TESIS
POLYMERASE CHAIN REACTION MEMILIKI
POSITIVITY
RATE LEBIH TINGGI
DARIPADA KULTUR URINE DALAM
MENDIAGNOSIS
ETIOLOGI
BAKTERIAL
PROSTATITIS DI
RUMAH SAKIT SANGLAH DENPASAR 2015
BRAMASTHA AIRES ROSADI OGGY
PROGRAM PASCA SARJANA
UNIVERSITAS UDAYANA
DENPASAR
2015
TESIS
POLYMERASE CHAIN REACTION MEMILIKI
POSITIVITY
RATE LEBIH TINGGI DARIPADA KULTUR URINE DALAM
MENDIAGNOSIS ETIOLOGI BAKTERIAL PROSTATITIS DI
RUMAH SAKIT SANGLAH DENPASAR 2015
DISUSUN OLEH :
BRAMASTHA AIRES ROSADI OGGY NIM 0914028205
PROGRAM MAGISTER ILMU BIOMEDIK
PENDIDIKAN PROFESI DOKTER SPESIALIS – I
PROGRAM STUDI ILMU BEDAH
PROGRAM PASCASARJANA
UNIVERSITAS UDAYANA
DENPASAR
POLYMERASE CHAIN REACTION MEMILIKI
POSITIVITY
RATE LEBIH TINGGI DARIPADA KULTUR URINE DALAM
MENDIAGNOSIS ETIOLOGI BAKTERIAL PROSTATITIS DI
RUMAH SAKIT SANGLAH DENPASAR 2015
Tesis untuk Memperoleh Gelar Magister
Pada Program Magister, Program Studi Ilmu Biomedik, Program Pascasarjana Universitas Udayana
BRAMASTHA AIRES ROSADI OGGY NIM 0914028205
PROGRAM MAGISTER
PROGRAM STUDI ILMU BIOMEDIK
PROGRAM PASCASARJANA
UNIVERSITAS UDAYANA
DENPASAR
2015
Lembar Pengesahan
TANGGAL 12 Juni 2015
Pembimbing I, Pembimbing II,
dr.Gede Wirya Kusuma Duarsa,M.Kes.,Sp.U Dr.dr.Tjokorda G.B.Mahadewa,M.Kes.,Sp.BS(K)Spinal NIP 196809252005011001 NIP 197409061002121001
Mengetahui
Ketua Program Studi Ilmu Biomedik Direktur
Program Pascasarjan Program Pascasarjana Universitas Udayana, Universitas Udayana,
Dr.dr.Gde Ngurah Indraguna Pinatih,M.Sc.Sp.GKProf.Dr.dr.A.A. Raka Sudewi, SpS(K) NIP 195805211985031002 NIP 195902151985102001
Tesis Ini Telah Diuji pada Tanggal 12 Juni2015
Panitia Penguji Tesis Berdasarkan SK Rektor Universitas Udayana No:1585/UN14.4/HK/2015, Tanggal: 4 Juni 2015
Penguji Ujian Tesis adalah :
1. dr. Gede Wirya Kusuma Duarsa, M.Kes., SpU
2. Dr. dr. Tjokorda Gede Bagus Mahadewa, M.Kes., SpBS(K)Spinal 3. Dr. dr. Anak Agung Gede Oka, SpU
4. Dr. dr. Nyoman Golden, SpBS(K)Neuroonkologi 5. dr. I Ketut Wiargitha, SpB(K)Trauma
UCAPAN TERIMA KASIH
Saya panjatkan puji syukur kepada Tuhan Yang Maha Esa atas berkat dan rahmat – Nya, sehingga saya dapat menyelesaikan karya tulis dengan judul “Polymerase Chain Reaction Memiliki Positivity Rate Lebih Tinggi daripada
Kultur Urine dalam Mendiagnosis Etiologi Bakterial Prostatitis di Rumah Sakit Sanglah Denpasar 2015”.
