Analisis RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA) Populasi Manggis (Garcinia mangostana L.) Di Sumatera Utara

(1)

Lampiran 1. Bagan prosedur isolasi DNA

0.2-0.3 gr daun segar digerus dgn nitrogen cair ,sambil digerus

masukkan 0.1 gr PVPP sampai menjadi tepung . Lalu masukkan dalam tube 2 ml yng telah berisi 1 ml CTAB 2% dan 10 ul B-merkapto, bolak balik tube sampai homogen

Vortex sampel sampai homogen, panaskan dalam waterbath suhu 65˚ selama 60 menit (setiap 10 menit angkat lalu dibolak-balik). Setelah dingin masukkan KIAA 1ml per sampel, lalu sentrifuse 13.000 rpm selama 15 menit. Pindahkan bagian atas ke tube 2ml yang baru lalu tambahkan KIAA lagi 1 ml per sampel.

Ambil bagian atas (supernatant) lalu pindahkan ke tube ukuran 1.5 ml. Masukkan isopropanol dingin + sodium asetat, dibolak balik, lalu diamkan di dalam kulkas -20 ˚C diinkubasi selama 1 malam.

Dikeluarkan dari kulkas lalu disentrifuse 13.000 rpm 20 menit, akan keliatan pellet pada bagian dasar tube, bagian atas (supernatant) dibuang lalu dan dikering-anginkan. Setelah itu dimasukkan buffer TE 100 ul, dispin manual hingga homogen. Setelah homogen ditambahkan Sodium asetat + etanol (100%) dingin, diinkubasi di dalam kulkas selama 3 jam pada -20˚C

(2)

Lampiran 2. Siklus PCR

Tahap Suhu Waktu Jumlah Siklus

Denaturasi awal 94ºC 2 menit 1 siklus Denaturasi 94ºC 1 menit 45 siklus

Anealing 36ºC 1 menit 45 siklus

Ekstension 72ºC 2 menit 45 siklus Ekstension akhir 72ºC 10 menit 1 siklus Kondisi akhir PCR 4ºC tak terbatas

Setting PCR

(3)

Lampiran 3. Data distance DARwin

@DARwin 5.0 - DIS 30

T S1 T S2 T S3 T S4 T S5 Sim1 Sim2 Sim3 DS1 DS2 DS3 DS4 DS5 Srg1 Srg2 Srg3 Srg4 Srg5 Lkt1 Lkt2 Lkt3 Lkt4 Lkt5 Lkt6 Lkt7 Lkt8 Lkt9 Lkt10 Lkt11 T S2 0.30

