Pola Elektroforesis Protein Globulin 7S dan 11S dari Kacang Komak (Lablab purpureus (L.) sweet)

(1)

POLA ELEKTROFORESIS PROTEN GLOBULN 7S DN llS

DARI KACANG KOMAK (Lab/ab purpureus (L.) swee)

OIeh

SITIKHODIJAH

F02498020

2003

FAK ULTAS TEK NOLOGIPE RT�N

N STITUT PERTANIAN BOGOR

(2)

POLA ELEKTROFORESIS PROTEIN GLOBULIN 7S DAN lIS

DAR! KACANG KOMAK (Lablab pupureus (L.) sweel)

meh

SITI KIIODIJAH

F02498020

SIPSI

Sebagai salah satu syarat memperoleh gelar SARJANA TEKNOLOGI PERTANAIAN Pada JURUSAN TEKNOLOGI PANGAN DAN GIZI

Fakultas Teknologi Pertanian Institut Pertanian Bogor

2003

FAKULTAS TEKNOLOGIPERT�

INSTITUT PERT� BOGOR

(3)

Siti Khodijah. F02498020. Pola Elektroforesis Protein Globulin 78 dan lIS dari Kacang Komak (Lab/ab purpureus (L.) weet). Dibawah bimbingan Oahul Syah dan Arif Hatoyo. 2003.

RN GKASAN

Metode elektroforesis digunakan secara luas dalam karakterisasi protein, salah satunya adalah penentuan berat molekul protein. Metode yang dilakukan adalah 8DSMPAGE untuk mengetahui berat molekul subunit-subunit protein dan metode NativeMPAGE untuk mengetahui berat molekul protein alaminya. Perbedaan metode SOS-PAGE dengan Native-PAGE terletak pada perlakuan sampel yaitu mengalami denaturasi pada 8DS-PAGE dan tidak mengalami denaturasi pada metode NativeM PAGE. Perbedaan lainnya adalah penggunaan konsentrasi akrilamid dalam gel. Umumnya Native-PAGE menggunakan konsentrasi akrilamid yang lebih kecil dari SDS-PAGE agar pori gel yang terbentuk bran bessr. Hal ini disebabkan karena protein yang dipisahkan berukuran besar.

Hasil yang diperoleh menunjukkan bahwa globulin 78 koak DL-40 memiliki berat molekul sekitar 183 kOa. Diduga protein alami tersebut memiliki kompleks .'31, a�, aa'p, alP, ala', dan U3. Berat molekul subunit a, a' dan 3

adalah a,a' untok kok DL-40 dan konformasi a,� untok kok DL-58.

Globulin liS kok DL-40 mei konformasi dugaan adalah (AlB I)',

paling mungkin dari konformai dugaan terebut saa untok kok 40 dan DL-58 yaitu (A,BI).,

(4)

INSTITUT PERTANIAN BOGOR

FAKULTAS TENOLOGIPERTANIAN

POLA ELEKTROFORESIS PROTEN GLOBULN 7S DAN 11S

DARI KACANG KOMAK (Lahab

pupures L.) wee)

SIPSI

Sebagai salah satu syarat memperoleh gelar SARJANA TEKNOLOGI PERTANAIAN Pada JURUSAN TENOLOGI PANGAN DAN GIZI

Fakultas Teknoloi Pertanian Insitut Pertanian Bogor

OIeb

SITI IIODIJAII

F02498020

Dilabirkan pada tanggal14 Agustus 1979

di Majalengka

Jr. MSi.

Dosen Pembimbing II

Tanggal Lulus : Maret 2003

(5)

KATAPENGANTAR

Aku bersaksi hahwa tiada Tuhan selain Allah SWT dan Muhammad adalah

utusan-Nya. Alhamdulillab 1 Tiada kata yang paotas diungkapkan selain pujian dan

Sy>IT pada Allah atas nikmat dan karunia-Nya penulis dapat menyelesaikan tugas

akhir ini dengan lao car.

Dalam penyelesaian tugas akhlr ini penulis mendapatkan bautuan yang sangat

berharga dari berbagai pihak. Oleh karena u perkenankan penulis menyampaikan

ucapan terima kasih kepada :

l. Bapak r. . Dahrul Syab, MSc. setaku Dosen Pembimbing I atas kesabaran

dalam membimbing penulis selama masa studi di PG dan penyelesaian tugas

akhir ini.

2. Bapak r. f Hartoyo, Mi. selaku osn Pembimbing n atas kesabaran dalam

membimbing penulis selama penyelesaian tugas akhir ini.

3. Bapak r. r. Suiyono, MAppSc. selaku dosen penguji yang telah meluangkan

waktunya.

4. Ayah (AIm) (Semoga kelak Allah mempertemukan kami dalam kenikmatan-Nya)

dan Thu yang telah membesarkan dan mendidik dengan cinta dan kasih sayang

serta kakak-kakak tercinta (C'Yuyun, A'Yayan, C'Yiyin, C'Yeyen, A'Yoyon,

C'Enday dan C'Ai) yang telah memberikan perhatian dan dukungan. Tak lupa

kakak-kakak ipar (A'ung, C'Euis, K'Den� M'Madya, A'Lukman dan

K'Topik) n keponakan-keponakan yang tak dpat disebutkan satu persatu.

5, Teh Yen yang telah meluangkan waktu mendampngi "ujian" dan r. Tauhid

(6)

6. Tean-tenan di QUTota A'yun dan Mbak atas kbersamaan yang indah selama

ini.

