M ELALUI
BEBERAPA TEKN I K GEN ETI KA M OLEKULER
D W I SURYAN TO Pr ogr a m St u di Biologi
Fa k u lt a s M a t e m a t ik a da n I lm u Pe n ge t a h u a n Ala m Un ive r sit a s Su m a t e r a Ut a r a
BAB I . PEN D AH ULUAN
I ndonesia m erupak an suat u negara dengan k eanekaragam an hay at i sangat t inggi ( m egabiodiv ersit y) . Kekayaan ini sem akin pent ing art inya sekarang set elah ilm u penget ahuan dan t eknologi m encapai deraj at dengan akselerasi yang belum pernah t erj adi sebelum ny a. Kem aj uan ilm u dan t ek nologi di bidang biot eknologi t elah m em buk a k hasanah baru dalam m em anfaat k an sum ber day a hay at i ini. Sum ber- sum ber gen dari berbagai organism e dapat dilacak dan dipindahk an k e organism e lain unt uk t uj uan perbaikan penam pilan organism e t ersebut ( genet ically m odified organism s) . I ronisnya ket ika banyak negar a m em per lakukan k eanekaragam an hay at i dem ik ian bernilai, m asy arak at k it a belum m em anfaat k anny a secara opt im al. Lebih m engenask an lagi m elihat k eny at aan bahw a di lem baga-lem baga riset sepert i univ ersit as dan badan riset lainny a sering m asih m enganggap keanekaragam an hanya dilihat dalam keseharian saj a sebagai fenot ipe yang t erlihat t anpa m elihat m anfaat y ang dapat diam bil dari k eanekaragam an genot ip y ang sangat t inggi ini. Dalam k eanekaragam an y ang t inggi m eny im pan gen berpot ensi y ang t inggi pula. Sem est iny alah bahw a k it a dapat m elihat k eanekaragam an it u unt uk selanj ut nya m em anfaat kan dem i kepent ingan kem anusiaan.
Keanekaragam an genet ik a dapat t erj adi k arena adany a perubahan nuk leot ida penyusun DNA. Perubahan ini m ungkin dapat m em perngaruhi fenot ipe suat u organism e y ang dapat dipant au dengan m at a t elanj ang, at au m em pengaruhi reak si indiv idu t erhadap lingk ungan t ert ent u. Secara um um k eanekaragam an genet ik dari suat u populasi dapat t erj adi k arena adany a m ut asi, rek om binasi, at au m igrasi gen dari sat u t em pat k e t em pat lain.
Perkem bangan ilm u dan penget ahuan dalam biologi m olekuler, khususnya pada pengkaj ian karakt er bahan genet ik t elah m enghasilkan kem aj uan yang sangat pesat bagi perkem bangan penelaahan suat u organism e dan pem anfaat anny a bagi kesej aht eraan m anusia. Di bidang t aksonom i, sebagai cont oh Avise & Lansm an ( 1983) dan Brow n ( 1983) m engungk apk an peran DNA m it ok ondria ( m t DNA) dalam st udi k eanekaragam an genet ik a dan biologi populasi pada hew an. m t DNA dapat digunakan sebagai penanda genet ika karena ukurannya relat if kecil. Secara um um penggunaan t eknik m olekuler unt uk t uj uan ident ifikasi suat u organism e m em punyai keunggulan sepert i lebih akurat ( paling akurat ?) , lebih cepat , dan unt uk m ikroba dapat m encakup keseluruhan m ikroba t erm asuk yang “ v iable but not y et cult urable” .
Unt uk m enunj ang penget ahuan klasik ( t aksonom i klasik) t ent ang k eanekaragam an hay at i sudah sem est iny a k it a m em ulai pendekat an y ang baru dalam rangka m elihat keanekaragam an ini m elalui penget ahuan biologi m olekuler ini. Selanj ut nya penget ahuan ini dapat digunakan unt uk t uj uan konservasi, dan m enj aga dan m em anfat kan berbagai organism e m ilik bangsa.
didasarkan pada polim orfism e gen secara langsung sepert i Random Am plified Polym or phic DNA ( RAPD) , Rest rict ed Fragm ent Lengt h Polym orphism ( RFLP) , Degradat iv e Gradien Gel Elect rophoresis ( DGGE) , analisis sekuen dan Macro-rest rict ed Fragm ent Lengt h Polym orphism ( MFLP) .
