اهی نوین رد کشاورزی و منابع طبیعی اولین همایش ملی ایده D-lo

(1)

هدیا یلم شیامه نیلوا یعیبط عبانم و یزرواشک در نیون یها

– هام نابآ 1397

The first national conference on novel ideas in agriculture and natural resources (November, 2018)

1259

هیحان یکیتنژولیف و یکیتنژ لیلحت و هیزجت D-loop

یدجن زب یردنکوتیم مونژ

یریشب هنمآ

1

تیاده ،*

رکفنشور هلا یبلعث همطاف ،2

3

ناتسزوخ نیمار یعیبط عبانم و یزرواشک هاگشناد ،ییاذغ عیانص و ماد مولع هدکشناد ،یماد مولع هورگ ،ماد داژن حلاصا و کیتنژ یوجشناد1

هورگ ،داتسا2

ناتسزوخ نیمار یعیبط عبانم و یزرواشک هاگشناد ،ییاذغ عیانص و یماد مولع هدکشناد ،یماد مولع مرس و نسکاو تاقیقحت هسسؤم ،یزرواشک جیورت شزومآ و تاقیقحت نامزاس ،رایداتسا3

زاوها یزار یزاس

:لووسم هدنسیون * [email protected]

هدیکچ شرورپ نیرتمهم زا یکی ناریا زا شیب نتشاد اب ناتسزوخ ناتسا و تسایند رد زب ناگدنهد

1750000 مهم زکارم زا زب سأر

زا یموب و یدجن یاهزب .تسا دنمشزرا ناویح نیا شرورپ ج

مهم هلم یشرورپ یاهداژن نیرت .دنا

و هیزجت قیقحت نیا ماجنازا فده

هیحان یکیتنژولیف و یکیتنژ لیلحت D-loop

یسررب نینچمه و یدجن زب رد یردنکوتیم مونژ نآ طابترا

دوجوم یاهداژن ریاس اب اه

ناریا رد یم ناهج و دادعت روظنم نیا یارب .دشاب

12 عمج ناتسزوخ فلتخم طاقن زا نوخ هنومن جارختسا زا سپ و یروآ

،DNA

شور هب یصاصتخا یاهرمیارپ طسوت رظن دروم یحاون و ریثکتPCR

زا سپ یلاوت ی

،یبا زفا مرن زا هدافتسا اب جیاتن زیلانآ یاهرا

تفرگ ماجنا یکیتامروفناویب هداد لیلحت و هیزجت اب .

یلاوت نییعت زا لصاح یاه D-loop

یلاوت اب نآ هسیاقم و یدجن یاهزب یاه

ریاس زا هباشم زب یاهداژن

رد یپیاتولپاه هورگ هب قلعتم داژن نیا هک دش صخشم ،ناهج و ناریا یمA

هجیتن و دشاب لماک یریگ

رت

هنومن یسررب دنمزاین رتشیب یاه

عیسو هعلاطم زین و یدجن زب داژن .تسا یردنکوتیم یلرتنک هیحان و مونژ زا یرت

هیحان :یدیلک ناگژاو D-loop

تخرد ،یردنکوتیم مونژ ،یدجن زب ، .کیتنژولیف

همدقم یم ناریا رد زب یاهداژن عاونا زا یکی یدجن زب یم هداد شرورپ ناتسزوخ هقطنم رد هک دشاب

دودح ناتسا نیا رد .دوش 2000

زب سأر

( تسا هدش هتخیمآ اهداژن ریاس اب تدش هب نوچ ،تسین تسد رد یدجن یاهزب زا یقیقد رامآ اما ،دراد دوجو یدجن 1

هیحان یلاوت .)

رتنک هنوگ نایم طباور یبایزرا و یکیتنژ عونت یسررب یارب یردنکوتیم ل د .تسا دنمشزرا رایسب اه

ی ا ن آ سناتپ یردنکوتیم یبوخ لی

د یاراد یلولس نورد کمادنا اهنت یردنکوتیم .تسا هداد ناشن لماکت و تیعمج کیتنژ هعلاطم یارب ی

ا ن و لااب شهج خرن .تسا آ

نآ یلماکت ریس 5

ات 10 عیرس ربارب زا رت

ید ا ن آ ( تسا یلولس 2

هنوگ رد .) ییایردنکوتیم مونژ یروناج یاه

37 یم دک ار نژ هک دنک

لماش 13 دک نژ ،یسفنت هریجنز هدننک 22

هدننک دک نژ وtRNA

2 دک نژ هدننک rRNA

یم دک .دشاب ندرک و tRNA rRNA

ناشن زتنس هدنهد ( تسا یردنکوتیم رد نیئتورپ

3 یم .) د یاراد یردنکوت ی

ا ن آ د زا لقتسم و یصاصتخا یوقلح ی ی

ا ن آ هتسه یم یا

مانب ریغتم رایسب هیحان یواح یردنکوتیم مونژ .دشاب

Displacement- loop

ی ا

D-loop

یمن دک ینیئتورپ هک ،تسا سناکرف اب و دنک

دودح یدایز رایسب 10

د ربارب ی ا ن هتسه آ زمر نژ هیحان نیا نوچ .دراد شهج هب لیامت یا یم شهج هجیتن رد درادن نیئتورپ هدننک

