• Tidak ada hasil yang ditemukan

Keragaman Gen Miostatin (GDF-8) pada Sapi Madura

N/A
N/A
Protected

Academic year: 2017

Membagikan "Keragaman Gen Miostatin (GDF-8) pada Sapi Madura"

Copied!
45
0
0

Teks penuh

(1)

KERAGAMAN GEN MIOSTATIN (GDF

-

8) PADA SAPI

MADURA

IQBAL IMANNULLOH

DEPARTEMEN BIOLOGI

FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM

INSTITUT PERTANIAN BOGOR

(2)

ABSTRAK

IQBAL IMANNULLOH. Keragaman Gen Miostatin (GDF-8) pada Sapi Madura. Dibimbing oleh

ACHMAD FARAJALLAH dan RADEN RORO DYAH PERWITASARI.

Sapi madura merupakan salah satu sapi lokal Indonesia yang memiliki kemampuan

adaptasi terhadap iklim tropis di kepulauan Madura dan memiliki kualitas daging serta kulit yang

baik. Perkembangan dan diferensiasi massa otot rangka dikendalikan oleh gen miostatin atau

growth differentiation factor-8

(GDF-8). Penelitian ini dilakukan untuk mengetahui keragaman

gen miostatin (ekson 2 dan ekson 3) pada sapi madura dan dibandingkan dengan gen miostatin dari

genus

Bos

lainnya pada tingkat runutan nukleotida. Identifikasi varian gen miostatin dilakukan

terhadap 21 sampel DNA sapi madura dan perunutan nukleotida dilakukan terhadap amplikon

menggunakan metode sampel DNA

pooling

. Enam varian yang ditemukan pada ekson 2 yaitu

C1G

(Leu),

C41T

(Ala),

G239A

(Arg),

G266A

(Arg),

A268G

(Thr), dan

A331G

(Met), sedangkan

pada ekson 3 yaitu

G75A

,

G77A

,

T261C

,

C273T

,

A330C

(Ile), dan

T336C

(Thr). Analisis varian

menunjukkan bahwa empat varian pada ekson 3 hanya terdapat pada sapi madura, satu bersifat

missense

yaitu

G77A

(His -- Arg), tiga varian lainnya bersifat

nonsense

yaitu

G75A

(Glu),

T261C

(Ala), dan

C273T

(Cys). Enam varian pada ekson 2 dan dua varian pada ekson 3 memiliki

kesamaan nukleotida basa pada genus

Bos

lainnya, yaitu

C1G

(48%),

C41T

(64%),

G239A

(88%),

G266A

(92%),

A268G

(96%),

A331G

(92%),

A330C

(72,7%), dan

T336C

(36,4%). Varian yang

ditemukan pada sapi madura berbeda dengan varian yang menunjukkan fenomena

double

muscling

.

Kata kunci

: miostatin, ekson 2, ekson 3, varian, DNA

pooling

ABSTRACT

IQBAL IMANNULLOH. Diversity of Myostatin Gene (GDF-8) on Madura Cattle. Supervised by

ACHMAD FARAJALLAH and RADEN RORO DYAH PERWITASARI.

Madura cattle is one of Indonesian local cows that have an ability to adapt the tropical

climate in Madura island and produce good quality meats and skins. Development and

differentiation of muscle mass are controlled by myostatin gene or

growth differentiation factor-8

(GDF-8). This research aimed to estimate the diversity of myostatin gene (exon 2 and exon 3) in

madura cattle and compared it with myostatin gene from other

Bos

genus. The identification of

myostatin gene diversity was performed on 21 DNA samples from madura cattle and nucleotides

sequencing was conducted on the amplicon using DNA

pooling

sample methods. The six variants

of the exon 2 were

C1G

(Leu),

C41T

(Ala),

G239A

(Arg),

G266A

(Arg),

A268G

(Thr), and

A331G

(Met), whereas on exon 3 was

G75A

,

G77A

,

T261C

,

C273T

,

A330C

(Ile), and

T336C

(Thr). The

variance analysis showed that there were four variants of exon 3 that only found in a madura

cattle, one variant has

missense

characteristic, that is

G77A

(His -- Arg), and the three other

variants have

nonsense

characteristic, that are

G75A

(Glu),

T261C

(Ala), and

C273T

(Cys). The

six variants of exon 2 and two variants of exon 3 had a nitrogen base similarity with the other

Bos

genus, that are

C1G

(48%),

C41T

(64%),

G239A

(88%),

G266A

(92%),

A268G

(96%),

A331G

(92%),

A330C

(72,7%), and

T336C

(36,4%). The variants found in madura cattle are different

from variants that showed the

double muscling

phenomena.

(3)

KERAGAMAN GEN MIOSTATIN (GDF

-

8) PADA SAPI

MADURA

IQBAL IMANNULLOH

Skripsi

sebagai salah satu syarat untuk memperoleh gelar

Sarjana Sains pada

Departemen Biologi

DEPARTEMEN BIOLOGI

FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM

INSTITUT PERTANIAN BOGOR

(4)

Judul Skripsi : Keragaman Gen Miostatin (GDF-8) pada Sapi Madura

Nama

: Iqbal Imannulloh

NRP

: G34070079

Menyetujui:

Pembimbing I

Pembimbing II

Dr. Ir. Achmad Farajallah, M. Si

Dr. Ir. R. R. Dyah Perwitasari, M. Sc.

NIP. 19650427 199002 1 002

NIP. 19660403 199003 2 001

Mengetahui:

Ketua Departemen Biologi

Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam

Institut Pertanian Bogor

Dr. Ir. Ence Darmo Jaya Supena

NIP. 19641002 198903 1 002

(5)

PRAKATA

Alhamdulillahirobbil’alamin

Segala puji dan syukur Penulis ucapkan bagi Allah yang telah melimpahkan

nikmat, karunia, anugrah, dan rahmat-Nya sehingga karya ilmiah yang berjudul

Keragaman Gen Miostatin (GDF-8) pada Sapi Madura dapat terselesaikan sebagai salah

satu syarat untuk memperoleh gelar Sarjana Sains di Departemen Biologi, Fakultas

Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam, Institut Pertanian Bogor.

Penulis mengucapkan terima kasih yang sebesar-basarnya kepada Bapak Dr. Ir.

Achmad Farajallah, M.Si dan Ibu Dr. Ir. R. R. Dyah Perwitasari, M.Sc selaku

pembimbing yang telah memberikan ilmu, pengarahan, dan bimbingannya sehingga

penelitian ini dapat terselesaikan. Serta kepada Dr. Ir. Iman Rusmana, M.Si selaku dosen

penguji yang turut memberikan kritik dan sarannya dalam laporan ini. Ucapan terima

kasih juga disampaikan kepada Kepala Bidang Pengembangan dan Usaha Peternakan,

Dinas Kelautan, Perikanan dan Peternakan Kab. Sampang Ir. Sri Wahyuni Yulianti yang

telah membantu dalam hal pengambilan sampel darah sapi madura serta kepada keluarga

tercinta, bapak, ibu, kakak, adik, dan feni shintarika atas segala doa yang tiada henti,

kasih sayang, dan dukungannya. Tidak lupa penulis ucapkan terima kasih kepada semua

keluarga besar zoologi (Mba Tini, Mba Ani, Pak Adi, Mba Kanthi, Mba Tetri, Kak Jazi,

Kak Uche, Mas Wildan, Pak Rizal, Mba Dea, I Made K, Raisa AS, Rindi, Bisri, Cahyo,

Chyntia, Nishe, Renny, dan Noe) yang telah berbagi ilmu dan segala dukungannya,

kepada sahabat seperjuangan (Remarchtito Ilkom44, Feri Bio44 dan Andra AGH44) atas

segala bantuan, nasehat, dan semangat yang selalu diberikan dalam penelitian ini, dan

kepada teman-teman Biologi angkatan 44, 45, dan 46 yang telah memberikan motivasi

kepada penulis.

Semoga karya ilmiah ini dapat bermanfaat dan menambah khasanah ilmu

pengetahuan kita semua. Saran dan kritik yang membangun sangat penulis harapkan agar

tulisan ini menjadi lebih baik.

Bogor, Januari 2012

(6)

RIWAYAT HIDUP

Penulis dilahirkan di Jakarta pada tanggal 31 Oktober 1988 dari Ayah Riyanto

dan Ibu Sumarni. Penulis merupakan anak kedua dari empat bersaudara.