BAB I I . AN ALI SI S D N A
Beberapa t ek nik analisis k eanekaragam an genet ik sepert i RAPD, RFLP, dan DGGE m em but uhk an am plifikasi daerah genom t ert ent u dari suat u organism e. Am plifikasi ini m em but uhkan prim er spesifik ( sekuen oligonukelot ida khusus) unt uk daerah t ersebut . Prim er biasany a t erdiri dari 10- 20 nuk leot ida dan dirancang berdasark an daerah k onserv at if dalam genom t ersebut . Mak in panj ang prim er, m akin harus spesifik daerah yang diam plifikasi. Jika suat u kelom pok organism e m em ang berkerabat dek at , m ak a prim er dapat digunak an unt uk m engam plifikasi daerah t ert ent u y ang sam a dalam genom k elom pok t ersebut . Beberapa fak t or sepert i k onsent rasi DNA cont oh, uk uran panj ang prim er, k om posisi basa prim er, konsent rasi ion Mg, dan suhu hibridisasi prim er harus dikont rol dengan hat i- hat i agar dapat diperoleh pit a- pit a DNA y ang ut uh dan baik.
Keberhasilan t ek nik ini lebih didasarkan k epada k esesuaian prim er dan efisiensi dan opt im asi proses PCR. Prim er y ang t idak spesifik dapat m eny ebabk an t eram plifikasiny a daerah lain dalam genom y ang t idak dij adik an sasaran at au sebalikny a t idak ada daerah genom y ang t eram plifikasi. Opt im asi PCR j uga diperlukan unt uk m enghasilkan karakt er yang diinginkan. Opt im asi ini m enyangkut suhu denat urasi dan annealing DNA dalam m esin PCR. Suhu denat urasi yang rendah dapat m eny ebabk an belum t erbuk any a DNA ut as ganda sehingga t idak dim ungk ink an t erj adiny a polim erisasi DNA baru. Proses penem pelan prim er pada ut as DNA yang sudah t erbuka m em erlukan suhu opt im um , sebab suhu yang t erlalu t inggi dapat m enyebabkan am plifikasi t idak t erj adi at au sebaliknya suhu yang t erlalu rendah m enyebabkan prim er m enem pel pada sisi lain genom yang bukan sisi hom ologny a; ak ibat ny a dapat t eram plifikasi bany ak daerah t idak spesifik dalam genom t ersebut . Suhu penem pelan ( annealing) ini dit ent uk an berdasark an prim er yang digunakan yang dipengaruhi oleh panj ang dan kom posisi prim er. Suhu penem elan ini sebaiknya sekit ar 5°C di baw ah suhu leleh. Secara um um suhu leleh ( Tm ) dihit ung dengan rum us Tm = 4( G+ C) + 2( A+ T)°C ( Ry bick y , 1996) .
Gam bar 1. Hasil elekt roforesis gel m ini hasil am plifikasi gen 16S rRNA.
PCR- RAPD
PCR- RAPD m erupak an salah sat u t ek nik m olek uler berupa penggunaan penanda t ert ent u unt uk m em pelaj ari k eanekaragam an genet ik a. Dasar analisis RAPD adalah m enggunakan m esin PCR yang m am pu m engam plifikasi sekuen DNA secara in v it ro. Tek nik ini m elibat k an penem pelan prim er t ert ent u y ang dirancang sesuai dengan k ebut uhan. Tiap prim er boleh j adi berbeda unt uk m enelaah k eanekaragam an genet ik kelom pok yang berbeda. Penggunaan t eknik RAPD m em ang m em ungkinkan unt uk m endet eksi polim orfism e fragm en DNA yang diseleksi dengan m enggunakan sat u prim er arbit rasi, t erut am a k arena am plifikasi DNA secara in v it ro dapat dilak uk an dengan baik dan cepat dengan adany a PCR.
