STUDI KOMPERATIF ANTARA POLYMERASE CHAIN REACTION-RESTRICTION
FRAGMENT LENGTH POLYMORPHISM DENGAN KULTUR JAMUR DALAM
PEMERIKSAAN SPESIES JAMUR PADA PENDERITA TINEA KRURIS
TESIS
Oleh
CUT PUTRI HAZLIANDA NIM : 087105006
PROGRAM MAGISTER KEDOKTERAN KLINIK
KONSENTRASI ILMU KESEHATAN KULIT DAN KELAMIN FAKULTAS KEDOKTERAN UNIVERSITAS SUMATERA UTARA
STUDI KOMPERATIF ANTARA POLYMERASE CHAIN REACTION-RESTRICTION
FRAGMENT LENGTH POLYMORPHISM DENGAN KULTUR JAMUR DALAM
PEMERIKSAAN SPESIES JAMUR PADA PENDERITA TINEA KRURIS
TESIS
Diajukan sebagai salah satu syarat untuk memperoleh gelar Magister Kedokteran Klinik dalam Program Magister Kedokteran Klinik
Konsentrasi Ilmu Kesehatan Kulit dan Kelamin pada Fakultas Kedokteran Universitas Sumatera Utara
Oleh
CUT PUTRI HAZLIANDA NIM : 087105006
PROGRAM MAGISTER KEDOKTERAN KLINIK
KONSENTRASI ILMU KESEHATAN KULIT DAN KELAMIN FAKULTAS KEDOKTERAN UNIVERSITAS SUMATERA UTARA
HALAMAN PERSETUJUAN
Judul Tesis : Studi komperatif antara polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism dengan kultur jamur dalam
pemeriksaan spesies jamur pada penderita tinea kruris
Nama : Cut Putri Hazlianda
Nomor Induk : 087105006
Program Studi : Magister Kedokteran Klinik
Konsentrasi : Ilmu Kesehatan Kulit dan Kelamin
Menyetujui :
Pembimbing I Pembimbing II
(dr. Isma Aprita Lubis, SpKK)
Ketua Program Studi
(dr. Kamaliah Muis, SpKK)
Dekan
(Prof. dr. Chairuddin P. Lubis DTM&H, SpA (K)) (Prof. dr. Gontar A. Siregar, SpPD-KGEH)
HALAMAN PERNYATAAN ORISINALITAS
Tesis ini adalah hasil karya penulis sendiri, dan semua sumber baik yang dikutip maupun dirujuk
telah penulis nyatakan dengan benar
Nama : Cut Putri Hazlianda NIM : 087105006
STUDI KOMPERATIF ANTARA POLYMERASE CHAIN REACTION-RESTRICTION
FRAGMENT LENGTH POLYMORPHISM DENGAN KULTUR JAMUR DALAM
PEMERIKSAAN SPESIES JAMUR PADA PENDERITA TINEA KRURIS Cut Putri Hazlianda, Kamaliah Muis, Isma Aprita Lubis
Departemen Ilmu Kesehatan Kulit dan Kelamin Fakultas Kedokteran, Universitas Sumatera Utara
RSUP Haji Adam Malik Medan-Indonesia
Latar belakang:Tinea kruris merupakan dermatofitosis paling sering kedua di seluruh dunia dan terbanyak di Indonesia. Pemeriksaan laboratorium konvensional untuk infeksi dermatofita adalah pemeriksaan mikroskop langsung dengan kalium hidroksida (KOH) 10% dan kultur jamur, namun pemeriksaan ini lambat dan kurang spesifik, sehingga diperlukan metode diagnostik yang lebih cepat dan tepat. Telah ditemukan teknologi molekuler seperti polymerase chain reaction (PCR) yang merupakan tes sangat sensitif dan spesifik, dan dapat digunakan untuk diagnosis berbagai mikroorganisme termasuk jamur patogen.Polymerase Chain Reaction-Restriction Fragment Length Polymorphism (PCR-RFLP) merupakan metode PCR dengan penambahan enzim setelah amplifikasi sehingga memungkinkan hasil yang lebih spesifik.
Tujuan:Untuk mengetahui apakah pemeriksaan dengan PCR-RFLP mendapatkan hasil spesies jamur yang sama dengan kultur jamur sebagai baku emas dalam menegakkan diagnosis tinea kruris.
Metode: Penelitian ini merupakan suatu penelitian deskriptif dengan pendekatan potong lintang.
Subyek:Tiga puluh satu pasien yang diduga menderita tinea kruris berdasarkan anamnesis dan pemeriksaan dermatologi.