Karya tulis ini adalah salah satu persyaratan dalam menempuh Program Pendidikan Dokter Spesialis (PPDS) Bedah Umum di Departemen/SMF Bedah Fakultas Kedokteran Universitas Udayana/RSUP Sanglah Denpasar.
Terima kasih yang tak terhingga dan penghargaan yang setinggi – tingginya saya haturkan kepada :
dr. Gede Wirya Kusuma Duarsa, Mkes, SpU selaku pembimbing utama penelitian yang dengan penuh perhatian dan kesabaran telah memberikan inspirasi, bimbingan, dan nasehat sehingga mempermudah saya dalam menyelesaikan karya tulis ini.
Dr. dr. Tjokorda Gede Bagus Mahadewa, Mkes, SpBS(K)Spinal selaku pembimbing metodologi dan statistik dalam penelitian ini yang telah memberikan bimbingan dan masukan untuk memperlancar penyelesaian karya tulis ini.
Prof. Dr. dr. Sri Maliawan, SpBS(K) selaku Kepala Departemen/SMF Bedah Fakultas Kedokteran Universitas Udayana/RSUP Sanglah Denpasar, yang telah memberikan kesempatan kepada saya untuk mengikuti Program Pendidikan
Dokter Spesialis di program studi Bedah Umum.
dr. Ketut Wiargitha, SpB(K) Trauma selaku Ketua Program Studi Ilmu Bedah Fakultas Kedokteran Universitas Udayana/RSUP Sanglah Denpasar dan dr. Putu Anda Tusta Adiputra, SpB(K)Onk. sebagai Sekretaris Program Studi Ilmu Bedah Fakultas Kedokteran Universitas Udayana/RSUP Sanglah Denpasar yang memberikan dukungan dan semangat dalam menyelesaikan pendidikan.
dr. Ida Bagus Darma Putra, SpB – KBD dan Seluruh Staf Pengajar Departemen / SMF Bedah Fakultas Kedokteran Universitas Udayana / RSUP Sanglah Denpasar sebagai guru dan teladan saya yang dengan penuh dedikasi dan kesabaran telah banyak memberikan bimbingan dan dukungan kepada saya selama mengikuti pendidikan Bedah Umum dan dalam menyelesaikan karya tulis ini.
Dr. dr. Gde Ngurah Indraguna Pinatih, M.Sc, Sp.GK, selaku Ketua Program Studi Ilmu Biomedik yang telah memberikan kesempatan mengikuti program Combined Degree.
dr. Anak Ayu Sri Saraswati, MKes selaku Direktur Utama RSUP Sanglah Denpasar yang telah memberikan kesempatan kepada saya untuk belajar di lingkungan rumah sakit yang beliau pimpin.
Prof. Dr. dr. Ketut Suastika, SpPD–KEMD, selaku rektor Universitas Udayana yang telah memberikan kesempatan belajar di universitas yang beliau pimpin.
Sarjana Universitas Udayana yang telah memberikan saya kesempatan untuk mengikuti pendidikan combined degree di program yang beliau pimpin.
Prof. Dr. dr. Putu Astawa, SpOT(K) selaku Dekan Fakultas Kedokteran Universitas Udayana yang telah memberikan saya kesempatan untuk mengikuti pendidikan spesialis Bedah Umum di fakultas yang beliau pimpin.
Orang tua saya, Sutopo Sambudi, Roos Samsiyati, Ketut Suryanaya, dan Putu Sundari, istri saya dr. Putu Ratih Dian Pardani, SpU dan putra saya Atyananda Raihaan Bratandara Rosadi atas cinta kasih, motivasi, dan dukungan yang tiada henti selama saya menjalani pendidikan spesialis ini
dr. Melati Wibawa Putri, SpB, dr. Rika Lesmana, dan dr. Ida Ayu Putranti, serta seluruh rekan PPDS I Bedah Umum atas kerjasama, dukungan dan bantuannya dalam proses penelitian serta selama proses pendidikan
Seluruh staf dan paramedis di Instalasi Bedah Sentral RSUP Sanglah, seluruh staf sekretariat Bedah, serta paramedis di Instalasi Rawat Inap Bedah, Instalasi Rawat Jalan Bedah, dan staf bagian Mikrobiologi RSUP Sanglah Denpasar.
