# Ko r e sp o n d en si: Balai Rise t Bud id aya Ikan Hias, De p o k. Jl. Pe rikan an No . 1 3 , Panco r an Mas, Dep o k 16 3 6 4, In d o n e sia. Te l. + 6 2 2 1 7 5 2 0 4 8 2
E-m ail: er ma_ pr i mani t a@ yahoo.com
Tersedia online di: ht t p://ej ournal-balit bang.kkp.go.id/index.php/j ra
KARAKTER GENOTIPE TIGA POPULASI IKAN RAINBOW AJAM ARU (M elanotaenia
ajamaruensis) DARI ALAM DAN BUDIDAYA M ENGGUNAKAN RAPD
Erm a Prim anita Hayuningtyas#, Shofihar Sinansari, M elt a Rini Fahm i, Eni Kusrini, dan Bastiar Nur
Balai Riset Bud idaya Ikan Hias
Jl. Perikan an No. 13, Pancoran Mas, Depo k 16364
(Naskah dit erima: 25 M ei 2018; Revisi final: 17 Juli 2018; Diset ujui publikasi: 18 Juli 2018)
ABSTRAK
Ikan rainbow Ajamaru (M elanot aenia ajamarunensis) yang dinyatakan punah pada tahun 1996 merupakan ikan endemik dari Danau Ajamaru, Papua. Namun ikan ini berhasil ditemukan kembali pada tahun 2007 di Sungai Kaliwensi, Sorong, Papua. Domestikasi ex-situ ikan rainbow Ajamaru sedang dilakukan di Balai Riset Budid aya ikan Hias, Dep ok-Jawa Barat. Pen elitian ini bertu juan mengevaluasi perbedaan genotipe ikan rainbow Ajamaru di alam dan budidaya melalui analisis keragaman genetik untuk melihat adanya perubahan genetik, migrasi maupun mutasi gen. Metode yang digunakan adalah Randomly Amplified Polymorphic DNA (RAPD) dengan 3 jenis primer (OPA 03, OPB 6, dan OPZ 5). Setiap populasi baik, dari alam (Papua) maupun budidaya (Depok dan Papua) masing-masing diambil secara acak sebanyak 10 sampel ikan uji. Hasil penelitian menunjukkan nilai keragaman genetik pada ikan di alam lebih rendah (62,5%) dibanding ikan budidaya di Papua (70,31%) dan tertinggi pada ikan budidaya di Depok (73,43%). Heterozigositas pada ikan di alam lebih re ndah (0,172) d ibanding ikan bud idaya di Papua (0,241) dan d i Dep ok (0,270). Jarak ge net ik te rjauh ditunjukkan antara populasi ikan alam dan populasi ikan budidaya Papua, sedangkan jarak genetik terdekat antara populasi ikan budidaya di Papua dengan di Depok. Karakter genotipe yang dihasilkan pada tiga populasi ikan rainbow Ajamaru adalah memiliki corak DNA yang berbeda nyata (P< 0,05). Perbedaan yang dihasilkan dari karakter genotipe karena respon genotip dari tiap individu dan daya adaptasi ikan berbeda-beda pada habitat yang berberbeda-beda.
KATA KUNCI: ikan rainbow; M elanotaenia; genetic; RAPD
ABSTRACT: Genotype characterization of three populations of Ajamaru rainbow fish using RAPD. By: Erma Primanita Hayuningtyas, Shofihar Sinansari, M elta Rini Fahmi, Eni Kusrini, and Bastiar Nur
Ajamaru rainbow, an endemic fish from Lake Ajamaru, Papua, once declared ext inct in 1996. However, it was rediscovered in 2007, in Kaliwensi River, Sorong, Papua. Current ly, t he Ajamaru rainbow fish is being domest icat ed ex-sit u at t he Research Cent er for Ornament al Fish Cult ure, Depok, West Java. The aim of t he research was t o det ermine t he genot ype charact erist ics of wild and cult ured Ajamaru rainbow including genet ic change, drift , migrat ion, and mut at ion using genet ic variance analysis. The genet ic analysis applied was Randomly Amplified Polymorphic DNA (RAPD) using OPA-03, OPB-6, and OPZ-5 primers. Ten samples were used for each populat ion. The results showed t hat t he t hree populat ions of Ajamaru rainbow fish have significantly different (P< 0.05) of DNA polymorphism. The lowest value of genet ic variance was found in t he wild fish (62.5%) followed by t he cult ured fish locat ed in Papua (70.31%), and t he highest was observed in t he cult ured fish locat ed in Depok (73.43%). Heterozygosit y of t he wild fish was lower (0.172) t han t hat of t he cult ured fish in Papua (0.241) and in Depok (0.270). The high genet ic dist ance was found bet ween t he wild and cult ured fish from Papua. The closest relat ionship was bet ween t he fish cult ure in Papua and Depok. The genot ype charact er produced in t he t hree Ajamaru rainbow fish populat ions was have significant ly different (P< 0.05) of DNA polymorphism. The differences t hat result form genot ype charact ers because of t he genot ypic response of each individual and t he adapt abilit y of fish vary in different habit at s.
