DETEKSI MYCOBACTERIUM LAPRAE DENGAN TEKNIK
POLYMERASE CHAIN REACTION DARI SALIVA
PENDERITA KUSTA
TESIS
Oleh
TEGUH ALY’ANSYAH
NIM: 097105008
PROGRAM PENDIDIKAN DOKTER SPESIALIS ILMU KESEHATAN KULIT DAN KELAMIN
FAKULTAS KEDOKTERAN UNIVERSITAS SUMATERA UTARA MEDAN
2014
DETEKSI MYCOBACTERIUM LAPRAE DENGAN TEKNIK
POLYMERASE CHAIN REACTION DARI SALIVA
PENDERITA KUSTA
TESIS
Diajukan sebagai salah satu syarat untuk memperoleh gelar Dokter Spesialis dalam Program Pendidikan Dokter Spesialis
Departemen Ilmu Kesehatan Kulit dan Kelamin Fakultas Kedokteran Universitas Sumatera Utara
Oleh
TEGUH ALY’ANSYAH
NIM: 097105008
PROGRAM PENDIDIKAN DOKTER SPESIALIS ILMU KESEHATAN KULIT DAN KELAMIN
FAKULTAS KEDOKTERAN UNIVERSITAS SUMATERA UTARA MEDAN
HALAMAN PERSETUJUAN
Judul Tesis : Deteksi Mycobacterium leprae dengan teknik Polymerase Chain Reaction dari Saliva Penderita Kusta
Nama : dr. Teguh Aly’ansyah
Nomor Induk : 097105008
Program Studi : Pendidikan Dokter Spesialis Konsentrasi : Ilmu Kesehatan Kulit dan Kelamin
Menyetujui:
Pembimbing I Pembimbing II
(dr. H. Syahril R. Lubis, SpKK(K)) (dr. Richard Hutapea, SpKK(K)) NIP. 195010221982111001 NIP. 196210301989101001
Ketua Program Studi Ketua Departemen
(dr. Chairiyah Tanjung. SpKK(K)) (Prof.Dr.dr. Irma D. Roesyanto-Mahadi, SpKK(K))
NIP. 195012111978112001 NIP. 194712241976032001
Tanggal lulus: 1 November 2014
HALAMAN PERNYATAAN ORISINALITAS
Tesis ini adalah hasil karya penulis sendiri, dan semua sumber baik yang dikutip maupun dirujuk
telah penulis nyatakan dengan benar
Nama : dr. Teguh Aly’ansyah NIM : 097105008
Deteksi Mycobacterium Laprae dengan Teknik Polymerase Chain Reaction dari Saliva Penderita Kusta
Teguh Aly’ansyah
Departemen Ilmu Kesehatan Kulit dan Kelamin , Syahril R. Lubis, Richard Hutapea
Fakultas Kedokteran Universitas Sumatera Utara RSUP Haji Adam Malik Medan-Indonesia
Abstrak
Latar belakang: Penyakit kusta adalah penyakit infeksi kronik yang disebabkan oleh
Mycobacterium leprae yang menyerang saraf tepi, kulit dan jaringan tubuh lainnya kecuali susunan saraf pusat.
Tujuan: mempelajari hasil pemeriksaan PCR dalam mendeteksi M. leprae dari saliva
penderita kusta.
Metode: 30 penderita kusta baru atau 1 – 3 bulan bulan pengobatan yang berobat di
tempat penelitian, setelah dilakukan penentuan diagnosis klinis, pemeriksaan bakteriologis, dilakukan pengambilan saliva. Dilakukan ekstraksi DNA dari sampel saliva dan diperiksa PCR dengan menggunakan nested primer LP1-4 yang spesifik terhadap spesies M. leprae.
Hasil: Dari 30 kusta yang diteliti (6 PB dan 24 MB), BTA ditemukan pada 62,5%.
Setelah dilakukan pemeriksaan PCR, M. leprae ditemukan pada 10% penderita. Pada kelompok BTA negatif ditemukan M. leprae 3,3%, sedangkan pada kelompok BTA positif ditemukan M. leprae 6,7%.
