidikan HAM tetap penting bagi bangsa Indonesia sebagai negara demokrasi yang menghormati dan menjunjung tinggi HAM. Solusinya dengan cara memasukan nilai-nilai HAM ke dalam mata pelajaran yang relevan.
Sementara tentang perlunya pengintegrasian HAM ke dalam mata pelajaran yang relevan Saad (2003:23-24), berpendapat bahwa:
Tidak perlu ada mata pelajaran khusus tentang HAM, karena akan sangat membebani anak didik kita. Bagi pendidikan HAM, yang perlu adalah mengintegrasikan nilai- nilai HAM ke dalam mata pelajaran terkait. Dan yang terpenting adalah di jenjang pendidikan dasar sampai penguruan tinggi, ini merupakan sebuah segi empat yang di dalamnya terdapat satu garis diagonal. Semakin rendah tingkat pendidikan, maka semakin banyak pengajaran HAM yang harus diintegrasikan ke dalam mata pelajaran tertentu. Sebaliknya, makin tinggi jenjang pendidikannya, maka makin kurang pengajaran HAM yang diintegrasikan, karena dia makin menuju ke konsep dan teori yang lebih standar. Untuk pendidikan tinggi perlu ada studi khusus tentang HAM atau ada mata kuliah HAM yang didalami secara akademik.
Dari pendapat di atas jelas, bahwa pendidikan HAM di sekolah harus terintegrasi dengan seluruh mata pelajaran terkait. Artinya tidak perlu ada mata pelajaran yang khusus membahas HAM, kecuali untuk perguruan tinggi perlu ada studi khuhus tentang HAM atau mata kuliah HAM yang didalami secara akademik. Contoh pengintegrasian HAM ke dalam mata pelajaran terkait: Hak-hak sipil dan politik bisa dimasukkan ke dalam mata pelajaran Pendidikan Kewarganegaraan (PKn); hak hidup bisa dimasukkan ke dalam pelajaran IPA (Biologi) yang membahas dan mengkaji tentang makhluk hidup; hak ekonomi dan sosial dimasukkan ke dalam pelajaran ekonomi, geografi, dan sejarah (IPS); hak beragama bisa dimasukkan ke dalam mata pelajaran Pendidikan Agama; dan hak budaya dapat dimasukkan ke dalam mata pelajaran kesenian.
Pendidikan HAM ini harus dilaksanakan secara berkesinambungan dari mulai pendidikan dasar, menengah, sampai perguruan tinggi. Semakin rendah tingkat pendidikan, maka semakin banyak pembelajaran HAM yang harus diintegrasikan ke dalam mata pelajaran terkait. Sebaliknya, semakin tinggi jenjang pendidikannya, maka makin kurang pembelajaran HAM yang diintegrasikan, karena dia makin menuju ke konsep dan teori yang lebih standar. Hal ini karena di perguruan tinggi yang lebih banyak dipelajari adalah teori. Sementara pada tingkat pendidikan dasar dan menengah lebih banyak contoh, praktik, dan integrasi pada mata pelajaran tertentu yang memberikan contoh bagaimana perilaku orang yang respek terhadap HAM, baik dalam hubungan dengan orang lain, dalam berinteraksi dengan sesama siswa, dengan guru, dengan karyawan, atau dengan orang tua.
Secara operasional contoh pengintegrasian pendidikan HAM ke dalam mata pelajaran terlihat dalam mata pelajaran Pendidikan Kewarganegaraan (PKn) untuk tingkat SMP/MTs sebagaimana tercantum dalam Standar Kompetensi (2003:7), yaitu sebagai berikut:
Kemampuan memahami instrumen nasional HAM (mendeskripsikan instrumen nasional HAM, menghargai upaya penegakkan HAM dan lembaga perlindungan HAM); Kemampuan menganalisis instrumen HAM (mengkaji instrumen internasional HAM, menunjukkan sikap terhadap kasus-kasus pelanggaran HAM di berbagai negara).
Tercantumnya materi HAM secara eksplisit dalam mata pelajaran PKn sebagaimana terlihat di atas, karena di antara misi PKn adalah sebagai pendidikan HAM. Hal ini sebagaimana dikemukakan oleh Winataputra et al (2004:2), bahwa:
Sifat multidimensionalitas inilah yang membuat bidang studi PKn dapat disikapi sebagai: pendidikan kewarganegaraan, pendidikan politik, pendidikan nilai dan moral, pendidikan kebangsaan, pendidikan kemasyarakatan, pendidikan hukum dan hak asasi manusia, dan pendidikan demokrasi.
Agar pelaksanaan pendidikan HAM berhasil sesuai dengan yang diharapkan yaitu tumbuhnya peserta didik (warga negara) yang menghormati dan menjunjung tinggi HAM, maka pembelajarannya harus demokratis dan manusiawi, bukan sebaliknya otoriter dan merendahkan harkat dan martabat manusia. Untuk itu pelatihan guru tentang HAM sangat diperlukan. Sebab (Wahid, 2003:19) “guru-guru itu menjadi ujung tombak yang memberikan pemahaman HAM kepada para anak didiknya, sehingga training atau pembekalan pengetahuan HAM kepada guru-guru menjadi sangat penting”. Hal senada dikemukakan Amirwulan (2003) bahwa: “Para guru yang merupakan ujung tombak dunia pendidikan perlu mendapatkan pelatihan tentang nilai-nilai hak asasi manusia (HAM) agar pendidikan HAM bagi pelajar di sekolah formal dapat terlaksana”. Sementara menurut Wahab (1998:7), bahwa: Perubahan apapun yang dilakukan tanpa komitmen dan kerja keras guru semuanya akan menjadi sia-sia atau gagal sama sekali. Bukti-bukti menunjukkan bahwa banyak inovasi pendidikan yang telah telah dilakukan namun gagal atau bahkan ditinggalkan sama sekali pada tingkat diseminasi dan implementasi hanya karena para guru kurang memperoleh informasi dan kurangnya komitmen profesional guru.
Dari pendapat di atas jelas, bahwa betapa pentingnya peran guru dalam pendidikan HAM khususnya, dan pendidikan pada umumnya. Melalui pembelajaran para guru membimbing dan mengarahkan peserta didik untuk bersikap dan bertindak sesuai dengan nilai-nilai hak asasi manusia.