DETEKSI DAN PENENTUAN VIRUS GENGUE SEROTPE 1
DARI SERUM PENDERITA DEMAM DENGUE/DEMAM
BERDARAH DENGUE DI RUMAH SAKIT KOTA MEDAN
MENGGUNAKAN REVERSE TRANSCRIPTASE
POLYMERASE SHAIN REACTION
TESIS
Oleh
RONALD TAMBUNAN
067027008/IKT
SE
K O L A H
P A
S C
A S A R JA NA
SEKOLAH PASCASARJANA
UNIVERSITAS SUMATERA UTARA
DETEKSI DAN PENENTUAN VIRUS GENGUE SEROTPE 1
DARI SERUM PENDERITA DEMAM DENGUE/DEMAM
BERDARAH DENGUE DI RUMAH SAKIT KOTA MEDAN
MENGGUNAKAN REVERSE TRANSCRIPTASE
POLYMERASE SHAIN REACTION
TESIS
Diajukan Sebagai Salah Satu Syarat untuk Memperoleh Gelar Magister Kedokteran Tropis dalam
Program Studi Ilmu Kedokteran Tropis pada Sekolah Pascasarjana Universitas Sumatera Utara
Oleh
RONALD TAMBUNAN
067027008/IKT
SEKOLAH PASCASARJANA
UNIVERSITAS SUMATERA UTARA
Judul Tesis : DETEKSI DAN PENENTUAN VIRUS GENGUE SEROTPE 1 DARI SERUM PENDERITA DEMAM DENGUE/DEMAM BERDARAH DENGUE DI RUMAH SAKIT KOTA MEDAN MENGGUNAKAN
REVERSE TRANSCRIPTASE POLYMERASE SHAIN REACTION
Nama Mahasiswa : Ronald Tambunan
Nomor Pokok : 067027008
Program Studi : Ilmu Kedokteran Tropis
Menyetujui Komisi Pembimbing
(Prof.dr. Herman Hariman, Ph.D,SpPk,(K)KH) Ketua
(dr.R.Lia Kusumawati, MS,SpMK) (Drs. Abdul Jalil Amri Arma,M.Kes)
Anggota Anggota
Ketua Program Studi Direktur
(Prof.Dr.Ir.Syahril Pasaribu,DTM&H,M.Sc,(CTM,SpA(K) (Prof.Dr.Ir.T.Chairun Nisa B., M.Sc)
Telah diuji pada
Tanggal : 17 Februari 20009
PANITIA PENGUJI TESIS
Ketua : Prof. dr. Herman Hariman,Ph.D,Sp.Pk(K) KH
Anggota : 1. dr.R. Lia Kusumawati, MS,Ps.MK
2. Drs. Abdul Jalil Amri Arma, M.Kes
3. Dr.dr.Rosihan Anwar, DMM,MS,Sp.MK,M.Pd,DK
ABSTRAK
Infeksi virus Dengue masih merupakan masalah kesehatan yang serius di banyak daerah tropis dan subtropis, di seluruh dunia. Penyakit yang masih menjadi masalah oleh karena hiperendemisitasnya di Wilayah Asia Tenggara. Virus Dengue, berdasarkan antigennya, virus Dengue dibagi menjadi empat serotipe: DEN 1, DEN 2, DEN 3, dan DEN 4. Semua serotipe ini dapat ditemukan di Indonesia. Di kota Medan, Propinsi Sumatera Utara, penyakit ini masih merupakan masalah kesehatan yang sulit untuk ditangani, karena sampai hari ini, frekuensi serotipe – serotipe virus ini, masih belum diketahui. Penelitian ini ditujukan untuk menggambarkan frekuensi virus Dengue serotipe 1 di kota Medan, untuk membantu mendiagnosis dari penyakit tersebut. Seratus buah sampel plasma penderita DF/DHF diambil, kemudian diperiksa dengan teknik molekuler Reverse Transcriptase PCR (RT-PCR), guna menentukan serotipe virus secara cepat, akurat, dan spesifik. Hasilnya, dari 100 buah sampel yang diperiksa, 2% positif virus Dengue serotipe 1 (DEN 1). Penelitian yang dilakukan oleh Departemen Kesehatan (2003-2005) menghasilkan identifikasi DEN 2, 3, dan 4 di Sumatera Utara, tapi tidak ada DEN1, maka penelitian ini dapat menjadi sebuah pengetahuan baru mengenai peta penyebaran virus Dengue serotipe 1, khususnya di kota Medan. Sebagai saran, masih diperlukan penyelidikan lebih lanjut dan lebih dalam mengenai virus DEN 1, mengingat masih sedikitnya informasi mengenai virus ini di Indonesia, supaya dapat membantu masyarakat dalam menekan morbiditas dan mortalitas penyakit tersebut di masa yang akan datang.
ABSTRACT
Dengue virus infection is still a serious health problem in many tropical and
subtropical regions worldwide. The mainstay problem is that is hyperendemic in
South-East Asian Region. Dengue virus based on is antigens, can be dividend into
four serotypes DEN 1, DEN 2, DEN 3, and DEN 4. All of these serotype can be found
in Indonesia. In the city of Medan, North Sumatera Provinsi, this disease is still a
health problem that is difficult to be dealt, because until today the frequency of the
virus serotype remains unknown. The reseach is aimed to describe the frequency of
serotypes 1 dengue virus in Medan, especially for helping in diagnosing of this
disease. One hundred samples of DF/DHF human plasma were taken, the measured
with molecular technique Reverse Transcriptase PCR (RT-PCR) in order to defemine
the virus serotype, rapidly, accurately, and specifically, the result is, from 100
samples, that had undergone the test, 2% are positive Dengue virus serotype 1 (DEN
1). The research conducted by health department (2003-2005) resulting inDEN 2, 3
and 4 identification in North Sumatera, but zero finding of DEN 1 thus, this research
can be a new archive in the Dengue virus serotype I spreading map in Indonesia,
especially in Medan. For recommendation there is a need for further and deep
investigation about DEN 1 virus, consider minimal information in Indonesia, thus all
of those studies, can help everyone to decrease morbidity and mortality rate of this
disease in the future.
Key words: DEN 1 virus, Human plsma, Reverse Transcriptase Polymerase
Chain Reaction
KATA PENGANTAR
Puji Tuhan atas segala rahmatNya sehingga penulis dapat menyelesaikan
Tesis ini dengan baik.
Dalam proses penyelesaian Tesis ini sepenuhnya penulis menyadari telah
banyak mendapat dukungan dan bimbingan dari banyak pihak, untuk itu dalam
kesempatan ini penulis tak lupa mengucapkan terima kasih yang sebesar-besarnya
kepada:
1. Prof. Dr. A.A.P. Depari,DTM&HSp.ParK dan dr. Endang Haryati Gani yang
dengan kebaikan hari mereka bersedia merekomendasikan saya agar dapat
diterima sebagai Mahasiswa di Sekolah Pascasarjana Universitas Sumatera
Utara.
2. Rektor Universitas Sumatera Utara, Prof.Chairuddin P.Lubis, DTM&H,
Sp.A(K) atas kesempatan dan fasilitas yang diberikan kepada kami untuk
mengikuti dan menyelesaikan Pendidikan Program Magister.
3. Direktur Sekolah Pascasarjana Universitas Sumatera Utara yang dijabat oleh
Prof.Dr. Ir. T. Chairun Nisa B., M.Sc atas kesempatan yang diberikan menjadi
Mahasiswa Program Magister Ilmu Kedokteran Tropis Sekolah Pascasarjana
Universitas Sumatera Utara.
4. Ketua Program Studi Magister Ilmu Kedokteran Tropis Sekolah Pascasarjana
Universitas Sumatera Utara yang dijabat oleh Prof. Dr.dr.H.Syahril Pasaribu,
DTM&H, M.Sc(CTM) Sp.A(K) beserta jajarannya, atas kesempatan,
bimbingan serta petunjuk salam saya menjadi Mahasiswa.
5. Prof. Dr. Herman Hariman, Ph.D, Sp.PK (K) KH selaku pembimbing utama
yang dengan penuh perhatian telah memberikan dorongan, bimbingan dan
saran ditengah-tengah kesibukan beliau yang padat.
6. dr.R.Lia Kusumawati, MS, SpMK selaku pembimbing dan Sekretaris
Program Studi Ilmu Kedokteran Tropis, yang dengan sabar dan tulus telah
7. Drs. Abdul Jalil Amri Arma, M.Kes selaku pembimbing dan konsultan
statistic deimana dalam kesibukan yang luar biasa padatnya sempat
memberikan bantuan secara serius santai sehingga Tesis dapat terselesaikan.