Hasil:Hasil pemeriksaan spesies jamur yang terbanyak dari kultur jamur maupun PCR-RFLP adalah T. rubrum. Pemeriksaan dengan PCR-RFLP didapatkan T. rubrum merupakan spesies jamur terbanyak.Presentase persamaan spesies hasil pemeriksaan antara PCR-RFLP dengan kultur jamur adalah 50 % dari 12 subyek yang positif dijumpai jamur baik dari kultur jamur dan PCR-RFLP. Presentase hasil pemeriksaan dengan kultur jamur dijumpai spesies jamur sedangkan PCR-RFLP tidak dijumpai spesies jamur adalah 50% dari 12 subyek yang positif dijumpai jamur baik dari kultur jamur dan PCR-RFLP.
Kesimpulan: spesies hasil pemeriksaan PCR-RFLP sama dengan kultur jamur.
A COMPARATIVE STUDY OF POLYMERASE CHAIN REACTION-RESTRICTION FRAGMENT LENGTH POLYMORPHISMAND FUNGAL CULTURE FOR THE
EVALUATION OF FUNGAL SPECIES IN PATIENTS WITH TINEA CRURIS Cut Putri Hazlianda, Kamaliah Muis,Isma Aprita Lubis
Departementof Dermatovenereology Faculty of Medicine, Universityof Sumatera Utara
Haji Adam Malik Hospital Medan-Indonesia
Background:Tinea cruris is the second most common dermatophytosis in the world and the most common in Indonesia. The conventional laboratory tests for dermatophye infection are direct microscopic examination with 10% potassium hydroxide (KOH) and fungal culture, but these tests are slow and less specific. Therefore, there is a need of a more rapid and exact diagnostic methods. Molecular technologies have been found such as polymerase chain reaction (PCR) which is a very sensitive and specific test and may be used to diagnose various microorganisms including pathogenic fungi. Polymerase Chain Reaction-Restriction Fragment Length Polymorphism (PCR-RFLP) is a PCR method with the addition of enzyme after amplification, therefore enabling for more specific results.
Objective: This study aimed to find whether the PCR-RFLP test could yield the same fungal species result as fungal culture, the gold standard for the diagnosis of tinea cruris.
Methods: This study is a descriptive one with cross-section design.
Subjects:Thirty-one patients suspected of having tinea cruris from history and dermatological examination.
Results:The test results of both fungal culture and PCR-RFLP yielded T. rubrum as the most common species. The PCR-RFLP test yielded T. rubrum as the most common fungal species. The equation percentage of the test result species between PCR-RFLP and fungal culture was 50% of 12 subjects whose the test results were both positive from the fungal culture and PCR-RFLP. The percentage of the test result with fungal culture the fungal species was found, but in the PCR-RFLP test which the fungal species was not found, the percentage was 50% of 12 subjects which the test results were both positive as fungi from the culture and PCR-RFLP test.
Conclusions: Thespeciesfrom PCR-RFLP examination was the same with the fungal culture.
KATA PENGANTAR
Segala puji dan syukur saya panjatkan kehadirat Allah SWT karena hanya atas rahmat dan hidayahNya saya dapat menyelesaikan tesis ini yang merupakan persyaratan untuk memperoleh gelar Magister Kedokteran Klinik konsentrasi Ilmu Kesehatan Kulit dan Kelamin.
Dalam menjalani pendidikan magister ini, berbagai pihak telah turut berperan serta sehingga terlaksana seluruh rangkaian kegiatan pendidikan ini. Pada kesempatan yang berbahagia ini, saya sampaikan penghargaan dan terima kasih yang sebesar-besarnya kepada yang terhormat :
1. dr. Isma Aprita Lubis, Sp.KK, selaku pembimbing utama tesis ini yang telah bersedia meluangkan waktu, pikiran dan tenaga serta dengan penuh kesabaran selalu membimbing, memberikan nasehat, masukan, koreksi dan motivasi kepada saya selama proses penyusunan tesis ini.
2. dr. Kamaliah Muis, SpPKK, selaku pembimbing kedua tesis ini, yang juga telah bersedia meluangkan waktu, pikiran dan tenaga serta dengan penuh kesabaran selalu membimbing, memberikan nasehat, masukan, koreksi dan motivasi kepada saya selama proses penyusunan tesis ini.
3. Prof. Dr. dr. Irma D. Roesyanto-Mahadi, SpKK(K), sebagai Ketua Departemen Ilmu Kesehatan Kulit dan Kelamin Fakultas Kedokteran Universitas Sumatera Utara dan juga sebagai guru besar yang telah memberikan kesempatan kepada saya untuk mengikuti pendidikan spesialis dibidang Ilmu Kesehatan Kulit dan Kelamin Fakultas Kedokteran Universitas Sumatera Utara.