Tahun 2007 penulis lulus dari SMA Negeri 51 Jakarta dan melanjutkan

pendidikan di Institut Petanian Bogor, Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam,

Departemen Biologi melalui jalur penerimaan Undangan Seleksi Masuk IPB (USMI).

(7)

DAFTAR ISI

Halaman

DAFTAR TABEL ...ix

DAFTAR GAMBAR ...ix

DAFTAR LAMPIRAN ...ix

PENDAHULUAN

Latar Belakang... 1

Tujuan... 1

BAHAN DAN METODE

Lokasi dan Waktu ... 1

Sampel DNA... 2

Amplifikasi gen Miostatin ... 2

Elektroforesis dan Visualisasi DNA ... 2

Perunutan Nukleotida gen Miostatin ... 2

Analisis Runutan DNA ... 2

HASIL

Amplifikasi dan Visualisasi Fragmen DNA ... 2

Runutan gen Miostatin... 3

Analisis Varian Nukleotida... 4

PEMBAHASAN ... 4

SIMPULAN ... 6

SARAN ... 6

DAFTAR PUSTAKA ... 6

(8)

DAFTAR TABEL

Halaman

1 Resume hasil pensejajaran nukleotida ekson 2 dan ekson 3 yang berbeda terhadap beberapa ruas

nukleotida gen miostatin genus

Bos

...3

DAFTAR GAMBAR

Halaman

1 Hasil amplifikasi ekson 2 (A) dan ekson 3 (B) gen miostatin dalam PAGE 6% dengan

pewarnaan sensitif perak...3

2 Varian ekson 3 yang hanya terjadi pada sapi madura, (A) varian G75A dan G77A; (B) varian

T261C; dan (C) varian C273T...3

DAFTAR LAMPIRAN

Halaman

1 Posisi masing-masing pasangan primer pada peta gen miostatin (GDF8) genus

Bos

...9

2 Informasi runutan gen miostatin (GDF8) pada

Bos indicus

...9

3 Beberapa spesies pembanding yang digunakan dalam proses pensejajaran gen miostatin (GDF8)

ekson 2 dan ekson 3 ...11

(9)

PENDAHULUAN

Latar Belakang

Sapi merupakan salah satu hewan ternak

dari famili Bovidae. Sapi yang berkembang

saat ini berasal dari domestikasi

Bos

primigenius

.

Domestikasi

tersebut

menghasilkan dua jenis sapi, yaitu sapi tanpa

punuk (punggung bagian depan datar,

B.

taurus

) dan sapi berpunuk (punggung bagian

depan melengkung ke atas,

B. indicus

).

Persebaran

B. taurus

sebagian besar berada di

wilayah Eropa dan Afrika Barat sedangkan

B.

indicus

sebagian besar tersebar di wilayah

Asia bagian selatan dan Afrika.

Jenis sapi lain yang memiliki sejarah

berbeda dari keduanya adalah

B. javanicus

,

yang dikenal sebagai banteng.

Banteng

mengalami domestikasi langsung menjadi sapi

bali (Nijman

et al.

2003). Selain sapi bali, di

Indonesia bisa ditemukan beberapa sapi lokal

yang lain, misalnya sapi madura dan sapi

aceh. Uggla (2008) dan Mohamad

et al.

(2009) melaporkan bahwa sapi aceh berasal

dari keturunan

B. indicus

, sedangkan sapi

madura merupakan hasil persilangan banteng

dan sapi berpunuk atau

B. indicus

. Firdhausi

(2010) menggunakan asal sampel yang lebih

terkontrol dengan cakupan asal sampel sekitar

setengah luasan madura, berdasarkan DNA

mitokondria melaporkan bahwa sapi madura

terbagi menjadi dua tipe, yaitu tipe I berasal

dari keturunan induk betina banteng dan tipe

II berasal dari keturunan induk betina sapi

berpunuk.

Dilihat dari morfologinya, sapi madura

memiliki kesamaan dengan sapi bali, yaitu

kulit berwarna kecoklatan dengan motif putih

pada bagian pantat dan kaki. Adaptasi yang

lama di daerah tropis kepulauan Madura

menyebabkan sapi madura memiliki beberapa

sifat unggul, yaitu tahan terhadap kondisi

panas, mampu hidup baik dalam kondisi

makanan terbatas, resisten terhadap parasit

serta memiliki kualitas daging dan kulit yang

baik (Payne dan Hodges 1997).

Miostatin

atau

growth differentiation

factor-8

(GDF-8)

adalah

protein

yang

mengatur pertumbuhan otot rangka sebelum

dan setelah kelahiran.

Protein tersebut

merupakan salah satu anggota superfamili

transforming growth factor-

β

(TGf-

β) yang

mengontrol secara negatif pertumbuhan massa

otot, yaitu dengan cara menghambat aktifitas

miogenin. Inaktifasi miogenin mengakibatkan

mioblas tidak dapat berdiferensiasi menjadi

miotube yang akan berkembang menjadi serat

otot rangka (Thomas

et al.

2000).

Miostatin disandikan oleh gen miostatin.

Pada sapi, gen miostatin terletak di kromosom

nomor 2. Gen tersebut terdiri atas satu

promotor, tiga ekson dan dua intron.

Fenomena

double muscling

atau

muscular

hypertrophy

yang terjadi pada sapi belgian

blue dan piedmontese merupakan efek yang

ditimbulkan dari mutasi gen miostatin

(Oldham

et al.

2001). Mutasi gen miostatin

yang terjadi pada sapi belgian blue adalah

mutasi delesi 11 pb pada ekson 3 (McPherron

dan Lee 1997), sedangkan mutasi yang terjadi

pada

sapi

piedmontese

adalah

mutasi

substitusi transisi basa guanin (G) menjadi

basa adenin (A) pada ekson 3 yang mengubah

asam amino sistein (Cys) menjadi tirosin

(Tyr) (Kambadur

et al.

1997). Beberapa

varian gen miostatin juga dilaporkan bisa

mengganggu aktifitas miogenin sehingga

jumlah serat otot rangka bertambah banyak

(hiperplasia) dan/atau ukurannya bertambah

besar (hipertropi).

Pertumbuhan otot rangka yang cepat pada

sapi yang mengalami hiperplasia dan/atau

hipertropi menyebabkan varian gen miostatin

mempunyai prospek ekonomi yang sangat

besar. Oleh karena itu, pencarian varian gen

miostatin pada berbagai jenis ternak, hewan

peliharaan

dan

hewan-hewan

lainnya

termasuk manusia banyak dilakukan (domba,

Johnson

et al.

2005; anjing, Mosher

et al.

2007; ikan, Ostbye

et al.

2001; dan manusia,

Schuelke

et al.

2004). Beberapa mutan gen

miostatin juga dilaporkan mempengaruhi laju

pertumbuhan otot rangka pada kerbau Nellore

(Grisolia

et al.

2009) dan sapi Charolaise

(Dunner

et al.

2002).

Tujuan

Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui

keragamangen miostatin (ekson 2 dan ekson

3) pada sapi madura yang dibandingkan

dengan beberapa anggota genus

Bos

lainnya.

BAHAN DAN METODE

Lokasi dan Waktu

(10)

Sampel DNA

Sampel DNA yang digunakan merupakan

ekstrak

DNA

sapi

madura

koleksi

Laboratorium Bagian Fungsi Hayati dan

Perilaku Hewan Departemen Biologi IPB.

Sampel yang digunakan berjumlah 21 sampel

terdiri atas sapi jantan (13 sampel) maupun

sapi betina (8 sampel).

Amplifikasi gen Miostatin

Amplifikasi ruas gen miostatin dilakukan

secara

in vitro

menggunakan mesin ESCO

Swift Maxi Thermal Cycler

. Amplifikasi ruas

ekson 2 gen miostatin menggunakan primer

forward

AF80 (5’-GCTGTTATGAATGAAA

TGCTAC) dan primer

reverse

AF81 (5’TTTT

ATTGGGTACAGGGCTAC).

Pasangan

primer

tersebut

mengapit

mulai

dari

nukleotida 2188 hingga nukleotida 2870 (

B.

taurus

, No. akses AB076403), dengan ukuran

amplikon sekitar 683 pb. Posisi penempelan

primer tersebut berada pada bagian akhir

intron 1 dan bagian awal intron 2. Sedangkan

amplifikasi ekson 3 menggunakan primer

forward

Luci 5 (5’-ATGTGACATAAGCAA

AATGATTAG) dan

reverse

Luci 6 (5’-CTTG

TGCTTAAGTGACTGTAG) yang mengapit

mulai dari nukleotida 4681 hingga nukleotida

5175 (

B. indicus

, No. akses AY794986),

dengan panjang amplikon sekitar 614 pb.

