# Ko re sp o n d e n si: Balai Rise t Per ikan an Bu d id aya Air Tawar d an Pe n yu lu h an Pe r ikan an . Jl. Se m p u r No . 1 , Bo g o r 1 6 1 5 4 , In d o n e s ia.
Te l. + 6 2 2 5 1 8 3 1 3 2 0 0
Tersedia online di: ht t p://ej ournal-balit bang.kkp.go.id/index.php/j ra
EVALUASI VARIASI FENOTIPE DAN GENOTIPE POPULASI IKAN TAM BAKAN
DARI KALIM ANTAN TENGAH, JAWA BARAT, DAN JAM BI DENGAN TRUSS M ORFOM ETRIK
DAN RANDOM AM PLIFIED POLYM ORPHIC DNA (RAPD)
Anang Hari Kristanto#, Jojo Subagja, Wahyulia Cahyanti, dan Otong Zenal Arifin
Balai Riset Perikanan Bu didaya Air Tawar dan Penyu luhan Pe rikanan
(Naskah dit erima: 10 Agust us 2017; Revisi final: 4 Desember 2017; Diset ujui publikasi: 4 Desember 2017)
ABSTRAK
Ikan tambakan (Helost oma t emminckii) digemari sebagai ikan konsumsi, di daerah Sumatera dan Kalimantan. Dalam rangka pengembangan budidayanya melalui program domestikasi, informasi terkait variasi fenotipe dan genotipe induk asal perlu dilakukan. Penelitian ini bertujuan untuk mendapatkan karakteristik fenotipe dan genotipe ikan tambakan dari Kalimantan Tengah, Jawa Barat, dan Jambi. Penelitian dilakukan di Balai Riset Perikanan Budidaya Air Tawar dan Penyuluhan Perikanan (BRPBATPP), Bogor. Data diperoleh melalui pengukuran jarak bagian tubuh berdasarkan metode t russ morphomet ric dan analisis DNA menggunakan metode RAPD. Hasil yang diperoleh menunjukkan bahwa nilai polimorfisme (81,25%) dan heterozigositas (0,3544) tertinggi terdapat pada populasi ikan tambakan asal Kalimantan Tengah. Jarak genetik tertinggi ant ara po pu lasi Jam bi d en gan Kalimant an Ten gah seb esar 0,1452; sed an gkan jarak gen et ik t eren dah ad alah 0,1044 yaitu ant ara po pu lasi Jamb i de ngan Jawa Barat . Be rdasarkan u ji karakt er m orfo me trik diketahui terdapat 13 karakter yang berbeda nyata yaitu A1, A2, A4, A5, B3, C1, C3, C4, C5, D3, D4, D5, dan D6. Pop ulasi Jam bi de ngan Jawa Barat me miliki hu bungan kekerabatan leb ih d ekat dibanding den gan populasi Kalimantan Tengah.
KATA KUNCI: keragaman genetik; morfometrik; RAPD; tambakan
ABSTRACT: Evaluation of phenotype and genotype variations of kissing gouramyfish from Central Kalimantan,
West Java, and Jambi through trust morphometric and RAPD. By: Anang Hari Kristanto, Jojo Subagja, Wahyulia Cahyanti, and Otong Zenal Arifin
Kissing gouramy (Helostoma temminckii) is a favored fish for consumption in Sumatra and Kalimant an area. Current ly, informat ion relat ed t o phenot ypic variat ion and genot ypes of t he original broodst ocks of kissing gouramy is limit ed t o develop t he fish’s culture technology through a domest ication program. Therefore, the study was conduct ed t o det ermine t he charact erist ics of phenot ype, and genot ype of original kissing gouramy broodst ocks. The research was conduct ed at t he Inst it ut e for Freshwat er Aquacult ure Research and Development , Bogor. Dat a collect ion was carried out by measuring t he body lengt h using t russ morphomet ric met hod and DNA analysis using t he RAPD met hod. The result s showed t hat t he highest polymorphism (81.25%) and het erozygosit y (0.3544) were found in t he Cent ral Kalimant an fish populat ion. The highest genet ic dist ance bet ween Jambi and Cent ral Kalimant an populat ions was 0.1452, while t he lowest genet ic dist ance was 0.1044 bet ween Jambi and West Java populat ion. Based on t he t rust morphomet ric measurement , it was ident ified 13 different charact ers on A1, A2, A4, A5, B3, C1, C3, C4, C5, D3, D4, D5, and D6. The Jambi and West Java populat ions are genet ically close t o each ot her while t he Cent ral Kalimant an populat ion is relat ively separat ed from t he t wo.