دننامه هیحان نیا .دبای عمجت اجنآ رد دناوت د یزاس

ی ا ن هب ار یردنکوتیم آ نیئتورپ تیلاعف میظنت هلیسو

میزنآ و اه هب هک فلتخم یا

نژ هلیسو یم دک هتسه یاه

یم لرتنک ،دنوش یلاوت دنک

هنوگ رد لرتنک هیحان ود یاراد و تسا توافتم رایسب تاناویح فلتخم یاه

ریغتم رایسب هیحان وHVR1

( تساHVR2

4 دننامه یارب ییاهروتومورپ یاراد هیحان نیا .) هتشر یزاس

وL

یمH

لماکت رطاخ هب دشاب

وگ نایم طباور یبایزرا و یکیتنژ عونت یسررب یارب لرتنک هیحان یلاوت نآ عیرس هن

د .تسا دنمشزرا رایسب اه ی

ا ن نکوتیم آ رطاخ هب یرد

هکنیا یم لقتنم ردام قیرط زا طقف هرجنپ قیقحت یارب ،دوش

یم خیرات تمس هب ار یا د یلاوت .دیاشگ

ی ا ن ن رد طقف یردنکوتیم آ هجیت

ی

شهج یپک رد تاهابتشا یفداصت یاه یم رییغت یرادرب

شهج نیا رگا دنک بسن نازیم هب اه

هسیاقم اب ،دنشاب هتشاد دوجو یتباث ًات ی

ید نیب نا یم تیعمج ود آ نآ نایم کرتشم هجو دوجو ناوت

ههد ود یارب یردنکوتیم مونژ .درک یسررب ار یلسن هلصاف نینچمه و اه

یم هدافتسا تیعمج کیتنژ رد یلوکلوم رکرام ناونع هب هک تسا یلاوت فشک اب هزورما .دوش

نکوتیم رد دوجوم یاه ررب ناکما یرد

یس

(2)

هدیا یلم شیامه نیلوا یعیبط عبانم و یزرواشک در نیون یها

– هام نابآ 1397

1260

نژ لرتنک یاه هب کمادنا نیا رد دوجوم هدننک

هاگدید زا یکی ناونع رد یکیتنژ تاعلاطم مهم و دیدج یاه

( تسا هدمآ 5

أشنم .)

یم یقاب تیسووا زا جراخ رن تماگ مسلاپوتیس ،حاقل ماگنه رد و هدوب هدام تماگ هب قلعتم مخت لولس مسلاپوتیس رداق و دنام

دورو هب

د هب هکنیا لیلدب و لیلد نیمه هب .دراد قلعت کمخت مسلاپوتیس هب مخت لولس مسلاپوتیس یمامت نیاربانب ،تسین کمخت یاشغ لخا

د ندش هگرود ی

ا ن د اب یردنکوتیم یآ ی

ا ن یم ثعاب ،درادن دوجو لولس هتسه یآ یسررب رد هک ددرگ

قاقشنا یسررب و ینژولیف یاه

هنوگ توافت ،اه رد دوجوم یاه

د یلاوت ی ا ن یم دوجوم ره یردنکوتیم آ هنوگ اب ار نآ ینژولیف هطبار ناوت

داژن و اه سرتسد زا جراخ یاه

هب یدنمشزرا تاعلاطا و هدومن هسیاقم تسا هدش هعلاطم توافتم یاهلاس رد یتح و نیققحم رگید طسوت هک ( دروآ تسد

6 فده .)

