Selama periode Chin (221 – 207 sM) ada gerakan yang tak terelakkan terhadap kemerdekaan berfikir pada akhir tahun Chou, yang ditandai dengan adanya ‘Seratus Aliran’. Dengan diilhami oleh reaksi inilah, maka Kaisar Shih Huang Ti menginginkan pengendalian aliran pemikiran dengan dekritnya yang terkenal jelek, yakni membakar semua karya mereka tentang ketuhanan, pengobatan, dan pertanian. Sebagai akibat dari dekrit ini, maka sebagian besar buku-buku Kong Hu Chu dimusnahkan menjadi abu dan tidak kurang dari 460 ahli-ahli fikir dihukum mati.
Namun dengan bangkitnya dinasti Han (206 sM – 220 M) kebebasan berfikir muncul kembali di China. Tung Chun-shu yang salah satu dari pembaharu terbesar pada awal dinasti Han, mengusulkan kepada Kaisar bahwa kesatuan hanya dapat diperoleh dalam kerajaan bilamana agama Kong Hu Chu diangkat mengatasi aliran-aliran pemikiran yang lain. Universitas China pertama didirikan di ibukota Han, yakni Chang-an untuk menyalurkan jalan- jalan kesucian dari penguasa-penguasa lama, dan meningkatkan perkembangan moral serta intelektual dari Kerajaan”. Alat pengukur lain yang penting untuk mengangkat ajaran Kong Hu Chu ialah mulai diadakan sistem ujian yang berdasarkan lima Kitab Klasik. Tujuan dari ujian-ujian ini ialah untuk menghasilkan pegawai pemerintan yang memiliki integritas pendidikan dan moral serta mengabdi kepada ajaran Kong Hu Chu.
Tung Chung-shu mencoba membangkitkan kembali ajaran yang murni dari Kong Hu Chu tidak sekedar sebagai filsafat, sebagaimana tampak pada perkembangannya belakangan, melainkan juga sebagai agama yang sepenuhnya dengan aspek- aspek kerohanian akhlak dan budaya, bersangkut paut sebanyak
mungkin dengan kehausan jiwa manusia yang abadi untuk keselamatan dan dengan jalan-jalan Tuhan dalam hubungan dengan sesama manusia dan dengan alam semesta seperti juga dengan prinsip-prinsip hubungan yang benar dan keadilan sosial. Dia percaya atas keunggulan manusia bila dibandingkan dengan makhluk-makhluk lainnya terletak dalam kemampuannya untuk menerima Wahyu Ilahi dan meleburkan hubungan pribadi serta wataknya sesuai dengan wahyu tersebut. Katanya:
“Manusia menerima ketentuan dari Tuhan dan karenanya dia lebih unggul dari makhluk lainnya. Makhluk-makhluk lain menderita kesukaran dan kesedihan serta tidak dapat mempraktikkan Jen (kasih sayang) dan Yi (ketulusan), manusia sendiri mempunyai kemampuan melaksanakannya.”7
Pandangan Tung terhadap fitrah manusia adalah seperti suatu kompromi antara pandangan Mencius dan Hsun Tzu. Dia setuju dengan Mencius bahwa sifat dasar manusia berisikan kemampuan untuk berbuat kebajikan, namun dia beranggapan bahwa permulaan ini tidaklah dengan sendirinya, bukti yang cukup bahwa sifat manusia itu selamanya baik karena sifat dasar manusia itu tidak hanya berisi bakatnya melainkan juga perasaannya. Manusia harus menunjukkan kemauan, dan perasaannya kepada perintah-perintah Tuhan agar dia menjadi baik.
Dia juga menekankan hubungan antara tingkah laku manusia dan alam semesta. Perbuatan manusia yang jahat ditunjukkannya akan berakibat bencana dan penyimpangan:
“Mula-mula Tuhan mengirimkan peringatan dan bila setelah diberi peringatan manusia masih belum mau mengerti, maka Dia akan menakutinya dengan kegoncangan-kegoncangan. … Asal usul
7 Chu Chai dan Winberg Chai (penterjemah), Essential Works of Confucianism, Part VIII; Chun Chiu Fan-lu, p. 366
dari segala bencana dan goncangan itu adalah akibat langsung dari dosa-dosa yang ada dalam negeri itu.”8
Ketika kemenangan agama Kong Hu Chu hampir-hampir terjamin pada masa-masa awal dinasti Han, timbullah pada saat yang sama dalam barisan ahli fikir Kong Hu Chu suatu pertentangan yang pahit tentang penafsiran Kitab Klasik dan status pribadi Kong Hu Chu. Aliran Kitab Baru meningkatkan derajat Kong Hu Chu sebagai Tuhan Juru Selamat. Berlawanan dengan pandangan ini Aliran Kitab Lama tetap percaya bahwa Kong Hu Chu hanyalah seorang Nabi dan pahlawan. Namun ternyata aliran Kitab Baru memperoleh keunggulan selama masa itu. Pada tahun 59 suatu awal pemujaan terhadap Kong Hu Chu dimulai ketika Kaisar Ming dari dinasti Han, yang belakangan memerintahkan untuk beribadah kepada Kong Hu Chu, tadinya ditetapkan di Klenteng Lu kemudian ke segenap pemerintahan di kota-kota . Ini jelas menegakkan Kong Hu Chu menjadi dewa pendidik.
Setelah hancurnya dinasti Han, datanglah masa panjang dari kekacauan moral dan politik di China, di mana ajaran Kong Hu Chu seolah-olah kehilangan pegangan di antara para terpelajar. Kebanyakan dari mereka lari ke agama Tao dan agama Buddha untuk mencari ilham. Tetapi usaha untuk melipatgandakan penuhanan kepada Kong Hu Chu semakin menjadi-jadi di kalangan pengikutnya, mungkin ini sebagai kompetisi tajam menghadapi agama-agama saingannya. Pada tahun 178 , patung Kong Hu Chu digunakan untuk pertama kalinya di kelenteng sebagai ganti dari ayat-ayat Kitab Suci. Selanjutnya hal ini diikuti dengan pembuatan patung-patung kayunya pada tahun 505 M. Pada tahun yang sama, kelenteng yang pertama untuk menghormati Kong Hu Chu dibangun di kota Nanking. Ketika China dipersatukan kembali oleh
8 Ibid, p. 365
dinasti Tang pada abad ketujuh, pemujaan terhadap Kong Hu Chu benar-benar telah tegak.
Masa dinasti Sung (960 – 1280) dan dinasti Ming (1368 – 1644) tercatat adanya kebangkitan dan perkembangan aliran Li Hsueh Chia atau aliran penelaahan Li, yang biasa di Barat dikenal sebagai “Neo Confucianism”. Namun pemberian nama tersebut salah, karena tidak ada pemurnian kebangkitan agama Kong Hu Chu. Para ahli Neo Confucianism tak diragukan lagi memang ahli fikir Kong Hu Chu, namun aktivitas intelektual mereka diilhami dan ditentukan oleh spekulasi atas keunggulan guru Ch’an (Zen). Jadi Neo Confucianism adalah semacam penggabuangan atau revisi dari etika, moral, dan kepercayaan masa lampau serta prinsip- prinsip Kong Hu Chu yang seluruhnya telah bercampur dengan agama Buddha dan Tao. Tidak dipungkiri lagi ini adalah satu dan sistem yang paling penting dikembangkan di China. Pengaruh intelekktual yang telah terjadi di China pada masa lampau, kebudayaan dan pemikiran yang telah diambil dari negeri-negeri asing, semuanya membentuk kerangka falsafah ini dan mengkristal di dalamnya.9