Kesimpulan: Sediaan saliva belum bisa dijadikan alternatif untuk pemeriksaan
bakteriologik kusta walaupun bersifat non invasif guna pemeriksaan PCR, terutama pada penderita BTA negatif.
Kata kunci: M. leprae, PCR, BTA, saliva.
Detection of Mycobacterium Laprae with Polymerase Chain Reaction from Saliva in Leprosy Patient
Teguh Aly’ansyah
Department of Dermato-Venereology
, Syahril R. Lubis, Richard Hutapea
Faculty of Medicine, University of North Sumatra Haji Adam Malik General Hospital Medan-Indonesia
Abstract
Background: leprosy is a chronic infection disease, caused by Mycobacterium
leprae, involved skin and peripheral nerves, but also other organs or system, except central nerves.
Objective: to study PCR technique in detecting Mycobacterium leprae from saliva of
leprosy patient.
Method: 30 leprosy patient detected in study location were involved in this study.
The diagnosis was established by clinical and bacteriological examination. Saliva was taken and DNA extraction was performed, nested primers (LP1-4) were used in the PCR procedure are specific to M. leprae species.
Results: from 30 leprosy cases (6 PB and 24 MB) that include in this study, AFB was
found in 62,5% patient. M. leprae was found in 10% patient which are performed PCR examination. In negative AFB patient group, M. leprae was found in 3,3% by PCR, whereas positif AFB patient group, M. leprae was found 6,7% by PCR.
Conclusion: Saliva specimens not could be used for non invasive bacterial
KATA PENGANTAR
Puji dan syukur senantiasa kami panjatkan kehadirat Allah SWT atas rahmat dan hidayahNya saya dapat menyelesaikan tesis ini sebagai karya tulis akhir pada Program Pendidikan Dokter Spesialis Ilmu Kesehatan Kulit dan Kelamin di Fakultas Kedokteran Universitas Sumatera Utara, Medan.
Saya menyadari dalam penulisan karya akhir ini masih banyak kekurangan dan keterbatasannya, namun besar harapan saya karya tulis ini dapat bermanfaat dalam memberi informasi sebagai data dasar dan pendukung untuk penelitian selanjutnya. Keberhasilan ini tidak dapat tercapai dengan baik tanpa bantuan dan bimbingan dari berbagai pihak, untuk itu pada kesempatan ini, dengan hati yang tulus saya ucapkan rasa terima kasih yang sedalam – dalamnya kepada:
1. dr. H. Syahril R Lubis, SpKK(K) selaku pembimbing utama, yang telah bersedia meluangkan waktu, pikiran dan tenaga serta dengan penuh kesabaran membimbing, memberi masukan dan koreksi kepada saya selama proses penyusunan tesis ini.
2. dr. Richard Hutapea, SpKK(K) selaku pembimbing kedua, yang telah bersedia meluangkan waktu, pikiran dan tenaga serta dengan penuh kesabaran membimbing, memberi masukan dan koreksi kepada saya selama proses penyusunan tesis ini.
3. Prof. Dr. dr. Irma D. Roesyanto-Mahadi, SpKK(K), FINS.DV selaku Ketua Departemen Ilmu Kesehatan Kulit dan Kelamin Fakultas Kedokteran Universitas Sumatera Utara, yang telah memberikan kesempatan kepada saya untuk mengikuti pendidikan spesialis di bidang Ilmu Kesehatan Kulit dan Kelamin Fakultas Kedokteran Universitas Sumatera Utara.
4. dr. Chairiyah Tanjung, SpKK(K), FINS.DV selaku Ketua Program Studi Ilmu Kesehatan Kulit dan Kelamin Fakultas Kedokteran Universitas Sumatera Utara yang telah membimbing, memberikan nasehat, masukan dan motivasi kepada saya selama menjalani pendidikan.