لیف و یکیتنژ لیلحت و هیزجت شهوژپ نیا ماجنا زا هیحان یکیتنژو

D-loop

یسررب نینچمه و یدجن زب رد یردنکوتیم مونژ طابترا

نآ ناریا رد دوجوم یاهداژن ریاس اب اه یم ناهج و

.دشاب

شور و داوم اه

( یدجن زب جادو دیرو زا ،هعلاطم نیا ماجنا یارب 12

هنومن نیب یدنواشیوخریغ هطبار زا نانیمطا اب نوخ )هنومن فلتخم طاقن زا اه

هنومن .دش هیهت ناتسزوخ ناتسا طولخم و هیهت زا سپ نوخ یاه

اب ندش رزیرف رد و هدش هداد رارق خی یور رب EDTA

20 - نامز ات

ید جارختسا نا

د لک .دندش یرادهگن هاگشیامزآ رد آ ی

ا ن .دیدرگ جارختسا نولکانیس تکرش تیک زا هدافتسا اب لماک نوخ زا یمونژ آ

تیفیک یسررب تهج سپس تیمک و

زراگآ لژ زروفورتکلا شور زا ،هدش جارختسا یاهDNA

1 ونان هاگتسد اب یجنس فیط و دصرد

.دش هدافتسا لدم پارد هرامش لودج رد هدافتسا دروم رگزاغآ یلاوت 1

.تسا هدش هداد حرش

هریجنز شنکاو رد زارمیلپ یا

30 ییاهن مجح اب و یترارح هخرچ 25

.تفرگ ماجنا رتیلورکیم

سپس هریجنز شنکاو تلاوصحم زروفورتکلا زراگآ لژ یور رب زارمیلپ یا

2 هنومن و تفرگ تروص دصرد یلاوت تهج صیلخت زا سپ اه

ی .دندش لاسرا شواک نژ زاپوت تکرش هب یبا

لودج 1 هیحان ریثکت رمیارپ تاصخشم . ی

D-loop

Table1. Primer Specification for D-loop Duplication

رظندروم هقطنم اهرمیارپ یلاوت

لوصحم لوط PCR

( )bp لاصتا یامد

هیحان D-Loop F: 5"-ACTCCACAAGCCTACAGA-3"

R: 5"-GGAAAGGTGGAGCGGATG-3"

872 58

یلاوت لیلحت و هیزجت کیتنژولیف تخرد مسر و اه

هنومن یمامت یارب هعلاطم دروم تاعطق یلاوت نییعت مرن طسوت لصاح جیاتن و تفرگ ماجنا اه

رازفا

Bio Edit

هتفرگ رارق یبایزرا دروم

رازبا زا هدافتسا اب سپس .دش

BLAST

یلاوت اب یدجن زب داژن رد رظندروم هیحان یلاوت هباشت دصرد هاگیاپرد هدش تبث یاه

NCBI

سررب روظنم هب .دش نییعت ی

مرن کمک هب روکذم داژن یکیتنژولیف هطبار رازفا

MEGA5

شور زا هدافتسا اب

Neighbor- joining

و

ML

یلاوت تخرد .دیدرگ میسرت هدش فیدرمه یاه

ثحب و جیاتن جارختسا هنومن یمامت زا DNA

فیط جیاتن و تفرگ تروص تیقفوم اب اه بسانم صولخ زا ناشن یجنس

داد هدش جارختسا DNA

لکش(

1 .)

(3)

هدیا یلم شیامه نیلوا یعیبط عبانم و یزرواشک در نیون یها

– هام نابآ 1397

1261

لکش 1 - جارختسا جیاتن زراگآ لژ یور ربDNA

لکش 2 - ریثکت جیاتن D-loop

زراگآ لژ یور رب

Figure 1. DNA extraction resalts on agarose gle.

Figure 2. The resalts of D-loop Prolileration on agarose gle.

ریثکت تلاوصحم زروفورتکلا زراگآ یور رب هدش

2 دروم هعطق هک داد ناشن دصرد لکش( تسا هدومن ریثکت یبوخ هب رظن

2 .)

مان اب لااب یپیتولپاه عونت اب هورگولپاه عون شش ،عیسو قیقحت کی رد یاه

G, F, D, C, B, A

هورگولپاه هک تسا هدش صخشم

A

گرزب یم ناهج رد زب فلتخم یاهداژن عاونا رد هورگولپاه نیرت ( دشاب

5 .) اب اهپیتولپاه نییعت و کیتنژولیف تخرد جیاتن هب هجوت اب

شور یپیاتولپاه هورگ هب قلعتم ناریا یدجن داژن زب ،NJ

یمA

دشاب ( لکش 3 ) لکش( دراد رارق ینیچ یاهزب هتسد رد و 4

نیا هک )

شهوژپ اب جیاتن وChen

ناراکمه ( 2006 کیتنژولیف طباور نییعت روظنم هب هک ،) 14

ن دنتفرگ هجیتن و تفرگ ماجنا ینیچ یموب زب داژ

شنم و هتفرگ رارق هورگ کی رد نیچ یموب یاهداژن رثکا هک أ

نآ یم یزکرم یایسآ یموب یاهزب زا اه ات دشاب

و دراد تقباطم یدح ا

ی ن

للا نتشاد ای و یداژن طلاتخا تلع هب دیاش رما قیقد یسررب هب زاین هک تسا هتفرگ تروص هباشم یاه

رت روکذم داژن هنومن زا یرتشیب و

یم .دشاب

(4)

هدیا یلم شیامه نیلوا یعیبط عبانم و یزرواشک در نیون یها

– هام نابآ 1397

1262

لکش 3 - هورگ نییعت شور هب یپیاتولپاه یاه

.NJ

Figure3. Determinatin of haplotype groups using the NJ method.