KEYW ORDS: genetic variation; morphometric; RAPD; kissing gouramy
PENDAHULUAN
Ikan t amb akan t e rmasu k dalam ikan e ko no mis penting di Provinsi Jambi, dan Kalimantan dengan harga
b e n ih u n t u k b u d id a ya d a p a t d ila k u k a n m e la lu i keberhasilan do mest ikasi. Program do mest ikasi dapat dilakukan melalui pengumpulan induk dari berbagai lo kasi. Induk ikan t ambakan ini mempunyai keragaman genet ik yang berbeda. Keragaman genet ik dalam sat u s p e sie s d a p a t t e r jad i b a ik an t ar a p o p u las i yan g t erp isah se cara geo grafik mau pu n ant ara in divid u dalam sat u po pulasi. Keragaman genetik timbul karena set iap individu mempunyai bent uk-bent uk gen yang khas, dapat bert ambah apabila ket urunan menerima ko mbinasi gen dan kro mo so m dari induknya melalui re ko m b in asi ge n yan g t e rjad i m e lalu i re p ro d u ksi (Indrawan, 2007). Keragaman genetik dapat tercermin dari feno t ipe dan geno t ipenya. Pengamat an feno t ipe dapat dilakukan melalui pengukuran mo rfo met rik dari st rukt ur t ubuh ikan. St udi mo rfo met rik t idak hanya digunakan unt uk memahami t akso no mi ikan, t et api variasi yang t erjadi dalam pengukuran t erkait dengan kebiasaan dan habit at di ant ara varian spesies tersebut (Langer et al., 20 13; Mo jekwu & Anu mud u, 2 015 ). Id e n t ifik a s i k e r a g a m a n fe n o t ip e b e r d a s a r k a n karakt erist ik mo rfo met rik memiliki kelemahan, yait u t id ak dapat m en gu n gkap ke ragam an p ada t ingkat st r a i n d a la m s u a t u s p e s ie s , s e h in g g a p e r lu memanfaat kan karakt er mo lekuler berdasarkan DNA ribo so m. Tekno lo gi Random Amplified PolymorphicDNA (RAPD) didasarkan pada met o de Polymerase Chain Re-act i on (PCR) d e n g an m e n ggu n a kan p r im e r r an t ai beberapa jenis ikan ant ara lain ikan gabus (Gust iano et al., 2013; Kusmini et al., 2016; Rahmawat i, 2016), ikan baung (M yst us sp.) (Ferdo us, 2013), ikan t engadak (Rado na et al., 2017); ikan gurami (Nugro h o et al., 2 0 1 6 ), d an ikan se p at (Is kan d ariah et al., 2 0 1 5 ). Pengukuran feno t ipe dan genot ipe ikan t ambakan dari Jawa Barat , Kaliman t an Te ngah , d an Jam b i, u nt u k keperluan do mest ikasi perlu dilakukan.
Tujuan dari penelitian ini adalah mengkarakterisasi se cara fe no t ip e dan geno t ipe ikan t amb akan yang berasal dari Kalimantan Tengah, Jawa Barat , dan Jambi. BAHAN DAN M ETODE
Pengukuran M or fom etrik
Pengukuran secara mo rfo met rik dilakukan unt uk m e n g e t a h u i k e r a g a m a n fe n o t ip e . Pe n g u k u r a n dilakukan t erhadap 30 eko r ikan uji unt uk masing-masing po pulasi. Po pulasi yang digunakan merupakan hasil t angkapan dari alam yang t elah t erlebih dahulu
d iad ap t asikan d i ko lam b u d id aya d e n gan u ku ran p a n ja n g s t a n d a r ik a n m a s in g -m a s in g p o p u la s i bervariasi, t erkecil populasi Kalimantan Tengah dengan ukuran rat a-rat a 9,3± 1,25 cm; po pulasi Jambi sebesar 1 0 ,2 ± 1 ,7 8 cm ; d a n p o p u las i Ja wa Ba rat se b e sar 1 2,6 ± 2,1 8 cm . Un t uk m en gh ilan gkan b ias akib at perbedaan ukuran ikan, nilai yang digunakan dalam analisis adalah nilai rasio panjang karakt er kerangka t u b u h d ib a g i d e n g a n p a n ja n g s t a n d a r. Me t o d e pengukuran adalah t russ morphomet ric mengacu pada Brzesky & Do yle (1988), meliput i pengukuran jarak set iap t it ik pada kerangka t ubuh sepert i t ert era pada Gambar 1, dengan deskripsi bagian t it ik t russ t ert era pada Tabel 1.
Genot ipe
Ikan uji yang digunakan po pulasi ikan t ambakan yang berasal dari Jawa Barat , Kalimant an Tengah, dan Jambi. Ikan yang digunakan sebanyak 15 ekor, di mana set iap populasi diambil lima ekor. Sirip dada dari set iap p o p u la s i s a m p e l d ia m b il s e p a n ja n g 1 cm d a n dit empatkan dalam bo to l eppendorf yang berisi aset on. DNA geno mik diekst raksi dari sirip dada menggunakan Genomic DNA Purificat ion Kit (Ferment as). Primer yang digunakan dalam amplifikasi DNA adalah OPC-2, OPA-2, dan OPC-5 mengacu pada Put riana (2011) dengan u r u t a n b a s a (5 ’-3 ’) m a s in g -m a s in g a d a la h GTGAGGCGTC, TGCCGAGCTG, dan GATGACCGCCC. St andarisasi dilakukan pada penggunaan DNA templat e, primer, dan jumlah siklus t ermal PCR yang digunakan unt uk menghasilkan po la PCR RAPD yang jelas dan ko nsist en, serta pro ses pembacaan pit anya dilakukan dengan menggunakan gel do c.
Analisis Dat a
HASIL DAN BAHASAN
Po la keragaman mo rfo met rik ket iga po pulasi ikan t ambakan mempunyai nilai rataan ukuran yang hampir sama unt uk semua karakt er. Secara keseluruhan nilai k o e fis ie n k e r a g a m a n se m u a p o p u la s i t e r m a s u k kat ego ri yan g re n dah, d en gan n ilai t e rt in ggi p ad a
p o p u lasi Kaliman t an Te ngah seb e sar 1 3 ,5 ± 6,8 6%; se dan gkan t e re nd ah p ad a p o pu lasi Jam b i se b esar 10,5± 5,69%. Karakt er B4 (at as mat a–awal sirip anal) merupakan karakt er dengan nilai ko efisien variasi dan sim p angan b aku seb e sar 4,7 ± 2 ,3 1; m en u nju kkan bahwa karakt er t ersebut memiliki keragaman ukuran Gambar 1. Tit ik t russ yang digunakan pada ikan t ambakan dengan ket erangan sepert i
pada Tabel 1.
