• Tidak ada hasil yang ditemukan

laporan kapang

N/A
N/A
Protected

Academic year: 2021

Membagikan "laporan kapang"

Copied!
15
0
0

Teks penuh

(1)

Matakuliah : Sistematika Mikrobia

KLASIFIKASI KAPANG DENGAN METODE TAKSONOMI NUMERIK FENETIK ACARA III

Priyatno Suwardhana 06/196899/BI/7857

II/4

Asisten : N. Anggiana Nurhayati

Fakultas Biologi Universitas Gadjah Mada

Yogyakarta 2008

(2)

I. Pendahuluan A. Latar Belakang

Dalam mikrobiologi, terdapat anggota dunia mikrobia yang saat ini tata namanya dimasukkan dalam tata nama botanica. Anggota tersebut ialah kapang. Kapang mempunyai ciri-ciri morfologi yang spesifik secara makroskopis dan mikroskopis. Ciri-ciri tersebut dapat digunakan sebagai identifikasi dan determinasi. Pengamatan secara mikroskopis dapat berupa bersekat atau tidaknya hifa, bentuk percabangan hifa, stolon, rizoid, sel kaki badan buah, dasar badan buah, pendukung badan buah, dan bentuk spora (Sutariningsih dkk, 1997).

Dalam pengklasifikasian suatu mikrobia, ada beberapa macam cara pengklasifikasian, diantaranya dengan metode numeric fenetik yang dibangun atas dasar similaritas dari dua strain yang berbeda dengan menggunakan lebih dari 50 karakter.

B. Permasalahan

Permasalahan yang akan timbul ialah, jika beberapa strain diklasifikasikan dengan metode numeric fenetik, strain manakah yang masuk dalam satu spesies? Kemudian bagaimanakah tingkat kepercayaan yang didapat antara hasil perhitungan dengan koefisien Jaccard dengan koefisien Ssm ?

C. Tujuan

Praktikum ini bertujuan untuk mempelajari dan mengklasifikasikan kapang dengan sebanyak – banyaknya karakter dan menggunakan metode klasifikasi numeric fenetik dan membandingkan tingkat kepercayaan yang didapat dari kedua macam koefisien

II. DASAR TEORI

Mikrobia merupakan jasad hidup yang terlalu kecil, sulit diamati dengan mata telanjang atau tanpa bantuan mikroskop. Kapang termasuk dalam golongan mikrobia. Kapang disebut juga jamur benang atau molds. Mikrobia jenis ini berbentuk benang atau filament, multiseluler, bercabang-cabang, dan tidak berklorofil (Sutariningsih dkk, 1997). Selain itu karakteristik kapang antara lain, tubuh atau talusnya terdiri dari dua bagian, yaitu miselium dan spora (sel resisten, istirahat atau dorman). Miselium merupakan kumpulan beberapa filamen yang dinamakan hifa. Setiap hifa lebarnya 5 sampai 10 mikron.. Di sepanjang setiap hifa terdapat sitoplasma (Pelczar, 1986).

(3)

Kapang mempunyai cirri-ciri morfologi yang spesifik secara makroskopis dan mikroskopis. Ciri-ciri tersebut dapat digunakan sebagai identifikasi dan determinasi. Pengamatan secara mikroskopis dapat berupa bersekat atau tidaknya hifa, bentuk percabangan hifa, stolon, rizoid, sel kaki badan buah, dasar badan buah, pendukung badan buah, dan bentuk spora (Sutariningsih dkk, 1997).

Jenis kapang yang terdapat di alam sangat banyak, oleh karena itu untuk mempermudah dalam mempelajarinya dipergunakan pendekatan secara taksonomi. Taksonomi adalah ilmu yang mempelajari tentang penyusunan organisme dalam satu golongan yang disebut taksa berdasarkan karakter - karakter yang digunakan dalam penggolongan organisme. Taksonomi kapang dilakukan melalui beberapa tahap yaitu, klasifikasi, nomenklatur, dan identifikasi. Klasifikasi adalah proses penataan organisme ke dalam suatu kelompok (taksa) berdasarkan hubungan kekerabatan (evolusioner) atau hubungan kemiripan (similaritas). Nomenklatur merupakan cara pemberian nama ilmiah terhadap organisme menurut kode tatanama, sedangkan identifikasi berarti proses dan hasil penentuan apakah suatu organisme yang belum dikenal merupakan anggota kelompok yang sudah diketahui sebelumnya atau bukan (Nicklin et.al,1999).

