Lampiran 1. Elektroforegeram produk PCR primer SSR
Gambar 39 . Produk PCR dengan primer mCnCIR0038pada sampel SL-834, PO-6144 dan 1-6 (SL-4642)
Gambar 3. Primer 0038 sambungan 13-20 (SL-4556)
Gambar 41. Primer mCnCIR0038 dengan sampel 13 – 26 (SL-4556)
Gambar 43. Primer mCnCIR0038 sambungan sampel INB (SL-710), INJ (SL-956), 27-30 (SL-4543), 31-32 (SL-4544)
Gambar 45. Primer mCnCIR0038 sampel, INB (LM-12108) , INJ (SL-710) dan 41-46 (SL-5332)
Gambar 47. Primer mEgCIR0257 dengan sampel ,INB (SL-834), INJ (PO-6144) dan1-6 (SL-4642)
Gambar 49. Primer mEgCIR0257 dengan sampel 13-20 (SL-4556)
Gambar 51. Primer mEgCIR0257 sambungan sampel, 27-30 (4543), INB SL-710), INJ (SL-956) dan 31-32 (SL-4544)
Gambar 53. Primer mEgCIR0257 sampel, INB (LM-12108), INJ (SL-710), dan 41-46 (SL-5332)
Gambar 55. Primer mEgCIR3663 dengan sampel ,INB (SL-834), INJ (PO-614) dan 1-6 (SL-4642)
Gambar 57. Primer mEgCIR3663 dengan sampel 13-20 (SL-4556)
Gambar 59. Primer mEgCIR3663 sambungan sampel,INB 710), INJ (SL-956), 27-30 (SL-4543) dan 31-32 (SL-4544)
Gambar 61. Primer mEgCIR3663 sampel, INB (LM-12108), INJ (SL-710), dan 41-46 (SL-5332)
Gambar 63. Primer mEgCIR3785 dengan sampel,INB (SL-834), INJ (PO-6144), 1-6 (SL 4642)
Gambar . Primer mEgCIR3785 sambungan sampel 13-20 (SL-4556)
Gambar 67. Primer mEgCIR3785 sambungan sampel,INB (LM-12108), INJ (SL-710), 27-30 (SL-4543) dan 31-32 (SL-4544)
Gambar 69. Primer mEgCIR3785 sampel, INB (LM-12108), INJ (SL-956) dan 41-46 (SL-5332)
14 15 16 17 18 19 20 INB INJ 21 22 23 24 25 26 27 28
29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 INJ INB 41 42 43 Lampiran 2. Uji kualitas sampel tanaman kelapa sawit material genetik PT. Socfindo
Gambar 71. Hasil uji kualitas sampel No.14 – No.28 INJ (Jantan), INB (Betina)
44 45 46 47 48 49 50 X Y
Lampiran 4. Keragaman Alel 4 Primer SSR pada kelapa sawit material genetik PT. Socfindo dengan menggunakan Power Marker V3.25
Marker Sample
Size No. of obs.
