Pembimbing Utama : Firmansyah Bin Abd Jabbar, S.Pi., M.Sc Penguji Utama : Dr. Nur Indah Sari Arbit, S.Si., M.Si Pembimbing Anggota : Fauzia Nur, S.Pi., M.Si Penguji 2 : Rahmi Nur, S.Si., M.Si
Penguji 3 : Rahmat Januar Noor, S.Si., M.Si
DETEKSI PARASIT Enterocytozoon hepatopenaei (EHP) PADA UDANG VANAME DI TAMBAK INTENSIF DAN TAMBAK TRADISIONAL KEC. CAMPALAGIAN KAB. POLEWALI MANDAR
I R M A H G 0 2 1 8 3 3 8
PROGRAM STUDI AKUAKULTUR
FAKULTAS PETERNAKAN DAN PERIKANAN
2022
>>
<<
• Udang memiliki nilai ekonomis tinggi hingga ke pasar global (Harris, 2019)
• Kendala (parasit) Enterocytozoon hepatopenaei (EHP) Pertumbuhan lambat & ukuran tidak seragam (Rajendran et al., 2016)
• EHP ciri berbeda menginfeksi tubulus merusak organ mencerna dan nutrisi pakan (Hanggono et al., 2019)
• Oleh karena itu, tindakan preventif dapat dilakukan dengan menggunakan metode Polymerase chain reaction (PCR) guna mencegah penyerangan parasit EHP yang terdapat pada udang.
• Udang memiliki nilai ekonomis tinggi hingga ke pasar global (Harris, 2019)
• Kendala (parasit) Enterocytozoon hepatopenaei (EHP) Pertumbuhan lambat & ukuran tidak seragam (Rajendran et al., 2016)
• EHP ciri berbeda menginfeksi tubulus merusak organ mencerna dan nutrisi pakan (Hanggono et al., 2019)
• Oleh karena itu, tindakan preventif dapat dilakukan dengan menggunakan metode Polymerase chain reaction (PCR) guna mencegah penyerangan parasit EHP yang terdapat pada udang.
Latar Belakang
Latar Belakang
>>
<<
Tujuan : investigasi keberadaan parasit EHP pada udang vaname di tambak intensif dan tadisional dengan menggunakan Uji PCR
Manfaat : Informasi Deteksi parasit EHP pada udang, langkah pengendalian parasit, dapat menjadi pedoman untuk para
petambak yang ada di Polewali Mandar
Tujuan : investigasi keberadaan parasit EHP pada udang vaname di tambak intensif dan tadisional dengan menggunakan Uji PCR
Manfaat : Informasi Deteksi parasit EHP pada udang, langkah pengendalian parasit, dapat menjadi pedoman untuk para
petambak yang ada di Polewali Mandar
Tujuan dan Manfaat
Tujuan dan Manfaat
Waktu dan Tempat Waktu dan Tempat
Metodologi Metodologi
• Bulan April – Mei 2023
• LABORATORIUM PENGUJI STASIUN KARANTINA IKAN PENGENDALIAN MUTU DAN KEAMANAN HASIL PERIKANAN (SKIPM) MAMUJU.
Kab. Mamuju Prov. Sulawesi Barat
Alat
Laminary flow vertical
Block heathers
Microwave
Timbangan
Centrifuge
Vortex
Mesin PCR
Elektrophoresis Set
Uv Trans-illuminator
Freezer
Waterbath
Micropipet
Microtube
microtip
Pellet pastel
Timer
Parafilm
Alumunium foil
Disecting set
Nampan bedah
Tissue
Masker
Kaos tangan
Extraction Kit: CTAB-DTAB
Chlorofom
Ethanol 95% dan 70%
Master Mix
PCR Grade Water
Agarose
Tris Acid EDTA (TAE) Buffer
Pewarna DNA
Primer EHP
Bahan
Prosedur Kerja
Prosedur Kerja Kualitas Air
• Suhu
• Salinitas
• Derajat Keasaman
• Oksigen Terlarut
• Alkalinitas
Sterilisasi Alat
• Basah
• kering
Tahapan Deteksi Parasit Tahapan Deteksi Parasit
1 2
Nekropsi Sampel
3
Ekstraksi DNA
4
Amplifikasi DNA
Deteksi Produk PCR
1 Nekropsi Sampel
Tahapan Nekropsi
Mengukur panjang
Menimbang berat
Pembedahan
2 Ekstraksi DNA
Ekstraksi DNA Menggunakan CTAB-DTAB
20 mg organ uji -> 600 μ DTAB solution -> Gerus -> Vortex.
Inkubasi pada 75°C selama 5 menit -> Dinginkan -> Vortex.
700 μ cholofom -> Vortex -> sentrifuge 12.000 g selama 5 menit.
Pindahkan 200 μ supernatant -> 100 μ CTAB dan 900 μ ddh₂o.