8. Dr. dr. Rosihan Anwar, DMM, MS, M.Pd, DK selaku Dosen Pembanding dan
penguji Tesis ini, sangat banyak memberi masukan dan selalu menjadi teladan
bagi penulis.
9. dr. Yosia Ginting, Sp.PD (K) KPTI selaku dosen pembanding saat seminar
proposal. Beliau memberi ilmu dengan tulus dan tak kenal lelah. Semoga ilmu
yang telah diberikannya dapat bermanfaat bagi penulis dan beliau mendapat
pahala atas ilmunya.
10. Rekan seperjuangan di Program Studi Ilmu Kedokteran Tropis Sekolah
Pascasarjana Universitas Sumatera Utara, angkatan III yang telah
bersama-sama selama 2 tahun lebih, membagi informasi, berbagi suka duka dalam
kebersamaan dan persahatan.
11. Terima kasih dan saying kepada Ayahanda Semi Ramot Tambunan dan
Ibunda Ratna Pardede yang selalu mendokan dan mendukung penulis dengan
penuh kasih saying. Buat saudar/I ku Vivanda Kristina Mawan, Rose Meity
Dame Grace, Dumasih Romauli Evelina, dan Andriani Nehemia , semoga kita
selalu menghargai ilmu pengetahuan dan menjadikan ilmu sebagai landasan
dalam bersikap dan berbuat. Menjadi manusia yang cinta ilmu dan mulia
karena memiliki ilmu.
12. Teima kasih buat semua pihak yang telah membantu penulis, yang tidak bisa
penulis sebutkan satu persatu. Semoga kebaikan yang anda perbuat mendapat
imbalan di kemudian hari kelak.
Semoga Tesis ini bermanfaat bagi yang memerlukan.
Medan, Februari 2009
RIWAYAT HIDUP
Nama Lengkap : Ronald Tunggal Hotmarojahan Tambunan
Tempat/Tanggal Lahir : Jakarta, 06 September 1978
Sebagai anak kelima dari Semi Ramot Tambunan dan
Ratna Pardede
Alamat : Jl. Rajawali Timur III Rt. 001/008, Kelurahan
Rajawali Kecamatan Pancoran, Kalibata No. 1,
Jakarta Selatan
Riwayat Pendidikan
1. Tahun 1985 – 1991 : SD Tarakanita II, Kebayoran Baru, Jakarta Selatan
2. Tahun 1991 – 1994 : SMP Tarakanita I, Kebayoran Baru, Jakarta Selatan
3. Tahun 1994 – 1997 : SMU Santo Antonius, Jakarta Timur
4. Tahun 1997 – 2004 : Fakultas Kedokteran Universitas Kristen Indonesia,
Cawang, Jakarta Timur.
Riwayat Pekerjaan
1. Tahun 2004 – 2005 Dokter asisten bagian Ilmu Penyakit Dalam di Rumah
Sakit Umum Fakultas Kedokteran Kristen Indonesia, Cawang, Jakarta Timur.
2. Tahun 2005 sampai sekarang sebagai dosen tetap Yayasan Pendidikan Gereja
Methodist Indonesia di bagian neorologi Fakultas Kedokteran Universitas
Methodist Indonesia, Medan, Sumatera Utara
3. Bulan Agustus 2006 mengikuti pendidikan di Sekolah Pascasarjana
DAFTAR ISI
II.3 Manifestasi Klinik Infeksi Virus Dengue ………... 8
II.3.1 Demam Dengue ……… 9
II.3.2 Demam Berdarah Dengue ……… 9
II.3.3 Sindrom Syol Dengue ……… 10
II.4 Diagnosis DD dan DBD ………. 11
II.4.2 Uji ELISA anti Dengue ……… 12
III.1 Rancangan Penelitian ……… 18
DAFTAR TABEL
Nomor Judul Halaman
1. Serum Demam Berdarah Dengue yang dikumpulkan ……… 27
2. Gambaran serum Demam Berdarah Dengue yang mengandung DEN 1
berdasarkan asal Rumah Sakit ……… 31
3. Gambaran Serum Demam Berdarah Dengue yang mengandung DEN 1
DAFTAR GAMBAR
Nomor Judul Halaman
1. Hasil RT-PCR control positif ……… 28
2. Hasil RT-PCR 1 sampai 100 ………. 29
DAFTAR LAMPIRAN
Nomor Judul Halaman
1. Contoh Formulir Data Pasien ……….. 41
2. Hasil RT-PCR Virus dengue tipe 1 (DEN 1) dari specimen klinik di
Rumah Sakit Kota Medan ……… 42
DAFTAR SINGKATAN
AMV : Avian Myloblastosis Virus Arborvirus : Arthropodborne Virus Bp : Base pairs
DBD : Demam Berdarah Dengue DD : Demam Dengue
DKI : Daerah Khusus Ibukota
DEN : Dengue
DENV : Dengue Virus
DEPKER RI : Dapertemen Kesehatan Republik Indonesia cDNA : complement DNA
DNA : Deoxyribo Nucleic Acid
ELISA : Enzym Linked Imunosorbent Assay
EWORS : Early Warning Outbreak Recognition System HI : Hemaglutinasi Inhibisi
Ig : Immunoglobulin Protein E : Protein Envelope Protein – M : Protein Membrane RNA : Ribo Necleic Acid
RT-PCR : Reverse Transcriptase Polymerase Chain Reaction SGOT : Serum Glutamat Oxalat Transiminase
SGPT : Serum Glutamat Piruvat \Transiminase SSD : Sindrom Syok Dengue
TDC : Tropical Desease Center WHO : World Health Organization
ABSTRAK
Infeksi virus Dengue masih merupakan masalah kesehatan yang serius di banyak daerah tropis dan subtropis, di seluruh dunia. Penyakit yang masih menjadi masalah oleh karena hiperendemisitasnya di Wilayah Asia Tenggara. Virus Dengue, berdasarkan antigennya, virus Dengue dibagi menjadi empat serotipe: DEN 1, DEN 2, DEN 3, dan DEN 4. Semua serotipe ini dapat ditemukan di Indonesia. Di kota Medan, Propinsi Sumatera Utara, penyakit ini masih merupakan masalah kesehatan yang sulit untuk ditangani, karena sampai hari ini, frekuensi serotipe – serotipe virus ini, masih belum diketahui. Penelitian ini ditujukan untuk menggambarkan frekuensi virus Dengue serotipe 1 di kota Medan, untuk membantu mendiagnosis dari penyakit tersebut. Seratus buah sampel plasma penderita DF/DHF diambil, kemudian diperiksa dengan teknik molekuler Reverse Transcriptase PCR (RT-PCR), guna menentukan serotipe virus secara cepat, akurat, dan spesifik. Hasilnya, dari 100 buah sampel yang diperiksa, 2% positif virus Dengue serotipe 1 (DEN 1). Penelitian yang dilakukan oleh Departemen Kesehatan (2003-2005) menghasilkan identifikasi DEN 2, 3, dan 4 di Sumatera Utara, tapi tidak ada DEN1, maka penelitian ini dapat menjadi sebuah pengetahuan baru mengenai peta penyebaran virus Dengue serotipe 1, khususnya di kota Medan. Sebagai saran, masih diperlukan penyelidikan lebih lanjut dan lebih dalam mengenai virus DEN 1, mengingat masih sedikitnya informasi mengenai virus ini di Indonesia, supaya dapat membantu masyarakat dalam menekan morbiditas dan mortalitas penyakit tersebut di masa yang akan datang.
ABSTRACT
Dengue virus infection is still a serious health problem in many tropical and
subtropical regions worldwide. The mainstay problem is that is hyperendemic in
South-East Asian Region. Dengue virus based on is antigens, can be dividend into
four serotypes DEN 1, DEN 2, DEN 3, and DEN 4. All of these serotype can be found
in Indonesia. In the city of Medan, North Sumatera Provinsi, this disease is still a
health problem that is difficult to be dealt, because until today the frequency of the
virus serotype remains unknown. The reseach is aimed to describe the frequency of
serotypes 1 dengue virus in Medan, especially for helping in diagnosing of this
disease. One hundred samples of DF/DHF human plasma were taken, the measured
with molecular technique Reverse Transcriptase PCR (RT-PCR) in order to defemine
the virus serotype, rapidly, accurately, and specifically, the result is, from 100
samples, that had undergone the test, 2% are positive Dengue virus serotype 1 (DEN
1). The research conducted by health department (2003-2005) resulting inDEN 2, 3
and 4 identification in North Sumatera, but zero finding of DEN 1 thus, this research
can be a new archive in the Dengue virus serotype I spreading map in Indonesia,
especially in Medan. For recommendation there is a need for further and deep
investigation about DEN 1 virus, consider minimal information in Indonesia, thus all
of those studies, can help everyone to decrease morbidity and mortality rate of this
disease in the future.