Pasangan primer tersebut menempel pada

bagian akhir intron 2 dan bagian awal

terminator gen miostatin (Lampiran 1).

Pereaksi

PCR dengan volume 25 μl

terdiri atas sampel DNA 2,5 μl (10

-100 ng),

DW steril 8 μl, masing

-masing primer

(

forward reverse

) 1 μl, dan

Kappa Taq

Readymix

12,5 μl.

Reaksi amplifikasi PCR

dilakukan dengan kondisi untuk kedua ruas

ekson gen miostatin adalah tahap

denaturasi

awal pada suhu 94

0

C selama dua menit 30

detik; tahap kedua terdiri dari 30 siklus yang

masing-masing siklus terdiri dari

denaturasi

pada suhu 94

0

C selama 30 detik, penempelan

primer (

annealing

) pada suhu 55

0

-56

0

C

selama 45 detik dan pemanjangan nukleotida

(

elongasi

) 72

0

C selama satu menit; tahap

terakhir yaitu pemanjangan nukleotida akhir

(

post-elongasi

) selama dua menit 30 detik.

Elektroforesis dan Visualisasi DNA

Elektroforesis amplikon gen miostatin

dilakukan dengan metode

Polyacrilamide gel

Electrophoresis

(PAGE) 6% dalam bufer 1x

TBE (10 mM Tris-HCl, 1 M asam borat, dan

EDTA 0,1 mM) yang dijalankan pada

tegangan 250 volt

selama 30

menit.

Visualisasi pita DNA setelah elektroforesis

dilakukan dengan pewarnaan sensitif perak

(Byun

et al.

2009).

PerunutanNukleotida gen Miostatin

Perunutan nukleotida dilakukan terhadap

amplikon ekson 2 dan ekson 3

yang

menunjukkan pita tunggal dan berpita tebal di

atas gel akrilamid. Untuk itu, amplikon

dimurnikan kemudian amplikon disatukan

(DNA

pooling

) dan dijadikan cetakan dalam

proses perunutan menggunakan primer yang

sama dengan

amplifikasi awal. Proses

perunutan

(PCR

dan

elektroforesis)

menggunakan metode

sequencing big dye

terminator

yang dilakukan oleh Lembaga

Komersial jasa

sequencing

.

Analisis Runutan DNA

Hasil perunutan dari arah

forward

dan

reverse

digabung menjadi satu ruas DNA

kemudian diedit berdasarkan kromatogram

yang dihasilkan oleh mesin elektroforesis

sequencing

menggunakan program BioEdit

versi 6.0.7. Pengeditan runutan lebih lanjut

dilakukan

secara

manual

berdasarkan

penyandiannya menjadi polipeptida. Setelah

diedit, runutan nukleotida saling disejajarkan

dengan melibatkan beberapa runutan dari

genus

Bos

lainnya (Lampiran 3) menggunakan

ClustralW yang tertanam dalam MEGA versi

4.0.2

(

Moleculer

Evolutionary

Genetics

Analysis

).

HASIL

(11)

M 1 2

Gambar 1Hasil amplifikasi ekson

pewarnaan sensitif

madura.

Tabel 1. Resume hasil pense

beberapa ruas nukleotida

[image:11.612.145.473.80.198.2]

Keterangan: Nomor posisi nukleotida

cetak tebal menunjukkan substitu

Gambar 2 Varian ekson 3 yan

varian T261C; dan

Runutan gen Miostatin

Runutan amplikon dari ara

reverse

yang digabung menjadi

DNA untuk ekson 2 dan ekson 3 berturut

yaitu sepanjang 683 nt

Pensejajaran dengan beberapa

miostatin genus

Bos

pemban

3)

menunjukkan

bahwa

sebenarnya untuk ekson 2 (La

ekson 3 (Lampiran 5) berturut

Spesies (No. Akses) /

Sampel

Sapi Madura

Bos taurus

(AF320998)

Bos taurus

(AB076403)

Bos indicus

(FJ752678)

Bos indicus

(EF438819)

Bos frontalis

(FJ752684)

Bos frontalis

(FJ752685)

Bos grunnies

(JN642607)

Bos grunnies

(EU372977)

600

300

100

A

A

M 1 2 3 4

M 1 2 3 4 5

plifikasi ekson 2 (A) dan ekson 3 (B) gen miostatin dalam PAGE

sensitif perak. Keterangan: M= marker 100 pb; 1, 2, 3, 4, 5= sampel

hasil pensejajaran nukleotida ekson 2 dan ekson 3 yang berbeda

uas nukleotida gen miostatin genus

Bos

.

posisi nukleotida dibaca secara vertikal di tiga baris pertama. Bagian

substitusi transversi.

ekson 3 yang hanya terjadi pada sapi madura, (A) varian G75A dan

C; dan (C) varian C273T.

dari arah

forward

dan

g menjadi satu ruas

n ekson 3 berturut-turut

683 nt dan 614 nt.

beberapa runutan gen

pembanding (Lampiran

bahwa

panjang

yang

on 2 (Lampiran 4) dan

berturut-turut yaitu 374

nt (124 asam amino) dan 381 nt

amino). Berdasarkan hasil pensejajaran

ruas ekson tersebut menunjukka

ekson 2 dan ekson 3 memiliki nukleoti

relatif stabil sebesar 98,4% dan

masing-masing enam varian terdiri

substitusi transversi dan lima

transisi, dengan posisi berbeda dari

varian (Tabel 1).

Ekson 2

Ekson 3

2

2

2

3

2

2

4

3

6

6

3

7

7

6

7

1

1

9

6

8

1

5

7

1

3

C

C G G A A

G G T C

C

T G G A A

A A C

T

C

C G G G A

A A C

T

G

C G G A A

A A C

T

G

C G G A A

A A C

T

(FJ752684)

G

C A A A A

A A C

T

(FJ752685)

G

T A G A A

A A C

T

(JN642607)

C

C G G A A

A A C

T

(EU372977)

G

C A A A G

A A C

T

300

100

600

C

B

B

PAGE 6% dengan

4, 5= sampel sapi

berbeda terhadap

pertama. Bagian yang di

G75A dan G77A; (B)

381 nt (127 asam

pensejajaran kedua

ukkan bahwa

memiliki nukleotida yang

dan ditemukan

varian terdiri atas satu

lima substitusi

dari tiap-tiap

2

3

3

7

3

3

3

0

6

C

A

T

T

A

C

T

A

C

T

C

T

T

A

C

T

A

T

T

A

C

T

A

C

[image:11.612.139.500.274.426.2] [image:11.612.124.504.462.583.2]
(12)

Analisis Varian Nukleotida

Pada ekson 2, satu dari enam titik varian

termasuk substitusi transversi. Varian tersebut

yaitu

C1G

yang menyandikan asam amino

leusin. Lima titik varian lainnya termasuk

substitusi transisi yaitu

C41T

(Ala),

G239A

(Arg),

G266A

(Arg),

A268G

(Thr), dan

A331G

(Met). Pada ekson 3, satu titik varian

termasuk substitusi tranversi

A330C

(Ile),

sedangkan lima varian lainnya yaitu

G75A

,

G77A

,

T261C

,

C273T

, dan

T336C

(Tyr)

termasuk substitusi transisi.

Analisis lebih lanjut terhadap varian

tersebut menunjukkan bahwa empat dari 12

total varian merupakan varian yang hanya

terjadi pada sapi madura. Varian tersebut yaitu

G75A

,

G77A

,

T261C

, dan

C273T

. Varian

G75A

merupakan varian yang terjadi pada

posisi nukleotida 75 basa G terhadap basa A

(Gambar 2A). Varian tersebut bersifat

nonsense

karena tetap sebagai asam glutamat.

Varian

G77A

terjadi pada posisi nukleotida 77

basa G terhadap basa A (Gambar 2A). Varian

ini bersifat

missense

karena menyebabkan

perubahan histidin menjadi arginin. Lebih

lanjut, varian

T261C

terjadi pada posisi

nukleotida 261 basa T terhadap basa C

(Gambar 2B). Varian ini tetap menyandikan

asam amino alanin. Kemudian varian

C273T

terjadi pada posisi nukleotida 273 basa C

terhadap basa T yang tetap menyandikan

sistein (Gambar 2C).

Delapan varian lainnya merupakan varian

yang memiliki kesamaan basa nukleotida

terhadap beberapa genus

Bos

pembanding.