Figure 1. Truss landmark point s used on kissing gouramy fish, each point is described in Table 1.
Tabel 1. Tit ik penanda yang digunakan pada t russ mo rfo met rik ikan t ambakan Table 1. Landmark point s used in t russ morphomet ric of kissing gouramy fish
Ruang truss Tr uss section
Kode
Code
Deskripsi jarak
Distance description
A1 Uju n g operculum b awah -u ju n g mu lu t (Bot tom operculum t ip-mouth t ip)
A2 Uju n g operculum b awah -awal sir ip p eru t (Bot tom operculum tip-anterior of ventral f in) A3 Uju n g operculum b awah -atas mata (Bot tom operculum tip-upper eye)
A4 Uju n g mu lu t-awal sir ip p eru t (M out h tip-anterior of ventral f in) A5 Uju n g mu lu t-atas mata (M out h tip-upper eye)
A6 Awal sirip p eru t-atas mata (Ant erior of vent ral fin-upper eye)
B1 Awal sirip p eru t-awal sir ip d u b u r (Antrior of ventral f in-anterior anal fin)
B3 Awal sirip p eru t-awal sir ip p u n g gu n g (Ant erior of vent ral fin-anterior of dorsal fin) B4 Atas mata-awal sir ip d u b u r (Upper eye-anterior of anal f in)
B5 Atas mata-awal sir ip p u n g g un g (Upper eye-ant erior of dorsal f in)
B6 Awal sirip d u b ur -awal sirip p un g g u n g (Anterior of anal f in-ant erior of dorsal f in)
C1 Awal sirip d u b ur -akh ir sir ip d u b ur (Ant erior of anal f in-post erior end of anal f in) C3 Awal sirip d u b ur -akh ir sir ip p u n gg u n g (Ant erior of anal fin-posterior end of dorsal f in) C4 Awal sirip p u n gg u n g -akhir sirip d u bu r (Ant erior of dorsal fin-posterior end of anal f in) C5 Awal sirip p u n gg u n g -akhir sirip p u ng g u n g (Anterior of dorsal fin-posterior end of dorsal fin)
C6 Akh ir sir ip d u b u r-akh ir sir ip p u n g g u ng (Posterior end of anal f in-posterior dorsal f in) D1 Akh ir sir ip d u b u r-awal sir ip ekor (Posterior end of anal fin-ant erior caudal fin) D3 Akh ir sir ip d u b u r-awal sir ip ekor (Posterior end of anal fin-ant erior caudal f in) D4 Akh ir sir ip p u n g g un g -awal sirip eko r (Post erior end of dorsal fin-anterior caudal fin) D5 Akh ir sir ip d o r sal-awal sir ip ekor (Posterior end of dorsal fin-ant erior caudal fin)
D6 Awal sirip eko r b awah-awal sir ip eko r (Ant erior of bott om caudal f in-anterior of caudal fin) Teng ah tu bu h
M iddle body
Tu b u h b elakan g Rear body
Pan g kal eko r Base of tail
yan g re n d ah , b aik dalam m aup u n an t ar p o p u lasi. Karakt er D1 (akhir sirip anal-awal sirip eko r bawah) m em pu n yai ko e fisien variasi d an sim pan gan b aku s e b e s a r 2 9 , 4 ± 1 4 ,5 9 %; m e n g in d ik a s ik a n b a h w a karakt er t ersebut memiliki keragaman ukuran yang sangat t inggi, baik dalam maupun antar populasi (Tabel 2). Arifinet al. (2017b) pada penelit ian ikan t ambakan mendapat kan nilai ko efisien keragaman (KK) ukuran karakt er t russ yang rendah, yait u dengan nilai rerat a k o e fis ie n va r ia s i (CV) s e lu r u h k a r a k t e r s e b e s a r 12,2± 10,73%.
Nila i W i lk’s l am bda b e r fu n g si u n t u k m e n gu ji perbedaan yang sign ifikan ant ara po pulasi ikan uji unt uk set iap variabel karakt er. Hasil yang dipero leh m e nu n jukkan t e rdap at p e rbe d aan yang sign ifikan antara populasi ikan tambakan. Setiap variabel karakt er menunjukkan perbedaan yang nyat a (P< 0,05); kecuali
unt uk karakt e r A3, A6, B1, B4, B5, B6 , C6, dan D1 (Tabel 3).