Key words: DEN 1 virus, Human plsma, Reverse Transcriptase Polymerase
Chain Reaction
BAB I
PENDAHULUAN
I.1. Latar Belakang
Infeksi oleh virus Dengue (DENV) masih tetap menjadi masalah
kesehatan yang serius di banyak daerah tropis dan subtropics di dunia. Penyakit yang
dalam penyebarannya diperantari oleh faktor nyamuk Aedes aegypty dan Aedes
albopictus betina ini, merupakan hiperendemis di Asia Tenggara, dengan manifestasi
Demam Dengue (DD) dan bentuk yang paling berbahaya berupa Deman Berdarah
Dengue (DBD) dan Sindrom Syok Dengue (SSD) yang biasanya bersifat fatal,
terutama pada anak-anak. Diperkirakan lebih kurang 100 juta kasus deman Dengue
dan 500 ribu kasus DBD terjadi tiap tahunnya diseluruh dunia, 90% dari kasus-kasus
tersebut menyerang anak-anak di bawah 15 tahun (Yulfi,2006).
Virus dengue termasuk kelompok B arghopod borne virus (arbovirus).
Sekarang dikenal sebagai genus Flavivirus, famili Flaviviridae, dan sampai saat ini
virus dengue berdasarkan berpedaan antigennya dibagi menjadi empat serotype,
yaitu: DEN 1, DEN 2, Denn 3, DEN 4 (DEPKES RI, 2004) Virus yang banyak
berkembang di masyarakat adalah serotype 1 dan tipe 3 (Handinegoro, 2004)
Infeksi virus Dengue telah ada di Indonesia sejak abad ke 18, seperti yang
dilaporkan oleh David Bylon (1779), seorang dokter berkebangsaan Belanda, yang
menyatakan bahwa infeksi virus ini merupakan penyakit ringan yang dulunya disebut
koortz (knee trouble/masalah lutut) yang tidak menimbulkan kematian. Pertama kali
ditemukan oleh Quointos di Filifina tahun 1953, kemudian disusul Negara – Negara
lain seperti Thailand dan Vietnam (Suroso, 2004). Di Indonesia, kasus DBD pertama
kali dilaporkan pada tahun 1968 di Surabaya, yang kemudian menyebar ke Jakarta
(1969), Bandung dan Yogyakarta serta Sumatera Barat dan Lampung (1972), Riau,
Sulawesi Utara, dan Bali (1973), Kalimantan Selatan dan Nusa Tenggara Barat
(1974). Angka kesakitan rata-rata terus meningkat dari 0,05 pada tahun 1968 sampai
27,09 per 100.000 penduduk pada tahun 1988 (Sudarmo, 2004) Kasus DD dan DBD
selalu berulang setiap tahun. Profil Indonesia pada tahun 2001, Incidence Rate (IR)
dari penyakit ini sebesar 17,2 kasus per 100.000 penduduk setiap tahunnya. Pada
bulan Januari sampai dengan Maret 2004, total kasus DBD di seluruh Indonesia
adalah 26.015 (1,53%) (Hadinegoro, 2004).
Petogenesis DBD dan SSD hingga kini masih belum diketahui pasti, teori
yang banyak dianut adalah Secondry Heterologous Infection Hyphotesis dari Halstead
(1969), dimana dinyatakan bahwa pasien yang mengalami infeksi kedua kalinya
dengan serotype virus yang berbeda mempunyai resiko yang lebih besar menderita
DBD. Hal ini disebabkan karena adanya antibody heterolog yang telah ada
sebelumnya akan membentuk kompleks antigen antibody, selanjutnya akan
mengaktifkan sistem komplemen yang menyebabkan peningkatan permeablitas
dinding pembuluh darah dan menyebabkan terjadinya ekstravasasi dari intravascular
Sangat penting untuk menentukan virus dengue serotype apa yang
berkembang di suatu tempat dan pada waktu tertentu, karena satu dari empat serotype
virus dengue tersebut dapat menjadi factor resiko penting untuk berkembang menjadi
DBD dan SSD bila terjadi infeksi dari virus dengan serotipe berbeda (Haris,et al,
1998). Pengawasan terhadap virus (virolugic surveillance) telah digunakan sebagai
peringatan dini (Early Warning Outbreak Recognition System (EWORS) untuk
memperkirakan timbulnya epidemic (DEPKES RI, 2004).
Di Indonesia, kasus DD dan DBD selalu berulang setiap tahun. Di kota
Medan, penyakit ini juga masih merupakan masalah kesehatan yang sukar diatasi
karena penderita selalu ditemukan sepanjang tahun serta belum diketahui serotype
apa yang berkembang di masyarakat kota Medan. Untuk membantu mendiagnosis
penyakit ini, maka digunakan teknik molekuler Reverse Transcriptase, PCR
(RT-PCR) yang dapat menentukan serotype virus dengue secara cepat, tepat, dan spesifik.
Penelitian serveilans epidemiologi di seluruh Indonesia untuk kempat serotipe virus
Dengue dengan penggunakan RT-PCR, pernah dilakukan oleh Departemen
Kesehatan Republik Indonesia (DEPKES RI) dari tahun 2003-2005. Akan tetapi,
penelitian tentang serotipe virus Dengue, khusunya virus Dengue tipe 1 (DEN 1) di
kota Medan sendiri belum pernah dilakukan. Oleh karena itu, dilakukan penelitian ini
dengan bahan penelitian diambil dari serum penderita DD dan DBD, dengan harapan
peneliti yang lain melanjutkan penelitian ini dengan mencari serotipe virus Dengue
I.2 Perumusan Masalah
Berdasarkan uraian latar belakang diatas, maka dapat dirumuskan masalah
sebagai berikut: Belum diketahuinya Frekuensi virus Dengue serotipe 1 DEN 1) pada
serum penderita DD dan DBD di kota Medan.
I.3 Tujuan Peleitian
I.3.1 Tujuan Umum
Untuk mengetahui frekuensi virus Dengue serotipe 1 (DEN 1) pada serum
penderita Demam Berdarah di kota Medan
I.3.2 Tujuan Khusus
1. Untuk mengetahui frekuensi penderita DD/DBD anak dan dewasa virus
Dengue serotipe 1 (DEN 1) berdasarkan jenis kelamin dan umur.
2. Mengetahui keberadaan virus Dengue serotipe 1 (DEN 1) di kota Medan
berdasarkan umur dan jenis kelamin.
I.4 Manfaat
1. Dengan ini diharapkan peneliti mendapatkan data base frekuensi virus
Dengue serotipe 1 (DEN 1) dari serum penderita DD/DBD di kota Medan
2. Menambah informasi tentang penderita DD/DBD virus Dengue serotipe 1
BAB II
TINJUAN PUSTAKA
II.1 Virus Dengue
Virus Dengue merupakan salah satu virus yang termasuk dalam famili
Flavividae. Virion Dengue merupakan partikel sferis dengan diameter nukleokapsid
30nm dan ketebalan selubung 10 mm, sehingga diameter virion kira-kira 50 nm.
Genon virus Dengue terdiri dari asam ribonuleat berserat tunggal , panjangnya
kira-kira 11 kilibasa. Genon terdiri dari protein structural dan protein non structural, yaitu
gen C mengkode sintesa nukleokapsid (Capsid), gen M mengkode sintesa protein M
(Membran) dangan E mengkode sentesa glikoprotein selubung (Envelope) (Levinson,
2000).
Virus Dengue adalah virus dengan untaian tunggal, virus RNA (famili
Flaviviridae) yang muncul dengan empat serotype antigen yang berbeda. Setiap
serotype secara genetik memiliki perbedaan. Meskipun infeksi secara umum
(terutama infeksi primer) simtomatik sama, seluruh tipe virus ini berhubungan
dengan demam Dengue, dan demam adalah gejala minor. Infeksi primer
menghasilkan imunitas jangka panjang terhadap infeksi sekunder dengan serotype
lainnya. Hal ini meningkatkan dalam resiko kebanyakan hasil dari reaksi silang
antibodi dan sel T yang meningkatkan tingkat infeksi dan secara langsung melibatkan
Genus Flavivirus (famili Flaviviridae) terdiri dari lebih kurang mendekati
70 untaian tunggal, virus RNA. Virion berukuran mendekati 50nm dan memiliki 3
struktur protein, yang lebih besar berukuran 49 dan 16,5 kDa protein yang mengalami
glikosidasi dan berhubungan dangan envelop, di mana yang lebih kecil berukuran 13
kDa protein yang berukuran 16,5 kDa lebih besar dari yang terlihat secara khusus
pada Flavivirus (Carrington et al., 2006).