T S3 0.38 0.32 T S4 0.30 0.30 0.24

T S5 0.28 0.35 0.41 0.23 Sim1 0.16 0.23 0.33 0.23 0.26 Sim2 0.16 0.28 0.39 0.21 0.19 0.10 Sim3 0.19 0.28 0.40 0.23 0.16 0.10 0.10 DS1 0.20 0.34 0.47 0.24 0.20 0.13 0.08 0.11 DS2 0.17 0.29 0.39 0.22 0.20 0.11 0.06 0.11 0.10 DS3 0.23 0.28 0.43 0.23 0.16 0.14 0.10 0.08 0.11 0.13 DS4 0.24 0.32 0.45 0.27 0.17 0.18 0.13 0.14 0.12 0.19 0.08 DS5 0.25 0.32 0.35 0.28 0.20 0.19 0.14 0.14 0.20 0.12 0.16 0.17 Srg1 0.21 0.24 0.32 0.21 0.27 0.17 0.17 0.22 0.26 0.18 0.24 0.23 0.18 Srg2 0.27 0.32 0.23 0.14 0.29 0.25 0.23 0.25 0.31 0.26 0.29 0.28 0.29 0.20 Srg3 0.31 0.36 0.39 0.21 0.26 0.32 0.27 0.26 0.28 0.28 0.26 0.23 0.28 0.28 0.22 Srg4 0.25 0.32 0.30 0.10 0.20 0.26 0.21 0.16 0.24 0.20 0.20 0.27 0.25 0.24 0.16 0.18 Srg5 0.32 0.37 0.34 0.12 0.22 0.30 0.23 0.25 0.26 0.24 0.22 0.29 0.27 0.29 0.19 0.18 0.10 Lkt1 0.27 0.39 0.48 0.24 0.24 0.28 0.20 0.20 0.16 0.21 0.20 0.16 0.27 0.29 0.31 0.25 0.22 0.26 Lkt2 0.29 0.36 0.38 0.21 0.31 0.27 0.20 0.24 0.28 0.23 0.26 0.28 0.29 0.25 0.20 0.29 0.24 0.26 0.20 Lkt3 0.22 0.29 0.32 0.18 0.25 0.21 0.16 0.19 0.22 0.15 0.20 0.26 0.20 0.18 0.19 0.25 0.18 0.20 0.24 0.08 Lkt4 0.20 0.33 0.35 0.23 0.25 0.21 0.19 0.17 0.25 0.15 0.23 0.29 0.20 0.19 0.24 0.28 0.18 0.22 0.27 0.22 0.14 Lkt5 0.20 0.37 0.42 0.27 0.29 0.26 0.23 0.21 0.22 0.22 0.25 0.24 0.22 0.24 0.31 0.25 0.25 0.24 0.21 0.26 0.20 0.16 Lkt6 0.30 0.38 0.38 0.18 0.25 0.26 0.21 0.19 0.27 0.22 0.23 0.24 0.20 0.21 0.22 0.21 0.20 0.20 0.24 0.17 0.15 0.20 0.22 Lkt7 0.23 0.33 0.35 0.20 0.23 0.24 0.17 0.17 0.20 0.18 0.21 0.22 0.20 0.22 0.22 0.21 0.18 0.25 0.20 0.15 0.09 0.16 0.14 0.18 Lkt8 0.22 0.38 0.44 0.27 0.24 0.28 0.20 0.20 0.21 0.21 0.25 0.21 0.22 0.17 0.29 0.25 0.22 0.29 0.23 0.28 0.22 0.19 0.14 0.22 0.14 Lkt9 0.29 0.32 0.32 0.20 0.32 0.23 0.20 0.27 0.26 0.26 0.25 0.24 0.27 0.23 0.23 0.28 0.27 0.26 0.26 0.19 0.15 0.25 0.22 0.27 0.11 0.26 Lkt10 0.24 0.29 0.34 0.16 0.32 0.18 0.18 0.22 0.26 0.21 0.24 0.28 0.27 0.17 0.23 0.30 0.24 0.23 0.28 0.20 0.19 0.12 0.21 0.22 0.22 0.26 0.16 Lkt11 0.25 0.32 0.34 0.18 0.27 0.23 0.16 0.21 0.24 0.17 0.23 0.26 0.22 0.21 0.19 0.25 0.20 0.22 0.26 0.08 0.07 0.14 0.20 0.18 0.11 0.24 0.13 0.12 Lkt12 0.20 0.32 0.37 0.17 0.24 0.20 0.13 0.16 0.21 0.17 0.20 0.24 0.24 0.18 0.21 0.25 0.17 0.21 0.23 0.16 0.15 0.08 0.17 0.17 0.15 0.18 0.21 0.06 0.10 Dissimilarity calculated from data file: manggis_30_10primer_kode.var (type:'single')

User selection Units: 30/30 and Variables: 80/80 Dissimilarity index: P resence / Absence - Dice Missing data options:

(4)

Lampiran 4. Hasil uji kuantitas dan konsentrasi DNA manggis populasi Sumatera Utara dengan spektrofotometer/nanophotometer

DNA Sampel 1 : TS1 DNA Sampel 2 : TS2

DNA Sampel 3 : TS3 DNA Sampel 4 : TS4

DNA Sampel 5 : TS5 DNA Sampel 6 : Sim1

(5)

DNA Sampel 9 : DS1 DNA Sampel 10 : DS2

DNA Sampel 11 : DS3 DNA Sampel 12 : DS4

DNA Sampel 13 : DS5 DNA Sampel 14 : Srg1

(6)

DNA Sampel 17 : Srg4 DNA Sampel 18 : Srg5

DNA Sampel 19 : Lkt1 DNA Sampel 20 : Lkt2

(7)

DNA sampel 25 : Lkt7 DNA Sampel 26 : Lkt8

(8)

Lampiran 5. Gambar kegiatan elektroforesis

Pembuatan agarose _{Elektroforesis}

(9)