Ada 2 macam cara untuk mengklasifikasikan kapang, yaitu pengklasifikasian dengan taksonomi fenetik dan pengklasifikasian dengan taksonomi numerik-fenetik. Taksonomi fenetik adalah sistem klasifikasi mikrobia tanpa mempertimbangkan sifat evolusioner. Pengukuran kekerabatan berdasarkan sifat fenotif dan genotif, misalnya penentuan sifat biokimia, morfologi, fisiologi, kimiawi dan pembedaan DNA. Sedangkan taksonomi numerik-fenetik adalah sistem klasifikasi mikrobia berdasarkan persamaan dan perbedaan dengan metode matematik dengan menggunakan komputer. Tujuan utama taksonomi numerik-fenetik adalah untuk menghasilkan suatu klasifikasi yang bersifat teliti, reproducible, dan padat informasi. Aplikasinya dalam kontruksi klasifikasi biologis memungkinkan terwujudnya sirkumskripsi takson berdasarkan prinsip yang mantap dan objektif, bukan klasifikasi yang bersifat subjektif belaka (Stanier et al, 1982)

Langkah awal yang dilakukan dalam taksonomi numerik adalah analisis karakter yang diuji dengan berbagai uji, dari morfologi, fisiologi dan sifat biokimiawi yang menghasilkan data yang beragam. Lalu nantinya dari data yang beragam menghasilkan koefisien similaritas, yaitu sebuah fungsi yang mengukur kemiripan antara karakter yang diperoleh dari dua strain, yang mana dihitung pada tiap pasang bakteri pada strain bakteri yang diteliti. Koefisien ini terbagi atas Simple Matching Coeficient (Ssm) dan Jaccard Coeficient (SJ). Ssm merupakan koefisien

similaritas yang umum digunakan pada ilmu bakteriologi untuk mengukur proporsi karakter yang sesuai, baik hubungannya bersifat ada (positif) maupun tidak ada (negatif). Sedangkan SJ dihitung tanpa memperhitungkan karakter yang tidak

dimiliki oleh kedua organisme tersebut (Stackebranat et al, 1999).

(4)
(5)

III. METODE

A. Alat dan Bahan

Alat-alat yang digunakan dalam praktikum ini antara lain tabung reaksi, cawan petri, rak tabung reaksi, erlenmeyer, mikro pipet, pipet tetes, pipet ukur, pro pipet, gelas benda, gelas penutup, dan mikroskop. Sedangkan bahan-bahan yang digunakan dalam praktikum ini adalah medium PDA (Potato Dextrose Agarose), medium pati agar, dan larutan jodium (JKJ). Selain itu digunakan pula 6 strain khamir, yaitu : A, B, C, D, E dan F

B. Cara Kerja

1. Karakteristik Pertumbuhan Kapang:

Strain kapang diinokulasikan kedalam media PDA, MEA dan Czapeck Dox Agar dan diamati karakteristik pertumbuan lebat, sedang, jarang, warna koloni bagian atas, warna koloni bagian bawah, pigmen terlarut dalam médium.

2. Morfologi Hifa kapang

Kapang ditumbuhkan pada media PDA diamati hifanya secara mikroskopis, diamati hifa bersekat atau tidak.

3. Karakteristik Miselium

Kapang ditumbuhkan pada médium PDA diamati miseliumnya secara mikroskopis, jernih atau gelap. Berwarna atau tidak berwarna.

4. Tipe Spora Seksual

Kapang ditumbuhkan pada medium PDA diamati ada tidak spora seksualnya yaitu oospora, zygospora, dan askospora.

5. Tipe Spora Aseksual

Kapang ditumbuhkan pada media PDA diamati ada atau tdaknya spora aseksualnya yaitu sporangiospora, konidiospora, dan artrospora.

6.Karakteristik Sporangia

Kapang ditumbuhkan pada media PDA diamati usuran, warna, bentuk, dan lokasi sporangia.

7.Karakteristik Spore Head Baring Conidia,

Kapang ditumbuhkan pada media PDAdiamati jumlah konidianya, rantai, tunas atau massa, bentuk dan susunan sterigma atau phialide.