Varian

C1G

pada ekson 2 memiliki kesamaan

nukleotida basa C sebesar 48% terhadap

genus

Bos

pembanding, varian

C41T

memiliki

kesamaan nukleotida basa C sebesar 64%,

varian

G239A

memiliki kesamaan nukleotida

basa G sebesar 88%, varian

G266A

memiliki

kesamaan nukleotida basa G sebesar 92%,

varian

A268G

memiliki kesamaan nukleotida

basa A sebesar 96%, dan varian

A331G

memiliki kesamaan nukleotida basa A sebesar

92%. Sedangkan dua varian yang terdapat

pada ekson 3 yaitu varian

A330C

memiliki

kesamaan nukleotida basa A sebesar 72,7%

dan

varian

T336C

memiliki kesamaan

nukleotida basa T sebesar 36,4%. Kesamaan

nukleotida basa tersebut sebagian besar terjadi

pada

Bos taurus

dan

Bos indicus

pembanding.

PEMBAHASAN

Amplifikasi dan visualisasi untuk ekson 2

menghasilkan pita tunggal yang tebal dan

beberapa pita tambahan yang samar-samar

(Gambar

1A).

Pita

tambahan

tersebut

merupakan pengotor yang terdeteksi dalam

gel poliakrilamid setelah pewarnaan perak dan

tidak sampai mengganggu runutan amplikon.

Hal ini didukung dengan puncak kromatogram

yang jelas dengan jarak/spasi antar puncak

yang sebagian besar sama (Gambar 2).

Pewarnaan sensitif perak yang digunakan

untuk mendeteksi pita-pita DNA dalam gel

poliakrilamid sangat sesuai dengan volume

dan konsentrasi sampel yang sangat kecil

yaitu 2 μl

[10 ng] (Avise 1994). Hal tersebut

dikarenakan

pewarnaan

sensitif

perak

merupakan metode dengan sensitifitas yang

sangat tinggi dan cepat dalam mendeteksi

pita-pita DNA yang sangat kecil dengan

konsentrasi berkisar 10 ng (Byun

et al.

2009).

Hasil runutan dua amplikon dari arah

forward

dan

reverse

dengan hasil pensejajaran

ruas gen miostatin ekson 2 dan ekson 3

menunjukkan adanya perbedaan panjang

nukleotida. Perbedaan yang terdapat pada

ekson 2 berasal dari bagian akhir intron 1

sepanjang 158 nt dan bagian awal intron 2

sepanjang 127 nt (Lampiran 1). Sedangkan

pada ekson 3, perbedaan berasal dari bagian

akhir intron 2 sepanjang 108 nt dan bagian

awal terminator sepanjang 125 nt (Lampiran

1). Pada bagian intron-intron tersebut tidak

dilakukan analisis lebih lanjut karena ruas

intron

tidak

berperan

dalam

proses

penyandian asam amino (translasi) dalam hal

ini ekspresi dari gen miostatin.

Analisis

runutan

gen

miostatin

menunjukkan bahwa ekson 2 dan ekson 3

masing-masing menghasilkan enam varian

berturut-turut yaitu

C1G

,

C41T

,

G239A

,

G266A

,

A268G

,

A331G,G75A

,

G77A

,

T261C

,

C273T

,

A330C

dan

T336C

. Varian tersebut

ditunjukkan oleh adanya dua puncak pada

kromatogram yang saling tumpang tindih.

Puncak kromatogram pada varian ekson 3,

bukanlah sebagai

pengotor namun lebih

mengarah kepada varian (Gambar 2). Namun

lain halnya dengan beberapa puncak yang

terdapat pada ekson 2 selain enam puncak

yang

menunjukkan

varian

ekson

2.

Banyaknya puncak

pada latar belakang

kromatogram (tidak dilampirkan) diakibatkan

pengotor yang terbawa

saat amplifikasi

sampel. Hal ini mengakibatkan runutan ekson

2 diverifikasi lebih lanjut terhadap runutan

amplikon dari arah primer

forward

dan

reverse

untuk memastikan keakuratan runutan

tersebut.

(13)

diharapkan, karena menunjukkan adanya

varian pada ekson 2 dan ekson 3.

Puncak-puncak

tersebut

merupakan

hasil

dari

pembacaan mesin perunutan PCR dan

elektroforesis terhadap sampel yang dijadikan

dalam satu tabung (DNA

pooling

) yang sesuai

dengan masing-masing ekson. Teknik DNA

pooling

yang digunakan dalam penelitian ini

merupakan teknik yang dapat mendeteksi

varian pada suatu lokus namun varian tersebut

tidak dapat diketahui terjadi pada sampel yang

mana. Ini karena sampel-sampel tersebut

dijadikan dalam satu tabung (

pooling

)

sehingga teknik ini sangat hemat sebagai

penanda molekuler dan proses

screening

pada

sampel dapat terjadi secara cepat dan banyak

sampel. Secara umum, teknik DNA

pooling

untuk perunutan merupakan teknik dalam

mendeteksi

delesi, insersi dan substitusi

nukleotida (dikenal sebagai

Single Nucleotide

Polymorphisms

- SNPs).

Hasil perunutan amplikon ekson 2

(Lampiran 4) dan ekson 3 (Lampiran 5)

menunjukkan bahwa tidak ditemukan adanya

varian

yang

menyebabkan

terjadinya

pertambahan massa dan jumlah serat otot

rangka

(dikenal

double

muscling

atau

muscular hypertrophy

). McPherron dan Lee

(1997) melaporkan adanya delesi 11 pb pada

ekson 3 diantara nukleotida 821-831 dikenal

dengan

nt821(del11)

, mengakibatkan stop

kodon menjadi tidak dikenali sehingga protein

miostatin

tidak

dapat

diekspresikan.

Sedangkan Grobet

et al.

(1998) melaporkan

beberapa varian yang menyebabkan

double

muscling

terjadi pada ekson 2 yaitu delesi

tujuh pb dan digantikan dengan insersi 10 pb

pada posisi nukleotida ke-419 dikenal sebagai

nt419(del7-ins10)

, transisi basa C menjadi

basa T pada posisi nukleotida ke-610

(

Q204X

), dan transversi basa G menjadi basa

T pada posisi nukleotida ke-676 (E226X);

serta substitusi transisi basa G menjadi basa A

pada posisi nukleotida ke-938 (C313Y)

menyebabkan asam amino sistein (Cys)

berubah menjadi treonin (Thr). Varian yang

tidak menyebabkan

double muscling

juga

telah dilaporkan oleh Dunner

et al.

(2002)

pada ekson 2 yaitu substitusi transisi basa G

menjadi basa A pada posisi nukleotida ke-544

(

D182

) yang mengakibatkan perubahan asam

aspartat (Asp) menjadi asparagin (Asn) dan

substitusi transisi basa G menjadi basa A pada

posisi nukleotida ke-387 dikenal dengan

nt387(G-A)

.

Regulasi miostatin secara umum diawali

dengan pembentukan dan ekspresi sebagai

premiostatin yang belum aktif. Miostatin

menjadi aktif pada saat pasca-translasi dan

kemudian

berikatan

dengan

follistatin.

Kompleks miostatin dan follistatin ini akan

membentuk situs aktif jika berikatan dengan

activin reseptor IIB di jaringan otot. Reseptor

tersebut akan memberikan sinyal kerja ke

protein yang mengatur pengendalian otot

(miogenin), sehingga perkembangan jaringan

otot menjadi normal. Mutasi pada gen

miostatin menyebabkan perubahan jumlah

(hiperplasia) dan/atau ukuran serat otot

(hipertropi) maupun perubahan ikatan situs

aktif

dengan

activin

IIB

sehingga

menyebabkan fenomena

double muscling

(McNally 2004).

