Analisis SSR (Simple Sequence Repeats) Pada Kelapa Sawit (Elaeis guineensis Jacq.) Asal Klon Plasma Nutfah PT.Socfindo

(1)

Lampiran 1. Urutan basa dari 4 primer SSR

Nama Primer _{Sekuen (5’ 3’)}

1 FR 0783 F: 5’- GAATGTGGCTGTAAATGCTGAGTG -3’ R: 5’- AAGCCGCATGGACAACTCTAGTAA -3’ 2 FR 0779 F: 5’- AATGCAGACCAAGCTAATCATATAC -3’

R: 5’- GTTCAGGTGATGGTGACTCAGATAG -3’ 3

4

FR 3663 FR 3745

(2)

Lampiran 2. Pembuatan Larutan Stok

• CTAB 5 % (100 ml): Timbang NaCl sebanyak 2.0 gram dan CTAB sebanyak 5.0 gram. Masukkan bahan kimia ke dalam erlenmeyer dan ditambahkan 100 ml aquades. Aduk campuran larutan dengan menggunakan stirrer kemudian diletakkan diatas hote plate.

• Tris HCl 1 M pH 8.0 (100 ml): Timbang Tris sebanyak 12.114 gram. Masukkan Tris ke dalam erlenmeyer dan ditambahkan 80 ml aquades. Aduk campuran larutan dengan menggunakan stirrer kemudian diletakkan diatas hote plate. Selanjutnya, ditambahkan 4.2 ml HCl pekat sedikit demi sedikit sampai pH mencapai 8. Masukkan ke dalam gelas ukur, kemudian volume ditepatkan dengan aquades hingga volume larutan menjadi 100 ml.

• Tris HCl 1 M pH 7.4 (50 m): Timbang Tris sebanyak 6.057 gram. Masukkan Tris ke dalam erlenmeyer dan ditambahkan 30 ml aquades. Aduk campuran larutan dengan menggunakan stirrer kemudian diletakkan diatas hote plate. Selanjutnya, ditambahkan NaOH 2.5 M sedikit demi sedikit sampai pH mencapai 7.4. Masukkan ke dalam gelas ukur, kemudian volume ditepatkan dengan aquades hingga volume larutan menjadi 50 ml.

(3)

• NaCl 5 M (l00 ml): Timbang NaCl sebanyak 29.22 gram. Masukkan ke dalam erlenmeyer dan ditambahkan 80 ml aquades. Aduk campuran larutan dengan menggunakan stirrer kemudian diletakkan diatas hote plate. Masukkan ke dalam gelas ukur, kemudian volume ditepatkan dengan aquades hingga volume larutan menjadi 100 ml.

(4)

Lampiran 3. Pembuatan Larutan Buffer

• Buffer Ekstraksi/CTAB (100 ml): Campurkan 40 ml CTAB 5%, 25.1 ml NaCl 5 M, 4 ml EDTA 0.5 M pH 8.0, 10 ml Tris HCl 1 M pH 8.0 dan 20.8 ml aquades. • Buffer TAE 50 X (100 ml): Campurkan 24.2 ml Tris HCl 1 M pH 7.4, 5.7 ml Asam Asetat Glasial, 10 ml EDTA 0.5 M PH 8.0, dan aquades hingga volume larutan menjadi 100 ml.

• Buffer TAE 1X (500 ml): Campurkan 10 ml Buffer TAE 50 X dan 490 ml aquades.

• Buffer TE (50 ml): Campurkan 0.5 ml Tris HCl 1 M PH 8.0, 0.1 ml EDTA 0.5 M PH 8.0 dan 49.4 ml aquades.

• Kloroform Isoamilalkohol 24 : 1 (50 ml): Campurkan 48 ml Kloroform dan 2 ml Isoamilalkohol.

(5)

Lampiran 4. Alur Penelitian

Pengambilan Sampel DNA Klon Kelapa Sawit

Isolasi DNA

Uji Kualitas

Uji Kuantitas

Amplifikasi PCR-SSR

Elektroforesis

(6)

(7)

Lampiran 6. Uji kuantitas klon kelapa sawit BTC 60

Kode Sampel Absorbansi ( Å260 /280) Konsentrasi (μl/mg)

(8)

Lampiran 7. Gambar sampel klon Kelapa Sawit BTC 60 PT. Socfindo

Gambar klon kelapa sawit BTC 60 sampel 1

(9)

(10)

(11)

Lampiran 8. Analisis faktorial dengan menggunakan DARwin 6.0 Factorial analysis on dissimilarity

Dissimilarity file: KLON BTC 60.dis

Dissimilarity calculated from data file: KLON BTC 60.var (type:'allelic') User selection Units: 30/30 and Loci: 4/4

Dissimilarity index: Simple matching Missing data options:

No missing data 1000 bootstraps

---

Imported Allelic data Ploidy = 2...

30 selected units on 30 Selected unit list:

At least one negative eigenvalue.

(smallest eigenvalue: -0.000369145417916822) Non Euclidean dissimilarity

(12)

There is only 2 axes with positive eigenvalue (user selection was 5 axes)

Unit coordinates on factorial axes

WARNING: negative eigenvalue => cosinus² may be negative or greater than one !

1st column = coordinate 2nd column = cosinus² x 1000

(13)

Lampiran 9. Analisis Kluster Metode UnWeighted Neighbor-Joining dengan Menggunakan DARwin 6.0

Tree construction

Dissimilarity file: KLON BTC 60.dis Tree file : KLON BTC 60.arb

(14)

(15)

(16)

32 -- 33 : 0

Average 'edge' distance between initial tree and bootstrapped trees: 0.975 5-percentile: 0.963

(17)