PENDAHULUAN
Ikan rainbo w Ajamaru (M elanot aenia aj amaruensis Allen & Cro ss 1980) merupakan salah sat u dari 131 sp esie s ikan rainb o w yang t ersebar di Papu a, New Guinea, dan Aust ralia (Tappin, 2016). Jenis Ikan rain-b o w in i, t e r m as u k s p e s ie s e n d e m ik Pa p u a yan g dinyat akan punah sejak t ahun 1996 berdasarkan st a-t us IUCN perio de 1996-2010. Pada a-t ahun 2007, ikan ini dit emukan kembali di Sungai Kaliwensi, So ro ng, Papua (Kadarusman et al., 2010) sehingga merubah st at usn ya me njadi keku rangan dat a (dat a deficient) (IUCN, 2017).
Pemijahan ikan rainbo w Ajamaru sedang dilakukan di Balai Riset Budidaya Ikan Hias Depok agar ikan rain-bo w Ajamaru bisa dibudidayakan di luar habitat aslinya. Ko le k s i t a h u n 2 0 0 7 t e la h m e n g h a s ilk a n e m p a t generasi, namun pemijahannya masih dilakukan secara massal hasil ko leksi t ahun 2017 t elah menghasilkan d u a g e n e ra s i. Up a ya p e m ijah a n d i lu a r h a b it a t , merupakan pro ses do mest ikasi mengembangbiakan ikan liar pada lingkungan yang t erko nt ro l, baik pakan maupun habit at nya budidaya (Effendi, 2004). Karakt er geno t ipe ikan liar yan g dit angkap di alam berb eda d en gan ikan h asil bu d id aya, se h in gga dib u t u h kan ka rakt e ris asi u n t u k m e lih at var iasi ge n e t ik ya n g d ip e ro le h d ari p o p u la si alam d a n p o p u las i h as il budidaya. Karakt er geno tipe dari suatu populasi secara k u a n t it a t if d ik e n d a lik a n o le h b a n ya k g e n a t a u po ligenik. Variasi genet ik merupakan salah sat u sifat kuant it at if bisa dipengaruhi o leh fakt o r lingkungan. Ik a n lia r d a r i a la m ya n g d id o m e s t ik a s ik a n k e lin gku n gan b u d id aya akan m e n galam i p e ru b ah an genet ik yang t erekspresi melalui sifat kuant it at ifnya (Ambar wat i, 2016).
Randomly Amplified Polymorphic DNA (RAPD) sudah banyak dilakukan pada beberapa generasi ikan hias laut clo wn (Sembiring et al., 2010), beberapa po pulasi ikan bero nang (Lant e et al., 2012), beberapa po pulasi ikan gabus (Kusmini et al., 2015), beberapa generasi ikan hias rainbow Kurumo i (Hayuningt yas et al., 2016), beb erap a po pulasi ikan t ambakan (Krist ant o et al., 2017). Analisis RAPD yang dilakukan pada beberapa sp e sie s ikan d it u ju kan u n t u k m e lih at ke ragam an ge n e t ik b aik in t ra-m au p u n in t e r-p o p ulasi m e lalu i tingkat polimo rfismenya. Analisis RAPD yang dilakukan t e r h a d a p t ig a g e n e r a s i ik a n r a in b o w Aja m a r u d ih arapkan dapat m em p ero le h jarak ge ne t ik yan g menghubungkan ket iganya sehingga dapat dilihat ge-net ic dr ift yan g dih asilkan at au t e rjad i p eru b ah an frekuensi alel. Penelit ian ini bert ujuan melihat variasi genetik ikan rainbow Ajamaru yang dipero leh dari alam dan hasil budidaya.