ІІ.2. Vektor Pnyakit
Infeksi DD/DBD dapat ditularkan pada manusia melalui gigitan vector
nyamuk Aedes aegypti dan Aedes albopictus betina (Husaini, 2003).
Di Indonesia, nyamuk ini tersebar di seluruh Indonesia (terutama pada musim
penghujan), kecuali di daerah pada ketinggian di atas 1000m dari permukaan laut.
Nyamuk betina mengisap darah vertebrata sedangkan nyamuk jantan menghisap air
madu atau air gula. Bila sudah dewasa, nyamuk mempunyai sayap berwarna hitam,
badan dan kaki berbercak putih, lalu bertelur di mana saja di wadah-wadah
penampungan air. Nyamuk ini mempunyai jarak terbang kira-kira 50 m dan
menggigit terutama siang hari, di dalam rumah atau tempat-tempat yang tidak
ΙΙ.3. Manifestasi Klinis Infeksi Virus Dengue
Infeksi virus Dengue sering salah diagnosa dengan penyakit lain seperti flu
atau tifoid. Hal ini disebabkan karena infeksi virus Dengue biasa bersifat
asimptomatik atau tidak jelas segalanya, dari tanpa gejala, demam ringan yang tidak
spesifik, DD, atau bentuk yang lebih berat yaitu DBD dan SSD (Tumbelaka, 2004).
BILA dibuat diagram, tampak sebagai berikut:
Infeksi virus Dengue
Asimptomatik Simptomatik
Undifferentiated fever
disertai 2 atau lebih gejala klinik nerikut:
1) Sakit kepala
2) Nyeri retro orbital
3) Myalgia atau atralgia
4) Ruam
5) Manifestasi perdarahan, tourniquet test + dan petechiae
Pada penderita anak-anak, demam dengue biasanya bermanifestasi ringan,
sedang pada orang dewasa dapat disertai nyari berat pada tulang, persendian dan otot,
serta pada masa konvalesens melalui priode prolonged fatique, kadang-kadang
disertai depresi (Hadinegoro, 2004).
II.3.2. Demam Berdarah Dengue
Demam berdarah dengue adalah infeksi virus dengue dengan gejala seperti di
atas, disertai:
a. Manifestasi perdarahan yang lebih nyata, seperti:
1) Uji tourniquet positif
2) Petchiae, echimosis atau purpura
3) Perdarahan mukosa, epistaktis atau perdarahan gusi
b.Trombositopenia (≤100.000/mm3)
c. Kebocoran plasma disebabkan karena meningkatnya permeabilitas kapiler, dengan
ditandai oleh:
1) Meningkatnya hematokrit ≤ 20%
2) Efusi pleura atau asites ( Hadinegoro, 2004).
II.3.3. Sindrom Syok Dengue
Sindrom Syok Dengue adalah manifestasi klinis demam berdarah dengue
1. Penyempitan tekanan nadi (≤20mmHg)
2. Frekuensi nadi cepat dan kecil
3. Hipotensi
4. Akral dingin
Beberapa karakteristik manifestasi klinis infeksi Dengue sacara umum
berupa: nyeri kepala 98%, lemah badan 88%, maul-muntah 84%, nyeri epigastrium
78%, nyeri sendi/otot 69%, petechie 64%, epistaktis/perdarahan gusi 36%, bercak
darah (rash) 22%, nyeri retro orbital 17%, hepatomegali 14%, hematemesis/melena
14%, faringitis 12%, dan limfadenopati 12%,(Hadinegoro, 2004).
II.4. Diagnosa DD dan DBD
Untuk menegakkan diagnosa klinis infeksi virus dengue digunakan kriteria
WHO 1997 yaitu dijumpainya demam tinggi dengan onset yang akut,
hemokonsentrasi (>20%), manifestasi perdarahan, hepatomegali, hipotensi dan syok.
Diagnosaklinis DBD ditetapkan berdasarkan penetapan derajat tingkat
keparahan penderita secara klinis dengan menggunakan kriteria WHO 1997 yang
terbagi atas 4 tingkatan:
Derajat 1: Ditandai dengan adanya demam mendadak 2-7 hari, keluhan yang tidak
spesifik dan uji tourniquet positif.
Derajat 2: Terdapat seluruh manifestasi DBD derajat 1 disertai perdarahan spontan
Derajat 3: Terdapat seluruh manifestasi DBD derajat 2 disertai kegagalan sistem
sirkulasi yaitu: frekuensi nadi cepat, lemah, tekanan nadi sempit
(≤20mmHg) atau hipotensi,kulit teraba lembab, dingin dan penderita
gelisah.
Derajat 4: Terdapat seluruh manifestasi DBD derajat 3disertai manifestasi syok,
dimana tekanan darah tidak terukur dan nadi tidak teraba.
Manifestasi laboratorium dapat dilihat dari beberapa parameter seperti
terjadinya leukopenia dengan jumlah neutrofil menonjol, limfosit atipikal(15%),
trombositopenia (∑ trombosit ≤ 100.00/mm3), homokonsentrasi, abnormalitas,
pembekuan darah, hiponetremia, hipoalbuminemia dan peningkat kadar SGOT/SGPT
(Hadinegoro, 2004).
Pemeriksaan serologi adalah salah satu alat untuk membantu membuat
konfirmasi diagnosa infeksi virus Dengue. Pemeriksaan yang banyak dipakai dalam
praktek adalah hemaglutinasi inibisi dan dengan menggunakan Enzime-linked
Immunosorbent Assay (ELISA)(DEPKES RI, 2004).
II.4.1. Hemaglutinasi Inhibisi
Sampai saat ini uji hemaglutinasi inhibihi (HI) masih menjadi patokan
baku WHO untuk mengkonfirmasi dan klarifikasi jenis virus Dengue. Pemeriksaan
ini dilakukan berdasarkan cara Clark & Cassal, dimana menemukan sepasang serum
minggu dari saat sakit), dengan interval minimal 1 minggu dari pengambilan pertama.
Prinsip metode ini adalah mengukur kadar Immunuglobulin(Ig), yaitu IgM dan IgG
melalui prinsip adanya kemampuan antibodi antidengue menghambat reaksi
hemaglutinasi darah angsa. Pemeriksaan IgM dan IgG dapat untuk menetukan jenis
infeksi virus dengue apakah primer atau sekunder. Pada anak diatas 1 tahun infeksi
primer biasanya terkait dengan penampilan klinis ringan, sedang infeksi sekunder
dapat tampil dengan penampilan klinis berat.
II.4.2. Uji ELISA anti Dengue
Dikatakan uji Enzime-linked immunusorbent Assay (ELISA) anti dengue ini
mempunyai sensivitas yang sama dengan uji hemaglutinasi inhibit. Prinsip mtode ini
adalah mendeteksi adanya IgM dan IgG dalam serum penderita dengan cara
menangkap antibodi yang beredar dalam darah penderita. Uji ELISA ini tidak
mengadakan reaksi silang dengan golongan flavivirus lain, sehingga metode ini lebih
spesifik dibandingkan metode hemaglutinasi inhibit.
II.5. RT-PCR
Polymerase Chain Reaction (RCI)adalah suatu metode biologi molekuler
untuk mengamplifikasi (membuat banyak kopian) Deoxyribo Nucleic Acid (DNA)
tanpa menggunakan organisme hidup. PCR biasanya digunakan dalam penelitian di
laboratorium biologi dan kedokteran, seperti mendeteksi penyakit herediter, dignosis
II.5.1. Sejarah RT-PCR
PCR ditemukan pertama kali oleh Kary Mulis pada tahun 1985, suatu
prosedur yang efektif untuk pelipatgandaan sekuen DNA target dan dapat
memperoleh 106 - 10 9 kali jumlah DNA target awal. Proses pelipatgandaan ini
dikenal dalam istilah biologi molekuler sebagai amplifikasi DNA.