Wedemeyer (2001) mengemukakan bahwa feno tipe m e r u p a k a n h a s il in t e r ak s i a n t a ra g e n o t ip e d a n lingkungan, sert a merupakan bent uk luar at au sifat -sifat yag t ampak, variasi yang t erdapat unt uk t iap-t iap karakter fenot ipe bersifat tetap. Rendahnya keragaman genet ik yang t erjadi pada po pulasi alam biasanya lebih disebabkan oleh t erjadinya penurunan po pulasi akibat rusaknya habitat oleh pencemaran lingkungan maupun a lih fu n g s i r e lu n g a ir ya n g m e n ja d ik a n s ik lu s re p ro du ksi d an siklu s h id u p ikan t e rgan ggu at au t e rjad in ya pe n an gkapan se cara b e rleb ih se h in gga po pulasi ikan menjadi berkurang. Kurangnya populasi ikan yan g ad a, dapat m enjadi salah sat u penye bab p elu ang t erjadin ya silan g d alam . So e ward i (2 0 07 ) mengemukakan bahwa penurunan keragaman genetik
Tabel 2. Po la keragaman mo rfo met rik 21 karakt er pengukuran t iga po pulasi ikan t ambakan yang berasal dari Kalimant an Tengah, Jawa Barat , dan Jambi
Table 2. M orphomet ric variat ion pat t ern of 21 measurement charact ers of t hree kissing gouramy populat ions (Cent ral Kalimant an, West Java, and Jambi)
Rerat a ± SD
Aver age ± SD
KK
CV (%)
Rerat a ± SD
Aver age ± SD
KK
CV (%)
Rerat a ± SD
Aver age ± SD
KK
CV (%)
A1 0 .4 0 ± 0.0 3 6 9.1 0 .36 ± 0 .0 2 7 7.5 0 .3 8 ± 0.0 2 7 7 .2 7 .9 ± 1 .0 4 A2 0 .0 5 ± 0.0 1 3 2 3 .4 0 .06 ± 0 .0 1 6 2 7 .0 0 .0 7 ± 0.0 1 2 1 5 .9 2 2 .1 ± 5 .6 8 A3 0 .3 9 ± 0.0 2 4 6.2 0 .38 ± 0 .0 1 8 4.6 0 .3 8 ± 0.0 2 9 7 .5 6 .1 ± 1 .4 2 A4 0 .4 5 ± 0.0 2 9 6.6 0 .41 ± 0 .0 3 2 7.7 0 .4 5 ± 0.0 3 3 7 .3 7 .2 ± 0 .5 8 A5 0 .2 2 ± 0.0 4 6 2 0 .7 0 .19 ± 0 .0 2 2 1 1 .7 0 .2 3 ± 0.0 1 6 6 .9 1 3 .1 ± 7 .0 2 A6 0 .4 1 ± 0.0 2 5 6.0 0 .41 ± 0 .0 1 8 4.5 0 .4 1 ± 0.0 2 8 6 .8 5 .7 ± 1 .1 7 B1 0 .4 4 ± 0.0 8 5 1 9 .3 0 .41 ± 0 .0 3 7 9.0 0 .4 3 ± 0.0 3 3 7 .7 1 2 .0 ± 6 .3 6 B3 0 .4 3 ± 0.0 2 4 5.6 0 .46 ± 0 .0 2 9 6.4 0 .4 2 ± 0.0 3 5 8 .3 6 .8 ± 1 .4 3 B4 0 .7 2 ± 0.0 5 3 7.3 0 .71 ± 0 .0 2 7 3.8 0 .7 2 ± 0.0 2 2 3 .0 4 .7 ± 2 .3 1 B5 0 .2 3 ± 0.0 5 1 2 1 .7 0 .21 ± 0 .0 1 5 7.4 0 .2 0 ± 0.0 3 8 1 8 .6 1 5 .9 ± 7 .5 0 B6 0 .5 9 ± 0.0 6 3 1 0 .6 0 .62 ± 0 .0 2 3 3.8 0 .6 1 ± 0.0 4 7 7 .7 7 .4 ± 3 .4 5 C1 0 .2 0 ± 0.0 2 9 1 4 .3 0 .24 ± 0 .0 2 9 1 2 .1 0 .1 9 ± 0.0 3 8 1 9 .7 1 5 .4 ± 3 .9 0 C3 0 .3 0 ± 0.0 2 1 7.0 0 .35 ± 0 .0 1 6 4.5 0 .3 0 ± 0.0 4 6 1 5 .4 9 .0 ± 5 .7 1 C4 0 .6 6 ± 0.0 6 4 9.6 0 .71 ± 0 .0 2 3 3.2 0 .6 4 ± 0.0 4 0 6 .3 6 .4 ± 3 .1 8 C5 0 .6 0 ± 0.0 6 4 1 0 .7 0 .66 ± 0 .0 3 3 5.1 0 .6 0 ± 0.0 3 9 6 .5 7 .4 ± 2 .9 2 C6 0 .1 5 ± 0.0 3 1 2 0 .4 0 .15 ± 0 .0 1 4 9.3 0 .1 5 ± 0.0 3 5 2 3 .6 1 7 .8 ± 7 .4 6 D1 0 .0 5 ± 0.0 1 5 2 9 .8 0 .05 ± 0 .0 2 1 4 3 .8 0 .0 4 ± 0.0 0 6 1 4 .6 2 9 .4 ± 1 4 .5 9 D3 0 .1 4 ± 0.0 1 6 1 1 .9 0 .16 ± 0 .0 2 8 1 7 .4 0 .1 3 ± 0.0 0 5 4 .1 1 1 .2 ± 6 .7 0 D4 0 .1 4 ± 0.0 1 5 1 1 .2 0 .16 ± 0 .0 2 6 1 6 .4 0 .1 3 ± 0.0 1 0 7 .4 1 1 .7 ± 4 .5 4 D5 0 .0 5 ± 0.0 0 8 1 5 .6 0 .04 ± 0 .0 1 3 3 3 .3 0 .0 4 ± 0.0 0 7 1 6 .6 2 1 .9 ± 9 .9 5 D6 0 .1 2 ± 0.0 2 0 1 7 .0 0 .16 ± 0 .0 2 7 1 7 .4 0 .1 2 ± 0.0 1 2 1 0 .0 1 4 .8 ± 4 .1 9
13 .5 ± 6.8 6 1 2 .2 ± 1 0 .7 3 10 .5 ± 5 .69 Rer ata (Average)
Rerat a
Average CV (%) Karakt er
Character
Kali m ant an Tengah
Centr al Kalim antan
Jawa Barat
W est Java
Jam bi
b isa diseb abkan o leh b eb e rap a h al sep e rt i iso lasi po pulasi, inbreeding, dan genet ic drift.