Akhir kata, semoga karya tulis ini dapat bermanfaat,dan mohon maaf atas segala kekurangan.
Denpasar, Mei 2015
ABSTRAK
Polymerase Chain Reaction Memiliki Positivity Rate Lebih Tinggi Daripada
Kultur Urine Dalam Mendiagnosis Etiologi Bakterial Prostatitis Di Rumah Sakit Sanglah Denpasar 2015
Penelitian terbaru menghubungkan antara Benign Prostatic Hyperplasia (BPH) dengan prostatitis kronis. Nyeri panggul yang bersifat kronis adalah gejala utama dari BPH yang diikuti oleh prostatitis. Standar baku emas diagnosis etiologi dari prostatitis adalah kultur urine, tetapi angka negatifitas masih tinggi. Polymerase Chain Reaction (PCR) dapat mengenali bakteri pada level DNA. Penelitian ini bertujuan untuk membandingkan pemeriksaan PCR dengan kultur urine sebagai alat diagnosis teiologi prostatitis.
12 sampel penelitian dikumpulkan bersamaan dengan prosedur TURP di Rumah Sakit Sanglah Denpasar Bali mulai bulan Februari – Mei 2015. Semua sampel telah didiagnosis prostatitis secara klinis dan telah menjalani pemeriksaan kultur urine. Spesimen prostat yang diambil melalui TURP dikirim ke bagian patologi anatomi untuk mendiagnosa secara histopatologis dan PCR untuk mendiagnosis secara etiologi.
Pemeriksaan histopatologi telah mendiagnosa 12 sampel sebagai prostatitis, ke 12 sampel ini telah menjalani permeriksaan PCR dan memberikan hasil 10 sampel positif (6 sampel E. coli, 2 adalah C. trachomatis, dan 2 terakhir adalah N. gonorrheae serta P. aeruginosa). 9 sampel dinyatakan positif oleh pemeriksaan kultur urine yaitu 6 adalah E. coli, sementara yang lain adalah P. aeruginosa, M. morganii dan A. haemolyticus.
Diagnosis etiologi memegang peranan penting pada kasus prostatitis. Pemeriksaan PCR dapat mendiagnosa pada level DNA dan dapat mengidentifikasi pada kultur urine yang negatif. Kombinasi dari kedua pemeriksaan ini memberikan sarana diagnosis etiologi yang lebih baik sehingga terapi prostatitis akan lebih tepat.
ABSTRACT
Polymerase Chain Reaction Has Higher Positivity Rate Compared to Urine Culture in Detecting Etiological Causes of Bacterial Prostatitis on Sanglah
General Hospital Denpasar 2015
Benign Prostatic Hyperplasia (BPH) has been correlated with chronic prostatitis according recent study. Chronic pelvic pain is the chief complain of BPH followed by prostatitis. The gold standard of the etiological diagnosis is urine culture, but the negativity rate is still high. Polymerase chain reaction (PCR) as a diagnostic tool in search of etiological causes could identify microorganism on DNA level. This research aims to find out the role of multiplex polymerase chain reaction as diagnostic tools on prostatitis patients.
A total of 12 samples collected during the TURP procedure in Sanglah General Hospital Denpasar – Bali from February until May 2015. All of the samples has been diagnosed prostatitis clinically and perform urine culture test. The prostate specimen taken was sent to the Pathological anatomy for histopathology diagnostic and underwent PCR for etiologic diagnostic.
12 samples has been declared as prostatitis based on histopathology
examination, and then were analyzed using PCR. 10 samples were positive (6 were E. coli, 2 were C. trachomatis, the rest were N. gonorrheae and P. aeruginosa). The urine culture revealed 9 positive, within the result 6 were E. coli, and the others were P. aeruginosa, M. morganii and A. haemolyticus.
In prostatitis patient, the etiological diagnostic was important. PCR as
diagnostic tools could detect the microorganism on a negative urine culture. The combination of the urine culture test and PCR revealed a better result on etiologic diagnosis which leads to a better management of the disease.