8.Karakteristik Sporangiofor/Konidiofor

Kapang yang ditumbuhkan pada media PDA diamati sporangiofor/ konidioforya bercabang atau tidak, ukuran dan bentuk kolumela pada ujung sporangiofor, konidiofornya tunggal atau dalam berkas.

9.Karakteristik Spora Aseksual, terutama konidia

Kapang yang ditumbuhkan dalam media PDA diamati bentuk, ukuran, warna, dan tekstur permukaan dan jumlah sel penyusun konidia.

(6)

10. Struktur Tambahan

Kapang ditumbuhkan pada media PDA diamati adanya struktur tambahan yaitu stolon, rhizoid, sel kakai, apophysis, klamidospora, dan sklerotina.

11. Karakteristik Fisiologis

Hidrolisis amilum : Strain khamir ditumuhkan dalam medium pati agar. Setelah diinkubasikan selama 1-2 minggu ditetesi dengan larutan jodium

ANALISIS DATA

1. Koleksi data : Dari masing-masing strain yang ada, berdasarkan taksonomi Adansonjan, namun karakter yang digunakanadalah kurang dari 50 karakter. Semua data berupa unit karatkter yang ada dimasukkan ke dalam matriks n x t untuk dianalisa selanjutnya.

2. Penghitungan nilai Similaritas : Setiap strain khamir (Operational Taxonomical Unit) akan dibandingkan dengan masing-masing strain yang lain. Tingkat kemiripan akan ditentukan dengan menggunakan dua cara yaitu : Simple Matching Coeficient ( Ssm ) dan Jaccard Coeficient ( SJ ). Rumus yang digunakan yaitu :

Perhitungan Ssm : % 100 x d c b a d a + + + + Perhitungan SJ : x100% c b a a + + Keterangan :

a = Jumlah karakter yang (+) untuk kedua strain

b = Jumlah karakter yang (+) untuk strain pertama dan (-) untuk strain kedua c = Jumlah karakter yang (-) untuk strain pertama dan (+) untuk strain kedua d = Jumlah karakter yang (-) untuk kedua strain

Selanjutnya nilai similaritas antara masing-masing strain yang dipasangkan (Ssm

dan SJ ) dimasukkan ke dalam suatu matriks similaritas.

3. Konstruksi dendrogram berdasarkan nilai dalam matriks similaritas: Untuk mengklasifikasikan strain atau Operational Taxonomical Unit (OTU) berdasarkan nilai indeks similaritas maka dilakukan pengklasteran dalam tabel analisis klaster dengan menggunakan alogaritme pengklasteran Average Lingkage ( UPGMA : Unweighted Pair Group Method With Aritmatic Average ). Berdasarkan hasil analisis klaster yang diperoleh selanjutnya dikrontruksi menjadi dendrogram untuk mengkasifikasikan strain khamir dengan gambar yang mudah diamati.

4. Penentuan struktur taksonomis (deteksiphene) : Penentuan struktur taksonomis didefinisikan dengan tingkat similaritas yang lebih dari 70%. Hasil

(7)

klasifikasi selanjutnya dapat digunakan untuk mengontruksi kunci identifikasi yang belum diketahui.

(8)

IV. HASIL DAN PEMBAHASAN A. Hasil

Berikut adalah hasil pengamatan yang berupa table n x t, matriks similaritas, konstruksi dendrogram dan analisis korelasi kofenetik.

Tabel.1 Tabel n x t No. Karakter Strain A B C D E F Permukaan koloni 1 Velvety - + + - - -2 Berserbuk - - - - + + 3 Wooly + - - + - -4 Exudate drops - - + - - -5 Radial furrow - - - + - -6 Zonasi - - + - - -Warna permukaan 7 Hitam - - - - + -8 Hijau - + + - - + 9 Kuning - - - + - -10 Ungu - - - -11 Merah - - - -12 Putih + - - - - -Elevasi 13 Flat - + + + + -14 Raised + - - - - +