Keerat an hubungan po pulasi dit unjukkan dengan nilai kesamaan di ant ara ket iga populasi ikan t ambakan yan g diam at i (Tab el 4 ). Hasil an alisis scat t er plot s (Gambar 2) memperlihat kan hubungan ant ar po pulasi ya n g d iw a k ili o le h va r ia b e l s e b a g a i k o m p o n e n penyusunnya.
Berdasarkan t erit o rial map Canonical Discriminant Funct ion, memperlihat kan adanya po la pemisahan ant ar po pulasi ikan tambakan yang diuji. Sekitar 60% individu po pulasi Jawa Barat menyebar negat if pada fungsi-1 maupun fungsi-2, terpisah dengan po pulasi Jambi yang individunya 80% menyebar pada wilayah negatif fungsi-2 dan po pulasi Kalimant an Tengah yang individunya menyebar 70% pada wilayah po sit if-2. Ant ara po pulasi Jambi dengan po pulasi Jawa Barat memiliki wilayah h im p it a n p a d a n e g a t if fu n g s i-1 . Pa d a p o p u la s i
Kalimantan Tengah, wilayah himpitan dengan po pulasi Jawa Barat berada pada wilayah negatif fungsi-2. Antara populasi Jambi dan Kalimantan Tengah, himpitan berada pada wilayah po sit if baik fungsi-1 maupun fungsi-2. Be r d asar kan karak t e r yan g d o m in an m e m b e n t u k sumbu ko mpo nen fungsi yait u: A3, A6, B1, B4, B5, B6, C6, dan D1.
Po pulasi Jawa Barat menjadi bent uk umum semua po pulasi, art inya po pulasi ini memberikan andil alel (sharing allele) kepada po pu lasi Jambi dan po pulasi Ka lim an t an Te n ga h . Po p u lasi Kalim an t an Te n g ah m e n e rim a shar ing allele d a ri p o p u lasi Jawa Bar at s e b e sa r 3 0 % d a n d ip e r t a h an k an d a la m p o p u las i int ernalnya sebesar 70% dan 10% menjadi bent uk umum dari po pulasi Kalimant an Tengah dan Jambi. Po pulasi Ja m b i m e n e r im a shar i ng al l el e s e b e s a r 1 0 % d a r i populasi Jawa Barat dan dipertahankan dalam po pulasi int ernalnya sebesar 80% dan 20% merupakan bent uk Tabel 3. Beda nyat a ant ar karakt er penciri pada t iga po pulasi ikan t ambakan yang berasal
dari Kalimant an Tengah, Jawa Barat , dan Jambi berdasarkan nilai W ilks’ Lambda Table 3. The significant differences bet ween t he ident ified charact ers in t he t hree kissing gouramy
populat ions (Cent ral Kalimant an, West Java, and Jambi) based on W ilks’ Lambda Karakt er (Char acter) W ilks’ Lambda F Sig.
A1 0 .79 5 4 .1 1 7 0 .0 2 6*
A2 0 .65 1 8 .5 6 4 0 .0 0 1*
A3 0 .97 2 0 .4 6 2 0 .6 3 4n s
A4 0 .75 8 5 .1 0 2 0 .0 1 2*
A5 0 .69 3 7 .0 7 9 0 .0 0 3*
A6 0 .99 3 0 .1 1 6 0 .8 9 1n s
B1 0 .92 5 1 .2 9 0 0 .2 8 9n s
B3 0 .75 5 5 .2 0 4 0 .0 1 1*
B4 0 .97 9 0 .3 4 1 0 .7 1 3n s
B5 0 .89 7 1 .8 3 6 0 .1 7 6n s
B6 0 .94 3 0 .9 6 2 0 .3 9 3n s
C1 0 .74 4 5 .4 9 9 0 .0 0 9*
C3 0 .69 7 6 .9 5 6 0 .0 0 3*
C4 0 .69 4 7 .0 6 2 0 .0 0 3*
C5 0 .74 9 5 .3 6 4 0 .0 1 0*
C6 0 .98 8 0 .1 9 0 0 .8 2 8n s
D1 0 .95 0 0 .8 3 5 0 .4 4 3n s
D3 0 .62 2 9 .7 1 9 0 .0 0 1*
D4 0 .70 0 6 .8 6 6 0 .0 0 3*
D5 0 .80 7 3 .8 3 8 0 .0 3 2*
D6 0 .55 6 12 .76 1 0 .0 0 0*
Ke terangan: * menu nju kkan be rbed a n yata (P< 0,0 5)
u m u m (com m on al l el e) d a r i p o p u la s i Ja m b i d a n Kalimant an Tengah.