Penggunaan penanda RAPD relat if sederhana dan m udah dalam hal preparasi. Tek nik RAPD m em berikan hasil y ang lebih cepat dibandingk an dengan t ek nik m olekuler lainnya. Teknik ini j uga m am pu m enghasilkan j um lah karakt er yang relat if t idak t erbat as, sehingga sangat m em bant u unt uk keperluan analisis k eanekaragam an organism e y ang t idak dik et ahui lat ar belak ang genom ny a. Pada t anam an t ahunan RAPD dapat digunakan unt uk m eningkat kan efisiensi seleksi aw al.
[image:3.612.137.479.71.294.2]Gam bar 2. Hasil am plifikasi DNA kelapa Genj ah Jom bang m enggunakan prim er OPA- 18. M = 1kb LADDER ( dar i Hayat i et al., 2000)
PCR- RFLP
Tek nik ini m irip dengan RAPD pada prinsip penggunaan prim er. Unt uk m elihat polim orfism e dalam genom organism e digunak an j uga suat u enzim pem ot ong t ert ent u ( rest rict ion enzym es) . Karena sifat nya yang spesifik, m aka enzim ini akan m em ot ong sit us t ert ent u y ang dik enali oleh enzim ini. Sit us enzim pem ot ong dari genom suat u kelom pok organism e yang kem udian berubah karena m ut asi at au berpindah k arena genet ic rearrangem ent dapat m eny ebabk an sit us t ersebut t idak lagi dikenali oleh enzim , at au enzim rest riksi akan m em ot ong daerah lain yang berbeda. Proses ini m enyebabkan t erbent uknya fragm en- fragm en DNA yang berbeda ukurannya dari sat u organism e ke organism e lainnya. Polim orfism e ini selanj ut nya digunakan unt uk m em buat pohon filogeni/ dendogram kekerabat an kelom pok.
Teknik RFLP sering digunakan unt uk m enget ahui perbedaan j enis bakt eri m isalnya berdasarkan gen ribosom al DNA ( cont oh 16S- rRNA) . Oleh karenanya t eknik ini seringkali pula disebut ARDRA ( am plified ribosom al DNA rest rict ion analy sis) . Penggunaan t eknik PCR- RFLP t elah pula m am pu secara m engesankan m engungkap k eanekaragam an genet ik m ik roba y ang t idak dapat dik ult urk an di laborat orium . Dengan m enggunakan t eknik isolasi DNA dari lingkungan yang kem udian dilanj ut kan dengan am plifikasi dengan m enggunakan prim er spesifik unt uk 16S- rRNA t elah dapat diungk ap adany a j enis- j enis m ik roba baru. Dengan m enggunak an prim er t ert ent u, t ek nik ini j uga dapat digunak an unt uk gen- gen lain y ang ada dalam cont oh lingkungan.
Pem ilihan DNA ribosom unt uk t uj uan ident ifikasi suat u organism e didasarkan pada:
• Secara fungsional dan evolusioner m em iliki sifat hom olog dari berbagai orgenism e yang berbeda
• Molekul purba dengan st rukt ur dan sekuen nukelot ida sangat konservat if
• Sangat bany ak di dalam sel
• Cukup besar unt uk m em ungkinkan uj i st at ist ik perbedaan- perbedaannya sat u sam a lain
[image:4.612.100.512.71.299.2]Gam bar 3. Pem ot ongan plasm id rek om binan gen 16S rRNA dengan RsaI ( dari Desiliyarni, 1999) .
PCR- AN ALI SI S SEKUEN
Analisis sek uen m erupak an suat u t ek nik y ang dianggap paling baik unt uk m elihat k eanekaragam an hay at i suat u k elom pok organism e. Tek nik ini berkem bang set elah orang m encipt akan m esin DNA sequencer. Pada prinsipny a polim orfism e dilihat dari urut an at au sekuen DNA dari fragm en t ert ent u dari suat u genom organism e. Unt uk m elihat keanekaragam an j enis dapat dilakukan m elalui analisis sek uen gen 16S- rRNA bagi organism e prokary ot a at au 18S- rRNA bagi organism e eukaryot a. Perbandingan sekuen rRNA m erupakan alat yang baik unt uk m endeduksi hubungan filogeni dan evolusi di ant ara organism e bact eria, archaebact eria, dan eukaryot ( Weisburg et al., 1991) .