BAHAN DAN M ETODE
Ikan Uji
Ikan uji yang digunakan merupakan ikan rainbo w Ajamaru dari alam (RA Papua) dan hasil budidaya di Papua (RB Papua) dan di Depo k (RB Depo k). Ikan rain-bo w Ajamaru alam (RA Papua) adalah ikan liar yang dit angkap dari Sungai Kaliwensi, Kabupat en So ro ang Selat an, Papua Barat t ahun 2017. Ikan rainbo w hasil b u d id aya m e m iliki su m b e r in d u k d ari a lam sam a sepert i hasil ekspedisi ke-2 pada tahun 2017. Terdapat dua populasi budidaya, populasi budidaya yang pertama RB Papua yait u ikan rainbow Ajamaru generasi pert ama yang berhasil dibudidayakan di Polit eknik Kelaut an dan Perikanan So rong, merupakan F-1; keturunan pertama dari alam Sun gai Kaliwensi, So ro ng Selat an, Pap ua Barat. Po pulasi budidaya yang kedua RB Depo k adalah ikan rainbo w Ajamaru generasi pert ama yang berhasil dibudidayakan di BRBIH, Depok, Jawa Barat, merupakan F-2; keturunan dari ikan F-1 hasil budidaya di Politeknik Kelaut an dan Perikanan Sorong, Papua. Setiap populasi masing-masing sebanyak 10 individu diambil sampel jaringan berupa daging at au sirip eko r secara acak.
Ekst raksi DNA
Sampel daging atau sirip eko r ikan diekstraksi DNA menggunakan pro sedur gSYNC DNA Ext ract ion Kit Quick Prot ocol (Genaid, Taiwan). Sirip ikan rainbo w Ajamaru sebanyak 10-25 mg dihancurkan, dilakukan t ahapan p e n gh an cu ran , p e m isah a n DNA d ar i k o n t a m in an sepert i pro t ein dan selulo sa, sert a t ahap pencucian at au pemurnian DNA dan pengenceran sesuai dengan yang ada dalam inst ruksi kerja kit .
Amplifikasi PCR (Polymerase Chain Reaction) dengan M etode RAPD denat urasi awal pada suhu 94°C selama dua menit , 35 siklus t erdiri at as denat urasi 94°C selama sat u menit , annealing sesuai TM primer selama sat u menit , dan ext ension 72°C selama dua menit , dan diakhiri dengan sat u siklus ext ension pada 72°C selama t ujuh menit .
Komposisi pereaksi terdiri atas 12,5 µL Dream Taq M ast er M ix 2x (Thermo Scientific, USA), 1 µL primer
RAPD, 3 µL DNA, dan ditambah nuclease fr ee wat er
sampai total volume 25 µL.
Elekt roforesis dan Visualisasi
6 µL (sudah mengandung dye) pada gel agaro se 1,5% yan g m en gan du n g pe warna ge l 0 ,0 1 % (Pe qGree n). Elekt ro fo resis dilakukan bersama marker 100 bp Plus (Vivant is) pada vo lt ase 100 vo lt selama 60 menit pada m e d ia 1 x TBE (Tr is Bo r at e EDTA) m e n g g u n a ka n Po werPac Basic (Bio -Rad). Selanjut nya visualisasi DNA d ilaku kan me n ggu n akan Ge l d o cu m e nt at io n - UV t ransiluminat o r AlphaImager (Pro t ein Simple).
Analisis Dat a diubah ke data biner yaitu angka-1 unt uk fragmen yang muncul, dan angka-2 untuk fragmen yang tidak muncul. Hasil dari dat a biner t ersebut selanjut nya dianalisis menggunakan soft ware TFPGA (Tools for Populat ion Ge-net ic Anal yses), se h in gg a d ih a silk a n n ilai d e ra ja t po limo rfisme, het ero zigo sitas dan jarak genet ik, sert a p e m b u a t a n d e n d r o g r a m b e r d a s a r k a n UPGMA (Unw eight ed Pair Group Arit hmat ic Average) (Mille r, 1997).
Tabel 1. Jenis primer, urut an basa, panjang nucleo t ida, % G+ C, dan t emperat ure melt ing yang digunakan saat seleksi primer RAPD ikan rainbo w Ajamaru
Table 1. Primer t ype, base pair, nucleot ide lengt h, G+ C %, t emperat ure melt ing used in primer screening of RAPD Aj amaru rainbow fish
Screening 18 primer RAPD mempero leh hasil sepert i t ersaji pada Gamb ar 1. Hasil me nu n ju kkan bahwa t erdapat t iga primer yang muncul secara polymorphic dan konsisten. Tiga primer yang digunakan adalah OPA-0 3 , OPB-OPA-0 6 , OPZ-OPA-0 5 . Se la n ju t n ya k e t ig a p rim e r t ersebut digunakan unt uk menganalisis po pulasi ikan rainbo w RA Papua, RB Papua, dan RB Depo k.
Gambar 1. Hasil screening menggunakan 18 jenis primer RAPD (Ket erangan: Pro duk PCR hasil screening diberi t anda ko t ak).
Figure 1. Screening result using 18 RAPD primers (Not e: The screened PCR product is boxed).
po pulasi, yait u pada ukuran 1.300, 1.000, 850, dan 700 bp.