Nila i k e s a m a a n u k u r a n t u b u h m e m b e r ik a n penjelasan adanya percampuran yang t erukur ant ara po pulasi sat u dengan lainnya. Di antara ket iga po pulasi t erlihat adanya sharing component ant ar po pulasi, dan semua ko mpo nen variabel t erukur dibangun ant ara masing-masing po pulasi. Ikan t ambakan yang berasal d a ri Jam b i m e ru p aka n p o p u lasi d e n gan ka t e go ri keragaman genet ik yang rendah karena memiliki nilai int rapo pulasi yang cukup t inggi dibanding po pulasi lain n ya. Su p ar yan t o et al. (1 9 9 9 ) m e n ge m u kakan semakin t inggi nilai sharing component int rapo pulasi
Tabel 4. Nilai prediksi pert ukaran ko mpo nen (sharing component) at au indeks kesamaan t iga po pulasi ikan t ambakan yang berasal dari Kalimant an Tengah, Jawa Barat , dan Jambi (%)
Table 4. The predict ed values of t he sharing component or t he similarit y index of t he t hree kissing gouramy populat ions (Cent ral kalimant an, West Java, and Jambi) (%)
Kali m ant an Tengah
Centr al Kalimantan
Jawa Barat
W est Java
Jam bi
Jambi
Kalimantan Ten g ah (Cent ral Kalimantan) 7 0 .0 2 0 .0 1 0 .0 1 0 0 .0
Jawa Bar at (West Java) 3 0 .0 6 0 .0 1 0 .0 1 0 0 .0
Jamb i (Jambi) 2 0 .0 0 .0 8 0 .0 1 0 0 .0
Popul asi (Population) Tot al (Total)
Prediksi pert ukaran kom ponen
Pr edicted value of shar ing com ponent
semakin rendah keragaman genet iknya dengan kat a lain p o p u lasi t e rse b u t le b ih m u r n i d ib an d in g kan la in n ya, b e g it u ju ga s e b alik n ya. Du n h a m (2 0 1 1 ) mengemukakan bah wa keragaman genet ik pen t ing u n t u k ke lan g su n gan h id u p jan gka p a n jan g su at u spesies dan juga dapat menjamin fit ness suat u spesies a t a u p o p u las i d e n g a n m e m b e rika n sp e sie s a t a u populasi t ersebut kemampuan unt uk beradapt asi pada perubahan lingkungan.
Be rd a sar kan an alisis ge n e t ik m e m p e r lih at k an bahwa jumlah fragmen ikan tambakan yang berasal dari Kalimant an Tengah, Jawa Barat , dan Jambi memiliki jumlah yang hampir sama yait u 10-12 dengan ukuran
Gambar 2. Wilayah Canonical Discriminant Function antar populasi ikan tambakan dari Kalimant an Tengah, Jawa Barat , dan Jambi.
Figure 2. Terit orial map of Canonical Discriminant Funct ion bet ween kissing gouramy populat ions (Cent ral Kalimant an, West Java, and Jambi).
5.0
2.5
0.0
-2.5
-5.0
-5.0 -2.5 0.0 2.5 5.0
Funct ion 1
F
u
n
ct
io
n
2
1. Jambi
fragmen set iap populasi berkisar antara 200 bp sampai 1.500 bp.
Po p u la s i ika n t a m b a ka n Ka lim a n t a n Te n g a h memiliki nilai rat aan keragaman genet ik yang t inggi, d e n g a n n ila i p o lim o r fik 8 1 , 2 5 % d a n n ila i het ero zigo sit as sebesar 0,3544; sedangkan po pulasi Jamb i me nghasilkan n ilai ke ragaman ge ne t ik yang r e n d a h d e n g a n p o lim o r fik s e b e s a r 5 0 ,0 0 % d a n het ero zigo sit as 0,1898 (Tabel 5).
Po pulasi ikan t ambakan yang diuji menunjukkan t ingkat keragaman genet ik yang t inggi dengan nilai p o lim o r fik a n t a r a 5 0 ,0 0 % s a m p a i 8 1 ,2 5 %. Ha s il penelit ian ini berkesesuaian dengan penelit ian yang telah dilakukan oleh Put riana (2011) menggunakan ikan t ambakan dari Jawa Barat , Kalim ant an Selat an, dan Jamb i, di m ana p o lim o rfism e dan h et e ro zigo sit as t e rt in g gi t e rd ap a t p ad a p o p u lasi ikan t am b ak an Kalimantan Selatan dibandingkan dengan ikan tambakan d a r i Ja m b i d a n Ja w a Ba r a t . Ar ifin et al. (2 0 0 7 ) memperoleh nilai po limo rfik sebesar 47,65%-64%; pada empat po pulasi ikan nila O. nilot icus. Arifin et al. (2017a) mempero leh nilai po limo rfik yang rendah pada ikan gurami yait u ant ara 9,09% sampai 31,82%. Abdallah et al. (2004) mempero leh nilai po limo rfik pada ikan nila
dari alam lebih rendah, yait u ant ara 22%-33%. Secara ge no t ip e, t iga p o p ulasi ikan t am b akan yan g d iu ji men unjukkan t id ak berbeda nyat a (P> 0,0 5) ant ara sat u po pulasi dengan po pulasi lainnya (Tabel 6), hal ini mengindikasikan bahwa po pulasi ikan t ambakan yang diuji kemungkinan awalnya berasal dari sumber g e n e t ik ya n g s a m a , k a r e n a p e r b e d a a n h a b it a t m e n g a la m i p e r u b ah a n k e r a g am a n fe n o t ip e d a n gen o t ip e be rsin ggun gan de ngan ind eks ke miripan (sharing component) masing-masing po pulasi 100%.
Analisis klast er (UPGMA) dilakukan unt uk melihat hubungan antar-populasi dan menggambar dendrogram berdasarkan jarak berpasangan ant ar-populasi (Gambar 4). Tiga populasi ikan tambakan (Jawa Barat , Kalimantan Tengah, dan Jambi) menunjukkan berada pada jarak genet ik yang hampir sama.