DAFTAR ISI
JUDUL ……….... i
LEMBAR PENGESAHAN ……… ii
LEMBAR BUKTI UJI TESIS …………...………. iii
LEMBAR PERSYARATAN GELAR ...……… iv
LEMBAR BEBAS PLAGIAT ……… v
UCAPAN TERIMA KASIH ……….. vi
ABSTRAK ………..……… ix
DAFTAR ISI ………. xi
DAFTAR GAMBAR ……….…. xiv
DAFTAR TABEL ……..………..….. xv
DAFTAR SINGKATAN ………..……….. xvi
DAFTAR LAMPIRAN ……….. xviii
BAB I PENDAHULUAN ……….. 1
1.1 Latar Belakang Masalah ……….. 1
1.2 Rumusan Masalah ………... 4 1.3 Tujuan Penelitian ………. 4 1.3.1 Tujuan Umum ……….. 4 1.3.2 Tujuan Khusus ………... 4 1.4 Manfaat Penelitian ………... 4 1.4.1 Manfaat Akademis ………... 4 1.4.2 Manfaat Praktis ……… 5
BAB II KAJIAN PUSTAKA ………. 6
2.1 Benign Prostate Hyperplasia ……… 6
2.1.1 Insiden & Epidemiologi ……….. 6
2.1.2 Anatomi ………... 7
2.1.3 Etiologi ………..…….. 8
2.1.4 Patologi ………..…………. 13
2.1.6 Gejala Klinis ……… 15 2.1.7 IPSS ………...……….. 15 2.1.8 Pemeriksaan Klinis ………. 17 2.1.9 Pemeriksaan Laboratorium ………. 18 2.1.10 Pencitraan ……….. 18 2.1.11 Diagnosa Banding ………. 19 2.1.12 Penatalaksanaan ……… 20 2.2 Prostatitis ………. 26 2.2.1 Klasifikasi ………...………. 27
2.2.1.1 Prostatitis Bakterial Akut ……… 28
2.2.1.2 Prostatitis Bakterial Kronis ………. 29
2.2.1.3 Prostatitis Non Bakterial ………. 30
2.3 Kultur Urin .……..……….. 31
2.4 Polymerase Chain Reaction ………. 35
2.4.1 Sejarah ……….……… 35
2.4.2 Prinsip ……….……… 36
2.4.3 Prosedur ………...……… 37
2.4.4 Optimasi Polymerase Chain Reaction ………...39
2.4.5 Polymerase Chain Reaction sebagai Sarana Diagnosa ... 43 BAB III KERANGKA KONSEP ……….………. 45
3.1 Kerangka Berpikir dan Konsep Penelitian ………..44
3.2 Hipotesa Penelitian ………...……… 45
BAB IV METODE PENELITIAN ……….……… 46
4.1 Rancangan Penelitian ………..……… 46
4.2 Tempat dan Waktu Penelitian ………. 47
4.3 Populasi dan Sampel Penelitian ……….. 47
4.3.1 Kriteria Inklusi ……… 47
4.3.2 Kriteria Eksklusi ………. 48
4.5 Variabel Penelitian ……….. 48
4.6 Definisi Operasional ……… 49
4.7 Prosedur Penelitian ……….. 50
4.8 Alur Penelitian ………. 51
4.9 Analisa Statistik ………... 51
BAB V HASIL PENELITIAN ……….……….. 53
BAB VI PEMBAHASAN ……….……….……… 56
6.1 Karakteristik Penderita BPH dengan Prostatitis ………..………56
6.2 Kultur Urine sebagai Sarana Diagnostik Etiologi Bakterial Prostatitis …….. 56 6.3 PCR sebagai Sarana Diagnostik Etiologi Bakterial Prostatitis ………... 57 6.4 Perbandingan Hasil Kultur Urine dan PCR Sebagai Sarana Diagnostik Etiologi Bakterial Prostatitis ….………... 58
BAB VII SIMPULAN DAN SARAN ...……….……… 61
DAFTAR PUSTAKA ………... 63
DAFTAR GAMBAR
Gambar 2.1 Penampang Anatomis Prostat ……….. 1 3
Gambar 2.2 Kuesioner IPSS menurut American Urology Association ………..1 7
Gambar 2.3 Rekomendasi Medikamentosa pada Kasus BPH ………...2
1
Gambar 2.4 Tehnik Operasi pada TURP Tahap Pertama Dimulai dari Bladder
Neck di Arah Jam 12 ………...2 2
Gambar 2.5 Tehnik Operasi pada TURP Tahap Kedua pada Porsi Tengah
Dimulai dari Arah Jam 12 Menuju Arah Jam 9 ………...