Pro fil fragm e n h a sil am p lifikasi m e n gg u n akan p r im e r OPB-6 d it a m p ilk an p a d a Gam b ar 3 . Pa d a po p ulasi alam u kuran fragme n yang m uncu l masih b erb e da d ib an din gkan p o p ulasi b ud id aya. Uku ran fragm en RA Papu a 1.90 0-4 00 b p, sed an gkan p ad a po pulasi RB Papua 2.300-400 bp dan RB Depo k 3.000-400 bp. Ant ara po pulasi budidaya t erdapat perbedaan kemunculan fragmen 3.000 bp muncul pada RB Depo k s e m e n t a ra p a d a p o p u las i la in n ya t id a k m u n cu l, sedangkan ant ara populasi alam dan populasi budidaya t e rd apat selisih kem un culan fragmen pada ukuran besar yaitu 3.000-1.900 bp. Selain perbedaan terdapat juga fragmen yang muncul dominan yait u pada ukuran 950, 800, 750, 600, dan 400 bp.
Pro fil fragm e n h a sil am p lifikasi m e n gg u n akan primer OPZ-5 ditampilkan pada Gambar 4. Kemunculan fragmen yang dihasilkan dengan menggunakan primer O PZ-5 c e n d e r u n g le b ih ja r a n g d ib a n d in g k a n penggunaan primer lainnya. Fragmen do minan yang muncul dengan menggunakan primer OPZ-5 adalah 1.400, 1.200, 1.000, 900, dan 400 bp. Ukuran yang dihasilkan pada po pulasi alam RA Papua adalah 2.200-400 bp sedangkan pada po pulasi budidaya RB Papua adalah 2.300-300 bp, dan RB Depo k adalah 2.400-300 bp. Jumlah fragmen yang dihasilkan dan ukuran fragmen yang dihasilkan secara rinci dit ampilkan pada Tabel 2. Pada Tabel 2 selain menampilkan ukuran fragmen juga menampilkan jumlah fragmen. Jumlah fragmen dengan rent ang t erluas adalah pada primer OPB-6 (1-1 3 fr ag m e n ), se d a n g k a n ya n g m e m ilik i re n t an g
Gambar 2. Pro fil fragmen RAPD hasil amplifikasi DNA dari t iga po pulasi ikan rainbo w Ajamaru menggunakan primer OPA-03 (Ket erangan: RA Papua= po pulasi alam; RB Papua= po pulasi budidaya di Papua; RB Depo k= po pulasi budidaya di Depo k).
Figure 2. Profile of RAPD fragment s of DNA amplificat ion result in t hree generat ions of Aj amaru rainbow fish using primer OPA-03 (Not e: RA Papua= wild populat ion; RB Papua= cult ure in Papua populat ion; RB Depok= cult ure in Depok populat ion).
t erendah adalah primer OPZ-5 (1-10 fragmen). Dengan dem ikian, variasi ke munculan fragmen yang paling t in ggi a d a p ad a p rim e r OPA-3 , se d an gkan variasi kemunculan fragmen yang paling rendah adalah pada OPZ-5.
Tabel 3 menampilkan variasi keragaman genet ik b e r d a s a r k a n d e r a ja t p o lim o r fis m e d a n hetero zigo sit as. Berdasarkan hasil keragaman genet ik m e n g g u n a k a n p r o g r a m TFPGA d ip e r o le h n ila i p o lim o r fism e t e r t in g g i a d a la h 7 3 ,4 3 % d a n n ila i hetero zigo sitas sebesar 0,270 pada populasi RB Depok ya n g m e r u p a k a n ik a n r a in b o w Aja m a r u ya n g
d ib ud id aya di Dep o k. Po pu lasi d en gan ke ragaman genet ik t erendah adalah RA Papua yang merupakan p o p u la s i ik a n r a in b o w Ajam a r u d a r i ala m yait u p o lim o r fis m e 6 2 ,5 % d a n h e t e r o z igo s it as 0 ,1 7 2 . Sement ara ikan budidaya RB Papua juga memiliki nilai keragaman genetik yang lebih tinggi dibandingkan ikan rainbo w Ajamaru dari alam yait u po limo rfisme 70,31% dan het ero zigo sit as 0,241. Hal ini mengindikasikan b a h w a t id a k t e r ja d i i nb r eed i ng d a la m p r o s e s d o m e s t ik a s i d a r i ik a n a la m k e ik a n b u d id a ya . Keragaman genet ik yang t inggi t erjadi pada ikan rain-b o w Ajam a ru h a sil rain-b u d id aya d ika re n ak an p ro se s adapt asikan dari alam ke media budidaya yang baru. Gambar 3. Pro fil fragmen RAPD hasil amplifikasi DNA dari t iga po pulasi ikan rainbo w Ajamaru menggunakan
primer OPB-06 (Ket erangan: RA Papua= po pulasi alam; RB Papua= po pulasi budidaya di Papua; RB Depo k= po pulasi budidaya di Depo k).