4. dr. Chairiyah Tanjung, SpKK(K), sebagai Ketua Program Studi Departemen Ilmu Kesehatan Kulit dan Kelamin Fakultas Kedokteran Universitas Sumatera Utara dan sebagai anggota tim penguji yang telah memberikan kesempatan kepada saya untuk mengikuti pendidikan spesialis dibidang Ilmu Kesehatan Kulit dan Kelamin Fakultas Kedokteran Universitas Sumatera Utara dan yang telah memberikan bimbingan dan koreksi untuk penyempurnaan tesis ini.
5. Bapak Rektor Universitas Sumatera Utara, Prof. DR. Syahril Pasaribu, SpA(K), DTM&H, yang telah memberikan kesempatan kepada saya untuk dapat melaksanakan studi pada Universitas yang Bapak pimpin.
6. Bapak Dekan Fakultas Kedokteran Universitas Sumatera Utara, Prof. dr. Gontar A. Siregar, SpPD-KGEH, yang telah memberikan kesempatan kepada saya untuk mengikuti Program Pendidikan Dokter Spesialis di Departemen Ilmu Kesehatan Kulit dan Kelamin Fakultas Kedokteran Universitas Sumatera Utara.
7. Prof.dr. Mansur A. Nasution, SpKK(K), DR.dr. Imam B. Putra, SpKK dan dr. Mila Darmi, SpKK sebagai anggota tim penguji, yang telah memberikan bimbingan dan koreksi untuk penyempurnaan tesis ini.
9. Guru Besar, Alm. Prof. Dr. dr. Marwali Harahap, SpKK(K) serta seluruh staf pengajar di Departemen Ilmu Kesehatan Kulit dan Kelamin FK USU, RSUP. H. Adam Malik Medan dan RSU Dr. Pirngadi Medan yang tidak dapat saya sebutkan satu persatu, yang telah membantu dan membimbing saya selama mengikuti pendidikan ini.
10.Bapak Direktur RSUP. H. Adam Malik Medan dan Direktur RSU Dr. Pirngadi Medan yang telah memberikan kesempatan dan fasilitas kepada saya selama menjalani pendidikan keahlian ini.
11.Seluruh staf/pegawai dan perawat di Bagian Ilmu Kesehatan Kulit dan Kelamin, baik di RSUP. H. Adam Malik Medan, RSU Dr. Pirngadi Medan, atas bantuan, dukungan, dan kerjasama yang baik selama ini. 12.Kedua orang tua saya yang tersayang, Prof.dr.H. T.M. Hanafiah, SpOG(K)
dan Hj. Cut Nyak Eliana, yang dengan penuh cinta kasih, keikhlasan, doa, kesabaran, dan pengorbanan yang luar biasa untuk mengasuh, mendidik, dan membesarkan saya, dan tidak bosan-bosannya memotivasi saya untuk terus melanjutkan pendidikan ke jenjang yang lebih tinggi. Kiranya hanya Allah SWT yang dapat membalas segalanya.
13.Anak saya yang tersayang, Aisyah Azzahra, semua jerih payah ini untukmu anakku sayang.
14.Abang-abang dan adik saya tercinta, Teuku Syahri, ST,MT, Teuku Kemal Pasha, SE,MBA dan Cut Fitri Julaikha, Psikolog,serta saudara ipar saya Zairini Apriliana, S.Psi,MM, Febrina Anggita S.Sos dan Eka Gunawan, BSc. Terima kasih atas doa dan dukungan yang telah diberikan kepada saya selama ini.
15.Teman seangkatan saya, dr. Ahmad Fajar, M.Ked(KK), SpKK, dr Rini ACS, M.Ked(KK), SpKK, dr. Irina Damayanti, dr. Nova Z. Lubis, dr. Wahyuni W. Suhoyo, terima kasih untuk kerja sama, kebersamaan, waktu dan kenangan yang tidak akan pernah terlupakan selama menjalani pendidikan ini.
16.dr. Dina A. Dalimunthe, M.Ked(KK), SpKK, dr. Rudyn R. Panjaitan, M.Ked(KK), SpKK, dr. Margaret N.O. Sibarani, M.Ked(KK), SpKK, dr. Olivia Anggrenni, dr. Sufina Nasution, dr. Khairina N., SpKK, dr. Riana M. Sinaga, SpKK, dr. Herlin Novita Pane, M.Ked(KK), dan dr. Deryne Anggia, M.Ked(KK), SpKK, yang telah menjadi menjadi teman berbagi cerita suka dan duka selama menjalani masa pendidikan dan penyelesaian tesis ini.
17.Semua teman-teman PPDS Ilmu Kesehatan Kulit dan Kelamin Fakultas Kedokteran Universitas Sumatera Utara yang tidak dapat saya sebutkan satu persatu yang telah memberikan bantuan, dukungan, dan kerjasama kepada saya selama menjalani masa pendidikan dan penyelesaian tesis ini, saya ucapkan terima kasih yang sebesar-besarnya.