RT-PCR merupakan modifikasi dari PCR , dimana yang diamplifikasi
berupa m-RNA. Mula-mula RNA diubah dulu menjadi DNA dengan menggunakan
reverse trnscriptase yang dapat mensistensis DNA dengan cetakan RNA dan
menghasilkan DNA yang dikenal dengan nama Cdna (Complement DNA). Hanya
enzim jenis ini yang dapat mensistensis DNA dengan cetakan RNA karena
polymerase DNA hanya dapat mensistensi dengan menggunakan cetakan DNA.
Setelah DNA terbentuk, maka DNA itu dapat diamplifikasi seperti umumnya proses
pada PCR. Jadi, RT-PCR digunakan untuk mengamplifikasi RNA yang kestabilannya
jauh lebih rendah dibandingkan DNA (Sudjadi, 2008).
II.5.2. Pengunaan PCR
PCR digunakan untuk mengamplifikasi ranati pendek pada bagian tertentu
dari rantai DNA. Proses PCR biasanya hanya dapat mengkopi hingga 10 kb (kb =
kilo basa, 1 kb = 1000 pasang basa). Metode PCR tertentu dapat meng-copy hingga
40 kb,yang mana masih sangat kurang dibandingkan dengan kromosom DNA sel
eukariotik, contohnya sel manusia berisi kira-kira 3 milyar pasang basa.
1) DNA cetakan, merupakan bagian fragmen DNA yang akan diamplifikasi.
2) Primer, merupakan bagian tertentu untuk memulai dan mengakhiri fragmen
yang akan diamplifikasi.
3) DNA polimerase merupakan enzim yang digunakan untuk mengkopi DNA.
4) Nukleotida dimana DNA polimerase membangun DNA baru.
5) Buffer, yang membarikan lingkungan kimia yang cocok untuk DNA polimerase.
Reaksi PCR dilaksanakan dalam thermocycler, dimana mesin PCR
memanaskan dan mendinginkan tabung-tabung reaksi yang ada di dalamnya pada
suhu tertentu yang dibutuhkan untuk setiap tahap reaksi.
II.5.3. Prosedur
Proses PCR berisi satu sel yang terdir 20-30 siklus.Setiap siklus terdiri dari 3
tahap. Pertama, rantai ganda DNA harus dipanaskan hingga 96°C untuk memisahkan
rantai. Langkah ini disebut melting : dimana ikatan hidrogen yang menghubungkan
dua rantai DNA dipecahkan. Sebelum langkah pertama ini, lama pemanasan sering
diperpanjang untuk memastikan bahwa DNA cetakan dan primer telah terpisa
sempurna masing-masing menjadi rantai tunggal.
Setelah rantai DNA terpisah, temperatur diturunkan sehingga primer dapat
menempelkan rantainya pada rantai tunggal DNA. Langkah ini disebut annealing.
Temperatur pada langkah ini tergantung pada primer dan biasanya 5°C di bawah
menyebabkan primer tidak semuanya terikat pada DNA cetakan atau terikat tidak
teratur.
Akhirnya DNA polimerase harus mengisi rantai yang hilang. Ini dimulai
pada primer dan terus sepanjang rantai DNA. Langkah ini disebut elongation.
Temperatur elongation tergantun DNA polimerase. Waktu untuk langkah ini
tergantung pada DNA polimerase dan panjang rantai DNA yang diamplifikasi.
Proses PCR terdiri dari langkah-kangkah berikut:
Langkah 1 : Initialization
Pemanasan campuran pada temperatur 92°C selama 3 menit untuk
memastikan rantai DNA dan primers terurai. DNA polimerase dapat
diberikan pada tahap ini atau ditambahkan setelahnya.
Langkah 2 : Melting
Pemanasan pada temperatur 92°C selama 30 detik. Untuk setiap siklus,
waktu tersebut biasanya cukup untuk menguraikan DNA.
Langkah 3 : Annealing
Pemanasan pada temperatur 53°C selama 30 detik.
Langkah 4 : Elongation
Pemanasan pada temperatur 72°C selama 1 menit.
Langkah 5 : Step 2-5 diulang 40 kali.
Ini berguna bila PCR dimulai pada sore hari sebelum meninggalkan
laboratorium, sehingga dapat berproses spanjang malam. DNA tidak
akan rusak pada temperatur 7°C setelah semalaman.
Hasil PCR dapat diidentifikasikan dengan menggunakan agarose gel
electroforesis. Agarose gel electroforesis adalah suatu prosedur yang terdiri dari
pengisian DNA dalam agar agarose dan kemudian menghubungkan arus listrik pada
agar terrsebut. Sebagai hasilnya, rantai DNA yang lebih kecil bergerak lebih cepat
dari pada rantai yang lebih besar melalui agar menuju arus positif. Ukuran dari hasil
PCR ditentukan dengan membandingkannya dengan suatu “ tangga DNA” yang
ukurannya sudah diketahui yang dimasukkan juga ke dalam agar.
II.5.4. Reverse Transcription
Reverse transcription adalah mengubah suatu molekul RNA menjadi DNA
komlementnya. Proses ini membutuhkan suatu enzim yang disebut : reverse
transcriptase, yang diambil dari suatu retrovirus seperti : AMV (Avian
Myeloblastosis Virus). Enzim yang biasanya secara bersama berhubungan dengan
enzim reverse transciptase adalah enzim RNA-dependent DNA polymerase dan enzim
DNA-dependent DNA polrmerase, yang bekerja sama membentuk transcriptase
dengan arah yang berlawanan dengan arah stndar. Reverse transciptase adalh enzim
yang dihasilkan oleh semua retrovirus untk mentranskrip informasi genetik virus dari
RNA menjadi DNA, sehingga dapat berintegrasi ked alam genom host. (Sopian,
Dalam penelitian, reverse transcriptase menyebabkan data yang dikode
pada rantai RNA dapat diubah menjadi bentuk DNA dan digunakan dalam PCR,
sebab PCR tidak dapat mereplikasi molekul RNA secara langsung. Kombinasi proses
BAB ІІІ
METODE PENELITIAN
III.1. Rancangan Penelitian
Rancangan penelitian adalah observasional dengan pendekatan potong lintang
(cross sectional).
III.2. Tempat dan Waktu
Penelitian dilakukan di instalasi Mikrobiologi Klinik Rumah Sakit Haji Adam
Malik Medan, dari bulan September 2008 sampai dengan bulan Januari 2009.
III.3. Bahan dan Cara Kerja
Bahan penelitian adalah serum penderita Demam Dengue/Demam Berdarah.
Dengue yang dirawat di Rumah Sakit Haji Adam Malik (RS. HAM), Rumah Sakit
DR. pringadi, dan Rumah Sakit Herna di kota Medan. Darah penderita diambil
dengan menggunakan semprit (syringe) 3 ml. pengambilan sampel serum penderita
DD/DBD dengan gejala klinis lima hari pertama demam ( Singh K et al,2006) dan
konfirmasi diagnosi DD/DBD sesuai dengan criteria WHO.
Pada penelitian ini, digunakan specimen darah akut. Setelah specimen diambil
secara asepsis dengan menggunakan semprit, kemudian specimen disimpan dan
dikirim dalam keadaan beku ( dry ice). Untuk mendapatkan serum, darah diputar
sampel dimasukkan dalam lembar check list yang berisi mengenai informasi
demografi pasien seperti nama, umur, jenis kelamin, alamat, dan pekerjaan, serta
hasil pemeriksaan laboratorium. Untuk penelitian ini digunakan seratus sample serum
penderita.
n≥ Z2 (0,5-α/2) .ρq e2
n = jumlah sampel
Z = nilai nol dari table Z yang besarnya tergantung dari nilai α yang ditentukan untuk
α = 0,05; Zc = 1,96
p = proporsi penderita DD/DBD di Sumatera Utara = 0,32
q = 1-p
e = tingkat ketepatan
n = 85
III.3.1. Kerangka Operasional
Pasien
Kriteria (+) Kriteria (-)
Data (Nama, Umur, Jenis Kelamin, Pekerjaan, Hasil Lab)
Serum Penderita 0,5 cc
Ekstraksi
RT-PCR (menggunakan primers universal dan TS1) ANALISIS
Elekroforesis
Gel Imanging (visualisasi)
Tiep Virus Dengue
III.3.2. Ekstraksi RNA
Virus RNA diestrak 200µl aliquost yang berasal dari supernatan sel yang
terinfeksi dengan menggunakan QIAαmp® Viral RNA Mini Kit dari Qiagen dengan
mengikuti protokolnya. Untuk memeriksa sampel, diperlukan 140µl homogenate dari
setiap sample. Untuk kontrol positif digunakan kultur sel yang mengandunng DEN 1,
DEN 2, DEN 3, dan DEN 4 dalam jumlah volume yang sama. Untuk kontrol sel
tanpa virus Dengue.