Figure 3. Profile of RAPD fragment s of DNA amplificat ion result in t hree generat ions of Aj amaru rainbow fish using primer OPB-06. (Not e: RA Papua= wild populat ion; RB Papua= cult ure in Papua populat ion; RB Depok= cult ure in Depok populat ion).
RA Papua RB Pap ua RB Dep ok
Gambar 4. Pro fil fragmen RAPD hasil amplifikasi DNA dari t iga po pulasi ikan rainbo w Ajamaru menggunakan primer OPZ-05 (Ket erangan: RA Papua= po pulasi alam; RB Papua= po pulasi budidaya di Papua; RB Depo k= po pulasi budidaya di Depo k).
Figure 4. Profile of RAPD fragment s of DNA amplificat ion result in t hree generat ions of Aj amaru rainbow fish using primer OPZ-05 (Not e: RA Papua= wild populat ion; RB Papua= cult ure in Papua populat ion; RB Depok= cult ure in Depok populat ion).
Hal in i dipe rkuat d en gan hasil keragam an gen et ik ant ara ikan budidaya yang dipelihara di Papua berbeda n yat a d e ngan yan g d ip e lih ara d i De p o k. Me n uru t Ku s m in i et a l. (2 0 1 5 ), n ila i p o lim o r fis m e d a n he t e ro zigo sit as m enu nju kkan po t en si ke mam pu an adapt asi t erhadap lingkungan, karena semakin t inggi nilai het ero zigo sit as semakin banyak pula gen yang
t e rlibat d alam m enyumb an gkan t ingkat kebu garan su at u p o p u lasi. Hal ini sesu ai d e n gan p ern yat aan Gardner et al. (1991) bahwa fakto r yang meningkatkan keragaman genet ik yait u mut asi dan migrasi. Dengan demikian, peningkat an keragaman genetik yang t erjadi pada po pulasi budidaya baik yang di Papua maupun yang d i De po k akibat ad an ya p erp in dahan t e mp at Tabel 2. Jumlah dan ukuran fragmen per primerpada po pulasi ikan rainbo w Ajamaru
Table 2. Number and lengt h fragment per primer of Aj amaru rainbow fish populat ions
Tabel 3. Jumlah sampel, derajat po limo rfisme, het ero zigo sit as, jumlah lo kus dari t iga po pulasi ikan rain-bo w Ajamaru.
Table 3. Number of sample, degree of polymorphism, het erozygosit y, and locus number of t hree populat ions of Aj amaru’s rainbow fish
RA Papua RB Papua RB Depok
Ju mlah frag men (Fragment count) 7 -11 3 -7 5 -1 3 3-1 3
Uku r an fr ag men (Fragment length) 70 0 -2,5 00 3 00 -2 ,0 0 0 3 0 0-1 ,8 0 0 3 00 -2 ,5 0 0
Ju mlah frag men (Fragment count) 1 -11 4-1 3 1 -1 2 1-1 3
Uku r an fr ag men (Fragment length) 40 0 -1,9 00 4 00 -2 ,3 0 0 4 0 0-3 ,0 0 0 4 00 -3 ,0 0 0
Ju mlah frag men (Fragment count) 1 -9 1 -9 3 -1 0 1-1 0
Uku r an fr ag men (Fragment length) 40 0 -2,2 00 3 00 -2 ,4 0 0 4 0 0-2 ,4 0 0 3 00 -2 ,4 0 0
1 -11 1-1 3 1 -1 2 1-1 3
OPZ 5
To tal ju mlah fr ag men (Tot al f ragment count)
Populasi (Population) Prim er/param et er
Pr imer/par am eter s
Ant ar populasi
Between population
OPA 3
OPB 6
RA Papua RB Papua RB Depok
Ju mlah samp el (eko r) / Sampel count (ind.) 10 30
Po limo rfisme (Polymorphism) (%) 6 2 .5 7 0 .31 7 3 .4 3 8 6 .0 6
Heter o zig o sitas (Heterozygosit y) 0 .1 7 2 0 .2 41 0 .2 7 0 .2 7 4
Lo ku s ber d asarkan p rimer (Locus by primer) OPA 3 OPB 6 OPZ 5 Total lo ku s (Total locus)
Ju mlah loku s (Locus count) 2 3 2 3 1 8 6 4
Tot al /ant ar generasi
Total/between generation
Param et er (Par ameter s)
Popul asi (Population)
Tabel 4. Hasil uji FST berpasangan t erhadap t iga po pulasi ikan rainbo w Ajamaru
Table 4. Result of FST comparison pairs t est of t hree populat ions of Aj amaru rainbow fish
Ke terangan: S = Be rbe d a n yat a p ad a taraf alp ha (P< 0,0 5)
Not e: S = Si gni ficant l y different on t he significance l evel of (P< 0.0 5)
RA Papua RB Papua RB D epok
RA Pap u a *****
RB Pap u a 0 .0 0 0 0s *****
budidaya yang t adinya t erbat as di sungai yang po la migrasinya rendah (karena hanya sepanjang kurang dari 200 met er) sehingga diduga di alam sudah t erjadi in-br eeding. Se d an g kan ik an yan g d ip e lih ar a s e ca ra budidaya, pemijahannya lebih t erarah.