Warna koloni bagian bawah

15 HItam - - - -16 Hijau - + - - - -17 Kuning - - + + - -18 Ungu + - - - - -19 Merah - - - -20 Putih - - - - + + Lain-lain 21 Pigmen terlarut - - - -Karakter hifa 22 Bersekat + + + + + + 23 Jernih - - + - + + 24 Berduri - - - -25 Berwarna + + - + - -Karakter sporangiofor/konidiofor 26 Bercabang - + + - - -27 Tunggal - - - + + + 28 Bersekat - - + + - + 29 Jernih - - - + 30 Berduri - - - -31 Berwarna - - - + +

-Spore bearing body

32 Kolumela - - -

-33 Penisel (seperti kuas) - - + - -

-34 Vesikel - - - -35 Hifa + + + + + + Struktur tambahan 36 Stolon - - - -37 Rhizoid - - - -38 Sel kaki - - - -39 Apofisis - - -

(9)

-40 Klamidospora - + - - - -41 Sklerotia - - - -Spora aseksual 42 Sel tunggal + + + - + + 43 Sel banyak - - - + - -44 Bentuk bulat - - + - + + 45 Bentuk batang/memanjang + + - - -

-46 Bentuk kurva/bulan sabit - - - + -

-47 Bentuk spiral - - - -48 Dinding halus + + + + + + 49 Dinding berduri - - - -50 Tidak berkumpul/sendiri-sendiri + + - + - -51 Membentuk untaian/rangkaian - - + - + + Spora seksual

52 Spora seksual terlihat - - - + -

-53 Hidrolisis amilum - - + + + +

Berikut ialah hasil perhitungan nilai Ssm dalam bentuk matriks similaritas. Tabel.2 Matriks simlaritas Ssm

Ssm A B C D E F A 100 B 81,13 100 C 62,26 73,59 100 D 69,81 66,04 62,26 100 E 67,93 67,93 75,47 67,93 100 F 69,81 66,04 77,36 62,26 86,79 100

Selanjutnya, dari matriks similaritas dibentu clustering yang tercantum seperti di bawah ini. Tabel.3 Clustering Ssm Sim (%) A B C E F D 100 A B C E F D 90 A B C E F D 86,79 A B C (E,F) D 81,13 (A,B) C (E,F) D 80 (A,B) C (E,F) D 76,42 (A,B) {(C) (E,F)} D 67,93 {(A,B) ((C) (E,F))} D 60 {(A,B) ((C) (E,F))} D 54,72 {((A,B) ((C) (E,F))) (D)}

Dari data tabel diatas dapat dibuat dendrogram seperti di bawah ini.

Gambar. 1 Konstruksi dendrogram Ssm

a

(10)

b c e f d 54,72 60,00 67,93 76,42 80,00 81,13 86,79 90,00 100,00

Selanjutnya untuk menganalisis nilai korelasi kofenetik yang ada dimulai dengan membentuk matriks turunan dari dendrogram seperti di bawah ini.

Tabel. 4 Matriks turunan dendrogram ssm

A B C D E F A 100 B 81,13 100 C 67,93 67,93 100 D 54,72 57,72 54,72 100 E 67,93 67,93 76,42 54,72 100 F 67,93 67,93 76,42 54,72 86,79 100

Dari matriks turunan diatas, nilai korelasi kofenetik bisa dicari melalui tabel di bawah ini.

Tabel. 5 analisis korelasi kofenetik ssm

SSM X Y X² Y² XY A - B 81,13 81,13 6582,077 6582,077 6582,077 A - C 62,26 67,93 3876,308 4614,485 4229,322 A - D 69,81 54,72 4873,436 2994,278 3820,003 A - E 67,93 67,93 4614,485 4614,485 4614,485 A - F 69,81 67,93 4873,436 4614,485 4742,193 B - C 73,59 67,93 5415,488 4614,485 4998,969 B - D 66,04 57,72 4361,282 3331,598 3811,829 B - E 67,93 67,93 4614,485 4614,485 4614,485 B - F 66,04 67,93 4361,282 4614,485 4486,097 C - D 62,26 54,72 3876,308 2994,278 3406,867 C - E 75,47 76,42 5695,721 5840,016 5767,417 C - F 77,36 76,42 5984,57 5840,016 5911,851 D - E 67,93 54,72 4614,485 2994,278 3717,13 D - F 62,26 54,72 3876,308 2994,278 3406,867 E - F 86,79 86,79 7532,504 7532,504 7532,504 ∑ 1056,61 1004,94 75152,17 68790,24 71642,1 Kemudian nilai r dicari melalui rumus :

82,92574 100 ] ) 96 . 100 ( 24 . 68790 15 ][ ) 61 . 1056 ( 17 . 75152 15 [ 94 . 1004 61 . 1056 1 . 71642 15 100 ] ) ( ][ ) ( [ 2 2 2 2 2 2 = − − − = − − − =

∑ ∑

r x x x x x r x y y n x x n y x xy n r

Nilai r didapatkan sebesar 82.92%, ini melebihi batas kepercayaan sebesar 60% sehingga bisa dikatakan bahwa nilai perhitungan Ssm dapat dipercaya.