Lampiran 6. Gambar kegiatan di laboratorium

Isolasi DNA dengan Nitrogen cair

Lysis dinding sel dengan nitrogen cair

Proses pemanasan Pada Waterbath

Vortex dan Centrifuge

(10)

Lampiran 7. Deskripsi Pembuatan Larutan Stok a. CTAB 5 %

Larutan dibuat dengan melarutkan : - NaCl : 2.0 g

- CTAB : 5.0 G - Aquades : 100 ml

b. Tris HCl 1 M pH 8.0 (100 ml) Bahan yang digunakan adalah :

- Tris : 12.114 g - HCl p.a. : 4.2 ml - Aquades : 80 ml

- Larutan dibuat dengan mencampurkan bahan kimia di dalam gelas beaker yang diaduk dengan menggunakan batang pengaduk magnetik di atas hot plate

- Volume ditepatkan dengan aquades hingga 100 ml - Larutan disterilisasi dengan autoclave

c. Tris HCl 1 M pH 7.4 (50 m) Bahan yang digunakan adalah : - Tris : 6.057 g

- Aquades ditambahkan hingga volume larutan mendekati 50 ml

- Pengaturan Ph dilakukan dengan menambahkan NaOH 2.5 M hingga Ph 7.4 - Volume ditepatkan hingga 50 ml

- Larutan disterilisasi dengan autoclave d. EDTA O.5 M pH 8.0 (100 ml)

Bahan yang digunakan adalah : - NaEDTA : 18.612 g

- NaOH : 2.0 g - Aquades : 80 ml

- Larutan dibuat dengan mencampur bahan kimia dalam gelas beaker dan diaduk dengan menggunakan batang pengaduk magnetik

- Pengaturan pH dilakukan dengan menambahkan HCl hingga ph 8.0. - Volume ditepatkan dengan aquades hingga 100 ml

- Larutan disterilisasi dengan autoclave e. NaCl 5 M pH 7.7 (l00 ml)

Bahan yang digunakan adalah : - NaCl : 29.22 g

- Aquades ditambahkan hingga larutan mendekati 100 ml dan diaduk dengan menggunakan batang pengaduk magnetik hingga larut

- Pengaturan PH dilakukan dengan menambahkan NaOH hingga pH 7.7 - Volume ditepatkan dengan aquades hingga 100 ml

(11)

f. Buffer Ekstraksi/CTAB (100 ml) Bahan yang digunakan adalah : - CTAB 2 % : 40 ml CTAB 5 %

Bahan yang digunakan adalah : - Tris : 24.2 ml pH, 7.4

- Asam Asetat Glasial : 5.7 ml - EDTA 0.5 M PH 8.0 : 10 ml

- Aquades ditambahkan hingga olume larutan 100 ml h. Buffer TAE 1X (500 ml)

Bahan yang digunakan adalah : - Buffer TAE 50 X : 10 ml

- Aquades : 490 ml i. Buffer TE (50 ml)

Bahan yang digunakan adalah : - Tris HCl 1 M PH 8.0 : 0.5 ml - EDTA 0.5 M PH 8.0 : 0.1 ml - Aquades : 49..4 ml

- Dimasukkan ke dalam gelas beaker dan diaduk hingga merata j. Kloroform Isoamilalkohol 24 : 1 (50 ml)

(12)

(13)

Lampiran 9. Gambar aksesi manggis TS1

AKSESI 1

TS1

Asal Desa : Napa (Tapsel) Kecamatan : Batang Toru Ketinggian Tempat : 70 mdpl Usia ± 60 tahun

(14)

AKSESI 2

TS2

Asal Desa : Sipenggeng (Tapsel) Kecamatan : Batang Toru

Ketinggian tempat : 76 mdpl Usia Tanaman : ± 40 tahun

Letak : S 0.1º03’ 24.9’’, E 101º 37.’45.5’’ Tinggi Tanaman ± 20 m

(15)

AKSESI 3

TS3

Asal Desa : Huraba 1 (Tapsel) Kecamatan : Marancar

Ketinggian Tempat : 320 mdpl Usia tanaman : ± 40 tahun

Letak : S 0.1º03’ 21.9’’, E 101º 37.’12.5’’ Tinggi Tanaman :± 10 m

(16)