Hasil uji FST berpasangan dit ampilkan pada Tabel 4. Berdasarkan analisis st at ist ik mengunakan AMOVA menunjukkan bahwa ant ara ket iga po pulasi ikan rain-bo w Ajamaru baik dari alam maupun ikan budidaya se ca ra ge n o t ip e b e rb e d a n yat a (P< 0 ,0 5 ). Hal in i menunjukkan bahwa ikan alam yang sudah berhasil dido mest ikasikan dan dibudidayakan di t empat yang b aru d id uga t e rjadi p ro ses eksp re si d ari in t eraksi ant ara geno t ipe d engan lingkungan melalui pro ses ad ap t asi ikan d e n gan k e m am p u an ad a p t asi yan g b e r b e d a m e n g h a s ilk an k e ra g am a n g e n e t ik yan g berbeda pula. Menurut Ambar wat i (2016), lingkungan dapat berpengaruh t erhadap ekspresi sifat kuant it at if dan ada banyak gen yang dapat mengendalikan sifat (gen bekerja sendiri-sendiri at au saling berint eraksi). Selain it u, juga unt uk menget ahui int eraksi ant ar alel yang berada pada lo kus berbeda.
Jarak genetik yang dihasilkan diperoleh dari analisis dat a TFPGA berdasarkan Wright ’s (1978) mo difikasi dari Ro ger ’s (1972) pada pengo lah dat a TFPGA dalam Miller (1997). Tabel 5 menampilkan jarak genet ik antara ikan dari alam (RA Papua) dengan ikan budidaya di Papua (RB Papua) sebesar 0,3665; yang m erupakan hubungan t erjauh. Hubungan kekerabat an t erdekat adalah ant ara ikan rainbo w Ajamaru hasil budidaya di Pa p u a (RA Pap u a) d e n ga n d i De p o k (RB De p o k ). Menurut Asih et al. (2008), hubungan kekerabat an yang jauh bisa disebabkan o leh ko ndisi lingkungan perairan yang berbeda dan po la migrasi yang t erbat as. Pada ikan rainbo w Ajamaru yang dit angkap di alam yait u sepanjang Sungai Kaliwensi yang panjangnya kurang dari 200 met er, ikan rainbo w Ajamaru han ya dapat dipero leh di sungai t ersebut sehingga diduga t ingkat inbreeding di alam sudah tinggi karena habit at nya yang t erbat as dan sumberdaya genet ik yang tersedia hanya ya n g b e r as al d ar i su n g ai t e rs e b u t . Pe m ija h a n d i
a la m p u n m e n ja d i t id a k t e r a r a h s e h in g g a d a p a t meningkat kan po tensi inbreeding. Sement ara pada ikan budidaya pemijahan dapat dilakukan t erarah dan bisa diat ur unt uk t idak memijah secara massal.
Be r d a s a r k a n a n a lis is k la s t e r (UPGMA) ya n g yang diambil langsung dari alam. Menurut Krist ant o et al. (2017), hubungan kekerabat an yang dekat pada d e n d ro gr am m e n u n ju kk an b ah w a ik an b u d id a ya memiliki sumber genet ik dari induk yang sama. Hal ini t erbukt i karena ikan budidaya di Depo k merupakan k e t u r u n a n d a r i ik a n b u d id a ya d i Pa p u a n a m u n pemijahan dilakukan di Depo k.
Po pulasi ikan rainbo w Ajamaru memiliki keragaman gen e t ik yan g t in ggi dan m em iliki pe rbe d aan yan g n ya t a t e r u t am a an t ar a ikan d i a lam d e n gan ikan budidaya. Hal ini diduga akibat adanya perpindahan t e mp at dan t erd ap at pro se s adap t asi pada ikan di t empat yang baru. Kemampuan ikan dalam beradapt asi yan g d ise b u t adapt abili t y in i b e rp e n gar u h se cara fenot ipe dan genot ipe. Let ak geo grafis yang berjauhan ju ga me njad i salah sat u fakt o r yang me me ngaru hi karena kondisi media pemeliharaan antara sat u tempat dengan t empat lainnyapun bisa berbeda. Hal ini sesuai dengan pendapat Lant e et al. (2012) bahwa po pulasi dengan keragaman genet ik yang t inggi mempunyai p e lu a n g h id u p ya n g t in g g i k a r e n a m e m p u n ya i kemampuan yang lebih baik unt uk beradapt asi dengan lingkungannya.