18.Terima kasih saya ucapkan atas bantuan Laboratorium Terpadu danLaboratorium Mikrobiologi, Fakultas Kedokteran Universitas Sumatera Utara.
Saya menyadari bahwa tesis ini masih memiliki banyak kekurangan.Oleh karena itu saya mengharapkan kritik dan saran yang membangun demi kesempurnaan tesis ini. Kiranya tesis ini dapat memberikan manfaat bagi kita semua
Akhir kata, dengan penuh kerendahan hati, izinkanlah saya untuk menyampaikan permohonan maaf yang setulus-tulusnya atas segala kesalahan, kekhilafan dan kekurangan yang telah saya lakukan selama proses penyusunan tesis dan selama saya menjalani pendidikan. Semoga segala bantuan, dorongan dan petunjuk yang telah diberikan kepada saya selama menjalani pendidikan, kiranya mendapat balasan yang berlipat ganda dari Allah SWT.
Medan, Agustus 2014 Penulis
3.6.2Varibel terikat ... 24
3.7 Kriteria Inklusi dan Eksklusi ... 24
3.7.1 Kriteria inklusi ... 24
3.7.2 Kriteria eksklusi ... 25
3.8 Definisi Operational ... 25
3.9 Alat, Bahan dan Cara Kerja ... 26
3.9.1 Alat dan bahan ... 26
3.9.2 Cara kerja ... 27
3.10 Kerangka Operasional ... 33
3.11 Pengolahan dan Analisis Data... 33
3.12 Ethical Clearance ... 33
BAB 4 HASIL PENELITIAN DAN PEMBAHASAN ... 34
4.1 Karakteristik Subyek Penelitian ... 34
4.2 Spesies Jamur dari Kultur Jamur dan PCR-RFLP ... 36
BAB 5 KESIMPULAN DAN SARAN ... 43
5.1 Kesimpulan ... 43
5.2 Saran ... 43
DAFTAR TABEL
No Judul Halaman
4.1 4.2 4.3 4.4 4.5 4.6
Karakteristik subyek penelitan berdasarkan jenis kelamin... Karakteristik subyek penelitian berdasarkan kelompok usia... Hasil pemeriksaan kerokan kulit dengan kultur jamur dan PCR-RFLP... Distribusi spesies jamur berdasarkan kultur jamur... Distribusi spesies jamur berdasarkan PCR-RFLP... Distribusi spesies jamur berdasarkan kultur jamur dan PCR-RFLP.
DAFTAR GAMBAR
No Judul Halaman
2.1 2.2 2.3 3.1
Karakteristik dermatofita pada media kultur... Diagram kerangka teori... Diagram kerangka konsep... Diagram kerangka operasional...
DAFTAR LAMPIRAN
Lampiran Judul
1. 2. 3. 4. 5. 6. 7. 8.
Naskah Penjelasan kepada Pasien / Orangtua/ Keluarga Pasien Persetujuan Setelah Penjelasan “Informed Consent”
Status Sampel Penelitian Persetujuan Komite Etik Data Penelitian
DAFTAR SINGKATAN
CHS-1 = Chitin Synthase-1
dATP = Deoxyadenin Triphosphates dCTP = Deoxycytein Triphosphates dGTP = Deoxyguanin Triphosphates
DNA = Deoxyribonucleic Acid
dNTPs = Deoxynucleotide Triphosphates dTTP = Deoxythymin Triphosphates
E. floccosum = Epidermophyton floccosum
H&E = Hematoksilin & Eosin
IL = Interleukin
INF = Interferon
ITS = Internal Transcribed Spacer
KOH = Kalium Hidroksida
MgCl2 = Magnesium Klorida
M. gypseum = Microsporum gypseum
NK = Natural Killer
NPV = Negative Predictive Value
PAMPs = Pathogen-Associated Mollecular Pattern PAS = Periodic Acid Schiff
PCR = Polymerase Chain Reaction
PCR-RFLP = Polymerase Chain Reaction-Restriction Fragment Length Polymorphism
PPV = Positive Predictive Value
RFLP = Restriction Fragment Length Polymorphism
SDA = Sabouraud’s Dextrose Agar
Tag = Thermus Aquaticus
TEWL = Transepidermal Water Loss T. interdigitale = Trichophyton interdigitale
TLR = Toll-like Reseptor
T. mentagrophytes = Trichophyton mentagrophytes TNF-α = Tumor Necroting Factors
T. rubrum = Trichophyton rubrum
T. tonsuran = Trichophyton tonsuran
T. verrucosum = Trichophyton verrucosum