5. Prof. DR. Syahril Pasaribu, SpA(K), DTM&H, selaku Rektor Universitas Sumatera Utara yang telah memberikan kesempatan kepada saya untuk dapat melaksanakan studi pada Universitas yang Bapak pimpin.
6. Prof. dr. Gontar A. Siregar, SpPD-KGEH selaku Dekan Fakultas Kedokteran Universitas Sumatera Utara yang telah memberikan kesempatan kepada saya untuk mengikuti Program Pendidikan Dokter Spesialis Ilmu Kesehatan Kulit dan Kelamin Fakultas Kedokteran Universitas Sumatera Utara.
7. dr. Ariyati Yosi, MKed(KK), SpKK, dr. Kamaliah Muis, SpKK, dr. Isma Aprita Lubis, SpKK, FINS.DV sebagai anggota tim penguji yang telah memberikan koreksi dan masukan atas penyempurnaan tesis ini.
8. dr. Irwan F. Rangkuti, SpKK, FINS.DV selaku Ketua SMF IK Kulit dan Kelamin RSU dr. Pirngadi Medan dan dr. Suryadharma Hamidah, SpKK yang telah memberikan kesempatan, motivasi serta fasilitas selama saya menjalani pendidikan dan tersusunnya tesis ini.
9. Para guru besar serta seluruh staf pengajar di Departemen Ilmu Kesehatan Kulit dan Kelamin FK USU, RSUP. H. Adam Malik Medan, RSU dr. Pirngadi Medan, yang tidak dapat saya sebutkan satu persatu, yang telah membantu dan membimbing saya selama mengikuti pendidikan ini.
10. Direktur RSUP. H. Adam Malik Medan, Direktur RSU dr. Pirngadi Medan, yang telah memberikan kesempatan dan fasilitas kepada saya selama menjalani pendidikan keahlian ini.
11. Seluruh staf/pegawai Laboratorium Terpadu FK USU, terima kasih atas bantuan dan kerjasamanya yang baik dalam penyelesaian tesis saya ini.
12. Seluruh staf/pegawai dan perawat di Bagian Ilmu Kesehatan Kulit dan Kelamin, baik di RSUP. H. Adam Malik Medan, RSU dr. Pirngadi Medan, atas bantuan, dukungan, dan kerjasama yang baik selama ini.
13. Teman seperjuangan dr. Liza, dr. Silvia, dr. Lora, dr. Vera, dr. Nita, dr. Ridha dan seluruh teman PPDS Ilmu Kesehatan Kulit dan Kelamin Fakultas Kedokteran Universitas Sumatera Utara yang tidak dapat saya sebutkan satu persatu yang telah memberikan bantuan, dukungan, dan kerjasama kepada saya selama menjalani masa pendidikan dan penyelesaian tesis ini.
hidup ini. Saya tidak akan pernah bisa membalas jasa kedua orang tua saya, hanya ucapan terima kasih yang tulus dan doa yang dapat saya panjatkan kepada beliau.
Terima kasih yang tidak terhingga kepada istri tercinta drg. Dina Hayati RM, yang dengan sabar, penuh pengertian, kasih sayang dan doa telah mendampingi saya menjalani kehidupan terutama dalam proses pendidikan. Juga kepada belahan jiwa, sumber inspirasi dan kebahagiaan, anakku tersayang Mauzalova Rasyiqa Nali juga calon bayi kami.
Yang terkasih adik – adik saya, terima kasih atas doa, dukungan dan pengertian yang telah kalian berikan kepada saya selama ini. Seluruh keluarga besar yang telah banyak memberikan dukungan dan nasehat selama masa pendidikan dan karya akhir saya ini.
Akhir kata, sebagai manusia biasa yang tidak lepas dari segala kekurangan dan kesalahan, kami menyadari masih banyak pihak yang telah membantu namun karena keterbatasan sehingga kami tidak dapat menyebutkan satu persatu. Untuk itu semoga Allah SWT membalas semua amal kebaikan mereka yang telah memberikan bantuan kepada kami dan senantiasa memberikan limpahan rahmat dan karuniaNya kepada kita semua, Amin ya Rabbal alamin.