Gen- gen penghasil enzim t ert ent u m isalny a dapat j uga dibandingk an berdasark an sek uen m erek a. Saat ini basis dat a ( dat a- base) unt uk banyak gen 16S-rRNA dan 18S- 16S-rRNA t ersedia dan disim pan m isalny a dalam Gene- Bank , dan dapat diakses m isalnya m elalui ht t p: / / / w w w .ebi.ac.uk. Dem ikian j uga unt uk banyak gen penghasil enzim pent ing dan beberapa sek uen lainny a.
Tabel 1. Cont oh beberapa sek uen 16S rRNA hasil sek uensing.
• Sek uen gen 16S rRNA bak t eri fot osint et ik anoksigenik DS- 1
[image:5.612.129.482.70.370.2]AAGATAATGA CGGTACCGCA AGAATAAGCC CCGGCTAACT TCGTGCCAGC AGCCGCGGTA ATACGAAGGG GGCTAGCGTT GCTCGGAATC ACTGGGCGTA AAGGGTGCGT AGGCGGGTTT CTAAGTCAGA GGTGAAAGCC TGGAGCTCAA CTCCAGAACT GCCTTTGATA CTGGAAGTCT TGAGTATGGC AGAAGTGAGT GGAACTGCGA GTGTAGAGGT GAAATTCGTA GATATTCGCA AGAACACCAG TGGCG
• Sek uen gen 16S rRNA bak t eri fot osint et ik anoksigenik DS- 4
AGGCTTATAC TCACAGGCAG ACGGGTGAGT AACGCGTGGG AACGTACCTT TTGGTTCGGA
GCAACACAAG GAAACTTGTG CTAATACCGG ATTAGCCCTT ACGGGGAAAG ATGTATGGCG
GAAGACTCGG CCCGCGTGAG ATTAGCTATT TGGCGAGGTA ACTGGCCTAC CAAGGCGACG
ATCATTAGCT GGTCTGAGAG GATGATCACA CACTTGTGAC TGAACCACGG TCCAAACTCN
TACGGGAGCA GTTGTGGGGA GTATTTGCCA ATGGGCGAAA GCCTCTTCCA CACATGCCGT
ATCAATGATG AAGGCCATAC GGTTGTCAAG GTCTTTTGGG CTAAAAGTTA ATCACTGCGC ATTAAGAATA ATGCCGGGAC AACTTCATGC CATACTTCTT GGGTATACCA AGGGGGATAG
CGCTGGTCTT AACCACTGAC CGTTAATGCT GACTGAGAGG GCTTTAAAAC CCGAGGGGCA
TGCCTGGACC CCCACCACGG ATCTGTCTTT
• Sek uen gen 16S rRNA bak t eri fot osint et ik anoksigenik Cas- 13
GAAGGGCCTT CATACGTCAG TGGCAGACGG GTGAGTAACG CGTGGGAACG TACCTTTTGG TTCGGAACAA CACAGGGAAA CTTGTGCTAA TACCGGATAA GCCCTTACGG GGAAAGATTT ATCGCCGAAA GATCGGCCCG CGTCTGATTA GCTAGTTGGT GAGGTAATGG CTCACCAAGG CGACGATCAG TAGCTGGTCT GAGAGGATGA TCAGCCACAT TGGGACTGAG ACACGGCCCA AACTCCTACG GGAGGCAGCA GTGGGGAATA TTGGACAATG GGCGAAAGCC TGATCCAGCC ATGCCGCGTG AGTGATGAAG GCCCTAGGGT TGTAAAGCTC TTTTGTGCGG GAAGATAATG ACGGTACCGC AAGAATAAGC CCCGGCTAAC TTCGTGCCAG CAGCCGCGGT AATACGAAGG GGGCTAGCGT TGCTCGGAAT CACTGGGCGT AAAGGGTGCG TAGGCGGGTT TCTAAGTCAG AGGTGAAAGC CTGGAGCTCA ACTCCAGAAC TGCCTTTGAT ACTGGAAAGT CTTGAGTATG GCAGAAGTGA GTGGAACTGC CaAGTGTAGA GGTGAAATTC GTAGATATTC GCAAGAACAC CAGTGGCGAA GGCGGCTCAC TGGCCATTAC TGACGCTGAG GCCGAAAGCG TGGGGAT
( dari Suryant o, 2001) . PCR- D GGE
Gam bar 4. Denat uring Gradient Gel Elect rophoresis ( DGGE)
M FLP