Menurut Tahapari et al. (2017), pada ikan pat in yang d ip e lih a r a p a d a lin g k u n g a n e k o s is t e m b e r b e d a mengakibatkan keragaman pert umbuhan dan tampilan feno t ipe yang ber variasi, hal ini disebabkan respo ns geno t ipe dari t iap ikan yang tidak sama. Daya adaptasi
Tabel 5. Ja rak ge n e t ik t ig a p o p u la si ika n r ain b o w Ajam a ru alam d an b u d ia ya berdasarkan jarak Wright ’s (1978) mo difikasi Ro ger ’s (1972)
Table 5. Genet ic dist ance of t hree populat ions of Aj amaru rainbow fish from wild and cult ure based on Wright ’s (1978) modificat ion of Roger ’s (1972) dist ance
RA Papua RB Papua RB D epok
RA Pap u a *****
RB Pap u a 0 .3 6 6 5 *****
ikan dipengaruhi o leh fakto r genetik, lingkungan, dan in t e raksi an t ar a ge n e t ik d an lin gku n g an . Na m u n k e m a m p u a n ik a n d a la m b e r a d a p t a s i d a p a t meningkat kan pro dukt ivit as dari budidaya ikan yang berkelanjut an. Pro dukt ivit as yang berbeda dihasilkan dari p em eliharaan ikan p ad a lo kasi bu did aya yang b e r b e d a a k ib a t a d a n ya k o n d is i g e o g r a fis , a g ro k lim a t o lo g is , d a n t e k n o lo g i b u d id a ya ya n g digunakan. Perbedaan t ersebut menimbulkan respo ns geno t ipe yang berbeda sehingga dapat menghasilkan fe n o t ip e ya n g b e r b e d a ju g a , h a l in ila h ya n g menyebabkan keragaman genet ik yang t inggi pada lo kasi budidaya yang berbeda (Ariyant o et al., 2011; Kusmini et al., 2015; Lant e et al., 2012; Tahapari et al., 2017). Pada ikan rainbow Ajamaru yang dipelihara pada lingkungan berbeda menghasilkan keragaman genot ipe yan g b e rb e d a kar e n a r e sp o n s ge n o t ip e d a ri t iap individu dan daya adapt asi ikan berbeda-beda. KESIM PULAN
Keragaman genet ik ikan rainbo w Ajamaru memiliki nilai keragaman yang t inggi pada kisaran 62,5-73,43%, yang t ert inggi pada ikan b ud id aya di De po k. Nilai Het ero zigo sit as pada ikan alam lebih rendah (0,172) dibanding ikan budidaya di Papua (0,241) dan di Depo k (0,270). Jarak genet ik t erjauh adalah ant ara po pulasi ikan alam dan po pulasi ikan budidaya Papua sedangkan jarak genet ik t erde kat adalah ant ara po pulasi ikan budidaya di Papua dengan di Depo k. Karakt er genot ipe yang dihasilkan pada ikan rainbo w Ajamaru dari alam dan budidaya adalah berbeda nyata (P< 0,05). Perbedaan yan g dih asilkan dari karakt er gen o t ip e in i karen a
respo n geno t ip dari t iap individu dan daya adapt asi ikan berbeda-beda pada habit at yang berbeda. UCAPAN TERIM A KASIH
Kegiatan penelitian ini dibiayai DIPA tahun anggaran 2017. Ucapan t erima kasih disampaikan kepada t im ekspedisi Ajamaru tahun 2017 t erdiri atas t iga inst it usi yait u Balai Riset Budidaya Ikan Hias (BRBIH), Depo k; Se ko lah Tin ggi Perikanan , Jakart a; dan Po lit e kn ik Kelau t an d an Perikanan So ro n g, Papu a yan g t e lah menyediakan ikan uji yang digunakan dalam penelit ian ini. Terima kasih juga diucapkan kepada Nadia Mega Ar iyan i s e la ku an alis lab o r at o riu m ge n e t ika d an b io t e kn o lo gi BRBIH yan g t e rlib at d alam ke giat an penelit ian ini.
DAFTAR ACUAN
Ambar wat i, E. (2016). Pengant ar genet ika kuant it at if. Jogjakart a: Gadjah Mada University Press, 118 hlm. Ariyan t o , D., Ro b isalmi, A., & Fajar wat i, D. (2011 ). Evaluasi daya t ahan lar va ikan nila (Oreochromis nilot icus) pada media bersalinit as. Surabaya, Indo -nesia: Pro sidin g Seminar Nasio nal Kelaut an VII, hlm. 37-43.