Pada penelitian ini, amplifikasi dan

perunutan gen miostatin menunjukkan bahwa

empat varian pada ekson 3 hanya terdapat

pada sapi madura, yaitu

G75A

,

G77A

,

T261C

,

dan

C273T

(Tabel 1). Meskipun varian

tersebut

berbeda

berdasarkan

basa

nukleotidanya, telaah lebih lanjut berdasarkan

asam amino yang disandikan ternyata tiga

varian, yaitu

G75A

,

T261C

, dan

C273T

memiliki asam amino yang sama dengan

genus

Bos

pembanding berturut-turut yaitu

asam glutamat (Glu), alanin (Ala), dan sistein

(Cys). Sedangkan pada varian

G77A

memiliki

perbedaan

asam

amino

karena

terjadi

perubahan dari histidin (His) menjadi arginin

(Arg). Arginin (Arg) dan histidin (His)

merupakan asam amino yang bersifat basa dan

mempunyai

gugus

amino

pada

rantai

sampingnya yang bermuatan positif serta

bersifat hidofilik. Adanya kesamaan asam

amino pada tiga varian ekson 3dikarenakan

posisi nukleotida basa pada tiga varian

tersebut terjadi pada basa ketiga (Lampiran 5)

sehingga asam amino yang disandikannya

tetap. Sedangkan posisi nukleotida basa pada

varian

G77A

terjadi pada basa kedua sehingga

terjadi

perbedaan

asam

amino

yang

disandikan. Asam amino yang berubah tidak

hanya terjadi pada perubahan nukleotida basa

di posisi kedua setiap kodonnya namun juga

dapat terjadi pada basa kesatu seperti pada

varian

C1G

,

A268G

dan

A330C

(Lampiran 4).

(14)

Dua varian lainnya (

G239A

dan

G266A

)

menyandikan asam amino arginin (Arg)

sedangkan

genus

Bos

pembandingnya

menyandikan lisin (Lys). Kedua asam amino

tersebut termasuk asam amino yang bersifat

basa, gugus amino pada rantai sampingnya

bermuatan positif dan bersifat hidrofilik.

Kesamaan nukleotida basa dan sifat asam

amino yang disandikannya terhadap beberapa

genus

Bos

pembanding sebagian besar terjadi

pada

Bos taurus

dan

Bos indicus

.

SIMPULAN

Perunutan (PCR dan elektroforesis)gen

miostatin pada sapi madura dengan teknik

sampel DNA

pooling

menunjukkan bahwa

ekson 2 dan ekson 3 masing-masing memiliki

enam varian. Empat varian pada ekson 3

(

G75A

,

G77A

,

T261C

, dan

C273T

) hanya

ditemukan pada sapi madura. Asam amino

pada varian

G77A

mengalami perubahan dari

histidin (His) menjadi arginin (Arg). Varian

yang ditemukan berbeda dengan varian yang

menyebabkan fenomena

double muscling

.

SARAN

Varian

G77A

pada ekson 3 gen miostatin

dapat digunakan sebagai penanda genetik

terhadap pertumbuhan rata-rata massa otot

rangka dan kualitas karkas.

DAFTAR PUSTAKA

Avise JC. 1994.

Molecular Markers, Natural

History and Evolution

. New York:

Chapman & Hall.

Byun SO, Fang Q, Zhou H, Hickford JGH.

2009. An effective method for

silver-staining DNA in large numbers of

polyacrylamide

gels.

Analytical

Biochemistry

385: 174 – 175.

Dunner S, Miranda ME, Amigues Y, Caon J,

Georges M, Hanset R, Williams J,

Menissier

F.

2002.

Haplotype

diversity of the myostatin

gene

among beef cattle breeds.

Genetics

Selection Evolution

35: 103 – 108.

Firdhausi NF. 2010. Asal Usul Sapi Madura

Berdasarkan

Penanda

DNA

Mitokondria. [Tesis] Bogor: Fakultas

Pascasarjana,

Institut

Pertanian

Bogor.

Grisolia AB, D’Angelo GT, Porto Neto LR,

Siqueira

F,

Garcia

JF.

2009.

Myostatin (GDF8) single nucleotide

polymorphisms in Nellore cattle.

Genetic and Molecular Research

8:

822 – 830.

Grobet L, Poncelet D, Royo LJ, Brouwers B,

Pirottin D, Michaux C, Ménissier F,

Zanotti M, Dunner S, Georges M.

1998. Molecular definition of an

allelic series of mutations disrupting

the myostatin function and causing

double

muscling

in

cattle.

Mammalian Genome

9: 210 – 213.

Johnson PL, McEwan JC, Dodds KG, Purchas

RW, Blair HT. 2005. A directed

search in the region of GDF8 for

quantitative

trait

loci

affecting

carcass traits in Texel sheep.

Journal

of Animal Science

83: 1988 – 2000.

Kambadur R, Sharma M, Smith TPL, Bass JJ.

1997.

Mutations

in

myostatin

(GDF8) in Double-Muscled Belgian

Blue

and

Piedmontese

Cattle.

Genome Research.

7: 910 – 915.

McNally

EM.

2004.

Powerful

genes-myostatin

regulation

of

human

muscle mass.

The New England

Journal of Medicine

350: 2642 –

2644.

McPherron AC, Lee SJ. 1997. Double

muscling in cattle due to mutations in

the myostatin gene.

Proceedings of

the National Academy of Sciences

.

USA 94: 12457 – 12461.

Mosher DS, Quignon P, Bustamante CD,

Sutter NB, Mellersh CS,Parker HG,

Ostrander EA. 2007. A mutation in

the myostatin gene increases muscle

mass

and

enhances

racing

performance in heterozygote dogs.

PLoS Genetics

3: 0779 – 0786.

Mohamad K, Olsson M, Tol HTA van, Mikko

S, Vlamings BH, Andersson G,

Martinez HR, Purwantara B, Paling

RW, Colenbrander B, Lenstra JA.

2009. On the origin of Indonesian

cattle.

PLoS ONE

4:1 – 5.

(15)

Oldham JM, Martyn JAK, Sharma M,

Jeanplong F, Kambadur R, Bass JJ.

2001.

Moleculer

expression

of

myostatin and MyoD is greater in

double-muscled

than

normal-muscled cattle fetuses.

American

Journalof Physiology - Regulatory,

Integrative

and

Comparative

Physiology

280: R1488 – R1493.

Ostbye TK,

Galloway TF, Nielsen C,

Gabestad I, Bardal T, Andersen O.

2001. The two myostatin genes of

Atlantic salmon (salmo salar) are

expressed in a variety of tissues.

European Journal of Biochemistry

268: 5249 – 5257.

Payne WJA, Hodges J. 1997.

Tropical Cattle:

Origins,

Breed,

and

Breeding

Policies

. Oxford: Blackwell Science

Ltd.

Schuelke M, Wagner KR, Stolz LE, Hübner

C, Riebel T, Kömen W, Braun T,

Tobin JF, Lee SJ. 2004. Myostatin

mutation

associated

with

gross

muscle hypertrophy in a child.

The

New England Journal of Medicine

350: 2682 – 2688.

Thomas M, Langley B, Berry C, Sharma M,

Kirk S, Bass J, Kambadur R. 2000.

Myostatin, a negative regulator of

muscle

growth,

function

by

inhibiting

myoblast

proliferation.

Journal Biochemistry

275: 40235 –

40243.

(16)
(17)

Lampiran 1. Posisi masing-masing pasangan primer pada peta gen miostatin (GDF8) genus Bos.

Pasangan primer

forward

AF80 dan

reverse

AF81 terhadap

Bos taurus

(No. akses

AB076403). Sedangkan pasangan primer

forward

Luci 5 dan

reverse

Luci 6 terhadap

Bos indicus

(No. akses AY794986)

Lampiran 2. Informasi runutan gen miostatin (GDF8) pada

Bos indicus

LOCUS AY794986 6686 bp DNA linear MAM 24-JAN-2007 DEFINITION Bos indicus myostatin gene, complete cds.

ACCESSION AY794986

VERSION AY794986.1 GI:55740411 KEYWORDS .

SOURCE Bos indicus (Bos taurus indicus) ORGANISM Bos indicus

Eukaryota; Metazoa; Chordata; Craniata; Vertebrata; Euteleostomi; Mammalia; Eutheria; Laurasiatheria; Cetartiodactyla; Ruminantia; Pecora; Bovidae; Bovinae; Bos.