Ш.3.2.A. Peralatan
a. QIAamp MinElute Virus Spint Kit, terdiri dari:
a) QIAamp MinElute Columns
c) Buffer AL
d) Buffer AW1 (concentrate)
e) Buffer AW2 (concentrate)
f) Buffer AVE
g) Protease Resuspension Buffer
h) Carrier RNA
i) QIAGEN®Protease
b. Pipet tips 25µl (kuning)
c. Pipet tips 200µl (biru)
d. Mikropipet
e. Tabung eppendorf
f. Vortexer
g. Block heater
h. Microcentrifuge
i. Etanol (96-100%)
j. Kulkas 4ºC
k. Freezer-20ºC dan -70ºC
l. Alat elektroforesis
m. Gel imaging
n. Mesin PCR
o. Homogeniger
Ш.3.2.B. Ekstraksi Virus RNA
Langkah pertama adalah mempersiapkan Qiagen Protease dengan
menyampurkannya dengan 1,4µL buffer AVE, dicampur dan dipisahkan ke dalam
lima sampai enam tabung eppendorf, masing-masing 250µL (untuk sepuluh reaksi),
lalu disimpan pada suhu -20ºC.
Kemudian 310µL buffer AV ditmbahkan ke dalam tabung berisi RNA carrier,
dicampurkan dan dipisahkan ke dalam lima tabung eppendorf masing-masing 62µL
( untuk 10 reaksi), lalu disimpan pada suhu -20ºC.
Langkah ketiga adalh mempersiapkan buffer AW-1, dengan menambahkan
25Ml etanol 96%-100%, dan kemudian disimpan di dalam suhu ruangan.
Terakhir adalah mempersiapkan buffer AW-2, dengan menambahkan 30Ml
etanol 96%-100%, dan kemudian disimpan pada suhu ruangan.
Ш.3.2.C. Ekstraksi
Serumpenderita di masukkan ke dalam tabung eppendorf, lalu ditambahkan
300µl medium FBS. Kemudian, tabung eppendorf dimasukkan ke dalam sentrifuse
dan diputar dengan kecepatan 14.000 rpm selama 10 menit dengan suhu 4°C.
Lalu 200µl supernatant hasil sentrifugasi diambil dengan menggunakan
mikropipet dan dimasukkan ke dalam tabung eppendorf 1,5 ml yang berisi 25µl
Qiagen protease.
Setelah itu ditambahkan 200µl buffer AL + Carrier RNA dan diinkubasi
sentrifuse dan diputar dengan kecepatan 8000rpm selama 1 menit. Kemudian
ditambahkan 250µl etanol ke dalam tabung eppendorf tersebut, ditutup dan
dicampurkan dengan menggunakan vortexer selama 15 detik. Setelah divortex,
diikunbasi selama 5 menit pada suhu ruangan. Lalu dimasukkan lagi ke dalam
sentrifuse dan diputar dengan kecepatan 8000rpm selama 1 menit.
Setelah tabung eppendorf dikeluarkan dari sentrifuse, masukkan campuran
dengan mikropipet ke dalam column, lalu tutup cap. Campuran kembali disentrifuse
dengan kecepatan 8000rpm selama 1 menit. Setelah selesai, keluarkan column, lalu
buang collection tube dan column dimasukkan ke dalam collection tube baru.
Tambahkan 500µl buffer AW-1, lalu dimasukkan lagi ke dalam sentrifuse dan diputar
dengan kecepatan 8000rpm selama 1 menit. Setelah column kembali dikeluarkan dari
sentrifuse, buang collection tube yang mengandung filtrate dan column dimasukkan
ke dalam collection tube baru dan tambahkan 500µl buffer AW-2.
Columndisentrifuse kagi dan diputa dengan kecepatan 8000rpm selama 1 meit. Buang
collection tube yang mengandung filtrate, masukkan column ke dalam collection tube
baru. Kmudian ditambahkan 500µl etanol. Setelah itu, campuran dimasukkan kembali
ke dalam sentrifuse dan diputar dengan kecepatan 8000rpm selama 1 menit. Setelah
column dikeluarkan dari sentifuse, buang collection tube yang mengandung filtrate
dan column dimasukkan ke dalam collection tube baru, buka tutupnya dan diinkubasi
dalam 56°C selama 3 menit. Kemudian column dimasukkan ke dalam tabung
microcentrifuge 1,5ml, dimasukkan 100µl buffer AVE atau RNAse-free water ke
Kemudian dimasukkan ke dalam sentrifuse dan diputar dengan kecepatan 14.000rpm
selama 1 menit. Setelah itu column dibuang dan tabung microcentrifuge yang m
mengandung RNA yang telah diekstraksi disimpan dalam suhu -70°C.
Ш.3.3. RT-PCR
Master mix dibuat dengan mencampurkan 25µl dari 2x reaksi mix (buffer
yang terdiri dari 0,4 Mm dari dNTP, 3.2 Mm MgSO4),1 µl dari 10µM primer
universal, 1µl dari 10µM primer D1, 1µl dari 10µM primer D2, 1µl dari 10µM
primer D3, 1µl dari 10µM primer D4, 2µl superscript Ш RT, 4µl MGSO4
ditambahkan aquades sampai 20µl (Harris et al,1998). Master mix ini dicampurkan
dengan pipeting dan di spin down.
RNA hasil ekstraksi dipersiapkan dengan memanaskan tabung pada 65°C
selama 5 menit dengan menggunakan block heater, kemudian ditempatkan di dalam
es selama mempersiapkan master mix. Kemudian 5µl RNA hasil ekstraksi
ditambahkan ke dalam maxter mix, kemudian disentrifuse danagn kecepatan
8000rpm selama 1 menit.
Langkah Reverse Transcriptase (RT) dilakukan selama 30 menit untuk
menghasilkan Cdna, kemudian diamplikasi dengan langkah Polimerase Chain
Reaction (PCR) berikut : 94°C selama 2 menit untuk initial denaturation, 94°C
selama 45 menit untuk denaturation, 51° selama 1 menit untuk anneling dan 68°C
extension 68°C selama 7 menit. Produk PCR ini disimpan pada suhu 4°C sebelum
digunakan.
III.3.4 Elektroforesis
Mula-mula dibuat agarose 1% dengan cara : 10 ml 1XTAE buffer dicampur
dengan 100 ml aquades (pengenceran 10x), lalu 50 ml larutan 1XTAE buffer tersebut
dicampur dengan 1 gram agarose. Lalu dipanaskna dalam microwave sampai
mendidih, kemudian ditambahkan 1:1000 SYBER safeTM dan tuang dalam cetakan
agarose gel yang telah disediakan dengan jumlah sumuran (well) sesuai kebutuhan.
Setelah gel agarose mengeras, dimaksukan ke dalam tangki (chamber) elektroforesis
yang bersi 1X TAE buffer. Kemudian 5-10µ1 hasil PCR, yang telah dicampur dengan
1µ1 blue juice 2x, dimasukkan ke dalam sumur pada gel agarose, lalu masukkan pula
10µ1 Marker pada sumur terakhir.
Power supply kemudian dinyalakan pada posisi 80-100 V, DNA akan bergerak dari
kutub negative ke kutub positif. Elektroforesisi dihentikan jika tanda biru mencapai ¼
bagian bawah (jangan sampai tanda biru hilang, karena kemungkinan hasil PCR ikut
terlepas gari gel).
III.3.5. Gel Imaging
Setelah dielektroforesisi, gel agarosa dimasukkan ke dalam alat gel imaging
untuk melihat hasil amplikasi RNA virus Dengue yang dilakukan dengan teknik
RT-PCR. Pita molekul yang terlihat pada gel agarosa menandakan adanya segmen DNA,
Buka file : gel doc, masukkan gel ke dalam alat foto. Kemudian tekan tombol :
epi-white, sampai muncul di layer computer, kemudian matikan epi-white. Lalu tekan :
autofocus, lalu tekan tombol UV, setelah muncul gambaran band pada gel di layer
computer, tekan : freeze, lalu tekan : analyze, tekan : transform, buka file image,
crop, save dan print.