Pada prinsipny a sem ua t ek nik pem isahan DNA, m isalny a pada RFLP dan RAPD, m enggunak an suat u t ek nik elekt roforesis m edan list rik t et ap dan sat u arah ( konfigurasi horizont al) dengan m edia agarose at au akrilam id. Gel agarose m em iliki k apasit as pem isahan y ang lebih rendah dibandingk an dengan gel ak rilam id, t et api m em ilik spekt rum pem isahan yang lebih besar. Teknik elekt roforesis gel agarose konvensional ini biasanya digunakan unt uk m em isahkan fragm en DNA dengan uk uran relat if k ecil dengan uk uran sek it ar 200 bp sam pai k ira- k ira 50 k b. Fragm en dengan uk uran di at as 50 k b t idak lagi dapat dipisahk an dengan baik dengan m enggunakan t eknik ini. Fragm en- fragm en ini akan bergerak dalam kecepat an yang sam a dalam gel agarosa. Bat as kem am puan linier t ersebut m elam paui ukuran pori-pori gel. Agar dapat t erpisah fragm en harus bergerak dari uj ung k e uj ung ( end- on) .
Masalah ini ak hirny a dapat diat asi oleh Schw art z dan Cant or ( 1984) y ang m em perk enalkan t ek nik pulsed field gel elect rophoresis ( PFGE) . Dengan t eknik ini m olekul DNA secara periodik m erubah arah m igrasi selam a elekt roforesis. Beberapa t ek nik PFGE t elah diperkenalk an, y ait u field inv ersion gel elect rophoresis ( FI GE) , cont our clam ped hom ogenous elect ric field ( CHEF) , dan program m able, aut onom ously cont rolled elect rode gel elect rophoresis ( PAGE) .
Berbeda dengan t eknik elekt roforesis lainnya, yang sering m engisolasi DNA dalam cairan, t eknik PFGE ini m em but uhkan DNA yang kurang lebih ut uh. I solasi DNA dalam cairan seringkali m enyebabkan DNA t erpot ong- pot ong dengan ukuran rat a- rat a k urang dari 1000 k b. Unt uk k eperluan PFGE genom suat u organism e biasanya diisolasi ut uh dengan cara m em erangkap sel dalam agarose. Pem ecahan dan pem urnian DNA selanj ut nya dilakukan secara in sit u.
[image:7.612.131.484.74.297.2]Gam bar 5. Profil MFLP genom t ot al bak t eri fot osint et ik anoksigenik DS- 1, DS- 4, dan Cas- 13 yang dipot ong dengan AseI . M = genom t ot al Rhodobact er sphaeroiides 2.4.1.
BAB I I I . AN ALI SI S KEAN EKARAGAM AN
Pit a- pit a DNA yang dihasilkan karena polim orfism e m elalui elekt roforesis dapat dianalisis. Unt uk m elihat k eanekaragam an genet ik dari suat u k elom pok organism e ini dan unt uk m enem pat k anny a pada posisi- posisi t ert ent u dalam pohon filogeni t elah dim anfaat k an beberapa program st at ist ik k husus sepert i NT- Sy s dan Treecon. Bobot m olek ul dari pit a- pit a y ang t erbent uk dianggap sebagai v ariabel y ang digunakan unt uk m em bedakan sat u organism e dengan organism e lain. Dengan cara ini dapat dibuat k esepak at an biner, sepert i j ik a ada pit a pada suat u posisi berat m olek ul dianggap bernilai 1, j ik a t idak ada bernilai 0.