7. Pak Wahid, Pak Rozak dan laboran-Iaboran yang lain atas bantuannya.

8. Mbak Eno, Mas Hotib, Mas Agus, Mbak Vta, Nina dan i atas bantuan yang

sangat berharga.

9. Sahabat-sahabat dekat Riana, , Nur, Yuliawati, Ira, Het� Et� Tet� E�

Eming, Atik, Sima, Eno, n k, atas pnnnya.

10. Tintin, Sunny, Astan, tean-ten i Lab Biokim, Yuli, Tika, Susi, teman

tnan Kost Teratai (Nope, , Uri, Vivit, Niha, Rie, Aniah dan Ina), Teh Cuen,

Ucu, kelompok praktikum 35 (Bet� Yulia� Dni), kelompok praktikum 36

(Anis, Bahtiar, Nanang, Opk) dan tean-tean di G 3S dan 36 yang tak dapat

disebutkan satu persatu.

Penulis menyadari dalam penulisan kripsi ini masih jauh dari sempuma.

Oleh karena itu pnulis mngharapkan kritik dan saran dari berbagai pihak.

Bogor, _Maret₂₀₀₃

(7)

DATAR lSI

C. ELEKTROFORESIS DALAM ANALISIS PROTEN. ... 8

1. Elektroforesis . .. ... ... ,... ... 8

2. Elektroforesis Gel Poliakrilamid (PAGE). ... . . ... 9

3. SDS-PAGE. ... ... ... . ... ... 13

4. Nativ-PAGE. ... ... 14

5. Pemaan Protein .. ... _ , ... ', ... . ... . BAHAN DAN ETODOLOGI PENELTIAN . ... . 15

c. Preparasi dan pemasukan sampel ... 19

d. Running eletroforesis (pemisahan proten). ... ... 20

e. Pewamaan gel... ... 20

f. Pnghilangan wama. ... ... . . . ... 20

g. Perhitungan berat moleul. ... 21

(8)

IV

v.

h. Kesalahan absolut penentuan berat molekul dengan menggunakan elektroforesis . ... .

HASTL DAN PEBAHASAN . ... . A SDS-PAGE. ... ... .

B. NATTY.E-PAGE ... ... .

21 22 22 28

C. Konformasi Alami Globulin 78 dan l I S Kacang Konak. ... 33

KESMPULAN . ... . 37

A. Kesimpulan. ... 37

B. Saran ... ... . 38

DAFTAR PUSTAKA... 39

(9)

DAFfAR TABEL

Halaman

Tabel 1. Komposisi kimia kacang komak. ... 4

Tabel 2. Komposisi a53m amino kacang koak... 4

Tabel 3. Komposisi separating gel elektroforesis. ... 18

Tahel 4. Komposisi stacking gel elektroforesis. ... ... 18

Tabe1 5. Konsentrasi akrilamid uotuk pemisahan protein pada berat molekul tertentu... ... ... 23

Tabe16. Hubungan f dengan log BM pada konsentrasi sampel 69.58 �/sumur... ... 24

Tabel 7. Referensi berat molekul subunit protein globulin 7S dan II S kedelai ... ... ... 26

Tabe1 8, Berat molekul subunit-subunt protein globulin 75 pada kedelai... ... ... 26

Tabel9. Berat molekul subunit-subwtit protein globulin 7S pada komak . "... ... ... 27 Tabel lO. Berat molekul subunit-subunit protein globulin 11 S pada kedelai... 28

Tabeil l. Berat molekul subunit-subwlit protein globulin lIS pada koak . ... . ... ... 28

Tabel 12. Hubungan f dengan log BM pada konsentrasi 30 amid 6 %. ... 30

Tabel 13. Berat molekul protein alami (native) globulin 7S dan lIS. ... 32

Tabel14. Referensi berat molekul protein alami (native) globulin 75 dan lIS kedelai. ... 33

Tabel15. Konfonasi dugaan globulin 7S pada komak. ... 34

Tabel16 . Konfonasi dugaan globulin lIS... 35

(10)

DATAR GAM BAR

Halaman Gambar l . Kacang konak DL-40 dan DL-58... 3 Gambar 2. Mekanisme pembentukan poliakrilamid. ... 10 Gambar 3. Elektroforeram SDS-PAGE pada konsentrasi sampel

69.58 �g!sumur . ... 23

Gambar 4. KUlva standar SDS-PAGE dengan konsentrasi sampel

69.58 �g!sumur. ... 24

Gambar 5, Elektroforeram Native-PAGE dengan konsentrasi

akrilamid 60/0... ... 30

Gambar 6. Kurva standar Native-PAGE pada konsentrasi

akrlamid 6 %... ... ... 31 Gambar 7. Model konformasi globulin 7S t-congycinin) pada

Koak AO dan Kok DL-58.... ... 36 Gambar 8. Model konformasi globulin liS (glycinin) pada

(11)

(12)

(13)

(14)

(15)

(16)

(17)

(18)

(19)

(20)

(21)

(22)

(23)

(24)

(25)

(26)

(27)

(28)

(29)

(30)

(31)

(32)

(33)

(34)

(35)

(36)

(37)

(38)

(39)

(40)

(41)

(42)

(43)

(44)

(45)

(46)

(47)

(48)

(49)

(50)

(51)

(52)

(53)

(54)

(55)

(56)

(57)

(58)

(59)

(60)

(61)

(62)

(63)

(64)

(65)

(66)

(67)

(68)

(69)

(70)

(71)

(72)

(73)

(74)

(75)

(76)

(77)

(78)

(79)

(80)

(81)