BAB IV
HASIL PENELITIAN
Sampel penenilitian berupa 100 serum penderita DD dan DBD yang
dikumpulkan dari tiga Rumah Sakit, yaitu Rumah Sakit Haji Adam Malik
(RS.HAM), Rumah Sakit Dr. Pirngadi dan Rumah Sakit Herna di Kota Medan,
Sumatera Utara, asl serum-serum yang diperoleh dapat dilihat dari table berikut:
Tabel 1. Serum Demam Berdarah Dengue yang dikumpulkan
Asal serum Jumlah
RS HAM 40
RS Pirngadi 37
RS Herna 23
Jumlah 100
Sampel – sampel tersebut kemudian diekstraksi untuk mendapatkan RNA
virus Dengue yang ada dalam serum penderita, setelah itu, hasil ekstraksi tersebut di
RT-PCR menggunakan DEN 1. Hail dari RT-PCR ini kemudian dielektroforesa dan
divisualisasi. Dapat disebut positif DEN 1 bila ditemukan pita ukuran 482 bp (base
pairs). Pita tersebut dapat dibandingkan dengan pita penanda (marker) yang
berukuran 500 bp. Gambar berikut menunjukkan hasil RT-PCR control positif dari
Gambar 1. Hail RT-PCR control positif
Keterangan:
1. control positif DEN 1 : 119 bp
2. Kontrol positif DEN 3 : 290 bp
3. Kontrol positif DEN 4 : 398 bp
4. control positif DEN 1 : 482 bp
Hasil RT-PCR virus DEN 1 yang didapat dari 100 sample serum penderita DD
dan DBD adalah sebagai berikut:
Gambar 2. Hasil RT-PCR 1 sampai 100
Sampel nomor 1 sampai 100 didapat dari serum penderita DD dan DBD.
Hasil RT-PCR menunjukkan pada sample 40 dan 79 ditemukan virus DEN 1.
Tabel 2. Gambaran serum Deman Berdarah Dengue yang mengandung DEN 1 berdasarkan asal Rumah Sakit
pada Tabel diatas sdapat dilihat bahwa serum penderita Demam Berdarah Dengue
yang positif mengadung virus tipe 1 (DEN 1) ditemukan pada sample serum yang
berasal dari Rumah Sakit Haji Adam Malik 1 orang (1%) dan 1 orang (1%) lagi
bersal dari Rumah Sakit Pirngadi. Dari 100 sampel yang diperiksa, didapatkan hasil
positif sebanyak 2%, pada kelompok usia 5 – 9 tahun dan kelompok 15 – 44 tahun
dan berjenis kelamin laki – laki.
Tabel 3. Gambaran serum Deman Berdarah Dengue yang mengandung DEN 1 berdasarkan umur dan jenis kelamin
Sehingga, estimasi populasi virus DEN 1 pada populasi adalah di antar
1,946% - 1,974%.
Dari tabel diatas dapat dilihat bahwa dari 100 sampel serum penderita Demam
Berdarah Dengue sesuai dengan kelompok umur dan jenis kelamin maka jumlah
sample serum yang positif mengandung virus DEN 1 terdapat pada rentang usia 5 -9
tahun 1 orang (1%) dengan jenis kelamin laki-laki dan pada rentang usia 15 – 44
BAB V
PEMBAHASAN
Demam Dengue (DD) dan Demam Berdarah Dengue(DBD) adalah penyakit
yang masih merupakan masalah kesehatan di seluruh dunia, trutama pada daerah
tropis dan subtropics. Pada penelitian ini, dikumpulkan 100 sampel serum penderita
DD dan DBD dari beberapa Rumah Sakit Umum di Kota Medan, yaitu Rumah Sakit
Haji Adam Malik, Rumah Sakit Umum Dr. Pirngadi dan Rumah Sakit Herna.
Masing-masing sample serum yang sudah diperoleh selanjutnya akan diekstraksi
untuk mendapatkan RNA virus dari serum tersebut. RNA hasil ekstraksi kemudian di
RT-PCR dengan primer DEN 1, yang kemudian hasilnya dielektroforesa dan
divisualisasi. Virus Dengue tipe 1 (DEN 1) dikatakan positif bila diteumkan pita
ukuran 482 BP, yang dibandingkan dengan pita penanda berukuran 500 bp.
Haisl penelitian dari 100 penderita Demam Berdarah Dengue diperoleh 2
sampel (2%) serum yang positif mengadung virus dengue tipe 1 (DEN 1). Sampel
yang positif pengandung virus DEN 1 ditemukan dari sampel yang berasal dari
Rumah Sakit Dr. Pirngadi 1 orang (1%) laki-laki, dan 1 orang lagi (1%) laki-laki
berasal dari Rumah Sakit Haji Adam Malik.
Di Indonesia, dari tahun 2003 – 2005 pernah dilakukan penelitian oleh
Litbang Jakarta bersama dengan Tropical Desease Center (TDC) Universitas
Airlangga dan Namri II Laboratory, US Navy, untuk mencari virus Demam Berdarah
dengan hasil ditemukan virus dengue tipe 2, 3 dan 4 (DEN 2, DEN 3, DEN 4), dan
tidak ditemukan virus Dengue tipe 1 (DEN 1).
Penelitian yang dilakukan oleh Depkes tersebut menggunakan sampel
penelitian dari serum penderita Demam BERdarah Dengue, sama dengan sample
yang digunakan oleh peneliti, namun diperoleh hasil yang berbeda dimana penelitian
yang dilakukan oleh Depkes tidak ditemukan adanya virus dengue tipe 1 (DEN 1) di
Medan Sumatera Utara, sedangkan peneliti memperoleh hasil serum (2%) yang
positif mengandung Virus Dengue tipe 1 (DEN 1). Hasil dari penelitian ini dapat
menambah peta penyebaran virus dengue tipe 1 (DEN 1) di Indonesia.
Dari 100 sampel yang diperiksa, didapatkan hasil yang positif 1 orang (1%)
pada kelompok usia 5 – 9 tahun 1 orang (1%) pada kelompok 15 – 44 tahun dan
mempunyai jenis kelamin laki – laki. Estimasi populasi virus DEN 1 pada populasi
adalah diantara 1,945% - 1,974%. Hasil ini mendukung pernyataan Soedarmo
(2002), bahwa telah terjadi pergeseran populasi penderita DBD berdasarkan umur
sejak tahun 1984 yaitu pada kelompok umur . 15 tahun. Namun begitu, serangan
infeksi virus Dengue terhadap anak – anak harus tetap diwaspadai, mengingat 90%
kasus DD/DBD terjadi pada kelompok umu , 15 tahun (Yulfi, 2006).
Pasa dasarnya infeksi virus dengue tipe 1 (DEN 1) tidaklah seberat infeksi
virus dengue tipe lainnya, misalnya virus dengue tipe 3 (DEN 3) yang
bertanggungjawab terhadap setiap kejadian KLB di Indonesia, sehingga kemungkinan
penderita yang mengidap infeksi virus dengue tipe 1 (DEN 1) uuntuk berobat ke
mengidap infeksivirus dengue tipe (DEN 1) berasal dari luar kota Medan, seperti
yang diungkapkan Hariadhi (2004) bahwa interaksi dari faktor hospes (host),
lingkungan (environment) dan factor virus itu sendiri (agent) menjadikan
prodominasi virus Dengue juga dipengaruhi oleh geografis suatu wilayah. Penemuan
ini sangat penting, karena dengan ditemukannya virus dengue tipe (DEN 1) di kota
Medan, dikhawatirkan akan menigkatkan kemungkinan terjadinya KLB Demam
Dengue/Demam Berdarah Dengue bila terjadi infeksi skunder dari serotype yang lain
(Budhy, 2007).
Perbedaan hasil yang didapat tentunya menimbulkan berbagai pernyataan,
apakah karena waktu penelitian yang berbeda, tempat penelitian yang berbeda, atau
keparahan yang ditimbulkan oleh masing-masing serotype berbeda sehingga pada
penelitian sebelumnya diperoleh hasil yang berbeda dengan penelitian yang dilakukan
sekarang.
Serotype virus Dengue yang bersikulasi di Bangkok, Thailand ternyata
berbeda pada kurun waktu yang berbeda pula. DEN 1 prodominan pada tahun 1990 –
1992, DEN 2 pada tahun 1973 – 1986 dan 1988 – 1989, DEN 3 pada Tahun 1987 dan
1995 – 1999, DEN 4 pada tahun 1993 – 1994. hanya DEN 3 yang berkaitan dengan
terjadinya wabah. (Nisalak, 2003).