Tabel 2. Cont oh biner unt uk analisis kekerabat an. 33
M
110101101100100000000110111001010 DS- 1
000100011100011110101010010110111 DS- 4
001000001011111101111010111001110 Cas- 13
000010000110110110111101110111010
[image:8.612.89.503.73.381.2]Gam bar 6. Pohon filogeni profil MFLP dari bak t eri fot osint et ik anoksigenik DS- 1, DS- 4, dan Cas- 13 yang dipot ong dengan AseI . Angk a pada garis pohon m enunj ukkan nilai boot st rap ( Suryant o et al. 2002) .
Sedikit berbeda dengan analisis pit a- pit a yang dihasilkan m elalui elekt roforesis, analisis sekuen DNA m enganalisis polim orfism e berdasarkan urut an sekuen DNA m isalnya sekuen DNA ribosom . Pada analisis ini biasanya dilakukan perbandingan langsung nukleot ida penyusun gen t ersebut . Program penyusunan perbandingan nukleot ida ini m isalnya Clust alW ada pada h t t p:/ / / w w w .e bi.a c.u k Tabel 3. Cont oh hasil analisis dengan m enggunakan Clust al W.
7 300
coli ATCCTGGCTC AGATTGAACG CTGGCGGCAG GCCTAACACA TGCAAGTCGA sphaeroide - - - - - AATGAACG CTGGCGGCAG GCCTAACACA TGCAAGTCGA DS- 1 - - - - - - - - - - - - - - - G
Cas- 13 - - - - - - - - - - - - - - - GA
palust ris - - - - - AGCGAACG CTGGCGGCAG GCTTAACACA TGCAAGTCGA DS- 4 - - - - - - - - - AG GCTTA- TACT CACA- - -
ACGGTAACAG GAAACAGCTT GCTGCTTTGC TGACGAGTGG CGGACGGGTG GCGA- - - - - - AGTCT TCGGACTT- - - - - AGCGG CGGACGGGTG
A- GG- - - - - - GCGT - - TCATACGT C- - - - AGTGG CAGACGGGTG A- GG- - - - - - GCCT - - TCATACGT C- - - - AGTGG CAGACGGGTG ACGG- - - - - - GCGT AGCAATACGT C- - - - AGTGG CAGACGGGTG - - - - - - - - - - - - GG CAGACGGGTG
AGTAATGTCT GGGAAACTGC CTGATGGAGG GGGATAACTA CTGGAAACGG AGTAACGCGT GGGAACGTGC CCTTTGCTTC GGAATAGCCC CGGGAAACTG AGTAACGCGT GGGAACGTAC CTTTTGGTTC GGAACAACAC AGGGAAACTT AGTAACGCGT GGGAACGTAC CTTTTGGTTC GGAACAACAC AGGGAAACTT AGTAACGCGT GGGAACGTAC CTTTTGGTTC GGAACAACAC AGGGAAACTT AGTAACGCGT GGGAACGTAC CTTTTGGTTC GGAGCAACAC AAGGAAACTT
10%
Rhodobacter sphaeroides 2.4.1 DS-4
Cas-13
DS-1 100
[image:9.612.121.418.137.295.2]TAGCTAATAC CGCATAACGT CGCAAGACCA AAGAGGGGGA CCTTCGGGCC GGAGTAATAC CG- - - AATGT - - - GCCCT ACGGGGGAAA - - - GATT
GTGCTAATAC CGGATAA- - - - - - GCCCT TACGGGGAAA - - - GATT GTGCTAATAC CGGATAA- - - - - - GCCCT TACGGGGAAA - - - GATT GTGCTAATAC CGGATAA- - - - - - GCCCT TACGGGGAAA - - - GATT GTGCTAATAC CGGATTA- - - - - - GCCCT TACGGGGAAA - - - GATG
TCTTGCCATC GGATGTGCCC AGATGGGATT AGCTAGTAGG TGGGGTAA- C TATCGGCAAA GGATCGGCCC GCGTTGGATT AGGTAGTTGG TGGGGTAA- T TATCGCCGAA AGATCGGCCC GCGTCTGATT AGCTAGTTGG TGAGGTAA- T TATCGCCGAA AGATCGGCCC GCGTCTGATT AGCTAGTTGG TGAGGTAA- T TATCGCCGAA AGATCGGCCC GCGTCTGATT AGCTAGTTGG TGAGGTAA- T TATGGCGGAA GACTCGGCCC GCGTGAGATT AGCTATTTGG CGAGGTAACT
GGCTCACCTA GGCGACGATC CCTAGCTGGT CTGAGAGGAT GACCAGCCAC GGCCTACCAA GCCGACGATC CATAGCTGGT TTGAGAGGAT GATCAGCCAC GGCTCACCAA GGCGACGATC AGTAGCTGGT CTGAGAGGAT GATCAGCCAC GGCTCACCAA GGCGACGATC AGTAGCTGGT CTGAGAGGAT GATCAGCCAC GGCTCACCAA GGCGACGATC AGTAGCTGGT CTGAGAGGAT GATCAGCCAC GGCCTACCAA GGCGACGATC ATTAGCTGGT CTGAGAGGAT GATCA- - CAC
( dari Suryant o, 2001) .