AKSESI 4

TS4

Asal Desa : Pangarongan (Tapsel) Kecamatan : Marancar

Ketinggian Tempat : 360 mdpl Usia tanaman : ± 40 tahun

Letak : S 0.1º03’ 31.2’’, E 101º 37.’41.3’’ Tinggi Tanaman :± 15 m

(17)

AKSESI 5

TS5

Aksesi : Simasom (Tapsel) Kecamatan : Angkola Timur Ketinggian Tempat : 602 mdpl Usia tanaman : ± 50 tahun

Letak : N 0.1º31’ 40.2’’, E 099º 10.’54.8’’ Tinggi Tanaman :± 15 m

(18)

Lampiran 14. Gambar aksesi manggis Sim1

AKSESI 6

Sim1

Aksesi : Sirama 1

Kabupaten : Simalungun Usia ± 100 tahun

Tinggi Tanaman : ± 25 m Lilit Batang : 160 cm

(19)

AKSESI 7

Sim2

Aksesi : Sirama 2

Kabupaten : Simalungun Usia ± 20 tahun

(20)

AKSESI 8

Sim3

Asal Desa : Petani Timur Kabupaten : Simalungun Usia ± 35 tahun

(21)

Lampiran 17. Gambar aksesi manggis DS1

AKSESI 9

DS1

Asal Desa : Pancur Batu Kabupaten : Deli Serdang Usia ± 20 tahun

(22)

AKSESI 10

DS2

Asal Desa : Tiang Layar Kabupaten : Deli Serdang Usia ± 40 tahun

(23)

AKSESI 11

DS3

Asal Desa : Rambung Baru Kabupaten : Deli Serdang Usia ± 40 tahun

(24)

AKSESI 12

DS4

Asal Desa : Bingkawan Kabupaten : Deli Serdang Usia ±40 tahun

(25)

AKSESI 13

DS5

Asal Desa : Sembahe Kabupaten : Deli Serdang Usia ± 40 tahun

(26)

Lampiran 22. Gambar aksesi manggis Srg1

AKSESI 14

Srg1

Asal Desa : Celawan 1

Kabupaten : Serdang Bedagai (Sergei) Usia ± 30 tahun

(27)

AKSESI 15

Srg2

Asal Desa : Celawan 2

(28)

AKSESI 16

Srg3

Asal Desa : Besar Terjun

(29)

AKSESI 17

Srg4

Asal Desa : Meteran

(30)

AKSESI 18

Srg5

Asal Desa : Firdaus

(31)

Lampiran 27. Gambar aksesi manggis Lkt1

AKSESI 19

Lkt1

Asal Desa : Stabat Lama

(32)

AKSESI 20

Lkt2

Asal Desa : Stabat Banyumas Kabupaten : Langkat

Usia ± 30 tahun

(33)

AKSESI 21

Lkt3

Asal Desa : Pertumbukan Kabupaten : Langkat Usia ± 40 tahun

(34)

AKSESI 22

Lkt4

Asal Desa : Stabat Baru Kabupaten : Langkat Usia ± 40 tahun

(35)

AKSESI 23

Lkt5

Asal Desa : Stabat Barat -1 Kabupaten : Langkat Usia ± 15 tahun

(36)

AKSESI 24

Lkt6

Asal Desa : Stabat Barat-2 Kabupaten : Langkat Usia ± 20 tahun

(37)

AKSESI 25

Lkt7

Asal Desa : Stabat Kota Kabupaten : Langkat Usia ± 30 tahun

(38)

AKSESI 26

Lkt8

Asal Desa : Hulu Berayun Kabupaten : Langkat Usia ± 30 tahun

(39)

AKSESI 27

Lkt9

Asal Desa : Namo Cengkeh Kabupaten : Langkat Usia ± 30 tahun

(40)

AKSESI 28

Lkt10

Asal Desa : Tanjung Keliling Kabupaten : Langkat

Usia ± 30 tahun

(41)

AKSESI 29

Lkt11

Asal Desa : Namo Datok Kabupaten : Langkat Usia ± 25 tahun

(42)

AKSESI 30

Lkt12

Asal Desa : Sukatani Kabupaten : Langkat Usia ± 15 tahun

(43)