Vortex -> inkubasi pada 75°C selama 5 menit
Sentrifuge 12.000 g selama 10 menit
Buang supernatant -> 150 μ Disolve solution.
Inkubasi pada 75°C selama 5 menit -> Dinginkan
Sentrifuge 12.000 g selama 10 menit
Pindahkan 200 μ supernatant -> 300 μ ethanol 95% -> Vortex
Sentrifuge 12.000 g selama 5 menit -> Buang supernatant
Cuci pelet dengan 200 μ ethanol 70% spin -> Keringkan ->
Larutkan TE Buffer -> suhu 2-8°C.
3 Amplifikasi
Tahap Amplifikasi
Mix bahan gotag, F1, R1 dan NFW -> Vortex -> Spin -> pindahkan sebanyak 21 μ ke dalam tub a, b, c, kontrol (-) dan kontrol (+)
sampel 4 μ ke dalam tub a, b, c ->
kontrol (-) 4 μ NFW -> kontrol (+) EHP (+) Sebanyak 4 μ -> Spin
masukkan semua tub ke dalam mesin PCR -> Atur Tahap
amplifikasi
Rumus Bahan Amplifikasi:
Gotag 12,5 x 5 = 62,5 μ NFW 6,5 x 5 = 32,5 μ F1 1 x 5 = 5
R1 1 x 5 = 5
First : 1 jam 16 menit Nested : 3 jam
4 Deteksi Produk PCR
Tahapan Elektroforesis
Tambahkan 5 μ campuran produksi aplifikasi-
Loading dye ke dalam satu persatu samuran agarose.
Ambil 5 μ DNA marker
Hubungkan gel box dengan power suplay sebelum dinyalakan -> 100 voltage -> selama 27 menit
Elektroforesis dihentikan ketika proses running
memperlihatkan warna biru gelap telah mencapai ½ sampai 2/3 dari gel.
Baca hasil akhir dengan meletakkan gel pada UV trans- illuminator
Analisis secara kuantitatif untuk melihat tingkat serangan patogen parasit EHP serta analisis secara deskriptif berdasarkan data, gambar dan tabel untuk menjelaskan hasil kajian dari penelitian ini.
Analisis secara kuantitatif untuk melihat tingkat serangan patogen parasit EHP serta analisis secara deskriptif berdasarkan data, gambar dan tabel untuk menjelaskan hasil kajian dari penelitian ini.
Analisis Data
Analisis Data
Hasil
&
Pembahasan Hasil
&
Pembahasan
HASIL TAMBAK INTENSIF KETERANGAN
1. Marker (100 bp DNA Ladder)
2. Kontrol Positif EHP, Fragmen size 176 bp 3. Kontrol Negatif
4. Sampel NL.05.A/IV/2023 5. Sampel NL.05.B/IV/2023 6. Sampel NL.05.C/IV/2023
Pembacaan hasil: a. Band yang terbentuk pada 179 bp : Positif (+) b. Band yang tidak terbentuk : Negatif (-)
Hasil
&
Pembahasan Hasil
&
Pembahasan
HASIL TAMBAK TRADISIONAL KETERANGAN
1. Marker (100 bp DNA Ladder)
2. Kontrol Positif EHP, Fragmen size 176 bp 3. Kontrol Negatif
4. Sampel NL.03.A/IV/2023 5. Sampel NL.03.B/IV/2023 6. Sampel NL.03.C/IV/2023
Hasil
&
Pembahasan Hasil
&
Pembahasan
No Tambak Suhu
(°C)
Salinitas (ppt)
pH DO
(Mg/l)
Alkalinitas (ppm)
1 Intensif 26 30 7,66 7,7 108,80
2 Tradisional 28 32 7,94 6,5 115,10
Suhu 28 °C – 36 °C (Hertika, 2021)
Salinitas 26 – 32 ppt SNI 8037.1:2014
pH normal kisaran 7 – 9 Supriatna et al., (2020)
DO 4 – 9 mg/l SNI 8037.1:2014
Alkalinitas 100 – 150 ppm SNI 8037.1:2014
Kesimpulan Saran
Berdasarkan hasil penelitian deteksi parasit Enterocytozoon hepatopenaei dapat disimpulkan bahwa udang vaname tambak Intensif dan Tradisional negatif terkontaminasi parasit Enterocytozoon
hepatopenaei. Hal ini terjadi karena kualitas air pada ke dua tambak tersebut telah memenuhi standar baku mutu untuk pertumbuhan udang vaname dan proses pemeliharaan udang vaname sudah cukup baik.
Dalam melakukan uji laboratorium sangat penting
menjaga kesterilisasian bahan, alat, sampel, dan tempat pengujian untuk menghindari kontaminasi yang dapat merusak hasil pengujian. Selain itu untuk cara ekstraksi DNA perlu memperhatikan cara penggerusan (mengambil sampel DNA) dengan baik agar sampel DNA tersebut tidak rusak.