REFERENCE 1 (bases 1 to 6686)

AUTHORS Tantia,M.S., Vijh,R.K., Kumar,S.T., Mishra,B. and Reecy,J.M. TITLE Comparative analysis of GDF 8 (myostatin) in Bos indicus and Bos taurus

JOURNAL DNA Seq. 17 (4), 311-313 (2006) PUBMED 17312952

REFERENCE 2 (bases 1 to 6686)

AUTHORS Tantia,M.S., Mishra,B., Bharani Kumar,S.T. and Vijh,R.K. TITLE Direct Submission

JOURNAL Submitted (26-OCT-2004) NATP, NBAGR, P B No. 129, Karnal, Haryana 132001, India

FEATURES Location/Qualifiers source 1..6686

/organism="Bos indicus" /mol_type="genomic DNA" /db_xref="taxon:9915"

mRNA join(<134..506,2371..2744,4778..>5158) /product="myostatin"

CDS join(134..506,2371..2744,4778..5158)

/note="similar to the product of GenBank Accession Number AB076403"

/codon_start=1 /product="myostatin" /protein_id="AAV63982.1" /db_xref="GI:55740412"

/translation="MQKLQISVYIYLFMLIVAGPVDLNENSEQKENVEKEGLCNACLW RENTTSSRLEAIKIQILSKLRLETAPNISKDAIRQLLPKAPPLLELIDQFDVQRDASS DGSLEDDDYHARTETVITMPTESDLLTQVEGKPKCCFFKFSSKIQYNKLVKAQLWIYL RPVKTPATVFVQILRLIKPMKDGTRYTGIRSLKLDMNPGTGIWQSIDVKTVLQNWLKQ PESNLGIEIKALDENGHDLAVTFPEPGEDGLTPFLEVKVTDTPKRSRRDFGLDCDEHS TESRCCRYPLTVDFEAFGWDWIIAPKRYKANYCSGECEFVFLQKYPHTHLVHQANPRG SAGPCCTPTKMSPINMLYFNGEGQIIYGKIPAMVVDRCGCS"

ORIGIN

1 agattcactg gtgtggcaag ttgtctctca gactgggcag gcattaacgt ttggcttggc 61 gttactcaaa agcaaaagaa aagtaaaagg aagaagtaag aacaagggaa aagattgtat 121 tgattttaaa accatgcaaa aactgcaaat ctctgtttat atttacctat ttatgctgat 181 tgttgctggc ccagtggatc tgaatgagaa cagcgagcag aaggaaaatg tggaaaaaga 241 ggggctgtgt aatgcatgtt tgtggaggga aaacactaca tcctcaagac tagaagccat 301 aaaaatccaa atcctcagta aacttcgcct ggaaacagct cctaacatca gcaaagatgc 361 tatcagacaa cttttgccca aggctcctcc actcctggag ctgattgatc agttcgatgt 421 ccagagagat gccagcagtg acggctcctt ggaagacgat gactaccacg ccaggacgga 481 aacggtcatt accatgccca cggagtgtga gtagtcctgc tggtgcagag caacgactct 541 gctgactgct gttctagtgt tcatgagaaa ccgatctatt ttcaggctct tttaacaagc 601 tgctggcttg tatgtaagga ggaggggaaa gagctttttt caagatttca tgagaaatag 661 accaatgaga ctgaaagctg ctactttatt tgtttcctta gagagctaaa aagctaaaaa

Intron 1

Intron 2

AF 80F

nt ke-2188

Luci 5F

nt ke-4681

AF 81R

nt ke-2870

Luci 6R

nt ke-5175

(18)
(19)

5161 tctatatttg gttcatagct tcctaaaaca tggaaggtct tcccctcaac aattttgaaa 5221 ctgtgaaatt atgtaccaca ggctataagc ctagagtatg ctacagtcac ttaagcacaa 5281 gctacagtat atgagctaaa aagagagaat atatgctatg gttggcattt aaccatcaaa 5341 acaaatcgta taataaaacg ttttatgatt tccagagttt ttgaactagg agatcaaatt 5401 ccatttatgt tcaaatatat cacaacacat gcaggtgaat gaaagcaatt ctccttgtct 5461 tctggtgaat taaaggagta tgctttaaaa tctatttctt tacagtttca cttaatattt 5521 acagaaaaat ctatatgtag tattggtaaa atgcagtatt gttatatacc attatttgaa 5581 acatccttaa acacttgaat ttatattgta tgatagcata cttggtaaga tgagattcca 5641 caaaataggg atggcacacc gtacgcaagt taccattcct atactgattg atacagtaca 5701 ttaacagttt ttgccaatgg tgctaataca ataggctgaa tggctgatgt tatcaggttt 5761 atcaagcaaa aaacgttcag gaaagtaata agtttctcct ttcttcaggt gcattttcac 5821 actcctccct atgggcaatg gatgttctat aaagaaagaa aactcatttt cctagaggtc 5881 tacattcaat tctgtagcat acttggagaa gctgcattga aaaggcagtc aaaaagtatt 5941 cattttggtc aaaatttcaa aattatagcc tgcctttgca atactgcagc ttttaggatg 6001 aaataatgga aatgactgat tctatcaata ttgtataaaa agattttgaa atagttgcat 6061 ttatataata tgtatacaat attgttttgt aaataaatgt ctcctttttt atttactttg 6121 gtatattttt acagtaagga catttcaaat taagtattaa ggcacaaaga catgtcatgt 6181 aggacataaa agcaaaagct tatattttgg agcaaattag ttgattaaat agtggtctta 6241 aaactccata tgctaatggt tagatggtta tattacaatc attttatatt tttttacatt 6301 attagcattc acttatggat tcatgatggc tgtataatgt gaatgtgaaa tttcaatggt 6361 ttactgtcat tgtattcaaa tctcaacgtt ccattatttt aatacttata aatattaagc 6421 ataccaaaat gatttaactc tattatctga aatcagaata ataaactgat gatatcttac 6481 aaattgttaa ttttatttta taatttgata atgaatatat ttctgcatat atttactact 6541 attttgtaaa tcaggatttt gttaatcaaa taaattgtac ttatgattaa gtgaaattat 6601 ttcttacatc caatgtgtag aaacaattta agttatatta aagtgttttc accttttttg 6661 aaagacaaca gtttcatgtt ataatg

Lampiran 3. Beberapa spesies pembanding yang digunakan dalam proses pensejajaran gen

miostatin (GDF8) ekson 2 dan ekson 3

No.

Spesies

Jenis

No. Akses

Keterangan

01.

Bos javanicus

Madura Cattle

-

ekson 2

02.

Bos javanicus

Madura Cattle

-

ekson 3

03.

Bos taurus

Japanese Black Cattle

AB076403

ekson 2 &ekson 3

04.

Bos taurus

Japanese Black Cattle

AB232690

ekson 2

05.

Bos taurus

Taurus Cattle

AF019761

ekson 2

06.

Bos taurus

Taurus Cattle

AF320998

ekson 2 & ekson 3

07.

Bos taurus

Korea native Cattle

AY160688

ekson 2 & ekson 3

08.

Bos indicus

Indicus Cattle

AY794986

ekson 2 & ekson 3

09.

Bos frontalis

Gayal (Gaur)

EF432555

ekson 3

10.

Bos indicus

Leiqiong & Menggu Cattle

EF438805

ekson 2 & ekson 3

11.

Bos indicus

Leiqiong & Menggu Cattle

EF438814

ekson 2 & ekson 3

12.

Bos taurus

Leiqiong & Menggu Cattle

EF467383

ekson 2 & ekson 3

13.

Bos taurus

Leiqiong & Menggu Cattle

EF467392

ekson 2 &ekson 3

14.

Bos grunniens

Domestic Yak

EU372977

ekson 2 & ekson 3

15.

Bos grunniens

Domestic Yak

EU926669

ekson 3

16.

Bos grunniens

Domestic Yak

EU926670

ekson 2 &ekson 3

17.

Bos taurus

Taurus Cattle

FJ752671

ekson 2 &ekson 3

18.

Bos taurus

Taurus Cattle

FJ752672

ekson 2 & ekson 3

19.

Bos indicus

Indicus Cattle

FJ752675

ekson 2 &ekson3

20.

Bos indicus

Indicus Cattle

FJ752676

ekson 2 & ekson 3

21.

Bos indicus

Indicus Cattle

FJ752679

ekson 2 & ekson 3

22.

Bos grunniens

Domestic Yak

FJ752681

ekson 2

23.

Bos grunniens

Domestic Yak

FJ752682

ekson 3

24.

Bos frontalis

Gayal (Gaur)

FJ752684

ekson 2 &ekson 3

25.

Bos frontalis

Gayal (Gaur)

FJ752685

ekson 2 &ekson 3

26.

Bos taurus

Chinese Bohai

(20)

12

Lampiran 4. Hasil pensejajaran ekson 2 gen miostatin (GDF8) sapi madura terhadap beberapa genus

Bos

(Nomor merujuk pada nama spesies yang ada di lampiran 3).