Berdasarkan hasil analisis UPGMA berupa dendro -gram dengan po la pengelompokan yang sama, terdapat ko relasi ant ara jarak genet ik dengan let ak geo grafis po pulasi. Jarak genet ik yang t inggi dit emukan ant ara po pulasi Kalimantan Tengah dengan populasi Jambi dan Ja w a Ba r a t . Po p u la s i Ja m b i s a n g a t d e k a t ja r a k g e n e t ik n ya d e n g a n p o p u la s i Ja w a Ba r a t , ya n g dit unjukkan dengan kecilnya jarak genet ik ant ara kedua Gambar 3. Hasil amplifikasi RAPD DNA t iga po pulasi ikan t ambakan (K: Kalimant an Tengah, JB: Jawa Barat ,
JI: Jambi, M: marker).
Figure3. RAPD amplificat ion result s from t he t hree populat ions of kissing gouramy fish (K: Cent ral Kalimant an, JB: West Java, JI: Jambi, M : marker).
3000 bp
1000 bp
500 bp K1 K2 K3 K4 K5 M JB1 JB2 JB3 JB4 JB5 M JI1 JI2 JI3 JI4 JI5
Tabel 5. Nilai het ero zigo sit as d an po limo rfik t iga p o pu lasi ikan t amb akan yang berasal dari Kalimant an Tengah, Jawa Barat , dan Jambi
Table 5. Het erozygosit y and polymorphic loci of t he t hree populat ions kissing gouramy (Cent ral Kalimant an, West Java, and Jambi)
Kalim ant an Tengah
Centr al Kalim antan
Jawa Barat
W est Java Jam bi
Ju mlah samp el (Number of sample) 5 5 5
p o p u la s i, h a l in i d im u n g k in k a n k a r e n a a d a n ya h u b u n gan d i an t ara ke d u a lo kasi. Po p u lasi Jam b i kemungkinan berasal dari induk ikan t ambakan yang didat angkan dari Jawa, at au sebaliknya.
KESIM PULAN
Nilai po limo rfisme (81,25%) dan het ero zigo sit as (0 ,3 5 4 4 ) t e r t in g g i t e r d a p a t p a d a p o p u la s i ik a n t ambakan Kalimant an Tengah. Jarak genet ik t ert inggi an t ara p o p u lasi Jam b i d e ngan Kaliman t an Te ngah se besar 0,145 2; sedangkan jarak gen et ik t e rend ah
adalah 0,1044 yaitu ant ara populasi Jambi dengan Jawa Barat . Berdasarkan uji karakter mo rfomet rik diket ahui t erdapat 13 karakt er pembeda yait u A1, A2, A4, A5, B3, C1, C3, C4, C5, D3, D4, D5, dan D6.
UCAPAN TERIM A KASIH
Penulis mengucapkan t erima kasih kepada Ir. Ret na Ut a m i, M.Sc. , De n i Ir a w a n , d a n Sir o d ia n a a t a s k o n t r ib u s in ya s e la m a p e n e lit ia n b e r la n g s u n g . Penelit ian ini merupakan bagian dari penelit ian yang dibiayai o leh DIPA BPPBAT Tahun 2015.
Tabel 6. Uji pe rb an d in gan be rpasangan FST p o p u lasi ikan t am bakan yang b erasal d ari Kalimant an Tengah, Jawa Barat , dan Jambi pada selang kepercayaan 95%
Table 6. F
ST paired comparison t est of kissing gouramy populat ions(Cent ral Kalimant an, West
Java, and Jambi) at 95% confidence int erval
Populasi
Population
Kal im ant an Tengah
Centr al Kalimantan
Jawa Barat
W est Java
Jam bi
Jam bi
Kalimantan Ten g ah (Cent ral Kalimant an) *****
Jawa Bar at (West Java) 0 .8 8 2 6 *****
Jamb i (Jambi) 0 .8 7 9 0 0 .9 9 99 *****
Tabel 7. Jarak genet ik Nei t iga po pulasi ikan t ambakan yang berasal dari Kalimant an Tengah, Jawa Barat , dan Jambi
Table 7. Nei genet ic dist ance in t he t hree kissing gouramy populat ions (Cent ral Kalimant an, West Java, and Jambi)
Populasi
Population
Kali m ant an Tengah
Centr al Kalimantan
Jawa Barat
W est Java
Jam bi
Jambi
Kalimantan Ten g ah (Cent ral Kalimantan) *****
Jawa Bar at (West Java) 0 .1 38 7 *****
Jamb i (Jambi) 0 .1 45 2 0 .1 0 44 *****
Gambar 4. Dendro gram jarak genet ik t iga po pulasi ikan t ambakan (1. Kalimant an Tengah, 2. Jawa Barat , 3. Jambi).
Figure 4. Dendrogram of genet ic dist ance of t he t hree populat ions of Helostoma temminckii
(1. Cent ral Kalimant an, 2. West Java, 3. Jambi).
1 2
3
0.050 0.000
0.100 0.150
DAFTAR ACUAN
Ab d allah , H.H., Eln ald y,M., Ob e id a,A., & It rib y, H. (2004). Genet ic diversit y o f nile tilapia populat ions revealed by rando mly amplyfied po lymo rphic DNA (RAPD). Aquacult ure Research, 35, 587-593. Arifin , O.Z., Nu gro h o , E., & Gu st ian o , R. (2 0 0 7 ).
Keragaman genet ik po pulasi ikan nila (Oreochromis nilot icus)dalam pro gram seleksi berdasarkan RAPD. Berit a Biologi, 8(6), 465-471.