Hasil analisis Clust alW selanj ut ny a dapat dibuat pohon filogeni dengan program Treecon, sepert i gam bar di baw ah.
Gam bar 7. Dendogram bak t eri st rain DS- 1, DS- 4, dan Cas- 13 dan kerabat nya ( dari Suryant o et al. 2001) .
BAH AN BACAAN
Av ise, J.C. & R.A. Lansm an. 1983. Polym orphism of m it ochondrial DNA in populat ions of higher anim als. I n. Evolut ion of genes and prot eins. Ed. M.Nei & R.K. Hoehn. Sunderland: Sinaeuer Associat es I nc. Publ. pp. 147- 164.
Brow n, W.M. 1983. Evolut ion of anim al m it ochondrial DNA. I n. Evolut ion of genes and prot eins. Ed. M.Nei & R.K. Hoehn. Sunderland: Sinaeuer Associat es I nc. Publ. pp. 62- 88.
Desiliyarni, T., A. Suw ant o, M.T. Suhart ono & T. Purw adaria. 1999. Genet ic div ersit y analysis of t herm ophilic bact eria from Candradim uka Crat er in Cent ral Java em ploying PCR- RFLP of 16S- rRNA gene. Biot ropia 14: 1- 9.
Hiller, A.J. & B.E. Davidson. 1994. The use of pulsed field gel elct rophoresis for m icrobial st rain ident ificat ion. Aust ralasian Biot ecnol. 4: 167- 168.
Ry bick y , E.P. 1996. PCR prim er design and react ion opt im isat ion. I n Molecular Biology Techniques Manual. Ed. V.E. Coyne, M.D. Jam es, S.J. Reid & E.P. Ry bicki. Dept .of Microbiology . Univ. Cape Tow n.
Marchesi, J.R., T. Sat o, A.J. Weight m an, T.A. Mart in, J.C. Fry , S.J. Hiom & W.G. Wade. 1998. Design and evaluat ion of useful bact erium - specific PCR prim ers t hat am plify genes coding for bact erial 16S rRNA. Appl. Env ironm . Microbiol. 64: 795- 799.
Escherichia coli
Rhodobacter sphaeroides IL 106
DS-4 Cas-13
DS-1
100
100
[image:11.612.93.489.81.324.2]Suryant o, D. 2001. Select ion and charact erizat ion of bact erial isolat es for m onocyclic arom at ic degradat ion. Disert asi. I PB Bogor.
Suryant o, D. & A. Suw ant o. 2001. Charact erizat ion of t hree benzoat e degrading anoxygenic phot osynt het ic bact eria isolat ed from t he environm ent . Biot ropia 17: 9- 17.
Suryant o, D. & A. Suw ant o. 2002. Effect of pH and NaCl concent rat ion on benzoat e ut ilizat ion of anoxygenic phot osynt het ic bact eria. J. Mikrobiol. I ndon. 7. ( in press) .