Allele Number
Gene
Diversity Heterozygosity PIC mCnCIR0038 62.0000 62.0000 11.0000 0.8714 0.8065 0.8583 mEgCIR3785 62.0000 62.0000 11.0000 0.8711 0.9677 0.8594 mEgCIR3663 62.0000 62.0000 20.0000 0.9188 0.9677 0.9132 mEgCIR0257 62.0000 62.0000 17.0000 0.9092 1.0000 0.9021
Mean 62.0000 62.0000 14.7500 0.8926 0.9355 0.8833
Lampiran 5. Jumlah Alel 4 Primer SSR pada kelapa sawit material genetik PT. Socfindo dengan menggunakan Gen Alex V.6.5
Allele List for Codominant Data Data Sheet Sheet1
Data Title Codominant Data-Fragment size
No. Loci 4
No. Samples 62
No. Pops. 6
Alleles mCnCIR0038 mEgCIR3785 mEgCIR3663 mEgCIR0257
Lanjutan lampiran 5. Jumlah Alel 4 Primer SSR pada kelapa sawit material genetik PT. Socfindo dengan menggunakan Gen Alex V.6.5
Alleles mCnCIR0038 mEgCIR3785 mEgCIR3663 mEgCIR0257
Lampiran 6. Primer SSR yang digunakan dalam penelitian
No. Nama Primer Forward sequence (5’-3’) Reverse Squence (5’-3’)
1. mCnCIR0038 CAAGTATATGTGTGTGTATGC ATCTGCTGTTGATTATGG
2. mEgCIR0257 TGCTTCTTGTCCTTGATACA CCACGTCTACGAAATGATAA
3. mEgCIR3785 AGCCATGAGTGAATCATATC ACCACGATGTCAATCTCTAT
Lampiran 7. Jadwal Kegiatan Penelitian
No. Kegiatan
Waktu Kegiatan (Minggu Ke-)
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 1. Pengambilan sampel
daun 6. Amplifikasi DNA 7. Visualisasi hasil
Lampiran 8. Pembuatan Larutan Stok
CTAB 5% (100 ml) : Timbang NaCl sebanyak 2 g dan CTAB sebanyak 5 g. Masukkan bahan kimia kedalam erlemeyer dan ditambahkan dengan akuades 100 ml. Kemudian diaduk dengan menggunakan stirrer diatas hot plate.
Tris HCl 1M pH 8.0 (100 ml) : Timbang tris sebanyak 12.114 g. Masukkan tris ke dalam erlemeyer dan ditambahkan 80 ml aquades. Aduk campuran larutan dengan menggunakan stirrer kemudian diletakkan di atas hot plate. Selanjutnya ditambahkan 4.2 ml HCl pekat sedikit demi sedikit sampai pH mencapai 8. Masukkan ke dalam gelas ukur, kemudian volume ditepatkan dengan aquades hingga volume larutan mencapai 100 ml.
EDTA 0.5 M pH7.4 (50 m) : Timbang EDTA sebanyak 18.612 g dan NaOH 2 g. Masukkan bahan kimia ke dalam erlemeyer dan ditamabhakan aquades 80 ml. Aduk campuran larutan dengan menggunakan stirrer kemudian diletakkan diatas hot plate. Selanjutnya, ditambahkan HCl pekat sedikit demi sedikit sampai pH mencapai 8. Masukkan ke dalam gelas ukur, kemudian volume ditepatkan dengan aqudes hingga volume larutan menjadi 100 ml.
NaCl 5 M (100 ml) : Timbang NaCl sebanyak 29.22 g. Masukkan ke dalam erlemeyer dan ditambahkan aquades. Aduk campuran larutan dengan menggunakan stirrer kemudian diletakkan diatas hot plate. Masukkan ke dalam gelas ukur, kemudian ditempatkan dengan aquades hingga volume larutan menjadi 100 ml.
** Semua bahan diatas disterilkan dengan menggunakan autoklaf kecuali CTAB 5%.
Buffer ekstraksi CTAB (100ml) : Campurkan 40 ml CTAB 5%, 25.1 ml NaCl 5M, 4 ml EDTA 0.5 M pH 8.0, 10 ml Tris HCl 1 M pH 8.0 dan 20.8 ml. aquades.
Buffer TAE 50 X (100 ml) : Campurkan 24.2 ml Tris HCl 1 M pH 7.4, 5.7 ml Asam Asetat Glasial, 10 ml EDTA 0.5 M, pH 8.0, dan aquades hingga volume larutan menjadi 100 ml.
Buffer TAE 1X (500 ml) : Campurkan 10 ml buffer TAE 50 X dan 490 ml aquades.
Buffer TE (50 ml): Campurkan 0.5 ml Tris HCl 1 M pH 8.0, 0.1 ml EDTA, 0.5 M pH 8.0 dan 49.4 ml aquades.
Kloroform Isoamilalkohol 24 : 1 (50 ml): Campurkan 48 ml kloroform dan 2 ml isoamilalkohol.