2 3
Gambar 2.6 Tehnik Operasi pada TURP Tahap Ketiga pada Sisi Kiri Dimulai dari
Arah Jam 12 Menuju Arah Jam 3 ……….... 2 3
Gambar 2.7 Tehnik Operasi pada TURP Tahap Keempat pada Porsi Tengah
Dimulai dari Arah Jam 9 Menuju Arah Jam 6 ………...
2 4
Gambar 2.8 Klassifikasi Prostatitis Menurut NIH ………... 2
8
Gambar 2.9 Mikroorganisme pada Saluran Kemih ………. 3
3
Gambar 2.10 Siklus Polymerase Chain Reaction ………. 3
5
Gambar 2.11 Tahap – Tahap Prosedur Polymerase Chain Reaction ………...
3 8
Gambar 3.1 Konsep Penelitian .………... 4 5
Gambar 4.1 Rancangan Penelitian ………..
6
Gambar 4.2 Alur Penelitian
...
5 1
Gambar 4.3 Tabel 2 x 2 ………... 5
DAFTAR TABEL
Tabel 5.1 Gambaran Karakteristik Subyek Penelitian …...………..5 3
Tabel 5.2 Perbandingan Positivity Rate Hasil Pemeriksaan Kultur Urine dengan PCR pada Subyek Penelitian………5
4
Tabel 5.3 Tabulasi Silang Ketidaksesuaian (Disconcordance) Hasil Pemeriksaan Kultur Urine dengan PCR pada Subyek Penelitian ………...
5 4
Tabel 5.4 Gambaran Pola Kuman Berdasarkan Hasil Pemeriksaan Kultur Urine dengan PCR pada Subyek Penelitian ..………...
5 5
DAFTAR SINGKATAN
AUA : American Urologic Association BPH : Benign Prostatic Hyperlasia DHT : Dihidrotestosteron
DM : Diabetes Melitus
DNA : Deoxyribose Nucleic Acid
dNTP : Deoxynucleoside triphosphates EAU : European Association of Urology FGF : Fibroblast Growth Factor
fPSA : Free Prostate Spesific Antigen HPV : Human Papilloma Virus IFN : Interferon
IL : Interleukin
IPSS : International Prostate Symptom Score ISK : Infeksi Saluran Kemih
LUTS : Lower Urinary Tract Syndrome NADPH : Nicotinamide Adenine Dinucleotide NIH : National Institute of Health
PCR : Polymerase Chain Reaction PSA : Prostate Spesific Antigen
PSAD : Prostate Spesific Antigen Density RA : Reseptor Androgen
RSUP : Rumah Sakit Umum Pusat RT : Rectal Toucher
tPSA : Total Prostate Spesific Antigen
TULIP : Transurethral Ultrasound-guided Laser-Induced Prostatectomy TURP : Transurethral Resection of the Prostate
USG : Ultrasonografi
DAFTAR LAMPIRAN
Lampiran 1 Form Kelaikan Etik ……….. 6 8
Lampiran 2 Surat Ijin Penelitian ………. 6 9
Lampiran 3 Form Inform Consent ……….. 7 0
Lampiran 4 Data Subyek Penelitian ……… 7 1
Lampiran 5 Hasil Pemeriksaan PCR ………... 7 2
Lampiran 6 Analisis Statistik ……….. 7 3