(11)

Kemudian dari perhitungan dengan koefisien Sj, didapatkan matriks similaritas seperti berikut,

Tabel. 6 Matriks similaritas Sj

A B C D E F A 100 B 41,18 100 C 16,67 36,36 100 D 27,27 25 25,93 100 E 19,05 22,73 40,91 29,17 100 F 23,81 21,74 45,46 23,08 61,11 100

Kemudian dibentuk clustering sperti dalam Tabel. 7 di bawah ini Tabel. 7 Clustering analysis SJ

SIM (%) A B C E F D 100 A B C E F D 90 A B C E F D 80 A B C E F D 70 A B C E F D 61,11 A B C (E,F) D 60 A B C (E,F) D 50 A B C (E,F) D 43.19 A B ((C) (E,F)) D 41,18 (A,B) ((C) (E,F)) D 40 (A,B) ((C) (E,F)) D 30 (A,B) ((C) (E,F)) D 26,14 (A,B) (D) ((C) (E,F)) 21,72 (A,B) (D) ((C) (E,F))

Selanjutnya dibentuk dendrogram dengan data dari tabel. 7 Gambar.2 Konstruksi dendrogram Sj

a b c e f d 26,14 30 40 41,18 43,19 50 60 61,11 70 80 90 100

Lalu dibuat matriks turunan dari dendrogram diatas. Tabel. 8 Matriks turunan dendrogram Sj

A B C D E F A 100 B 41,18 100 C 41,18 41,18 100 D 26,14 26,14 26,14 100 E 41,18 41,18 43,19 26,14 100 F 41,18 41,18 43,19 26,14 61,11 100

(12)

Dan terakhir dibuat tabel analisis korelasi kofenetik beserta nilai r, seperti tercantum dalam tabel dan rumus di bawah ini

Tabel. 9 Analisis Korelasi Kofenetik Sj

Sj X Y X² Y² XY A - B 41,18 41,18 1695,792 1695,792 1695,792 A - C 16,67 41,18 277,8889 1695,792 686,4706 A - D 27,27 26,14 743,6529 683,2996 712,8378 A - E 19,05 41,18 362,9025 1695,792 784,479 A - F 23,81 41,18 566,9161 1695,792 980,4958 B - C 36,36 41,18 1322,05 1695,792 1497,305 B - D 25 26,14 625 683,2996 653,5 B - E 22,73 41,18 516,6529 1695,792 936,0214 B - F 21,74 41,18 472,6276 1695,792 895,2532 C - D 25,93 26,14 672,3649 683,2996 677,8102 C - E 40,91 43,19 1673,628 1865,376 1766,903 C - F 45,46 43,19 2066,612 1865,376 1963,417 D - E 29,17 26,14 850,8889 683,2996 762,5038 D - F 23,08 26,14 532,6864 683,2996 603,3112 E - F 61,11 61,11 3734,432 3734,432 3734,432 ∑ 459,47 566,45 16114,09 22752,23 18350,53 59,97634 100 ] ) 45 . 566 ( 09 . 16114 15 ][ ) 47 . 459 ( 09 . 16114 15 [ 45 . 566 47 . 459 53 . 18350 15 100 ] ) ( ][ ) ( [ 2 2 2 2 2 2 = − − − = − − − =

∑ ∑

r x x x x x r x y y n x x n y x xy n r

Didapatkan nilai r sejmlah 59.97634 yang jika dibulat akan mencapai batas kepercayaan yang bernilai 60%, sehingga bisa dikatakan bahwa perhitungan ini tidak bisa dipercaya