Raini A

EF617945.1 (Iran A) Najdi (Iran)

AY155721 (india A) EF617965 (Iran A) EF618134 (Italy A) EF617779 (french A) DQ188893 (china D)

EF617701 (Austria D) AY155952.1(india D) EF618217 (Kyrgyzstan D) EF618084(iran G)

EF618535.1(Turkey G) EF617727.1 (Egypt G) DQ121578.1 (china B)

AJ317833(Mongolia B) EF617706.1 (Azerbaijan B)

AB044303.1(Laos B) EF618261.1(Pakistan B)

DQ241349(Sicily F) DQ241351 (Sicily F) AY155708 (india C)

DQ188892.1 (china C) EF618413.1 (spain C)

GQ141240.1(china) KY747796.1Keffa Ethiopian KY747933.1(Ethiopian) KY747738.1(Ethiopian) KY747981.1(Afar Ethiopian) KR059627.1 (najrani) Adani (iran)

KR059616.1 (beshi)

AB162217.1(pakistan)

KR059776.1(Raini) KR059828.1(taleshi)

Najdi (Iran) DQ121602.1(china)

KR059768.1 (najdi) KP164723.1(china)

KP776461.1(pakistan) KR059718.1(khalkhali)

(5)

هدیا یلم شیامه نیلوا یعیبط عبانم و یزرواشک در نیون یها

– هام نابآ 1397

1263

لکش 4 - هیحان یلاوت ساسا رب هدش مسر کیتنژولیف تخرد شور هب یدجن زب داژن ردHVR1

.NJ

Figure4. A phylogenetic tree based on the sequence of HVR1 region of Najdi goat breed using NJ method.

هجیتن یلک یریگ

زب

، فلتخم یاهداژن یکیتنژولیف و یکیتنژ طباور یسررب و دراد عماوج زاین دروم فایلا و تسوپ ،ریش ،تشوگ دیلوت رد یمهم شقن

نیا شرورپ و ظفح هب ینایاش کمک ،ناریا یاهزب یم اهداژن

یپیاتولپاه هورگ رد یدجن زب داژن .دیامن تاعلاطا بسک و دراد رارقA

عیسو تاقیقحت دنمزاین ،رتشیب یکیتنژ رت

یم داژن نیا زا یرتلااب هنومن دادعت اب .دشاب

ینادردق و رکشت سم و مرتحم دیتاسا زا ئ

،نیمار یعیبط عبانم و یزرواشک هاگشناد یشهوژپ نلاو و رکشت لامک

.مراد ینادردق

عبانم

1 - .م ،یلابقا و م ،یسابع .ع ،م ،یداوج ،م .م .س ،یداوج دیس جاح 1388

.ناریا .نارهت .اورس تاراشتنا .ناهج و ناریا یاهزب و اه دنفسوگ یاهداژن سلطا .

2-Chen,S.,Fan,B.,Liu,B.,Yu,M.and Zhao,S.(2006).Genetic variations of 13 indigenous Chinese goat breeds basedon cytochrome b gene sequences . Biochemical Genetics.44:87-97.

3- Colombo, F., Marchisio, E., Pizzini, A. and Cantoni, C. 2002. Identification of the goose species (Anser ancer) in Italian mortara salami by DNA sequencing and a polymerase chain reaction with an original primer pair. Journal of Meat Science 61: 261-294.

4- Kim, K. H. and Lee, J. H. 2002. Phylogenic relationships of Asian and European pig breed determined by mitochondrial DNA D-loop sequence polymorphism. Animal Genetic. 33: 19-25.

5- Naderi S, Rezaei HR, Taberlet P, Zundel S, Rafat SA, Naghash HR, Consortium E (2007) Large- Scale mitochondrial DNA analysis of the domestic goat reveals six haplogroups with high diversity. PLOS one, 2: e 1012.

6- Reicher, S., Seroussi, E., Weller, J. I., Rosov, A. and Gootwine, A. 2012. Ovine mitochondrial DNA sequence variation and its association with production and reproduction traits within an Afec-Assaf flock. J. Anim. 90: 2084-2091.

7- Wallce, DC. 1992. Mitochondrial genetics aparadigm for aging and degenertive diseases. Science. 256: 628-632.

8- Xingbo, Z., Mingxing, C., Ning, L. and Changxin, W. 2000. Parternal inheritance of mitochondrial DNA in the sheep. Sci. China.

44(3): 321-326.