Seluruh serotype virus Dengue terdapat di Indonesia. DEN 3 merupakan
serotype yang paling sering ditemui selama terjadinya KLB di banyak daerah, diikuti
yang berhubungan dengan tingkat keparahan penyaktit, diikuti DEN 2. (Suroso,
1999)
Dengan berhasilnya diketahui keberadaan virus DEN 1 di kota Medan, maka
perlu ditongkatkan kewaspadaan akan terjadinya KLB dengan manifestasi DBD/SSD.
Maka itu, perlu disusun langkah – langkah sistematis di kota Medan dalam
melakukan virologic surveillance dalam kepentingan Early Warning Outbreak
Recognition System (EWORS).
Banyak faktor mempengaruhi kejadian DBD, antara lain factor hospes,
lingkungan dan faktor virus sendiri, factor hospes adalah kerentanan dari faktor imun,
faktor lingkungan yaitu kondisi geografis, demografis berhubungan dengan mobilitas
dan perilaku pendududk. Budhy Setya dari Universitas Airlangga pernah melakukan
penelitian bahwa kota-kota besar seperti Jakarta, Surabaya, Medan, Maksar dan
Mando, dimana mobilitas penduduk tinggi lebih sering dijumpai adanya infeksi
skunder virus dengue. Adanya infeksi skunder virus dengue menunjukkan adanya
serotype virus baru yang menginfeksi orang yang sama (Budhy, 2007).
Hal ini perlu dilakukan penelitian lebih lanjut apakah benar ada hubungan
keberadaan virus dengue tipe 1 (DEN 1) yang ditemukan peneliti merupakan hasil
infeksi skunder dari penderita Demam Berdarah Dengue sebelumnya. Sesuai dengan
pernyataan Halstead bahwa pasien yang mengalami infeksi kedua kalinya dengan
virus dengue serotype yang berbeda mempunyai resiko lebih besr menderita DBD
dan SSD, sehingga dengan diteumkannya lebih dari 1 serotipe dengue disuatu
BAB VI
KESIMPULAN DAN SARAN
V.1. Kesimpulan
Dari hasil penelitian dan pembahasan yang diperoleh dari 100 sampel serum
penderita DD/DBD yang diperiksa menggunakan RT-PCR, maka dapat diambil
kesimpulan bahwa di Daerah Kota Medan Sumatera Utara masih memungkinkan
munculnya kasus penderita DD/DBD, hal ini dibuktikan dengan ditemukan sample
serum yang p[ositif mengandung virus tipe (DEN 1) di Rumah Sakit Haji Adam
Malik 1 orang (1%) dan di Rumah Sakit Pirngadi 1 orang (1%).
V.2 Saran
1. Untuk mendeteksi pola distribusi penyebaran virus Demam Dengue/ Deman
Berdarah Dengue di Kota Medan Sumatera Utara, perlu dilakukan penelitian lanjut
untuk mencari serotype virus dengue tipe 2, 3 dan 4 (DEN 2, DEN 3, dan DEN $).
Mengingat masih minimnya sumber informasi mengenai virus dengue serotype 1
(DEN 1) di Indoesia, perlu kiranya disarankan untuk dilakukan penkajian lebih
mendalam tentang virus DEN 1 tersebut dengan tujuan untuk menghasilkan informasi
yang lebih relevan dan berkesinambungan, sehingga hasilnya nanti diharapkan dapat
membantu semua pihak guna menurunkan angka kesakitan dan kematian akibat
DAFTAR PUSTAKA
Setya, B. 2007. Profil Serologis Infeksi Primer dan Sekunder Virus Dengue dari Berbagai Daerah di Jawa Timue. Post Graduate Airlangga University (website address: http//library@lib.unair.ac.id;library@unair.ac.id).
Carrington, CVF., Foster, J.E., Pybus, O.G., 2005. Invasion and Maintenace of Dengue Virus Type 2 danType 4 in the Americas. Journal of Virology; 79(23):14680-14687
Halestead, S.B. & Dee J. (2002). The Future of Dengue Vaccines. Lancet 360. p, 1243 -45
Hadinegoro, S.R: Soengeng, S; Suharyono, W; Thomas, S, 2002. Tata Laksana Demam Berdarah Dengue di Indonesia. Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia, Jakarta. Hal 80 – 135
Hariadhi, S; Soegijanto, S, 2004. Pola Distribusi Serotipe Virus Dengue Pasa Beberapa Daerah Endimik di Jawa Timur Dengan Kondisi Geografis Berbeda. Hal 11 – 19
Harris, E; Robert, T.G; Smith, L; Selle, J et al. 1998. Typing of Dengue Viruses in Clinical Specimen and Mosquitoes by Single-Tube Multiplex Reverse Transcriptase PCR. Journal of Clinical Microbiology. Sept. 1998. p. 2534 – 9
Husaini, M, 2003. Entomologi Kedokteran. Cetakan Kedua. Hal. 61 – 90. Bagian Parasitologi FKUSU, Medan.
Levinson, W., Jawetz, E., 2000. Medical Microbiology & Immunology. 6th ed.pp 252 – 256. Lange Medical Books/McGraw-Hill.San Francisco
Nisalak A, Endy T.P, Nimmanitya S, Kalayanarooy S, Thisayakorn U, Scott R.M Burke DS, Hoke CH, Innis B. L, Vaughn D.W Serotype-specific Dengue Virus Circulation and Dengue in Bangkok, Thailand form 1973 to 1999. Am J Trop Medn Hyg. 2003; 68 (2) : 1919 -202.
Soedarmo P. S. 2004. Masalah DEmam Berdarah Dengue di Indonesia. Fakultas Kodokteran Univesitas Indonesia. Jakarta. Hal1 – 13
Sopian, T. 2006, Aplikasi Teknologi PCR mendeteksi Flu Burung (http://64.203.71.11/kompas-cetak). 17 Mei 2008.
Sudjadi, 2008. Bioteknologi Kesehatan. Penerbit Kanisius. Yogyakarta. Hal. 94 – 99 dan hal. 131 – 43
Suroso, Epidemiological situation of Dengue Haemorrhagic Fever and its Control in Indonesia. Proceeding Internasional Seminar on Dengue Fever/Dengue Haeramorrhagic. TDC – Airlangga University, Surabaya 1999.p. 11 – 14
Suroso T, Umar A. I. 2004 Epidemiologi dan Penaggulangan Penyakit Demam Berdarah Dengue (DBD) di Indonesia saat ini. Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia. Jakarta. Hal 14 -31
Sutaryo, 2004. Perkembangan Patogenesis Demam Berdarah Dengue. Fakultas Kodonteran Universitas Indonesia. Jakarta. 32 – 43
Tim Penaggulangan DBD Depkes RI, 2004. Kasus Demam Berdarah Dengue (DBD) di Indonesia, Buletin Harian Tim Penanggulangan DBD Depaertemen Kesehatan R.I. Jakarta.
Tumbelaka A. R. 2002. Diagnosis Demam Dengue/Demam Berdarah Dengue. Fakultas Kodokteran Universitas Indonesia. Jakarta Hal. 73 – 79
Wuryadi S. 2004. Diagnosis Laboratorium Infeksi Virus Dengue. Fakultas Kedokteran Univrsitas Indonesia. Jakarta. Hal. 55 – 62
Lampiran 1. Contoh Formulir Data Pasien
Formulir Pemeriksaan Kusus DD/DBD
a. Informasi Umum Nama lengkap : Umur :
Jenis Kelamin : pria wanita Alamat :
Pekerjaan :
b. Hasil Laboratorium
1. Laboratorium Rutin
- Leokosit < 5.000 sel/ml3 ya tidak
- Trombosit < 100.000 sel/ml3 ya tidak
79 RS HAM 7 LK +
80 RS HAM 8 LK -
81 RS HAM 9 LK -
82 RS HAM 6 PR -
83 RS H 52 LK -
84 RS PR 65 LK -
85 RS H 29 LK -
86 RS H 50 LK -
87 RS H 45 LK -
88 RS PR 39 PR -
89 RS HAM 8 PR -
90 RS HAM 5 PR -
91 RS HAM 6 LK -
92 RS HAM 7 LK -
93 RS HAM 8 PR -
94 RS HAM 7 PR -
95 RS HAM 8 PR -
96 RS HAM 5 LK -
97 RS HAM 7 LK -
98 RS HAM 8 PR -
99 RS HAM 6 PR -
Lampiran 3. Rencana Kegiatan Penelitian
September Oktober Nopember Desember Januari No Kegiatan
I II III IV I II III IV I II III IV I II III IV I II III IV 1. Pengumpulan
Serum penderita
2. Ekstrasi
3. RT-PCR dengan menggunakan Primer DEN 2
4 Elektoforesis dan
