Fingerprinting kelapa sawit (Elaeis guinensis Jacq.) Berdasarkan Marka Simple Sequence Repeats (SSR) dan Random Amplified Polymorphism DNA (RAPD)

(1)

Lampiran 1. Sinopsis 5 lokus marka SSR

No.

Lokus SSR

Repeat Motif

5’-3’

Forward Primer

5’-3’

Referse Primer

1. FR0465

(ACAG)4(GA)9

TCCCCCACGACCCATTC

GGCAGGAGAGGCAGCATTC

2. FR391

(GA)

20

TTCATCGCCTTCCCCTCTG

CCCGACCTAATCCAACATC

3. FR304

(GA)

19

CCACAAACAATCCAAGCAAGT

TGGCATACACGAAAGCATAA

4. FR0350

(GA)

5

gt(GA)

20

AAATCCTAAATCCTAAACTC

TCTACCTGTACTGGTGACAA

5. FR3693

(GA)

19

CCCATCATCTGCTCAGGATAGAC

ACCCTCTCCTCTTGGGAAGA

(2)

Lampiran 2. Sinopsis 5 primer RAPD

No

Nama Primer

Sekuen

1 OPC-12

5' TGTCATCCCC 3'

2 OPI-20

5' AAAGTGCGGG 3'

3 OPH-13

5' GACGCCACAC 3'

4 OPH-12

5' ACGCGCATGT 3'

5 OPD-16

5’ AGGGCGTAAG 3’

(3)

(4)

Lampiran 4. Pembuatan Larutan Stok

-

CTAB 5% (100 ml)

: Timbang NaCl sebanyak 2 g dan CTAB sebanyak 5 g.

Masukkan bahan kimia kedalam erlemeyer dan ditambahkan dengan akuades 100

ml, kemudian diaduk dengan menggunakan stirrer diatas

hot plate

.

-

Tris HCl 1M pH 8.0 (100 ml)

: Timbang tris sebanyak 12.114 g. Masukkan tris ke

dalam erlemeyer dan ditambahkan 80 ml aquades. Aduk campuran larutan dengan

menggunakan stirrer kemudian diletakkan di atas hot plate. Selanjutnya

ditambahkan 4.2 ml HCl pekat sedikit demi sedikit sampai pH mencapai 8.

Masukkan ke dalam gelas ukur, kemudian volume ditepatkan dengan

aquades/hingga volume larutan mencapai 100 ml.

-

EDTA 0.5 M pH7.4 (50 m)

: Timbang EDTA sebanyak 18.612 g dan NaOH 2 g.

Masukkan bahan kimia ke dalam erlemeyer dan ditamabhakan aquades 80 ml.

Aduk campuran larutan dengan menggunakan stirrer kemudian diletakkan diatas

hot plate. Selanjutnya, ditambahkan HCl pekat sedikit demi sedikit sampai pH

mencapai 8. Masukkan ke dalam gelas ukur, kemudian volume ditepatkan dengan

aqudes hingga volume larutan menjadi 100 ml.

-

NaCl 5 M (100 ml

) : Timbang NaCl sebanyak 29.22 g. Masukkan ke dalam

erlemeyer dan ditambahkan aquades. Aduk campuran larutan dengan menggunakan

stirrer kemudian diletakkan diatas hot plate. Masukkan ke dalam gelas ukur,

kemudian ditempatkan dengan aquades hingga volume larutan menjadi 100 ml.

(5)

Lampiran 5. Pembuatan larutan buffer

-

Buffer ekstraksi CTAB (100ml)

: Campurkan 40 ml CTAB 5%, 25.1 ml NaCl

5M, 4 ml EDTA 0.5 M pH 8.0, 10 ml Tris HCl 1 M pH 8.0 dan 20.8 ml. aquades.

-

Buffer TAE 50 X (100 ml)

: Campurkan 24.2 ml Tris HCl 1 M pH 7.4, 5.7 ml

Asam Asetat Glasial, 10 ml EDTA 0.5 M, pH 8.0, dan aquades hingga volume

larutan menjadi 100 ml.

-

Buffer TAE 1X (500 ml)

: Campurkan 10 ml buffer TAE 50 X dan 490 ml

aquades.

-

Buffer TE (50 ml):

Campurkan 0.5 ml Tris HCl 1 M pH 8.0, 0.1 ml EDTA, 0.5 M

pH 8.0 dan 49.4 ml aquades.

-

Kloroform Isoamilalkohol 24 : 1 (50 ml):

Campurkan 48 ml kloroform dan 2 ml

isoamilalkohol.

(6)

Lampiran 6. Deskripsi DXP Unggul Socfindo (L)

Rerata potensi produksi TBS

: 30 - 34 ton/ha/tahun

Produksi TBS di kebun komersial

: 40 ton/ha/tahun (*)

Rerata potensi ekstraksi CPO

: > 26-28%

Rerata potensi produksi CPO

: 7.8 – 9.5ton/ha/tahun

Rerata potensi total (CPO+PKO)

: 8.8-10.5 ton/ha/tahun

Tenera

:> 99,9%

Umur Panen perdana

: 2 tahun

Potensi TBS pada panen perdana

: 14 –18 ton/ha

Pertumbuhan meninggi

: 40-50 cm/tahun

Adaptasi pada areal marjinal

: Baik

Ketahanan terhadap Ganoderma

: Rentan ke normal

Populasi/ha (pokok)

: 143

Kandungan Kimia

Iodine value

: > 55,2%

Kadar

ß-carotene

:

> 500 ppm

*) Kondisi Umur dan lokasi tertentu

(7)

Lampiran 7. Uji kuantitas hasil ekstraksi DNA DxP Unggul Sucfindo

No.

Nomor Sampel

Konsentrasi DNA µg/µl

λ260

/ λ280

(8)

(9)

(10)

Lampiran 10. Keragaman alel lima marka SSR pada DxP Unggul Socfindo (L) berdasarkan

Software

Gen Alex Versi 6.5

Heterozygosity, Fstatistics and Polymorphism by Population for Codominant Data

Data Sheet

FORM SSR PD GEN ALEX

Data Title

Data Hasil 9 Primer SSR

No. Loci

9 No. Samples

30 No. Pops.

1 Sample Size, No. Alleles, No. Effective Alleles, Information Index, Observed Heterozygosity, Expected and Unbiased

Expected Heterozygosity, and Fixation Index

Pop

Locus

N

Na

Ne

I

Ho

He

uHe

F

Pop I

FR 0465

30

2.000

1.946

0.679

0.833

0.486

0.494 -0.714

FR 391

29

2.000

1.979

0.688

0.000

0.495

0.503

1.000 FR304

30

1.000

0.000

0.000 #N/A

FR0350

29

4.000

3.174

1.224

0.828

0.685

0.697 -0.208

FR 3693

29

2.000

1.035

0.087

0.034

0.034 -0.018

(11)

(12)