Arifin, O.Z., Imro n, Muslim, N., Hendri, A., Aseppendi, & Yani, A. (2 01 7 a). Karakt e rist ik fe n o t ipe d an g e n o t ip e ika n g u r a m i, Osphr onem us g or am y, st rainGalunggu ng Hit am, Galunggung Put ih dan hibridanya. Jurnal Riset Akuakult ur, 12(2), 99-110. Arifin , O.Z., Cah yant i, W., Su bagja, J., & Krist an t o ,
A.H. (2017b). Keragaan feno t ipe ikan t ambakan (Helostoma temminkii, Cuvier 1829) jantan dan betina generasi kedua hasil domest ikasi. Media Akuakultur, 11(2), 1-9.
Dunham, R.A. (2011). Aquacult ure and fisheries bio -t e c h n o lo g y: Ge n e t ic Ap p r o a c h e s . 2 n d Edit io nCambridge, USA: CABI Publishing,495 pp. Ferdo us, S. (2013). Geomet ric morphomet rics and phy-l og en y of t h e ca t f i sh g en u s M yst u s scopophy-l i (Siluriformes:Bagridae) and Nort h American cyprin-ids (Cypriniformes). Disert at io n. Auburn Universit y. Alabama, Unit ed St at e, 120 pp.
Gu s t ia n o , R., Ok t a via n i, T. , So e lis t yo w a t i, D. T. , Ku s m in i,I.I., Wa h yu t o m o , & Hu w o yo n , G.H. (2013). Analisis ragam geno tipe RAPD dan fenot ipe t russ mo rfo met rik pada t iga po pulasi ikan gabus [Channa st riat a (Blo ch, 1793)]. Berit a Biologi, 12(3), genet ik t iga po pulasi sepat siam (Trichopodus pec-t or alis Re ga n ; Osphr onemidae) asa l Kalim a n t an menggunakan analisis RAPD dan pengukuran mor-phomet ric t russ. Berit a Biologi, 14(1), 56-68. Iqbal. (2011). Ikan-ikan di hut an rawa gambut
Merang-Ke p a ya n g d an s e k it ar n ya .Me ra n g REDD Pilo t Pro ject , 85 hlm.
Kusmini, I.I., Gust iano , R., Rado na, D., Prako sa, V.A., Put ri, F.P., & Prih ad i, T.H. (20 1 6 ). Karakt e risasi feno t ipe dan geno t ipe t iga populasi ikan tengadak (Barbonymus schwanenfeldii). Jurnal Riset Akuakultur, 11(3), 207-216.
Langer, S., Tripat hi, N.K., & Khajuria, B. (2013). Mo r-pho met ric and merist ic st udy o f go lden mahseer (Tor put it ora) fro m Jhajjar St ream India. Journal of Animal, Vet erinar y and Fisher y Sciences, 1(7), 1-4. Mo je kwu, T.O. & Anum undu, C.I. (201 5). Advanced
t echniques for mo rpho met ric analysis in Fish. Jour-nal of Aquacult ure Research & Development, 6(354), 1-6.
Nei, M. & Tajima, F. (1981). DNA Po lymo rphism de-t ecde-t able by rescde-tricde-t ion endonuclease. Genet ics, 97, 146-163.
Nu gro h o , E., Azrit a, A., Syan d ri, H., & Re filza, R. (20 1 6). Evalu asi ke ragaman ge ne t ik ikan kalu i (Osphronemus goramy) dari Kabupat en Lima Puluh Ko t a, Sumat era Barat berdasarkan marka random amplified polymor phism DNA (RAPD). Jurnal Riset Akuakult ur, 11(4), 313-319.
Pu t rian a , I. (2 0 1 1 ). Ker ag am an t ig a populasi ikan t ambakan (Helostoma temminckii) dengan met ode RAPD (Random Amplified Polymor phic DNA) dan k ar a k t er m or f om et r i k. Sk r ip s i. De p a r t e m e n Budidaya, Inst it ut Pert anian Bo go r. Bo go r, 28 hlm. Rado na, D., Kusmini, I.I., & At h-t har, M.H.F. (20 17). Ka ra k t e r is as i m e r ist ik d a n m o r fo m e t rik t ig a generasi ikan t engadak (Barbonymus schwanefeldi) asal Kalimant an Barat. Jurnal Riset Akuakult ur, 12(1), 1-8.
Rahmawat i.(2016). St udi j arak genet ik populasi Channa striata (Bloch 1793) di t iga sungai dalam aliran DAS Brant as. Skripsi. Faku lt as Sains d an Te kn o lo gi, Universit as Airlangga. Surabaya, 85 hlm.
Sulaiman, Z.H. & Daud, H.K.H. (2002). Po nd aquacul-t u re o f kissin g g o u ra m is [Helost oma t em inckii (Pisces: Helo st o mat idae)] in Bukit Udal, To t o ng Apreliminar y in vest igat io n. Bruneiana: Ant hology of Science Art icle, 3, 34-41.
So ewardi, K. (2007). Pengelo laan keragaman genet ik sumber daya perikanan dan kelaut an. Depart emen Ma n a je m e n Su m b e r d a ya Pe r a ir a n , Fa k u lt a s Perikanan dan Ilm u kelau t an, Inst it ut Pert anian Bo go r. Bo go r, 153 hlm.
Supar yant o , A., Pur wadaria, T., & Subandriyo . (1999). Pe n d u ga a n ja ra k ge n e t ik d a n fa kt o r p e u b a h pembeda bangsa dan kelo mpo k do mba di Indo ne-sia melalui pendekat an analisis mo rfo lo gi. Jurnal Ilmu Ternak dan Vet eriner, 4, 80-87.