Medan, Oktober 2014
Penulis
dr. Teguh Aly’ansyah
DAFTAR ISI
DAFTAR SINGKATAN DAN TANDA ... xi
BAB I PENDAHULUAN ... 1
2.3 Pemeriksaan Penunjang Kusta ... 16
2.3.1 Pemeriksaan bakterioskopik ... 16
2.3.2 Pemeriksaan histopatologi ... 17
2.3.3 Pemeriksaan inokulasi pada binatang percobaan ... 18
2.3.4 Pemeriksaan serologis ... 18
2.3.5 Pemeriksaan PCR ... 19
2.5 Kerangka Konsep ... 25
BAB III METODE PENELITIAN ... 26
3.1 Desain Penelitian ... 26
3.2 Waktu dan Tempat Penelitian ... 26
3.2.1 Waktu penelitian ... 26
3.2.2 Tempat penelitian ... 26
3.3 Populasi penelitian ... 27
3.3.1 Populasi target ... 27
3.3.2 Populasi terjangkau ... 27
3.3.3 Sampel ... 27
3.4 Besar sampel ... 27
3.5 Cara Pengambilan Sampel ... 28
3.6 Identifikasi Variabel ... 28
3.6.1 Variabel bebas ... 28
3.6.2 Variabel terikat ... 28
3.7 Kriteria Inklusi dan Esklusi ... 28
3.7.1 Kriteria Inklusi ... 28
3.7.2 Kriteria Esklusi ... 28
3.8 Alat, Bahan dan Cara Kerja ... 29
3.8.1 Alat dan bahan ... 29
3.8.2 Cara kerja ... 30
3.5 Kerangka Operasional ... 37
3.6 Definisi Operasional ... 38
3.7 Pengolahan dan Analisis Data ... 40
3.8 Ethical Clearance ... 40
BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN ... 41
4.1 Karakteristik Demografik Subyek Penelitian ... 42
4.2 Karakteristik Subyek Penelitian berdasarkan Tipe Kusta ... 46
4.3 Hasil Pemeriksaan BTA dari Kerokan Kulit ... 47
4.4 Hasil Kepositifan PCR DNA M. leprae dari Saliva ... 48
DAFTAR GAMBAR
No. Judul Halaman
2.1 Tahapan kerja PCR ... 22
2.2 Proses amplifikasi pada PCR ... 22
2.3 Kerangka teori penelitian ... 24
2.3 Kerangka konsep penelitian ... 25
DAFTAR TABEL
No Judul Halaman
2.1 Pedoman utama dalam menentukan klasifikasi/tipe
penyakit kusta menurut WHO (1982)Karakteristik………..…...12
2.2 Tanda lain yang dapat dipertimbangkan dalam penentuan klasifikasi menurut WHO (1982) pada penderita kusta ... 12
4.1 Jumlah sampel di tempat penelitian ... 41
4.2 Karakteristik data demografik subyek penelitian... 42
4.3 Karakteristik subyek penelitian berdasarkan tipe kusta ... 46
4.4 Hasil pemeriksaan BTA dari kerokan kulit ... 47
4.5 Hasil pemeriksaan PCR DNA M. leprae dari saliva ... 48
DAFTAR LAMPIRAN
Lampiran 1 Naskah penjelasan kepada pasien / orang tua / keluarga pasien Lampiran 2 Persetujuan ikut serta dalam penelitian
Lampiran 3 Status Penelitian
Lampiran 4 Lembar Persetujuan Komite Etik Lampiran 5 Data Penelitian
DAFTAR SINGKATAN
BB : Borderline Borderline
IB : Indeks Bakteri
BL : Borderline Lepromatous
BT : Borderline Tuberculoid
BTA : Basil Tahan Asam DNA : Deoxy Ribo Nucleic Acid dNTPs : Deoxynucleotide Triphosphates
I : Indeterminate
IL : Interleukin
IM : Indeks Morfologi
INF : Interferon
LL : Lepromatous Lepromatous