Baris pertama,kedua, dan ketiga menunjukkan nomor posisi nukleotida yang dibaca secara vertikal

111 111 111 122 222 222 223 333 333 333 444 444 444 455 555 555 556 666 666 666 777 777 777 788 888 888 889 999 999 999 123 456 789 012 345 678 901 234 567 890 123 456 789 012 345 678 901 234 567 890 123 456 789 012 345 678 901 234 567 890 123 456 789 01. CTG ATC TTC TAA CGC AAG TGG AAG GAA AAC CCA AAT GTT GCT TCT TTA AAT TTA GCT CTA AGA TAC AAT ACA ATA AAC TAG TAA AGG CCC AAC TGT GGA 03. ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... 04. ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... 05. ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... 06. ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... .T. ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... 07. ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... .T. ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... 08. ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... 10. G.. ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... 11. G.. ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... 12. G.. ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... 13. G.. ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... .T. ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... 14. G.. ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... 16. ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... 17. G.. ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... 18. G.. ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... .T. ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... 19. G.. ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... .T. ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... 20. G.. ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... .T. ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... 21. G.. ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... 22. G.. ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... 24. G.. ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... 25. G.. ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... .T. ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... 26. ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... 27. ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... 28. ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... .T. ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... 30. ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... .T. ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... 31. ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ...

(21)

13

111 111 111 111 111 111 111 111 111 111 111 111 111 111 111 111 111 111 111 111 111 111 111 111 111 111 111 111 111 111 111 111 111 000 000 000 011 111 111 112 222 222 222 333 333 333 344 444 444 445 555 555 555 666 666 666 777 777 777 778 888 888 888 999 999 999 012 345 678 901 234 567 890 123 456 789 012 345 678 901 234 567 890 123 456 789 012 345 678 901 234 567 890 123 456 789 012 345 678 TAT ATC TGA GGC CTG TCA AGA CTC CTG CGA CAG TGT TTG TGC AAA TCC TGA GAC TCA TCA AAC CCA TGA AAG ACG GTA CAA GGT ATA CTG GAA TCC GAT 10. ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... 11. ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... 12. ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... 13. ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... 14. ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... 16. ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... 17. ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... 18. ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... 19. ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... 20. ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... 21. ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... 22. ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... 24. ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... 25. ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... 26. ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... 27. ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... 28. ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... 30. ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... 31. ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ...
(22)

14

122 222 222 222 222 222 222 222 222 222 222 222 222 222 222 222 222 222 222 222 222 222 222 222 222 222 222 222 222 222 222 222 222 900 000 000 001 111 111 111 222 222 222 233 333 333 334 444 444 444 555 555 555 566 666 666 667 777 777 777 888 888 888 899 999 999 901 234 567 890 123 456 789 012 345 678 901 234 567 890 123 456 789 012 345 678 901 234 567 890 123 456 789 012 345 678 901 234 567 CTC TGA AAC TTG ACA TGA ACC CAG GCA CTG GTA TTT GGC AGA GCA TTG ATG TGA AGA CAG TGT TGC AGA ACT GGC TCA AAC AAC CTG AAT CCA ACT TAG 20. ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... 21. ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... 22. ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... 24. ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... .A. ... ... ... ... ... ... ... ... .A. ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... 25. ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... .A. ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... 26. ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... 27. ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... 28. ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... 30. ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... 31. ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ...
(23)

15

223 333 333 333 333 333 333 333 333 333 333 333 333 333 333 333 333 333 333 333 333 333 333 333 333 33

990 000 000 000 111 111 111 122 222 222 223 333 333 333 444 444 444 455 555 555 556 666 666 666 777 77 890 123 456 789 012 345 678 901 234 567 890 123 456 789 012 345 678 901 234 567 890 123 456 789 012 34 GCA TTG AAA TCA AAG CTT TAG ATG AGA ATG GCC ATG ATC TTG CTG TAA CCT TCC CAG AAC CAG GAG AAG ATG GAC TG 31. ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ..

Lampiran 5. Hasil pensejajaran ekson 3 gen miostatin (GDF8) sapi madura terhadap beberapa genus

Bos

(Nomor merujuk pada nama spesies yang ada di lampiran 3).

Baris pertama,kedua, dan ketiga menunjukkan nomor posisi nukleotida yang dibaca secara vertikal

111 111 111 122 222 222 223 333 333 333 444 444 444 455 555 555 556 666 666 666 777 777 777 788 888 888 889 999 999 999 123 456 789 012 345 678 901 234 567 890 123 456 789 012 345 678 901 234 567 890 123 456 789 012 345 678 901 234 567 890 123 456 789 02. ACT CCT TTT TTA GAA GTC AAG GTA ACA GAC ACA CCA AAA AGA TCT AGG AGA GAT TTT GGG CTT GAT TGT GAT GAG CGC TCC ACA GAA TCT CGA TGC TGT 03. ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ..A .A. ... ... ... ... ... ... ... 06. ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ..A .A. ... ... ... ... ... ... ... 07. ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ..A .A. ... ... ... ... ... ... ... 08. ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ..A .A. ... ... ... ... ... ... ... 09. ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ..A .A. ... ... ... ... ... ... ... 10. ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ..A .A. ... ... ... ... ... ... ... 11. ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ..A .A. ... ... ... ... ... ... ... 12. ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ..A .A. ... ... ... ... ... ... ... 13. ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ..A .A. ... ... ... ... ... ... ... 14. ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ..A .A. ... ... ... ... ... ... ... 15. ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ..A .A. ... ... ... ... ... ... ... 16. ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ..A .A. ... ... ... ... ... ... ... 17. ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ..A .A. ... ... ... ... ... ... ... 18. ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ..A .A. ... ... ... ... ... ... ... 19. ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ..A .A. ... ... ... ... ... ... ... 20. ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ..A .A. ... ... ... ... ... ... ... 21. ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ..A .A. ... ... ... ... ... ... ... 23. ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ..A .A. ... ... ... ... ... ... ... 24. ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ..A .A. ... ... ... ... ... ... ... 25. ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ..A .A. ... ... ... ... ... ... ... 26. ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ..A .A. ... ... ... ... ... ... ... 29. ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ..A .A. ... ... ... ... ... ... ...

(24)

16

111 111 111 111 111 111 111 111 111 111 111 111 111 111 111 111 111 111 111 111 111 111 111 111 111 111 111 111 111 111 111 111 111 000 000 000 011 111 111 112 222 222 222 333 333 333 344 444 444 445 555 555 555 666 666 666 777 777 777 778 888 888 888 999 999 999 012 345 678 901 234 567 890 123 456 789 012 345 678 901 234 567 890 123 456 789 012 345 678 901 234 567 890 123 456 789 012 345 678 CGT TAC CCT CTA ACT GTG GAT TTT GAA GCT TTT GGA TGG GAT TGG ATT ATT GCA CCT AAA AGA TAT AAG GCC AAT TAC TGC TCT GGA GAA TGT GAA TTT 08. ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... 09. ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... 10. ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... 11. ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... 12. ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... 13. ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... 14. ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... 15. ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... 16. ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... 17. ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... 18. ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... 19. ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... 20. ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... 21. ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... 23. ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... 24. ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... 25. ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... 26. ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... 29. ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ...
(25)

17

122 222 222 222 222 222 222 222 222 222 222 222 222 222 222 222 222 222 222 222 222 222 222 222 222 222 222 222 222 222 222 222 222 900 000 000 001 111 111 111 222 222 222 233 333 333 334 444 444 444 555 555 555 566 666 666 667 777 777 777 888 888 888 899 999 999 901 234 567 890 123 456 789 012 345 678 901 234 567 890 123 456 789 012 345 678 901 234 567 890 123 456 789 012 345 678 901 234 567 GTA TTT TTG CAA AAG TAT CCT CAT ACC CAT CTT GTG CAC CAA GCA AAC CCC AGA GGT TCA GCT GGC CCC TGC TGC ACT CCT ACA AAG ATG TCT CCA ATT 20. ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ..C ... ... ... ..T ... ... ... ... ... ... ... ... 21. ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ..C ... ... ... ..T ... ... ... ... ... ... ... ... 23. ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ..C ... ... ... ..T ... ... ... ... ... ... ... ... 24. ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ..C ... ... ... ..T ... ... ... ... ... ... ... ... 25. ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ..C ... ... ... ..T ... ... ... ... ... ... ... ... 26. ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ..C ... ... ... ..T ... ... ... ... ... ... ... ... 29. ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ..C ... ... ... ..T ... ... ... ... ... ... ... ...
(26)

ABSTRAK

IQBAL IMANNULLOH. Keragaman Gen Miostatin (GDF-8) pada Sapi Madura. Dibimbing oleh

ACHMAD FARAJALLAH dan RADEN RORO DYAH PERWITASARI.