B. Pembahasan

Pada praktikum ini dilakukan klasifikasi terhadap 6 strain khamir berdasarkan unit karakter dari strain yang digunakan dengan analisis taksonomi numerik-fenetik. Strain diberi kode dengan abjad A, B, C, D, E dan F dengan menggunakan 53 karakter total

Berdasarkan unit karakter yang telah diteliti, diperoleh konstruksi dendogram dari perhitungan Ssm dan dendogram dari perhitungan SJ. Hasil dari perhitungan Ssm menunjukkan angka similaritas yang lebih besar dibandingkan dengan SJ. Pada Ssm, kekerabatan paling dekat terjadi antara strain E dan F dengan nilai similaritas 86.79 %. Selanjutnya terjadi clustering antara A dan B dengan nilai similaritas 81.13 %. Setelah itu strain C bergabung pada kelompok strain (E,F) dengan nilai similaritas 76.42 %, sedangkan pada nilai similaritas tersebut strain (A,B) tetap menjadi satu kelompok. Namun pada nilai similaritas 67.93% tersebut strain D belum membentuk kelompok dengan kelompok strain yang lain yang telah terbentuk sebelumnya dan strain (A,B) telah bergabung dengan starin (C,E,F). Kemudian

(13)

Pada nilai similaritas 54.72 % strain D baru membentuk kelompok satu kelompok menjadi (A, B, C, D, E. F)

Dari hasil dendogram SJ, memperlihatkan pembentukan kelompok yang cenderung berbeda dengan perhitungan Ssm. Strain E bergabung dengan strain F pada nilai 61.11 %. Selanjutnya strain C dan (E,F) bergabung dengan menjadi satu kelompok pada nilai similaritas sebesar 43.19 %. Strain B dan strain A bergabung dengan kelompok strain (C,E,F) pada nilai similaritas 41.18 %. Kemudian strain D bergadung dengan kelompok sebelumnya pada nilai similaritas paling kecil yaitu 26.14 % membentuk kelompok (A, B, C, D, E, F). Berdasarkan hasil uji taksonomi numerik fenetik diperoleh dua taksospesies, yang merupakan kelompok strain yang menpunyai indeks similaritas > 70 % yaitu kelompok strain (A,B) dan (E,F) pada perhitungan Ssm. Hal ini berarti strain A dan strain B tergolong dalam satu spesies, dan strain E dengan strain F juga tergolong dalam satu spesies, sedangkan pada perhitungan dengan menggnakan koefisien Sj, strain E dan F bisa dikatakan satu taxospecies, walaupun nilai similaritasnya kurang dari 70 %

Persamaan hubungan kekerabatan yang terbentuk berdasarkan Ssm dan SJ dapat disebabkan karena hubungan kekerabatan antar strain-strain khamir tersebut sama. Nilai similaritas SJ lebih kecil daripada Ssm karena karakter yang digunakan pada analisis SJ lebih sedikit. Karakter yang digunakan pada analisis SJ sedikit karena tidak memperhitungkan karakter strain yang sama-sama negatif, sedangkan pada analisis Ssm karakter yang sama-sama negatif juga diperhitungkan. Pada analisis SJ yang tidak memperhitungkan karakter yang sama-sama negatif dapat mengurangi tingkat kesalahan ( error ). Semakin banyak unit karakter yang diuji maka hasilnya semakin valid. Semakin banyak sifat yang sama, semakin dekat hubungan kekerabatannya, begitu juga sebaliknya. Hasil yang dapat terbentuk merupakan suatu gambaran dari sifat-sifat yang telah diketahui. Hasil dari klasifikasi dapat memberikan gambaran kemungkinan hubungan kekerabatan antara strain yang satu dengan strain yang lain dari nilai similaritas karakternya.

Pada praktikum ini digunakan algoritma average linkage, yang diambil adalah nilai rerata dari indeks similaritas. Selanjutnya akan diperoleh clustering untuk konstruksi dendogram. Dengan cara ini dapat terjadi perubahan indeks similaritas yang menyebabkan data tidak valid. Untuk mengetahui tingkat kebenaran atau kevalidan hasil konstruksi dendogram, dilakukan suatu uji yaitu analisis korelasi kofenetik. Dari hasil analisis ini akan diproleh nilai r. Hasil dikatakan valid apabila nilai r ini lebih besar daripada 60 %. Dari hasil analisis korelasi kofenetik Ssm diperoleh nilai r sebesar 82.93 %. Sedangkan untuk SJ diperoleh nilai r hanya sebesar 59.97 %. Karena hanya koefisien Ssm yang memiliki nilai diatas 60 % tetapi tidak dengan perhitungan Sj, maka hanya koefisien Ssm yang memiliki hasil yang valid dan dapat dipercaya.