Asih, S., Nu gro ho , E., Krist ant o , A.H., & Mulyasari. (2008). Penent uan genet ik ikan Batak (Tor soro) dari Sumat era Ut ara dan Jawa Barat de ngan met o de analisis Random Amplified Polymorphism DNA (RAPD). Jurnal Riset Akuakult ur, 3(1), 91-97.
Effendi, I. (2004). Pengant ar Akuakult ur. Jakart a, In-do nesia: Penebar Swadaya, 188 hlm.
Gambar 5. Dendro gram t iga po pulasi ikan rainbo w Ajamaru dari alam dan budidaya.
Figure 5. Dendrogram of t hree populat ions of Aj amaru Rainbowfish from wild and cult ure.
Ke terangan: RA Pap ua= ikan rainbo w Ajamaru F-0 d ari alam; RB Papua= ikan rainbow Ajamaru bu d id aya d i Pap ua; d an RB Dep o k= ikan rainbo w Ajamaru bud id aya d i Dep o k No te : RA Papua= Aj amaru Rainbowfi sh F0 wi l d; RB Papua= Aj amar u r ai nbow fi sh
cult ur e i n Papua; and RB Depok= Aj amaru rainbow fish cult ure in Depok)
0.400 0.300 0.200 0.100 0.000
RB Depok
RB Papua
Gardner, E.J., Simmo ns, M.J., & Snust ad, P.D. (1991). Po pulat io n and evo lut io nar y genet ics in principles o f g e n e t ic. Ne w Yo r k , Ch ich e s t e r Br is b a n e , To ro nt o , Singapo re: Jho n Wiley and So ns Inc., p. 566-580.
Hayuningt yas, E.P. & Kadarini, T. (2016). Keragaman ge n o t ip e ikan rain b o w Ku ru m o i (M elanot aenia parva) hasil do mest ikasi berdasarkan RAPD. Jurnal Riset Akuakult ur, 11(2), 107-114.
IUCN. (2 017). M elanot aenia aj amaruensis: The IUCN Re d Lis t o f Th r e a t e n e d Sp e c ie s . We b s it e : www.iucn redlist .o rg/det ails/1 3055/0. diakses 28 Mei 2018.
Kad aru s m an , Su d art o , Par ad is , E., & Po u yau d , L. (201 0). Descript io n o f M elanot aenia fasinensis, a new spesies o f rainbo wfish (M elanot aeniidae) fro m We st Papu a, Ind o n esia wit h co m men t s o n The Redisco ver y o f M . Aj amaruensis and The Endan-gered Stat us o f M . parva. Cybium Int ernat ional Jour-nal of Icht hyology, 34(2), 207-215.
Krist ant o , A.H., Sub agja, J., Cah yant i, W., & Arifin, O.Z. (2017). Evaluasi variasi feno t ipe dan geno t ipe ikan t ambakan dari Kalimant an Tengah, Jawa Barat , dan Jambi dengan t russ mo rfo met rik dan Random Amplified Polymor phic DNA (RAPD). Jur nal Riset Akuakult ur, 12(3), 203-211.
Ku s m in i, I.I., Pr ako so , V.A., & Ku sd ia r t i. (2 0 1 5 ). Ke r a g a m a n fe n o t ip e t r u ss m o r fo m e t r ik d a n ge no t ipe ikan gabu s (Channa st r iat a) dari Jawa Barat , Sumat era Selat an, dan Kalimant an Tengah. Jurnal Riset Akuakult ur, 10(4), 501-509.
Lant e, S., Tenriulo , A., & Palinggi, N.N. (2012). Variasi ge n e t ik ika n b a ro n an g (Si ganus gut at us) a sa l perairan Barru, Lampung, dan Soro ng menggunakan pe nand a RAPD (Randomly Amplified Polymorfism DNA). Jurnal Riset Akuakult ur, 7(2), 195-204. Miller, M.P. (1997). To o ls fo r Po pulat io n Genet ic
Analy-ses (TFPGA). Versio n 1.3. USA: No rt hern Arizo na Un ive rsit y.
Se m b ir in g , S.B.M., Se t ia w a t i, K.M., Ha r ya n t i, & Wardana, I K. (2010). Karakt er genet ik induk (F-0) dan t urunannya (F-1) pada ikan hias laut clo wn (Amphiprion percula) menggunakan marker RAPD (Random Amplified Polymorfism DNA). Jurnal Riset Akuakult ur, 5(2), 183-190.
Tahapari, E., Darmawan, J., & Dewi, R.R.S.P.S. (2017). Da ya a d a p t a s i t ig a s p e s ie s ik a n p a t in p a d a lingkungan yang berbeda. Jurnal Riset Akuakult ur, 12(3), 253-261.