Sapi madura merupakan salah satu sapi lokal Indonesia yang memiliki kemampuan

adaptasi terhadap iklim tropis di kepulauan Madura dan memiliki kualitas daging serta kulit yang

baik. Perkembangan dan diferensiasi massa otot rangka dikendalikan oleh gen miostatin atau

growth differentiation factor-8

(GDF-8). Penelitian ini dilakukan untuk mengetahui keragaman

gen miostatin (ekson 2 dan ekson 3) pada sapi madura dan dibandingkan dengan gen miostatin dari

genus

Bos

lainnya pada tingkat runutan nukleotida. Identifikasi varian gen miostatin dilakukan

terhadap 21 sampel DNA sapi madura dan perunutan nukleotida dilakukan terhadap amplikon

menggunakan metode sampel DNA

pooling

. Enam varian yang ditemukan pada ekson 2 yaitu

C1G

(Leu),

C41T

(Ala),

G239A

(Arg),

G266A

(Arg),

A268G

(Thr), dan

A331G

(Met), sedangkan

pada ekson 3 yaitu

G75A

,

G77A

,

T261C

,

C273T

,

A330C

(Ile), dan

T336C

(Thr). Analisis varian

menunjukkan bahwa empat varian pada ekson 3 hanya terdapat pada sapi madura, satu bersifat

missense

yaitu

G77A

(His -- Arg), tiga varian lainnya bersifat

nonsense

yaitu

G75A

(Glu),

T261C

(Ala), dan

C273T

(Cys). Enam varian pada ekson 2 dan dua varian pada ekson 3 memiliki

kesamaan nukleotida basa pada genus

Bos

lainnya, yaitu

C1G

(48%),

C41T

(64%),

G239A

(88%),

G266A

(92%),

A268G

(96%),

A331G

(92%),

A330C

(72,7%), dan

T336C

(36,4%). Varian yang

ditemukan pada sapi madura berbeda dengan varian yang menunjukkan fenomena

double

muscling

.

Kata kunci

: miostatin, ekson 2, ekson 3, varian, DNA

pooling

ABSTRACT

IQBAL IMANNULLOH. Diversity of Myostatin Gene (GDF-8) on Madura Cattle. Supervised by

ACHMAD FARAJALLAH and RADEN RORO DYAH PERWITASARI.

Madura cattle is one of Indonesian local cows that have an ability to adapt the tropical

climate in Madura island and produce good quality meats and skins. Development and

differentiation of muscle mass are controlled by myostatin gene or

growth differentiation factor-8

(GDF-8). This research aimed to estimate the diversity of myostatin gene (exon 2 and exon 3) in

madura cattle and compared it with myostatin gene from other

Bos

genus. The identification of

myostatin gene diversity was performed on 21 DNA samples from madura cattle and nucleotides

sequencing was conducted on the amplicon using DNA

pooling

sample methods. The six variants

of the exon 2 were

C1G

(Leu),

C41T

(Ala),

G239A

(Arg),

G266A

(Arg),

A268G

(Thr), and

A331G

(Met), whereas on exon 3 was

G75A

,

G77A

,

T261C

,

C273T

,

A330C

(Ile), and

T336C

(Thr). The

variance analysis showed that there were four variants of exon 3 that only found in a madura

cattle, one variant has

missense

characteristic, that is

G77A

(His -- Arg), and the three other

variants have

nonsense

characteristic, that are

G75A

(Glu),

T261C

(Ala), and

C273T

(Cys). The

six variants of exon 2 and two variants of exon 3 had a nitrogen base similarity with the other

Bos

genus, that are

C1G

(48%),

C41T

(64%),

G239A

(88%),

G266A

(92%),

A268G

(96%),

A331G

(92%),

A330C

(72,7%), and

T336C

(36,4%). The variants found in madura cattle are different

from variants that showed the

double muscling

phenomena.

(27)

PENDAHULUAN

Latar Belakang

Sapi merupakan salah satu hewan ternak

dari famili Bovidae. Sapi yang berkembang

saat ini berasal dari domestikasi

Bos

primigenius

.

Domestikasi

tersebut

menghasilkan dua jenis sapi, yaitu sapi tanpa

punuk (punggung bagian depan datar,

B.

taurus

) dan sapi berpunuk (punggung bagian

depan melengkung ke atas,

B. indicus

).

Persebaran

B. taurus

sebagian besar berada di

wilayah Eropa dan Afrika Barat sedangkan

B.

indicus

sebagian besar tersebar di wilayah

Asia bagian selatan dan Afrika.

Jenis sapi lain yang memiliki sejarah

berbeda dari keduanya adalah

B. javanicus

,

yang dikenal sebagai banteng.

Banteng

mengalami domestikasi langsung menjadi sapi

bali (Nijman

et al.

2003). Selain sapi bali, di

Indonesia bisa ditemukan beberapa sapi lokal

yang lain, misalnya sapi madura dan sapi

aceh. Uggla (2008) dan Mohamad

et al.

(2009) melaporkan bahwa sapi aceh berasal

dari keturunan

B. indicus

, sedangkan sapi

madura merupakan hasil persilangan banteng

dan sapi berpunuk atau

B. indicus

. Firdhausi

(2010) menggunakan asal sampel yang lebih

terkontrol dengan cakupan asal sampel sekitar

setengah luasan madura, berdasarkan DNA

mitokondria melaporkan bahwa sapi madura

terbagi menjadi dua tipe, yaitu tipe I berasal

dari keturunan induk betina banteng dan tipe

II berasal dari keturunan induk betina sapi

berpunuk.

Dilihat dari morfologinya, sapi madura

memiliki kesamaan dengan sapi bali, yaitu

kulit berwarna kecoklatan dengan motif putih

pada bagian pantat dan kaki. Adaptasi yang

lama di daerah tropis kepulauan Madura

menyebabkan sapi madura memiliki beberapa

sifat unggul, yaitu tahan terhadap kondisi

panas, mampu hidup baik dalam kondisi

makanan terbatas, resisten terhadap parasit

serta memiliki kualitas daging dan kulit yang

baik (Payne dan Hodges 1997).

Miostatin

atau

growth differentiation

factor-8

(GDF-8)

adalah

protein

yang

mengatur pertumbuhan otot rangka sebelum

dan setelah kelahiran.

Protein tersebut

merupakan salah satu anggota superfamili

transforming growth factor-

β

(TGf-

β) yang

Gambar

Gambar 1Hasil amplifikasi ekson pewarnaan sensitif madura.plifikasi ekson 2 (A) dan ekson 3 (B) gen miostatin dalam PAGE sensitif perak
Gambar 1Hasil amplifikasi ekson pewarnaan sensitif madura.plifikasi ekson 2 (A) dan ekson 3 (B) gen miostatin dalam PAGE sensitif perak

Referensi

Dokumen terkait

Gen UTMP yang diamati terdapat fragmen lain yang menyebabkan insersi nukleotida pola minisatelit dengan motif 38 ulangan pada sekuens gen UTMP pada exon 4 sapi bali di BPTU

Sekuen DNA Ekson 5 CcEG hasil penelitian ini melengkapi penelitian sebelumnya dengan jumlah nukleotida yang berada pada posisi yang sama ( overlap ) sebanyak 26 pb. Intron

Jarak genetik berdasar nukleotida dan adanya perbedaan asam amino pada gen COX1 ketiga spesies tarsius tersebut dapat dibuat pohon filogenetika menggunakan metode

Hasil penelitian ini menunjukkan bahwa fragmen gen NRAMP-1|S ac I ekson 11 dan INOS|AluI intron 24 pada pada ayam Sentul Seleksi bersifat polimorfik karena terdapat tiga

Polipeptida hasil translasi dari amplikon asal Phalaenopsis merupakan bagian dari domain katalitik PTO (Gambar 2A), yaitu pada posisi nukleotida ke-192-632 (residu asam

Hasil allignment dari nukleotida 191 bp ditemukan urutan nukleotida yang menyandi 5 asam amino yang berbeda pada posisi asam amino ke-493, 498, 499, 504, dan 515 antara isolat

Tabel 17, Persentase kesamaan urutan nukleotida gen CP dan asam amino CP diantara isolat-isolat PStV yang berasal dari berbafiai daerah di Indonesia.. Persentase

Keragaman frekuensi basa nukleotida pada sapi Bali, Madura, Aceh, Pesisir, dan PO tersebut dikarenakan mtDNA memiliki laju mutasi lima sampai sepuluh kali lebih