(14)

V. SIMPULAN

Setelah dilakukan uji taksonomi numerik dari 6 strain khamir yang digunakan dalam percobaan ini, dapat disimpulkan bahwa dari perhitungan Ssm diperoleh 2 taksospesies. Taksospesies yang pertama dibentuk oleh kelompok strain A dan strain B dengan nilai similaritas 81.13 %. Sedangkan taksospesies yang kedua dibentuk oleh kelompok strain E dan strain F dengan indeks similaritas sebesar 86.79 %. Pada perhitungan SJ terbentuk satu taksospesies yaitu kelompok strain E dan strain F dengan nilai similaritas 61.11 %. Hasil analisis korelasi kofenetik pada Ssm diperoleh nilai r = 0,82927 atau 82,93 %, sedangkan pada SJ diperoleh nilai r = 0,5997 atau 59.97 %. Hanya koefisien Ssm yang valid dan dapat dipercaya. Konstruksi dendogram antara Ssm dan SJ memiliki bentuk yang berbeda. Pada Ssm memperhitungkan unit karekter yang sama-sama negatif sedangkan pada SJ tidak memperhitungkan sifat yang sama-sama negatif

(15)

VI. LAMPIRAN

Berikut adalah hasil perhitungan nilai Ssm dan Sj untuk tiap dua strain yang berbeda dan data sementara dari karakteristik tiap strain.

% 100 x d c b a d a Ssm + + + + = dan % 100 x c b a a Sj + + = A (++) B (+-) C (-+) D (--) SSM SJ A-B 7 4 6 36 81,13208 41,17647 A-C 4 7 13 29 62,26415 16,66667 A-D 6 5 11 31 69,81132 27,27273 A-E 4 7 10 32 67,92453 19,04762 A-F 5 6 10 32 69,81132 23,80952 B-C 8 5 9 31 73,58491 36,36364 B-D 6 7 11 29 66,03774 25 B-E 5 8 9 31 67,92453 22,72727 B-F 5 8 10 30 66,03774 21,73913 C-D 7 10 10 26 62,26415 25,92593 C-E 9 8 5 31 75,4717 40,90909 C-F 10 7 5 31 77,35849 45,45455 D-E 7 10 7 29 67,92453 29,16667 D-F 6 11 9 27 62,26415 23,07692 E-F 11 3 4 35 86,79245 61,11111

Referensi

Dokumen terkait

Uraian tersebut menunjukkan bahwa pelaksanaan evaluasi dalam proses belajar mengajar adalah untuk mendapatkan informasi yang akurat mengenai tingkat peneapaian tujuan instruksional

Kabupaten garut belum mampu mengolah potensi sumber daya alam yang ada sehingga hal tersebut belum dapat memberika n kontribusi yang signifikan terhadap pendapatan

Hasilnya akan menjelaskan tentang gambaran dan kondisi awal perencanaan studi lanjut ke SMK atau SMA sebelum mendapatkan tindakan melalui mind mapping, gambaran minat studi

a) Pilih tombol Input untuk mengaktifkan kotak input No. Rekening anggota, lalu tekan tombol Enter. Jika data No. Rekening salah maka akan tampil notifikasi “No. Rekening

Tapi salah satu hal menariknya adalah walaupun santriwati tidak dipulangkan, santriwati pondok modern An-Najah Cindai Alus puteri tidak terdapat kasus positif

Perubahan susunan empedu mungkin merupakan yang paling penting pada pembentukan batu empedu, karena terjadi pengendapan kolesterol dalam kandung empedu.. Stasis empedu dalam

Dengan pembelajaran yang berke- sadaran feminis diharapkan siswa pada akhirnya juga memiliki kesadaran kesetaraan gender, yang akan bermanfaat dalam cara memahami

Selain itu, kadar N yang tinggi dengan rasio C/N yang rendah tidak dapat menjamin terjadinya mineralisasi N yang cepat jika bahan organik tersebut banyak mengandung